3U3GA

Structure of lc11-rnase h1 isolated from compost by metagenomic approach: insight into the structural bases for unusual enzymatic properties of sto-rnase h1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
MNKIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMDSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Activity, stability, and structure of metagenome-derived LC11-RNase H1, a homolog of Sulfolobus tokodaii RNase H1
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured organism
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 46
structure length 140
sequence length 140
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3gA00
4IBNA 3RR8A 2X6SA 1VRUA 3AA2A 3LPUA 1SL2A 3TAQA 1Z26A 1IKWA 5HP1A 4CHYA 3DLHA 4CJVA 1RT6A 1RBUA 2XRIA 5HRPA 4HHTA 3T3FA 1VSHA 2DFHA 2YHBA 1S5JA 3MEGA 1VK0A 1U48A 1TAUA 2GBZA 2X6NA 3C95A 4AHSA 4W5NA 3QNOA 3V1OA 3ASMA 3LP3A 1FKPA 4CGFA 1XWLA 5J2QA 2AJQA 4ICLA 1JLQA 4CFAA 3KLIA 4FM1A 5K14A 1U47A 3QIOA 3AVBA 4G1QA 4OKKA 3NGZA 4RW9A 3OY9A 2G8FA 1NK6A 1RBTA 1JL1A 5DK5A 4BE2A 3PY8A 4K8XA 4GVMA 4F3OA 2O4IA 3CG7A 1JXBA 1L3UA 4FJMA 1FXXA 3RRHA 3TAGA 3DLRA 4DG1A 4F4KA 4N47A 3CM5A 3DM2A 1U45A 1TL1A 3NH0A 4E1MA 5HRSA 3WNFA 1ZBIA 2A1SA 4M42A 1QS4A 3AVAA 3HXMA 4DLEA 3KLGA 4FLYA 3SUNA 3D45A 4QOZB 1TKDA 4J2BA 2Q3SA 1TK5A 2HVIA 3C94A 4Z4CA 1RDBA 2RN2A 1HQEA 3OS1A 4FLVA 1BIZA 1L3VA 3QEPA 4KTZA 1FKOA 3MEEA 3O3HA 3U6FA 4FVMA 4R5PA 2PYJA 2R7YA 3V9SA 4E7JA 1ZBUA 3TAMA 1BL3A 2KQ2A 1KRPA 4DTMA 1NKCA 1WSFA 3P5JA 3HM9A 2G8UA 4B9MA 1LWEA 3LP1A 1C1CA 1RT3A 1UAXA 4C8LA 4DWIA 3SJJA 3T19A 4RW7A 1HJRA 1VSJA 1TL3A 3LANA 4OGCA 3ZSXA 1ITGA 3OYJA 5CYMA 1NOZA 4FJLA 4H4MA 3HPGA 2RKIA 4M3RA 1LW0A 2VG6A 3QINA 4CHPA 3O3FA 5D3GA 2GV9A 2PYLA 4AHCA 