3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
4QCLA 4CGIA 4DU4A 4KB1A 4E19A 2DY4A 3SUQA 1KFDA 1S9GA 4FLUA 3ZSWA 4FJLA 3TI0A 3HK2A 1L3VA 3RMCA 3VQ8A 1YVUA 3RMAA 1WAFA 4J2AA 3EY1A 3IRXA 3AVMA 4F8RA 3TANA 3SCXA 2ZE2A 1BCMA 3LZIA 1S1WA 3VQQA 4HUFA 4DS4A 1Q9YA 1TKXA 1X1PA 3SV3A 4B9NA 4FJGA 4CFBA 3ULDA 1LWFA 4IDKA 4R5PA 3OJUA 4DF4A 4FJKA 1WN7A 1JLFA 2XY8A 1N6QA 4KI4A 3KLGA 1SL1A 4CEZA 4I9LA 4LH4A 1RILA 4CJ5A 3QEXA 3VQCA 3K5OA 4HUGA 1UA0A 3CM6A 3RRHA 4OKKA 3CFRA 4Z4EA 2F8SA 1Z25A 3AVCA 3RMBA 1D9FA 2VG7A 3DLKA 4PA1A 4BDYA 2X6NA 1NJXA 4CHZA 1RTJA 4PY5A 4FJJA 1HYZA 4DU3A 3TAPA 1TKTA 1B92A 1U48A 4DWIA 1EP4A 1RT5A 4M3RA 1VSLA 4DQSA 4Y1DA 3IAYA 4CHNA 1D9DA 1UOCA 3BGRA 5KI6A 1SL0A 1BHLA 3MXMA 4CJKA 3AO4A 3RR8A 5FRNA 2A1SA 1DLOA 1KTQA 3HYFA 2P5GA 1XHXA 4Z4HA 1NK9A 4RW9A 2HVIA 3OYAA 4W5NA 3SUOA 1SKSA 1TV6A 2RN2A 4DS5A 3AA5X 3O3HA 1ZBIA 3O4NA 1W9HA 2KQ2A 4YNQA 5CY4A 4FJIA 2VWKA 4FK2A 4C8NA 3DLBA 2P51A 4B9SA 3NF9A 3L2VA 4KAZA 3T3FA 2IAJA 1G15A 4FLTA 1BGXT 1ASVA 1TGOA 4B08A 4EP4A 1TKZA 1RBVA 3VQDA 1KLNA 4F3OA 5JS1A 3FFIA 4CHQA 4IBNA 1LWEA 4EP5A 1HQEA 3DMJA 4FM0A 1NK6A 1CZ9A 3LPUA 2IOCA 3H08A 4M3XA 4KO0A 5FROA 5T7BA 3HVRA 4BACA 3SV4A 1FKPA 1ASUA 3S3OA 1L3TA 3EYZA 1BISA 4CF0A 3DRRA 1CZBA 5CYMA 4JS4A 3G10A 4GMJB 4I2PA 4FLYA 4DTNA 3L3UA 5FDLA 3NH1A 1J9AA 2HHXA 1RT6A 1Y97A 5KGWA 3KLIA 2G8IA 4NYFA 3QNOA 3AVHA 2Y1JA 5FRMA 1RDCA 3QIOA 4AHTA 3VQ7A 4RG8A 3OYHA 4HUEA 3LP3A 4Z4IA 1BQMA 4DLGA 3P83D 3VN5A 3K5NA 3LAKA 2G8HA 4KTWA 2HHTA 4E7HA 4CERA 2G8UA 3T19A 4BDZA 4JRPA 1A5XA 4DTPA 2QK9A 4EZ9A 2RF2A 4CJ4A 4FZYA 4Q5VA 3LWMA 3THVA 1S1TA 5HLFA 4I2QA 2HMIA 2HHSA 2YHBA 4DMNA 1IKYA 4DFKA 1RTDA 4BDPA 3HP9A 3VQ4A 4CHPA 1MU2A 5J2MA 3CM5A 3ZSQA 2G8WA 4RW4A 4CGDA 1U4BA 3NGIA 2KFZA 3NE6A 1TK0A 3ZT1A 1U45A 2RPIA 3O3FA 3KIOA 4FYDA 1JLEA 3ISNC 3IG1A 4E7KA 4DQQA 4C8MA 1I39A 3OYGA 2F96A 3TAGA 1VRTA 3LANA 5KRSA 3L2UA 2W42A 4FLVA 1S5JA 1RT7A 2YV0X 1RTIA 4JS5A 1JLCA 4ZHRA 2XY7A 2KW4A 5K14A 1GOAA 4UQGA 4FJ5A 1XWLA 1FKOA 3AO3A 3P1GA 4AHVA 2XO7A 3V1RA 4DTJA 1XI1A 4N56A 