3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
1T03A 3AA2A 4Z0UA 3T1AA 1TK0A 1LWCA 2D0BA 3KLGA 1SUQA 4BDZA 4GMJB 1T8EA 1RT5A 1KVAA 3NH1A 4OKKA 1TAQA 4M41A 3CQ8A 2QKKA 4FJIA 3VQ4A 4FK0A 3RMDA 4CJRA 3V81A 4FCYA 3NF6A 4FLTA 4KV8A 1NKEA 3DLRA 4CF0A 1WSFA 4CGJA 3LWMA 4KHNA 4Z4EA 4PA1A 3RMCA 1X9SA 4N47A 4CK3A 3O3HA 1BCMA 3I8DA 3L2RA 1SKRA 1HPZA 3K5NA 4DFKA 4AHRA 5HRPA 4H8KA 2AJQA 3AO4A 1W0HA 2VG6A 3HPHA 3VN5A 3QEIA 4HCCA 3V6DA 2G8FA 1GOAA 1RBRA 2IDOA 2FBTA 4O5BA 5K14A 3TR8A 4CF2A 3B6PA 3K57A 4N56A 1EXQA 3IG1A 2ATQA 4JS5A 2QK9A 2RKIA 1TKDA 1HYVA 4I9LA 1G15A 4DF4A 3QERA 3AVIA 2DY4A 4CGGA 4CEQA 2YNGA 3HSTB 5HRRA 3OY9A 1L3TA 2P5GA 4CEEA 3PO4A 3MEEA 2YKMA 1NK6A 4CFCA 4FLWA 4ZHRA 4KHYA 1WLJA 3LZIA 2O4GA 4CECA 4NYNA 3MECA 1RDBA 4DWIA 1BI4A 4K8XA 3OYIA 4DTOA 3QEPA 1QQCA 3QNOA 3AV9A 1HQEA 4FK2A 2OZSA 2D0CA 3TAGA 2DFEA 2HHQA 1RT3A 1VSEA 4LY7A 4CJSA 5HLFA 3OYCA 1NK0A 4DQPA 1TAUA 3F73A 4W5RA 2IOCA 4UQGA 3L2VA 2G8VA 1KVCA 1S9EA 3B6OA 3L2QA 3D0PA 1BGXT 4B9VA 3THVA 4F4KA 4R5PA 1VSDA 3QINA 4KB1A 2OPSA 5KRTA 1RT6A 4RW6A 3NE6A 2XY7A 2F8SA 4OLBA 1KVBA 2KW4A 5C42A 4ZTFA 1JXEA 4J2BA 3M8SA 4AHCA 2HVIA 1JLCA 3WNGA 5SZTA 4PY5A 1FK9A 1VSLA 4E7IA 1JLEA 3E01A 4GVMA 4HUGA 3QESA 1SL1A 4PWDA 1LAWA 4NYFA 1XWLA 2ZE2A 4DU4A 1W9HA 4E0DA 3NHGA 3AVAA 3V4IA 2E6LA 2P51A 4Y1DA 4EP4A 4M3RA 4CJTA 3VQEA 4H4MA 3DI6A 4CJEA 4FXDA 4AH9A 4BWMA 4PUOA 1WSJA 1J5OA 2KZMA 3L3VA 4MFBA 1NK4A 3QLHA 3ZT4A 3S9HA 1RBVA 5SWMA 4HUEA 3NFAA 4MQ3A 1JLBA 3QEVA 1L3UA 4EZ6A 3AVFA 1WSGA 4JLHA 1NJZA 1ASUA 3DMJA 1JL2A 4W5TA 3HM9A 4W5QA 3P1GA 3AO3A 4N76A 3SPYA 3HPOA 1S9GA 3LWLA 3KK2A 1CZBA 2JGUA 2X74A 2Z1IA 3G10A 4CGIA 3JYTA 3K58A 2R7YA 1TKZA 3I0RA 3ZSRA 4DTSA 1KLMA 1RDDA 4CJWA 3TAEA 2Z1HA 4BE0A 1UAXA 4M3YA 5FRMA 4DTMA 4ELTA 1RBSA 1B9FA 4OVLA 1ZBFA 4CJVA 4CJPA 3OYNA 4E7HA 1XI1A 1NKBA 3IAYA 1UA0A 2BGGA 5FDLA 4I2PA 