3WNEA

Cyclic hexapeptide pkidng in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 47
structure length 138
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wneA00
4KHYA 3KLGA 2FC0A 4Z4EA 3NAEA 4CEAA 3AO2A 1TKZA 3NF7A 4CF1A 2FBVA 1ASUA 2LSNA 3KK3A 1B9FA 3LAKA 4K8ZA 1XI1A 3K58A 1ZYQA 1KRPA 3C6TA 4N56A 4C8MA 2XO7A 3V9UA 4CK2A 4GMJB 2HB5A 3NH0A 3VQ8A 4FJ7A 2WOMA 3V9XA 1C0TA 2HW3A 4H8KA 3WNGA 4CCHA 3QINA 4ELVA 4HTUA 1EETA 3O3GA 4KRFA 3CG7A 4CEZA 4FZYA 1RBTA 4ID5A 4G1QA 4CJUA 1IO2A 3NGIA 1B9DA 3C94A 4CEOA 1RT3A 3SZ2A 1RT5A 2X6SA 4B8AB 3AA4A 4CEEA 4XIUA 1I3AA 1D8YA 4DTNA 1QHTA 4K8XA 3S3MA 2B6AA 1S1VA 4FJJA 4DTMA 1UAXA 1JXBA 4OJRA 4FM0A 3SPZA 2GV9A 3L3UA 1X9WA 1SKSA 3DLHA 4QOZB 2HHXA 3P5JA 3ZSOA 5HRNA 1L3VA 1Z26A 2PYJA 3DM2A 5KGWA 3BDPA 4CGHA 3ZSWA 3IAYA 1RBRA 4FLYA 4HCCA 3SCXA 1UWBA 4Q0BA 4DTSA 3I0SA 3T1AA 3OYBA 3C6UA 4B9TA 4KPYA 1ASVA 1RILA 2WONA 3VA0A 1WNSA 4BDZA 2D0CA 3SPYA 1GOBA 1X9MA 4EZ9A 3A2FA 1VSKA 2HNYA 4M3TA 4CHZA 1ZBUA 3SYZA 1UA1A 4RW4A 4F2SA 4EP5A 3NF6A 2YNFA 4IDKA 1S1UA 4W5RA 2QKKA 2HHSA 1JLCA 4FLTA 4AH9A 1GOAA 1TKDA 4LD0A 3VQDA 4Z4CA 3RRGA 3AVKA 3ZCMA 2BANA 1S1WA 3NGYA 4FJ8A 2DFHA 5C24A 3QIPA 4JRQA 1C6VA 4DMNA 3ZT2A 3OJUA 1NJXA 1J9AA 2P1JA 1HJRA 1GOCA 1HMVA 3ZSQA 4CEFA 3AA3A 3OYDA 3P83D 1REVA 1XWLA 4FJLA 1LAVA 2RPIA 2YNGA 2XY7A 2OPPA 4I7FA 4CERA 3OYNA 3OYHA 3T3FA 5FRMA 2IAJA 3K5OA 1HRHA 5HBMA 3LAMA 4CFBA 3RMBA 1J5OA 4J2AA 4CGGA 4L8RB 2RF2A 2GBZA 3OYFA 3SJJA 4N76A 3O4QA 2JGUA 4B9VA 3SQ1A 1CZ9A 2KFZA 3OS1A 5J2PA 3H08A 2BE2A 4CK1A 1W0HA 4OGEA 2Y1IA 4HUFA 1TL1A 4DSKA 1YTUA 1JKHA 4KREA 4KTZA 3MXJA 1IKVA 1G15A 2IC3A 1JLGA 2VWJA 1QE1A 3K5MA 2ATQA 2Z1HA 1BQMA 1BHLA 1WLJA 4CHNA 3U3GA 4OVLA 4CJSA 4DQQA 1D9DA 3PO4A 4AHSA 4KO0A 3IS9A 3WNFA 2YNHA 4DF8A 3AVLA 4CIEA 1T8EA 4KHNA 4M3XA 2QKBA 4CHPA 3OJSA 3VQ7A 1C0MA 4CF8A 4DQPA 1NK0A 3EYZA 3M8QA 2YV0X 4F3OA 4AHVA 4KFBA 4CGJA 5T7BA 4KHUA 2YNIA 2KQ2A 1NKEA 4OLAA 3NDKA 1LV5A 1L3SA 3U6FA 3LZIA 3S3NA 4Q5VA 1S9GA 4F8RA 4KHWA 4FJ5A 4RG8A 3TABA 3LWLA 1Q9YA 3OYCA 4FLXA 2A1RA 5JS2A 2HHWA 3OYKA 4FLWA 2I5JA 1JLAA 