3QINA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
137
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 43
structure length 137
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qinA00
1ASVA 3SV4A 4CHOA 4CFAA 1ZBLA 4CHQA 3DLBA 4DWIA 2VWKA 4FVMA 1CXQA 3MEEA 1ZBFA 1WNSA 4DMNA 3HPOA 1NK7A 1X9WA 3OYFA 2G8VA 2Z1HA 3MECA 1NKEA 4DQPA 4CGJA 1HRHA 3ZT2A 4DLEA 3QESA 3AA3A 4HUFA 4O44A 3QO9A 1LWEA 4CJPA 3OYJA 3RMBA 4CESA 3KLEA 4FZXC 1GOAA 1KFDA 4CGGA 4CJ3A 5KGXA 3K5LA 3ZSVA 5CZ1A 2B4JA 4R5PA 1HYSA 4HTUA 4DU1A 3L2QA 2HVIA 5I42A 3NFAA 1K6YA 3QNNA 2IAJA 3OJSA 1LWFA 3K2PA 4Z0UA 3OYMA 4B8CA 4DSFA 3AVGA 4Y1DA 2O4IA 3AA4A 4AHCA 3SI6A 1WAFA 3C95A 3VQ4A 4YFUA 1UAXA 3QERA 1NOYA 3QIPA 3HVRA 4ELUA 1KCFA 2OA8A 4M42A 2W42A 1C0MA 2QKKA 4BE0A 4N56A 2EHGA 4FLZA 2ZQBA 2KTQA 4KREA 2X6NA 4I2PA 4DTNA 1NJXA 4FLWA 5EU7A 1KFSA 1ZBIA 4DF4A 2ITGA 3L2RA 3G10A 3KK1A 1X9MA 4KHYA 3EY1A 1Q8IA 3SQ0A 1TK0A 2YKMA 2OPSA 4AHVA 1VSHA 1D9FA 4I2QA 1JLFA 1F21A 2KW4A 4WE1A 4FJGA 4PA1A 1IO2A 4K8XA 1BISA 3NF6A 3KLIA 4H4OA 3HXMA 3WNFA 1DTQA 1SKRA 4Z4CA 3RMDA 4C8OA 2F8TA 2IC3A 2KZZA 3OYHA 3VQDA 4E3SA 3ZSOA 1TAQA 2KZMA 3ZT3A 1TAUA 4Z4HA 4OKEA 3ZSQA 3HP9A 1L3TA 3BDPA 1U4BA 1WSGA 2X78A 3O4NA 3MXMA 1X9SA 4CERA 4DU4A 4DF8A 4C8LA 1A5WA 1ZBUA 2O4GA 3HO1A 3DOKA 5CZ2A 4OPJA 3M8SA 4N41A 4CHYA 3SCXA 3ZCMA 3ZSYA 4O5BA 4CJQA 3P83D 1RDCA 4O0JA 1J9AA 1JLEA 1EX4A 4B9MA 3NH2A 4QCLA 4OGCA 5CYMA 3HSTB 4E1MA 1NK6A 4FW1A 3HPHA 4MQ3A 4DTJA 1A5VA 1CZ9A 4DTUA 4DFJA 2FBYA 4ID1A 4HUGA 3KD5E 4LH4A 1RT2A 1LWCA 4FK0A 2Z1JA 1RBSA 3ULDA 3CQ8A 3TAEA 4DSKA 2VG6A 1MU2A 4FLVA 2D0CA 3HL8A 3PO5A 4F3OA 4OLAA 1RT6A 3LP1A 4N76A 2IS3A 4DTXA 4B9SA 2DFEA 1ZYQA 1RTHA 2G8HA 1RILA 1S6QA 2RF2A 3HK2A 4CEBA 4M3XA 5HRSA 1UOCA 3DYAA 1HYZA 1X1PA 3V1OA 1HNVA 3TAQA 4OVLA 4CJUA 3I8DA 1NKCA 5FRNA 3O3HA 4CEDA 4ELTA 3SYZA 1BCOA 2P5GA 3V1RA 3TAGA 3TAPA 3ZSWA 4Q5VA 2G8FA 2G8IA 3B6PA 4BE1A 2XY8A 3KLHA 4Z4GA 2FBXA 3LP2A 4NYNA 3SUPA 4B9UA 4CEZA 1KVBA 4AHTA 3ZSXA 1RDAA 1VSIA 3V6DA 3VN5A 2FC0A 2IGIA 4EZ6A 3L2VA 4FJLA 4IBNA 1EXQA 4CJEA 3OYIA 2XY7A 3NH0A 1QSSA 4CK2A 