3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
4H4OA 4NYFA 1YT3A 1RTJA 3VQ8A 3VQEA 4HUEA 1ZBLA 4DG1A 3PO5A 4DQIA 2QXFA 4OKJA 1S1XA 1JLAA 3OVNA 4Z4EA 3LPUA 4B9LA 1VK0A 1ASWA 1X9MA 4E7LA 3TAFA 3QINA 1NK4A 2KFNA 4BE0A 4RW9A 1NJYA 3KK1A 4CHPA 1TKDA 1IG9A 4Z4GA 4CFCA 3LP2A 1QTMA 1TGOA 4AHRA 3SUQA 1QSYA 4FJGA 1T8EA 3KIOA 3HO1A 1L3TA 3KK2A 4KPYA 5KTQA 1X9SA 2P5GA 4DTUA 3CM5A 1HYSA 5HBMA 3NH1A 4DTXA 1FXXA 1UWBA 1T03A 3HSTB 3CM6A 4QOZB 2HHVA 3O3FA 5SWMA 3OYLA 4QCLA 1LW2A 1DLOA 2IDOA 4CK3A 2ZE2A 5JS1A 3PX0A 1X9WA 3K59A 2G8VA 1HNVA 4DF8A 1XHZA 3M8QA 4FK4A 2HHTA 2XY6A 3OS2A 2AJQA 2HNDA 4CF0A 4RW8A 3T19A 4FLZA 4FJMA 3ZSYA 4CERA 3THVA 4CJUA 3TR8A 1NJXA 4B3OA 4DSIA 4DU4A 3C95A 4KRFA 4KHNA 1D9FA 3AVFA 1CZ9A 4W5QA 1REVA 3DLGA 3CYMA 3NF8A 1NOZA 5KRSA 4DFMA 1C0MA 5HRSA 1NKCA 2KTQA 3ZSVA 1IH7A 1LWCA 1S9GA 1JLFA 3VQQA 4N41A 4KHWA 4IFYA 3EY1A 5J2MA 4CEBA 4M41A 3V1OA 5C24A 3KLGA 3KTQA 2HB5A 2WOMA 3P83D 4JS5A 1UAXA 1S1VA 2GBZA 3A2FA 4YFUA 4FLTA 3IAYA 3SPYA 3DM2A 4M42A 4K8XA 1BHLA 2GV9A 1UA0A 1L3UA 2EHGA 4J2DA 3TWHA 4NCGA 3KK3A 1B9FA 3LZIA 3UIQA 1HYZA 3LAMA 3LWMA 1KVBA 3DRRA 1TAUA 4MFBA 1RDAA 2D5RA 3DLEA 4CHQA 3S3OA 4CK1A 4RW4A 3K5NA 1QSSA 4B8AB 2KZMA 4CEEA 1NJZA 1VSLA 3M8SA 4ELVA 2RKIA 4C8MA 5HRPA 1S1UA 2G8HA 2QKKA 2JGUA 4Z4HA 3ITHA 3ZSQA 2Z1HA 3DLRA 3V9WA 3DOLA 4OPKA 4DTSA 1JLBA 4C8LA 4PY5A 2HVIA 1NJWA 1SKRA 3KLFA 4BDYA 4N47A 1ZBFA 1IKWA 3V9XA 5KGXA 1BI4A 2DFEA 4DLEA 4J2AA 1KVCA 3RRHA 1J53A 2YKMA 3O3GA 3NFAA 3JSMA 4FLVA 4FZZA 1S1TA 4E19A 3EZ5A 2IOCA 3M8PA 1CXUA 3K58A 4HCCA 3ALYA 1RBVA 1KLMA 3G0ZA 4EP4A 4M3RA 2F96A 2Y1JA 4KB0A 4FJKA 3OY9A 3DLKA 3RMBA 4OJRA 1SL2A 3NCIA 4L8RB 4HHTA 4E3SA 1D8YA 1GOBA 1GOAA 1HMVA 3EYZA 3TABA 2A1SA 2DFHA 1LWFA 3B6PA 3SQ0A 3MXIA 1JXEA 1EP4A 4GVMA 3O3HA 4CEQA 4FXDA 2HHWA 3MXMA 3AVLA 2HHUA 2P1JA 2JLEA 4AHTA 2BGGA 4OKKA 2DFFA 4CJRA 1BISA 3V4IA 4DQSA 1Q9YA 2XY5A 2P5OA 3KKSA 1KVAA 2FBTA 4KAZA 2B4JA 2KQ2A 5CZ2A 1TV6A 4BE1A 4FJIA 3OYBA 4IBNA 4AHVA 3AO2A 3QNOA 3L2UA 1KFDA 3AVKA 3VQAA 4FLXA 4FJHA 4LD0A 4CHYA 3SQ2A 1EETA 