4WE1A 4O55A 4C8LA 1RDBA 1NOZA 3HP9A 3RTVA 3PO5A 3G0ZA 4FYDA 3S9HA 3AV9A 1LW0A 4FK2A 1D5AA 4UQGA 2F8SA 1I39A 5SWMA 1BIZA 1ZBFA 4HVJA 3I0RA 2Z1IA 4KTWA 4OKJA 2RN2A 4KI6A 3QEVA 4DG1A 1CLQA 4FJ9A 3TAFA 4BWMA 1L5UA 1BIUA 1VSJA 3MEDA 4E1NA 2HMIA 4CJ3A 3JSMA 3V1RA 1TKTA 2X78A 1NJYA 4KKOA 3L2RA 4RW9A 4DLEA 4DU4A 1WSIA 4CJRA 4KB0A 2X6NA 4M3UA 4AHUA 3QLHA 2ETJA 1HYZA 3TAMA 3ZSYA 2DY4A 2G8IA 2OPQA 3NF8A 1WAJA 4DTXA 1IG9A 3HM9A 4CK3A 1HQEA 1S6PA 4DTRA 1UOCA 4OKKA 1YT3A 1A5VA 3CM5A 3KLIA 3HP6A 1NKCA 1IKYA 3RR7A 3PX4A 1NJZA 4Y1CA 4TSXA 4DU3A 3QERA 3MEGA 4RW6A 3KIOA 2D0BA 2BGGA 4FLVA 4HHTA 3DOKA 5KRSA 1IH7A 1HYVA 1U47A 3ULDA 4IFVA 3EZ5A 3MXMA 4PWDA 1JL2A 2OPSA 1TKXA 1U04A 4E7KA 4RW7A 4CESA 3KK2A 3ZT1A 2XY6A 4E0DA 2ZD1A 4FJHA 3QEWA 3UIQA 1CXUA 4OKEA 4RW8A 4F3TA 1TAQA 4NYNA 4DS5A 4FW2A 1KLMA 4CEDA 1KVCA 5CYQA 4DFMA 4YFUA 3AO3A 3HPHA 4CGIA 3RR8A 4W5TA 4CJVA 1VSLA 4Z4GA 3AVJA 2HHVA 3ZSRA 3IG1A 3ZT0A 3WNHA 3KLHA 2FBTA 3KLEA 1JLEA 2YKNA 5E41A 3V9WA 4DF4A 1EP4A 1N5YA 2QK9A 2HHUA 3ZSZA 2KTQA 2PYLA 3VQQA 3PUFA 5EU7A 3K5NA 3TI0A 4DQSA 1C1AA 2HVIA 2HHQA 3DOLA 3AO1A 4FXDA 2ZE2A 3DRPA 3SQ0A 1QSSA 3O3HA 4R5PA 4BE0A 2IOCA 3O4NA 1LWEA 1ZBIA 3AO4A 3KD1E 1DTQA 4CHQA 3QO9A 4FCYA 4ZTJA 1VSEA 4C8OA 3OVNA 4E7HA 4B08A 3IRXA 4C8NA 3V4IA 5HP1A 4B3OA 1DTTA 2HHTA 5CZ1A 4QAGA 3FFIA 4CJEA 2DFEA 4W5OA 3HPOA 5CY4A 3ZT4A 3LDSA 4DTPA 1N6QA 4CJLA 2E4LA 1LW2A 3MECA 4CHOA 4MQ3A 1NOYA 5KGXA 4O0JA 4KHSA 3AA2A 1FKOA 1KLNA 1L3UA 4H4MA 4FJKA 2X74A 4DS4A 3VQ4A 1BQNA 4CGFA 4FJGA 2G8HA 5KI6A 3SV4A 1S5JA 1U48A 5CYMA 3SUPA 4JS4A 1T03A 3LPUA 1T7PA 1HQUA 3SUNA 5I42A 3SUOA 4Z4IA 3SQ4A 3HPGA 4CF9A 3V9ZA 3NH1A 2RKIA 4B9MA 3K59A 2F96A 4JRPA 1TGOA 3NH2A 1RBSA 4W5NA 1RT7A 3VQAA 2Z1GA 1BCMA 2FBYA 3KKRA 2KW4A 5FRNA 3T19A 1XHXA 1WSFA 1K6YA 1TL3A 5C25A 4O4GA 3QEXA 4E3SA 4DQIA 1O1WA 1HNIA 3QEIA 4FK4A 3HSTB 3PV8A 3DLEA 2QXFA 4DSJA 1LWCA 3VA3A 3SQ2A 3QETA 1KFDA 4I9LA 4PUOA 4LY7A 4BDPA 3SV3A 4M3WA 1HYSA 2DTUA 4NCBA 3P1GA 2VG6A 4MFBA 4CIGA 3U3YA 1Q9XA 4IG3A 5K14A 4DSIA 3V81A 4ZTFA 3DI6A 1KVAA 1Y97A 1KVBA 4CFCA 3RRHA 3PY8A 3MEEA 