3U3GA

Structure of lc11-rnase h1 isolated from compost by metagenomic approach: insight into the structural bases for unusual enzymatic properties of sto-rnase h1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
MNKIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMDSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Activity, stability, and structure of metagenome-derived LC11-RNase H1, a homolog of Sulfolobus tokodaii RNase H1
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured organism
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 46
structure length 140
sequence length 140
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3gA00
2IGIA 3KIOA 4FJ7A 2G8HA 2HNDA 3LPTA 3LP3A 3OY9A 3CQ8A 1SUQA 4FCYA 3LAKA 4F2RA 4MFBA 2YHAA 2LSNA 3IS9A 1C1AA 1SL2A 1UAXA 3AVLA 1TGOA 4CJLA 3HPHA 4DU4A 3CM5A 1KCFA 1RBUA 3AA2A 3VQDA 4O55A 1RTHA 2P1JA 2YV0X 4H8KA 5FROA 4CJ3A 1RILA 3RR7A 4C8KA 3HO1A 3DI6A 3KKRA 3OYCA 3LZIA 3LZJA 4EZ9A 2E6MA 3EYZA 4W5QA 1RBRA 1VK0A 3SQ0A 4CJWA 2PY5A 4DQIA 4FVMA 4OVLA 3PO4A 1J53A 2P51A 2QXFA 1HQUA 3AO4A 3DLEA 1G15A 1HMVA 1QQCA 1IO2A 3TAFA 4ZHRA 1LW0A 4LSNA 2OPSA 2I5JA 1RDAA 3B6OA 1S9GA 3M8QA 3NF8A 1RDCA 3QIOA 5C25A 4OPKA 3NGIA 2R7YA 4RW6A 3NCIA 2HNZA 2HVIA 4Q5VA 1A5VA 2YNFA 4DFMA 1VRTA 2PYJA 3VQAA 3OYLA 3ZSXA 2FBXA 3C6UA 1RTJA 2GBZA 4NYFA 4RG8A 1YTAA 4CEOA 5HLFA 4FLUA 3BDPA 3C95A 1BIZA 3OYBA 3M8RA 3JYTA 2D0AA 2GV9A 2VG6A 2XY6A 1KLMA 2OYQA 4KB1A 3H08A 4DSEA 3V81A 3KLGA 4FJKA 4OLBA 1EETA 4M3RA 3SI6A 2HB5A 4AHTA 3QETA 1VSLA 3WNHA 4FK0A 2Y1JA 4FK4A 2VG7A 4BACA 3RR8A 1GOAA 4EZ6A 1JL1A 3S3OA 2Z1HA 4B9NA 3DRPA 3ZSRA 1NK0A 3DLGA 3HSTB 3O4NA 5J2NA 1IG9A 1X1PA 4CEBA 4IBNA 1C1CA 3PX6A 1B92A 4J2EA 2G8KA 4JRQA 3NH0A 2PYLA 3ZSOA 1U49A 3SUQA 