3EYZA 3OYFA 4C8MA 4CFCA 4CEEA 4C8KA 3MXIA 3OYBA 1RDDA 4O55A 4CGGA 4FJNA 3NFAA 4M41A 1BISA 4O0JA 1NK5A 4E7KA 4FJHA 4CESA 1YTUA 4KREA 4CJPA 4FZYA 5KGWA 4PY5A 2ETJA 5FROA 4B9UA 1ZBLA 4CJWA 1X9SA 3AO1A 3HO1A 4JS4A 4FJ5A 4CHOA 1J53A 1S6PA 1ZYQA 4CIFA 2Z1IA 4E19A 3SUOA 1HYSA 1D9FA 2Z1JA 3AVMA 3KK3A 3ULDA 1D9DA 3L2UA 1WN7A 3ZT1A 1JLBA 2HNYA 1TKXA 4CCHA 3HP6A 3LDSA 3VA3A 4HUEA 3RMBA 4J2AA 4CE9A 2KW4A 2Y1IA 1RBRA 1IKVA 3QERA 1D5AA 4BDYA 4DFMA 4LD0A 2G8IA 4E7IA 4OLAA 2A1RA 4DSEA 3V6DA 3AVGA 1F21A 1QQCA 3DYAA 3PV8A 3UIQA 4Q5VA 1L5UA 1Z25A 4O5BA 4CFBA 4CJQA 4MQ3A 4BDZA 2QKKA 2DY4A 4M3WA 3M8RA 1KLMA 2D0BA 1BIUA 3HT3A 3NH2A 4CJKA 4DMNA 3QEIA 2PY5A 4RG8A 4ELTA 1VSDA 4DTJA 2ZQBA 2YNHA 3LWMA 1WSHA 5KI6A 3NE6A 1TVRA 4W5RA 4CIEA 3DOKA 3F73A 1C1BA 3OYNA 3D0PA 4OLBA 1RTJA 2XO7A 3K5NA 4LY7A 3NDKA 1JLAA 3I8DA 2PZSA 1RT5A 2F96A 3B6PA 1WSGA 3LALA 3ZSWA 3KD1E 1VSKA 2OZMA 1DTTA 1WSEA 4E89A 3OJSA 2P5OA 1T7PA 2O4GA 3HVTA 1CXUA 4MFBA 4FLTA 1KCFA 3SZ2A 4K8ZA 1CLQA 3KLEA 3V9WA 3O3GA 3NHGA 1JLFA 5FRMA 3QNNA 1BGXT 4KHQA 4CK2A 3KK2A 2ITGA 3ISNC 1CZ9A 2IS3A 1X9WA 3KK1A 3VQQA 3ZSZA 4DSFA 2E6LA 3QESA 3LAKA 3L8BA 4CEZA 3NAEA 4FLZA 5CZ2A 3RTVA 1XC9A 4EZ9A 1HRHA 4IG3A 3AV9A 3K2PA 3SYZA 3VA0A 3SPZA 3IS9A 5FDLA 4CHNA 4DQRA 2OPPA 3HP9A 3ZT2A 1QTMA 2D5RA 3C6TA 4DU4A 1RILA 4KHYA 4DFPA 3SQ4A 4FW1A 5C42A 4J2EA 1WNSA 4C8NA 3DLKA 3BDPA 1S1XA 4CJ5A 1XI1A 2XHBA 4RW8A 1NJYA 3RR7A 1GOAA 1S1VA 4F2SA 1JLEA 4NCGA 5J1EA 2BDPA 4Y1CA 3V1RA 3L3VA 5SWMA 3V4IA 3JSMA 4KKOA 3CM6A 4XIUA 4E7LA 4W5TA 3VN5A 4KPYA 3SI6A 1S1WA 4B8CA 3PO4A 4PUOA 2D0CA 1ASUA 4B3OA 5C25A 4JRPA 4KRFA 5CZ1A 3G10A 1U49A 4KHNA 4FJJA 4OKEA 1SV5A 4IG0A 4LSNA 4FJIA 3OYKA 1U04A 4M3UA 3K5OA 2RF2A 5FRNA 3AO4A 4CF8A 1BQMA 1QSYA 2VG7A 1NK8A 4M3TA 4KV8A 4RW6A 4CF2A 