3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
2OPQA 1CXQA 3MXMA 2KFNA 3L2UA 1TKZA 5C25A 4CGDA 1RT5A 3JYTA 4OKEA 3ZSQA 1HYVA 1YT3A 4FCYA 1F21A 2XY8A 1KLNA 5E41A 3S3OA 3V9UA 4EP5A 3HPHA 4C8OA 1WSIA 3CFRA 1C0MA 4CGGA 1VSIA 2QKKA 2PYJA 1QS4A 4KFBA 3CM6A 4Q5VA 4FM0A 3CFOA 4FJLA 4EZ9A 4FM1A 1HYSA 3LDSA 4BDYA 4W5OA 3I8DA 3SI6A 3TANA 4CJVA 3TAMA 2BE2A 3KKSA 4W5NA 5HRRA 4KTZA 3CM5A 1LAWA 2OZMA 3AVKA 2VWKA 1ZBLA 2YNGA 1TVRA 4M3ZA 1JLBA 5HLFA 3VQDA 2G8FA 2PYLA 3OYBA 1RNHA 2G8KA 1TL3A 3RTVA 3ISNC 5DK5A 4KPYA 4CJQA 3DLEA 3OYKA 1RT4A 3HVRA 4OKKA 4NCBA 4LY7A 4IDKA 4Z4FA 4N5SA 4Z4CA 2XY7A 4RW4A 3A2FA 2F96A 1C6VA 3RMBA 3K5MA 3TAGA 2P5GA 4CESA 2HHXA 2XY5A 1VSMA 4CGJA 3SV4A 4Z4GA 4KREA 4KO0A 4FZYA 1TKXA 3HXMA 2DY4A 2JGUA 1BQMA 4CEOA 2X74A 2IGIA 3L2QA 3ZT3A 1SV5A 2XHBA 3G10A 4CJ4A 4KV8A 4F2SA 2DFHA 3PY8A 3VQPA 1J53A 3LALA 3T19A 1RILA 1BISA 1SUQA 4W5RA 1REVA 2A1RA 1HNIA 5HROA 3HJFA 2IS3A 2FC0A 1J5OA 4I9QA 3DI6A 1RDAA 3WNGA 4KTWA 3KJVA 1TV6A 2EHGA 4BDZA 1K6YA 4J2DA 1SL1A 1BIUA 4AHRA 4N76A 1RDBA 3KKRA 4B8CA 3ZSVA 4CGHA 1BHLA 3HSTB 3ZSWA 3KD1E 3ZSZA 3JSMA 5KRTA 1ZBHA 1RT7A 5CYMA 4E19A 1Y97A 4DQRA 3KTQA 5SWMA 3NDKA 4DU4A 1LAVA 1B9FA 1NKCA 4CJ5A 3ULDA 3KIOA 4AH9A 3NH0A 5I42A 1TK8A 4CGIA 3RWUA 1LW2A 1EKEA 4E7KA 3QEWA 3O3FA 3SV3A 1RBVA 3LP0A 1TAUA 4CEZA 3SUPA 1S9GA 4CHOA 1L3SA 4FLYA 3L8BA 1HJRA 4DTUA 5HRPA 1NKBA 3QIPA 2OPSA 4E7JA 4KKOA 1RT2A 1S1XA 2X6SA 3QERA 4N47A 3CFPA 2BANA 4E7LA 1UA0A 3OJSA 4CCHA 2ITGA 1J9AA 1JXEA 3QESA 2PY5A 4J2AA 4KHQA 1IO2A 3C6TA 3VN5A 1NK0A 4E1MA 3AVCA 5FRNA 3KLIA 3NGIA 2D5RA 3PO4A 4FJ5A 4PQUA 2RKIA 5DMRA 4CF8A 3TABA 3AO2A 4Q0BA 3V9WA 3AVGA 4DFMA 1BI4B 4C8NA 3ZSYA 4CEQA 3T3FA 1X9MA 1MU2A 3MEEA 1QSSA 1Q9XA 2KZZA 1KVCA 