3ULDA

High resolution structure of dna/rna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N
rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uldA00
2X6SA 4CJWA 4E7JA 4FJNA 4Z4IA 3NGZA 4DSFA 4O55A 2QKBA 3LPUA 1UA0A 3L3UA 4FJHA 4FK2A 1NK9A 3VQEA 2DFEA 1RDDA 2XHBA 3CFPA 4DQSA 4HCCA 2KW4A 3HYFA 2PYJA 4YFUA 1W9HA 4AHRA 3AA3A 2RN2A 3ZSVA 3MAQA 4FM1A 1WSGA 2EHGA 2YV0X 1BQMA 4LH4A 4FLYA 2WOMA 3C6TA 4JRQA 1IKWA 3ZSZA 1RBVA 1B92A 4E19A 3RWUA 1O1WA 3MXJA 2YNGA 1KFDA 4ZHRA 1QHTA 1S1VA 2PYLA 1X1PA 3I0SA 4Y1DA 3L2VA 4DF4A 3TANA 2XY7A 4O5BA 4CECA 3KD5E 4CF1A 4CIEA 4CK1A 4I2PA 2Y1JA 4I2QA 3THVA 2HHVA 1J9AA 2DY4A 5T7BA 4B8AB 3PV8A 1WAJA 4RW9A 4DLGA 1C0MA 1HQUA 4O0JA 3OY9A 3AVJA 2F96A 4CJ4A 3VQ9A 1BIUA 5HRNA 4FJJA 4CE9A 3V9WA 3DRRA 3QETA 3SUNA 3S9HA 3ZSQA 4OKJA 3OYHA 3HXMA 4DFPA 3O3HA 1N5YA 3CG7A 1B9DA 3RR7A 1RILA 1ZBUA 1U45A 1TK0A 3ZT1A 4O44A 4DF8A 1BI4B 1WSFA 3KK3A 4FZZA 1RCHA 1ZBIA 4E7HA 1VSMA 2F8SA 3ZT2A 4DU1A 1UWBA 1TKTA 2D0AA 3KLGA 1IKYA 5HBMA 1YTUA 4CIGA 4BWMA 3RR8A 1KSPA 4N41A 3HP9A 2FBVA 4C8KA 1D5AA 2HNDA 2ZQBA 3JYTA 5HLFA 3T19A 4PA1A 3LZIA 1KRPA 1VRUA 4RW4A 3KK2A 2IDOA 4BDYA 3DM2A 2IAJA 3AA5X 1DLOA 3JSMA 3SPZA 3LANA 5KTQA 4FJGA 2F8TA 4B9LA 4IFYA 4IFVA 5J2MA 3TAEA 3C94A 3CFRA 1EX4A 5E41A 4Q5VA 1X9WA 1LAVA 1ASVA 3V9SA 4F2RA 4FJIA 1L3TA 2G8FA 5KRSA 1REVA 3MEEA 3OYDA 4M41A 1SL1A 4CHPA 4DQRA 3C6UA 3S3OA 3V1RA 1S1WA 1R0AA 1NKEA 3SNNA 3SUQA 1D8YA 4KB0A 4I9QA 4FK0A 3VQQA 3ZT0A 1SKRA 3I0RA 4MQ3A 3TAQA 1WLJA 3HPHA 1SKSA 4KAZA 4FJXA 3QINA 3QO9A 3VQ4A 3LAMA 1C0UA 4OPJA 3V81A 1Q9XA 4NCGA 4KHYA 1WN7A 5J2NA 3MXIA 1C0TA 4AHVA 1QSLA 3PO5A 2IS3A 3NH0A 4FLVA 2BDPA 2HHQA 1I3AA 3NF9A 1TGOA 1VSJA 4OVLA 4DSLA 4M3UA 2DTUA 3QLHA 5EU7A 5FRMA 3O4QA 4W5QA 1TK5A 4CJRA 3P5JA 4CEAA 4CHOA 4B9TA 3HJFA 4OLAA 3CYMA 3DYAA 4CJLA 4DU3A 4AHCA 4M42A 1D9FA 4F3TA 2Z1IA 4KKOA 3OVNA 1NK0A 4RW7A 4FLUA 4LSNA 4XIUA 4F8RA 3G10A 4CIFA 4CJTA 4IKFA 4CHYA 4CJFA 4DSKA 2B4JA 3K57A 3UIQA 4JS5A 3F73A 4LSLA 1NKCA 3L2QA 2KFNA 4J2AA 3SPYA 2Q3SA 1ZBLA 1UAXA 3WNHA 3V1QA 3SYZA 1JLBA 4E3SA 2OZSA 1VSFA 4DTJA 