3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
4CJTA 3DM2A 4FLTA 4CEQA 4IBNA 4CJPA 3NAEA 1KFSA 3E01A 3PO5A 3D45A 1B9FA 1N6QA 1ZBFA 3VQCA 4M42A 1KVAA 3HXMA 5KGXA 1Z26A 2QXFA 1NK7A 4W5TA 2WOMA 4OGEA 5JS2A 1UOCA 2FBXA 4CJEA 4AHUA 3OYGA 1VSFA 3LP1A 5FDLA 4FJ5A 4AHSA 1IKYA 3RRGA 4OKKA 1T7PA 3AVGA 4CHPA 1JLFA 4M3RA 4IDKA 4CGIA 3KD5E 1B9DA 1N5YA 4OLBA 1RT7A 4DSJA 3NGYA 4HUEA 4ID1A 4CJFA 3SV4A 1TKTA 4Z4EA 4W5RA 2ZQBA 3VQ6A 3VQBA 4RW4A 2Y1IA 1ZBLA 1WNSA 1RTJA 2IS3A 1UA0A 3P1GA 5DMRA 4CIFA 4YNQA 3ZSQA 3QIOA 2VG7A 4KHWA 4PUOA 4N56A 2E6LA 4FZZA 2Z1GA 1BHLA 3S3MA 4B9TA 1NK6A 4K8ZA 4DTXA 5I3UA 4DSIA 1KRPA 4J2BA 1KSPA 1LV5A 1LW0A 1ASUA 4DU4A 1SKSA 4EP5A 3AA4A 3PV8A 2KTQA 1VSMA 1TVRA 3OYEA 3QNOA 1VSIA 2IGIA 3ISNC 4DMNA 1BISA 4E19A 2VWKA 2XO7A 1U45A 4DFKA 1I3AA 3VQEA 3LWMA 4B3OA 1VSLA 2BGGA 4OVLA 4OPJA 1VSJA 4E7IA 3K5MA 4DLEA 1NJWA 1QTMA 4BDYA 1U47A 1QSSA 1C1CA 4DU1A 1XHXA 4B08A 1EXQA 3NE6A 4C8KA 2Z1JA 4KHSA 1C1AA 3MEDA 4LY7A 3K57A 3THVA 1IH7A 4KKOA 3MEEA 2NUBA 3VQ5A 4CK1A 4DF8A 3OYFA 2X74A 1RT3A 3AO3A 1XHZA 3U3GA 4RW7A 3K5OA 4GW6A 3ZT3A 4Z4CA 3MECA 1EKEA 1HPZA 1U4BA 2OYQA 1L3VA 4NYNA 3DLKA 5C24A 3I0SA 4RW6A 3I8DA 1YTUA 1TAUA 4FM1A 1T03A 4IFVA 4MQ3A 3QEXA 3NCIA 1Y97A 1NKCA 1GOAA 4FJ8A 3LP0A 5EU7A 5E41A 4ICLA 1XC9A 4CF0A 1IO2A 3TARA 5D3GA 5J1EA 1S5JA 4DTUA 3AVMA 4CHYA 3QO9A 1A5XA 3OS1A 2G8UA 4KHNA 1FKOA 1W9HA 4M3WA 1TK0A 3NHGA 2D5RA 4QCLA 3DLEA 2A1RA 2F8TA 2IOCA 4FJ9A 2XY5A 1QSLA 4FJXA 2ETJA 1Q9XA 4OKEA 3KLGA 3TAGA 2HHSA 1NOYA 2HNDA 3PX6A 3S3OA 1HNVA 4KRFA 1NKBA 2B6AA 1EX4A 4CHOA 3HM9A 4KHYA 3IS9A 4CEEA 4CFDA 4CHQA 1DLOA 1JLCA 1KFDA 4M41A 1ZBHA 4N5SA 4B9SA 3AO4A 2HMIA 1L3TA 3SQ1A 4Z4GA 4E7KA 1BL3A 3B6OA 3TR8A 1NJXA 4DSKA 1RT4A 2DFHA 3QINA 5J2PA 3KKSA 3TWHA 1Q9YA 4FZYA 4J2DA 3O3FA 4M45A 2D0CA 1ZBIA 4B8AB 3M8SA 4LH5A 4FLZA 2RF2A 4DQIA 1RBSA 4HVJA 1CXQA 2P1JA 2ITGA 3NF6A 3OYKA 3VQ8A 1VSDA 1EETA 3O4QA 3SNNA 4KB0A 5T7BA 1IKVA 2HHXA 2HVIA 2KZZA 2GBZA 1LWFA 4I9QA 4DG1A 4NCAA 4ID5A 4FW1A 2PY5A 3DRRA 4DTRA 2HW3A 3LWLA 1C6VA 2FBVA 4B9MA 2IC3A 