3P83D

Structure of the pcna:rnase hii complex from archaeoglobus fulgidus.
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
SPEFPGRLMKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQKTLDDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title PCNA directs type 2 RNase H activity on DNA replication and repair substrates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna binding protein
source organism Archaeoglobus fulgidus
molecule keywords DNA polymerase sliding clamp
total genus 78
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence E, F
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p83D00
3AA3A 4DMNA 3NGYA 2YKMA 3KKSA 2IOCA 1QHTA 3NF8A 4OGCA 2VG5A 2XRIA 1C0TA 4OVLA 1JL1A 2HNYA 4E19A 4FM0A 1BHLA 2HHQA 4E7JA 4LH5A 4Z4IA 4CGHA 1J54A 1RDBA 1SL1A 2Z1GA 3DOLA 1LAVA 3QIOA 3IS9A 1DTTA 4N47A 4OPKA 4FLXA 4B9TA 4KHUA 4RW9A 2AJQA 4EP5A 3LZIA 4CHYA 3V6DA 4RW6A 1MU2A 4DLGA 4DTNA 1BCOA 2GBZA 3TAQA 3K5OA 4KTQA 1U49A 4L8RB 2BGGA 1HJRA 1BCMA 2RN2A 1WSGA 1T7PA 1NK7A 3RWUA 2ZQBA 4KV8A 2ITGA 1YTUA 4KI6A 3SV4A 3RRGA 3NE6A 4B08A 3VN5A 4HCCA 1VSIA 3M8QA 4KFBA 1BI4A 4NCAA 1X9MA 4HCBA 5C42A 1J53A 4CJSA 3TR8A 3KLIA 3ZSZA 5CYQA 4UQGA 3K58A 2D0CA 3OY9A 4TSXA 3RRHA 4B9VA 4WE1A 3CM6A 1JLBA 3OVNA 4IFYA 1D9DA 4LSLA 1JLAA 3AVBA 4FLUA 4Q0BA 2FBTA 3QNOA 3VQAA 1WSFA 4FCYA 4ELTA 1WAJA 4B8CA 1ZBIA 3OJUA 2F8TA 3JSMA 3TAGA 4CEOA 4BDPA 4FZZA 3LZJA 1LWCA 1RCHA 3L2WA 2OYQA 1BIUA 4E89A 1VSHA 4B9MA 1RT4A 4CEQA 2X74A 3HP9A 3RMCA 3B6PA 4CHQA 3HJFA 3AVGA 4DSIA 1KVCA 4J2AA 1Z25A 3KTQA 3NGZA 1RTDA 1ZBFA 3ZSVA 4CJRA 2HHWA 3ITHA 3PUFA 5C25A 5HBMA 1TKDA 3LDSA 2BDPA 4DTPA 3HXMA 1EX4A 3AVJA 3KK2A 3I8DA 1GOBA 2HB5A 3AO1A 3AVLA 4F2SA 2QK9A 4C8OA 4DTRA 4KRFA 3OYFA 1LWEA 2HMIA 