3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
1TKXA 2Q3SA 1TK0A 3JSMA 3B6PA 3MECA 3SJJA 4M3ZA 1FKPA 2YKMA 4OPKA 1XI1A 4K8ZA 1ZYQA 1REVA 3VQ4A 1JLCA 3B6OA 3ZT0A 3SV3A 5J2NA 1IG9A 3G10A 5JS1A 4W5QA 4CGIA 3RMDA 1SL0A 4AHUA 4NYNA 2DY4A 4DU4A 3LP1A 1G15A 3ISNC 5HRNA 3TI0A 3OS0A 3O4QA 1QQCA 4FJ5A 2BANA 2G8UA 1RCHA 1TV6A 3DRSA 3SPZA 2HHVA 1RT2A 1KFDA 4I2QA 4AHSA 4CHQA 4CIEA 4FJNA 3ULDA 3VQ5A 1J53A 3OYGA 4HUFA 4CHNA 4ZTJA 4LSLA 3V1RA 3MEEA 4CJLA 1WSJA 1IKYA 2XY7A 4FLYA 4DLGA 4FLUA 3L3VA 2G8IA 3LDSA 3QIPA 1L3TA 2DFEA 3VQPA 2FBVA 3EY1A 1YTUA 1UA0A 2PY5A 2D5RA 1GOCA 3T3FA 3LP2A 3SNNA 2KQ2A 3AO2A 3AO3A 3TAFA 4FM2A 3HPGA 4W5OA 4O44A 2G8FA 3AO5A 3C95A 1O1WA 2O4GA 3KLIA 5KRSA 4R5PA 1QSSA 1T03A 4FJKA 5FRNA 4FVMA 3HL8A 4LSNA 4O4GA 3LWMA 1NOYA 2G8WA 1C1CA 1HQEA 3SUOA 3ZSOA 1NJWA 2OZMA 4IG3A 5I3UA 4M3XA 3M8RA 1BL3A 3RMBA 2GV9A 3V9SA 3DLHA 4CEFA 3MAQA 3VQ6A 1B92A 1VRUA 4FJLA 1BCOA 3KK3A 1BI4B 4Y1CA 3CQ8A 1KFSA 1JLGA 4Z0UA 1ASWA 1CLQA 4E1MA 3QEPA 5SZTA 2QKKA 1TKDA 4CJRA 4C8KA 3BGRA 3NFAA 4AILC 2I5JA 4I7FA 3OYLA 1WNSA 3OJSA 1NK6A 3L8BA 5CY4A 3HT3A 3AVLA 3MXMA 3KD1E 3TABA 4ZTFA 3ZSRA 4CEOA 5HRRA 2NUBA 3U3YA 1HNIA 1RT6A 4Z4FA 1S9GA 1TK5A 4Z4EA 1JKHA 3T1AA 4CFAA 2EHGA 4CF9A 3TAEA 1NJXA 1NJZA 3ZT3A 2BGGA 1WAJA 1SKSA 4J2AA 4LH4A 1NJYA 3HPHA 1RBVA 1X9WA 4FW2A 4CIGA 3S3OA 4KHWA 3WNFA 3AV9A 3HK2A 1S5JA 1LWEA 3KLEA 1R0AA 1RDCA 4F8RA 2HB5A 3TWHA 1IKXA 4FJIA 4FLVA 1A5WA 3K5LA 4K8XA 1U48A 4FZXC 3L2WA 4FLXA 1QS4A 4JRPA 3PO4A 4KAZA 1HNVA 1DTTA 1WSHA 3NGZA 1J5OA 4DS5A 1S1UA 2XY8A 3F9KA 1X9SA 1BIZA 2O4IA 1TAUA 1NKBA 4CFBA 4N76A 4PA1A 4NCGA 4GMJB 2IC3A 4DTSA 5I42A 1TL1A 2P51A 3FFIA 4DTXA 2E6LA 3DI6A 3AA5X 4GW6A 3WNEA 1LV5A 1VSFA 2HHQA 1B9DA 3S9HA 3NF9A 3SPYA 2D0BA 4CE9A 3OYHA 4AHVA 4DQIA 1X1PA 3PUFA 1IH7A 1C0MA 2F8SA 2OPRA 1KSPA 4JLHA 1B9FA 4OGCA 3O4NA 4L8RB 1FXXA 3DOKA 5KRTA 1N5YA 3D45A 3NGIA 1IKWA 4FJ7A 1HYZA 3SV4A 4CJ5A 3QEWA 4CFCA 3OS2A 4C8LA 2YHBA 3L2VA 4Z4GA 1QHTA 3F73A 4FJ9A 4BACA 2LSNA 3AA4A 3RR7A 3VQCA 3KK2A 3VQBA 1WLJA 1FKOA 1BI4A 1NK7A 1Q8IA 