3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
4ID1A 2E4LA 4E19A 3NFAA 4YFUA 4H4MA 1IKVA 1A5WA 2KTQA 3AVLA 2KFNA 3PX6A 4M3UA 5I42A 4B8CA 3ZSYA 2OPQA 4CHZA 4CESA 3LZJA 1LAWA 3WNEA 1UAXA 2G8FA 2HNYA 3CQ8A 1ZBLA 3KLIA 3V9XA 1QE1A 2YHAA 3AVKA 3U3GA 3DLKA 1BCMA 3TAGA 1TGOA 5SZTA 4N5SA 3CFOA 1NKCA 3TWHA 4KHSA 1CZ9A 3I0SA 5D3GA 1YT3A 4DSFA 5JS1A 4N47A 3C95A 3TARA 1NK4A 2OYQA 1JLEA 1J54A 1MU2A 1WNSA 3ISNC 3MEGA 3NH2A 4C8NA 4LSNA 3OJUA 4EP4A 4HUGA 2IS3A 4LH5A 1VSDA 2FBVA 3NH0A 4BDZA 3MEEA 5J2PA 4FZXC 2A1SA 2RN2A 3TAQA 2WOMA 1UA0A 3KKSA 3OVNA 2DFEA 5CZ1A 2BGGA 1RDAA 1BCOA 1XWLA 3EYZA 1XI1A 3O3GA 4M42A 4OKJA 4FJLA 4FJXA 4DF4A 1KVAA 5K14A 1IO2A 1WSHA 4M3TA 4B9NA 3PY8A 3ZT0A 2VWKA 3PO5A 4EZ9A 4KHWA 1TKXA 3AA5X 4M41A 3CM6A 1L3UA 4FJ5A 3SQ4A 2HHXA 3QEVA 1TKZA 1D5AA 2YNGA 4F2RA 1S6PA 3MXIA 3O3FA 4CEAA 4E1NA 4NYNA 1I39A 3NBPA 4NYFA 4CGHA 2G8VA 3K58A 3DLRA 4FJJA 4OGEA 1C1CA 3MXJA 1VSHA 3QNOA 4DSJA 3AA4A 4PY5A 4JS4A 4CCHA 1LWEA 1Q9XA 1UA1A 5J2MA 2X6NA 4FLVA 1HNIA 3ZT2A 2ITGA 4OJRA 4HTUA 1LW0A 4KV8A 3VQEA 3OY9A 2HHSA 3HT3A 3DLEA 4ELUA 4CEZA 4FK4A 3L2VA 4AILC 1Y97A 4I9QA 4E7JA 5KTQA 3V4IA 1J9AA 4TSXA 3DOKA 2DFFA 1CXQA 2YNHA 1FKOA 2JGUA 3O4NA 4DMNA 2YHBA 3OS2A 3HP6A 3NE6A 3V9ZA 1QSSA 2D0BA 3CG7A 1FKPA 2BANA 3D0PA 3DRRA 4JRQA 4BDYA 1IH7A 1JXBA 3LZIA 5J2NA 1BGXT 3DLBA 2FC0A 4CF1A 4KFBA 1U49A 3HXMA 2HMIA 3RWUA 1XC9A 3DLGA 3SPZA 3L2RA 4KI6A 2BE2A 4OLBA 4YNQA 3AVAA 3KK2A 4KRFA 5KGWA 3ZT1A 4HCBA 2Q3SA 1RTHA 4KAZA 4ZHRA 4FJ7A 3LDSA 4CK1A 3HPHA 1S9EA 3I0RA 4FK2A 3KD5E 4M45A 4M3YA 5DMRA 4FYDA 4H4OA 4BWMA 3CFRA 4BE0A 3E01A 4Z0UA 3LWLA 4CE9A 2HVIA 4W5NA 4ID5A 4HHTA 4RG8A 3AO5A 3OYFA 1K6YA 3VA0A 4DFJA 2I5JA 3DM2A 1SL0A 2F8SA 2YNFA 4CGIA 3SJJA 1C0TA 3K5NA 4KREA 4RW8A 4LH4A 3AVNA 3L3UA 4CEBA 4CGDA 3M8SA 1X9SA 2HW3A 1JLCA 1RTIA 1S9GA 4FLWA 1NK7A 4BWJA 3HPOA 2YNIA 4CHNA 2ETJA 3QO9A 2IGIA 4CJFA 3OYDA 3HJFA 3H08A 3V6DA 4E1MA 4I7FA 2GUIA 4Z4HA 3IG1A 3OYGA 4CIGA 3AO3A 1U47A 1JLBA 1KVBA 1RCHA 1NJWA 4ELTA 1CXUA 4WE1A 1KVCA 1BI4A 2E6LA 4AHSA 2VWJA 3AO4A 1L3VA 