4B9TA 2B5JA 4OVLA 4EZ6A 1N5YA 2F8SA 3KLHA 4LH5A 4ICLA 2EX3A 5HLFA 3BGRA 1QSLA 3L3UA 3T1AA 4W5OA 1RTHA 2F8TA 3RWUA 4ZTFA 1KRPA 4KTZA 4CIGA 1KFSA 4ID1A 4KB1A 1W0HA 3ZSRA 3VQ4A 1WNSA 1Z26A 1K6YA 2G8WA 2Z1JA 4PUOA 3HJFA 3NH0A 4DMNA 1VRTA 4BWJA 3QERA 5HROA 3ZT4A 1RBSA 3HM9A 3IG1A 3WNHA 3TAEA 4I9QA 5FRNA 1J9AA 4F3TA 1VSEA 1IKVA 1A5VA 1RBTA 4E0DA 3NBPA 3H08A 4JS4A 2Z1IA 4AHSA 1WLJA 2OZSA 1J54A 4G1QA 3NAEA 2ETJA 3KLEA 4DQQA 4DTPA 1B92A 2PYLA 3ZSOA 3AA4A 4OGEA 3SUOA 5CYQA 3OYMA 3HL8A 4CJKA 3RR8A 2YHAA 4KO0A 3DMJA 3M8RA 3B6OA 4I2PA 1Q9XA 1F21A 4LH4A 4FJ9A 2DTUA 2ATQA 3FFIA 1ITGA 1BI4B 2WONA 2XO7A 4Y1CA 5C42A 5HP1A 2PZSA 4IFVA 1RT4A 3RMDA 4M3TA 2QKBA 5KI6A 3NF6A 4PA1A 2E6LA 1W9HA 3RR7A 3PY8A 3AVGA 1L3SA 3V9SA 2Q3SA 2OPSA 4GW6A 4B9UA 4AHCA 1N6QA 2D0AA 4DWIA 1RBUA 3QEPA 3SV4A 3DRSA 4FM0A 3SI6A 4FJ5A 4K8ZA 3AVHA 1CZBA 4FW2A 3D0PA 3NF7A 4CGJA 4B9SA 1FK9A 4BDPA 4M3YA 4FK0A 4OLAA 3LP1A 4CHZA 4E89A 2VWJA 4OPJA 1C0UA 4CK2A 3HP9A 3L2QA 3VQDA 1EX4A 3HXMA 4DTJA 3LAKA 4O4GA 4OKEA 4HTUA 4IKFA 4NCAA 2YHBA 1YVUA 1O1WA 3SYZA 5J2NA 4B9VA 4M3XA 4BWMA 3V1QA 1EKEA 3U3GA 3KJVA 3CQ8A 2BDPA 4ELTA 3C6UA 3AVJA 2IAJA 1IKYA 3OYKA 4FCYA 2FBVA 2VWKA 1RNHA 4J2BA 3QIOA 1RBRA 4FJNA 3OYIA 4DSKA 3L3VA 3OYGA 3PO4A 4KFBA 2OA8A 4LSLA 3TANA 4DQPA 1Z25A 4ZTJA 4YNQA 3QEIA 4DLGA 1NK0A 1BQNA 1WSFA 3MEGA 4GMJB 3DI6A 1KSPA 2OZMA 4KHQA 2IGIA 1VSJA 1WSHA 3AVIA 2RPIA 4CJ4A 3I8DA 4CGGA 3ZCMA 4E7HA 4H4MA 1I3AA 2XY8A 1HRHA 3OS1A 3OYJA 1S1WA 1LAWA 3IS9A 3SV3A 3O4NA 4W5TA 4FLYA 2XRIA 1D9DA 1RT3A 1WN7A 5EU7A 3T3FA 4CESA 5J2PA 3I0SA 1WAFA 3KKRA 2D0CA 2NUBA 3WNGA 4OGCA 4E7KA 4ELUA 2X74A 4O44A 2HHXA 1NK7A 1QS4A 3V1RA 3WNFA 3QETA 4FZYA 3OYCA 2ITGA 1JLCA 2HNYA 4CJSA 2G8FA 5HRRA 2BE2A 5K14A 3S3MA 1WSJA 3MECA 4MQ3A 3TI0A 4FK2A 4BDZA 4OLBA 1RT5A 4C8OA 3SNNA 3C94A 5E41A 4N76A 4M45A 2ZQBA 3ZSXA 3ZT2A 1U04A 5DMRA 3VQPA 1YTUA 2YV0X 2FBYA 4LY7A 5JS2A 3HK2A 1VSIA 5HRNA 1VSFA 3AO3A 1SL1A 4Z4IA 3NH2A 4F8RA 3AVAA 3NGZA 2OPQA 2I5JA 3V9ZA 4DSJA 3VQ7A 1SV5A 1KTQA 1L5UA 3HPGA 4B08A 1HYVA 3O4QA 1J5OA 3BDPA 