1BI4B 2YNGA 1VSMA 1JLBA 3AVIA 1ITGA 3AVCA 4O0IA 1HYVA 3ZT0A 1KSPA 5JS2A 4FLWA 3ZSYA 1JXBA 1I39A 1RNHA 4DFPA 1YVUA 2YKMA 4B8CA 3OYMA 1JLEA 1EP4A 2HW3A 4KFBA 3SUPA 4CF0A 2Q3SA 4AHSA 4EP4A 4BE2A 4FJHA 2FBTA 3AO1A 3RRGA 2F8TA 4DTNA 1FXXA 1ASWA 2OZSA 1D5AA 1XI1A 3KLHA 1UA1A 1JLFA 4Q0BA 1LAVA 3V1QA 4E7HA 1NJZA 2OZMA 1HJRA 3LANA 4LH5A 4ICLA 4CJRA 4N56A 1SV5A 3SUNA 3THVA 2P5OA 4I7FA 2KFNA 3KLEA 3SPZA 4Z0UA 1RT6A 4OGEA 3ZT3A 3PX4A 4CJSA 3SYZA 3P83D 1L3SA 3L3UA 4B9VA 3G0ZA 3ASMA 4FK2A 1S1TA 2PZSA 1XHZA 1BIUA 3ZSQA 3HVTA 1BI4A 4ZTJA 2DFEA 4CF8A 3ZSZA 2ZE2A 3HM9A 4K8ZA 3VA0A 1MU2A 3NAEA 1CLQA 2EHGA 3OJSA 3KK1A 1JXEA 4CIGA 4B9MA 5HROA 3I0RA 2JLEA 3MAQA 4FJ9A 4AHVA 1QS4A 1RDDA 1RCHA 3SCXA 3PO5A 3ZT1A 3K58A 3LWMA 3OYAA 5DMRA 1CXQA 1R0AA 4B9SA 1S6QA 4DQSA 4H4OA 3PV8A 2KZMA 1ZBHA 4ELUA 1X9WA 4AHRA 4CJVA 1J54A 4AHUA 4IKFA 4E3SA 1WAFA 1U4BA 4CE9A 3U3GA 1FKPA 1UWBA 3SV3A 3HP6A 4CJFA 4N47A 3A2FA 3QEPA 1YTUA 1KVCA 1DLOA 4KO0A 2HMIA 4CGFA 3HP9A 3AO2A 4PWDA 4KB0A 3NF6A 4DTSA 3QERA 3AVJA 1JKHA 2B6AA 3VA3A 1FK9A 3OYGA 1T8EA 4I9QA 1TAUA 1VSIA 1X9MA 4OJRA 1JLQA 3V9UA 4CEAA 4ELTA 1SL0A 3K2PA 4KTZA 5CYQA 5CZ2A 1WSIA 3KD5E 1L5UA 3TABA 4DTRA 3QEVA 4DG1A 4DTXA 1EXQA 2O4IA 3SV4A 4DSLA 1JLAA 1RT1A 3VQ7A 3AVFA 4M3YA 1FKOA 2G8VA 4RW7A 4DTJA 3LALA 3VQ8A 2O4GA 4DMNA 3MXIA 4N41A 4CGHA 1RT5A 3AV9A 3OVNA 3F73A 2DFHA 1C0TA 1VSJA 3AA3A 3LAMA 3JSMA 3LP1A 1NKEA 3DM2A 3VQ5A 4FZXC 4QCLA 1NJWA 4LSLA 3C94A 4DU3A 4BE0A 4KRFA 4DWIA 1WLJA 4KHYA 4N76A 4DF8A 3S3NA 4W5OA 2G8WA 4RW8A 2HHUA 4G1QA 4AILC 1GOBA 1RT4A 2Z1JA 4CJ5A 3TAEA 1A5WA 4O4GA 3T19A 4CJTA 4JLHA 1U48A 2X74A 2IDOA 1WN7A 2XO7A 3HT3A 3MXJA 4IFYA 3M8SA 4J2AA 3IG1A 3V9WA 2OA8A 3L2QA 2Z1GA 3ITHA 3VQ6A 4CFCA 2HHVA 1XC9A 2HHWA 3KKSA 2FC0A 4CESA 2RKIA 2RN2A 3SJJA 