1D9DA 2DFHA 4Z4IA 1BQMA 1U4BA 5FROA 1HYVA 3TABA 3SUOA 2G8HA 4I2PA 2G8WA 4F8RA 4CECA 4C8KA 3VQAA 4ICLA 3DMJA 4CERA 4PA1A 1HMVA 2IDOA 3TR8A 3L2WA 3NCIA 1UOCA 3NHGA 1KSPA 3TANA 3RMDA 2FBTA 1ZBUA 4CEDA 3RRHA 1RT3A 2XRIA 3F73A 4DTPA 4I2QA 3NDKA 1NK9A 4FLTA 4E7KA 4EP5A 3OYLA 4J2AA 3I8DA 2D0CA 5I3UA 1N5YA 1X1PA 4ZTJA 3OYNA 4J2DA 1S1TA 2X78A 1RBUA 4I9LA 1TKTA 4NCGA 4DSEA 4IFYA 1LW2A 4CHPA 3KIOA 1N6QA 4J2BA 1EKEA 1RT7A 4M3RA 4C8LA 3V1OA 3P5JA 1IG9A 2O4GA 2QKBA 1RDCA 4CIFA 3K5OA 1ZBFA 4E0DA 4E89A 2X74A 1C1BA 4B08A 4NCBA 3MXMA 4FJHA 1RDDA 3RTVA 1Q9YA 4L8RB 4B9UA 1QQCA 3PX4A 3NH1A 3AVMA 4RW6A 3QNNA 4Z4CA 1U48A 1F21A 3VN5A 1RTDA 3HP9A 1KCFA 1U04A 3V1RA 2NUBA 4IKFA 3T1AA 4IDKA 3K5LA 3L8BA 3L3VA 2XHBA 3V81A 3SUNA 2IC3A 4CF0A 5E41A 4DS4A 1XHXA 1NK6A 1CLQA 3VQPA 1VSJA 4CEOA 3QEXA 4DU4A 4OPJA 3ZSZA 1ZBHA 3T19A 4CJ3A 1A5XA 4DU1A 1RT1A 2DY4A 3DOLA 1CZBA 4CEFA 4DFKA 1ITGA 5CYQA 2EHGA 4FXDA 3AVJA 1WSJA 1IKXA 1VK0A 1BIZA 3HVRA 4KI4A 3UIQA 1IKYA 4N56A 3ZSOA 5FDLA 2GBZA 4E7HA 4M3ZA 4Y1CA 1JLAA 1QS4A 3B6OA 3VQ7A 3FFIA 5HP1A 2YKNA 5KRSA 3SPYA 2GV9A 2Z1GA 4FJKA 2OA8A 3PO4A 4K8ZA 4W5OA 3ZSQA 4DTJA 1QHTA 1RTJA 3QETA 3C6TA 1TK8A 4PQUA 2Y1IA 1KFDA 3EZ5A 3SQ2A 1B92A 5EU7A 3L2UA 1WSEA 4ZTFA 4HUEA 1Q8IA 1VRUA 1HJRA 4JLHA 1NK5A 4DLGA 4BDPA 2D5RA 4HVJA 1BI4B 3U6FA 4B9VA 3DRSA 4CFCA 1JLQA 1RBRA 4DQIA 4KHNA 3IRXA 3LP0A 4IFVA 4O0JA 3OYHA 3AVIA 1S1XA 3MAQA 4UQGA 1BISA 4DTOA 1C0MA 1RBTA 1HPZA 4CJLA 4E7LA 1DTTA 4Q5VA 1L3TA 2PY5A 4KTWA 3U3YA 4FLUA 3NGZA 1T8EA 3KD1E 4KHQA 3HK2A 1GOAA 4Z4GA 1YTAA 4KKOA 2P5GA 4IBNA 5HRSA 1D8YA 4CJSA 4FJNA 2B4JA 3NGYA 3SQ0A 2PYLA 4CJUA 4M3XA 1NOZA 3L2QA 2PYJA 4F4KA 2E6MA 4E3SA 2HHQA 1TL1A 3NF7A 1TV6A 3V9UA 4FM0A 2HNZA 1QTMA 3A2FA 3ULDA 3SUPA 1HRHA 1NOYA 1DTQA 4FM1A 2KZMA 3LP3A 2XY6A 1JXEA 1C6VA 4O44A 1D9FA 4HUFA 3PX0A 3HPGA 1QSYA 4CJ5A 3HL8A 4CHYA 4NCAA 3ZSWA 1X9WA 1J53A 1LWFA 3NAEA 3OS0A 1HQUA 4F3TA 3BGRA 3OS1A 3S9HA 1RT5A 3NF8A 1SKSA 4HCCA 5HROA 4PUOA 1S6QA 3VQCA 4DSIA 3CM5A 3PUFA 4AHCA 3OYIA 1NKEA 3QEWA 2HHTA 4O0IA 3KLEA 3IAYA 1YVUA 