2E6MA 4DSLA 4AH9A 5CY4A 4E7IA 3HVTA 3LWLA 1NK6A 2YKNA 4KHUA 4DQRA 2G8KA 2QK9A 3WNEA 3QEXA 4N5SA 4F4KA 1FKPA 4Z0UA 4TSXA 4DU3A 3HP6A 3VQ9A 3K57A 4FYDA 4AHUA 4FJ7A 4JRQA 3OYNA 2LSNA 2YNGA 3TAPA 1UA1A 2ZD1A 3CFRA 3F73A 3K2PA 4Q5VA 1FKOA 4CGFA 3E01A 2OPPA 2XY7A 1ZBUA 2KZZA 1MU2A 4CGDA 4E1NA 2PY5A 1VSKA 4WE1A 3VN5A 5I42A 4DTRA 1XI1A 3S9HA 4R5PA 1HQUA 3NGIA 2VG5A 1UOCA 1BQMA 3RMCA 1JL1A 4QAGA 4JLHA 2P51A 1HNIA 2E4LA 3HPHA 4CFAA 1XWLA 4E1MA 2FBXA 1BL3A 1KLNA 4DU1A 2O4GA 3V81A 4EP5A 1G15A 1TL3A 4FLUA 1QQCA 3AO5A 3QEVA 4B9MA 4CF2A 4CEOA 5FROA 1SKSA 4CJ3A 2IC3A 1XHXA 4I7FA 1LV5A 2HVHA 3OS0A 4HUGA 2HHQA 4E7JA 1LAVA 1U49A 1TKTA 4KTQA 3OJUA 1VSHA 1ZBHA 3V6DA 4CE9A 5J1EA 3SCXA 4Z4FA 4FVMA 1BCOA 3NF9A 3L2RA 3DYAA 5C25A 1IO2A 1BGXT 2RN2A 2X6SA 3P5JA 4NYNA 1RT2A 4FJJA 1CLQA 3AVMA 3AV9A 3VQ5A 3QLHA 4AILC 1S9EA 1NOYA 4FJLA 1I39A 3AVCA 1C0TA 4CEDA 3ZSZA 4KREA 4F3OA 4CIFA 4I9LA 1BCMA 3JYTA 5J2QA 4FJ8A 2FC0A 4F2SA 4CFBA 4Z4CA 1U47A 1RT7A 1B9DA 1VSDA 3SQ4A 3LALA 3LANA 3TAMA 5FRMA 1JKHA 3P1GA 4IG0A 4CGHA 3OYEA 3AO1A 3I0RA 3VQCA 5T7BA 3L2VA 3RRGA 2VG7A 3L8BA 1TL1A 4RW7A 4UQGA 3VA3A 5I3UA 4CEFA 2IS3A 3ULDA 4CJ5A 3U6FA 2Y1IA 4N56A 3QNNA 3TAQA 1NK5A 3AVNA 3KD1E 3OYAA 1HQEA 3PV8A 4BE2A 4B9NA 5KGWA 1TAQA 1S5JA 4FM2A 4DTMA 3ZT0A 1U45A 1D5AA 1SUQA 1X1PA 3AA2A 3HYFA 4CHNA 3OYDA 3SUPA 1RTDA 4O5BA 3DOKA 1HJRA 1JXBA 4CJEA 4RG8A 3HT3A 3PX6A 4F2RA 3K5MA 4DF4A 1T7PA 1LW0A 3AVBA 1S6QA 3K5OA 4CJFA 3TAGA 3F9KA 4ID5A 4JRPA 3QESA 1TVRA 4KKOA 3MXJA 4KHYA 1JLEA 2YNFA 4O0IA 3NDKA 1NK8A 2PYJA 3AO4A 1TKZA 2YNHA 3ASMA 2X6NA 3VQ6A 4LSNA 3NHGA 1WSIA 1C1AA 3RMAA 1NKEA 1DTTA 3CFOA 1KCFA 4Y1DA 4BACA 4DSFA 4FM1A 4CJTA 3RTVA 3QEWA 4KTWA 3DLBA 1RDCA 1CXQA 4C8NA 1U48A 2O4IA 4CJPA 4DSEA 4FJXA 4XIUA 4C8KA 2Z1GA 3AA3A 4KI6A 1BIUA 4KV8A 3U3YA 3IRXA 3PUFA 3K5LA 4CJQA 1L3VA 1ZBIA 4PQUA 4CEAA 1TK5A 2DY4A 1U4BA 1EXQA 3S3NA 2HHSA 3NGYA 3VQBA 1JLQA 4RW6A 3MAQA 3D45A 1JLGA 5CYMA 1ASUA 1NK9A 4M3WA 1SKWA 4CIEA 4Q0BA 5FDLA 2B6AA 2HW3A 4DFKA 2YNIA 3VA0A 3MEEA 4M3ZA 1QHTA 2HNZA 3CG7A 2A1RA 2GUIA 