3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
3V9UA 1NK9A 1KTQA 3SJJA 1NK5A 4ZTFA 2FBTA 3OYIA 5CYQA 2DFFA 1QTMA 3M8RA 1ASVA 3L8BA 4CFDA 3KD5E 3AVIA 5I42A 1WSGA 4KTZA 4DLGA 3AVJA 1JLQA 3ZSWA 4ICLA 4CJEA 1WSFA 4HUEA 4F4KA 4DSKA 3QEWA 1JLCA 4BE2A 3PX6A 4DF4A 4RW8A 3VA3A 3AVCA 4CJKA 2WONA 3AA2A 4E19A 2VG5A 3NBPA 1YT3A 2KFNA 2Z1IA 4KKOA 1NK8A 2PYJA 4HCBA 1TK8A 2ZE2A 5DK5A 3TAFA 4DTRA 1JKHA 3B6PA 2VG6A 3EY1A 1LWFA 4FW2A 2XY7A 3TWHA 4FVMA 4MFBA 4J2DA 3VQBA 2QKKA 1WSIA 2G8KA 1UAXA 4N56A 4N47A 4CGFA 2ETJA 3CFOA 4KAZA 4CJ4A 3LP3A 3QETA 4FJKA 3O4NA 4CFAA 1RT7A 4DSEA 1CXQA 4PUOA 3I0SA 2X74A 2WOMA 3VQCA 4W5OA 3OY9A 1REVA 4FJ8A 4RW7A 1HYZA 3LP1A 3VQ7A 3NHGA 4DFMA 3C95A 1N6QA 4CF0A 1HQEA 4E7LA 3OYMA 1D8YA 1DLOA 3TI0A 3DRRA 3HVTA 3M8QA 4H4OA 4KHYA 3VQ6A 4CEZA 4DG1A 4EP5A 3V9ZA 4DQSA 1JLBA 3QNOA 3S3MA 5KRSA 4FJHA 3HJFA 4BWMA 1FKPA 3WNFA 4F2SA 1NK0A 1KLMA 2R7YA 1BGXT 1S6PA 4HTUA 1YTUA 3KLIA 1BIUA 1EXQA 4IKFA 2G8WA 1BI4B 1RT3A 5EU7A 1SL0A 1ZBIA 3SPZA 2D5RA 1RDAA 2Z1HA 4OGCA 4FLYA 4KTQA 2E6MA 3V6DA 2HHSA 4CESA 4E7JA 4CCHA 1GOCA 1RTIA 3HT3A 2XHBA 2HW3A 3AO5A 3DRPA 1RDCA 3P5JA 5KGWA 4B9LA 2F8SA 4LSLA 4LH5A 4E1MA 2X6NA 3O3FA 3LDSA 3AO2A 4AHCA 1EKEA 3AVGA 4ZTJA 3ZSYA 4I7FA 1T7PA 4KB1A 4M3TA 1QE1A 2YV0X 3OYJA 3CQ8A 1T8EA 4FJ9A 2F8TA 1HYSA 1JLAA 1JXBA 4BDPA 3OYEA 4DLEA 1B9DA 4BWJA 3OJUA 4CHOA 4DF8A 4CEFA 5J2MA 3SQ4A 1RT6A 1RCHA 3C94A 4M42A 1CLQA 1S1TA 4ELVA 3NF8A 3RMCA 2YNGA 3AV9A 2OA8A 2KZMA 3UIQA 1Z26A 3SNNA 1UA0A 3O4QA 1NOZA 3DOLA 4XIUA 3OYGA 4FZZA 2DFEA 3DLRA 2RPIA 5CZ2A 3S3NA 3CM6A 1BCMA 1NOYA 3LP0A 5HRRA 5JS2A 1KVAA 2YKNA 2Z1GA 3D45A 1X1PA 3ZSXA 4DQPA 1IKVA 2XO7A 1GOBA 1WSJA 1WNSA 2YNFA 1VSDA 3DMJA 1VRTA 4Z0UA 4RW6A 4QAGA 4CJ5A 1IO2A 2OPPA 3PX0A 4CHNA 3S9HA 1HNVA 3PO5A 1A5VA 2HHWA 3B6OA 4I2PA 3V9SA 4CEEA 1C0UA 3QIPA 1SL1A 2XRIA 3MAQA 3MXJA 3WNHA 1QSSA 2G8UA 4MQ3A 4J2BA 1FK9A 5CY4A 1TV6A 1J53A 3DYAA 5FROA 3HPOA 4FJLA 3L2WA 5E41A 4DSJA 3SQ1A 2Y1IA 3T19A 4OVLA 4CFCA 4QCLA 2ATQA 3TR8A 4PWDA 4C8NA 1NKEA 1NK6A 1KFDA 4PY5A 3U3YA 1TAUA 2XY6A 