The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
157
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structure length |
157
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Chain Sequence |
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transcription
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source organism |
Xenotropic mulv-related virus
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molecule keywords |
Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
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total genus |
49
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structure length |
157
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sequence length |
157
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ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
pdb deposition date | 2010-09-30 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00075 | RNase_H | RNase H |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VG5 A; 4W5N A; 3T19 A; 4B9N A; 1J9A A; 1X9W A; 2P5G A; 2YNF A; 4BE0 A; 2HHW A; 4Y1D A; 4FJ5 A; 4KTQ A; 4E89 A; 1IH7 A; 5HRN A; 4FLX A; 2YNI A; 4RW7 A; 3SUN A; 2YKM A; 4C8K A; 1XHX A; 4FVM A; 4FJ8 A; 1LW2 A; 2X74 A; 2D5R A; 3OVN A; 2XY7 A; 5K14 A; 4CJW A; 3L3U A; 2OYQ A; 3VQC A; 1JLB A; 3ALY A; 4Y1C A; 4JLH A; 5CZ2 A; 2ZE2 A; 3DMJ A; 3DYA A; 4CFB A; 3QEW A; 3KJV A; 3TAB A; 5KGW A; 3OYE A; 1L3S A; 3VN5 A; 4IKF A; 4DTJ A; 2W42 A; 3DRP A; 4CEQ A; 1JXE A; 3P1G A; 2IS3 A; 3U3G A; 1G15 A; 2FC0 A; 1NKC A; 3TAN A; 1DTT A; 4XIU A; 1IKY A; 3F73 A; 2PZS A; 4FJ7 A; 1DTQ A; 3KTQ A; 4QOZ B; 4NCG A; 2WON A; 3JYT A; 3G10 A; 2OPQ A; 1ZBF A; 3HL8 A; 3VQ6 A; 3EZ5 A; 1TVR A; 3VQD A; 4DF8 A; 2IGI A; 2Z1J A; 4DS4 A; 3KKR A; 2OPR A; 4CIE A; 3OS2 A; 3NE6 A; 1UA1 A; 1C6V A; 3HPG A; 1BCO A; 4CHN A; 5E41 A; 4DFM A; 3QES A; 2Y1I A; 4L8R B; 1W9H A; 4PA1 A; 2HNY A; 3NCI A; 1TV6 A; 4DSF A; 3PX6 A; 1EKE A; 1TK0 A; 4RW4 A; 3NHG A; 1TKX A; 1HQU A; 1U49 A; 3AVH A; 3IG1 A; 3KLH A; 4JS5 A; 4DU1 A; 3LPT A; 3QER A; 4DSI A; 1A5W