4AILC 4IDKA 1SKWA 4BDYA 3OS1A 3DLGA 1U49A 1HJRA 1SV5A 3V9XA 4CF9A 3MAQA 4DSLA 4GW6A 3SV3A 3OVNA 2KQ2A 3LWMA 1SL0A 4JS4A 1XC9A 2GBZA 3RTVA 4QOZB 3VQ5A 1EETA 1NK8A 3EZ5A 4AHRA 1U47A 3AVAA 1NK9A 4AHUA 4B9LA 4CF1A 4LSLA 5C42A 3TANA 1ASUA 1RT3A 3VA3A 1VSFA 1R0AA 2HMIA 4LSNA 4EZ9A 4CEOA 5C25A 1YTAA 2GUIA 4B8AB 2RPIA 3QEXA 4KKOA 4ZTFA 3LALA 1JL2A 4CIEA 2XY5A 3SPYA 1RDDA 1FKPA 3HVTA 2EX3A 1ASWA 3VQCA 5SZTA 2Y1JA 4FZZA 4Z4EA 4EP4A 4FW2A 1YVUA 1Z25A 1KVCA 3KIOA 1S1VA 4BDZA 1HMVA 1HPZA 3ZSZA 3SUQA 1NK4A 4JRQA 3O3GA 5KRTA 2PY5A 1D9DA 3PX4A 4CGFA 3KJVA 3DLRA 3DOLA 4FJKA 4ID5A 4CF2A 2BANA 1T03A 4CK1A 4QAGA 3AVCA 3VQPA 3MEDA 1U04A 3IRXA 1W0HA 4CJKA 3JSMA 3SPZA 4ZHRA 3TI0A 1IKXA 1JXBA 2I5JA 3AVFA 2NUBA 4CJRA 4FZYA 4M3ZA 4NCGA 1FKOA 1RBVA 2HNYA 3BGRA 4W5QA 1GOCA 4IKFA 1TK8A 1A5XA 3NGYA 2HHSA 3RWUA 2HNDA 1BQNA 4CJFA 4Z4IA 4M3RA 4JRPA 1Z26A 3HM9A 1QE1A 1XWLA 1BI4B 4DTSA 3LAKA 3SQ4A 3I0RA 4FJIA 5J1EA 3CYMA 2G8KA 4DTPA 2HHXA 5DMRA 3LP3A 2HW3A 3IG1A 3OYCA 2QXFA 3CFPA 3K5OA 1SL2A 4W5RA 1UA1A 1S6PA 3I0SA 4OKJA 2A1RA 4C8KA 4FJ9A 2XHBA 3DI6A 3JYTA 1S9GA 4CJVA 3V9WA 3LANA 4GVMA 3NBPA 4DS4A 4DS5A 4I7FA 2G8UA 3DRSA 3QINA 1UA0A 3V9SA 4M3TA 1YT3A 1VSEA 3VQQA 1T8EA 4FJHA 3HP6A 2YKNA 4B08A 4E7LA 4FJ8A 1J53A 1HQUA 4M45A 3ISNC 3NF8A 3RMCA 2OYQA 2DFFA 2WONA 1RTJA 4CEFA 1SUQA 3MXIA 3LZIA 5HRPA 3KK3A 1BGXT 4G1QA 5J2NA 4KHUA 4C8MA 3OYBA 1TL1A 4FJMA 5JS1A 5D3GA 5FROA 4KRFA 3FFIA 1TKDA 2DTUA 1N6QA 3PY8A 4N47A 3KD1E 1SL1A 3HPGA 3D45A 5KTQA 4DQRA 1KLMA 1WSHA 1WSEA 1N5YA 2VG7A 1LAWA 2D0AA 2ZD1A 1NJZA 4J2BA 3C94A 1XI1A 1KRPA 1CZBA 2P1JA 4F2RA 2A1SA 1JLAA 4OJRA 1EKEA 3TABA 2R7YA 2HVHA 3V9UA 4CCHA 1IG9A 1QTMA 1RT7A 1C1BA 1EP4A 2JGUA 3KKRA 3T19A 4DQQA 3OYKA 4IG3A 3PV8A 4KI6A 3D0PA 5KRSA 3V4IA 3AVBA 2IDOA 2YNFA 3AV9A 4Y1CA 4C8NA 1CXUA 1JKHA 3QEWA 1WSJA 3LZJA 1TVRA 3NF7A 3B6OA 3CFOA 1WN7A 4OPKA 1RNHA 4BWMA 3AVIA 1WSIA 4CEQA 1CLQA 3KKSA 4DFKA 1WSFA 2PYJA 1LAVA 1U48A 3KTQA 4F8RA 1IKYA 1BIUA 1JLCA 2E4LA 2E6LA 4CEAA 1D8YA 1RBUA 4FLYA 1HNIA 1KTQA 5HROA 3OYNA 4DSJA 1WLJA 3C6TA 4BWJA 2DFHA 4FJ5A 4CEEA 2RKIA 2OPQA 