3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
2B4JA 3ZT4A 1RT2A 3L2UA 3MXIA 2OZMA 4DTXA 2QK9A 4MFBA 3ZT2A 3MAQA 5FROA 2X6NA 1J9AA 1RDAA 4JRQA 3V81A 3RRGA 2HVHA 4CHPA 3NFAA 5CYQA 4IBNA 4ZTFA 2G8IA 3U3GA 3PX0A 1XI1A 3TANA 4CK1A 4CJLA 3OYLA 5J2PA 4W5TA 3RMDA 3UIQA 3NF6A 1LWCA 4CGIA 4CK3A 2YNGA 3OS0A 4AHUA 1ITGA 4CJTA 2QKBA 2GV9A 4OKKA 3AVNA 3SV3A 3I0RA 1REVA 1T05A 2KQ2A 4O4GA 3QESA 4EZ6A 4Z4HA 1N5YA 4W5OA 3U6FA 1L3UA 4I2QA 3V9WA 3THVA 2FBYA 3AO5A 5HROA 2O4IA 1WN7A 2X78A 4JS5A 2FBTA 4N47A 1KLNA 1GOAA 2HHUA 2KZMA 1RTIA 1HQEA 4Z4GA 1BQNA 1LAWA 1TL3A 1FKPA 1UA1A 5I3UA 1WSJA 4E0DA 4GVMA 4IG0A 3LWLA 2OZSA 3HP9A 1C0UA 3LAMA 4KI4A 3L2QA 4DTUA 1CXQA 2IS3A 1VSEA 4XIUA 1NJZA 4CCHA 5FRNA 3AVBA 4F2SA 1EETA 3QINA 3LP3A 4OKJA 4FJHA 1NK6A 4B9SA 1IKYA 4AH9A 4G1QA 5HBMA 4CF8A 3NGIA 3HJFA 3HO1A 2HHTA 4Z4EA 1RCHA 3V9SA 3KD5E 3C94A 4CFAA 4JS4A 1RBRA 1UAXA 4ZHRA 4CEDA 4CJ3A 4HUFA 3M8PA 4BDZA 3HT3A 4FJNA 3V6DA 4F4KA 3OJUA 3AVAA 4OGCA 1RDDA 1VSDA 4BE0A 1HQUA 1C0TA 1QHTA 3SPZA 1QE1A 1TGOA 3AVFA 4RW9A 3B6PA 4FM1A 3QNNA 4M3YA 4QOZB 1C1BA 3ZSVA 1L3VA 2YHAA 3PX6A 3VQ4A 1S6QA 1L5UA 4CGHA 1S1TA 1NKEA 1RDCA 4B9LA 3K57A 3WNGA 4IG3A 3WNFA 4RW6A 3K5OA 3AA3A 4CEAA 4FM0A 4E7JA 4CEFA 3PY8A 1BIZA 3DI6A 4FJ8A 4KRFA 2HNDA 3AA2A 1BCOA 4M45A 2ZD1A 3AA4A 4BWJA 3V1QA 1NK4A 4KHWA 2FBVA 4ICLA 4HUGA 4DTNA 3P5JA 5KGXA 4CHZA 5HLFA 4IKFA 4LSNA 3IG1A 2ITGA 3VA0A 4I7FA 3JYTA 3CYMA 3TAPA 1SKRA 2R7YA 2X6SA 2IOCA 4IFVA 1TAQA 4KO0A 4N41A 2HB5A 4E1NA 3AV9A 3K59A 4E7LA 4E3SA 4O55A 3K5LA 2XRIA 4HTUA 4FJXA 1JLQA 3LP0A 5J2NA 1CLQA 3KLIA 1TV6A 4CGJA 3F73A 2XY7A 4TSXA 3L2RA 4CK2A 3NBPA 1X9MA 1TKDA 1JLFA 4ID1A 2VWJA 3TAMA 1U49A 1BIUA 4Q5VA 3NAEA 3NCIA 3KIOA 4FZZA 3DOLA 1YTUA 1S1XA 5J2MA 2DFHA 1VSKA 4LY7A 5KGWA 1TK5A 4FK0A 3KLHA 3AVMA 4Z0UA 4GW6A 4AHTA 4DF4A 1T03A 2WONA 4B9VA 1HMVA 3S3NA 3ZSXA 4FK2A 4FCYA 3KK2A 3ZSQA 1RNHA 2VG7A 2EHGA 3RWUA 4E19A 1ZBLA 2F8TA 1HNVA 1MU2A 2OA8A 4KTZA 4O44A 2HVIA 4O0JA 1VSLA 2FC0A 2XY8A 3TABA 3SUPA 4RW4A 4BWMA 1TAUA 2VWKA 1KCFA 1C1AA 1RT5A 3NF9A 4WE1A 