2R7YA 2PYJA 4C8MA 4DTMA 4FJHA 4IG3A 5C25A 4FVMA 3C6TA 3KLHA 3MXIA 2YV0X 4I2PA 3OVNA 4CF1A 3LP3A 3OYBA 3SPZA 3KLEA 3OS0A 1TL1A 4FXDA 3AA2A 3NBPA 3OS2A 4C8NA 4CEBA 3QESA 4TSXA 3AVFA 3SQ4A 3ZSZA 4O4GA 3ZSWA 4CEZA 3SCXA 1D9DA 3C6UA 3CFOA 4KI6A 2P5GA 1ASWA 2XY6A 1RBRA 5I42A 3TANA 4EZ6A 3T3FA 3QEPA 3EZ5A 3RRHA 3AVBA 5KI6A 1SKRA 2PYLA 1TGOA 2OPSA 3G10A 4CJ5A 1LWEA 4L8RB 3AVKA 4C8OA 1O1WA 3NF7A 5HLFA 4CJ3A 1NK4A 1F21A 3HJFA 1TV6A 1S1WA 3V9WA 3OYAA 3RWUA 2B5JA 3AVCA 2YNFA 3OYHA 4DTNA 4AHRA 5CZ2A 3TAFA 1A5WA 2VG5A 3ZSRA 3KTQA 4CEFA 3V6DA 4M3ZA 3KLIA 4IG0A 2FBTA 2G8IA 1BCOA 4EP4A 2XY7A 3I0RA 2GUIA 2VWJA 3V9XA 3ZSOA 3DMJA 4FLVA 1S1VA 3FFIA 3K5LA 4CE9A 1BI4A 3WNGA 3DYAA 1TKZA 4RW8A 4DWIA 2G8WA 1WSIA 4KPYA 2P51A 4DFMA 1K6YA 5KRTA 1QS4A 3HO1A 1LAWA 3AVIA 1Z25A 1HNIA 2F8SA 2GV9A 1UAXA 4DLGA 3HL8A 1T05A 4CGHA 3CM5A 1BGXT 5HRRA 2RN2A 2XRIA 4H4MA 4WE1A 1LW2A 3RMBA 1X9WA 2RKIA 1FK9A 3VQ7A 4FZXC 4KO0A 4CJKA 3TI0A 4AILC 1JXEA 4OJRA 3WNHA 3O4NA 3RR7A 1RTHA 4NCBA 2G8HA 1S1XA 4LH4A 4EZ9A 2YKNA 2QKBA 1FXXA 5SWMA 3SV3A 4KTZA 5HP1A 4CIEA 3SYZA 4ELTA 1S6QA 4O5BA 3IRXA 4DQRA 3NH0A 4JRQA 1REVA 1QQCA 1U04A 2BANA 4CJ4A 3NGIA 1CZ9A 2DY4A 1VK0A 2I5JA 4N47A 1KLNA 4Q0BA 2RPIA 3C95A 4YFUA 3TAMA 2HNYA 4HUFA 1X9MA 4FJGA 3V4IA 1ASVA 2OPQA 5SZTA 1TKXA 3U3YA 3VA0A 1WSJA 1XWLA 3VQ9A 3OYMA 3SUOA 4BE2A 4BWMA 4CFBA 3OJUA 4Z4HA 2P5OA 4CJQA 1JLEA 5CYMA 4AH9A 3DOKA 4FJIA 3ALYA 1DTTA 1HQEA 4KI4A 3V9SA 3DLBA 4G1QA 4RW9A 3H08A 4ZTFA 1NK8A 3T1AA 4FJLA 2DTUA 1HYZA 5K14A 4CIGA 4OGCA 4E89A 3BGRA 1RBVA 1D8YA 3CQ8A 4IKFA 2EX3A 2QK9A 4FCYA 4CJLA 2X6SA 4CF2A 3QEIA 3ZSVA 1L3SA 2G8FA 2HHWA 1A5VA 1YTAA 4BE1A 3AVAA 1C1BA 3V1QA 4B8CA 3AVNA 1EP4A 4AHTA 1RBUA 4CESA 4BE0A 4Z4IA 1S9GA 2HNZA 3LAMA 4DTOA 1SL0A 2YNGA 1RDAA 4DS5A 5KTQA 3TAPA 3QEWA 3A2FA 3KIOA 4MFBA 1QSYA 3K59A 4W5NA 1J54A 4CGDA 3RTVA 1HYVA 1NK5A 2HHTA 1KVCA 2YHBA 1KLMA 1X1PA 4JLHA 3O3HA 3SQ0A 2LSNA 3HK2A 1HYSA 1S1UA 3V81A 3NH2A 4OKJA 4CK2A 4CK3A 1G15A 1RBTA 1S6PA 2A1SA 1SL2A 4FK0A 4CCHA 1IG9A 1S9EA 5J2QA 4KTQA 3SUQA 1NKEA 4FK2A 