3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
2ETJA 4O0IA 2X6NA 4W5TA 4CHPA 1SL1A 4CHOA 4CJWA 1S5JA 5T7BA 3HSTB 3ZT4A 3V1OA 5FDLA 1L5UA 3MXJA 3KLHA 3KLGA 4CGDA 1LV5A 2YNGA 3OYGA 4FW2A 2DFEA 4BDZA 1WSGA 3NF6A 1KFSA 3ZSOA 4BWJA 3DLEA 5FRMA 3PX0A 3NH2A 3KKSA 1VSJA 3BGRA 4W5RA 4QOZB 2HHVA 3ZT1A 2Z1IA 1EP4A 1YVUA 4FLXA 3EZ5A 3LWLA 2PZSA 3KD1E 5J2NA 2P1JA 3AVNA 4E1NA 1RT6A 4KTWA 1RDCA 1YT3A 3DMJA 3I8DA 3MEEA 3L2RA 4B9MA 3CG7A 1U45A 1GOCA 3ITHA 3SI6A 3DRRA 3TANA 1RDBA 4CGIA 4B9SA 5HRPA 1JLQA 4CK3A 4N5SA 4QAGA 3LP2A 4H4OA 4Z4CA 3C94A 4JS4A 4DTUA 1NJYA 1SUQA 4JRQA 4DTNA 3HXMA 2YNHA 3DYAA 2R7YA 3QEPA 3OYFA 5HRNA 3SJJA 3ZSYA 4YFUA 1R0AA 3QEXA 2F8TA 3RRHA 2WOMA 4NCBA 2KZMA 3AVAA 4MFBA 3KLEA 3IS9A 4O0JA 1UA1A 4FJIA 2HHUA 3QLHA 3O4NA 4GVMA 4Q5VA 3DLHA 3U3GA 3JYTA 4HHTA 1JLBA 1S1TA 4OGCA 4FLUA 2IS3A 3THVA 4I2QA 4FJGA 2Z1JA 2G8WA 1B9FA 5SWMA 1NK7A 4Z4GA 3O3GA 3T3FA 4OJRA 1NK4A 3LZIA 1RBUA 2HHTA 3V6DA 3DLRA 3CFRA 1RTHA 4OKJA 1S1VA 4KREA 2YKMA 1VRUA 4IFVA 1SKWA 1TL1A 3SPZA 4J2DA 3ALYA 3AO1A 4PQUA 4C8MA 3HO1A 5KTQA 3ISNC 4DQSA 4J2EA 1NK6A 3S3NA 2YV0X 1GOBA 3RR7A 4B9TA 4KHNA 2EX3A 4CHYA 1RTJA 3U6FA 5HBMA 1L3SA 4FYDA 4Y1CA 1I39A 3VQ8A 4FXDA 3SPYA 4BDPA 4CEBA 2HNZA 3ZSWA 4CESA 4CK1A 3PO4A 4E7JA 1J54A 2JGUA 4CF2A 1ASUA 4CEAA 4FJJA 3TABA 1ZBUA 3QERA 4OPJA 4BACA 1J9AA 3K5OA 4F4KA 1IH7A 4DQQA 2AJQA 4CJKA 1RCHA 4CFAA 4CJVA 3VQ7A 1D5AA 3K57A 3RRGA 5C24A 3V9WA 5E41A 4CJ4A 2FBVA 4CK2A 3O3HA 1BISA 3SQ1A 4FK2A 1TK5A 1NJXA 4B8AB 4DTRA 3OYNA 1Q9YA 2FBTA 3CM5A 3OYJA 3OYDA 3HK2A 1C6VA 4CEFA 3PY8A 4KHQA 1RTDA 4KHWA 4ID1A 4KHYA 1XI1A 3NH1A 3OYLA 4CF1A 4ICLA 3E01A 2Q3SA 1JL1A 3K5MA 3K58A 1TKTA 3F9KA 4CJUA 4M3RA 3K5LA 3VQEA 3KLFA 3AVCA 1U04A 3HPHA 1REVA 3CYMA 3OYCA 3NF7A 4NCGA 4FZZA 1A5XA 4FJ9A 3KJVA 3H08A 1KVCA 1TL3A 3DI6A 2HW3A 2D0CA 2Y1JA 5KRSA 1KTQA 2RPIA 2W42A 2IOCA 3MAQA 4CCHA 2FBYA 4DLEA 4DFKA 4BE0A 4OKEA 4DU3A 1QHTA 3OYMA 4CGHA 4UQGA 1IO2A 4DFMA 4DQPA 2I5JA 2G8UA 3A2FA 3QESA 2XO7A 1Y97A 4B9NA 2HHXA 1TKXA 4E7IA 1JLFA 1IKYA 1IKVA 1QE1A 1TKZA 2XHBA 