2E6MA 3SCXA 4NYFA 1IKVA 4E1NA 4KREA 2B5JA 1NJZA 1RT5A 2X6NA 4N5SA 1O1WA 1TL1A 3UIQA 1QS4A 1BIZA 4DSLA 2VWKA 3MXIA 2YNIA 3SQ2A 3DRSA 4FZXC 1D9FA 4CHNA 1QTMA 4HTUA 1RBVA 3MEGA 3VQEA 3TWHA 2G8VA 1UA1A 4DQRA 2HVIA 4FXDA 4YNQA 4B9LA 1EETA 2P1JA 3SV3A 1SKSA 3EZ5A 3ZT4A 4DWIA 2ZD1A 2VG6A 3SPYA 1BQNA 1UWBA 3P83D 4HUEA 3V9WA 4DF8A 3HP6A 2OPRA 3L8BA 1HYSA 2YHBA 1HMVA 3TAMA 3HVTA 3THVA 2BANA 3CM5A 1XI1A 4KKOA 5JS2A 3ZSRA 1C1AA 2FBXA 4OJRA 3C95A 3V81A 2P5GA 3LALA 4F3OA 4CFCA 3AO5A 2KTQA 3VQ6A 2DTUA 2VG7A 4AHTA 1TV6A 3LWLA 4FLTA 4JRQA 4HUGA 3ZCMA 4IG3A 1VSLA 3WNFA 4M3YA 4ICLA 1IKWA 2ZE2A 3KK1A 5FROA 5J2QA 3VQ7A 4O0IA 3NH2A 1S1UA 3HYFA 4G1QA 3HT3A 3V9UA 2JLEA 4DTMA 4HHTA 3QEXA 4DU4A 2G8HA 4FJIA 4J2DA 4KI4A 4DSEA 5SWMA 3DYAA 3CQ8A 4RW4A 1HNIA 1RT3A 2E6LA 4C8MA 4E7LA 1X1PA 1X9WA 3OYKA 4F3TA 1TK0A 4CJPA 1WSHA 3L2RA 4CGJA 1Q9XA 1FK9A 1VRTA 4KB0A 4DSJA 4CJQA 2KFNA 5HP1A 4FK0A 4E7HA 3AA2A 4PUOA 4BE2A 1CXQA 1TGOA 3S3MA 3KD5E 3OYJA 4FJ8A 4M3WA 2XY8A 3KIOA 2FBVA 3SNNA 2XY6A 4FJXA 2HHXA 3VQ8A 1WNSA 4ZTFA 4W5QA 4CJEA 3L2UA 1QSYA 4IDKA 1CZ9A 2B6AA 2NUBA 4FM1A 4DS4A 2G8UA 4FJJA 1NJYA 4LY7A 4M45A 1RDDA 4FVMA 3WNEA 3MXMA 4DTSA 1NK6A 4FJGA 4FJ5A 4DU3A 4O55A 4XIUA 3LWMA 3SQ1A 1DTQA 1GOAA 3KLGA 3HO1A 3K5NA 3KK3A 4JS4A 4CE9A 5E41A 3S9HA 4C8NA 3VQQA 3OYDA 3EY1A 4DSFA 2HHUA 4GVMA 3AVIA 3CFPA 1HNVA 4FK4A 4FW1A 4KO0A 1RT2A 1KSPA 4CK1A 4I7FA 1B9FA 4AILC 3DRPA 3MXJA 2HHVA 3O3FA 1KRPA 3HSTB 3L2VA 2IAJA 1U04A 1XHXA 3KLHA 1HYZA 4DTOA 3ZT0A 2I5JA 4CGDA 3NH1A 2G8KA 4Q5VA 4Z4GA 2X6SA 3DI6A 4BACA 1VSMA 2Z1IA 3E01A 4FJMA 3DLKA 5FRNA 2P51A 4AHCA 4JS5A 2LSNA 3L3VA 4ELUA 2OPSA 1HQEA 4OLBA 5J1EA 4CK2A 1KCFA 4CF9A 4R5PA 4CHPA 2OPQA 3DLGA 5DMRA 4CGGA 2VWJA 5I42A 4M3UA 4Z4EA 1YT3A 1NKBA 2HW3A 4CJVA 3NBPA 