A; 5DMR A; 4H8K A; 2IOC A; 4AHV A; 2D0B A; 3QNN A; 3AA3 A; 2ZD1 A; 4KTZ A; 4FJK A; 4OGE A; 3NGY A; 2BE2 A; 1DLO A; 5CYM A; 4HCB A; 4AHR A; 2PYL A; 1RT6 A; 1QTM A; 3KD1 E; 1HYZ A; 1HMV A; 3V9Z A; 4CJ3 A; 3NGZ A; 2G8F A; 3AVN A; 2YHB A; 1KSP A; 1KFD A; 1RT1 A; 4CEE A; 1QS4 A; 4IG3 A; 2E4L A; 3V1R A; 4PUO A; 4CHY A; 3OY9 A; 4Z4E A; 4Z4C A; 3PO5 A; 4CCH A; 3CM5 A; 3LWL A; 1QSY A; 4AHU A; 3VQ7 A; 4CF2 A; 3TAG A; 4Z4F A; 1RTH A; 2OA8 A; 3QIP A; 1NJY A; 4DTP A; 3K5L A; 2DY4 A; 3OS1 A; 2GUI A; 2JGU A; 3MXJ A; 4C8N A; 3QLH A; 4CJ5 A; 1L3U A; 1RT2 A; 3T3F A; 1NK0 A; 1ITG A; 3L8B A; 4N41 A; 4W5Q A; 3QET A; 4CJK A; 1CLQ A; 1SKW A; 1J53 A; 4GMJ B; 2HHX A; 3K5M A; 2KTQ A; 1FKP A; 3KK1 A; 3L2U A; 3PV8 A; 3S3O A; 4CJL A; 1RT3 A; 4CGJ A; 2WOM A; 3HM9 A; 1D8Y A; 3NF7 A; 2OZM A; 1RT7 A; 1YT3 A; 4Z4G A; 4CEZ A; 1HJR A; 1RDC A; 3NF9 A; 3C6U A; 3LP3 A; 4NYF A; 3K57 A; 1Z26 A; 2QXF A; 2XHB A; 3G0Z A; 2BGG A; 4H4M A; 2E6L A; 4M45 A; 4EP5 A; 3RTV A; 1Z25 A; 1X9S A; 2IDO A; 4CEO A; 4E0D A; 4O4G A; 1S9G A; 4Z4I A; 1HYS A; 2Z1H A; 1UWB A; 1ZYQ A; 1IG9 A; 1GOB A; 2IAJ A; 1KRP A; 3ZT3 A; 3ITH A; 1HRH A; 3ZCM A; 4G1Q A; 4DTU A; 4RG8 A; 1JLE A; 1SKR A; 3LP1 A; 3E01 A; 3NFA A; 1WSG A; 4ELT A; 1CZB A; 3RRH A; 4M3Y A; 3JSM A; 4KHS A; 4FK4 A; 2Z1I A; 4O5B A; 2KZM A; 2BDP A; 3SUO A; 4LY7 A; 3DLB A; 1TAQ A; 3P5J A; 1NJX A; 3HP9 A; 1Y97 A; 2D0A A; 3KLI A; 3KK3 A; 4HCC A; 2YHA A; 1UA0 A; 4DTO A; 1KLN A; 3IAY A; 1GOA A; 1MU2 A; 3O3F A; 4E7H A; 4DTN A; 1R0A A; 3CFR A; 1S5J A; 3OJS A; 3V9X A; 2QKK A; 3HT3 A; 4LSL A; 1S9E A; 4CJF A; 4FK2 A; 3O3H A; 5JS2 A; 1NKB A; 2Z1G A; 2AJQ A; 4C8M A; 2DTU A; 1VSE A; 4DTX A; 1REV A; 3AVI A; 3OYB A; 3HXM A; 1T03 A; 3EY1 A; 4LH5 A; 3OYJ A; 3S3N A; 1T7P A; 1IKW A; 4PQU A; 4DLE A; 4R5P A; 4BWM A; 1HYV A; 4N56 A; 1CXQ A; 1LV5 A; 1JLG A; 1RBU A; 1NK6 A; 1VRU A; 4O44 A; 4CJV A; 2B5J A; 1SL0 A; 4PWD A; 5J2M A; 3TAQ A; 1B9D A; 3VQQ A; 3C95 A; 4CES A; 3LP0 A; 3DLG A; 3K2P A; 3KLF A; 4HHT A; 4FLY A; 3SUP A; 4M3U A; 1FXX A; 4E19 A; 1W0H A; 2B4J A; 1SUQ A; 3SQ1 A; 4FJG A; 2JLE A; 