3BDPA 1NK7A 4CGFA 4Z4CA 3LP2A 4CJPA 3MXIA 3HJFA 3PX6A 3OYCA 2FBYA 5J2QA 4N5SA 1CXUA 2DTUA 3NBPA 1ITGA 2JGUA 2E4LA 1SKRA 4F2SA 5J1EA 4BE0A 3QIPA 1L5UA 2KZMA 4N47A 2IC3A 3WNHA 4J2EA 1NKCA 3TWHA 1HNIA 4CE9A 3NF6A 3HXMA 1VRUA 3SUPA 3SUNA 1S6PA 1BCOA 3ZT2A 4E0DA 3JSMA 3U3YA 2YHAA 1IG9A 4DFPA 2KFNA 4LH5A 3ZSYA 3NF7A 4O55A 3DLHA 4BE1A 4IFYA 1ZBFA 2OPRA 1BI4A 3I0RA 4M45A 3VQEA 4HVJA 4DQPA 4CEAA 4DSFA 4NCGA 4OPJA 3K57A 1RBTA 3U6FA 4KV8A 3OYMA 4CJSA 4CIFA 3O3GA 3NH0A 1U47A 3F73A 1HRHA 4KHQA 4DTUA 2OZMA 4FXDA 4ID5A 3DRPA 4CJTA 1NJWA 1TK8A 3PV8A 1KVAA 1O1WA 3WNGA 1WNSA 4CCHA 2ATQA 3MEEA 3PO5A 3LZJA 4B9VA 2Z1HA 3NGYA 3P5JA 3OYJA 4Q0BA 1A5VA 3VQ5A 4DF8A 3DRSA 3SQ2A 2E6MA 3D45A 4FJXA 4H8KA 2HHVA 3V9XA 1X9SA 2LSNA 2IS3A 2D0BA 3E01A 1TL3A 3HPGA 3M8SA 3MXJA 3NHGA 1JL1A 3MAQA 1JXEA 5HROA 1J53A 1S9EA 2HHWA 3TABA 3L2QA 2OPPA 3ZSOA 4CIEA 2DFEA 2IGIA 1QTMA 1S1VA 4F2RA 4O0JA 4F4KA 1K6YA 2IDOA 3LPTA 3LP0A 5SWMA 3C6UA 3F9KA 2X6SA 3SZ2A 2QXFA 3KKSA 2OYQA 1TAUA 2VG6A 3AA3A 1TK5A 5I42A 1RBSA 3V1OA 1VSIA 1NK0A 3I0SA 3CFOA 2HHUA 4BWJA 4ELUA 3DOLA 2F8TA 3WNEA 4CK3A 2VWJA 3QEWA 4DTMA 4M41A 1IKXA 1NOYA 3DLRA 2D0CA 1ZYQA 3TAMA 1HNVA 3OS2A 3S3MA 3ZSVA 3OYFA 3SPYA 1U04A 4KTZA 4E7JA 4N76A 3OYLA 2YNIA 3DLEA 1NKEA 2R7YA 4CEQA 5SZTA 3QNNA 3NCIA 4NCAA 3VQBA 2D0AA 1C0UA 4HHTA 4CGJA 4E1MA 1NK5A 3WNFA 1QS4A 4CJLA 1QE1A 4FJ9A 1VSDA 1WSJA 3LP1A 4FK0A 3SNNA 4CJUA 1EETA 4HCBA 3DYAA 2XRIA 3AO2A 1HMVA 2OPQA 2WONA 3AVNA 3RRGA 4FZZA 3OJSA 1SL2A 4CK2A 2PY5A 3B6PA 2OZSA 4LY7A 4KB0A 4QAGA 1JLGA 3NGZA 4E89A 3HM9A 4DQIA 4YFUA 2YKMA 4O5BA 1RCHA 3CG7A 4RW8A 1KLMA 4CF9A 2PZSA 1S1UA 4AHUA 1W0HA 3ZT4A 4OGCA 4W5OA 3V9ZA 1KRPA 1WSHA 1ZBLA 1SUQA 4C8KA 1Z26A 4KHYA 3M8RA 1TVRA 2YKNA 3HL8A 4LSLA 1HYVA 3PX0A 1WSEA 1QHTA 2G8VA 3B6OA 2E6LA 1IO2A 2D5RA 3LAMA 1N5YA 4CF2A 1T7PA 4CIGA 1HPZA 3NAEA 1WAJA 2HNDA 1B9DA 4NYNA 3VQ6A 4IKFA 1UWBA 1TL1A 1CLQA 4KHNA 4MQ3A 4FM2A 3V9UA 4DG1A 3KLHA 4DSIA 3VQAA 4PQUA 4CESA 1C0MA 2FBVA 4ELVA 4KREA 3MEDA 5HRSA 1RT4A 2KTQA 1VSJA 1RT3A 1YT3A 3ZT3A 3DLGA 1T05A 4OPKA 