1KLNA 1FK9A 1HYZA 3SV4A 1RBSA 2Y1JA 4FK0A 4EZ6A 1B92A 1XHXA 3DOLA 1CXQA 3I0SA 4AHUA 3OS0A 2GUIA 1WLJA 2Z1GA 1O1WA 3VQEA 3LZIA 1BI4B 1NJWA 3KKRA 1UA1A 3VQCA 1KVAA 3VQ7A 1UOCA 3O4QA 3HYFA 4CF1A 3LWLA 1VRTA 2DTUA 2ZE2A 3QEVA 1KVCA 3DLEA 2F8SA 1T05A 1N6QA 4W5QA 4CGDA 3ZSOA 2EHGA 3HSTB 4FLXA 2P5GA 3OYCA 4ID1A 2G8HA 4NCBA 2EX3A 4FYDA 3K5MA 3NF7A 1DLOA 4F8RA 2IC3A 3KKSA 4LH4A 3OYGA 4PQUA 3V81A 3VQ4A 3KJVA 3C6UA 4KI6A 3S3MA 4KO0A 3VQBA 2OPSA 3E01A 2FC0A 2IAJA 2YHAA 4FM2A 1A5VA 3ZSVA 4W5OA 1NJZA 4KHUA 2HVHA 1NK9A 1S9GA 1K6YA 2YV0X 1L3TA 1A5WA 1WSIA 3HJFA 5J2PA 4Z4IA 1JKHA 4AHRA 4LH5A 5HRNA 1C0UA 4CHQA 4CK3A 3OYLA 4FLWA 3I0RA 1KTQA 3ZT4A 3DLGA 1Q8IA 5DMRA 1JLCA 3HVRA 3TAFA 3AA3A 3S3NA 2X74A 4OKJA 1TV6A 2JLEA 4DF8A 2NUBA 2Z1HA 3VQAA 3MXMA 1SKRA 3S9HA 5CY4A 1D8YA 4DFJA 4IKFA 2BANA 4AHTA 5KTQA 3LZJA 4HUFA 3TWHA 3VQ5A 3AA4A 4CHZA 4CGIA 3JYTA 1R0AA 1EXQA 4KFBA 4FK4A 2YKMA 2DFFA 1TK0A 1SL0A 3TANA 5I42A 1NOYA 2G8WA 4NCAA 3TI0A 2YNGA 3DMJA 3S3OA 3AO5A 4TSXA 1EX4A 4O0IA 1VSMA 4OJRA 4KAZA 4DTSA 2VWKA 3PX4A 3KTQA 2QKBA 2HHSA 1I39A 3KIOA 1QSSA 3SNNA 1RBVA 4NYFA 1HNVA 2YKNA 3L2WA 2HB5A 4OVLA 3SQ0A 4Z4FA 3DLBA 3IG1A 4ID5A 3SQ1A 2G8KA 4DFKA 1RT2A 1S9EA 4GW6A 4OPKA 4B9VA 3B6OA 2OZSA 2FBYA 4AILC 1X9MA 3L3UA 3IRXA 2B6AA 3TAPA 1T8EA 3K58A 2FBTA 4I7FA 4HVJA 4KB1A 4CF9A 4FK2A 4Y1DA 1TGOA 4EP4A 5HLFA 4Z4GA 2DFEA 2WOMA 1YTAA 4B9TA 4DTUA 3OYIA 4BWJA 4JS5A 5JS1A 2OPRA 3TR8A 4EP5A 3L2RA 1LAWA 4B9LA 5J2NA 3OYHA 2ZD1A 2VG5A 3V9ZA 4IFVA 1IH7A 1YT3A 5HBMA 3ZT3A 4B8AB 3G0ZA 3TABA 3RMCA 1JXEA 2YNFA 3OJUA 4KB0A 4HCBA 1W9HA 1YVUA 4M3YA 3TAEA 2QXFA 3VQPA 4H4OA 3HK2A 3PO5A 1QHTA 1KFDA 2XY7A 2KFNA 4CEDA 4CGJA 4FZZA 1J9AA 4YNQA 4UQGA 4M3ZA 2P51A 2HHUA 1IKXA 3CYMA 1LW2A 4DSJA 1J54A 5EU7A 1CZBA 2KZZA 5T7BA 