5DK5A 1GOCA 4OGEA 1D9DA 4AHVA 4B8AB 5EU7A 1WLJA 1QSYA 1NOZA 3HPOA 4HUEA 1BCMA 3S9HA 1QTMA 4DTPA 3CM5A 3ISNC 1UWBA 1QQCA 4H4MA 1ZBUA 3OYGA 1D8YA 4NCAA 1NOYA 2DTUA 2RKIA 3O3GA 5T7BA 3KK1A 3OS1A 3RMCA 2G8UA 5C25A 3HP6A 4E7IA 2HHVA 4DSEA 1TL1A 1IG9A 4W5QA 3QEXA 3DMJA 4ELVA 4CESA 1RBUA 4HVJA 4FJ5A 1RT7A 2G8HA 1YTAA 1NK0A 3SCXA 4E1MA 3HM9A 2ZE2A 4N56A 2E4LA 4DTJA 3L3UA 2BGGA 3FFIA 2XHBA 4J2DA 1FKOA 1JLCA 3OYDA 3QEVA 5JS2A 4B9NA 4CJWA 1SV5A 3OYBA 2Q3SA 3DOKA 3RMAA 5CYMA 1Y97A 4RW7A 4J2AA 4H8KA 1D5AA 1Z26A 3KLFA 4FXDA 4CF0A 3RR8A 4FJKA 1QSSA 4FYDA 4M3UA 1VSMA 2KFNA 3G10A 1U47A 3M8RA 3QO9A 2OPPA 3K5NA 4CJ4A 4CHOA 2A1RA 2E6LA 1TKXA 2YKMA 1NK9A 3QIPA 1S9EA 1FXXA 1LW0A 3OYCA 3HXMA 3QERA 3LAKA 1XHXA 1SL2A 2G8VA 1X9WA 1ZYQA 4CJKA 3V1OA 3SQ0A 4FLUA 4DQPA 2HHXA 2Z1IA 3ZSRA 1EXQA 1S5JA 4LH5A 3ZSWA 1Q9XA 3SPYA 4FLYA 1ZBFA 3DLGA 1Q8IA 1WSHA 3LPTA 4CECA 4B08A 4NYFA 3LWMA 3BDPA 4OJRA 2RF2A 3MEDA 3QIOA 3SV4A 4DQIA 3RRHA 2RN2A 4ZTJA 1SUQA 3OYFA 1BISA 3MXMA 3VQ6A 1WSFA 4CGDA 4CJPA 2W42A 3LDSA 2KW4A 2O4GA 4E7KA 2HHSA 3DLBA 1JL1A 2E6MA 3LZJA 4IDKA 1RBTA 3ZSOA 5KRSA 4FLWA 4M3WA 4UQGA 1J5OA 3NE6A 1NK7A 4KKOA 3HPGA 1VK0A 2OPSA 3NH2A 3L8BA 1RDBA 4DWIA 1DTQA 5E41A 4KB0A 1CZBA 2KTQA 3DRRA 4M3XA 3C6TA 1U4BA 4J2BA 1BI4B 1JLBA 4OLAA 1JXEA 2D0BA 1WAJA 3RR7A 3DRPA 4DFPA 4CFDA 4C8OA 4J2EA 1KFSA 2AJQA 3NGZA 4NCBA 1DLOA 1CXUA 4PY5A 4B9TA 3AA5X 3HVRA 4BDYA 4I2PA 3A2FA 3LPUA 1RBSA 3CFOA 3SUOA 4CIFA 1KFDA 3PV8A 3OYNA 1G15A 3T3FA 1WAFA 2B6AA 1BGXT 4F3TA 3SQ2A 3HYFA 3VQEA 4DFJA 1KVAA 2BE2A 1XHZA 3TAQA 4EP5A 3ZT1A 4CHQA 4DF8A 3C6UA 3SJJA 4DSIA 4NYNA 2P5GA 4KHSA 4KTWA 4PWDA 3OS2A 3DYAA 2DFEA 2D0CA 3MEEA 1VSHA 5JS1A 3DM2A 4BDPA 3L2WA 4FJGA 2OYQA 3HVTA 1K6YA 3SYZA 4C8LA 3VQ9A 2HNZA 3LANA 2QXFA 4CJEA 4CJVA 4OVLA 4QAGA 4ELUA 4KAZA 4M3TA 3SI6A 4CJ5A 5CY4A 3SUNA 3TI0A 3ULDA 4Q0BA 1T7PA 3AVCA 1LV5A 2G8FA 1HYSA 4FLTA 1J53A 4LD0A 3CM6A 4MQ3A 5SZTA 3K5MA 1T8EA 5HRRA 1W0HA 2FBXA 4GMJB 4CJSA 4DSFA 1IKVA 2JLEA 1NK8A 3JSMA 1QSLA 1O1WA 4K8ZA 1B9FA 4KHYA 4O5BA 3O4QA 3KJVA 3PUFA 4FJJA 