3T7ZA

Structure of methanocaldococcus jannaschii nop n-terminal domain
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
119
structure length
119
Chain Sequence
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Methanocaldococcus jannaschii
molecule keywords Nucleolar protein Nop 56/58
total genus 40
structure length 119
sequence length 119
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3t7zA00
3ID6A 5GIOA 5GINA 3NVMA 2NNWA 3NVKA 3PLAA 3NMUA 4BY9C 5GIPA 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IFRA 2GWKA 3VQDA 4CHNA 3E9LA 4NXMK 3A5LC 4CEOA 1VQ8N 3H3NO 2KZZA 1BL3A 5LMUK 3OYIA 3LDLA 3QICA 3F73A 5LMNK 1XQSC 3L2QA 3C7NB 4HCBA 1EKEA 2Y1IA 3ZETB 3CJ9A 5AQQA 3QDKA 4KTWA 3O1WA 3VEZA 3P39A 1RTDA 3MEEA 1XNQK 3TSPA 3VMFB 1OH8A 1NK9A 3ZT4A 3I8BA 1KTQA 2ATQA 4G1QA 3D2EA 4CIEA 1OVYA 2OPPA 1W0HA 4LF8K 5C0YA 2RKIA 2IGIA 1IV0A 4Z4IA 1NGHA 4KB0A 3NBPA 3VA0A 3L0QA 3S9HA 3AVGA 4JEPA 2WONA 1HJOA 4CEEA 2FLOA 3O3GA 3WNHA 3HPGA 4DLGA 1FXXA 4HUGA 2ITGA 4PKIA 3CCLN 5JMVA 3AVAA 3KLIA 4Y1DA 4DS4A 1X9SA 4PKGA 3Q7CA 3DLLL 1XHXA 5GIPA 4ELVA 1K8KB 3TAFA 3O9TA 1NNEA 2YNIA 2E2OA 3HYFA 2QTDA 3JAMO 2YKNA 5SWMA 3C95A 3THYB 4E7LA 4H5RA 3AAQA 4C1NK 3CCMN 2FBVA 3THWB 4L8RB 5HROA 3AVBA 1P8ZA 3CC2N 3T1AA 2D1KA 4BQZA 5AZIA 1IKXA 4M3YA 4NLCA 4JV5K 2YKMA 5LY3A 4EFHA 3KK3A 4C8MA 3SK3A 3THXB 1U48A 1A5WA 1X1PA 1UA1A 1GLEG 3SAFA 2RHKA 1NG9A 1RTJA 4CK2A 3UB5A 4CJFA 3GL1A 4CF8A 4H0YB 2AJQA 5DK5A 1L3UA 3BF3A 1HNWK 3EE9A 3WXKA 4N47A 4CGGA 2O8DA 1HRHA 3EKUA 3NGZA 5BRFA 1I39A 4IEEA 4A5BA 4DB3A 2F9WA 3BUZB 5BN8A 4WF9L 1KVBA 3CCQN 3F9KA 4CI6A 2F9TA 3VESA 2YCHA 2HBMA 5KI6A 4GKKK 3R8EA 2Z1IA 5C24A 4DTPA 3CG7A 3HM8A 2A1RA 4E1JA 1Q8IA 3OA9A 4BC4A 4EZ6A 4IXCA 5M1QA 4KRFA 5F0XA 1ASUA 2CH5A 1VQMN 4IKFA 1KSPA 3FFKB 4FJ9A 2O8FB 4DS5A 3OYMA 3LDOA 1U47A 1BCOA 1RTHA 5AQMA 1JLAA 4ELUA 1HPMA 2XY8A 4KAZA 4PY5A 3CCEN 3AA2A 2GX9A 1JCEA 1YITN 2XRIA 3ZT3A 1BO5O 3VGLA 2QWQA 4FLWA 1VQON 4DTUA 3QETA 1IKYA 3IAYA 3PIOL 3IG1A 3AA3A 3VQ9A 2JGUA 4AILC 3H1QA 1VSEA 4Q5VA 1NGJA 1CZAN 