3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
3VQ5A 3VN5A 3MXMA 4IKFA 4DTSA 4M3RA 3TAGA 4E7KA 3KLGA 1KFDA 1S6PA 4FM0A 3AA5X 4KHSA 2A1RA 4CERA 2JLEA 3L2UA 4KHWA 4B9UA 3SUNA 3SUPA 3LPTA 4IFVA 3ZSXA 1F21A 4DU4A 4MQ3A 2E6LA 3E01A 3KLHA 3AVCA 4FLYA 3VA3A 3PX4A 4TSXA 1KVBA 3MXIA 1RILA 4I2PA 4CGIA 3QEWA 3KJVA 1QSLA 4FK2A 3NF9A 4F3TA 4OPKA 4DLGA 3AVGA 3L2WA 3RMCA 3SQ4A 1C1AA 3SQ2A 3M8QA 4ICLA 4BWJA 4CEFA 3TAPA 4IDKA 3PO5A 3A2FA 5HRRA 3L3VA 4WE1A 4CGJA 4CEZA 5FDLA 1LW0A 3U3GA 3M8RA 4CK3A 4OKKA 1HYVA 3SQ1A 4KHUA 5FROA 3AVMA 1LAWA 4FJXA 3CM6A 4LSNA 4E7HA 2OPQA 5FRNA 2AJQA 3V9UA 3OYIA 3K5NA 2PY5A 2P1JA 1IO2A 3BGRA 3DYAA 4IG3A 3LZJA 4CF2A 2RPIA 2VWJA 4LY7A 4KHQA 4CF8A 3SV4A 4C8OA 2ZQBA 3ALYA 3D45A 1SL0A 4FZZA 3TAMA 3CQ8A 4HUGA 4B9TA 3RMAA 4M3ZA 3NGZA 2HHSA 4HHTA 2Y1JA 1NK8A 1LAVA 3DLRA 3M8SA 3ITHA 3B6OA 2YHBA 2FBTA 4E1NA 3VQQA 1WSIA 4CJKA 4FJIA 4B9NA 4Z4FA 3IS9A 4CFDA 4FJGA 1RBSA 2P51A 3AO4A 2ITGA 4OPJA 3SI6A 2HHVA 1GOBA 1YT3A 3TAFA 3S3NA 4FLUA 3QESA 1I39A 4DFKA 4M3YA 3VQBA 4JS4A 1J53A 3WNFA 3QEPA 1BL3A 2G8FA 4CIEA 2GBZA 4DTRA 4DQQA 4FJNA 2A1SA 1LV5A 3IG1A 3L8BA 4M45A 2DFEA 3OYMA 2QK9A 4DU3A 1D8YA 3C6TA 2XY5A 1UA1A 2G8WA 4CHPA 3SUOA 4F3OA 1XHZA 3AVKA 3RR8A 2YV0X 3CM5A 2HVIA 4CEDA 4DFJA 3LWMA 5HROA 3VQ8A 5CZ2A 3K5MA 4CHNA 3NH2A 1B9DA 1S1UA 1T05A 2PZSA 3KD1E 1DTQA 3V9WA 3L2RA 1XWLA 3QEIA 2YKNA 1GOCA 1HQEA 4AILC 4F2SA 4CHYA 1WSHA 4CGHA 3OYFA 3RTVA 1L3VA 3F9KA 3K5LA 4W5TA 1U45A 4M41A 3RR7A 1NK0A 1BCMA 5KTQA 4KRFA 2VG7A 4B8CA 4FJHA 1RDAA 3DLKA 2QKKA 3ZCMA 4B9MA 3T3FA 4ID5A 1L3TA 3OYNA 3NAEA 5DK5A 3HL8A 1ZYQA 3T1AA 3LP1A 3VQCA 3TWHA 3O3FA 3I8DA 3SV3A 4RW7A 3SJJA 1HNIA 2X6SA 4KPYA 1L3SA 1HNVA 3O4NA 3OS2A 3OYJA 3SQ0A 2G8KA 3ZT0A 4FJMA 3AVAA 4C8MA 4AHCA 1C0UA 1RBRA 3NGIA 1J9AA 4FZXC 3C95A 1JLBA 1HMVA 1TL1A 4LD0A 4N41A 4DWIA 4ELTA 2GV9A 3S3OA 4O55A 1S6QA 1RT4A 