1F21A 1S1WA 1RTJA 3HPHA 1S6PA 2VG6A 3IS9A 5HRSA 4YNQA 4BE2A 3V9XA 4LH4A 4K8XA 1GOBA 5SWMA 3AVJA 3VN5A 4CERA 4RW8A 2B5JA 4DU3A 4B9MA 2Y1JA 4R5PA 3AVHA 1KSPA 3TAFA 2IDOA 4Z4CA 4FJ9A 2XY6A 1N6QA 4PA1A 4CE9A 3D0PA 4FLVA 4E7HA 4DTSA 1TK0A 1ZBHA 4OPKA 1SL0A 1VRUA 4DTRA 2VG5A 4OKEA 3M8SA 1L3TA 3PO4A 4KTQA 3ZSZA 4M42A 3P83D 5C24A 1B9DA 4C8KA 3S3MA 4KHUA 3CFPA 1IO2A 4KI6A 3CG7A 3OYHA 4KPYA 4DSJA 4JRPA 1NJYA 5DMRA 3PX4A 3L2VA 4YFUA 2HNYA 4FLZA 4CJQA 4O0IA 4E89A 1EKEA 3NGYA 1YT3A 3KKRA 2XO7A 2YKNA 2A1SA 3QEIA 4I9QA 4KREA 1TKZA 3OVNA 5KTQA 3V4IA 3AVIA 3VQ5A 3VQPA 4CJUA 3AVLA 4DLGA 4DU1A 2OPRA 2XY5A 5HRNA 3KLEA 3EY1A 4CFCA 1JL2A 3C95A 3OYIA 1JLAA 3O3FA 4PQUA 5CZ1A 3DRSA 3H08A 2HHQA 3VQDA 3V9UA 3CQ8A 1NJXA 2YNIA 3ZCMA 1SL1A 3K58A 4B3OA 5J1EA 3IAYA 3VQ8A 4AILC 2P51A 2IC3A 2HHWA 3DLEA 4M3RA 4CIEA 4CJFA 1RT1A 3KD1E 1HRHA 3MECA 4M3ZA 3LP1A 2RPIA 3LZIA 4DMNA 3NH0A 2HMIA 3OYAA 1IKXA 3OYJA 4C8NA 1RTHA 3G0ZA 2WOMA 5CZ2A 3KTQA 3I8DA 2I5JA 1FK9A 3P1GA 3TWHA 1VSIA 1Q9YA 1DTTA 3K2PA 3T19A 2P1JA 1TKTA 3ZT3A 3ZT0A 3HL8A 3O3HA 1NK5A 3VQAA 1VRTA 1VSFA 1EX4A 4KFBA 1X9SA 4FK4A 3OJSA 4CF9A 1A5VA 3QEWA 2KZZA 2YNFA 3DLHA 4W5NA 2KFZA 3AVKA 1JXBA 2PYJA 4JLHA 4AHCA 3WNEA 1U48A 4CF1A 1LWEA 1LWFA 4CEQA 3VQ7A 4DTMA 3OYKA 1ASVA 4HHTA 1RBVA 3SQ4A 1ASWA 4CEBA 4DSLA 3VQQA 4HCCA 5K14A 1ZBIA 4AHRA 2NUBA 1A5WA 1HYVA 2IAJA 3NDKA 4DLEA 4DQRA 3TAGA 5D3GA 1SKWA 1IKWA 3ALYA 4IFYA 4Y1CA 5KRTA 1JLGA 4N5SA 3DLRA 3KK3A 3NHGA 4EZ9A 4CJRA 1CZ9A 3MEGA 1RT6A 3ASMA 3VQCA 1HYZA 2ETJA 4FW1A 1C6VA 3LP2A 3U3YA 2LSNA 4CHNA 4FJ7A 3KLGA 1KLMA 1QS4A 3SUQA 4CEOA 2JGUA 4NCGA 4B9UA 1I3AA 1KVBA 5KI6A 1C1CA 2X74A 3AO4A 1BL3A 3OYEA 4DTOA 3QNOA 2D5RA 4FJIA 3NH1A 3OYMA 1UA0A 1KTQA 1HNIA 3T1AA 1IH7A 4DG1A 4FZXC 3IRXA 3SNNA 4DSKA 1WSEA 4DFMA 1RILA 3AVGA 3HK2A 3TR8A 1B92A 2GBZA 3DLKA 3AO2A 3OY9A 4FLXA 4CEEA 5HRPA 3TAEA 3RMBA 2OPQA 4DQQA 2DFFA 2YV0X 3AO3A 1XC9A 3PO5A 5FDLA 4EP4A 4CFBA 4FZYA 2Y1IA 4CF2A 3QETA 4KB1A 1RT3A 1Z25A 2Z1HA 4KHNA 4FJLA 3V9ZA 5J2QA 1YVUA 1KRPA 4DQSA 2BDPA 1UOCA 2D0AA 4DS5A 4H4OA 