1TKXA 4EZ6A 1X9MA 1C6VA 1EETA 1IKXA 4J2BA 3HO1A 4CEOA 4AH9A 3KLFA 1Q8IA 4KTWA 1WSEA 2RKIA 4CGIA 1C1BA 1RT1A 5C25A 3L2RA 4DTSA 1RTIA 3KD1E 2O4GA 3ISNC 4B8CA 4R5PA 4CK3A 4FJKA 4CF2A 4N56A 4CJUA 5C42A 3NDKA 3HT3A 4DTOA 2X6NA 1YT3A 1CXUA 5CY4A 3RMDA 4FM2A 3RMBA 1QS4A 1U04A 1L5UA 4E1MA 1HYVA 4FW1A 3SQ4A 1SV5A 1KLNA 2FBXA 1QE1A 1XWLA 3TI0A 2OYQA 1LWCA 4CJ3A 1TL1A 3LP2A 4CK2A 2PZSA 3BGRA 3VQCA 3IS9A 3VQ8A 4PY5A 4KB1A 3OYCA 3K5NA 1CXQA 1TKZA 4CHZA 3LPTA 3DLEA 3U3YA 3SZ2A 1X9SA 1MU2A 3DLBA 2ATQA 4M3RA 3OJUA 3I8DA 1BCOA 3WNEA 4Z4GA 1S1UA 1ZBHA 4DU4A 3OYIA 3SQ0A 4CGJA 4AILC 2KQ2A 3CQ8A 3V1OA 3OS0A 4CJEA 4OJRA 5FROA 4EP5A 1Z26A 1J54A 5D3GA 4HUFA 1EKEA 1JL1A 4RG8A 1BISA 3KLIA 3QIPA 1NK5A 4HCBA 4DSJA 1KVAA 1A5XA 2Z1GA 5C24A 4DFMA 1RBRA 3LP0A 2P1JA 5K14A 2G8WA 2JLEA 1BGXT 3DI6A 3VQ5A 1NK6A 4M3YA 2I5JA 2DFHA 2QK9A 2KFZA 1I39A 4IBNA 4H8KA 2VG7A 3DRPA 4G1QA 5JS2A 4UQGA 4DTPA 2XY6A 2JGUA 2P5OA 2NUBA 3KIOA 4NYNA 4DSEA 5J2PA 3MXMA 1J5OA 3HPGA 2HVIA 3LDSA 2Z1JA 4J2EA 4KO0A 3NAEA 4JRPA 1SKWA 4KTQA 1S1XA 3M8SA 4W5RA 3AO3A 1NK8A 4FXDA 3HP6A 4PQUA 3LAKA 4CESA 4E89A 3OYFA 4B9VA 3NGIA 3K59A 1TV6A 1HYSA 4H4MA 3S3NA 1B9FA 1SL0A 3NBPA 3AVCA 4FVMA 3OS2A 3AVHA 3TAPA 3ITHA 3C95A 4FZXC 4CGFA 1RT2A 4LH5A 3TAMA 3ALYA 4Q0BA 4FW2A 4KHNA 4AHTA 3G0ZA 3WNFA 4KHSA 3KLHA 4DFKA 1IH7A 4KFBA 1U47A 2QKKA 4M3XA 2ZD1A 1RT3A 2ITGA 1RTHA 2XY8A 3MECA 4NCAA 4DWIA 3AVBA 4CJSA 5KRTA 3QERA 4AHSA 4ELUA 4CHNA 1JXBA 4LY7A 4FCYA 2E4LA 4FJ8A 3NH1A 1RDAA 1ASUA 1DTQA 1JLEA 3PX4A 1XHZA 2HHUA 3QEPA 1BQNA 4YNQA 2B6AA 4M3TA 4W5TA 3KTQA 1LWEA 5HRPA 5I42A 2ZE2A 4CGDA 3M8RA 3AVMA 4FJMA 1QSSA 3TAFA 2PY5A 1J53A 4C8LA 3PUFA 2BE2A 3SQ1A 2A1RA 1T7PA 4DTXA 3M8PA 5HRRA 1RBTA 1T05A 4CEDA 3EZ5A 2Z1HA 4PUOA 4NCBA 3TABA 1HYZA 3ZT3A 1SL2A 1FXXA 3AA2A 3T1AA 2XRIA 3KLEA 4HHTA 3OYLA 3DLKA 1CZ9A 1JLAA 2HHXA 4OLBA 3AVAA 1EP4A 1KVCA 4CGGA 1D9DA 4JS4A 3DOKA 2X74A 2P5GA 4JLHA 1HQEA 5HRSA 1RDCA 3ASMA 4CEEA 4GW6A 3K5OA 4IG3A 3K5LA 4DTNA 3EY1A 2W42A 4CFCA 1G15A 2G8KA 3MEGA 4NYFA 3QESA 1XI1A 3K2PA 4E7IA 1RBSA 3VQ6A 4DQQA 3NFAA 4F2SA 5DMRA 