1C0TA 3BGRA 1C0MA 1HMVA 3QLHA 4E7HA 4KHWA 4FM0A 3LP2A 1B9DA 5CYQA 4CEBA 4LSLA 4DTNA 4CF0A 1Q9YA 4FJ7A 3MXJA 4Z0UA 3SQ2A 3ALYA 1RT1A 4DSIA 3WNGA 1J5OA 4HTUA 3LP0A 3AVFA 4I2PA 2HHVA 4DTPA 4CIGA 1U4BA 1HYVA 2E6MA 3PX6A 4JRQA 1GOBA 3O4NA 3IAYA 1TKZA 3SPYA 4FJ8A 4FLUA 1S1UA 2HW3A 4DTRA 4RW4A 4ELVA 4DU1A 3CFOA 1KVBA 3ZSRA 4HCCA 3HPHA 4CJFA 1VSIA 2IOCA 3L2QA 3LAMA 3P1GA 3CQ8A 3PUFA 1MU2A 4PA1A 1DTQA 3AO3A 1ASWA 3FFIA 3NBPA 3NH1A 3K5LA 4ZTJA 2B5JA 1GOCA 1REVA 2IDOA 4M45A 3SUQA 2OA8A 4J2DA 2QK9A 3KD5E 1BI4A 2JGUA 2OPQA 1RTDA 2KFZA 1EP4A 3RMAA 3NF6A 3QEXA 3DRRA 4E0DA 2W42A 3KLHA 2HHXA 4CECA 4DSLA 4F3TA 1X1PA 3DRPA 4FJ9A 4CERA 4Z4EA 3MECA 3SV3A 4DQSA 3OYAA 4ZTFA 2HNDA 5HROA 1BHLA 3AO2A 3M8PA 3VQDA 4BDPA 5KRSA 4AH9A 3AVKA 5C24A 2OYQA 2HHQA 3QEWA 1RTHA 1L3SA 2G8VA 4CJ3A 3OVNA 3ZT0A 1BQNA 2P1JA 3WNEA 1WAFA 3AVNA 1C6VA 5KGXA 3OS2A 3HPOA 4DU3A 4I9QA 1ZBHA 2BE2A 1NK4A 1KFSA 4OGEA 1LV5A 1WSJA 4GMJB 1BCOA 4DS4A 3VQ9A 3SCXA 3EZ5A 4FXDA 4Z4HA 3M8QA 5HRRA 3V1QA 5SZTA 2E4LA 4CEQA 4BE1A 2FBXA 3KLFA 1W0HA 4PWDA 1S1TA 1RCHA 4DQIA 4C8OA 3V9XA 4DS5A 4FJXA 5I3UA 1TK8A 1VSFA 4YFUA 3PX0A 1SKWA 3ZSQA 4JLHA 3NF9A 4CEAA 1SUQA 4DLGA 1B9FA 3M8SA 1NKBA 4Q0BA 2RPIA 1EETA 4HUGA 2ATQA 2WONA 4FCYA 3ZCMA 3VQ6A 3CFPA 4CGHA 1RT4A 4DQQA 3CFRA 3A2FA 5KRTA 4QCLA 4CEOA 3TARA 2F8TA 4ELUA 4E1NA 1WAJA 3QIPA 2HNZA 2XY8A 1S6QA 4CEFA 3WNHA 4B9SA 3DI6A 3T1AA 1UA0A 4CJLA 4DTXA 1LWCA 3QO9A 4CJUA 4CK1A 3ITHA 1Q9XA 3NF8A 1LWFA 3AVIA 4H8KA 2LSNA 4M3XA 3NCIA 3L2VA 1RTIA 3LPTA 3MAQA 4IFYA 2BGGA 3F9KA 1NJXA 4FJGA 4KHSA 2X78A 3AVJA 3AVLA 2XY5A 4KTWA 4FZXC 1JLGA 4CJRA 4DF4A 2FBVA 2YNIA 5JS2A 1HPZA 1RDCA 1RNHA 3ZSYA 1JL2A 4IDKA 5E41A 4CJ4A 1RT7A 1QSLA 3H08A 4I2QA 2VWJA 1LAVA 3DRSA 1A5XA 1SL1A 1NK0A 4OPJA 4N5SA 3NGIA 2IGIA 3OYMA 