1NKCA 3QLHA 3EYZA 5I42A 4F3OA 3AO1A 3HSTB 3VQBA 4CIGA 4N76A 1JLEA 2YHBA 2F8SA 1VSJA 4AHSA 2F96A 2PYLA 4I9LA 4RG8A 4KV8A 1NKBA 4FVMA 1J54A 4CGGA 3E01A 4F8RA 3QEPA 3WNHA 1BQMA 1L3SA 4OLBA 1LW2A 4LSLA 2P5OA 3I0SA 1A5XA 1HPZA 2YNHA 1JKHA 3D45A 4M41A 3ZSYA 1SKSA 2QKKA 1I39A 4BE1A 3MXJA 1D9FA 4F2RA 4CHYA 2G8WA 1LAVA 3CFRA 3KKSA 1X1PA 4ID5A 3V1RA 4QCLA 1WNSA 3BGRA 1ASUA 2ZQBA 4Y1DA 2BANA 3B6OA 4OPJA 3EZ5A 4CEZA 3TARA 1U04A 2G8KA 4Z4FA 2GUIA 1TVRA 3VA3A 1TK8A 1BHLA 1KVCA 1RT4A 4BACA 1RTDA 2IGIA 3ITHA 4DU4A 1U45A 4B8CA 3L3VA 4C8MA 2PZSA 2HW3A 3NF7A 1R0AA 1NJWA 5HP1A 4HCBA 4FJMA 3LALA 1HJRA 5C42A 2PY5A 2Z1GA 4KHQA 4Z4IA 1C0MA 1S1VA 3F9KA 3M8QA 3RTVA 3SZ2A 1S1UA 2ATQA 1EP4A 4ELTA 1BI4A 2EX3A 4DS4A 4L8RB 4FM2A 3S3OA 3NF8A 4PUOA 2Z1JA 1W9HA 1S9GA 3SQ1A 4FW2A 3O4NA 1WSIA 4W5RA 1WSGA 4DFKA 2DY4A 5FRMA 4CGFA 1XWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QK9A 2OZMA 4DTXA 4MFBA 2E5LK 1VQ9N 3KWGA 1XI1A 3TANA 2UXBK 4B9QA 4CJLA 3UIQA 1MWKA 3NF6A 2YNGA 4RWTA 4JI2K 3OS0A 4AHUA 1Q86O 5AQMA 2GV9A 5C0YA 1K8AO 3I0RA 4B3TK 2KQ2A 3O4WA 3BUZB 4Z4HA 1L3UA 4FPAA 1JCFA 2X78A 4JS5A 5AQGA 1HQEA 4Z4GA 2WC9A 3VF4A 3CF5L 1UA1A 5I3UA 4E0DA 4GVMA 4IG0A 3F9MA 1E3MA 5I9EB 3LAMA 4BRMA 4CZFA 5AJ3K 2IS3A 1VSEA 4XIUA 4PHTX 1NJZA 3AVBA 4F2SA 1EETA 3NGIA 4JK7A 3HJFA 3TSUA 1RCHA 1KAZA 5AR0A 4CEDA 4CJ3A 4HUFA 3M8PA 4J8FA 3HT3A 4FJNA 2ASOA 2ASPA 4F4KA 2UYTA 3G71N 4H5RA 1QE1A 1TGOA 3B6PA 3UE5A 4FM1A 4M3YA 4QOZB 1NGAA 3PX6A 4JHDA 1S6QA 1KC8O 2E20A 2HNDA 3V1QA 1NK4A 2E2QA 4JI0K 4HUGA 4DTNA 3P5JA 4IKFA 4EHTA 2QI2A 4I7FA 3VA0A 3CYMA 3TAPA 1SKRA 2R7YA 5F1XA 4XH4A 3K59A 3AV9A 4N41A 2XRIA 3LP0A 3I56N 2UXCK 1P90A 3L2RA 3K9JA 3N4PA 1U49A 4Q5VA 3KIOA 3DOLA 2NRTA 2E2PA 1IJJA 2DFHA 1QVFM 1VSKA 4LY7A 4IEEA 1MA9B 1TUUA 1Q18A 2CGKA 4DF4A 4GW6A 3NVKA 2UU9K 1OVQA 2EHGA 4BR4A 5KQDA 1HNVA 3FE1A 3L0QA 2XY8A 4KH5A 4RW4A 3CC4N 4OGEA 2BH1A 2D0OA 5EU7A 2W6LA 1X9JA 1BCMA 3S9HA 4LFAK 3KHYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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