4CJPA 1DTTA 4Z4FA 2LSNA 3F9KA 3PO4A 3V9ZA 1TAQA 5CZ1A 1XC9A 3K58A 4CCHA 2EX3A 4DQIA 1T8EA 3QNNA 4OPKA 3QEVA 5CZ2A 3VQAA 4BE2A 1L3UA 4FJLA 1S1TA 4E7KA 3QIOA 4Z0UA 4QAGA 4KV8A 5I3UA 5SZTA 1IG9A 3SQ2A 1BIZA 2ETJA 4OGEA 3E01A 2Y1IA 4BE1A 3RMAA 3VA0A 5KGWA 3LWLA 2YKNA 4W5OA 5J2QA 4GMJB 4CGHA 1LW2A 1ITGA 3EYZA 1NJZA 4GVMA 1JLQA 3LP3A 3O3GA 1RT5A 4M3ZA 1Q9YA 4KI4A 1S6QA 1WSHA 3DOLA 4Z4CA 4K8XA 2G8HA 4KPYA 2DFFA 2OZMA 4OKKA 4KRFA 2WONA 4B9NA 5HP1A 3ZSYA 1TL3A 3QEWA 4KTZA 1S6PA 1UOCA 4C8NA 4C8OA 3O4NA 4CHQA 1HPZA 1NJXA 3SUOA 3AVLA 3ZT4A 1HNVA 3PY8A 4C8MA 3OYGA 3VA3A 3NHGA 1VRTA 3KJVA 1RTJA 4RW8A 3OYAA 3TARA 2G8IA 3L3VA 1BHLA 1K6YA 4I7FA 3NF8A 3T3FA 3SUPA 4B9SA 4B9MA 1QTMA 4N76A 3ZSXA 1TAUA 1A5WA 3OS1A 1NK7A 3NE6A 1C1CA 1VSKA 4KI6A 1LWFA 1LW0A 2YNHA 5CYMA 3NF6A 1IO2A 1XHXA 4BWJA 3U3GA 3LALA 4FLZA 3P1GA 4CFAA 4B9UA 1KFSA 4EZ9A 1KCFA 4DTUA 4FYDA 1F21A 4HUGA 4DLEA 2OPRA 3NH2A 4DMNA 5KI6A 4B08A 4FLWA 5JS1A 4F3OA 3AO4A 1QQCA 4RW6A 4PWDA 1A5VA 1RDBA 4N5SA 1BCMA 4BE0A 2YNFA 3LZJA 1RBUA 4BACA 4ELTA 4CF9A 4E7LA 3DLRA 2OA8A 3SV3A 2XY5A 2BANA 3OYNA 2HNYA 4CF8A 3L2WA 4CERA 1JLFA 3S3MA 1KTQA 4FJ7A 4O4GA 1BL3A 3NF7A 4ID1A 4ICLA 2D0CA 3RTVA 4WE1A 4FLXA 4IDKA 3AVFA 3RRGA 4E0DA 3QEIA 2G8VA 3IRXA 1TK8A 1KVBA 1L3VA 2O4IA 3ULDA 1T03A 2A1SA 4KHWA 1WSJA 3DMJA 3AVGA 2HHWA 4FK4A 2FBTA 3VQDA 1QSYA 4OKEA 4KHUA 2X78A 2D5RA 1TVRA 3AVKA 4IG0A 3ZSWA 1SUQA 1EXQA 4M45A 2YHBA 1Z25A 4F4KA 3KKRA 3HPOA 3V9XA 4DQPA 1HNIA 1NOZA 4CJKA 3QEXA 3TWHA 4Z4HA 4DTRA 3V4IA 3VQPA 4CEFA 4M3WA 3AO1A 4DS4A 1ZYQA 4OGCA 1RT7A 3HVTA 1JLCA 5DK5A 1GOCA 1BI4A 2HW3A 4ID5A 3DLHA 4H4OA 4W5NA 3HL8A 3OYMA 3HSTB 2R7YA 2QXFA 1U48A 1VSHA 3L2UA 1HJRA 4CFBA 2RPIA 4DFJA 1WAFA 3PX6A 3IAYA 3L8BA 1CLQA 4BDPA 2GUIA 4TSXA 3AVNA 1JXEA 2E6LA 3DRSA 4CEBA 2IC3A 3M8QA 4Z4EA 2HNZA 3SV4A 3LWMA 1GOBA 3P83D 1TKDA 3CFOA 3AO5A 3OYJA 4Y1CA 2AJQA 5FDLA 4QCLA 1L3SA 3KK1A 1S9GA 4DSIA 4DS5A 2YHAA 1JLGA 4DTMA 1HRHA 1S5JA 4L8RB 2HVHA 2D0BA 3B6OA 3VQBA 3QNOA 1YTAA 3SI6A 3O3FA 4ELVA 3B6PA 2B5JA 1YVUA 3AA4A 1FKOA 1W0HA 2P51A 1ZBFA 3TR8A 3ZSOA 3D45A 3RMCA 