1JL2 A; 3V1O A; 5HP1 A; 2RF2 A; 3VQP A; 3CYM A; 4OGC A; 4E7I A; 4ELU A; 1KVA A; 1S1V A; 3ZSO A; 4NYN A; 3OYN A; 3AVB A; 1TKD A; 1BCM A; 1NJZ A; 4ELV A; 3NDK A; 1KLM A; 4FM0 A; 1ASW A; 1LWC A; 4OPK A; 1FKO A; 4DMN A; 3DOL A; 5SWM A; 3OYL A; 3DLK A; 4RW6 A; 2XO7 A; 2XY8 A; 3AO2 A; 5KTQ A; 3C94 A; 2XRI A; 1UAX A; 1WAJ A; 4C8O A; 4FLV A; 1ASU A; 4E7J A; 1NOY A; 2RPI A; 4LH4 A; 3ZT2 A; 1TK8 A; 4F3O A; 4AIL C; 3RMD A; 3VQA A; 4UQG A; 3RMB A; 1XC9 A; 2BAN A; 3V9W A; 4DFJ A; 3BDP A; 4O55 A; 3QEI A; 4I2Q A; 2EHG A; 2X78 A; 3THV A; 4B9V A; 3CQ8 A; 4ID1 A; 3QNO A; 2P1J A; 1S1W A; 3AVJ A; 1BHL A; 4DQQ A; 3HK2 A; 2HW3 A; 1LAV A; 3HJF A; 4KHN A; 4PY5 A; 3AVM A; 3MXI A; 2ZQB A; 2YV0 X; 4M42 A; 4CJT A; 4Z4H A; 4BE1 A; 2O4G A; 3DRR A; 3CG7 A; 4BDZ A; 3OYA A; 2X6N A; 3HPH A; 4DQP A; 1ZBU A; 5FRM A; 1EXQ A; 3LZI A; 1YTA A; 4IG0 A; 1S1U A; 2FBV A; 4I2P A; 2HHS A; 4E7L A; 1SL1 A; 4IFY A; 2PY5 A; 4CEB A; 4DSE A; 4DSL A; 5DK5 A; 4FJJ A; 4CHQ A; 2G8I A; 3HO1 A; 5HRS A; 5KGX A; 2O4I A; 3OYK A; 1VSH A; 4M3W A; 3U3Y A; 4FJL A; 2Y1J A; 4M3X A; 4YFU A; 3LAL A; 3LP2 A; 4KHQ A; 3DM2 A; 4CE9 A; 4HUF A; 1D9D A; 1TGO A; 5FDL A; 4KO0 A; 1D5A A; 4CGH A; 1D9F A; 4FJX A; 2HVH A; 1B92 A; 3SQ0 A; 3QIN A; 2YNG A; 3VQB A; 3PY8 A; 4CFA A; 3MED A; 4DF4 A; 4NCA A; 4Q0B A; 3SYZ A; 1ZBL A; 1TL1 A; 1RIL A; 1YTU A; 3SV4 A; 1C1A A; 3K58 A; 3OYD A; 1HPZ A; 1HNV A; 1ZBI A; 1BIS A; 4AH9 A; 4CGI A; 4N76 A; 4KRF A; 2FBT A; 1LWF A; 4J2D A; 1EET A; 3NAE A; 3ZT0 A; 3SPZ A; 4NCB A; 2XY5 A; 1SKS A; 4JRQ A; 2KZZ A; 3FFI A; 3D0P A; 4I9L A; 2G8V A; 1I39 A; 4RW8 A; 4GVM A; 1YVU A; 3AVG A; 4DLG A; 3TAP A; 2YNH A; 2DFH A; 4CGG A; 4CFC A; 4CJR A; 4N5S A; 3SUQ A; 1RDB A; 5FRN A; 1L3T A; 3OYF A; 3O4Q A; 4CF1 A; 3V4I A; 4M3Z A; 3OYI A; 1BIZ A; 4CK2 A; 2YKN A; 3SJJ A; 1N6Q A; 3DLR A; 4GW6 A; 3LDS A; 1ZBH A; 4KI6 A; 1C1B A; 3F9K A; 3ZSQ A; 4CER A; 4CIG A; 5J2N A; 1WSF A; 4CK3 A; 3S9H A; 4I9Q A; 4TSX A; 4ZTF A; 4FZY A; 1WAF A; 1TAU A; 4LD0 A; 1J54 A; 3KLG A; 4B9T A; 4CJ4 A; 4N47 A; 1IKX A; 2DFE A; 3SQ2 A; 4F2S A; 2HHU A; 4BDY A; 5HRR A; 