5I42A 1TKDA 4LH4A 4DSEA 4C8OA 1YTUA 3F73A 1TVRA 2DFHA 1BCMA 1S1WA 3AVGA 3ZT3A 2OA8A 1DTQA 4F8RA 3PV8A 1Q8IA 1D9FA 3TI0A 3D0PA 1BIZA 4IFYA 1ZBHA 3I0RA 3NF8A 1U47A 3L2UA 1HYSA 4AHTA 1TGOA 4HUEA 2RKIA 1NKBA 4ZTFA 1QTMA 3VQ6A 1I3AA 3KK3A 3NAEA 3V9SA 1RNHA 4HUFA 3PX4A 1WSEA 3HVRA 1SKRA 1XWLA 4W5OA 4KI6A 3MXMA 4DTPA 1J53A 3M8QA 3MEDA 2LSNA 2YNIA 3VQAA 3AVKA 3OVNA 3TWHA 1J5OA 1EETA 5J2QA 1NK0A 3P83D 4HVJA 4CE9A 1TK8A 3M8RA 1KCFA 1CXQA 1QS4A 4AHSA 2DFFA 3LP0A 4CJFA 3JSMA 3L8BA 3V9UA 4J2BA 3HPOA 1C0MA 1BCOA 5SZTA 3OYBA 3EYZA 4FCYA 4FLZA 5DMRA 1SKSA 4KHUA 1KVAA 3OYEA 4DTXA 1RT5A 1RBVA 4DTOA 5KGXA 4F3OA 4K8ZA 2BGGA 2D0AA 2NUBA 3V81A 3V1RA 4E3SA 3G10A 1TAQA 3RMCA 4G1QA 3HM9A 2ZD1A 1NK5A 3TARA 4L8RB 2FC0A 3LANA 4JRPA 4AILC 4CECA 3AVBA 3AVHA 3P1GA 3ZSXA 4CFCA 2D5RA 4J2AA 2HVIA 2IAJA 1WSIA 5KI6A 1VSFA 3TAPA 1BI4A 4JLHA 5J2PA 2Z1GA 4E89A 4LSNA 1C0TA 5EU7A 3D45A 4CJLA 1UOCA 1FK9A 2E4LA 4E0DA 1QSSA 1IG9A 2VG6A 1BHLA 4DF4A 1D9DA 2A1SA 1BQMA 4O44A 3RTVA 1T03A 1GOAA 1A5WA 4RW8A 2GBZA 3O4QA 1HJRA 1W0HA 4CJPA 3QO9A 2KZZA 4ZTJA 2G8IA 3VQDA 4Y1DA 4ID5A 1YTAA 4KPYA 3V9ZA 1Q9XA 3T19A 1CXUA 4M41A 1UA0A 3SQ4A 1MU2A 3LP3A 1LAVA 3VQ9A 2HHSA 4KO0A 3ASMA 3QNNA 1A5VA 5DK5A 3TR8A 4B08A 3L3VA 3ZSQA 1EKEA 3S3OA 4E7HA 3CM6A 4DQIA 1N5YA 4W5NA 1BQNA 3KK1A 1S9GA 3OYAA 1LAWA 4PWDA 1XC9A 1RT1A 1WNSA 4CIEA 4CJTA 4YNQA 4DU4A 1RBSA 4K8XA 3LAKA 1D8YA 2YHAA 1HYVA 2QXFA 1LWCA 3AA2A 3T1AA 4CJRA 1T8EA 4CF0A 3KKRA 1KSPA 3AA4A 2OYQA 3OS0A 4FJXA 2VG7A 1NOYA 2E6MA 5HRRA 1TK0A 3G0ZA 2X6SA 4B9LA 4KHSA 2HHQA 1NKEA 3PUFA 4GW6A 1RDDA 4FJNA 4FJ8A 5FRNA 3NBPA 3UIQA 3MXIA 4CJ3A 4CEZA 4DTJA 3KK2A 1HNVA 1RILA 1ZYQA 1WSFA 4JS5A 1DLOA 1S6PA 1S9EA 4LSLA 5CZ2A 4M42A 1U48A 2XRIA 3B6OA 3IRXA 4AHCA 3NE6A 3SCXA 1B9DA 4M3ZA 5C42A 1ZBIA 4BWMA 1HNIA 3VQQA 2G8FA 1RBTA 3ZSRA 2P5GA 4IBNA 1RBRA 4Z0UA 3SQ0A 1RT4A 3LPTA 4CEOA 4OPKA 1JXBA 2YHBA 4RG8A 2O4GA 4CIGA 3OY9A 3ULDA 4FM2A 1WSJA 3DRSA 4AH9A 4CERA 3NHGA 4HCCA 4EZ6A 4I9LA 3FFIA 2BANA 3V9XA 3DLBA 1JLCA 3ZCMA 3AO5A 3C95A 4DLGA 1U4BA 4FJ7A 4M3WA 4ZHRA 