3ULDA

High resolution structure of dna/rna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N
rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uldA00
2KQ2A 4CF8A 1JL1A 2RF2A 3OYIA 1X9SA 1ZBHA 4FZXC 3F9KA 4ID5A 3OJSA 1FKPA 2Z1JA 1BHLA 1U4BA 1Q8IA 4DTPA 3VQCA 1SL2A 2ETJA 3JYTA 4DTXA 1HNVA 3PX6A 1XC9A 4XIUA 2Z1HA 3LDSA 1VSHA 3DLKA 4CGHA 3NH1A 4CJ5A 2G8WA 3I0SA 4FJMA 4KHQA 4CJEA 3VQ5A 1ZBLA 1RNHA 2D0CA 4O55A 1D8YA 4M3YA 2B6AA 1RILA 3AO5A 4BE1A 4RW4A 1KVAA 4CEFA 1BIUA 3CG7A 4I2QA 5KRTA 4RW6A 4CEOA 4KAZA 1C0TA 4CESA 3K2PA 3D45A 3HVTA 4DLEA 3V9WA 3NF7A 5T7BA 4OPJA 1VRUA 2P5OA 2DY4A 3FFIA 4MQ3A 3MXIA 4ELUA 4LSNA 4FZYA 1CZ9A 3DMJA 3AVHA 3ZT2A 1KVBA 3PX0A 3I0RA 3SJJA 3LPUA 1NKEA 4AH9A 4E0DA 1FK9A 4E7HA 4DU4A 4E1MA 4CJQA 4JS4A 3I8DA 3ZSRA 4HTUA 5J2PA 1HJRA 1X1PA 3K5MA 4MFBA 3TAEA 3ASMA 1NK7A 4KREA 3QETA 3RMAA 1JLAA 3ZT1A 3QEPA 3DLHA 1HNIA 3HVRA 1YTUA 1QHTA 4IDKA 1IKWA 1U47A 3QEXA 1S1VA 4EZ9A 1IKVA 1LV5A 1NJZA 4DWIA 1JLCA 4DFPA 1RT5A 1JLBA 3QESA 4DSLA 1TGOA 4GVMA 2G8IA 1SL1A 3MEGA 3IS9A 3MXJA 3LWLA 1TAUA 3OYJA 4KTZA 1GOBA 3SI6A 4J2DA 4I7FA 3O4QA 3OY9A 1J54A 4CGFA 4JRPA 3ULDA 1NKCA 4CERA 1NK0A 2F96A 1CXQA 4AILC 4BDPA 3P1GA 1Z25A 4OKKA 1NKBA 3VA3A 1A5XA 4DTUA 3OS2A 1F21A 4IG3A 4HHTA 2PY5A 2HVHA 1S1TA 4CFAA 4FLYA 2DFFA 4O0JA 2P5GA 1VSLA 1K6YA 1WSEA 3LAMA 4CGGA 3HM9A 3NH0A 3CFPA 4DTOA 1NOZA 1GOCA 4DQIA 3SCXA 1HYVA 1C1AA 2IGIA 4I2PA 4NCGA 3NDKA 2KTQA 4OJRA 3UIQA 4DU3A 1JLFA 4OLBA 1KTQA 1BL3A 1RT4A 3DYAA 1NJWA 2IAJA 3JSMA 1TK5A 1HYZA 1RT6A 3L2VA 1HMVA 3AVKA 3QIOA 4CE9A 4KKOA 4FJIA 3WNGA 4CK2A 3LAKA 4LH4A 4FW2A 5J2QA 3SQ4A 4FJ8A 1NK4A 3U3YA 4B9LA 3DLBA 3NF9A 3HJFA 4CFBA 2HNZA 4Z4GA 3CQ8A 5HRPA 3T3FA 3SUQA 2WOMA 4CGIA 4Z4HA 4KHUA 4PY5A 1Q9YA 3S3OA 3G10A 1J5OA 4E7KA 4Z4IA 1DTTA 1VSDA 4Q5VA 3KD5E 3AVGA 1J53A 3ZCMA 4AHCA 1C1BA 4CEDA 2WONA 3VQPA 4GW6A 1KCFA 3DOKA 3MEDA 4CJ3A 2Y1IA 1VSKA 1R0AA 4F8RA 4BE0A 2G8KA 2GUIA 1U48A 2ZQBA 1LW0A 1B9FA 1JLEA 4CK3A 4CGDA 1KRPA 2BDPA 4F2SA 3RTVA 1TV6A 4F2RA 5J2NA 3MXMA 1LAVA 1ZYQA 4B9VA 4F4KA 4M3ZA 3LP3A 2LSNA 4DF8A 1W0HA 4CJ4A 