2RPIA 4QCLA 4FM2A 1TKDA 1S1UA 2QXFA 4CJRA 3OYJA 2X6SA 2HHWA 3P83D 3QIPA 2KZZA 4DF8A 1WAJA 4C8MA 4CJEA 1NK0A 3SZ2A 3VQ9A 1RNHA 3MECA 2KW4A 4DTNA 4DLEA 3TAPA 1G15A 4DSLA 1HYZA 1VSEA 3NF6A 4CEQA 3QESA 2HNDA 1BHLA 1X9MA 3ASMA 1TK0A 1R0AA 3LANA 4CHQA 4B9LA 2RKIA 5SWMA 3SCXA 1WAFA 5KRTA 3AO2A 3VA3A 1KFSA 4CFDA 3P1GA 2HHVA 3KLFA 5HRRA 3C6UA 3LALA 1RT4A 3C94A 1NK8A 1ASUA 1BIUA 3QEIA 1VSMA 1JKHA 1KLNA 1L5UA 1S5JA 3F9KA 4LSLA 1T05A 3KTQA 1ZYQA 3K59A 4DTRA 4FJ9A 4CK2A 3NF9A 3G0ZA 3KKRA 3V9SA 3TAMA 3RMBA 2OPPA 5KI6A 4CJTA 2A1RA 1Z26A 5C24A 3V9WA 5FRMA 1DLOA 3TI0A 1NJZA 4CGGA 4JS5A 4BE2A 1WSGA 1WN7A 4LY7A 4F3OA 4R5PA 3K2PA 3QINA 4BACA 4CFBA 4DQPA 3MEDA 3DI6A 4W5QA 3SYZA 3RMAA 1JL1A 4CF9A 3T3FA 4B8AB 2LSNA 4CEEA 3HO1A 3OYBA 4MQ3A 3ZT3A 1UWBA 1T7PA 5HBMA 3LWMA 4DFPA 1EP4A 4GVMA 3VQ8A 1RBVA 5CYMA 4O5BA 4C8OA 2KQ2A 1SUQA 5T7BA 4CHOA 4BE1A 4KHYA 4CFAA 4CIEA 2W42A 5J1EA 4OVLA 3VQ5A 1SV5A 4F2SA 3VQBA 4RW7A 2F96A 1LV5A 3HSTB 4CGFA 3OYAA 2XO7A 4DU3A 1NKBA 5JS2A 4GW6A 1ZBIA 2HHUA 4DQSA 3LPTA 3M8QA 4CJWA 1VSLA 4W5RA 3LAKA 1C0UA 2AJQA 2D0AA 3V1QA 4FJMA 3CYMA 1RBSA 4Q0BA 3LPUA 2OZSA 2OPRA 3LP1A 3JSMA 3QEPA 3AVCA 4AHUA 2B5JA 3KLHA 3S3MA 1NJXA 1WLJA 1SKRA 4KTQA 4B9TA 4FJ8A 3M8RA 1IKWA 3AVBA 4OKKA 2YV0X 5HRNA 4B9SA 1VSIA 4FCYA 1VRTA 3RR7A 1S1WA 3PV8A 4DG1A 2ZD1A 4FLXA 5HRPA 3LP2A 4XIUA 2XY8A 1NJYA 4IG3A 3HVTA 3S3NA 4DQQA 2YKMA 4QOZB 2G8KA 3VQ4A 1QSLA 2O4IA 4DFMA 5DK5A 1W0HA 3DRPA 3AA2A 3OYCA 5J2QA 3AVHA 3RMCA 1SL1A 3M8PA 1VSKA 4KB0A 1KTQA 1EXQA 1WSIA 3QIOA 3KK3A 3RR8A 4CF2A 3AVGA 2BDPA 4DSKA 2KFZA 1ASWA 1RILA 2B6AA 4Y1DA 4QAGA 3ZSRA 4AHVA 4DTUA 5HLFA 4JRPA 1T03A 2VG6A 2FBYA 1SL2A 4Z4EA 3OYEA 2P5OA 4FJIA 5KGXA 4GMJB 3SV3A 3ZCMA 4FJGA 4CJQA 1GOBA 4E7IA 2ATQA 5CY4A 1FXXA 2Y1JA 4N41A 2ZQBA 2OPSA 3VQ6A 4DTMA 1VSFA 1JLGA 4O4GA 1XHZA 2ZE2A 3G10A 3AV9A 3WNGA 1A5VA 3SUQA 4KB1A 4KTZA 4FLYA 4O55A 4CJPA 2XY5A 3LAMA 4MFBA 2EX3A 5C25A 1RT2A 3SV4A 4EZ6A 4KHUA 4AH9A 4W5TA 5FRNA 3D45A 1ASVA 2P1JA 4CGJA 1JLFA 4OPKA 4B3OA 4FVMA 3B6PA 3RRGA 3SQ1A 1HYSA 1LWCA 1TAQA 3THVA 