4KHNA 3LAMA 2RF2A 5CYMA 3WNGA 4Y1DA 1G15A 5KTQA 4DU1A 3NGYA 1Y97A 2VWKA 1EP4A 3E01A 4RW4A 3P1GA 3KK2A 3SPYA 3KTQA 4CK1A 4AHRA 3HXMA 3VQ4A 3RRHA 2XY5A 4R5PA 1RTJA 4DTNA 1NJZA 3TAGA 5HP1A 3ASMA 2XY8A 3VQ8A 2FBXA 4CGIA 2G8FA 2P5GA 1S1WA 4CFBA 4CECA 2A1SA 3BGRA 4LH4A 1XWLA 4JS4A 1UA1A 1IKWA 4OJRA 4O0IA 1Z25A 1RBRA 3QLHA 3VQEA 1O1WA 1RBVA 3ZT4A 3OS2A 4GMJB 3CFPA 3DI6A 1FXXA 3VQQA 1LAWA 4CGDA 1ZBUA 3CG7A 3K5MA 3AVBA 3NCIA 3DLBA 4DTUA 1KVBA 2YHBA 3QNNA 3OYKA 1CXUA 4KHQA 1JL2A 3QERA 2G8VA 3P83D 4IFYA 1D9FA 4F2RA 1C6VA 4CK2A 4L8RB 4M3ZA 1HRHA 4EZ9A 1JLEA 1KFSA 1I39A 1VSFA 1RBUA 3LANA 4KI6A 3FFIA 3OYAA 1BISA 4KPYA 4OPJA 1I3AA 2FC0A 1U48A 1BQMA 1RBSA 3PY8A 4FM0A 3HP9A 3LWLA 5C24A 2IC3A 2LSNA 3NH1A 3OS0A 4CJLA 3SUNA 1VSHA 2IAJA 5CZ1A 2QK9A 3OYLA 1RBTA 4CK3A 1K6YA 3NF9A 4DS4A 2Q3SA 4HUFA 2HHTA 1LV5A 1S6QA 3NF6A 4DSIA 2F96A 4N5SA 3F73A 1TKDA 2DY4A 4FK2A 1VSLA 3KLEA 4BACA 3HM9A 3QEXA 1CZ9A 3DLGA 3QINA 1SUQA 3OJSA 3ZT0A 4KO0A 5HRNA 4O0JA 3KLFA 4CHYA 1L3VA 3V1OA 4NYNA 3AVHA 4JS5A 3RR7A 1TL1A 1VSKA 3RMBA 2BANA 1IKYA 1LWEA 1VSIA 4Q5VA 3QIOA 4W5TA 1ASWA 4M45A 1L3TA 2HVIA 2I5JA 4DQRA 4ID1A 3TAMA 4IG0A 2FBVA 2IS3A 1NKBA 1X9SA 4FYDA 3HK2A 4AHUA 2ITGA 2OZMA 2OPQA 4M3RA 4DTMA 1T03A 4K8XA 4KHWA 1VK0A 2E4LA 3DOKA 2D0AA 1L3SA 1L5UA 1BCOA 4AHVA 1C1CA 4Z4FA 2HVHA 1KRPA 4FLTA 2EHGA 3SYZA 2OZSA 4FJ7A 1WAFA 1TVRA 4BE0A 2P5OA 5D3GA 3DRSA 4YFUA 2KQ2A 4CJUA 2JLEA 3OYFA 4E7HA 4DSFA 4Y1CA 4J2EA 3ZSQA 4DFPA 5HRPA 4DTSA 3K5LA 5DMRA 5HLFA 3HP6A 1WLJA 3V1QA 2KTQA 2GBZA 4O44A 4DTXA 4FJXA 2KFZA 3V4IA 3CM5A 3L2VA 3AA5X 1WSHA 1W0HA 4O4GA 2QXFA 3ZSOA 4AHSA 3KK1A 3SI6A 3IAYA 4CJ3A 2X78A 4DFKA 4ELTA 2HHQA 2X6SA 3OYNA 2PY5A 3L2UA 1S1UA 4DU3A 1ZBLA 2AJQA 4DMNA 4FLXA 1YVUA 3MEEA 2Y1JA 5KI6A 1WAJA 2DFHA 2YNHA 1MU2A 3IRXA 1LAVA 1WSEA 2HNZA 4LY7A 1JLGA 2OPSA 1KCFA 3LZIA 1U4BA 1J5OA 2OYQA 4B9UA 5I3UA 1IKXA 1RILA 1S9EA 1S9GA 1C1BA 1IH7A 1DTQA 1TGOA 1LW0A 4OLAA 3T1AA 3K5NA 3ISNC 2DTUA 5JS1A 1RDBA 1Q9XA 3AVNA 3HYFA 1D5AA 4I2QA 4OKJA 3L2QA 1GOAA 2E6LA 4F8RA 3KKRA 3F9KA 4IG3A 4CIEA 