3V1RA 2YKMA 2RF2A 1NKBA 2HMIA 4B9LA 1YVUA 1TAQA 1S1VA 1BQNA 4E1MA 4KO0A 4Y1CA 5EU7A 1S5JA 1EETA 1Y97A 4N5SA 3PX0A 5CZ1A 1W9HA 2NUBA 4OGCA 4CIFA 4DQIA 2X6NA 4QAGA 3V1QA 5C24A 4AHRA 4CF1A 4R5PA 4YFUA 4FLWA 4J2BA 1RT1A 1FXXA 4CJVA 1Z25A 1MU2A 4H8KA 1SL1A 1HYZA 5E41A 1U47A 2Z1JA 4CF9A 3NCIA 1KLNA 2KZMA 4ZHRA 4BE2A 2D0BA 5JS2A 4OKJA 4FM1A 3SPZA 2YNIA 4DTUA 3PV8A 4ZTJA 1C6VA 4OLBA 3PX6A 4CESA 4Z0UA 4BE1A 2F96A 4FLVA 1IKXA 4KB0A 3NH1A 4JRQA 1BCOA 5KRSA 2E4LA 1D9FA 2FC0A 2LSNA 1CXUA 1UA0A 4Z4EA 3ZSQA 4FK0A 1TAUA 4CJLA 4CCHA 3TABA 4NCAA 4M42A 3MEEA 3ISNC 3NHGA 1ZBHA 1TK0A 4LH4A 4KI4A 4EZ6A 5KRTA 2D0AA 3CFOA 2D5RA 3HYFA 4O5BA 3VQAA 4EP5A 2W42A 4CEAA 3HO1A 3LAKA 1BQMA 1U04A 4CE9A 5FRMA 4Z4GA 1L3UA 2O4IA 1X1PA 4G1QA 5KGWA 1VSMA 4CGDA 4DQRA 2D0CA 2KFNA 4CJWA 3ASMA 3NFAA 4BDZA 4H4MA 3LP0A 4AHSA 4K8ZA 4QOZB 1RDDA 3KLEA 1TKZA 2WONA 3OYGA 2OZMA 3SZ2A 4IBNA 1C0TA 3I0RA 4O4GA 4FLTA 4FZYA 1O1WA 1N6QA 5C25A 3TARA 3TAQA 4CFAA 1A5XA 1TVRA 3AVFA 3M8PA 3NE6A 4RW6A 4FW2A 3O4QA 4E0DA 4FJKA 1ZBFA 2B5JA 1J5OA 4I7FA 1KTQA 3VQDA 4C8NA 1RT3A 1VSIA 3DMJA 3V9ZA 3OYDA 4Q0BA 1JKHA 2FBXA 4F4KA 4DMNA 2VWKA 2EHGA 4W5NA 4O0IA 3O3HA 1SV5A 4BE0A 1RTDA 4KB1A 4NYFA 1ITGA 1X9SA 1QSYA 1C0MA 1T8EA 4KTZA 4CJ3A 4J2DA 2WOMA 4JRPA 4FJ5A 1TKTA 1IG9A 2VG6A 3OYCA 1R0AA 3AVJA 1I3AA 5KGXA 3DLHA 5CYMA 3TAEA 1WSJA 1LWCA 3VA0A 4HUFA 3ZSYA 3S3MA 1S9EA 4KAZA 3RWUA 4QCLA 1J54A 2RN2A 3HPOA 2KW4A 3THVA 4DQPA 4FJJA 4GVMA 4B9VA 2FBVA 2G8IA 2IAJA 1JLCA 3AVHA 3HPHA 1S1XA 3G10A 1LW2A 1RTJA 5CY4A 3VQ9A 1NJYA 1VSEA 2EX3A 3ZSWA 2HNYA 1NKCA 3AA4A 4CJUA 1SKSA 1S9GA 4ELVA 5J2QA 2B4JA 5I3UA 3SNNA 3AVLA 3HK2A 1NJWA 4CEOA 4AHVA 4CECA 3DLBA 1X9WA 5DMRA 1BHLA 4JLHA 2GUIA 4M3TA 3EZ5A 2F8TA 1KLMA 4CJPA 4Z4CA 4N76A 3KK2A 3H08A 4Q5VA 3OYHA 5I42A 1U48A 2I5JA 4DFPA 1B9FA 3DM2A 3HP9A 5HRPA 4BACA 4DF8A 3OYKA 1BIUA 3KLIA 4M3UA 1WSFA 