1Q7YO 4DR4K 1XC9A 3IDHA 4DQQA 4DV0K 4BDPA 1S1TA 3CCSN 3VOVA 1GLCG 4FW2A 4BRNA 2E2QA 2RN2A 4EHTA 1X9JA 3OYEA 2XY6A 1HKCA 4DV7K 2ZJPL 1BA1A 4NYNA 1HLUA 1M90O 1ITGA 4L3QA 1EP4A 5BPMA 3J80O 3EEQA 1N36K 4A5AA 4JKBA 1WBBA 4CEBA 1C0MA 1TAUA 4OVLA 3LPTA 3V6DA 4EZ9A 3RSEA 5EY4A 4UY8O 4JS5A 1NJWA 3D6RA 2QEXN 3AVKA 1L5UA 4FWQA 3KHYA 1X9WA 3HPHA 4YNQA 3NF6A 1BWFO 4OGCA 2GV9A 4Y0WA 2HNYA 1T8EA 3ATVA 2QWMA 2B6AA 1N32K 2ASOA 4IOXA 4FLYA 2IVPA 3W0LA 1NK7A 2HF3A 4ZHRA 3K5OA 4I9LA 2YHWA 4FVUA 4LSNA 3L6QA 1U49A 3HVRA 3H46O 1FJGK 1S9GA 3L2WA 1JLBA 4YDUC 3HL8A 3D2FA 1TK0A 5JVHL 4GV6A 4BWMA 1HNZK 5C42A 4DQRA 1RDBA 2VG7A 3AGRA 5AQIA 4QCLA 4CBUA 2OTLN 3EN9A 3CFOA 1HKBA 4K43A 2O4GA 3OS1A 1LAWA 1EO1A 2E1YA 2D0OA 2IOCA 4W5NA 4NCGA 3WUHA 4BC5A 4HUEA 3DLRA 5ADXA 1BCMA 3RMAA 1LOTB 2O8DB 1U2VB 2KW4A 3MDQA 1GLBG 1YTUA 4BG9A 3QIOA 4FWNA 4W5TA 2UUBK 5TKWA 1XUPO 2QWOA 1NK6A 1NK4A 2HHVA 3V9UA 1B92A 3MX2A 4EIAA 2PY5A 4BE1A 5EVZA 4OPHA 1DLOA 5H1SQ 4FWMA 4JN4A 3ZSYA 3PIPL 4DQSA 4BG8A 2XHBA 2VGMA 2PZSA 1ATRA 5GAGP 5F1XA 2V52B 3DLKA 5BPLA 3CM6A 1QTMA 3JYTA 1VQ4N 4ID1A 3DRPA 1TKZA 1XHZA 2BUPA 4W5OA 2A6AA 3CD6N 4FWLA 1T3VA 1MDUB 2G8KA 2J4RA 5HRSA 3GG4A 4M3RA 1SKSA 2FF6A 4QS8A 2JWLA 3P4IA 1DKGD 4B9TA 3A5MC 2P9UB 3LDQA 3RR8A 1ZBIA 4X62K 3K57A 3CMEN 2G8IA 3M8PA 1NM1A 5AR0A 4FWKA 2OZMA 4YOTA 3WXLA 2PYJA 3UKUB 2VWKA 5EU7A 3U9DA 4OKEA 4ILJA 3RMDA 3ZSQA 1NGFA 4BC2A 1W2BM 3KIOA 4CGDA 4M45A 4FJIA 1ZXOA 4CCHA 3CC4N 4E89A 1X3NA 1RDWX 4NO7A 4FWOA 4JI4K 2KTQA 5J2MA 1KVAA 3RSEB 1BUPA 4CJ7A 4B9MA 1BOTO 3OJSA 1IKWA 3MN6A 3BEXA 2VCPA 3VGMA 2B5JA 2P9SB 4E1MA 3LANA 4IDHA 3G4SN 1CXQA 3HZ6A 1I94K 2UUAK 2P9PB 2P9LB 3OYHA 4FJ8A 3WEEA 4ZTJA 1ZYQA 3VEWA 3SAHA 4FK2A 4FCYA 3QINA 3ZSRA 4CZLA 1N8RO 4H0OA 4CFCA 1SL1A 1RT2A 4TSXA 2A42A 3MMVA 4FJMA 4CE9A 3OYFA 2KHOA 4Y1CA 1D9DA 1KQSM 4K25A 4O0IA 4YFUA 4K8ZA 3OYDA 2F8SA 2HHXA 3LPUA 3RMCA 1B9DA 1IBKK 1C6VA 2KKZA 1HQUA 2QWPA 4AHRA 4Z4GA 4KV8A 3SPYA 3TAPA 5AQKA 3FZMA 4LFCK 3DXKB 4A61A 1YI2N 2X78A 4AH9A 3DXMA 2P9NB 2VQEK 1QVFM 3QO9A 2DPNA 4DF8A 2O4IA 