3EYZA 3QESA 3JYTA 3SQ2A 3RR8A 5FRNA 3DLKA 5KRTA 4HUGA 4CF1A 3AVAA 4Z4HA 4CF9A 4FJ5A 4M3XA 4C8OA 4FM1A 1FKOA 4CEQA 4C8KA 1SKWA 1BHLA 1T05A 2IOCA 4FJMA 3AVKA 4IBNA 4CJSA 4DTPA 1BQNA 1CZBA 4ZHRA 3K58A 3WNEA 1RT4A 3NAEA 1KLNA 1WN7A 1X9MA 4ID5A 1U04A 4FM2A 3ZCMA 1ZBFA 3TARA 4KREA 3SV3A 4OLBA 2B5JA 3V81A 1YTAA 3K59A 2IDOA 4HVJA 3TANA 3RRGA 3MXMA 3ALYA 4FJJA 2GV9A 3ZT2A 4E3SA 4NYFA 4B9MA 1TK5A 5C25A 1ZBHA 4CIFA 4FZXC 4TSXA 3NGIA 1HMVA 3ZSZA 4CJWA 2ZD1A 4KTWA 2YHAA 3VQ9A 4H4MA 1TL3A 2P51A 4I9LA 3DM2A 4C8LA 3ZSRA 1F21A 1B9FA 3SCXA 4DTJA 4PA1A 3SUOA 1L3UA 3BDPA 1KSPA 1B92A 4F3OA 4O55A 3AO3A 4CEAA 3JSMA 3KK3A 3MXIA 3KIOA 4J2AA 4JRPA 4CJFA 3L3UA 4B8AB 3PO4A 2BGGA 4FLVA 3EZ5A 4KFBA 1XHXA 3OYDA 4KHSA 2JGUA 4CHPA 1C1AA 4N41A 4Z4CA 3AA3A 4FJNA 4B3OA 1A5XA 1RT5A 4CE9A 2W42A 4LD0A 3C6TA 1RTDA 5SWMA 5C42A 3M8SA 1NKCA 3VQDA 4CJQA 3LP2A 4RG8A 4EZ6A 2QKBA 3KJVA 3ULDA 1C0TA 4EP4A 5J2NA 4FJIA 3MECA 4AH9A 3G0ZA 2KZZA 3L2RA 2OPRA 3K5OA 2HB5A 4CHZA 1HYVA 5KGXA 4BDZA 4DU4A 3RMDA 2BDPA 3DLHA 1SKSA 1NJXA 3MEDA 4B08A 3CFRA 3NE6A 3A2FA 3QEVA 2B4JA 4B9VA 2IGIA 4FW1A 4CJRA 1XI1A 3ZT3A 2P1JA 4FK0A 2GUIA 4W5RA 2HHUA 4E0DA 3LALA 3QEPA 1J54A 1RDDA 1VRUA 5T7BA 4AILC 4CGHA 3AVMA 5J1EA 2B6AA 4CJTA 1HPZA 3VN5A 4BE1A 4OKKA 3VQPA 4W5QA 3AA4A 2D0CA 5J2PA 3LWMA 4FJGA 2D0BA 4JLHA 1TAQA 4FK4A 1S5JA 4Z4IA 4DS5A 2HHVA 4LSNA 1VSMA 4H8KA 4DSLA 3U3GA 4Z4EA 1BL3A 3KKSA 4RW9A 2VWJA 1QSLA 4KI4A 3AVLA 4B9TA 3VQ5A 4CHQA 3I8DA 5J2QA 3RWUA 5HBMA 2PZSA 3NGZA 2BE2A 3VQAA 1RT1A 4BDYA 3V9XA 1SKRA 2G8IA 2YKMA 3HO1A 3L3VA 4YNQA 2FBYA 4NCGA 3KLGA 2HNDA 3V9WA 4C8MA 2EX3A 2O4GA 4OPKA 3HVRA 3HPGA 4CERA 4CGJA 4DWIA 4CEDA 1Q8IA 5SZTA 3NF7A 3KLHA 5HRSA 1TKTA 3PUFA 1Q9YA 1LW2A 1NJWA 1RTHA 3U6FA 1IG9A 3DLEA 4KV8A 4GVMA 3TAQA 1A5WA 4AHTA 4CEOA 4UQGA 2HNYA 1U45A 3K57A 3RMAA 4B8CA 4WE1A 4QOZB 3AO4A 1C0MA 1XC9A 1BIZA 1HNIA 1U47A 1JXEA 3D0PA 3OVNA 1NK7A 4E1NA 3LPTA 3QO9A 1QSYA 1XHZA 4M3YA 3HSTB 3LZJA 4DFJA 1EETA 3V1RA 4CJPA 3SQ0A 4B9NA 3G10A 1TKXA 2G8HA 4KHUA 3AO1A 1W9HA 1UWBA 4NCAA 2HHXA 4PQUA 4FLWA 