3CG7A 2P5GA 1EP4A 1EXQA 2ZE2A 1EKEA 4DLEA 1Q9XA 4E7IA 4DTOA 1JLQA 4B8AB 3QIOA 4DFMA 1TL3A 2G8UA 4C8KA 1JXBA 4C8LA 4HCBA 4KREA 1BISA 2HNDA 1UAXA 4GW6A 3OYLA 3SYZA 1RT5A 5C42A 5SZTA 3K59A 4CK2A 4FM2A 3SCXA 5HLFA 2HVHA 4BWMA 2XHBA 1WSGA 3QIPA 2XO7A 1IH7A 3QO9A 1RTHA 3L3UA 3QETA 4ELUA 5HRSA 3HJFA 3MXJA 4O0JA 4BDYA 4AHUA 1VSDA 2XRIA 4FLZA 4DTJA 1X9MA 3OVNA 3D0PA 4JS5A 1RDBA 4KFBA 5CYQA 3OS0A 1K6YA 3QEVA 4DSLA 1A5VA 1WAJA 4FCYA 3NBPA 5J2NA 4FW1A 4AH9A 2RKIA 1RCHA 3ZSZA 4CIGA 3NF7A 3L2QA 1WLJA 3IAYA 2Z1GA 2HW3A 3LZIA 3RRGA 1WSEA 5HRNA 1CZBA 5J2MA 1NK7A 1TGOA 2BGGA 2KTQA 2DTUA 2BE2A 1JLFA 2IOCA 4CJFA 3CFPA 3P1GA 4E3SA 4CJRA 3MAQA 1IKVA 4MFBA 3NGYA 1KFSA 4OLAA 3B6PA 3LWLA 1A5WA 2IS3A 1XHXA 3U3YA 2FBYA 3PO4A 1BI4A 3PUFA 4CEEA 3LALA 3HP6A 4O44A 2IC3A 4CFCA 1YTAA 1RBVA 1NOYA 1UWBA 1WAFA 3AVNA 3KLFA 3HT3A 2BDPA 4J2EA 4FVMA 1KVAA 3KTQA 3ZSOA 3V1OA 4CEQA 4B3OA 4HCCA 4KKOA 3LP3A 4BDPA 2OZSA 2JGUA 2X78A 3DLEA 1QHTA 3V6DA 2OPPA 1EX4A 1QS4A 1D9DA 1JLGA 1NKEA 1KVCA 2E6MA 3HSTB 1JL2A 4Y1DA 3OJSA 1C1BA 1U49A 1CZ9A 2R7YA 3V9SA 1HJRA 1VRUA 1XC9A 1XI1A 2Z1IA 2IDOA 1TKDA 3EY1A 3V9XA 4DS5A 3S9HA 3LAMA 4EZ9A 3AO5A 3OYBA 4KHNA 1SUQA 1KSPA 2DFFA 1DLOA 3P5JA 1W0HA 3DRSA 4IG0A 1RT7A 1VRTA 1ZBUA 2YNHA 3K57A 3AO1A 2P5OA 4DTXA 3C94A 1KCFA 2QXFA 3HM9A 4CJ5A 4E19A 4L8RB 4K8XA 4DTPA 1RDCA 2KZZA 4FK4A 3V4IA 3CYMA 1IKWA 2XY6A 4E7JA 5D3GA 3NF6A 1U4BA 4KI6A 3NF8A 1NK5A 5J2PA 2KQ2A 4KV8A 1RBUA 4DSKA 1FK9A 3VQ6A 2BANA 4GMJB 1BI4B 2DFHA 3JYTA 3JSMA 1QTMA 3BDPA 2OPRA 1HYSA 3HVRA 4CEBA 4KHYA 2KFZA 3T19A 1NK9A 4M3WA 4NYNA 1WNSA 3O3GA 2YHAA 3AO3A 4W5QA 1SKWA 3DI6A 4DG1A 2HHXA 1VSHA 1NJXA 3ZT1A 4DSIA 2OA8A 3EYZA 3SPYA 1TV6A 1BGXT 2HHWA 2OYQA 4UQGA 1VSFA 2Z1HA 3TANA 3PY8A 4PQUA 1RT6A 3VQ4A 3LANA 3VQPA 3U6FA 4F8RA 4PWDA 1KRPA 2DY4A 3AVBA 1ASWA 3IRXA 4CHQA 3DLGA 5J1EA 3VQ7A 1GOAA 1UOCA 4I9LA 4E7LA 