1REVA 4K8ZA 2YKMA 1CZBA 3AVNA 3VA0A 3QNNA 3V6DA 1VK0A 4IFYA 1U45A 4DQRA 1QQCA 3IG1A 5I42A 4NCBA 3AVJA 4HCCA 4CJKA 2F8SA 2OPRA 2JGUA 4ELVA 3LANA 4B9NA 3LP2A 3L8BA 1S5JA 4FM0A 2VG6A 3NH2A 4DTRA 3TANA 3VQQA 2OZSA 4F3TA 4CJLA 2Q3SA 3O3FA 3AVIA 4M3XA 4DF4A 4PQUA 4Y1CA 3V1OA 4OGEA 1EKEA 3CFOA 3OYLA 1YTAA 2X6NA 1EP4A 1KFDA 3L2RA 3SUOA 2EHGA 1C1CA 4CHOA 1RCHA 2AJQA 4DSIA 2XY5A 4DFMA 3DRRA 1D9FA 4BE2A 4J2EA 2XY8A 1UAXA 4M3RA 1U49A 2ITGA 2VG5A 3KKSA 4RW7A 4FK4A 4W5NA 2E6LA 1SKSA 3OYMA 3AVFA 3SQ0A 4OVLA 1JXEA 5EU7A 4OLAA 3KLFA 2XO7A 3U3GA 4CJVA 2E6MA 4BDZA 2IC3A 1WLJA 4GMJB 1WSGA 1HRHA 3L2UA 1KFSA 5CYQA 2Y1JA 4FJHA 1J9AA 1NK6A 4DFKA 4EP5A 4M41A 3QEVA 3SUPA 3C94A 4ELTA 4BACA 3B6OA 5HRSA 2Z1IA 3TAFA 1WNSA 3OYDA 2XY7A 3C6UA 4E3SA 4O5BA 2QXFA 3L2QA 1T8EA 4FLTA 4FW1A 3OYHA 1LWFA 3ZSQA 4CHNA 4CGJA 2OPPA 3DRSA 3V4IA 4Q0BA 3TABA 2HHVA 4AHRA 1VRTA 4CEZA 2EX3A 1T7PA 4CFDA 5FDLA 4CHQA 2HB5A 1ASVA 1BI4A 2P51A 1YT3A 3CYMA 4CECA 1RBRA 4KHNA 3A2FA 1DLOA 1TKTA 2A1SA 1BQMA 1RBVA 1L5UA 1U04A 3AA5X 3QEWA 3AV9A 4H4OA 4IG0A 3NAEA 2YKNA 3S3NA 4FJ5A 1SUQA 3M8QA 1NJYA 4I9QA 2QKKA 3E01A 1JKHA 5HLFA 3OJUA 4O4GA 4M42A 2QK9A 1Y97A 4CJUA 5KI6A 2KZZA 2ZE2A 3LALA 2HHQA 1CXUA 1VSIA 4FYDA 2PZSA 1L3TA 4O0IA 1C0MA 4CF1A 3L3UA 3VQEA 1RTHA 1S9EA 3LP0A 1RDDA 3AO1A 4BWJA 3AVBA 3BDPA 4KI6A 4JLHA 4FM2A 1VSFA 4DQQA 2A1RA 1ITGA 3QLHA 5JS2A 4YNQA 3NGIA 3K59A 2OPQA 3LWMA 4DQPA 1LAWA 2QKBA 3VQAA 1A5WA 1JLGA 1VSEA 3K5OA 1JL2A 3SV4A 4W5TA 4K8XA 3PO4A 3ZT3A 2YNGA 4E7LA 2HMIA 3VQBA 2DTUA 4CF0A 3PUFA 2HVIA 2VWKA 4QAGA 2O4GA 4CJRA 3WNEA 5HBMA 3NHGA 1TL3A 1TL1A 4OGCA 1UWBA 3TAPA 1QE1A 4C8KA 3RRHA 1RTJA 3NF6A 1S9GA 2HNYA 3AA4A 4DMNA 2DFEA 1RDBA 4RW9A 3KLIA 2D0BA 4WE1A 3ZT0A 4E7IA 1WSJA 3THVA 3OVNA 5J2MA 2F8TA 4NYFA 3EY1A 4HVJA 2YNIA 1UA1A 3L3VA 4FK2A 1B9DA 1ZBUA 3WNHA 2I5JA 3DLRA 4CHPA 2XHBA 4DTNA 2IDOA 4CK1A 3TARA 4DU1A 3F73A 2D0AA 3D0PA 4FJKA 1S1XA 4H4MA 1RBUA 3K5NA 3SYZA 3RR7A 3VQ4A 4CFCA 5CY4A 3HL8A 3TAGA 2KFNA 3SQ2A 3B6PA 2JLEA 1QSYA 4AHSA 3CM6A 1Q9XA 1RT2A 1RT3A 1TKXA 1UOCA 5FROA 4DTMA 4CJTA 4DSKA 3RR8A 4CEBA 