4ID1A 4ELUA 1JL1A 4J2BA 4CJ4A 4CJVA 5K14A 4DFKA 2IS3A 3NF7A 4XIUA 3RR8A 1RTHA 1TKZA 2JLEA 4HHTA 4DQSA 4DLEA 1U04A 3THVA 1U4BA 1S6QA 4N47A 3DRPA 3V6DA 3QIOA 4IFYA 4CCHA 4DSLA 4O5BA 1NK0A 4B8AB 1BQMA 3NCIA 2ITGA 3K5NA 1JLQA 1KLNA 5C25A 3SQ1A 3M8SA 1RTIA 3ZSZA 2FBYA 4QAGA 1RBSA 4KREA 3AVJA 4EP4A 5D3GA 1D5AA 4RW9A 3LWLA 2IAJA 3DLKA 1KVBA 4DFMA 3TANA 4B08A 3BDPA 4DU1A 4CEEA 1RT3A 1K6YA 4DTOA 1EP4A 4FM0A 3QEIA 4F3OA 4CHYA 2Y1JA 2A1SA 4CJFA 4BDZA 1UA1A 2XY5A 3DYAA 1NK9A 1EX4A 2VG6A 4B9SA 1KLMA 2KZMA 3VA3A 4FJJA 3KLGA 4IDKA 3LP3A 1CXUA 4F3TA 4JRQA 3U3GA 1SKWA 5KGWA 4DG1A 1HYSA 5HROA 3AVBA 3NBPA 4CHPA 5J1EA 3V81A 1ASUA 1RDAA 3IS9A 2VG7A 3MEGA 4CK3A 2RN2A 5CYMA 3D0PA 3MEDA 4OJRA 4B9NA 2QKBA 3OYFA 4DTJA 4CJ3A 1TKTA 4CERA 1LW2A 3CFOA 3VQQA 4G1QA 4O0JA 4DTNA 1U45A 3S3NA 3NGYA 3ZSVA 4ICLA 4W5TA 3NH0A 2Z1GA 2G8VA 4KHUA 1KTQA 4CK1A 4O0IA 3KLFA 1VSHA 4CGGA 4H4OA 3A2FA 3G0ZA 3SYZA 3HXMA 3LP0A 5KGXA 4RW7A 1BCMA 3NAEA 3P5JA 5DMRA 5J2MA 3QINA 2A1RA 3TAPA 4CESA 3TARA 1KVCA 4MFBA 4I9LA 1C0TA 2AJQA 1ZBFA 3EYZA 1EETA 3VQEA 2HW3A 2HHWA 4FLTA 2KFZA 4HTUA 4H4MA 1WSFA 2B5JA 4CF1A 3QERA 4DSKA 4KB0A 2F8TA 3TR8A 4FZZA 1S6PA 1VSMA 1LWCA 3KIOA 3M8QA 4KO0A 4CJTA 3H08A 3NF6A 3OVNA 1BQNA 1C0UA 1S1VA 1HJRA 4FJMA 2P1JA 4OKKA 4Y1DA 4EP5A 4B9TA 4DSJA 2IGIA 1JLEA 2EX3A 4B8CA 4B9MA 4EZ9A 5T7BA 1RTDA 5HP1A 2WONA 3OYMA 4DQRA 3HO1A 1L3SA 2FBXA 1S1XA 4E7HA 1CXQA 2OA8A 4WE1A 4CEZA 2JGUA 4FCYA 3LPUA 3PX0A 2GBZA 4M41A 5DK5A 5JS2A 4OGEA 1T05A 3K5MA 4DFJA 4KHSA 3QNNA 4E1NA 1D8YA 3MXJA 5HLFA 2HVHA 1YT3A 5CZ2A 1I39A 4FM1A 3V9UA 3HP6A 3VQAA 1XHZA 2OPQA 3E01A 3QO9A 4CGJA 4F2RA 2X6SA 5HBMA 4JS4A 4DFPA 2YV0X 3WNGA 4KPYA 3V4IA 4FJXA 1JLFA 2OYQA 4KTZA 3OYBA 4EZ6A 3K5OA 4IKFA 4Z4IA 5C24A 3VA0A 1W9HA 4W5NA 3OYCA 4QOZB 1TGOA 4OPJA 4KHQA 1YVUA 1FK9A 4RW4A 3VN5A 1Q9YA 3ALYA 2P5OA 1RBUA 4E7IA 3AVMA 4DF8A 3CG7A 2B6AA 3VQ8A 2HMIA 3ZT4A 1Z26A 1RNHA 2XHBA 3HPOA 3K58A 4KKOA 3QNOA 5FROA 4OLBA 3ZSQA 4DU3A 1JXEA 1QTMA 3SUNA 1SV5A 1LAWA 3O3HA 4M3WA 2YNHA 1C1AA 1TVRA 4CGHA 3SUQA 1DTQA 3AVHA 1IO2A 