3HVRA 4PWDA 4CF8A 4O0JA 4EZ9A 4DTOA 3SQ1A 4ZHRA 3PX4A 4HUFA 4W5RA 1RCHA 3TARA 3OYFA 2XHBA 2VG6A 3OYHA 4KI4A 1XC9A 4CHOA 3AA5X 3KD5E 3OJSA 3HPOA 1BIZA 3SPZA 3SJJA 3LP3A 4CFDA 5DK5A 4M3UA 3V9UA 3G10A 5KRTA 1R0AA 2HMIA 4DS5A 4CCHA 1RT1A 4CJVA 1RDDA 3ZT1A 2OYQA 1C6VA 1QE1A 3LPTA 4H8KA 4HVJA 3QIPA 2BANA 5CZ1A 1DTQA 2KW4A 1RDBA 4KHSA 1VSMA 1RTIA 1TKXA 4W5NA 1A5WA 1GOCA 4NCBA 4CECA 3LDSA 4CF9A 1ZYQA 3ISNC 2OPRA 1RILA 2X78A 4IG3A 4B8CA 1S6PA 1SL0A 1C1CA 1ASVA 1WSEA 4CEZA 1NKBA 4FZXC 4DS4A 2KFZA 3DRPA 4O55A 1JL2A 1WSGA 3LP0A 3SZ2A 1HPZA 1TK0A 3L2WA 2R7YA 4HCBA 3SUNA 3MEDA 4IDKA 4CF1A 1TK8A 1YTAA 4FLWA 1C1BA 3DLHA 3NE6A 4FW1A 4DFJA 2G8UA 4CGIA 4I2QA 4J2EA 1RT6A 2D0BA 3ZT3A 3ZSWA 4CJWA 4DTNA 4DFPA 3QO9A 4CJLA 5SZTA 2W42A 1LWEA 1VRUA 1T05A 1WAJA 3C6TA 1IKXA 3CFPA 2RF2A 2G8IA 1A5XA 3LZJA 5D3GA 1Q8IA 1Y97A 3KLIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H4OA 4NYFA 1YT3A 3VQ8A 3FLCO 3PO5A 4DQIA 1VHXA 5AQNA 4Z4EA 3THYB 3LPUA 3O9SA 2KFNA 4RW9A 1NMDA 4Z4GA 3LP2A 1QTMA 3QBWA 3SUQA 4E1JA 1T8EA 3DAWA 3KK2A 1X9SA 5DM7L 1FXXA 3HSTB 2HHVA 3MX2A 5KQDA 5A2QO 4WFBL 1DLOA 1V4SA 4BRLA 2HBMA 4PL8A 2G8VA 3K59A 3CI5A 3OS2A 2AJQA 2P9UB 5M1KA 3UB5A 3SBTA 4CD3A 1XUPO 4FLZA 4CERA 4CJUA 4DU4A 2HBJA 1D9FA 1CZ9A 5AQOA 5KRSA 3BZCA 5AQFA 1HNXK 2CH5A 3UKRA 1IH7A 1LWCA 3EY1A 3UKUA 1G99A 3KLGA 3FZLA 3KTQA 2WOMA 4FLTA 1S1VA 2YX6A 3A2FA 4YFUA 3PLAA 3VENA 3DM2A 1BHLA 1QZ5A 1UA0A 3THYA 3ZEUB 2ZF5O 3KK3A 3OHRA 3LAMA 3DXMB 1YITN 2D5RA 1VQ9N 4CHQA 3G6EN 3O6WA 4O5FA 4DUYK 1QSSA 2O8DB 4B8AB 5LMUK 2RKIA 4FVUA 5HRPA 1VQ5N 2GUPA 3H3NO 4LFCK 3FZMA 1LOTB 2O8EB 3DLRA 3SAGA 4DTSA 4DCHA 4C8LA 4PY5A 3J80O 3E66A 1SKRA 4BDYA 4JI2K 5KGXA 2DFEA 3RRHA 2P9UA 3VEOA 3NFAA 4M63C 3VETA 3JSMA 4FZZA 1YI2N 3M8PA 3K58A 4MDAA 5EXWA 1KLMA 4BRIA 4EP4A 2Y1JA 3CCJN 3DLKA 4OJRA 3GL1A 2AP1A 4L8RB 1D8YA 1GOAA 2HHWA 3KVGA 4CEQA 2F9WA 2VGNA 2HHUA 3V4IA 4JK9A 1HX1A 1Q9YA 1BA1A 1BG3A 3KKSA 1KVAA 3MN9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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