3AVK A; 3AO4 A; 4DU3 A; 3OYC A; 3V9S A; 1QHT A; 4W5O A; 4FW2 A; 3B6P A; 1LWE A; 1UOC A; 3V9U A; 4OLB A; 3NGI A; 4FLU A; 3LAM A; 2KQ2 A; 2HMI A; 3HP6 A; 2RKI A; 3DRS A; 5I42 A; 3AVC A; 3AVL A; 5J2P A; 4K8X A; 1LAW A; 2F8S A; 4BWJ A; 3SZ2 A; 4CHP A; 2HVI A; 4M3R A; 4CJU A; 5HRP A; 3SV3 A; 5I3U A; 4HTU A; 1VSF A; 1QQC A; 2GBZ A; 4FJM A; 3M8R A; 2NUB A; 3TWH A; 2DFF A; 5CYQ A; 4FW1 A; 3I0S A; 3L2W A; 4E7K A; 2G8K A; 3SPY A; 3AA5 X; 3IRX A; 1TL3 A; 1KTQ A; 3K5N A; 1RBV A; 4FZX C; 3HST B; 4FYD A; 5T7B A; 2FBX A; 2HHT A; 2B6A A; 4IFV A; 3ZSY A; 3WNE A; 4ZTJ A; 1C0M A; 3SI6 A; 4JRP A; 3RR7 A; 2XY6 A; 3V1Q A; 4CEC A; 4KAZ A; 1RBR A; 4B9M A; 5CZ1 A; 5C42 A; 3S3M A; 3MAQ A; 3A2F A; 5EU7 A; 1RTD A; 4F8R A; 4KPY A; 3VA0 A; 1VSM A; 1EP4 A; 3OYG A; 1F21 A; 1TKZ A; 3SQ4 A; 1GOC A; 1RTJ A; 1T8E A; 1L3V A; 4ZHR A; 4J2E A; 2I5J A; 3WNG A; 1XI1 A; 1KVC A; 1RBS A; 3P83 D; 3MEG A; 4OVL A; 4CJQ A; 4CHZ A; 1NKE A; 5KI6 A; 4FK0 A; 4RW9 A; 4BAC A; 1RBT A; 2G8U A; 4KHW A; 1JL1 A; 4OKE A; 4B08 A; 2HNZ A; 2VWK A; 1L5U A; 1NK4 A; 3VQ5 A; 3PX0 A; 1JXB A; 4J2A A; 3VQE A; 2KW4 A; 3WNH A; 3RRG A; 1XHZ A; 4CED A; 4DFP A; 1WSE A; 3ASM A; 1U4B A; 2KFN A; 3WNF A; 3ZSZ A; 3QEX A; 3ISN C; 4YNQ A; 4EZ6 A; 2QK9 A; 1WSH A; 1JLQ A; 1QSL A; 1QE1 A; 3ZSR A; 1J5O A; 2A1R A; 1HQE A; 3ZSX A; 1N5Y A; 4F3T A; 5D3G A; 1RNH A; 1JLA A; 1X1P A; 2OPS A; 4MQ3 A; 4M3T A; 1RT5 A; 4OLA A; 3PO4 A; 3CFO A; 4CF8 A; 3KKS A; 4CEA A; 1S6Q A; 3NH2 A; 3KK2 A; 1VSL A; 3KIO A; 2OPP A; 4B8A B; 4I7F A; 3VQ8 A; 3NH0 A; 3I8D A; 3LZJ A; 1U47 A; 4FJN A; 3HVT A; 2PYJ A; 3CM6 A; 2VG6 A; 3MEC A; 4E1M A; 4DTR A; 2P5O A; 4QCL A; 4E1N A; 1WNS A; 4HVJ A; 4KB1 A; 3I0R A; 3QO9 A; 4DSJ A; 4DG1 A; 4KHY A; 1S1X A; 4EZ9 A; 2LSN A; 1EX4 A; 1NK9 A; 4JS4 A; 1TK5 A; 4Q5V A; 3L2Q A; 1WSI A; 3LAN A; 4DQI A; 3LWM A; 3TAR A; 3MXM A; 1CXU A; 2HND A; 1JLF A; 3TR8 A; 3OS0 A; 3M8Q A; 4LSN A; 3CFP A; 3LPU A; 3K59 A; 1Q8I A; 4OJR A; 1NJW A; 3AO1 A; 1HNI A; 4EP4 A; 1SV5 A; 2R7Y A; 1C0T A; 4CHO A; 3SCX A; 5J1E A; 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