3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
2VG5A 4W5NA 3T19A 4B9NA 1J9AA 1X9WA 2P5GA 2YNFA 4BE0A 2HHWA 4Y1DA 4FJ5A 4KTQA 4E89A 1IH7A 5HRNA 4FLXA 2YNIA 4RW7A 3SUNA 2YKMA 4C8KA 1XHXA 4FVMA 4FJ8A 1LW2A 2X74A 2D5RA 3OVNA 2XY7A 5K14A 4CJWA 3L3UA 2OYQA 3VQCA 1JLBA 3ALYA 4Y1CA 4JLHA 5CZ2A 2ZE2A 3DMJA 3DYAA 4CFBA 3QEWA 3KJVA 3TABA 5KGWA 3OYEA 1L3SA 3VN5A 4IKFA 4DTJA 2W42A 3DRPA 4CEQA 1JXEA 3P1GA 2IS3A 3U3GA 1G15A 2FC0A 1NKCA 3TANA 1DTTA 4XIUA 1IKYA 3F73A 2PZSA 4FJ7A 1DTQA 3KTQA 4QOZB 4NCGA 2WONA 3JYTA 3G10A 2OPQA 1ZBFA 3HL8A 3VQ6A 3EZ5A 1TVRA 3VQDA 4DF8A 2IGIA 2Z1JA 4DS4A 3KKRA 2OPRA 4CIEA 3OS2A 3NE6A 1UA1A 1C6VA 3HPGA 1BCOA 4CHNA 5E41A 4DFMA 3QESA 2Y1IA 4L8RB 1W9HA 4PA1A 2HNYA 3NCIA 1TV6A 4DSFA 3PX6A 1EKEA 1TK0A 4RW4A 3NHGA 1TKXA 1HQUA 1U49A 3AVHA 3IG1A 3KLHA 4JS5A 4DU1A 3LPTA 3QERA 4DSIA 1A5WA 5DMRA 4H8KA 2IOCA 4AHVA 2D0BA 3QNNA 3AA3A 2ZD1A 4KTZA 4FJKA 4OGEA 3NGYA 2BE2A 1DLOA 5CYMA 4HCBA 4AHRA 2PYLA 1RT6A 1QTMA 3KD1E 1HYZA 1HMVA 3V9ZA 4CJ3A 3NGZA 2G8FA 3AVNA 2YHBA 1KSPA 1KFDA 1RT1A 4CEEA 1QS4A 4IG3A 2E4LA 3V1RA 4PUOA 4CHYA 3OY9A 4Z4EA 4Z4CA 3PO5A 4CCHA 3CM5A 3LWLA 1QSYA 4AHUA 3VQ7A 4CF2A 3TAGA 4Z4FA 1RTHA 2OA8A 3QIPA 1NJYA 4DTPA 3K5LA 2DY4A 3OS1A 2GUIA 2JGUA 3MXJA 4C8NA 3QLHA 4CJ5A 1L3UA 1RT2A 3T3FA 1NK0A 1ITGA 3L8BA 4N41A 4W5QA 3QETA 4CJKA 1CLQA 1SKWA 1J53A 4GMJB 2HHXA 3K5MA 2KTQA 1FKPA 3KK1A 3L2UA 3PV8A 3S3OA 4CJLA 1RT3A 4CGJA 2WOMA 3HM9A 1D8YA 3NF7A 2OZMA 1RT7A 1YT3A 4Z4GA 4CEZA 1HJRA 1RDCA 3NF9A 3C6UA 3LP3A 4NYFA 3K57A 1Z26A 2QXFA 2XHBA 3G0ZA 2BGGA 4H4MA 2E6LA 4M45A 4EP5A 3RTVA 1Z25A 1X9SA 2IDOA 4CEOA 4E0DA 4O4GA 1S9GA 4Z4IA 1HYSA 2Z1HA 1UWBA 1ZYQA 1IG9A 1GOBA 2IAJA 1KRPA 3ZT3A 3ITHA 1HRHA 3ZCMA 4G1QA 4DTUA 4RG8A 1JLEA 1SKRA 3LP1A 3E01A 3NFAA 1WSGA 4ELTA 1CZBA 3RRHA 4M3YA 3JSMA 4KHSA 4FK4A 2Z1IA 4O5BA 2KZMA 2BDPA 3SUOA 4LY7A 3DLBA 1TAQA 3P5JA 1NJXA 3HP9A 1Y97A 2D0AA 3KLIA 3KK3A 4HCCA 2YHAA 1UA0A 4DTOA 1KLNA 3IAYA 1GOAA 1MU2A 3O3FA 4E7HA 4DTNA 1R0AA 3CFRA 1S5JA 3OJSA 3V9XA 2QKKA 3HT3A 4LSLA 1S9EA 4CJFA 4FK2A 3O3HA 