3AVBA 1C1CA 4LH4A 4FM0A 4DLEA 2G8UA 4OKEA 4FJNA 4FLXA 4KHWA 3U3YA 1LV5A 1RTIA 3VQDA 1NKCA 1VRTA 4FLUA 3QETA 4FLYA 3SQ4A 1C6VA 3QIPA 3U6FA 1KTQA 1NK9A 3DLHA 3OS0A 1Y97A 4HHTA 1CLQA 3S3OA 2YNHA 3AO5A 3NDKA 2OPRA 4E19A 1RTDA 3ISNC 4DTUA 3DOKA 4IBNA 1DTTA 4E7LA 3NGIA 2P1JA 3ZT2A 3VQCA 3NH2A 3C6TA 3ULDA 4DSEA 2YNIA 1L5UA 3OYBA 1EETA 4E7JA 2OA8A 2IAJA 4KHSA 1YTUA 5KGWA 4CJLA 4FJ7A 1BQNA 4F3OA 1UA1A 1TV6A 3PX6A 3RMBA 4B08A 2X6SA 3OYDA 1IO2A 4KTQA 4W5NA 1QS4A 1RDCA 3T19A 3VQ8A 4CJQA 1IH7A 3VQ5A 4KRFA 2RF2A 3DRPA 4Z4GA 4CFAA 1HYSA 4DQIA 3ZSYA 1ITGA 1RDAA 1BCOA 4N5SA 4DMNA 2IS3A 1B92A 1S6PA 3WNEA 3ZSWA 4CK1A 4I2QA 1WSIA 4CEFA 1A5WA 3HT3A 1L3VA 4RW9A 3VQAA 1RT4A 4ZTJA 4B3OA 1JLAA 2B6AA 1RTJA 1U04A 1KFDA 2YNFA 1VRUA 3OYFA 4IFVA 4Z4FA 1CXQA 4E3SA 4FLVA 5HP1A 1HYZA 4CGHA 4ID1A 1D9DA 3AVJA 3KK3A 2D0AA 3OJUA 4DSFA 1VK0A 4WE1A 3K2PA 3P83D 1VSMA 5CZ1A 3HVRA 3V9WA 3CG7A 1NJXA 1J54A 1YT3A 3PUFA 3KK1A 2OYQA 4CF8A 1Q9YA 4DU3A 3TAQA 4ID5A 2OPQA 3CM6A 4E1MA 1TKTA 3OYEA 4DS5A 4FW1A 3SUPA 3C94A 3T3FA 2I5JA 3DM2A 4KKOA 2A1RA 1X1PA 3NAEA 2VG7A 1U45A 4DSJA 4FZZA 3L2WA 3ZSXA 1ASWA 5J1EA 3AVHA 3LZJA 5D3GA 1KRPA 3I0SA 2HHUA 4DQQA 3SYZA 3ZT0A 4B9TA 1TKXA 4DQSA 3KLHA 1A5XA 4F2SA 1FXXA 3KD1E 3HO1A 1S1WA 2P5OA 3PO5A 1QHTA 4FJ9A 3AA4A 3QEXA 2BANA 4OPJA 4OLAA 4CGDA 4BWJA 5KGXA 4CCHA 1IKXA 1KSPA 4CJUA 3HK2A 2QKBA 3SJJA 1T05A 2GUIA 3IRXA 3NF9A 3HP6A 2HNYA 1IKVA 1BIZA 2EHGA 4CE9A 1F21A 3ALYA 5I42A 3DRSA 3ZSQA 4KI4A 4C8MA 3SCXA 1U49A 4FM1A 3OYLA 4LD0A 4CJ4A 1BIUA 3NBPA 4ICLA 4CIEA 1BHLA 4KAZA 4HCBA 1RT1A 3M8PA 3LAMA 3FFIA 1RT2A 1SL2A 5J2NA 1NK5A 3DLBA 2HHXA 3SUQA 4CHNA 3LP3A 4K8ZA 4FK4A 4M3XA 1C1BA 4YFUA 3HP9A 4IKFA 4BDPA 1MU2A 2Z1GA 3KLIA 4YNQA 2QXFA 4NCBA 4B9SA 3DOLA 5E41A 4DTXA 1VSKA 1C0TA 2VWKA 2X6NA 5CY4A 3RRHA 1I39A 1REVA 5CYMA 4FJLA 3BGRA 1SL0A 4FVMA 4NCAA 4QOZB 1TK5A 4H4OA 1JLQA 