5SWMA 1NK7A 1B9DA 1HRHA 1WAJA 3AO3A 4CJEA 5KGWA 2YHBA 4YNQA 1TK8A 3EZ5A 4PQUA 4I2QA 4F8RA 4M3XA 4KV8A 3MEDA 2D0CA 4CHOA 3VQ4A 2KFZA 2ATQA 5KRTA 4OKJA 4DLEA 4CCHA 1NJYA 4C8LA 3NH2A 3NH1A 4H4MA 3OS0A 1N5YA 4HTUA 4ID5A 4I9LA 3OJUA 1WSEA 4IFVA 4HUEA 2ZD1A 2E4LA 3AA5X 4DS4A 3QLHA 3QNNA 2A1RA 2BDPA 4M3WA 1HYZA 4KTWA 5SZTA 3OYKA 2OPQA 1IKYA 3ULDA 1GOCA 4FM0A 3WNFA 3IAYA 1VSDA 5KRSA 1Q9XA 1TV6A 4B08A 1HNVA 3HVRA 2OPRA 3TANA 4FZYA 2IS3A 1RT2A 4QAGA 5I42A 3NFAA 3I8DA 1F21A 1K6YA 4O44A 4FZZA 3B6PA 3S3MA 4M45A 4CJPA 4ID1A 1ZBUA 4BWJA 4FJJA 5HRNA 1VSHA 2DFFA 3AVKA 3SUOA 4FJXA 1LWEA 1N6QA 4WE1A 3NGZA 4CEDA 1S1VA 4CHYA 3KJVA 4O5BA 3VQCA 4CHNA 4E89A 4HHTA 3PY8A 2HHQA 2YNIA 1S5JA 4Z4HA 4R5PA 4DQQA 4KI4A 2HHTA 4AH9A 3SPYA 1NKBA 4W5NA 4KHQA 1L3TA 1DTQA 4DTOA 4AHCA 1T05A 4CIFA 4Y1CA 3VQPA 2VWJA 4BDPA 5K14A 1RBSA 4NCAA 4B3OA 3RMBA 3QEXA 4LD0A 2KTQA 3UIQA 4JS5A 3L2WA 3V6DA 4FW1A 1JLCA 1VSEA 4CIEA 1NJXA 1KTQA 3K57A 1Y97A 3G10A 1HQEA 2KQ2A 1TAQA 4CJQA 4E7LA 4NCGA 4CEEA 3M8PA 3T1AA 4XIUA 1RDBA 3K5MA 1EKEA 3NBPA 4CECA 1T03A 1RT3A 1QSLA 1QSSA 4OPJA 2VG5A 1WSHA 4FJIA 5T7BA 2XY5A 1J5OA 1IKXA 4FLZA 4Z4FA 4LY7A 2ZQBA 3CFRA 4M3ZA 4DTPA 1RTIA 3ISNC 3QO9A 1C1BA 3K5LA 3QINA 3V9XA 3C6TA 4KHSA 2FBYA 4C8MA 3QNOA 3TAQA 4KAZA 1S1XA 1C6VA 1LW2A 1W0HA 3V9SA 1SKSA 4Z4IA 1U47A 4CGIA 1LAWA 4DFJA 1KVAA 3OYFA 4DF4A 5HP1A 3TI0A 1WSGA 1RT7A 4E1NA 4CGDA 5CY4A 3KK2A 3IRXA 4HUGA 4DTMA 3SQ4A 5JS1A 5J2PA 4DQPA 5HRPA 3NHGA 3PUFA 3F9KA 3SQ1A 4E19A 3OYHA 1X9SA 1KRPA 3RRHA 1BHLA 3V1RA 3U6FA 4FM2A 1NK5A 3K59A 2ETJA 2FBVA 2JGUA 3KK3A 3HYFA 3D45A 3L2UA 2W42A 4DSFA 4M3UA 3MEGA 4QOZB 3S9HA 3MEEA 3AVNA 3VQQA 4F4KA 4PA1A 2D5RA 1WSFA 4HVJA 1TK5A 4CFBA 2HHSA 4DTUA 2XY7A 1Z25A 4C8NA 5KTQA 3TAPA 4DSJA 1JLGA 3V4IA 3HJFA 3NF9A 