2JLEA 2R7YA 4KPYA 1TVRA 2F8TA 4FZZA 1FK9A 3WNFA 4J2EA 3EY1A 2VG7A 3IS9A 3OYKA 4OGCA 4N76A 4RW9A 2DTUA 1BQNA 1BL3A 3ZT4A 1L3SA 3SI6A 4FZYA 4CJ4A 4CJKA 3QERA 3ZSXA 2G8IA 1TK5A 3TAEA 3SNNA 3AA3A 3KK1A 1LAVA 1EETA 1GOCA 4H8KA 1TL3A 1Z25A 3HYFA 5CZ2A 3WNHA 3ZSVA 3NGIA 3K57A 2XY7A 3KLGA 1SKWA 3O3HA 3K5MA 4M3WA 4FW1A 2IAJA 2HB5A 2VG5A 2RF2A 4DQRA 1HQEA 4RW4A 2PZSA 2HVHA 1W9HA 1RDBA 4FW2A 1REVA 4B9MA 3OJSA 1U45A 3JYTA 1TAUA 3OYMA 1C1AA 3AVFA 4OLAA 2FBXA 4LD0A 4DS5A 1J5OA 2QKKA 1O1WA 1I3AA 1RT6A 2Z1IA 4ELVA 4G1QA 3VQDA 5C42A 1YTUA 1HNVA 3BDPA 2WONA 2QK9A 2IOCA 4FLZA 2G8UA 2Z1JA 4CF8A 3S3OA 4K8XA 4CK3A 3AO1A 1EX4A 3CFPA 3O4QA 4IG0A 3VQQA 3QLHA 2OZMA 3ITHA 3ALYA 1WSFA 4PWDA 4OKEA 3DLHA 4AHRA 4DTXA 4KO0A 1JL2A 4Z4FA 4DWIA 4CJVA 1KRPA 1S1VA 3KJVA 4DTSA 4FK0A 1B9DA 2P51A 3TAFA 3DYAA 1KLMA 3HM9A 4AHTA 2Z1HA 1B9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CIPA 4YFUA 1IKVA 4CI6A 3PIPL 3AVLA 4C23A 2E1ZA 2A6AA 4CHZA 3O9SA 4YDUC 1LAWA 3WNEA 2G8FA 3H6EA 3T7ZA 3V9XA 1BDGA 3DLKA 2D1KA 3AY9A 1YIJN 3G71N 4DV4K 3RSEB 1P90A 1YT3A 3TTCA 4N47A 1NK4A 1VQ9N 4B3MK 1MU2A 5GIPA 3NH2A 3OJUA 4EP4A 5J2PA 2IS3A 4FZXC 4M3TA 5M1FA 1K8KB 3MEEA 3KKSA 5CZ1A 3CD6N 3EYZA 4M42A 2Q97A 4DKWA 4DF4A 3FE1A 1C0FA 3LM9A 4B9NA 3CM6A 3LDOA 2HHXA 5AJ3K 1TKZA 1D5AA 3O3FA 1EQYA 4NXMK 4DV7K 3DAWA 1HPMA 4FSVA 3K58A 3DLRA 4OGEA 1VSHA 3QNOA 4DSJA 5FPEA 3SAHA 4CZLA 1KAXA 1T3VA 1YJWN 2ITGA 4LF6K 3SLCA 4HTUA 1XMQK 3CCVN 2UYTA 3DLEA 4CEZA 3L0QA 4B3SK 4BR5A 3W0LA 4B1ZA 1XNRK 1IBMK 2Q36A 2YNHA 4DMNA 5GAHP 3V9ZA 3VGLA 1FKPA 4JRQA 4XEIA 1JXBA 3VEVA 3VOVA 5AQSA 3O9UA 2HMIA 2Q0RA 3DLGA 3BZCA 2H3GX 3D2FB 4M3YA 4H4OA 4BWMA 4BE0A 4JKAA 3HOTA 2IIRA 4RG8A 3ZX3A 3CCSN 3VA0A 3Q7CA 3BZKA 2GWKA 3M8SA 1RTIA 2Q2RA 1NK7A 2YNIA 1YHQN 2P9NA 2ETJA 3HJFA 3CCMN 3V6DA 2BTFA 4RTFD 3R1XA 4Z4HA 4OX9K 5ADXH 1DT9A 1KVCA 1BI4A 1S3XA 5F1XA 2VWJA 1BU6O 2DFHA 1BQMA 4IJAA 1U4BA 5FROA 1HYVA 3SUOA 1HX1A 2IDOA 3L2WA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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