3QFUA 2KFNA 3GDQA 3A0IX 2WUSA 4DR1K 1RT6A 2A40A 4DTRA 2A1SA 1R0AA 2NNWA 5KPZA 4DTSA 3QBWA 1Q18A 3TTDA 3A5NC 2GTDA 1NK5A 4M3UA 4PL7A 3I0SA 5KRTA 3TI0A 5EX5A 1QQCA 4KREA 4M3TA 4BVPA 1EQYA 2NRVA 2Q2RA 3LALA 2Z1JA 1EX4A 3MEGA 4A62A 4B9QA 1R59O 3AVJA 4CEDA 4IWVA 2FBXA 4G9ZA 4NB4A 1BI4A 2HW3A 4LFBK 3VQ6A 1VSIA 5CE3A 4DR5K 1VSDA 2QA4N 4FJLA 2DFFA 3TU5A 2WFBA 4E7HA 1KAYA 4M63C 4HTUA 2VG5A 2PFUA 4CW7B 4B9VA 4BRMA 5C12A 1D9FA 4FM2A 4FK4A 2HMIA 1VSHA 1QS4A 3O4NA 2G8UA 1VQPN 2UUCK 1V4TA 4H5VA 4FLVA 4LD0A 4KHYA 1WSHA 3AO4A 4YORA 4R79A 3K5NA 4B1ZA 3ZSVA 3DJCA 1WSGA 1HR0K 3OVNA 1XC3A 4B3TK 4CZJA 4KH4A 3KZBA 2IDOA 5IWAK 3M5RA 4WE1A 4BR4A 4KB1A 5AQUA 1T03A 5HBMA 5AQJA 3I33A 3QEVA 2NRWA 5KQ8A 2IIRA 3TANA 3OTOK 2CGJA 2HF4A 5AFUH 2WBNA 3ULEB 3WEEB 1REVA 5I42A 3KLGA 3HBTA 1RCHA 1J53A 3AVHA 3QNNA 4IDKA 4CIFA 4BROA 2ITMA 4JYAK 5GAEP 3CJ7A 3DWLA 3LWMA 1S1VA 4DR7K 1SUQA 1XI1A 4FJ5A 1JLCA 1S6PA 1WSJA 4O4GA 2F8TA 4RCHA 3VEXA 4RW8A 4N76A 3CHWA 3DOLA 2FBYA 4KPYA 2E8AA 3OYKA 4I6MB 3O4WA 1Q9XA 3ZLJA 1LCUA 3OY9A 3L2RA 5AJ3K 4OPJA 2VWJA 5M1NA 3SV3A 4CJQA 2A5XA 2FSKA 4JHDB 3QEIA 4DR2K 2YJEA 1HKGA 2HHWA 4CGJA 3LZIA 1WNSA 1NGBA 1BQMA 3SI6A 1S6QA 2QWNA 3H3OB 4DR3K 3BY5A 4DV5K 3CMAN 3S3OA 2UU9K 1VQ9N 2HSTA 4OPAA 3Q7BA 3KK1A 2A3ZA 3K5LA 1OH5A 3C6HA 1S1UA 4DMNA 3NGYA 4FOEA 3VGKA 2F96A 4DQPA 3D7EO 5DMRA 3SBGA 1NK8A 3THVA 4BRDA 3LP2A 4AQYK 4DTMA 4CK1A 4GV3A 4CGHA 1ZC6A 5AQYA 1DTTA 2O8BA 3NH0A 4CF2A 2XY5A 1T7PA 2HNZA 5AQPA 4BRQA 4DSIA 3RVCA 5FPDA 1IBLK 3MXIA 2D0BA 5AQSA 3CCUN 3RMBA 2OYQA 4BRIA 2OANA 1OVQA 3KLFA 3T1YK 1QHAA 1VQ7N 5E84A 4WFNL 1N5YA 1BI4B 1CXUA 1NKBA 3OS2A 3DYAA 3OS0A 4IFYA 2O8CA 4FWRA 1GOBA 2VQFK 1RFQA 4B3RK 2FBTA 4PHTX 3R6MA 3VQPA 1QE1A 3TABA 4ID5A 1KVCA 2QM1A 3ALYA 2WC9A 3TTCA 1F21A 1BHLA 3DI6A 3T69A 3GE1A 2UXCK 5IT9O 2HHSA 4M3XA 4J2DA 3NF8A 3SNNA 3PX6A 4J2BA 5M1PA 3O9SA 4DSKA 1BDGA 2YX6A 3T19A 3P83D 3J7AP 2HHUA 3K2PA 5DM6L 4DSJA 5HOOA 3FE1A 2QW9A 3ITHA 3IKMA 4KBOA 5JS1A 1LWEA 3ENOA 4DV2K 3JXUA 5A2QO 3HT3A 3CCJN 3MAQA 3F2KA 5HL7L 4CEAA 4C8OA 5SZTA 3R9PA 