4CJLA 4DQIA 4E1NA 3HJFA 4KTWA 4BE2A 1TKTA 3PX6A 1TGOA 3QIOA 3PX0A 3TR8A 3HYFA 5I3UA 3VA0A 5KGWA 4FLUA 5CYQA 4FM1A 4M3YA 2P51A 2P5OA 2HHQA 2KFNA 3SUNA 1C1CA 1JLQA 3L3VA 2X74A 3CG7A 3OYEA 4MFBA 3NHGA 2BDPA 2PYLA 2YHBA 5SWMA 4DSIA 3AVNA 3LWLA 4DTMA 1XHZA 1C0UA 1KVAA 4CIGA 2Z1IA 3TARA 1IKWA 3KLGA 1T05A 4KB0A 3C6UA 1FXXA 1VK0A 4BDPA 4CFCA 3DLEA 3AVKA 4OKKA 5JS2A 2Z1GA 4EP5A 4M3WA 5HRRA 3L3UA 3OYAA 4KAZA 3AO2A 1BI4A 3VQ9A 2XO7A 3AO1A 5HP1A 3CFRA 1L3UA 4NCAA 4FLXA 4IG0A 1RBTA 1RT5A 2Y1IA 1Q9YA 3F9KA 2HNZA 3O4QA 1VSKA 3VQ8A 2B5JA 1KSPA 4PWDA 4CJSA 4OGEA 5C24A 3NE6A 3LPUA 1XHXA 4CGIA 1BCMA 4H8KA 3SJJA 3EYZA 2Q3SA 4FCYA 4KHWA 3QEPA 4DU3A 1NK0A 1NKBA 1I39A 1UWBA 2YNIA 3K57A 4FM2A 4KTZA 4KB1A 1TL3A 4W5NA 2E6MA 3VQEA 3K5NA 4DFPA 4KHQA 3OJUA 3CM6A 1VSLA 1B92A 3T1AA 4N5SA 3SQ1A 3ITHA 3U6FA 3L2UA 4KO0A 2D0BA 3LPTA 1VRUA 4CFDA 4CE9A 5HRNA 2KFZA 1L3VA 2G8WA 2AJQA 1L3SA 3O3FA 1Q9XA 3KK2A 3IS9A 1HQEA 4B9NA 1NOZA 4CHZA 4DFMA 2BGGA 1RCHA 4RW4A 5DK5A 3AO5A 2YHAA 5J2QA 4CIFA 1NK5A 2HHTA 5FRMA 4HCCA 1C1AA 4PY5A 1QHTA 1S1XA 3M8QA 1YTUA 3ZT1A 4OLBA 1FK9A 1LW0A 5HLFA 4F3TA 4E7HA 4I9QA 3QETA 3V81A 4LY7A 1B9DA 3WNGA 3DMJA 1JLGA 4RW7A 4FXDA 1J5OA 3DRPA 4HVJA 4E0DA 2X6SA 3NAEA 4KV8A 5E41A 4ELVA 3IAYA 3QNOA 1S1TA 2BE2A 2ETJA 3NCIA 4K8ZA 2HB5A 3V1QA 3ZSRA 4CECA 1HYVA 3SQ2A 4KPYA 2XY6A 3RR7A 3AA5X 3K5MA 4B9TA 2JLEA 4E7IA 2ZE2A 2B6AA 4B9VA 2QKBA 2RN2A 2FBTA 3PUFA 3MXJA 4F4KA 1RDBA 4L8RB 3AVLA 3AO3A 4JLHA 3VQ6A 3OYGA 2QK9A 2HHVA 1BQMA 3LDSA 3NH1A 3DLKA 3RMAA 3WNEA 1RT1A 4XIUA 4CK3A 3AA2A 2VWJA 4FYDA 3P1GA 1QQCA 3THVA 1GOBA 3WNHA 4CJ4A 3ASMA 5K14A 4FJXA 3ZT0A 4DSEA 3ALYA 2OZMA 4PUOA 3A2FA 4M3UA 1IH7A 3OYLA 5CY4A 4KTQA 4JS5A 2OZSA 4Z4FA 4RG8A 3L8BA 4NCBA 3DLHA 3ZT4A 1BL3A 3S3OA 1NJWA 4F2SA 4UQGA 1TV6A 3AVJA 1TKZA 4LH5A 4AH9A 4RW9A 4CJTA 3CM5A 1TKXA 3AO4A 4CF0A 4E19A 5T7BA 4M41A 1RT4A 3DRRA 3NGIA 1D5AA 1LW2A 4W5OA 4DTOA 5J2MA 5J2PA 3M8PA 3TWHA 2OPRA 1ZBHA 3NGZA 4RW8A 4FJ7A 4PQUA 2VG5A 1QS4A 3K58A 4FM0A 3S3NA 2YNGA 1S1UA 4AHSA 3QEIA 4CFBA 3SNNA 3QLHA 3MEGA 3AVMA 2LSNA 5FDLA 3VQAA 3VQBA 4BACA 3RRGA 