5HP1A 3QEXA 4DLEA 4PA1A 4N41A 5C42A 4OJRA 2FBVA 4ELTA 5SZTA 2QXFA 4OVLA 3MXIA 4OLBA 1TGOA 4FJKA 1VSDA 4F4KA 4FW2A 3RRHA 3THVA 1JLEA 3HPGA 3AVHA 4CJLA 4DFJA 2G8HA 3OYEA 1IKYA 3MEGA 5CZ2A 4Z4IA 4CJEA 4RW6A 4ICLA 1VSLA 4DTXA 5EU7A 1IKWA 4CHQA 1KRPA 2VG6A 1NOZA 3RMDA 3SUQA 3VQ5A 1RTHA 4FW1A 1X1PA 4E7HA 1UA1A 3NF9A 3DLBA 3U3YA 4OPKA 3OVNA 4W5TA 3O4QA 3OYHA 4M3XA 2BGGA 1RDDA 4FLTA 4B8AB 1S5JA 3LZIA 3OS1A 3DLRA 4NCAA 2G8WA 3RR8A 4DFPA 4G1QA 3VA3A 1TK5A 4C8LA 3QLHA 4DTSA 2VWJA 4CF0A 1FKPA 1BQNA 3AVBA 1YVUA 4H8KA 4K8ZA 2PZSA 2ETJA 3FFIA 2I5JA 4CJKA 1XWLA 3NGYA 4FLXA 1S1VA 3M8RA 3B6OA 2F8TA 2HNZA 2KFZA 3IRXA 1QHTA 3E01A 4IG3A 1D9DA 3C95A 4FM2A 3HO1A 4CHPA 2P51A 3SQ2A 4IKFA 3RMCA 3ZSOA 4FZXC 1Z26A 1IH7A 2ATQA 3PO5A 1T8EA 4DTOA 1RT1A 1CZBA 3L3VA 3LANA 4Y1DA 4Z4HA 4DS4A 1QSLA 3BDPA 3NGZA 1WSEA 3HM9A 4F3OA 3AO3A 1S1TA 3DRPA 3H08A 3DLKA 4CEEA 1C1CA 3KK1A 2KW4A 2D0BA 3D45A 3SQ0A 1U49A 2Z1JA 4NCGA 4CK3A 3U6FA 1NK8A 2HHVA 2KZMA 1NJXA 4I2QA 4HVJA 3SQ4A 1DLOA 4YFUA 4LD0A 4JS4A 1LWFA 4ZTJA 1LV5A 2O4IA 3MEDA 3LAMA 2OZSA 4FJNA 1EXQA 2E4LA 5J1EA 4GW6A 1Q9YA 1DTTA 2XY6A 1C0UA 2Q3SA 4OGCA 2ZQBA 2Y1JA 4LSNA 3I0RA 4E1NA 2D0CA 1WN7A 3ASMA 3VQ9A 3AO5A 3PX4A 3DMJA 4DWIA 3TARA 3P83D 3QO9A 3O3HA 4J2BA 4DSEA 1VSHA 5KTQA 1JL2A 4CFBA 1VSEA 2VG5A 5HRNA 4YNQA 3O4NA 4CJWA 3RMAA 1NK7A 4CHZA 4O0JA 2RF2A 3V1OA 4TSXA 4BWJA 1VRUA 2LSNA 3VA0A 3QEVA 4H4MA 4JRQA 1LW0A 1BI4A 4CJTA 2G8VA 3RR7A 4FJ8A 4C8KA 4M3WA 2HHQA 3OYJA 4FJGA 3EYZA 3ZT1A 4FYDA 4FXDA 3AA2A 3KLHA 3DYAA 3CQ8A 5D3GA 3S3NA 4QOZB 2IDOA 4M3YA 1A5VA 4FVMA 3U3GA 3V9ZA 2HNYA 3M8SA 4HHTA 1JLCA 1EP4A 3NF7A 4JRPA 4CF2A 4CIGA 1RDCA 3EZ5A 3AVLA 3HK2A 1WNSA 4CJRA 2EX3A 5HRSA 1HMVA 3HYFA 2QK9A 4AHSA 1ASUA 3P1GA 