4DSEA 3IAYA 2YNHA 3DLEA 3AVCA 4CJWA 3HP6A 3MECA 2GV9A 5KRSA 2GBZA 3NE6A 1KLNA 2D5RA 4E89A 2PYLA 4W5RA 4FLXA 4NYNA 2HNDA 4KV8A 1ASWA 4NCAA 4CJSA 3HPGA 3KK1A 4RG8A 3PO5A 3V9UA 1NK5A 1T05A 5HROA 3PX4A 2YHBA 1S1WA 3HO1A 4CF9A 4DG1A 1HYSA 1LWCA 1S1UA 2G8UA 4N47A 5KGWA 4ZHRA 4FM1A 4O44A 1HPZA 4M3TA 3VQ9A 4L8RB 1TK8A 2X78A 4UQGA 4KTQA 1IH7A 3PY8A 3KD1E 4CJFA 2KW4A 3BGRA 1SKRA 2RPIA 3OS0A 1BCMA 2P1JA 4W5OA 3LPTA 4FZZA 4FJGA 3ISNC 3O3GA 4BDYA 2OZMA 2OYQA 4M3UA 3KLEA 4IBNA 4LY7A 3HT3A 1L3UA 2YV0X 3AA2A 1S6QA 4C8NA 3VQ8A 4EP4A 3S9HA 5J1EA 3H08A 4LD0A 4N5SA 3QERA 4Z0UA 4ZTFA 3NCIA 1B92A 4CEAA 3KLHA 3ZSZA 4B9UA 4KHWA 1EX4A 3SUNA 2XY6A 1Z26A 2FBVA 1I3AA 1IKYA 1BI4B 4PWDA 3ZSWA 4OPKA 3NFAA 5HRNA 3OYCA 4CIGA 1IG9A 2FC0A 3OYKA 5D3GA 3VN5A 3RMDA 3NF8A 3L2WA 3SQ1A 4HUEA 2G8HA 1A5VA 5SWMA 5K14A 3M8SA 4B9TA 4FJJA 2BGGA 1JLQA 3AO2A 5CZ2A 4DSFA 1X9WA 2PYJA 3HPOA 1KSPA 5FRNA 1SV5A 3V81A 1VSJA 3DOLA 1BCOA 1WSIA 4CCHA 3VQ7A 4JS5A 4Z4FA 3MEEA 3DM2A 4Y1DA 2X6SA 4DFJA 2OA8A 1RDCA 3OYNA 5KGXA 3K57A 3ALYA 3IRXA 3DI6A 3VQ6A 3OYGA 4RW8A 4FLUA 3V9XA 4KB1A 5FRMA 3PV8A 3SPYA 3RMBA 4CIEA 3ITHA 3ZT4A 4E19A 3EYZA 3U6FA 3NBPA 3NGZA 1RTDA 4FJNA 1FXXA 4QCLA 3K58A 4IKFA 3TAMA 4DQSA 1BIZA 4E1NA 3HXMA 3RWUA 1HQUA 2BANA 2OPSA 1BISA 4TSXA 4JRQA 1GOAA 2RKIA 1XI1A 3V1RA 3DLGA 3AVAA 3KK3A 3MAQA 4B8CA 1S6PA 3OS1A 1BQNA 4FLZA 1N6QA 5HP1A 4C8MA 2KFZA 1WAJA 1QSLA 2BE2A 4ICLA 4KO0A 3KK2A 4E7JA 4DS4A 3LZJA 2IS3A 1NJXA 1VSMA 1RT1A 4B3OA 3KJVA 1XHZA 1TVRA 4DLGA 4AHUA 2R7YA 4LH5A 4FJXA 2RN2A 4N76A 3RRGA 4FJLA 4CF2A 1W9HA 2G8FA 1QTMA 4R5PA 1WN7A 3AA3A 3HSTB 2VWJA 5DMRA 1D9DA 4C8OA 4KHSA 4KB0A 1YVUA 5JS1A 3O3HA 3S3MA 3K5LA 4F3OA 4J2AA 1ASUA 3V9ZA 3KIOA 4DS5A 2ZD1A 3QNOA 2HHSA 1MU2A 4LSLA 2YNFA 5CYMA 4B8AB 3P83D 5C42A 4N41A 3SZ2A 4B08A 1CLQA 1NK8A 2HHXA 2YHAA 3VQDA 1XWLA 4M45A 1X9MA 3G0ZA 2VG7A 1QSSA 4KI4A 3P5JA 1SKWA 3TWHA 3AO3A 4EZ6A 1ZBFA 4FVMA 2HW3A 3HPHA 1C6VA 1LWEA 3QEIA 3KTQA 4C8LA 5HRRA 4DSJA 1I39A 4DTSA 3OYFA 4AHTA 4ID1A 4N56A 1T03A 1WSFA 4H8KA 3NGYA 3C95A 4KTWA 3OYEA 1NOYA 1N5YA 4HUGA 1L3SA 4KRFA 