3KTQA 3AVBA 3LPUA 1RBVA 3CYMA 3ZSWA 1WNSA 5J2MA 2KW4A 5J1EA 3OYNA 2RPIA 4J2DA 5FRMA 1U45A 4CFDA 4FLXA 4F2SA 2NUBA 1KFDA 1C0MA 2Z1IA 3HPGA 1ASUA 3O3FA 1D9FA 3OYJA 2QKBA 1HYSA 4CEFA 3D0PA 1QSYA 1UOCA 4PY5A 4E7JA 1Q8IA 4RW4A 4BDZA 2B5JA 4CHQA 3K5NA 1NK6A 4B9UA 3I0SA 2WONA 4FJMA 4KREA 1S1WA 3DLBA 3DMJA 4F3TA 3CFPA 1S6PA 2XHBA 1TKDA 2ITGA 1IH7A 4N5SA 3RTVA 1CXUA 4I2PA 4Y1DA 3CM6A 1HNIA 3QESA 4FJGA 2BE2A 3DLRA 3MXMA 3ZSVA 1SKWA 1D8YA 4KHNA 1REVA 1TKZA 1DTTA 2XY8A 3O3HA 3L8BA 2A1SA 4Z4CA 4W5TA 3WNGA 4Z4EA 5J2QA 4FW2A 2RF2A 1VSKA 4CGGA 3LP2A 4KHUA 4HCCA 5DK5A 1TKXA 3AVMA 4FLTA 1SKRA 4W5RA 4OKEA 1NOZA 4JRPA 4CEZA 4B9TA 2KZZA 4RW9A 2HVHA 3E01A 2IAJA 3NF7A 1QTMA 1T7PA 3RWUA 1TKTA 4IG0A 3L3VA 5EU7A 4FLVA 4ZTFA 4KTQA 2AJQA 3DYAA 4DS5A 1A5XA 1BCMA 2BANA 3RMCA 3HL8A 4CJ4A 3DOLA 1TL3A 1L3VA 3P5JA 1QHTA 3DRSA 1NK9A 1D9DA 4IDKA 1RTDA 4BDYA 4HUFA 3BGRA 4FYDA 2X6SA 1LWCA 3HPOA 3RMAA 1VSFA 3TWHA 2WOMA 4DSIA 2G8IA 2YNHA 3RMDA 3AA4A 4LH4A 2Y1IA 1VRUA 4C8OA 4OKKA 1NKCA 3VQBA 1QE1A 4L8RB 4GW6A 3WNEA 1TVRA 4CHPA 4DSKA 1YT3A 4KHWA 5D3GA 2OPPA 1ZBFA 3U3YA 5FRNA 5KI6A 4DU1A 4Z4GA 3KLFA 1Z26A 3ZCMA 4CF1A 1RBTA 1S9EA 4CEQA 3NGYA 4BWMA 3PX0A 3LP0A 4E7IA 1BL3A 5C42A 2X78A 3O3GA 3K5OA 5HRSA 3OS1A 4UQGA 2B4JA 1ZYQA 1ASVA 2YKNA 3QEIA 4CJUA 2G8FA 1ZBLA 4OLAA 3TAMA 4FJLA 1BQMA 1CZBA 1J9AA 4IG3A 2F96A 3TAGA 4K8XA 4CK2A 4YFUA 3DRRA 4FM1A 3SNNA 2EX3A 4B8AB 2P5GA 4KI6A 1IKWA 3VQEA 4CK1A 3DLKA 3FFIA 3T3FA 1HPZA 1TK0A 2G8UA 1NK4A 1S1UA 1O1WA 5CYMA 4CJKA 1B9FA 1BQNA 3ALYA 4GVMA 3TARA 4J2BA 3NDKA 5KGXA 1EX4A 4FJ5A 2HHXA 4EP5A 3VQ9A 4DQRA 4CK3A 2VWKA 2GUIA 2BGGA 2E6LA 4KPYA 2QKKA 4F3OA 2X6NA 3KD1E 4FJ8A 5E41A 3O4QA 4M42A 1KVBA 2D0BA 1JL2A 3VN5A 3MECA 3OYEA 3SZ2A 4DFKA 4OGCA 5CZ1A 3TR8A 1CZ9A 3OYIA 1LWFA 