1U04A 4CHYA 4H4OA 1JLQA 3AA4A 2YNFA 1GOAA 3B6PA 4LH4A 4RG8A 1BIZA 1S1WA 4NYNA 4BE2A 3OY9A 3V6DA 4FK0A 1BL3A 4QAGA 2D0AA 4HCCA 3KK2A 1LWEA 4CFAA 4DTRA 3MXJA 1G15A 2O4GA 3ZT0A 4CJSA 2YV0X 4CF9A 1X9SA 1NJWA 2YKNA 1HNVA 2IAJA 1I39A 4E7IA 4FK4A 1ZBIA 1N5YA 4CECA 1SKRA 1WLJA 2WOMA 3C6UA 4CEAA 1WSGA 4FK2A 3K2PA 2DFFA 3HVTA 3LPTA 4PUOA 3OYMA 1RBRA 4CERA 4J2EA 3AVNA 4MQ3A 4AILC 4DQSA 1VK0A 1JLAA 1TL1A 4HUGA 3TAPA 1GOBA 4FZZA 1T7PA 4KB1A 4EZ6A 4HUEA 4KI6A 3PX6A 3VQ7A 1WAFA 3K5OA 4RW9A 4ZTFA 1C1BA 1NK6A 3V4IA 1BCMA 3BGRA 4KB0A 2WONA 1LWCA 1RCHA 1WAJA 3IG1A 3VQ8A 3K57A 3K59A 3V9XA 1YTUA 3WNHA 3OS2A 3PUFA 3VQEA 4KRFA 4O5BA 4BACA 3F9KA 3K58A 3TAQA 3NH1A 1RBTA 3AVMA 5HBMA 3DLGA 2Z1IA 1HQUA 1ZBUA 4DMNA 3F73A 4DSLA 3DOKA 1WSJA 3V9SA 3ZSRA 1SKSA 3TWHA 2KTQA 4EP4A 4IBNA 1IKXA 3PV8A 1KFDA 5CZ1A 4CJUA 1J54A 3OYDA 1X9WA 4F8RA 4FJ7A 1RT3A 2IOCA 4E0DA 3WNFA 4I7FA 1TKTA 4BWMA 3LZJA 1Q8IA 4F3TA 4B3OA 1WSFA 2HNDA 5KGWA 2X78A 3VQQA 3ZT2A 4QCLA 2B5JA 3AA5X 4KI4A 3D0PA 3KLGA 3DRRA 1TAQA 3M8PA 1NJYA 4M42A 3ITHA 1QQCA 1I3AA 3OYIA 3RRGA 5KI6A 4CIFA 4CFDA 3L2RA 5J2NA 4ELUA 2B6AA 3DOLA 3LP2A 1L3VA 3LAKA 4CEDA 5J2QA 1D9FA 1RTJA 4B9NA 1C0TA 4M3UA 3T1AA 3L3UA 4IFYA 4I2PA 2Y1IA 2OYQA 2R7YA 1ZYQA 1ZBFA 1KSPA 1D8YA 4DG1A 2GBZA 4AHTA 4DU3A 3NHGA 1KLMA 2HHTA 1T03A 3TR8A 1B9DA 1L3TA 1GOCA 1UWBA 1U45A 1NJZA 4Z4EA 1CZ9A 1KCFA 3ZCMA 5K14A 1C1AA 3AO4A 4C8MA 4GMJB 5J2MA 1JKHA 1RBSA 5C24A 1HRHA 2FBXA 3AVJA 4R5PA 4FLUA 2Z1GA 4DSFA 1A5XA 3LP1A 1NK4A 1HYZA 2HHSA 5JS1A 4HTUA 4Y1CA 3KK3A 2Z1HA 4O44A 3KLFA 4XIUA 3SPYA 4HCBA 4DTMA 1TK0A 1S6QA 4M3RA 4E3SA 2AJQA 2X6NA 1KFSA 4DSIA 3OYLA 3LWLA 3SUOA 4KHUA 2VG7A 2OA8A 1EETA 2P5OA 2RPIA 3NF8A 1HQEA 1KVBA 3TI0A 4LH5A 4DTJA 4Z0UA 4CJ3A 