5JS2A 1NKBA 2Z1GA 2AJQA 4C8MA 2DTUA 1VSEA 4DTXA 1REVA 3AVIA 3OYBA 3HXMA 1T03A 3EY1A 4LH5A 3OYJA 3S3NA 1T7PA 1IKWA 4PQUA 4DLEA 4R5PA 4BWMA 1HYVA 4N56A 1CXQA 1LV5A 1JLGA 1RBUA 1NK6A 1VRUA 4O44A 4CJVA 2B5JA 1SL0A 4PWDA 5J2MA 3TAQA 1B9DA 3VQQA 3C95A 4CESA 3LP0A 3DLGA 3K2PA 3KLFA 4HHTA 4FLYA 3SUPA 4M3UA 1FXXA 4E19A 1W0HA 2B4JA 1SUQA 3SQ1A 4FJGA 2JLEA 1JL2A 3V1OA 5HP1A 2RF2A 3VQPA 3CYMA 4OGCA 4E7IA 4ELUA 1KVAA 1S1VA 3ZSOA 4NYNA 3OYNA 3AVBA 1TKDA 1BCMA 1NJZA 4ELVA 3NDKA 1KLMA 4FM0A 1ASWA 1LWCA 4OPKA 1FKOA 4DMNA 3DOLA 5SWMA 3OYLA 3DLKA 4RW6A 2XO7A 2XY8A 3AO2A 5KTQA 3C94A 2XRIA 1UAXA 1WAJA 4C8OA 4FLVA 1ASUA 4E7JA 1NOYA 2RPIA 4LH4A 3ZT2A 1TK8A 4F3OA 4AILC 3RMDA 3VQAA 4UQGA 3RMBA 1XC9A 2BANA 3V9WA 4DFJA 3BDPA 4O55A 3QEIA 4I2QA 2EHGA 2X78A 3THVA 4B9VA 3CQ8A 4ID1A 3QNOA 2P1JA 1S1WA 3AVJA 1BHLA 4DQQA 3HK2A 2HW3A 1LAVA 3HJFA 4KHNA 4PY5A 3AVMA 3MXIA 2ZQBA 2YV0X 4M42A 4CJTA 4Z4HA 4BE1A 2O4GA 3DRRA 3CG7A 4BDZA 3OYAA 2X6NA 3HPHA 4DQPA 1ZBUA 5FRMA 1EXQA 3LZIA 1YTAA 4IG0A 1S1UA 2FBVA 4I2PA 2HHSA 4E7LA 1SL1A 4IFYA 2PY5A 4CEBA 4DSEA 4DSLA 5DK5A 4FJJA 4CHQA 2G8IA 3HO1A 5HRSA 5KGXA 2O4IA 3OYKA 1VSHA 4M3WA 3U3YA 4FJLA 2Y1JA 4M3XA 4YFUA 3LALA 3LP2A 4KHQA 3DM2A 4CE9A 4HUFA 1D9DA 1TGOA 5FDLA 4KO0A 1D5AA 4CGHA 1D9FA 4FJXA 2HVHA 1B92A 3SQ0A 3QINA 2YNGA 3VQBA 3PY8A 4CFAA 3MEDA 4DF4A 4NCAA 4Q0BA 3SYZA 1ZBLA 1TL1A 1RILA 1YTUA 3SV4A 1C1AA 3K58A 3OYDA 1HPZA 1HNVA 1ZBIA 1BISA 4AH9A 4CGIA 4N76A 4KRFA 2FBTA 1LWFA 4J2DA 1EETA 3NAEA 3ZT0A 3SPZA 4NCBA 2XY5A 1SKSA 4JRQA 2KZZA 3FFIA 3D0PA 4I9LA 2G8VA 1I39A 4RW8A 4GVMA 1YVUA 3AVGA 4DLGA 3TAPA 2YNHA 2DFHA 4CGGA 4CFCA 4CJRA 4N5SA 3SUQA 1RDBA 5FRNA 1L3TA 3OYFA 3O4QA 4CF1A 3V4IA 4M3ZA 3OYIA 1BIZA 4CK2A 2YKNA 3SJJA 1N6QA 3DLRA 4GW6A 3LDSA 1ZBHA 4KI6A 1C1BA 3F9KA 3ZSQA 4CERA 4CIGA 5J2NA 1WSFA 4CK3A 3S9HA 4I9QA 4TSXA 4ZTFA 4FZYA 1WAFA 1TAUA 4LD0A 1J54A 3KLGA 4B9TA 4CJ4A 4N47A 1IKXA 2DFEA 3SQ2A 4F2SA 2HHUA 4BDYA 5HRRA 3AVKA 3AO4A 4DU3A 3OYCA 3V9SA 1QHTA 4W5OA 4FW2A 3B6PA 1LWEA 1UOCA 3V9UA 4OLBA 3NGIA 4FLUA 3LAMA 2KQ2A 2HMIA 