1VSEA 3NDKA 1C1BA 1ASVA 3MEDA 3HM9A 3SUNA 2IDOA 2A1SA 1G15A 3F9KA 4CFBA 3ZT1A 1TK5A 1SL2A 4MQ3A 1NJXA 4M3TA 3LANA 3NAEA 4J2EA 1LW0A 1S5JA 1NK0A 1CLQA 5FDLA 1TK8A 4CCHA 5CZ1A 2D0AA 2DY4A 3P5JA 1U45A 4DS5A 4M3XA 2JGUA 1JLCA 1WSJA 4M41A 1JLFA 4JLHA 2XY7A 3NFAA 2DFEA 3M8RA 3JYTA 3SUPA 5I3UA 3BDPA 4I9QA 3RTVA 4QCLA 3KKRA 4FJLA 4H8KA 1C0UA 1L3SA 3BGRA 1K6YA 4CGIA 4KB1A 4KHNA 4ZHRA 2HHSA 4I9LA 4LH4A 4CEBA 3S3OA 1EKEA 1EP4A 3HL8A 3QINA 1QSSA 3WNHA 3TI0A 4CJTA 3DOKA 3PV8A 2Y1IA 3FFIA 3M8SA 4BE0A 1IH7A 2EX3A 3AO2A 2D0BA 4IG0A 4KTZA 4BDYA 3QEPA 4BDZA 2A1RA 2OZSA 1HRHA 5FRMA 3D0PA 3G0ZA 4CJWA 3PY8A 1FKOA 3C6UA 3HPGA 1RBRA 1S9EA 3KLFA 4LD0A 1UAXA 3MECA 5KGWA 4CJUA 3SZ2A 4Z0UA 3V1OA 3RR7A 4OGEA 4CF0A 4MFBA 1D5AA 2IGIA 4DTXA 3VQ5A 5C24A 3O3GA 1RBSA 1RT7A 3B6OA 1A5VA 4AHRA 3QEVA 4KHYA 5CY4A 3OYCA 1L5UA 1QSLA 3HPHA 4CESA 1T8EA 2IS3A 1RDAA 3ZSWA 2OA8A 1WSIA 1NK8A 1J9AA 3ALYA 2FBYA 5CYMA 1JLGA 4PA1A 5HRPA 3K57A 5K14A 4Z4HA 4FK2A 4OPJA 4FZYA 1VSKA 4Z4FA 1VSDA 4C8LA 1JXEA 1BISA 3K5LA 2WONA 3C94A 3AA4A 3PO5A 4CFDA 3KD1E 2HHTA 3LAMA 5KRTA 3EYZA 3IRXA 3AVHA 1FKPA 3ZSYA 5T7BA 3NHGA 1DLOA 2HVHA 4NCGA 3IG1A 3NF9A 4KAZA 1CZBA 3QLHA 3RR8A 2F8SA 1IKYA 1RT6A 1VK0A 1BI4B 3TARA 4C8KA 2ATQA 1TKTA 4JRPA 5J2MA 1IKXA 1RBTA 2Z1JA 4CJ3A 3HK2A 1CXUA 1KLMA 1BQMA 4M3ZA 3HPOA 3TAPA 1NK9A 1FXXA 2QKBA 3KJVA 4DFJA 3DLBA 4EZ9A 4J2BA 1S1VA 1BGXT 1XWLA 3ISNC 3OYHA 4OLAA 3PO4A 3VQPA 4FLZA 1JLQA 3AVCA 1HQUA 4DU1A 4E7IA 3AV9A 1NOYA 4B9UA 4NYNA 2E4LA 3ASMA 1X9SA 1W0HA 3A2FA 5HLFA 1XHZA 1T05A 1NOZA 2W42A 3NGIA 3MAQA 3S3NA 3AVFA 4CEAA 3O4QA 1NJWA 1SUQA 4CEZA 4DFPA 2XHBA 1A5XA 1ZBUA 3CYMA 1C6VA 3I0SA 1Q9YA 1TAUA 3U3GA 5KI6A 4CEDA 4ID1A 1IG9A 4PY5A 1KVBA 4KTWA 4FJKA 2IC3A 3NH0A 1KVAA 3G10A 3OYGA 1U47A 4FJNA 