4GW6A 1LAWA 4CFDA 3RTVA 4IG3A 2GBZA 3AVKA 3KD1E 2GV9A 1BQNA 4DSJA 3OYBA 5KGXA 5J2PA 4B9TA 4M3WA 4FW2A 4DTSA 4KHSA 1RDBA 3AVFA 4Z4GA 5EU7A 4FLWA 4DFJA 2P5OA 4M3ZA 1FXXA 2XY6A 2BGGA 3QERA 2X74A 4E1NA 1Q9XA 4OJRA 3SQ1A 3OY9A 1VSEA 4N41A 4E3SA 5I3UA 4B9LA 5CZ2A 3NFAA 4AHSA 1KFSA 4FK4A 1GOBA 1C0TA 4E7LA 4M3YA 2WOMA 1IH7A 1BI4B 4M42A 4H4MA 1NOZA 1LW2A 4CEOA 3ASMA 5C42A 5D3GA 3AVIA 3OYEA 2RKIA 4DLEA 4PUOA 4KI6A 1LW0A 1KSPA 3AVJA 4O0IA 1XHZA 1C1CA 4ICLA 4AHCA 3KJVA 4L8RB 1HYSA 1IKVA 1ASWA 4ELTA 2PYJA 4FJHA 2YNGA 4CJRA 3KKRA 1D8YA 3AVLA 4ZTFA 3LALA 3K59A 4FLXA 1QSYA 4FW1A 3PO4A 4B9MA 2FC0A 3V6DA 1RBRA 3OVNA 2Z1JA 4TSXA 3AVAA 4HCCA 3QESA 2FBTA 4FM1A 3HVTA 3NF8A 3U3GA 5HBMA 4EZ6A 1TKDA 2FBXA 3L8BA 3RR7A 4DSLA 2B5JA 1TAQA 4CEBA 3ALYA 1YTUA 1UA1A 2OPSA 2HB5A 1VSMA 2QKBA 4OGEA 1JLBA 2Z1GA 5CYQA 1C1BA 4CGGA 2HHQA 1QSSA 4CHOA 4DTRA 3OYIA 1EX4A 3QINA 4JLHA 4OLAA 3KLFA 1BIUA 1Q8IA 3NDKA 2ETJA 4FJ8A 4AILC 2JLEA 4CFAA 1C1AA 2Q3SA 2XY5A 5DK5A 4F3TA 2O4GA 2VG5A 3ZSZA 3V9SA 3SJJA 4CJVA 4KTQA 3C95A 4KKOA 1T03A 1B9FA 1VSHA 3TR8A 3S3NA 2GUIA 4HTUA 1RBUA 4ZTJA 1X9MA 1VSFA 3PX4A 3HO1A 1LAVA 4IFVA 4LD0A 2O4IA 4CK1A 3KTQA 1NKBA 3DOKA 5E41A 3IS9A 3LDSA 2AJQA 1VSKA 5C24A 1NJZA 4CECA 1NK4A 1FK9A 3QEPA 4NCBA 3PY8A 2BANA 2DFFA 3AV9A 3D0PA 5J2NA 1QSLA 4K8XA 4DTOA 4XIUA 3QLHA 4W5QA 3HPHA 1RTHA 3TAEA 4FJ7A 3VA3A 2XHBA 3ZCMA 3OYKA 2A1RA 4DSKA 3L2WA 2YNHA 4OVLA 1RT2A 1HQUA 4FJMA 1BL3A 3M8QA 2KZZA 3VA0A 1RNHA 4I7FA 1EKEA 4RW7A 3L2RA 2YNFA 4FLZA 3KK2A 4DU1A 3AVBA 1NK8A 4ID1A 3MEGA 2OA8A 1C6VA 1VK0A 4BWMA 3UIQA 3DM2A 4QOZB 4CEDA 4H4OA 1LV5A 1S6QA 4DTXA 3QEVA 3AO5A 4IG0A 1WLJA 2DFHA 1D5AA 1A5WA 3V4IA 4DQRA 1L3SA 2HNYA 3KK3A 2X78A 2B4JA 3NH2A 1JLQA 2ZQBA 3PUFA 3C94A 1JXBA 2BDPA 2QKKA 4FZXC 4Z4FA 4Z0UA 3OYNA 3AO1A 3SQ0A 4CJ3A 4OKEA 3SYZA 2Y1IA 1NJYA 3K5LA 5HP1A 2EHGA 3DI6A 3OS1A 1HJRA 1EXQA 1IKWA 3SPZA 1U49A 4FCYA 4MFBA 4LSNA 2BE2A 5C25A 1T8EA 3T1AA 5HRNA 3A2FA 3HSTB 4RW6A 4B8AB 1JKHA 1RDDA 4FVMA 4WE1A 3VQ9A 5JS2A 3KLEA 3QO9A 3K58A 3S9HA 3AVGA 4B3OA 1RDAA 3TAQA 5HRRA 