2DTUA 1W9HA 4MQ3A 4JS4A 3AO5A 3CG7A 3LDSA 1KLNA 5HRRA 4E1MA 3L2VA 4FXDA 4FJNA 1BGXT 3SQ2A 3ZT4A 4BE1A 3HXMA 5C24A 4PUOA 1NK8A 1ZBIA 3KLIA 3DOKA 5I3UA 3P1GA 1XWLA 4CERA 4B9LA 4CHZA 1BISA 1WSJA 1BCOA 1TL1A 2XRIA 4O0JA 2HNYA 4DLGA 1NOYA 3CFOA 1KFSA 3HK2A 4CF2A 4M3TA 3AVAA 4CFAA 2QK9A 3LWLA 1I3AA 1L3UA 1C0UA 3V9ZA 4E0DA 3AVHA 4KKOA 4FLYA 4E7KA 1XHXA 4TSXA 4NYNA 1U04A 5HBMA 1SL1A 3V1OA 3ZT2A 1Q9YA 4CF9A 3L2RA 4ELVA 3QEWA 3AVGA 1LV5A 4CGJA 2DY4A 3EY1A 4M41A 3DLHA 3OYDA 2F8SA 2IOCA 1IKVA 4HCBA 5FDLA 2IC3A 4NCBA 3QIPA 1UA0A 3NE6A 3OS2A 4GMJB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IGIA 3KIOA 4FJ7A 2G8HA 3OY9A 3LAKA 4JNEA 2YHAA 3IS9A 2ZJQL 1TGOA 4CZKA 4M63C 1ZC6A 4CJLA 3JAMO 1T3VA 1RBUA 3VQDA 4YOXA 4H8KA 5FROA 3RR7A 3LZJA 3LZIA 4CJWA 2O8FB 2FF3B 3H45C 2P51A 3KZBA 1QQCA 3TAFA 4ZHRA 3W0LA 3MN5A 3B6OA 3NGIA 1S9GA 3NF8A 2F9TA 1IBKK 1A5VA 4AQYK 2E2NA 3VQAA 4JKBA 2FBXA 3C6UA 4RG8A 5H1SQ 1KD1O 4JI6K 1BIZA 4H03B 2D0AA 3VENA 2XY6A 4KB1A 1KLMA 3WQUA 3H08A 3LL3A 3V81A 4AHTA 5AQRA 4FWKA 4FK0A 2Q0RA 4K42A 2VG7A 4FK4A 1RGIA 4BACA 4EZ6A 2IIRA 3ZSRA 1HNXK 4IBNA 5LMUK 4DB3A 5AQZA 1C0FA 4O5FA 1NGFA 3SUQA 3FGUA 4LF9K 2QWQA 3JXUA 4FLWA 5IT9O 2YKMA 3EEQA 1JLEA 1NG9A 1N34K 4BROA 4EP4A 5HL7L 3CC7N 3ATVA 4XH5A 1JLFA 4ILHA 1LAVA 4E7HA 4LH5A 4ICLA 4I7FA 4LF5K 3PX4A 4KBOA 4CJSA 1L3SA 1ILYA 2PZSA 1XHZA 4YDUC 5AQQA 5TKWA 3CERA 3NAEA 3KK1A 4A62A 3O9TA 1J6ZA 3EN9A 1RCHA 5AQYA 2P9NB 1VQLN 1R0AA 1S6QA 4DQSA 1ZBHA 1X9WA 4EHTA 1WAFA 3U3GA 1GLEG 4CJFA 4AM7A 2P9UA 3A2FA 2HBKA 4CW7B 1KVCA 1DLOA 3E9PA 3HP9A 4Z94A 4LF8K 4BC5A 3QERA 3QICA 3AGKA 4CBWA 5HOOA 1QQOA 1TAUA 1X9MA 1QZ5A 1SL0A 5LJVA 2FLOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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