4QS7A 3K59A 4QAGA 3SCXA 1G15A 3LZJA 4J2EA 4IOCL 4CZHA 3D0PA 3PLAA 4FJNA 3HSTB 5J2PA 2OPRA 3AAPA 3T7ZA 2E4LA 2DFEA 2F7TA 4JD2B 4JS4A 1DEJA 1JLGA 2FC0A 1P90A 4XH5A 5F2RA 1NGGA 3B6OA 2BTFA 3HI0A 4DSFA 1RDDA 3VQ7A 4AHSA 3HO1A 2X74A 2E20A 3DRSA 3RRHA 5BRDA 3VERA 1NOZA 4WQ4A 4DQIA 3IUCA 4BWJA 3HSCA 3WQUA 2F4VK 3MN9A 4LH5A 3VQQA 2JLEA 4J8FA 4B3MK 2P9KA 5LJWA 3O9RA 3NH2A 3D2EB 1ILYA 4M7XA 5GADP 3VA3A 4F2RA 3QBXA 1TUYA 2IVNA 4EP5A 3VQAA 4CZGA 1RT7A 4JKAA 4BR5A 4PA1A 3L4QA 3QLHA 1T6CA 4FPBA 2G8WA 1NGCA 2ZJRL 5JLFA 4FW1A 2W6LA 4Z4CA 3VTIA 4KHPK 3NH1A 2BGGA 2VWBA 4JI0K 4DTJA 4DF4A 1EWQA 3W3DA 1GOAA 3ZSWA 3V1RA 1D4XA 2AP1A 5CYQA 3SQ4A 2E2PA 1XWLA 3MECA 3C94A 3MWPA 3T1HK 3ZX0A 1V4SA 4JRQA 3CQ8A 1JXBA 4AHCA 3O80A 3BDPA 4BRLA 4BR0A 5AQLA 3FZFA 2ASMA 1IJJA 5AQNA 1NWKA 4CJPA 4JKFA 3CETA 1NJIO 1Q82O 2PYLA 4OKJA 3EE8A 1E4GT 5FPEA 4KKOA 5FLXO 4B3OA 1KLNA 4NYFA 3KKRA 3NF7A 4JKEA 4FSVA 3O8MA 4HTLA 4DR6K 5AZIB 3SQ1A 4E0DA 1SZ2A 5D3GA 1NGDA 3K0SA 1RDUA 4H0VB 2GEMA 1WUAA 2D0CA 4HHTA 3LL3A 4MO4A 5CZ1A 4FYDA 2Q1NA 4YOUA 1S1XA 4KHSA 3HK2A 1TGOA 5M1OA 3BF1A 1Q81O 4F2SA 3FLCO 3QEPA 4DWIA 2D0PA 1UAXA 3J7YP 4KI4A 1C1BA 1RNHA 3S3NA 2BE2A 3M8QA 4IOAL 4FZZA 5C15A 4DKWA 4CFAA 1JJ2M 5FROA 4ISEA 4EP4A 4AM7A 1VRUA 1VQKN 1RT5A 1ASVA 1BIUA 3O3HA 5AQVA 3P31A 4BACA 4CK3A 3DMJA 1E3MA 4C8NA 1SV5A 3ZEUA 3O4QA 2Q36A 2Q31A 1TK5A 4H03B 3G6EN 2P51A 3BP8A 4JNEA 1YAGA 3CQXA 1N33K 3VQ4A 1TKTA 4CHPA 3NCIA 1RBRA 3HVTA 4DV3K 1KC8O 3E01A 3ENHA 1SL2A 4RW7A 2PAVA 4O55A 2YNGA 3MN5A 4M41A 3U6FA 3DM2A 2YV0X 2YNHA 3SBTA 3OYLA 4KHUA 1EWRA 4DG1A 1C0UA 4GW6A 3PY8A 5HLFA 3ENBA 1UWBA 3A5OC 3ZX2A 3L8BA 1VK0A 3AVNA 1U45A 3VQ5A 1BG3A 4KTQA 3SV4A 2YNFA 4LSLA 4ELTA 3FGUA 2FXUA 4H5TA 5AQOA 2IVOA 1X9MA 1XMQK 1MA9B 4GVEA 5EOYA 3LDPA 1BIZA 5J2NA 1D5AA 4PL8A 1HYSA 4KH6A 4WYBA 1SQKA 4RTFD 2QWLA 3P38A 4JKCA 3DLGA 4B1XB 1YTAA 4Z4HA 1WSFA 3LAKA 5AZJA 1WBDA 2P9IA 3IS9A 3SJHA 3WNFA 3NFAA 1VSMA 4FJKA 1H1VA 3CJBA 4LC9B 3TSQA 4M3WA 3SMPA 3L2UA 3PX4A 1ATNA 1DTQA 2OZSA 4K0KK 3CCRN 3E9OA 4FLUA 2O8EA 1IBMK 3C6UA 