5FROA 1CZ9A 1J53A 3AVLA 1UOCA 3AVKA 4FJHA 3LP1A 4FJKA 2HB5A 2HW3A 4HVJA 4CHOA 4W5OA 3D45A 4FYDA 2B5JA 4OKJA 4B8CA 3RWUA 3KKSA 1QSSA 5HROA 3KD5E 4CESA 4ELVA 3RR8A 5T7BA 4CIGA 1LW0A 3NCIA 3L8BA 3SPZA 4DQRA 1BQMA 3TAMA 4KREA 3KLEA 3SI6A 4DSIA 3O4QA 4CK2A 3K5MA 3U3GA 3SUNA 4KFBA 4FZXC 3LPUA 4G1QA 3ZT3A 4DFJA 3CFOA 5DMRA 3AO1A 3HYFA 4KB0A 5DK5A 1SKSA 3QIOA 4EZ9A 2KQ2A 3ZSOA 3LDSA 3VQ9A 3SNNA 4C8LA 3CM5A 3V9ZA 1C0MA 4FJ5A 2NUBA 4DTJA 4OGEA 3DLGA 5EU7A 4KHUA 1VSJA 3DLKA 3OYKA 5HRSA 4CJFA 2ZQBA 3KLFA 5J2QA 3ZSZA 1KLNA 1Z26A 1XHXA 2G8KA 4CF9A 3SQ0A 1EP4A 3AVMA 2YHAA 1WN7A 2X78A 4OJRA 2FBVA 3MXIA 4OGCA 4DTPA 1U48A 2HHSA 2DTUA 1ZYQA 4FJGA 4RW7A 1ZBUA 3M8RA 4CEAA 3CFPA 4B9UA 4FZYA 1YVUA 5C24A 4E89A 4M3TA 1ZBIA 1TGOA 4AHVA 2FBXA 3KJVA 1UWBA 1DTQA 2VG5A 3SZ2A 1KFSA 3SV3A 1L3SA 1RTHA 3O3GA 3JSMA 2KZZA 4KTWA 2B4JA 3S3MA 1S1TA 4DG1A 4CEOA 3H08A 4CJKA 3CFRA 1NK7A 1KCFA 2XHBA 3TI0A 1IKYA 1WSEA 1SV5A 4O0JA 4M45A 1DLOA 1RT7A 1WAJA 4CEZA 3TAFA 3ZCMA 3RRGA 1BI4B 4KTZA 3KIOA 1VSFA 1NOZA 1RBTA 3LP2A 5C25A 3VQ7A 1NJWA 4F8RA 4QCLA 3HVTA 4XIUA 2RN2A 3K5OA 1QSLA 1LW2A 3LP0A 2E6MA 3V9SA 2HVHA 4NCGA 1K6YA 4O55A 3SQ1A 2KFZA 1WSHA 4I9QA 1WNSA 1FKPA 4KHQA 4EP5A 3ITHA 1X9MA 4RW4A 4FJ8A 1JL1A 4Z4HA 4N41A 3RTVA 4CHYA 4FW2A 2LSNA 4Y1CA 4DU1A 4JS4A 3DYAA 1LWFA 1X9WA 2KFNA 4CIFA 2ZD1A 3V1RA 2HHTA 1GOCA 1EKEA 3C95A 4AHSA 3LANA 1QTMA 4KI6A 3C6UA 3A2FA 3OS1A 2Y1JA 4ELUA 1EX4A 4CEDA 4KO0A 2BDPA 3QNNA 3NF7A 4AHUA 1FKOA 5HRNA 4I7FA 1S6QA 3F9KA 4LSNA 1B9DA 1WAFA 1R0AA 4CERA 3K5LA 1QSYA 2F8TA 1HNVA 4FLZA 3OVNA 4E1NA 3ZT1A 1RCHA 4HTUA 3SV4A 4J2AA 2KTQA 4B9MA 3PX0A 4IFYA 1NJYA 2YKNA 3DRRA 1CXUA 4FM2A 4PQUA 5J2PA 2G8HA 3NH0A 3SQ2A 3HL8A 3SUOA 3ZSVA 2PYLA 2FBYA 2HNDA 2IC3A 3MXJA 5KI6A 3KKRA 4BE1A 4JRPA 1N6QA 4Z4CA 4DFPA 4AILC 4CJ3A 3OYGA 4HUFA 4DTRA 1D8YA 1JLGA 4RG8A 2YHBA 5JS1A 4C8NA 2A1SA 3EZ5A 