4QOZB 3SPZA 1Q8IA 1RTIA 3OYEA 3SJJA 4M42A 3QEWA 4DTUA 1RTJA 5HRSA 3OYLA 4GW6A 4IFVA 4AHUA 3TANA 3ZSQA 4E0DA 3L2QA 4CHOA 1ZYQA 3RMAA 4PQUA 4PWDA 3RMDA 1I39A 1S1TA 4RG8A 1L3TA 4BE1A 4CERA 1TKXA 2G8WA 4DSKA 3CG7A 4CF8A 3CFRA 3D45A 3U3YA 3OYMA 1UOCA 3L3UA 1U4BA 4I2QA 1S1XA 4CJ4A 3OJSA 4B9NA 4CJKA 4DQIA 2Q3SA 2XO7A 3AO3A 1NK5A 5EU7A 3TABA 3OYNA 3P1GA 4N41A 1S9GA 2KFZA 3NF6A 5HROA 1S6PA 4FJHA 3NCIA 3TAFA 3DLHA 3LP0A 3V9XA 1RBUA 3QIPA 2HNDA 3I0RA 1JKHA 3NF7A 1RILA 2KZMA 4CHZA 1RDCA 1SV5A 1F21A 3CFOA 4B8AB 4EP4A 1KFSA 3T19A 1REVA 4CF2A 1IO2A 3QERA 1QE1A 2YHAA 4NCBA 2P5OA 3OYBA 1UA0A 3C6TA 4FJ9A 3VQCA 4AHSA 3SUQA 3AVAA 3DM2A 3QESA 2OPPA 4DQSA 1ZBLA 3QETA 4DQPA 3VQBA 1JL2A 4CJFA 5KRSA 3OS0A 4BWJA 4FLYA 4O4GA 3PX4A 3H08A 2PZSA 2YV0X 2F96A 1SL0A 4CECA 2PYLA 4IKFA 2DFFA 4CF1A 4DF4A 4CIEA 4H4OA 4AHVA 3AVKA 4FJ7A 4RW8A 3ULDA 3V9ZA 4N76A 3QO9A 4RW7A 5J2PA 1ZBHA 3AVMA 4ELVA 2YNFA 1WSEA 1TKZA 3V1QA 2KW4A 3LP1A 2RKIA 1ASUA 3OYIA 4CK3A 1QQCA 1LWFA 3SQ4A 1I3AA 2Y1JA 1N6QA 4CJLA 1LV5A 4Z4CA 1NKCA 4GMJB 3V1RA 4K8ZA 3SYZA 4LSNA 5KGXA 2PYJA 4O5BA 4FM2A 1HPZA 5D3GA 1GOCA 3O3HA 4B9SA 2KZZA 5JS1A 3RMBA 1YVUA 3SUOA 4W5TA 5DK5A 4M3RA 4CJ5A 1W9HA 1WLJA 3VQDA 4CIGA 3LP2A 4ZTJA 2RPIA 2PY5A 4DFKA 1KLNA 2EHGA 4K8XA 4W5RA 2ETJA 4FLWA 4FYDA 1C1CA 3AO4A 4ID5A 3M8PA 3VA0A 2R7YA 3LP3A 3AA5X 1HYVA 2YNHA 4OKEA 2GV9A 1WAFA 1R0AA 4EZ6A 1Z26A 2XY5A 2B4JA 2HNZA 3T3FA 1NK4A 1U48A 1VRUA 4CFAA 3K59A 5CZ2A 3HVRA 4HVJA 2X78A 4DLEA 4Y1DA 4OKJA 4CEFA 3TAEA 5KTQA 2YKNA 3V4IA 1XC9A 1ASWA 5HRNA 2FC0A 4YFUA 4IBNA 3WNGA 2KQ2A 1C0MA 4O0JA 4KHSA 1VSFA 1D8YA 4CEEA 3ZSOA 3OS1A 4CIFA 4QAGA 3VA3A 3SI6A 3SQ0A 2O4IA 3DRRA 3LAKA 2QKKA 1TAQA 5HRRA 2YNGA 3KLEA 3MEEA 4F4KA 1WN7A 1S6QA 1Y97A 1LW2A 2DFHA 2Z1HA 3DLRA 5SZTA 