3OYDA 4CJEA 4C8LA 3HP6A 4PWDA 3SI6A 1CXQA 4CJQA 4O44A 1KVCA 3QEIA 1SKWA 3KD5E 4M3UA 1ZBHA 1DTQA 1SV5A 1BIZA 4DFMA 1R0AA 3TARA 4CJWA 5KTQA 2I5JA 2ITGA 4OKJA 3K5MA 1WSIA 3RWUA 1WSGA 1KCFA 4KHWA 4M3TA 4E7IA 1UAXA 4CFCA 2HVHA 3AA2A 1RT1A 5DMRA 4CEEA 3G0ZA 1F21A 3I8DA 3EZ5A 4C8OA 2HW3A 1REVA 4KHUA 1S1XA 1DTTA 1I3AA 1GOCA 4I9QA 2HNZA 4KRFA 1JL2A 1QQCA 1WSFA 2NUBA 2Z1IA 4CEFA 4W5TA 3LWLA 4AHRA 4OLBA 3K2PA 3MECA 3VQPA 3AA4A 3CQ8A 3M8PA 3L3VA 3QETA 4DSEA 4CF8A 3JYTA 3TAFA 4JRQA 4AH9A 3O4QA 1LWCA 2P1JA 3RMDA 1YTAA 1ZBUA 2ZD1A 4O4GA 4J2DA 4KFBA 1X9WA 2B6AA 3ZSRA 3HT3A 3CFPA 3V9WA 2G8FA 4CHYA 1XC9A 3CYMA 4CF1A 2G8KA 4FJNA 3ZT0A 4Y1CA 1KVBA 4B8CA 4CJFA 1JLAA 1J54A 4W5RA 3SQ4A 4B9UA 4CGHA 1J5OA 5HRPA 4GVMA 3HPOA 1L3UA 3ZSXA 4BE2A 3ITHA 2PYLA 4J2BA 5CZ1A 4K8ZA 2EX3A 4G1QA 5KRTA 4KPYA 3V81A 3OS0A 3V1QA 3C6TA 3KK1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU4A 4K25A 2QA4N 4LF4K 3ZX0A 3QMLA 4E19A 1S9GA 1RDWX 3TI0A 5AZIB 2OCEA 4A5AA 2NRZA 2E20A 1YVUA 5EY4A 3VETA 4BVOA 3O08A 2W6KA 4DR3K 4PKHA 3AVMA 4F8RA 2D0OA 4FWKA 1GLJO 5AQWA 2IVPA 4B9NA 1KC8O 3ULDA 3I55N 3BUZB 4DF4A 1C0FA 3CJAA 4I9LA 4LH4A 1RILA 4A62A 4XH4A 3CCEN 1UA0A 3K9KA 1T6CA 3RRHA 4OKKA 2F8SA 3R8EA 2BTFA 3DLKA 4BDYA 2X6NA 3U8XA 4PY5A 3LL3A 1N36K 1B92A 1O13A 1M1KO 4DWIA 3IUCA 2AA4A 1SL0A 3E9OA 4CJKA 1TYQA 1V4TA 3VEXA 3UKRB 2A1SA 3HYFA 5LJWA 1TUUA 2PFUA 2W40A 1Q18A 2RN2A 3EKUA 3VMFB 1QVFM 5CY4A 4C8NA 3DLBA 3DWLA 3T3FA 2E2NA 3J7YP 1HR0K 4JI3K 1KLNA 4F3OA 4BRFA 4CHQA 5E84A 5JS1A 3ZX2A 1HQEA 4YY3K 4M3XA 4IOAL 3QICA 5FROA 4B1VA 4BACA 3FE1A 4WYBA 4DR6K 1BISA 5AJ3K 2IIRA 5CYMA 4FLYA 4I2PA 3L3UA 2AP1A 4BC5A 3QNOA 4X64K 3O1BA 3OYHA 5JLFA 3LP3A 4DLGA 3VN5A 4WQ5C 3K5NA 2G8HA 3CJ1A 4KTWA 2HHTA 4E7HA 2ASMA 2PBDA 4DHYA 3T19A 3SAGA 4BDZA 4JRPA 3VEVA 3O1WA 3CF5L 4DV2K 4B3MK 2A3ZA 5AQZA 4BG9A 5F1XA 2YHBA 4DMNA 1OKJA 1IKYA 3K0SA 3R1XA 3CQYA 3AAPA 1Z6RA 4CGDA 3HOTA 2KFZA 4YHHK 3NGIA 3R6MA 4ILJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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