1S1XA 4Z4IA 3OS2A 1XC9A 1S5JA 4IG3A 1J9AA 4OPKA 3OJSA 3VQPA 4AHTA 1Z25A 4B9NA 3EYZA 1C0UA 4DSKA 2EX3A 2E4LA 5KRSA 2PY5A 3OYAA 3EY1A 3O3FA 1HMVA 4BACA 1N5YA 3VA0A 1NOYA 3QEWA 2G8IA 1Q8IA 4GW6A 3P5JA 4F3TA 3L2UA 2HNZA 5FRNA 5CZ2A 1ASVA 2RPIA 5CYQA 3HXMA 3TARA 1TK8A 3OYHA 1IG9A 2OZMA 1QE1A 1ZBHA 2XO7A 2WONA 1HRHA 4J2DA 1D9FA 2O4IA 4FJJA 2VWJA 4QAGA 4F2RA 4M3ZA 3MEGA 1ZBLA 1HQUA 3M8QA 3WNHA 3ASMA 1VSHA 4CHPA 3V9XA 4O4GA 3WNFA 1C1AA 2W42A 4Q5VA 4BDYA 3RR7A 5KTQA 4M3WA 3HJFA 1T7PA 1RILA 3KTQA 4M42A 4DSLA 1VSIA 1D5AA 3PY8A 3VQBA 1JKHA 1XHZA 2PYJA 3TAPA 1SKWA 4JRQA 3TABA 3AO2A 1HNIA 1TL1A 2Y1IA 3UIQA 3V9UA 2JLEA 2XY6A 2GBZA 5HBMA 4DTNA 2PZSA 3VA3A 4CFBA 3OYMA 1S1UA 4L8RB 4IG0A 2HHWA 2FC0A 3V1OA 1BISA 3OYJA 3O4NA 5JS2A 4CGFA 1JLFA 3NGZA 2WOMA 4O44A 4M3UA 3V1QA 4FJXA 3VQQA 4LH5A 3L3UA 3AA5X 4DFMA 3LPTA 1JXBA 1S1VA 3BDPA 4DF8A 1GOBA 2GV9A 4CFDA 2YV0X 3K59A 1NK8A 4O0IA 1U47A 1IKWA 5I3UA 4CJ5A 1RBUA 1TL3A 3PX4A 1TVRA 3MEDA 3PV8A 1I3AA 4FJMA 2DFFA 2Q3SA 4B9LA 2DFHA 1HJRA 4LSLA 3NF8A 2XRIA 3AVGA 5J2MA 4RW8A 2HMIA 2XY5A 1LWEA 3G0ZA 4B8AB 1Q9XA 4C8OA 2HHVA 3CYMA 1BL3A 3S3NA 3TWHA 2ITGA 3NGYA 3IS9A 3QO9A 4TSXA 3LALA 1U4BA 4CHQA 2Z1JA 2F96A 3HPGA 4CF1A 4BE2A 3AA3A 4KPYA 3DLEA 2ETJA 3TANA 2BE2A 3AVNA 4DS4A 1LAVA 2OPPA 1RNHA 3RMAA 4E7KA 3VQ6A 2D5RA 3LAKA 4J2EA 4IDKA 1YTAA 3AVCA 2XY8A 3MAQA 4DLGA 4Q0BA 4C8KA 1A5VA 4CEBA 3MXMA 2IGIA 2G8WA 4CHZA 1O1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T03A 5C12A 1R59O 1TK0A 3MN6A 4BDZA 4GMJB 3FZLA 1WBBA 1OH8A 4M41A 2QKKA 3RMDA 4FLTA 2GX9A 3GE1A 3VEYA 5AQUA 4PA1A 3H3NO 4CK3A 1BCMA 3BZKA 1SKRA 5C2FA 4BRNA 3H46O 3AO4A 3HPHA 3V6DA 1NGCA 2FBTA 3TR8A 4CF2A 4JKCA 4N56A 2ATQA 3CMAN 2WTUA 3MX5A 2RKIA 4BGBA 4DF4A 2WC9A 4CEQA 2YNGA 5HRRA 1L3TA 4CEEA 4FWKA 4CFCA 2HBJA 1U2VB 4KHYA 2O4GA 5AZJA 1KAYA 3TTDA 2YI1A 4JYAK 3MECA 4PKIA 4YOTA 