3OS2A 1TL3A 4FLVA 2D5RA 3V9SA 4DG1A 4HUFA 1SKWA 1RNHA 1B92A 1S1WA 2GUIA 4F8RA 4W5NA 2G8IA 3ZSXA 4H4MA 4B3OA 4W5OA 1N5YA 3O4NA 3DMJA 4DFMA 2WOMA 3QNNA 4N56A 3K2PA 4DQQA 4KHQA 3VQ4A 1KFDA 3U6FA 3PX0A 1ITGA 3OYAA 4DTJA 1T03A 1J5OA 4F2RA 1L3UA 2G8FA 1SKRA 1EXQA 5J2NA 1LAWA 1RTHA 3AVNA 1B9DA 3ZT3A 4AH9A 1KTQA 2QXFA 4E3SA 4OKKA 3DLEA 3VQ9A 3PX6A 1VSJA 2RF2A 1NKEA 1JXBA 4I2PA 1BL3A 2BE2A 3ZT2A 4E1MA 3F73A 3T1AA 3QEIA 2O4GA 4Y1CA 4KPYA 4O44A 1L3VA 4CGFA 3IAYA 1YTAA 3K5MA 4E7KA 3LPTA 1RT1A 4BWMA 4KHWA 4FW2A 1A5WA 3LPUA 2OZMA 1JLEA 1TVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWLA 3RSEB 3NGYA 3QFPA 1HKCA 1JL1A 1NGDA 2BUPA 3HM8A 4LH5A 4Z4IA 3R9PA 1RDBA 3PLAA 3QIOA 3TSUA 3MX2A 5A2QO 4RW9A 1BCOA 3TAQA 4KTQA 4L8RB 3QBXA 2BGGA 4LF9K 1EWRA 2P9NA 2ZQBA 3ZX0A 4KI6A 4BRGA 3M8QA 4O8UA 2KLAA 5C15A 2AA4A 4CZMA 4BR0A 3SAGA 4GVEA 4WE1A 2GWJA 2Q0UA 2YJFA 4DUYK 1VQPN 1D9DA 4FCYA 3UKRA 4B8CA 1ZBIA 4GY2B 2F8TA 3TAGA 3O9TA 4BVPA 3H6EA 3L2WA 2OYQA 4M7XA 1VSHA 4B9MA 4CEQA 1BU6O 2V7ZA 4CBUA 3HJFA 3AVGA 3LM2A 4K0KK 3KTQA 1RTDA 1ZBFA 3ZSVA 4CJRA 3PUFA 1QZ6A 5C25A 1TKDA 4DTPA 3HXMA 1EX4A 3AVJA 3I8DA 3V6DA 3AO1A 3AVLA 4YOWA 4DV3K 4NLBA 1KAYA 4FWRA 2HMIA 1LWEA 2YCHA 2E6MA 3FZLA 3R3LA 4E1NA 3T1YK 2X6NA 1O1WA 1O13A 1QS4A 5AQYA 3E9PA 2YNIA 2G8VA 4FXDA 5F0XA 3ZT4A 3D2FB 5AQPA 2ZD1A 1BQNA 4HUEA 4XH5A 1HMVA 3HVTA 4A5BA 1XMOK 2A41A 4KKOA 5JS2A 2P9IA 2VG7A 4JRQA 4M3YA 2WUSA 2ZE2A 5J2QA 1S1UA 5GIPA 3HT3A 4FJIA 3QEXA 1BA0A 4J2DA 4GV9A 5EY4A 3DYAA 1HNIA 3O1WA 1NGAA 4C8MA 4CZEA 3U9DA 4CJPA 3EE9A 3CCUN 3HI0A 2KFNA 5AQRA 1QQMA 5HP1A 1M1KO 2EWSA 4ILJA 3FZKA 3S3MA 3ZEUA 3KIOA 1YF5L 2XY6A 2HHXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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