1KSPA 3EY1A 4KTQA 4B9NA 1IKYA 3K59A 3AA5X 3QETA 3THVA 4CJEA 4DSKA 2HHWA 4BWMA 1BCMA 4O44A 4ZHRA 1HNIA 1I3AA 3HL8A 3SUPA 2I5JA 3MEDA 1TAQA 2B4JA 3AVCA 4CJTA 1QE1A 3P83D 1N5YA 3RMDA 4KI4A 1Y97A 1T03A 4DQPA 4WE1A 3U3GA 3V9UA 2HHTA 2D0AA 2HMIA 1NK7A 4DTOA 1C1AA 3K57A 3RWUA 3VQ8A 1UWBA 1XHZA 4N76A 1NKEA 4O4GA 3RRGA 1RDAA 1ASVA 4I9LA 3AVHA 3U3YA 4L8RB 4CFDA 1TKTA 4E3SA 3NGYA 1ZBFA 4B08A 4BE0A 1IG9A 4FW2A 4AHVA 3OYEA 2XY6A 4FJKA 3OYDA 1IO2A 4BACA 2KTQA 1EKEA 1HQUA 4N56A 1VSLA 4N41A 1G15A 1VSEA 4QAGA 4CJSA 1SKSA 4NYNA 4F2RA 2KZMA 5J2MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AR0A 2X6SA 1SL2A 4C8LA 1Z26A 4CHYA 5BREA 1RT6A 1RBUA 2XRIA 3K9JA 1VSHA 1TAUA 1W2BM 2GBZA 3L4QA 4AHSA 1GLJO 3ASMA 3CHWA 2O8EA 5E84A 4CFAA 4H0PA 3QIOA 3NGZA 5C2FA 1JL1A 5DK5A 2GELA 1MA9B 4BE2A 4K8XA 1HKGA 2O4IA 4FOEA 1JXBA 1WBDA 4DV3K 2GX9A 4CJ7A 4EAHD 3NH0A 2GWJA 4M63C 4QS8A 3VF2A 4FLYA 3G25A 2E2OA 1TKDA 2D0OA 3CCSN 3O3HA 1WOQA 1XC3A 4FVMA 2PYJA 2KQ2A 1NG9A 1KRPA 1WSFA 5M1QA 3LP1A 3KWIA 4JI3K 3SJJA 3D2FB 1HJRA 2ZGZA 3OYJA 1NOZA 1OH8A 4X62K 4CHPA 3QINA 2FF3B 2GV9A 4AHCA 2P9KA 3SMSA 5MLCQ 5IT9O 4C8KA 4BY9C 3OYBA 1RDDA 4CGGA 5ELZA 1BISA 4IDHA 1NK5A 3FGUA 4CESA 4KREA 5KGWA 5FROA 4B9UA 2NLXA 3HO1A 4IOXA 4CHOA 1J53A 2IVNA 4CZFA 3AVMA 3KK3A 1JLBA 1BA1A 1TKXA 2HNYA 4CCHA 3H46O 3VA3A 4DV0K 2P9PB 1IKVA 1S22A 3CETA 3CC4N 3P39A 2Q0UA 3PV8A 1L5UA 3AAQA 4IXCA 4CJQA 4BDZA 4M3WA 2D0BA 4AM6A 1BIUA 3NH2A 4CJKA 5A2QO 1VAZA 1VSDA 3BF3A 2ZQBA 4W5RA 3DOKA 3GG4A 2XO7A 1VQMN 2WUSA 3I8DA 2PZSA 1ILYA 1WSEA 4BRGA 5AFUA 1KCFA 1E4GT 2O8CA 3CXCM 1J5EK 4JK9A 1JLFA 5FRMA 2JWLA 4KHQA 4CK2A 1CZ9A 2IS3A 3KK1A 4CVNE 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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