2VG6A 4QOZB 1KCFA 5AQFA 2I5JA 4LY7A 4H0TB 3HP6A 5FDLA 3O3FA 4JKHA 2VGNA 2YHAA 4RWTA 4CBXA 1GLLO 4BRPA 1IO2A 1NJXA 5GIOA 4GKJK 2A41A 4CESA 3SJJA 1NLVA 4FZYA 1HMVA 3D2FB 2HVHA 5T7BA 4B9SA 1TYQA 3ID6A 1YJ9N 1U4BA 3U9ZA 5BPNA 4A2AA 4O5FA 5FPMA 3TR8A 3CM5A 3MX5A 3QERA 4JKDA 4FOIA 2ZGYA 3OYNA 3KK2A 4M42A 1EXQA 1IKVA 3O6WA 3AY9A 3DRRA 1TL3A 5CY4A 1WLJA 2HMPA 3HOTA 3IRXA 1HJRA 1KAZA 4E7IA 4JI5K 2JWKA 3PX0A 1N34K 1ZBFA 5HRNA 1NKCA 4E19A 5JLHA 2ZWHA 3C7NA 4WFAL 2UYTA 3CXCM 4W5QA 3ZETA 3I55N 4I2PA 4KHWA 4DU4A 5HRPA 4BR2A 4LFAK 1KD1O 5AFUA 4HCCA 1WB9A 3VEYA 5E41A 3G10A 4OLAA 3A2FA 3NE6A 3TSUA 1KRPA 3NHGA 3K9JA 1EETA 1QSLA 3RRGA 1WSIA 4CFBA 3CPWM 1SL0A 3OYBA 3ULDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ID6 A;  5GIO A;  5GIN A;  3NVM A;  2NNW A;  3NVK A;  3PLA A;  3NMU A;  4BY9 C;  5GIP A;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IFR A;  2GWK A;  3VQD A;  4CHN A;  3E9L A;  4NXM K;  3A5L C;  4CEO A;  1VQ8 N;  3H3N O;  2KZZ A;  1BL3 A;  5LMU K;  3OYI A;  3LDL A;  3QIC A;  3F73 A;  5LMN K;  1XQS C;  3L2Q A;  3C7N B;  4HCB A;  1EKE A;  2Y1I A;  3ZET B;  3CJ9 A;  5AQQ A;  3QDK A;  4KTW A;  3O1W A;  3VEZ A;  3P39 A;  1RTD A;  3MEE A;  1XNQ K;  3TSP A;  3VMF B;  1OH8 A;  1NK9 A;  3ZT4 A;  3I8B A;  1KTQ A;  2ATQ A;  4G1Q A;  3D2E A;  4CIE A;  1OVY A;  2OPP A;  1W0H A;  4LF8 K;  5C0Y A;  2RKI A;  2IGI A;  1IV0 A;  4Z4I A;  1NGH A;  4KB0 A;  3NBP A;  3VA0 A;  3L0Q A;  3S9H A;  3AVG A;  4JEP A;  2WON A;  1HJO A;  4CEE A;  2FLO A;  3O3G A;  3WNH A;  3HPG A;  4DLG A;  1FXX A;  4HUG A;  2ITG A;  4PKI A;  3CCL N;  5JMV A;  3AVA A;  3KLI A;  4Y1D A;  4DS4 A;  1X9S A;  4PKG A;  3Q7C A;  3DLL L;  1XHX A;  5GIP A;  4ELV A;  1K8K B;  3TAF A;  3O9T A;  1NNE A;  2YNI A;  2E2O A;  3HYF A;  2QTD A;  3JAM O;  2YKN A;  5SWM A;  3C95 A;  3THY B;  4E7L A;  4H5R A;  3AAQ A;  4C1N K;  3CCM N;  2FBV A;  3THW B;  4L8R B;  5HRO A;  3AVB A;  1P8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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