1UAXA 4M41A 4DQIA 4O4GA 4CEFA 2HVHA 1CLQA 3M8QA 4DLGA 3AVAA 2F8SA 4PWDA 4CGFA 4OKJA 3V81A 1SKWA 4DQPA 4CHNA 1T05A 4NYFA 4M3TA 1O1WA 1JL1A 4ID1A 4DFKA 3AVIA 4GVMA 3SUNA 1U4BA 4PY5A 3MECA 3HL8A 1S1UA 4DSKA 3NE6A 4AHVA 1QTMA 3L2WA 4DTNA 1JXBA 2YNHA 3VQAA 3VQCA 1UOCA 3QNOA 2HW3A 1RTIA 3KD5E 1SL2A 3QETA 1W0HA 1ASVA 3HP9A 4M45A 3OYCA 3P5JA 4ZHRA 1FXXA 2E6LA 2YNIA 3V1QA 3ZT4A 2ZE2A 4B08A 1NOYA 3DLHA 2OPRA 1D5AA 2YKMA 1U48A 1DTQA 4AHCA 3OYGA 4O55A 4CK1A 4DU1A 1R0AA 1JLFA 1XC9A 4FLZA 1NKEA 2BDPA 1L5UA 4K8XA 4KHWA 2HVIA 3NCIA 3LWMA 4B9SA 3K5NA 2FBTA 3TAFA 3S9HA 3LP3A 4DSJA 4ID5A 3SZ2A 4OLAA 3HPOA 4B9UA 1ITGA 4N56A 1TKDA 4L8RB 3EY1A 4FJHA 5KGXA 1KTQA 1WSHA 4B9VA 2HHWA 1VSJA 2P1JA 3KLEA 4KHYA 5KRSA 1EX4A 4MFBA 3QINA 4RW8A 4OPJA 1FKOA 4I9LA 3V1RA 3ZSXA 2FBYA 1FK9A 1YTAA 4AHUA 3NH2A 1N6QA 4W5QA 3DRSA 3O3GA 1S9EA 3OYNA 1BGXT 4IFVA 3QNNA 1SL0A 3HT3A 1S6PA 2YHBA 4RW7A 4JLHA 3OJUA 4BE0A 2G8UA 1A5WA 3AA3A 4CK2A 4F2RA 4CF1A 2XO7A 4JS5A 1VSKA 3IAYA 4FJ9A 4KHNA 3SYZA 3QEPA 2G8IA 2QKBA 1XI1A 5FDLA 3DM2A 1QE1A 3G0ZA 4LSLA 2W42A 3NAEA 3PX0A 5I3UA 3S3MA 2E6MA 2RN2A 1IG9A 4B9LA 2DFEA 2GV9A 3I0SA 2JLEA 3CYMA 4E89A 2DTUA 4UQGA 1QSYA 3UIQA 4KAZA 2A1SA 4ELVA 1VRTA 3SQ1A 5JS2A 1ASWA 2OPPA 4O0IA 4DQQA 3L2VA 1U47A 4KTQA 2GUIA 1RBUA 3AVFA 4CEBA 3CG7A 4DS5A 3K5LA 2KQ2A 3NFAA 3SJJA 1L3UA 4DTPA 4CIEA 1HPZA 5J2PA 2HB5A 2YHAA 4OGEA 3AO1A 4IG0A 1XHZA 5FRMA 3VQBA 3NBPA 3VQ6A 2B4JA 3QIOA 3NF6A 4CFCA 1RT6A 1BCOA 4B9MA 1IKVA 2IC3A 4DF4A 1B92A 2ZD1A 1RTDA 3AV9A 1JLGA 3VQ4A 3WNEA 3SCXA 3LPUA 4WE1A 5T7BA 4CJPA 4KHSA 4FLVA 3SPZA 4DF8A 5CY4A 2XRIA 1CXUA 4FJMA 5FROA 4HUFA 4B9TA 3C94A 1NK9A 4BDPA 2NUBA 4BE1A 3HP6A 3IS9A 3SNNA 1NK5A 1KVAA 3TAEA 4CJFA 3OS0A 4FJIA 3QEIA 3OYAA 