3V9UA 2X6NA 4DQPA 4M3YA 2DFFA 3MEGA 1VSKA 3KD1E 3AO5A 4LSNA 1SL1A 3LDSA 4FJJA 3QEVA 1TK8A 4CJRA 3QLHA 3SQ2A 1HQUA 3OYJA 3TABA 3L3VA 1BIZA 4KREA 4O0JA 1JLQA 3QIPA 4CJWA 4B9UA 3O3GA 1HRHA 5FRMA 3PX4A 3ITHA 3AV9A 2Y1JA 2FC0A 3L2UA 4DQSA 4DSLA 2AJQA 3HP6A 3AA5X 1CXUA 1JL1A 4I9LA 3OYIA 3MXMA 2PZSA 1VSHA 3RMAA 4I7FA 4QAGA 4E1MA 3KK3A 1SUQA 2XY8A 4I2QA 4DF4A 3UIQA 2HHUA 3PUFA 3V1OA 1WAJA 1JXBA 3U6FA 3S3NA 3G0ZA 4AHCA 3P83D 3AVLA 4CERA 2BDPA 1NK0A 3RR8A 3LANA 2OPRA 4LSLA 3VQPA 3OYDA 3PY8A 3F73A 1JLGA 3LP2A 4B9NA 4O55A 4CJUA 4K8XA 3NFAA 3ZT0A 3HPHA 3VN5A 4DQQA 3CG7A 1WSGA 4BDZA 1J9AA 4KTWA 5J2NA 3KLFA 3OYNA 3SUNA 4E7HA 1RDBA 1L3UA 1RTIA 3CYMA 4KFBA 3DRPA 3LZJA 3ZSYA 3VQAA 3MXJA 3RMCA 4CHNA 1YVUA 4N76A 4CGFA 2Z1HA 2YHAA 4QOZB 3L8BA 2HHVA 5CYQA 4OPKA 5HBMA 1W0HA 3CFRA 2XHBA 3AO2A 3B6PA 2KZMA 4CEOA 5C42A 1KCFA 2JLEA 4F8RA 4ELVA 2IAJA 4PWDA 1HJRA 2Z1IA 3ZT1A 3JSMA 4FYDA 3AVJA 4O0IA 2HVHA 3MAQA 3IG1A 3KK2A 1NJZA 2X78A 4ELUA 4KHUA 4DSEA 1WSFA 2ATQA 3L2VA 2Q3SA 3M8RA 1WN7A 3V9ZA 4F4KA 3AA3A 3HYFA 2O4IA 3K58A 4CEAA 2D0BA 4CF8A 3ZT4A 4HTUA 5HRSA 2OZMA 5CZ1A 4RG8A 4XIUA 3HVRA 3DOLA 1UA1A 2OZSA 3M8PA 1R0AA 3PO4A 4FK4A 1RDCA 3L2WA 2KFZA 3L3UA 3JYTA 1BQNA 5HRNA 5DK5A 4FLYA 4Q5VA 2ZD1A 1TKDA 2DFEA 5FRNA 4OLAA 1B92A 1D5AA 1QE1A 1IKXA 2OPPA 1TAQA 3CM6A 3LPTA 4FW2A 3V1RA 3ZT2A 3OY9A 4O44A 3RMDA 2OA8A 1DTQA 1ITGA 3SZ2A 1C0UA 1ZBUA 2B4JA 3VQDA 3TAEA 1TK5A 1BCMA 1I39A 4FLXA 4BWJA 3WNEA 1WLJA 3NGZA 2EHGA 1GOBA 4CFAA 1U49A 1Q8IA 3ASMA 3EYZA 4CGJA 3KKRA 3HVTA 4R5PA 1KVBA 3LPUA 4FM2A 3T19A 1UWBA 2F96A 3HP9A 3CFPA 4H8KA 4PY5A 4BACA 2QKKA 1IKWA 4CF9A 4FJ7A 4HUGA 4IFYA 5FROA 4CECA 4GVMA 3WNFA 1FKPA 4GMJB 4W5QA 1JKHA 3NH1A 2YNHA 4F2SA 4J2EA 3TAQA 4CHZA 4Z0UA 2O4GA 1KTQA 1JLBA 4KHQA 3M8QA 2JGUA 4DU3A 1C0MA 4HHTA 4CFCA 4DTPA 3SPYA 1RILA 3DLRA 4Z4FA 4E7LA 3KK1A 3ZSXA 1MU2A 1L5UA 3PX0A 1S1TA 3HT3A 1WAFA 4ZTJA 1GOCA 5J2MA 4F3OA 2E4LA 3L2QA 3LZIA 3BDPA 3AO1A 1TL3A 1U48A 4HCCA 3HPOA 4FJKA 1VRTA 3D0PA 2W42A 4J2AA 4DTSA 4E1NA 3HSTB 1CLQA 2G8KA 3ULDA 4BDPA 5HRPA 1RCHA 