1BI4A 1G99A 3OYIA 3O1WA 5JVHL 3AV9A 4IEIA 3LDOA 2DFEA 2HHQA 4CJSA 4DQPA 1VHXA 1TAUA 4W5RA 1BUPA 4UQGA 3L2VA 3TTFA 3D0PA 4WQ5C 4B9VA 4R5PA 3QINA 4KB1A 2QI2A 1MWKA 1RT6A 1DGKN 1KVBA 2KW4A 4J2BA 2HVIA 1FK9A 1VSLA 1JLEA 4GVMA 4MO5A 4NYFA 1XWLA 4DU4A 4E0DA 4H5NA 3NHGA 4A62A 3AVAA 3V4IA 1XC3A 3I55N 4H4MA 2FLOA 3DI6A 4FXDA 4PUOA 1WSJA 1IBMK 3KHYA 3L3VA 3PSIA 1HJOA 3R6MA 1NK4A 2UXCK 2Q31A 3ZT4A 3S9HA 1RBVA 4JHDA 1JLBA 3SMSA 4KHPK 3AVFA 3G25A 5F1XA 3DLLL 1NNEA 3DMJA 3PLAA 3P1GA 3M6GA 3T7ZA 1J5OA 3TAEA 3ZSRA 1RDDA 2I7NA 4BE0A 3CC2N 1XNRK 4E7HA 4OVLA 3JAMO 4CJVA 1BG3A 2YHXA 2E2PA 4I2PA 4WQ4A 3LDLA 2G8UA 4FJNA 4KHWA 4WCEL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PIO L;  1T05 A;  1O13 A;  3HP6 A;  4KI4 A;  1BIZ A;  2EHG A;  4PHT X;  5LMN K;  3DRS A;  5ADX A;  2ASM A;  3KVG A;  4FM1 A;  1BHL A;  5EVZ A;  3ATV A;  2ZJQ L;  2PFU A;  1RT2 A;  3CJB A;  3FFI A;  5J2N A;  3DLB A;  3SUQ A;  4CHN A;  4YOV A;  3OHR A;  3HP9 A;  4YFU A;  4BDP A;  2O8D B;  2Z1G A;  4ISF A;  4LF5 K;  3DOL A;  1VSK A;  3D6R A;  4FVU A;  5CY4 A;  4CZM A;  3BGR A;  1P90 A;  1TK5 A;  1CZ9 A;  4BR4 A;  2QEX N;  1HNW K;  1UOC A;  4C1N K;  1TYQ A;  2VQE K;  1Y64 A;  4W5O A;  3D45 A;  2B5J A;  3AGK A;  5HRO A;  3MK6 A;  3VES A;  4CES A;  5EXW A;  3RR8 A;  3SPZ A;  1OKJ A;  4BVP A;  2FSK A;  3SUN A;  2QWL A;  4FZX C;  5BRD A;  3CFO A;  5DMR A;  5CR4 A;  1TUY A;  3ZSO A;  1HKC A;  3KWI A;  2ZJP L;  3FGU A;  3OTO K;  2F4V K;  2NUB A;  2A6A A;  4DTJ A;  3L4I A;  3KLF A;  4BRE A;  2P9P B;  5TKW A;  1EP4 A;  3AVM A;  3C6H A;  3CF5 L;  4YOR A;  2X78 A;  2HHS A;  4DTP A;  5AQJ A;  4M7Y A;  1U48 A;  4FJG A;  4RW7 A;  1ZBU A;  4CEA A;  4FZY A;  4FL9 A;  4E89 A;  4JAX A;  4JV5 K;  2FBX A;  4CD3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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