4FLWA 1RTIA 2XRIA 3OYBA 1TAQA 3AO4A 1KVCA 4KFBA 5CZ1A 3SNNA 4FXDA 3M8PA 2FBYA 4G1QA 1IKXA 3HP9A 1TKZA 3ZSXA 3OYAA 4FCYA 3HK2A 2FBXA 1DTQA 3TR8A 3QINA 3AVLA 1BGXT 1IO2A 1UA0A 1L3VA 4M3WA 2O4IA 3LP1A 1D5AA 3RMCA 4Z4EA 4ZTJA 4I9LA 4OKEA 4OKJA 3CFRA 2ATQA 5SZTA 5I3UA 4Z4CA 3TI0A 4FK0A 2FBTA 3KLGA 2HHWA 3O4NA 4CEEA 5E41A 4YFUA 1TKDA 1ZBIA 3ZSYA 1NK9A 4B9MA 1RDAA 2KZMA 4HCBA 2DFHA 2B5JA 1RBTA 4QOZB 1G15A 4DTJA 1WSHA 1EETA 3EZ5A 3V9SA 2G8VA 3T1AA 4FJ9A 4CIFA 4FJ7A 4FLVA 1JXBA 4PA1A 3QIPA 1RT7A 4CHYA 2W42A 4KHYA 4AHVA 3TAQA 3V1QA 1EXQA 1O1WA 2E4LA 3CM5A 4CJPA 3ZSVA 1SL0A 3M8RA 4W5QA 4BWMA 4CHZA 4B9SA 3SPZA 4IFVA 4PUOA 5KTQA 5DK5A 2Z1GA 3C6TA 3SV3A 2HHTA 2X74A 3QO9A 2HHUA 1HQEA 2B4JA 1TK0A 4J2BA 1QS4A 2IOCA 5C24A 3WNFA 2NUBA 3LZIA 1LW2A 3ZSOA 3HYFA 1FKOA 1XHXA 4HUFA 4CEQA 5C25A 4KPYA 1C0UA 3DRPA 1WAFA 1KLMA 3AVMA 1RBSA 3KKRA 3T19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J6ZA 4BROA 1JL1A 5LJVA 3OJSA 1FKPA 4JKEA 3M6GA 5GAGP 2ETJA 4OO1J 2O8EB 4DTXA 4H5TA 2F4VK 2Z1HA 2Q97A 3NH1A 4CJ5A 2G8WA 4LFCK 3I0SA 1V4SA 4KHQA 4A2BA 1RILA 5KRTA 1KVAA 1BIUA 3GOIA 3AAPA 2KKZA 4DLEA 5AQYA 2DY4A 2NRHA 3O9UA 4CZEA 3I0RA 4E0DA 4DUYK 4E7HA 2QW9A 4BRQA 1JCFA 4JHDA 5J2PA 3DXMA 4DQ8A 3K5MA 4MFBA 4CD3A 4A59A 1HNIA 4IDKA 4WQ5A 4WCEL 4EZ9A 3QESA 1JLBA 3VF6A 2G8IA 1SL1A 1S72N 1TAUA 3OYJA 3ZEUB 3OW2M 4I7FA 1J54A 3ZX3A 1NK0A 2GX9A 4BDPA 4DTUA 5AQXA 2F9TA 4IG3A 2FSJA 2PY5A 3SMSA 5FPNA 4CFAA 2DFFA 2BTFA 4O0JA 1VSLA 1K6YA 4CGGA 3LAMA 3CFPA 3SCXA 4NCGA 4OJRA 3HBTA 4DU3A 4OLBA 1KTQA 3WXMB 4CI6A 3EKSA 3VEXA 4UY8O 1HMVA 3AVKA 4FJIA 4LH4A 1VAZA 3CPEA 3D2FA 4FJ8A 3H6EA 3U8XA 3VEWA 3SMPA 1NWKA 3U3YA 5AQOA 5M1KA 3T3FA 3SUQA 4JI3K 4KHUA 3EKUA 1WBDA 1OH6A 4FPBA 2BH1A 4CZMA 3ZCMA 5LL6Z 4CEDA 2WONA 3CHWA 4CJ3A 2Y1IA 1VSKA 2P9SA 2G8KA 2PBDA 2HSTA 1NG9A 1HKCA 1LAVA 3O6WA 4B9VA 4M3ZA 3CETA 3CC4N 4DF8A 1W0HA 4K8ZA 2YKMA 1CZBA 5LMUK 4DB3A 3QNNA 2O8BA 5F0XA 3V6DA 1VK0A 1U45A 4DQRA 3W3DA 2OPRA 3FLCO 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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