1WSEA 3KJVA 4E0DA 2YNIA 3VQ4A 4M3XA 1RDDA 1J5OA 1RTDA 1T8EA 2G8VA 2D0AA 3LALA 3K2PA 1VSEA 3VQQA 4CGGA 3OYLA 1BI4B 4FJNA 4FJMA 2FBYA 2IDOA 4CJVA 4FLUA 2E6MA 3AVHA 1LAVA 1HMVA 4ZHRA 4JS4A 4CEDA 4DFJA 1QHTA 4M3UA 4E7JA 1ZYQA 4FM0A 4AHVA 3DI6A 4CJSA 5CY4A 4FLWA 2HB5A 5HROA 2KQ2A 4C8LA 1CZBA 1WSHA 1J53A 1JLAA 2ZE2A 2YKMA 3L2RA 3SI6A 3NF8A 4DS4A 5KRSA 4F3TA 3EY1A 1VRUA 1NOZA 4LD0A 3QETA 3ZCMA 5JS1A 3SJJA 4JS5A 3DRSA 4H4OA 3QERA 4B9LA 1LWCA 3NDKA 3F9KA 4NCGA 2VG6A 1YT3A 3C94A 4JRPA 4B9VA 3QNNA 3HPGA 1XI1A 1JL2A 3OYCA 1D9FA 3IAYA 4N41A 4M3TA 4E3SA 2HHQA 4KB1A 4PQUA 1BQMA 1RT5A 1RT2A 2WONA 4NYFA 4DSFA 3S9HA 4PA1A 4W5OA 1NJYA 3SUPA 1C0TA 3NF9A 3OJSA 3LAKA 1X9SA 3DLHA 2KW4A 4Y1DA 4Y1CA 4F2RA 1RT1A 1SV5A 4DFPA 3K5NA 4KAZA 3VA3A 1NK9A 3P5JA 4HCBA 1BIUA 2KFNA 4DTJA 3DLGA 4KV8A 2BE2A 5KGWA 1SKWA 1RT6A 4UQGA 1RNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGFA 2W40A 1QVFM 3W3DA 3NAEA 3QBWA 1B9FA 1VQ4N 3VF2A 1VQ8N 1QQMA 4U7BA 5KGXA 1T6CA 3JS6A 1NMDA 5BRHA 3PLAA 5LY3A 4OKKA 1JLFA 4B1ZA 4IDKA 4CGIA 1XMOK 3KD5E 1RT7A 3ULEB 4CJFA 1TKTA 4FWSA 4W5RA 2ZQBA 4RW4A 2Y1IA 5BR9A 1WNSA 5CE3A 3IKMA 4JI4K 1UA0A 3P1GA 5DMRA 2GX9A 4DR7K 4KHWA 4N56A 1S3XA 3S3MA 1NK6A 5I3UA 1KRPA 1LV5A 4DU4A 1SKSA 4YHHK 3PV8A 2KTQA 2IGIA 1KAXA 2VWKA 3MN5A 3ZYYX 1I3AA 3LWMA 1NJWA 4E7IA 4ISEA 3K5MA 1OH5A 1QTMA 1C1CA 3NE6A 4YOUA 3MEDA 2QWMA 3L6QA 2HSTA 3VQ5A 1NGDA 2NUBA 3MEEA 4BR5A 3OYFA 4RW7A 3K5OA 3ZT3A 3CD6N 4AM6A 3UKUB 3UB5A 4IFVA 3NCIA 1NKCA 2UXBK 4XH4A 5EU7A 5E41A 4DV7K 4CF0A 3TARA 1VQ6N 5J1EA 3AVMA 2G8UA 5ADXA 2EWSA 1TK0A 3NHGA 3CCVN 2F8TA 2XY5A 2ETJA 4OKEA 3S3OA 1TYQA 1NKBA 2NRTA 3IS9A 4CFDA 3SMSA 1DLOA 4N5SA 4Z4GA 3SAFA 4H5VA 3TR8A 3CCJN 1NJXA 3FZFA 5F1XA 3KKSA 1Q9YA 4FZYA 3O3FA 1ZBIA 3M8SA 5GIPA 1E3MA 5EX5A 1WB9A 5ELZA 1CXQA 3I56N 2FSKA 3M1FA 3OYKA 3O4QA 4KB0A 2CH5A 2GBZA 3DLLL 2W6LA 3U8XA 1C0FA 3PSIA 5C10A 4IJAA 2P9IA 4BC3A 2PYJA 4XH1A 1K8KA 4B3SK 1E4GT 3C6TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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