2ATQA 3SV3A 1XHZA 4MQ3A 4FW1A 5FROA 5HROA 4BE1A 3RMDA 1LW0A 4DF8A 3S3MA 4F2RA 2OZMA 3QIPA 4R5PA 1ZBFA 4N76A 3SNNA 4OLAA 4DFPA 4N41A 3WNHA 4PA1A 4FLWA 4DSFA 1QSLA 3VA3A 1LWEA 4HTUA 4E19A 3WNEA 3O3FA 1RT2A 2YNFA 3OS2A 1KLNA 1ITGA 3EY1A 3LDSA 2EHGA 4M3YA 4Z4FA 2F8SA 1F21A 5HRSA 5CYMA 2XY7A 1WAJA 3AVIA 3SUOA 3QEIA 3NCIA 4LD0A 4AHUA 3ZSVA 4CJ5A 4F3TA 2XY6A 3U3YA 4AHVA 1VSMA 1C0UA 3SYZA 3QNOA 1G15A 1LWFA 1ZBLA 3KTQA 4M3XA 3I0SA 4DQRA 3PX6A 4C8KA 2DY4A 1IKWA 2P5OA 1ASVA 1BGXT 3TAFA 2FBXA 1JLAA 2ITGA 1VSEA 2YKNA 1VSIA 4RW9A 1RT3A 4CHQA 1VRTA 4DTMA 1NOZA 2HHWA 4GMJB 1X9MA 4NYNA 4FLTA 3RMAA 3DLKA 3IG1A 2BE2A 1T05A 3K2PA 1N6QA 3AO2A 3LP1A 4NYFA 3OJSA 3AVMA 3TAMA 3SQ2A 4ELTA 4LY7A 4FM0A 4M3UA 4F2SA 4EZ9A 2QKKA 2GUIA 5K14A 3HJFA 4IG3A 4DTSA 4DS5A 5JS1A 3TAQA 1L3VA 1QQCA 1VK0A 4Z4IA 1TV6A 1Z26A 4IKFA 4Z4EA 1B92A 4FLYA 3VQ4A 3HYFA 3SUQA 1QSYA 1IKXA 3CQ8A 5HP1A 1RTIA 3HVTA 3AVFA 3MECA 1SV5A 2KTQA 2JLEA 5CYQA 3RMBA 3NH0A 3V1QA 3AA3A 4FJLA 2WONA 3NGYA 1Z25A 1FKPA 3PO5A 4FLVA 2ZE2A 4KKOA 3C6UA 4DFJA 1EX4A 2G8HA 1WSHA 4FZYA 2IC3A 3LPUA 4BDYA 4KRFA 3VQCA 1X9WA 3MEGA 4H4MA 4Q0BA 4M45A 3ZSZA 2VWKA 3AVJA 4O4GA 1HMVA 3LZJA 3VQPA 2G8KA 1NJZA 1BIUA 1KRPA 2HNDA 4I2PA 3VQBA 3OYHA 1VSLA 3C6TA 2B4JA 1CZBA 2IGIA 2OPPA 2QK9A 2RF2A 1O1WA 4KTZA 2O4IA 2Y1IA 3HPGA 1KFDA 4OVLA 4HCBA 1HRHA 4B9UA 1KVBA 1C1BA 1LW2A 2F96A 3AV9A 4IG0A 4FK4A 4EP5A 3OS1A 4FM1A 4N56A 1WN7A 2DTUA 1BI4B 2PYJA 4C8NA 4M3TA 4I9QA 3NF9A 1DTTA 3AO3A 4ELVA 1S1XA 4CIFA 3NGIA 4HUGA 3P5JA 4RW7A 2KQ2A 4DG1A 3SUNA 1X1PA 4DSJA 1WAFA 1K6YA 4FZXC 1T7PA 2RN2A 4DSLA 1NKCA 1UWBA 1JLEA 4IDKA 1VSDA 3LALA 3OYIA 3NGZA 3NDKA 2X78A 1HPZA 2OPQA 5CZ1A 4B9VA 3M8SA 5KRTA 3K59A 3AVLA 2XY8A 3DLGA 4O5BA 1S1UA 2PYLA 1NK9A 3QINA 2A1RA 4CFDA 3IAYA 4DWIA 4FJHA 1VSHA 2B6AA 4QCLA 3SV4A 1WLJA 2BDPA 4DS4A 3SZ2A 4E7KA 4DU1A 3TAGA 2Z1HA 4CEEA 4CFBA 3HT3A 3DOKA 3M8PA 2KFNA 3K5NA 1CZ9A 3HP9A 3QEWA 2E6LA 3VQ5A 4CHZA 4KI4A 4O55A 5KGWA 4XIUA 5J2MA 2ZQBA 4TSXA 3VN5A 4B8CA 2XY5A 1NJWA 1JL2A 5JS2A 5I3UA 4KB0A 3WNFA 1RDAA 3AA5X 4CGJA 