2HHUA 1W9HA 1VSFA 1XHXA 4FJXA 4CE9A 4FLWA 5CYQA 3MAQA 1Z25A 3ALYA 2HMIA 3OYFA 4FJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CXQA 5M1FA 5M1PA 2QWNA 3HI0A 4H0XB 1T6CA 4OKEA 3K0SA 1HYVA 4EP5A 2PYJA 4BC4A 3CM6A 4FM0A 3CFOA 4FJLA 4EZ9A 4FM1A 4K0KK 1HYSA 2O8DB 4H0TB 1E3MA 3TAMA 3VPZA 5GIOA 3KKSA 3CM5A 1IBMK 3AVKA 1TVRA 2G8FA 3ISNC 3CIPA 4PL8A 4NCBA 4OKKA 4PKHA 4LY7A 4N5SA 2NRTA 3SBTA 2Q0UA 3A2FA 3ZEUB 2P9NA 5H1SQ 3W0LA 1TKXA 3ENOA 2QWOA 3L2QA 4JI7K 5GINA 2WC9A 1N8RO 1ATSA 1S72N 2DFHA 3M3ZA 3VQPA 3T19A 3LALA 5GADP 3CJAA 2A1RA 1HNIA 4H5NA 2QEXN 2P9IA 4JEPA 4I9QA 3DI6A 4LF6K 4KTWA 2QW9A 3BZKA 1K6YA 3J7AP 1BIUA 2ZJRL 4N76A 4B3RK 3ZSVA 2EWSA 3H1VX 1BHLA 3HSTB 3KD1E 3ZSZA 2NNWA 5CYMA 1Y97A 4DQRA 3KTQA 5SWMA 3NDKA 3H45C 1B9FA 1NKCA 2QI2A 3KIOA 2HMPA 1TK8A 1LW2A 4CZIA 1EKEA 4E7KA 3QEWA 3SV3A 3LP0A 3L4IA 4YOUA 3C7NA 1L3SA 1YF5L 3RSEA 1HJRA 5KPTA 4DTUA 1RT2A 2BANA 4DB3A 2ITGA 1J9AA 4FWNA 1RFQA 1NK0A 5JLFA 4WYBA 5FRNA 3KWIA 4JD2A 4B3TK 3CJBA 4Q0BA 3V9WA 4DV1K 3L0QA 4WQ4C 3T3FA 1V4TA 1MU2A 2IVPA 3QEXA 4DLEA 4CW7B 2FBVA 2NRRA 4OVLA 4OLBA 4WFNL 1YIJN 4FWOA 3THVA 1HKBA 4Z4IA 3MEGA 4CJEA 4ICLA 4DTXA 3U8XA 4CHQA 5JLHA 3EL2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CXQ A;  5M1F A;  5M1P A;  2QWN A;  3HI0 A;  4H0X B;  1T6C A;  4OKE A;  3K0S A;  1HYV A;  4EP5 A;  2PYJ A;  4BC4 A;  3CM6 A;  4FM0 A;  3CFO A;  4FJL A;  4EZ9 A;  4FM1 A;  4K0K K;  1HYS A;  2O8D B;  4H0T B;  1E3M A;  3TAM A;  3VPZ A;  5GIO A;  3KKS A;  3CM5 A;  1IBM K;  3AVK A;  1TVR A;  2G8F A;  3ISN C;  3CIP A;  4PL8 A;  4NCB A;  4OKK A;  4PKH A;  4LY7 A;  4N5S A;  2NRT A;  3SBT A;  2Q0U A;  3A2F A;  3ZEU B;  2P9N A;  5H1S Q;  3W0L A;  1TKX A;  3ENO A;  2QWO A;  