3HP6A 2RKIA 3DRSA 5I42A 3AVCA 3AVLA 5J2PA 4K8XA 1LAWA 2F8SA 4BWJA 3SZ2A 4CHPA 2HVIA 4M3RA 4CJUA 5HRPA 3SV3A 5I3UA 4HTUA 1VSFA 1QQCA 2GBZA 4FJMA 3M8RA 2NUBA 3TWHA 2DFFA 5CYQA 4FW1A 3I0SA 3L2WA 4E7KA 2G8KA 3SPYA 3AA5X 3IRXA 1TL3A 1KTQA 3K5NA 1RBVA 4FZXC 3HSTB 4FYDA 5T7BA 2FBXA 2HHTA 2B6AA 4IFVA 3ZSYA 3WNEA 4ZTJA 1C0MA 3SI6A 4JRPA 3RR7A 2XY6A 3V1QA 4CECA 4KAZA 1RBRA 4B9MA 5CZ1A 5C42A 3S3MA 3MAQA 3A2FA 5EU7A 1RTDA 4F8RA 4KPYA 3VA0A 1VSMA 1EP4A 3OYGA 1F21A 1TKZA 3SQ4A 1GOCA 1RTJA 1T8EA 1L3VA 4ZHRA 4J2EA 2I5JA 3WNGA 1XI1A 1KVCA 1RBSA 3P83D 3MEGA 4OVLA 4CJQA 4CHZA 1NKEA 5KI6A 4FK0A 4RW9A 4BACA 1RBTA 2G8UA 4KHWA 1JL1A 4OKEA 4B08A 2HNZA 2VWKA 1L5UA 1NK4A 3VQ5A 3PX0A 1JXBA 4J2AA 3VQEA 2KW4A 3WNHA 3RRGA 1XHZA 4CEDA 4DFPA 1WSEA 3ASMA 1U4BA 2KFNA 3WNFA 3ZSZA 3QEXA 3ISNC 4YNQA 4EZ6A 2QK9A 1WSHA 1JLQA 1QSLA 1QE1A 3ZSRA 1J5OA 2A1RA 1HQEA 3ZSXA 1N5YA 4F3TA 5D3GA 1RNHA 1JLAA 1X1PA 2OPSA 4MQ3A 4M3TA 1RT5A 4OLAA 3PO4A 3CFOA 4CF8A 3KKSA 4CEAA 1S6QA 3NH2A 3KK2A 1VSLA 3KIOA 2OPPA 4B8AB 4I7FA 3VQ8A 3NH0A 3I8DA 3LZJA 1U47A 4FJNA 3HVTA 2PYJA 3CM6A 2VG6A 3MECA 4E1MA 4DTRA 2P5OA 4QCLA 4E1NA 1WNSA 4HVJA 4KB1A 3I0RA 3QO9A 4DSJA 4DG1A 4KHYA 1S1XA 4EZ9A 2LSNA 1EX4A 1NK9A 4JS4A 1TK5A 4Q5VA 3L2QA 1WSIA 3LANA 4DQIA 3LWMA 3TARA 3MXMA 1CXUA 2HNDA 1JLFA 3TR8A 3OS0A 3M8QA 4LSNA 3CFPA 3LPUA 3K59A 1Q8IA 4OJRA 1NJWA 3AO1A 1HNIA 4EP4A 1SV5A 2R7YA 1C0TA 4CHOA 3SCXA 5J1EA 4FCYA 3DOKA 1U45A 3KD5E 4FJHA 4J2BA 4CF9A 3NH1A 1VRTA 3RR8A 4FJ9A 4FXDA 2KFZA 3MEEA 4E3SA 4O0IA 3HVRA 1CZ9A 4FJIA 3PUFA 4CJPA 4CIFA 2G8WA 3DI6A 4WE1A 1BI4B 1NK5A 4DWIA 4AHCA 4KI4A 2F8TA 2A1SA 3DLEA 3T1AA 4W5RA 1BGXT 4KREA 2HHVA 1QSSA 1VK0A 2VG7A 5CY4A 1LW0A 3TAEA 2OZSA 4K8ZA 1RT4A 1S1TA 3AVAA 3SNNA 4CK1A 4O0JA 3PX4A 1Q9YA 4BE2A 4DSKA 2HB5A 4DQRA 4CGDA 1A5XA 3B6OA 3IS9A 1WSJA 1NK7A 1NOZA 2E6MA 3TAMA 5JS1A 3ZT1A 1I3AA 4OKKA 1KVBA 1JLCA 2IC3A 1RDDA 1O1WA 3BGRA 5HROA 1IKVA 4FLWA 1X9MA 3VQ4A 3K5OA 1S6PA 3L3VA 4OKJA 4OPJA 4B8CA 5HBMA 2EX3A 3H08A 2X6SA 3RWUA 1VSDA 1C0UA 3AA2A 3O4NA 2HHQA 1FK9A 3ZT4A 2FBYA 