1F21A 4CIFA 4FJXA 1U4BA 3TWHA 1SKWA 4PQUA 5CZ2A 2A1SA 4O5BA 4I9QA 2Q3SA 1FK9A 3LZJA 4BE2A 4B9LA 4DU1A 4DFPA 1SL0A 3HJFA 1EKEA 1VK0A 3F9KA 3OYGA 4DSLA 3VQEA 2B5JA 3L2QA 1NK7A 5HRPA 4EZ6A 2E6MA 3OYJA 4B9UA 4KHQA 3DLGA 4ICLA 5FDLA 2PY5A 3TARA 2IGIA 4DSEA 5HRRA 3F73A 5I3UA 4FZZA 4ELUA 4IFYA 1RT6A 4DSFA 1VRUA 3DRRA 4M3ZA 1BCOA 1A5WA 1BI4A 1S1XA 1NJWA 2G8WA 2XY5A 4CFDA 4E19A 4CJQA 2YKMA 3OY9A 1KSPA 3HVTA 4DLGA 1ASWA 1S1TA 1TK5A 4JLHA 3ISNC 4KAZA 4CEQA 1RT4A 3D45A 1RNHA 4M45A 1ZBLA 1XHZA 1LWFA 2P51A 3LP3A 1NK5A 4FJIA 1RDDA 2HNDA 5J2MA 4CJPA 3SNNA 4B9SA 2VWKA 4N5SA 5HRSA 2NUBA 4BDYA 2G8FA 3OS0A 3M8PA 4ID1A 3LP2A 4I2QA 3WNEA 3VQ5A 4IG0A 3AVCA 3OYEA 3TR8A 3VQBA 3MXIA 3HXMA 2OZSA 1WSEA 4M42A 2W42A 4E7JA 3D0PA 4BE1A 1CXQA 3DLRA 3CM6A 2KZZA 1WSHA 3KKSA 4B9NA 1FKPA 2XRIA 2G8VA 1W9HA 2HVHA 5HLFA 4CF2A 4FZXC 4LH4A 1JLFA 1EX4A 3QIOA 4B8CA 3HVRA 4KI4A 3RMCA 4PY5A 3ALYA 4CEBA 3V9SA 3VQ6A 2EX3A 4Z4HA 1KCFA 1RDCA 2KFNA 2P5OA 1RCHA 4BWJA 4NCGA 4J2EA 1CZBA 2GUIA 1L3TA 3CFOA 3TAQA 4DFKA 1XC9A 2P5GA 3V6DA 4Z0UA 4CJTA 3DRSA 3M8RA 4CFAA 1QSYA 4CJWA 3VQCA 3HK2A 3RMAA 1RTIA 3DMJA 4IBNA 2E6LA 1HPZA 1SV5A 2R7YA 4HCBA 4EP4A 3NF9A 4DTUA 2KZMA 1NK4A 4Y1DA 1HNVA 3OYMA 3OYAA 4QCLA 1A5XA 3OYIA 4NCAA 3L2VA 3NFAA 3ASMA 3RMDA 1VSFA 1RT2A 3AVIA 3ITHA 1Z25A 4KTQA 1QS4A 1S6QA 5D3GA 1BISA 4CGDA 4YNQA 3TAGA 2Y1JA 3QNNA 4DFJA 1RTJA 3LANA 4I2PA 3LALA 3I8DA 4IKFA 1NKBA 4CJFA 4GVMA 4FVMA 1C1BA 2D5RA 2ITGA 1RBVA 3AVMA 4KV8A 4HUEA 5JS1A 4M41A 3THVA 4BACA 3B6OA 1FXXA 1U45A 1QQCA 1RBUA 3O3FA 2EHGA 3V1QA 4N41A 1SL1A 4AHTA 3NGZA 2YHAA 3L3VA 3VN5A 4DQRA 4DTOA 1BL3A 3DLKA 3NCIA 1RT1A 1LAWA 3CYMA 3G10A 3DYAA 5FROA 4FW1A 4AHCA 2O4GA 2ZQBA 3ZT3A 3NE6A 4CF0A 4AILC 5SZTA 4HUGA 4E89A 1X9SA 2G8UA 4DWIA 2PZSA 4J2DA 1TAUA 1Q8IA 3VQPA 4CECA 3NHGA 3EY1A 3HT3A 4M3RA 2FBXA 3LP1A 3AVGA 1NK8A 2Z1JA 3MAQA 1EXQA 2XY8A 3BGRA 1JLQA 3CFPA 3CQ8A 4E7IA 4E7LA 3TAEA 1QSLA 4E1MA 4FLZA 4O0IA 4ELTA 4CJKA 2VG5A 3AA5X 3QNOA 1VSDA 2IDOA 3TAPA 1SL2A 4FK0A 1R0AA 3LP0A 4C8KA 1KFSA 4FLUA 4ZHRA 3L2UA 3C95A 2YHBA 1RTDA 1TVRA 3SUQA 2D0AA 5KRTA 