1N5YA 1VSJA 3L2VA 4DTMA 3QNNA 4F2RA 1REVA 4LH5A 3ZT2A 4Z4HA 2QKBA 4OJRA 1HPZA 1RT2A 3KKRA 3DOLA 3KKSA 4RW4A 4PUOA 5KI6A 1ZBLA 1FKOA 3KD5E 3TR8A 4FJLA 4ID1A 4RW8A 1SKRA 4CGFA 1G15A 4N56A 3HXMA 3OYAA 3LDSA 4KTQA 2ZD1A 4FJ9A 3MEDA 1RNHA 4YNQA 4CJQA 3MECA 1T03A 3WNEA 1JL1A 1QQCA 5K14A 1Q8IA 1TK8A 1CLQA 3CFRA 4FLXA 4DSFA 3OYEA 3QNOA 4ZTFA 2PYJA 1D5AA 4RG8A 3DRRA 3QERA 2XY8A 2G8VA 4M3XA 4XIUA 1HRHA 3RMDA 4CFBA 3KK1A 4OKEA 1FKPA 5T7BA 4W5OA 2IGIA 4CK1A 3ZT4A 4CHZA 3K58A 2X74A 3K5OA 4CJSA 4PY5A 2O4GA 1ASVA 1SL2A 3UIQA 4HTUA 3ZSRA 3HPGA 4NCGA 4N47A 2YNFA 4DSJA 2HNZA 1BIZA 2VG5A 3HVTA 4DU1A 3RMBA 4I9QA 1VK0A 1RTIA 1VSLA 4CJEA 4AHTA 3WNHA 1ASUA 4CJ4A 1B92A 1CXQA 3AV9A 1HQUA 4LSLA 4CF0A 3DOKA 1DTTA 3WNGA 4I2QA 4PA1A 1JLAA 3ZT3A 4DF4A 3LPUA 3G0ZA 4HUEA 1IKYA 4CGGA 3DRPA 4IFYA 1QE1A 2B6AA 3SUQA 1Q9YA 4OGEA 4B9SA 3TI0A 3AO2A 4RW9A 3ZSVA 1S1TA 1C1CA 2Y1IA 1TK5A 4CJTA 4EP4A 4NCBA 2ETJA 4KTWA 3MEGA 4FJ7A 3OJUA 1NK4A 2XY7A 1WN7A 3KIOA 4B08A 4DS4A 3AA2A 4DQSA 3I0SA 2HB5A 4DTNA 3RRHA 1NJZA 5JS1A 4CHOA 4FXDA 1JLEA 1JXEA 2PYLA 2HHTA 1LWEA 4FYDA 3F73A 1RBTA 1T7PA 2OPSA 5HP1A 2ATQA 4FJ8A 4E89A 1NK6A 3C6UA 2Q3SA 3NH0A 3OY9A 3VQEA 4Z4IA 4OVLA 1NOZA 3QINA 1QSSA 1LWFA 3AA3A 4W5RA 1Z26A 3AVIA 4DSEA 3QLHA 3LP2A 2G8HA 1YTUA 3V81A 2HHQA 3NDKA 4H4OA 4J2AA 3KK3A 1ZBIA 1TKXA 2F8SA 3FFIA 5HBMA 2HHUA 2YNGA 3QEXA 1S1WA 3K2PA 1VSKA 1L5UA 3OS1A 3ULDA 3P83D 5SWMA 4HVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQQA 3MXMA 1G99A 5IWAK 4V19S 3TAGA 4E7KA 3VMFB 3NVKA 1KFDA 1S6PA 4FM0A 3AA5X 2A1RA 4B9UA 3SUNA 3LPTA 4IFVA 3ZSXA 3D2EB 4MQ3A 4X64K 4TSXA 1KVBA 4PL7A 4CGIA 4DR2K 4JN4A 5DM6L 1QSLA 2D4WA 3H45C 4R79A 4DLGA 2FLOA 3A2FA 3TSPA 4O8KA 1LW0A 3M8RA 4OKKA 3SQ1A 1LAWA 2F9TA 1K8AO 3AAPA 4CW7B 4FJXA 4E7HA 2OPQA 3CJ7A 3O1BA 3OYIA 3VPZA 1IO2A 4LY7A 4CF8A 2RHKA 1SL0A 4O5FA 3TAMA 1YJWN 3AARA 