3I0RA 5HRPA 1VK0A 2OZSA 3CM6A 1VSLA 5C42A 4FK4A 1WSEA 4AHRA 3OYJA 4RW8A 1HQUA 3ZT1A 4AH9A 3L2QA 4FK2A 1RBTA 2YNIA 4YFUA 1NK5A 1MU2A 3DLRA 1S1TA 4BWMA 1SUQA 4LD0A 2PZSA 1UAXA 4KI6A 2ZD1A 4C8MA 1QSLA 3RTVA 1HYVA 3DRRA 3U6FA 3VQ9A 3KD5E 4M42A 1ASVA 4C8NA 3M8PA 4J2DA 5CYQA 1WSGA 1J9AA 3MXIA 3K59A 5CZ1A 3DLBA 4M3UA 4NYFA 1EKEA 1RILA 2P5GA 3AVCA 4CEQA 1BHLA 4AHCA 1YTAA 4MQ3A 3OS1A 4TSXA 3JYTA 4DQPA 3L3UA 4BE1A 4BDYA 4BE0A 4DTRA 2FBTA 3TAGA 3PY8A 1GOBA 1L5UA 1Z25A 4BE2A 3SQ0A 2GUIA 2KFNA 3SCXA 4CJWA 4F4KA 3I0SA 1JL2A 2IOCA 1ZBHA 3VQDA 1SKRA 1Q9XA 4FLWA 3WNHA 4CJPA 1RT4A 4DWIA 4E7JA 1S9EA 1RT1A 2BDPA 3NHGA 1D9DA 1T7PA 4OKEA 1WAFA 4DTUA 2QK9A 2YKNA 4LY7A 1JLBA 2B4JA 3ZSXA 4CJQA 3PX6A 4N41A 4DTMA 4E19A 2R7YA 5KI6A 4E0DA 2ZE2A 5FRMA 4ID5A 2PYLA 1WN7A 4Q0BA 4PUOA 1NK4A 1WSIA 1L3VA 4KHYA 3NDKA 4J2EA 4N5SA 1CZ9A 3ZSYA 5E41A 1S1WA 4B9LA 4CJEA 1RDBA 4M3RA 4W5RA 4FYDA 2HNZA 3SUPA 1CZBA 2YHAA 3AVAA 3RRHA 1QE1A 3SQ2A 2D0CA 4FLZA 3ZSWA 1I3AA 1XHXA 3O3FA 4CF0A 4E7KA 4FK0A 3LPTA 4BDPA 2ATQA 3PO5A 1VRTA 3C94A 4CJUA 3CFPA 2HHXA 4ZHRA 3LANA 2HHTA 3LALA 4CGDA 5EU7A 2WOMA 4I9QA 3DOLA 1RTJA 3AO4A 4OVLA 2X6NA 1JLAA 2Z1HA 1ZBLA 1F21A 3AVNA 1C6VA 4C8OA 4OLAA 2HNYA 4FXDA 3ITHA 3IG1A 4FZYA 3CM5A 3QEXA 4JS5A 3AA3A 3KKSA 3P83D 2F96A 1BISA 4AHTA 1LAVA 4DSFA 3QLHA 4CEDA 4HUEA 3TAQA 2HNDA 4DQQA 1TK8A 5KTQA 3DM2A 1NKCA 4E89A 3RRGA 4KTQA 3QEVA 4M3YA 1VSDA 1HPZA 3OYEA 1L3UA 4B9VA 1X9MA 4DS4A 4FJHA 4KHNA 1ZBIA 3LZIA 3C6TA 3O3GA 4FJGA 2RPIA 3CYMA 4KI4A 3QESA 2W42A 5J2QA 4DF4A 1LW0A 2DFHA 4H8KA 2YNGA 3V9WA 1HRHA 4KB1A 2D0AA 3AA2A 1BIUA 3IAYA 3AVFA 3VQ7A 4CFDA 4DMNA 5J2PA 4B3OA 5FDLA 4M45A 3I8DA 3AO1A 4F2SA 2IDOA 3V1QA 1GOAA 3SZ2A 1XC9A 1UWBA 1VSKA 4GVMA 4IFVA 2PYJA 3NF8A 4KTWA 2XRIA 1KRPA 3EZ5A 2HHUA 1BGXT 4NCAA 3P1GA 4Q5VA 2Z1JA 3AVIA 4FW1A 3KK1A 1RT7A 1UOCA 3V9XA 1KCFA 3TAMA 4DSEA 3K57A 1N6QA 4CJKA 2VWKA 4NCBA 1NK8A 3OYNA 3DLGA 3UIQA 4CHOA 3OYIA 3PX4A 2ZQBA 1ZBUA 3PV8A 1VSJA 4RW6A 1D9FA 2KTQA 4RG8A 4I2PA 3SI6A 3HVRA 1NOZA 2G8HA 2Z1IA 3C6UA 3HVTA 4M3TA 1RBRA 4PY5A 