3L2Q A;  4JI7 K;  5GIN A;  2WC9 A;  1N8R O;  1ATS A;  1S72 N;  2DFH A;  3M3Z A;  3VQP A;  3T19 A;  3LAL A;  5GAD P;  3CJA A;  2A1R A;  1HNI A;  4H5N A;  2QEX N;  2P9I A;  4JEP A;  4I9Q A;  3DI6 A;  4LF6 K;  4KTW A;  2QW9 A;  3BZK A;  1K6Y A;  3J7A P;  1BIU A;  2ZJR L;  4N76 A;  4B3R K;  3ZSV A;  2EWS A;  3H1V X;  1BHL A;  3HST B;  3KD1 E;  3ZSZ A;  2NNW A;  5CYM A;  1Y97 A;  4DQR A;  3KTQ A;  5SWM A;  3NDK A;  3H45 C;  1B9F A;  1NKC A;  2QI2 A;  3KIO A;  2HMP A;  1TK8 A;  1LW2 A;  4CZI A;  1EKE A;  4E7K A;  3QEW A;  3SV3 A;  3LP0 A;  3L4I A;  4YOU A;  3C7N A;  1L3S A;  1YF5 L;  3RSE A;  1HJR A;  5KPT A;  4DTU A;  1RT2 A;  2BAN A;  4DB3 A;  2ITG A;  1J9A A;  4FWN A;  1RFQ A;  1NK0 A;  5JLF A;  4WYB A;  5FRN A;  3KWI A;  4JD2 A;  4B3T K;  3CJB A;  4Q0B A;  3V9W A;  4DV1 K;  3L0Q A;  4WQ4 C;  3T3F A;  1V4T A;  1MU2 A;  2IVP A;  3QEX A;  4DLE A;  4CW7 B;  2FBV A;  2NRR A;  4OVL A;  4OLB A;  4WFN L;  1YIJ N;  4FWO A;  3THV A;  1HKB A;  4Z4I A;  3MEG A;  4CJE A;  4ICL A;  4DTX A;  3U8X A;  4CHQ A;  5JLH A;  3EL2 A;  5IT9 O;  3RMD A;  1RTH A;  1VQ6 N;  3I55 N;  3NF9 A;  4BRN A;  4JHD A;  1RDD A;  3ZX2 A;  4M7X A;  4FLT A;  4B8A B;  3LZI A;  3DLR A;  1NGF A;  2CH5 A;  4G1Q A;  3JAM O;  3QLH A;  1FKP A;  3CJ7 A;  5FLX O;  1YVN A;  4CJK A;  3BP8 A;  3VEN A;  5BR8 K;  2F8T A;  5CR4 A;  3WXM B;  3IRX A;  4RCH A;  4EHU A;  3N4P A;  3SQ2 A;  4BRL A;  3ZSO A;  3EZW A;  4FL9 A;  3SMS A;  2I7N A;  3C6A A;  1GLD G;  4A5B A;  3LAN A;  4Y1D A;  4Z4H A;  2WTU A;  3HM9 A;  4JYA K;  3F5T A;  3DXK B;  4CEE A;  2D0B A;  4DKW A;  4BRC A;  2Z1J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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