3VA3A 1VSKA 1IO2A 1VSJA 1A5VA 3AA4A 3ZSVA 4FLZA 2QKBA 3V81A 3VQ9A 2Q3SA 3M8PA 4KB0A 3QEPA 3TAFA 1Q9XA 4B9SA 5HLFA 4DS5A 3V6DA 3L2VA 4HUGA 3EYZA 3OYMA 4QAGA 4W5TA 5J2QA 1RDAA 5KRTA 4FM1A 2RN2A 3KLEA 4DU4A 4IBNA 1BQNA 1K6YA 3AO3A 4DTSA 4KV8A 1TKTA 2GV9A 4CJEA 1WN7A 1RTIA 4F4KA 4BDPA 4CF0A 4KFBA 2ATQA 3AV9A 3NF6A 3AO5A 1VSIA 5SZTA 3OJUA 4FM2A 4KTWA 1WLJA 4CGFA 1U48A 2F96A 3AVFA 1RCHA 3C6TA 1BL3A 4DTMA 2ITGA 4H4OA 4M41A 3DLHA 3RMAA 3D45A 4FLTA 4C8LA 4KKOA 3ULDA 4HUEA 1NK8A 4B9LA 4B3OA 5C25A 1ASVA 1XWLA 3HYFA 3NF8A 4Z0UA 5C24A 4ID5A 2D0CA 4CEFA 3O3GA 5KRSA 4MFBA 3OYHA 2VWJA 4DFKA 1SL2A 1KFSA 2P51A 3TI0A 4B9UA 1BI4A 4FZZA 2G8HA 1T05A 1KCFA 3ZSWA 1JKHA 4AHTA 4IDKA 3QIOA 4ICLA 4DQSA 4CJSA 1BIUA 3HPOA 3QEVA 1B9FA 4CFDA 4F2RA 1C1CA 1BQMA 5FROA 1U04A 3LAKA 4AHSA 3NBPA 3M8SA 3L2RA 2ETJA 3U6FA 3RMCA 3UIQA 4KHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FR0A 4B9NA 2CH6A 3VETA 1QQOA 1LOTB 1IH7A 5A2QO 3SUNA 3CPWM 4FJ8A 5K14A 3L3UA 3VQCA 5CZ2A 2ZE2A 3DMJA 3EEQA 4RTFD 2O8FB 5KGWA 1L3SA 4IKFA 4NXNK 4JK9A 2HMPA 1NGFA 4WFNL 1VQ9N 3P1GA 2IIRA 2AA4A 3QBXA 4WF9L 4YORA 3F73A 4BRKA 1RDUA 4H0YB 1TVRA 3VQDA 4FWNA 4BQZA 2Z1JA 2OPRA 3VENA 3OS2A 3HPGA 4CHNA 1BO5O 4B3SK 2A41A 2Y1IA 3EO3A 3NCIA 4DSFA 3PX6A 1U49A 1BOTO 3KLHA 4JS5A 3LPTA 4DSIA 2O8EB 4H8KA 3CC7N 3QNNA 5FPMA 4FJKA 1QTMA 2D4WA 3KD1E 3H3NO 1HMVA 4CJ3A 3NGZA 3UKUA 2YHBA 1KSPA 4IXCA 1TUYA 2OTJN 3MDQA 1E4GT 4PUOA 3OY9A 4YOXA 3EZWA 2DPNA 3R9PA 1QSYA 4A5AA 4AHUA 3E1YA 4CF2A 2UUCK 4Z4FA 1RTHA 4JN4A 1SAZA 4C8NA 3MK6A 3T3FA 3RSEB 3L8BA 3K9JA 4WQ4A 4B1YB 1CLQA 3VPZA 4GMJB 3CJAA 1FKPA 3KK1A 5BPMA 3AARA 4CJLA 3HM9A 2OZMA 3OBYA 5EX5A 4CEZA 3C65A 2XHBA 2P9PB 4EP5A 4FWMA 4CEOA 3BF1A 1S9GA 4X62K 4NLCA 1ZYQA 5KQDA 1IG9A 1KRPA 3ZT3A 1HRHA 4RG8A 3NFAA 5M1PA 3C7NA 4M3YA 4FK4A 3M6GA 3JAMO 3SUOA 3DLBA 1NJXA 4I6MB 1Y97A 4U7BA 2VGNA 3O3FA 4DTNA 5IWAK 3LDPA 2HSTA 3DXMA 3HT3A 2Q0RA 4JD2A 1S9EA 4FK2A 2UXDK 2Z1GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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