2ZQBA 1U49A 4G1QA 2HMIA 4CIGA 1ASUA 1D9DA 4K8ZA 1SL2A 1N5YA 4KB0A 4W5NA 4E7IA 4CF2A 3SUPA 3O3HA 3KD1E 3NDKA 3SV4A 3TABA 4DQQA 4FZYA 4I9QA 1JL1A 1QQCA 1S1VA 3ZSVA 4KRFA 1BI4A 1QHTA 1HJRA 2Z1JA 2YNIA 2RKIA 3HPHA 4M3UA 4GW6A 1RT2A 4M41A 3S3OA 5FDLA 3C6UA 2NUBA 3HL8A 2KW4A 3OYHA 4FLZA 4DTOA 4CJVA 1JLFA 3OYBA 4B9SA 3RTVA 4M3WA 1DTTA 3K2PA 4O5BA 4CF8A 3NFAA 5HROA 1J9AA 1R0AA 4FXDA 4E89A 3OS1A 4CEBA 1X9WA 4IFVA 3QEIA 4CGGA 3TAEA 4FLUA 3SZ2A 3PX4A 1QS4A 1RNHA 3NH2A 1VSEA 1TKZA 1S1XA 3CYMA 4E7KA 1KVCA 3MEGA 3M8PA 1TK0A 4DQIA 3I0RA 2A1RA 3H08A 3AVFA 3THVA 1LWCA 5FRMA 3VA0A 4N76A 3IS9A 1NK4A 1NJYA 2VG7A 3ITHA 4IDKA 4HCCA 4Z4GA 1UOCA 4Q0BA 1ITGA 4F3TA 4JRQA 2RN2A 3LAKA 3LPUA 1EX4A 2O4IA 3IG1A 5K14A 3OYCA 3TAPA 3O3GA 1HQUA 3PV8A 4NCBA 3SUQA 3T3FA 4HHTA 4ELUA 3NH0A 4OKEA 3ZT1A 1ZYQA 2PYLA 1VSJA 1SV5A 4FCYA 4OGEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TKWA 1NK5A 3VETA 1QTMA 2UU9K 1K8AO 4BRDA 1JLQA 3VF4A 4CJEA 3MN6A 4F4KA 4CZIA 4DF4A 4RW8A 4BRHA 2RE2A 3AA2A 2Z1IA 2VGMA 5FPDA 1TK8A 4B1VA 5DK5A 3B6PA 3EY1A 2XY7A 1LWFA 3K9KA 4BC3A 4J2DA 1YHQN 3CCQN 3BZKA 2P9NB 3OTOK 4ISGA 4CGFA 2ETJA 2ASPA 3VEYA 3C0BA 2ZJQL 3THWA 4NLCA 2DPNA 1REVA 3PIOL 4FJ8A 1HYZA 3LP1A 1HQEA 4E7LA 3OYMA 3DRRA 1NGGA 2QWRA 1VQ6N 3HVTA 4H4OA 3V9ZA 3S3MA 3LM9A 1FKPA 1H1VA 2R7YA 1BGXT 1S6PA 4HTUA 3CC7N 1MDUB 1ZBIA 3T1HK 2D5RA 5MLCQ 1RDAA 2Z1HA 3VEZA 2HHSA 5GAEP 1RTIA 1BO5O 2XHBA 3QMLA 3BP8A 1NGHA 2KLAA 4AHCA 1EKEA 3CCUN 4JKGB 2F8TA 1HYSA 5BPMA 4CHOA 2W6LA 4CEFA 3H46O 4DF8A 3C94A 1S1TA 4ELVA 3BUZB 2ZJRL 3RMCA 3AV9A 2F7TA 1NOZA 5BR9A 5LY3A 1SQKA 3C7NB 4EIAA 1NOYA 3D45A 2Z1GA 2Q0RA 1GOBA 1VSDA 3DMJA 4CZMA 2QWMA 3EN9A 3PX0A 4YDUC 1HNVA 3E66A 1E3MA 3VEXA 4I2PA 5AZJB 3MMVA 1C0UA 2XRIA 3RVCA 1FK9A 3ATVA 5E41A 3T19A 2E8AA 1NM1A 4KH4A 4QCLA 3TR8A 4JI8K 5CE3A 4JKDA 4PY5A 3U3YA 1TAUA 2P9UB 5LJWA 1G15A 5KTQA 3NGYA 3SMSA 3P1GA 3KTQA 4GV3A 2HF3A 3VQ4A 4DTNA 5HP1A 2NRWA 3U4LA 2XY8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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