4CEAA 4DSIA 2X74A 4B9UA 5SWMA 4QCLA 4ELVA 2DTUA 3NH1A 4LH5A 4CHZA 2KZZA 3HSTB 4CGFA 4CK2A 3NE6A 2ETJA 4BWJA 2HVIA 2OPPA 3IRXA 1HMVA 3AVKA 4Z4CA 4Z4HA 3HM9A 2KW4A 1QSYA 3RWUA 1T8EA 3KLHA 4CF2A 4ELTA 1C1BA 2HHSA 1VSIA 2E4LA 2X78A 4UQGA 2Y1IA 3AVGA 1A5XA 2OPSA 2VWJA 4PQUA 3HP9A 3OYDA 4IG0A 3OYKA 4DTPA 2QXFA 4N56A 1U47A 2RKIA 3K2PA 3OYAA 3LAMA 1SL1A 4HCBA 2RF2A 4OKJA 4IBNA 2BE2A 1IKVA 3HYFA 3QETA 3DMJA 3L2RA 3L2UA 3ASMA 3V9ZA 4FJ8A 3SQ4A 4E3SA 3T19A 1ITGA 2DFFA 4CIFA 1U49A 4KRFA 1J54A 4KV8A 1EXQA 1NKEA 4HUGA 4HCCA 1VSEA 3OJUA 3LZJA 2YNFA 1LWFA 3HJFA 2E6MA 1RT5A 3CFRA 1SL2A 3S3MA 1DLOA 4CEBA 3ZCMA 3RMCA 1XWLA 3RMAA 2XY6A 1JXBA 1RDDA 4CF8A 5HRSA 4CECA 4E7LA 3V1OA 2XO7A 1A5VA 4HVJA 2G8KA 2FC0A 4O55A 4PWDA 3NH2A 1TAQA 3DLEA 4YNQA 1W0HA 1Y97A 3KJVA 4CJSA 3KTQA 1TL3A 2VG5A 3LAKA 3OY9A 4KFBA 1KVAA 3KKRA 3ZT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKXA 2CGJA 2YKMA 1XI1A 4K8ZA 1ZYQA 4JKGB 3VQ4A 1HX1A 3ZT0A 1J6ZA 3G10A 3CPEA 3HRGA 2FLOA 3RMDA 1SL0A 1T6CA 5HRNA 2FSNA 4JI5K 1XQSC 1QQCA 3THXB 1BUPA 3A5OC 4BRKA 4IDHA 4CHQA 4I2QA 4FJNA 3LL3A 3MEEA 1IG8A 5H1SQ 2XY7A 4FLYA 2WBNA 4FLUA 2Q31A 3LDSA 2FBVA 3EY1A 4JI0K 1UA0A 3K9KA 3LP2A 5CE3A 3R1XA 1GLFO 1VQ9N 1CZAN 4FM2A 4O44A 2ZF5O 2G8FA 1Y64A 1QSSA 3LWMA 1NOYA 3K0SA 3ZX3A 2OZMA 4FWLA 3IMXA 3VQ6A 1B92A 5FPMA 3CJ7A 3RSEB 3KK3A 1KFSA 4Z0UA 1ASWA 2V7ZA 4JHDB 4CJRA 4X65K 3SK3A 5JLFA 1YUWA 3TABA 2A3ZA 2NUBA 3QBWA 1NGEA 1RT6A 4XH5A 3THWB 1XC3A 1NJZA 4J2AA 2GEMA 1X9WA 4FW2A 4KHWA 1S5JA 1LWEA 5EVZA 1R0AA 2HB5A 1IKXA 4FJIA 4A5BA 4A61A 4GVEA 3L2WA 4FLXA 4JRPA 3PO4A 3T1YK 4KAZA 3NGZA 4DS5A 1S1UA 1X9SA 1BIZA 1NKBA 4CFBA 4DTSA 2VQEK 1LOTB 3CF5L 4MLHA 4DR7K 1LV5A 4GW6A 4OPHA 3S9HA 3OYHA 3CCVN 3CHWA 4JKBA 3QBXA 1NGJA 4I6MA 3PIPL 4DQIA 1X1PA 4JLHA 4L8RB 3FE1A 5BR8K 3D45A 1K9MO 1S22A 4NXNK 3MCPA 4C8LA 2OCEA 4BACA 5AQKA 3RR7A 1NK7A 4ID1A 4ELUA 4BRIA 5C0YA 4CJ4A 4CJVA 1RTHA 4HHTA 1NMDA 1S6QA 4N47A 1OVYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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