2QWMA 4M3ZA 2HHSA 3ITHA 3B6OA 2YHBA 2FBTA 1XMOK 2WTUA 4CFDA 2KHOA 4OPJA 3SI6A 3FZLA 3EZWA 2A41A 1I39A 4NLBA 2NLXA 3C7NB 3VQBA 3WNFA 1E3MA 1BL3A 3KWGA 4DTRA 4DQQA 1HX1A 3M5RA 4LF9K 1NGAA 4DU3A 4FWLA 2XY5A 2G8WA 3CD6N 3CM5A 4DFJA 3VQ8A 5CZ2A 1B9DA 1DTQA 5LJVA 2YKNA 1HQEA 4CHYA 1WSHA 4BR4A 1L3VA 3HM8A 3R9PA 4M41A 1NK0A 2Q36A 4B8CA 1NNEA 3ZCMA 4JKCA 4ID5A 1L3TA 3OYNA 5DK5A 3HL8A 4GV6A 3O3FA 4LF4K 4YOTA 4B9QA 4IO8A 1Z6RA 3O4NA 3SQ0A 2G8KA 5IT9O 3AVAA 4C8MA 4AHCA 3NGIA 1J9AA 1I94K 3C95A 2PFUA 1U2VB 4DWIA 4O55A 3R1XA 3R8EA 1NKBA 2E20A 2HMIA 2FSJA 1BQNA 4QS7A 1OH7A 1GLAG 1HPMA 4JKFA 1JCEA 4IOAL 4KH4A 2NUBA 2E8AA 4CIFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQQ A;  3MXM A;  1G99 A;  5IWA K;  4V19 S;  3TAG A;  4E7K A;  3VMF B;  3NVK A;  1KFD A;  1S6P A;  4FM0 A;  3AA5 X;  2A1R A;  4B9U A;  3SUN A;  3LPT A;  4IFV A;  3ZSX A;  3D2E B;  4MQ3 A;  4X64 K;  4TSX A;  1KVB A;  4PL7 A;  4CGI A;  4DR2 K;  4JN4 A;  5DM6 L;  1QSL A;  2D4W A;  3H45 C;  4R79 A;  4DLG A;  2FLO A;  3A2F A;  3TSP A;  4O8K A;  1LW0 A;  3M8R A;  4OKK A;  3SQ1 A;  1LAW A;  2F9T A;  1K8A O;  3AAP A;  4CW7 B;  4FJX A;  4E7H A;  2OPQ A;  3CJ7 A;  3O1B A;  3OYI A;  3VPZ A;  1IO2 A;  4LY7 A;  4CF8 A;  2RHK A;  1SL0 A;  4O5F A;  3TAM A;  1YJW N;  3AAR A;  2QWM A;  4M3Z A;  2HHS A;  3ITH A;  3B6O A;  2YHB A;  2FBT A;  1XMO K;  2WTU A;  4CFD A;  2KHO A;  4OPJ A;  3SI6 A;  3FZL A;  3EZW A;  2A41 A;  1I39 A;  4NLB A;  2NLX A;  3C7N B;  3VQB A;  3WNF A;  1E3M A;  1BL3 A;  3KWG A;  4DTR A;  4DQQ A;  1HX1 A;  3M5R A;  4LF9 K;  1NGA A;  4DU3 A;  4FWL A;  2XY5 A;  2G8W A;  3CD6 N;  3CM5 A;  4DFJ A;  3VQ8 A;  5CZ2 A;  1B9D A;  1DTQ A;  5LJV A;  2YKN A;  1HQE A;  4CHY A;  1WSH A;  4BR4 A;  1L3V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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