4KHNA 2IOCA 4O55A 2D5RA 2DY4A 2OPPA 3VQ7A 4CJ5A 1VSDA 4NYFA 4TSXA 5HBMA 1QSYA 2HHWA 4KFBA 3T3FA 1JXEA 2YV0X 3U3GA 3RRHA 4CGDA 3F73A 1G15A 1IKVA 3V9ZA 1I3AA 1RBRA 2GV9A 3K59A 4B3OA 4HCBA 1BHLA 1REVA 4I9LA 4HUEA 4DLGA 3U3YA 2FBVA 3LAMA 1O1WA 2WOMA 4O4GA 4CJWA 3NDKA 4DTRA 3G0ZA 4DQSA 1VRTA 3HT3A 4FJNA 3M8RA 3H08A 3OY9A 3SUOA 4J2AA 4H4MA 4E7KA 1NJYA 3OS0A 3TAFA 4E89A 3LP0A 4FK4A 3P5JA 3DM2A 4CGHA 3S3MA 4RW6A 4W5TA 1L5UA 1VSJA 1J54A 3PO4A 1S9EA 3SZ2A 4IFVA 1S5JA 4O0IA 1QSLA 4Q0BA 4FK2A 4J2EA 2XRIA 4CHNA 3RR8A 4CF8A 4DG1A 4E7JA 4YNQA 3OS2A 1BIZA 1ITGA 2YNHA 1SKSA 1T7PA 1RTIA 4ICLA 1JLBA 5KI6A 3L2WA 3UIQA 1WAJA 4CHPA 3QEVA 4FJJA 2HHUA 1DLOA 4KI4A 1VSMA 2PZSA 1TK5A 1W9HA 3TAMA 1C0TA 1S1WA 4LD0A 2F8SA 4FLTA 3NF9A 1LV5A 4IFYA 4ZTJA 1KLNA 4KHSA 4HHTA 1Y97A 4GMJB 3E01A 3AVHA 1JL1A 2ATQA 1RTDA 4J2DA 3KLFA 1C6VA 1U45A 1B9FA 3OYDA 3S9HA 1DTTA 2F96A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLHA 4CHOA 4CFAA 1GLAG 4LF4K 3EE9A 3VGLA 3O9QA 1X9WA 1MWKA 2G8VA 3UKUB 1XC3A 3AA3A 4O44A 3R8EA 1LWEA 4CGGA 2P9SA 3K5LA 3ZSVA 2CGLA 2IVPA 4B1ZA 2F9TA 1K6YA 2IAJA 3OJSA 3K2PA 3OYMA 2O4IA 1ZBSA 4AM7A 4AHCA 3C95A 4A62A 4DHYA 4YFUA 3QERA 3HVRA 5H1SQ 2FXUA 2QW9A 2WC9A 4FLZA 2KTQA 4KREA 1NJXA 4FLWA 1KFSA 4DF4A 2ITGA 1NNEA 2CGKA 4KHYA 5AZJA 3WEEA 2YKMA 4BC3A 1BG3A 3ENHA 1N8RO 1JLFA 4FJGA 4WE1A 4PA1A 3VGKA 1WBBA 3WNFA 5BREA 2IC3A 1W97L 3OYHA 3QDKA 4E3SA 3ZSOA 3BDPA 3W0LA 1OH6A 4DF8A 4DU4A 4B3TK 2Q36A 3DOKA 5CZ2A 4N41A 4HWIA 3SCXA 3HTVA 4JN4A 1RDCA 1J9AA 5CYMA 3WXLA 1NK6A 3HPHA 2KLAA 4LH4A 4FWOA 1RBSA 2GEMA 1XNRK 4F3OA 1MU2A 2D0CA 4FWMA 4N76A 2IS3A 1VQNN 1S6QA 4M3XA 5E26A 1HYZA 5BRHA 1RDWX 3TAQA 3UKRA 1BO5O 3O3HA 4ELTA 4LF9K 1BCOA 3V1RA 3TAPA 3AARA 3ZSWA 4BE1A 4DR1K 4B1UB 3KLHA 3VN5A 3QICA 2ITMA 1YJ9N 4EZ6A 4CJEA 2XY7A 4CK2A 2AA4A 2UUBK 3OS1A 4YY3K 3DLGA 3P4IA 3V9XA 1XC9A 2RHKA 3RTVA 3VQ5A 2EWSA 5GAEP 4H0XB 3AVAA 5M1PA 1NK9A 4B9LA 4IEEA 4CF1A 5HOOA 3ZX2A 3I33A 3TANA 4MO4A 1VSFA 3A5MC 3MN5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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