3KKSA 2KZMA 2KZZA 1NK4A 3FFIA 4CFDA 2VWKA 4MFBA 4CEQA 4K8ZA 2HHTA 4AHUA 5KGXA 4HTUA 4ZTFA 4LD0A 3D0PA 1RNHA 1LV5A 1LAWA 3OYKA 4CJ5A 1FKPA 4FM0A 4B3OA 3HK2A 1WSIA 2IGIA 4CF0A 3OYBA 3TAGA 3AV9A 2XO7A 1HMVA 3HVRA 3OJSA 1Y97A 4HVJA 2YNIA 4HUEA 2OPQA 2VG6A 3HM9A 3NCIA 2E6MA 4KHQA 2OPPA 1IKVA 3V9UA 1KLMA 3V6DA 4CJVA 3H08A 4CJQA 3BDPA 4N47A 1U49A 1N6QA 1RT4A 2GBZA 2GV9A 4DG1A 1ASWA 1VK0A 4ZTJA 1JL2A 3ZSRA 3PX0A 4KREA 1FK9A 1JKHA 4QOZB 2VG5A 1NJWA 2YKMA 3DLGA 4FLTA 3K5MA 2OPSA 3ZCMA 2HB5A 2FC0A 5CYQA 3OYEA 3VQ7A 3RRHA 1VSIA 3CM5A 3LP1A 3NGYA 1WNSA 2HMIA 4FJ5A 2BGGA 1NJYA 2RF2A 1VSDA 1RTDA 3IG1A 2VWJA 1VSLA 4FZYA 3A2FA 3VN5A 1CZBA 4EP4A 4I9LA 5SWMA 1UA1A 2IOCA 2KTQA 4CEZA 1RT6A 5HROA 4BDZA 3U6FA 1GOAA 4FJ9A 4J2DA 3MEDA 1NOYA 2HHSA 3WNGA 3SCXA 2FBYA 2G8UA 1S9EA 4E1NA 5FRNA 5J1EA 3AVIA 4O0IA 3SJJA 3AO2A 1U4BA 1VSEA 3CM6A 1NKBA 1C1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWQA 4E7JA 3ZETB 2QKBA 3LPUA 4FPBA 3L3UA 4FJHA 4M7YA 3WXLA 4HCCA 2DFEA 1RDDA 1NGGA 3CFPA 4CJ7A 4EAHD 1K8KB 3R6MA 3Q7BA 2RN2A 3MAQA 4FM1A 1S72N 2YV0X 2EHGA 2QW9A 3HTVA 3I55N 2WOMA 4I6MB 1RBVA 5AQHA 3RWUA 2YNGA 3O80A 3AAPA 3D2FB 1X1PA 3I0SA 4Y1DA 4DF4A 5KPZA 3ENHA 3KD5E 4CIEA 4JKAA 4CK1A 3THVA 5AQUA 5AQXA 4GKKK 1HLUA 1HQUA 2ZF5O 2F96A 3VQ9A 1OH8A 4M63C 1RDWX 4CE9A 4FJJA 1MA9B 3ZSQA 2CGLA 3O3HA 3O4WA 5DM6L 3RR7A 1TK0A 1W2BM 1KAYA 1BI4B 1E3MA 4FZZA 1RCHA 2QWNA 1BWFO 4JKCA 1IKYA 3MX2A 4BWMA 2P9KB 3T69A 2CGJA 4XEIA 2VQFK 2HNDA 4LFAK 3F9MA 2QWRA 5LMNK 3UKUB 3KK2A 2IDOA 4WF9L 4IFYA 5J2MA 3TAEA 1Q7YO 3MWPA 1GLFO 4Q5VA 1L3TA 2Q2RA 5KRSA 2E2QA 5EXWA 4FWMA 2NRVA 1HPMA 3S3OA 3C6UA 4LFBK 1S1WA 1R0AA 1NKEA 4MQ3A 3HPHA 4KAZA 3SAGA 1C0UA 3LL3A 4NCGA 4KHYA 3O5BA 3QMLA 2PBDA 3MXIA 4JI6K 3PO5A 3MN6A 2IS3A 4CZIA 1TYQB 1TGOA 4BRDA 2NRXA 2DTUA 3QLHA 5EU7A 3O4QA 4CJRA 3R8EA 3HJFA 4CZMA 1KD1O 4KKOA 4RW7A 4XIUA 2YJEA 4CJTA 4IKFA 3K57A 3VTIA 3F73A 4LSLA 1NKCA 3L2QA 3SPYA 2O4IA 3WNHA 3V1QA 5KQDA 4JKEA 4EZ6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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