4OPJA 1TK0A 1WN7A 3ZSVA 3K2PA 3NBPA 2OPRA 3OS2A 3PX0A 1VRTA 4CE9A 1WAFA 4W5QA 1IKWA 3KJVA 3CFRA 1YTAA 1NK9A 1C0UA 4KB1A 3HL8A 1WSGA 5DK5A 1WSJA 1C1CA 5HROA 1SUQA 5J1EA 3AVAA 3KTQA 2F8TA 3SI6A 4N47A 4FM2A 3L8BA 5C42A 1ITGA 1JLBA 2IS3A 2B4JA 1QTMA 4O44A 5DMRA 3LPTA 1VSMA 4FJNA 3DLBA 3HO1A 3ZSXA 4CHYA 3RWUA 1BI4B 1ZBHA 1BGXT 1YVUA 4JS5A 2OZMA 1S9EA 1VSIA 4CJ4A 3K5LA 4OGCA 1DLOA 1MU2A 1KTQA 4J2BA 3AVHA 2XHBA 4FJMA 2AJQA 3VQ9A 2DFFA 3AVNA 1JXEA 4LSLA 1TV6A 3PX6A 2BDPA 3M8SA 1J53A 5J2NA 1JL1A 3L2WA 1VSHA 1IKXA 4GW6A 3QEPA 4OLBA 2OYQA 1RDAA 5J2QA 1UA0A 3AVFA 4H4OA 4PA1A 4F4KA 2OA8A 4CJ5A 4LH5A 3HYFA 4AHRA 1B92A 3TANA 4OPKA 1T05A 3E01A 1RTHA 1J54A 2G8KA 3KK1A 4NYFA 1TK8A 3QESA 2O4IA 2VG7A 4F2RA 3JYTA 3AO5A 3OYLA 1SKRA 3KD5E 4LSNA 4DTJA 1U49A 4FM1A 5KTQA 1X1PA 3KLFA 2JLEA 3B6PA 3LWMA 1NK6A 1D9FA 3K57A 3V1OA 2HNZA 4M3YA 4Z4FA 3AVBA 3S3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0VB 2FC0A 4FVUA 4B1VA 1N36K 2FBVA 1ASUA 1XQSC 4A61A 4DV6K 4DV4K 3TSUA 3CETA 2XO7A 2HB5A 1C0TA 4H8KA 3HOSA 1EETA 3VF4A 4KRFA 1RBTA 4CJUA 2WFBA 4DQ8A 3NGIA 1B9DA 3VEWA 4CEOA 1RT3A 2X6SA 4XIUA 1D8YA 1QHTA 5BRDA 4GY2B 2FLOA 2IIRA 4OJRA 4FM0A 3SPZA 3L3UA 2YI1A 1IG8A 4QOZB 2HHXA 3ZSOA 1Z26A 3IUCA 4H5RA 3DM2A 3BDPA 3IAYA 4HCCA 1XNRK 3C65A 3UKRB 3DXKA 2HNYA 1QQNA 4CHZA 2QWRA 3CCRN 4K0KK 4JKBA 2GELA 2YNFA 3VTHA 5BN8A 2YJEA 1S1UA 2QWMA 3J8AA 1TUUA 4AQYK 2HHSA 3QB0A 4LD0A 4Z4CA 2HBJA 2BANA 1S1WA 4EAHD 2BTFA 5C24A 1OVQA 1OVYA 4DMNA 1G99A 3NVKA 5FPEA 4AM6A 3I56N 5JLHA 3SLCA 3AA3A 2QTDA 3TSPA 5AQUA 1LAVA 2WTUA 2XY7A 2OPPA 4CERA 3T3FA 2IAJA 5EOYA 5HBMA 3RMBA 1J5OA 3BF3A 1CZ9A 1E3MA 5J2PA 4LF5K 4JEPA 1JKHA 3MXJA 1V4TA 1JLGA 1GLJO 3GE1A 4CZMA 3K5MA 2ATQA 2Z1HA 3VMFB 1BHLA 4CHNA 4CJSA 4DQQA 1HLUA 4AHSA 3IS9A 5BR8K 3AVLA 2QKBA 5ELZA 4CHPA 1D4XA 3EYZA 4F3OA 3CJBA 4WFBL 5AQLA 1NKEA 4OLAA 4DUYK 3U6FA 4A59A 3TTCA 1S9GA 3MN6A 1VQPN 4FWLA 3OYCA 4C8LA 2I5JA 5LMUK 3WXMB 3PO5A 3RTVA 3G0ZA 4FYDA 3S9HA 3AV9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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