5J1EA 2VG5A 2D0BA 4WE1A 4OKKA 4RW4A 4CJEA 1S6QA 2P51A 1VSKA 1HQUA 2HB5A 3QIOA 4CF8A 1KLMA 3ZT0A 4KAZA 4B3OA 2KFZA 3L3UA 3OJUA 3TAEA 4DMNA 4DSIA 1JLGA 4PY5A 2OPSA 2QKBA 4Z4HA 4ELUA 4CEQA 3HL8A 4CGFA 1X9SA 3L2QA 1SL2A 1HQEA 4N47A 1JXEA 4E7LA 1U49A 3B6PA 4EP4A 1L3TA 3KD5E 1CLQA 1C1AA 5C25A 3BDPA 4KV8A 3LWMA 5D3GA 2IDOA 4PUOA 3AO4A 1RT7A 4CEDA 4CGGA 3VA0A 4DSKA 3L2WA 1C1CA 2X74A 2VWJA 1XHXA 3S9HA 1L3UA 4E1MA 4FVMA 2GV9A 4AHRA 4FJKA 1TAUA 3RR8A 1ASWA 3DRPA 3WNGA 4FJ5A 1W9HA 4CJSA 2HMIA 3ZT2A 4KB1A 3DM2A 3V4IA 2OPRA 3L2VA 3KLIA 3CFPA 2G8VA 2PY5A 3CFOA 3OYKA 4KTQA 4OLBA 5HLFA 1HYZA 3KIOA 2OZSA 1UAXA 4CHNA 4W5QA 3QEVA 4FK0A 4FJMA 3QETA 1FKOA 3RWUA 4BE2A 2HVHA 4NCAA 4CF9A 3SUPA 3DOLA 1BL3A 4LH5A 3NFAA 2KW4A 4CJQA 1EXQA 3LAMA 1SL0A 4H8KA 4OGEA 4RW6A 4C8LA 1FXXA 4I7FA 4KFBA 5CY4A 1NK8A 1JKHA 3HP6A 2HNYA 2B5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SL1A 4CHPA 4IFEA 4CJWA 2WFBA 5T7BA 3ZT4A 3V1OA 5FDLA 3MXJA 3KLGA 3QFPA 1NGGA 3LM2A 1WSGA 1KFSA 4B3TK 4BRMA 1NLVA 3VEOA 3PIOL 1VSJA 4BRQA 1YVUA 4BGAA 3EZ5A 4FL9A 5FPEA 5J2NA 2P1JA 1RT6A 4BC4A 3DMJA 4R79A 3L2RA 4B9MA 1U45A 4RWTA 3UB5A 1OH8A 4CGIA 3O4WA 3LP2A 3C94A 4JS4A 2UUBK 4DTNA 4DV5K 4X62K 3OBWA 5LMNK 5BR8K 2WOMA 4BRFA 2KZMA 4MFBA 3DLHA 2QEXN 1E4FT 1N32K 2CH6A 5HL7L 2HSTA 1M90O 2NRXA 4KH5A 5SWMA 4JI1K 3LZIA 2HHTA 1HLUA 1RTHA 3O9UA 1TL1A 3SPZA 4PQUA 4C8MA 4FWNA 4FOIA 3ISNC 1KD1O 1NK6A 1XNRK 5KQDA 5FPNA 4JKFA 3RR7A 4B9TA 4FYDA 5AQYA 2HNZA 3MN9A 4CI6A 1QQMA 1HJOA 4ILJA 5BREA 1VAZA 5F0XA 2P9LB 3MX5A 1RCHA 1D5AA 5C24A 3V9WA 5E41A 2F9TA 2FBVA 1IV0A 2HBMA 3SQ1A 4FK2A 2NRTA 1NJXA 3EE9A 3OYNA 1GLCG 3OYJA 1ATNA 4KHWA 4ID1A 2FLOA 1XI1A 2VGMA 4CF1A 4ICLA 5F1XA 3CXCM 5BPMA 3HM8A 3VQEA 3AVCA 1U04A 1K8AO 3CYMA 4WQ5A 3WQTA 3KJVA 1KVCA 2D0CA 2QWPA 2RPIA 3C0BA 4DLEA 4DU3A 1QHTA 4CGHA 4DFMA 4B9NA 3MWPA 4JK9A 3CCSN 1Y97A 2HHXA 4E7IA 4K43A 1IKYA 1TKZA 4X64K 5AQRA 4EIAA 3AVGA 4F8RA 1W97L 3VEYA 4DV7K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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