3WNEA

Cyclic hexapeptide pkidng in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 47
structure length 138
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wneA00
4FK2A 3OYNA 1HYVA 4BDPA 1A5VA 2D0BA 4QAGA 4KPYA 1G15A 2IAJA 4AHSA 2XY5A 2I5JA 1CLQA 3AVNA 3WNGA 1X9WA 3AVJA 2GBZA 4FLVA 5HRPA 4CF0A 5E41A 1Q9YA 3OYKA 3DLBA 3LAKA 3OJSA 1EKEA 5DK5A 3A2FA 4JLHA 4B9SA 1TKTA 1NOYA 1C1BA 1I3AA 1UAXA 2XO7A 2BANA 4LY7A 3V9UA 4FJ7A 3DLRA 3LAMA 3M8PA 3OJUA 1A5WA 3P1GA 1S5JA 1X1PA 4O5BA 4CEDA 3C94A 1LAWA 3OYBA 4FXDA 3SZ2A 3DLHA 3TWHA 3SUPA 4DFPA 2GUIA 3TI0A 4MQ3A 4DQSA 3DOKA 5I42A 4KI4A 1B9DA 4IG3A 1ITGA 4B8CA 3AA2A 4BACA 3K2PA 3NGZA 1N6QA 3RWUA 4I9QA 5D3GA 3KIOA 4N76A 4IG0A 1JXBA 1NK9A 4CJUA 4CHOA 2FBYA 4CHYA 1R0AA 4CJ4A 5FDLA 4DFJA 4O4GA 3TAMA 1SL0A 1J5OA 1FXXA 1Z25A 4F8RA 2IS3A 3NF7A 2Q3SA 4LD0A 4J2DA 1EETA 4OGEA 3O3GA 3SQ2A 1TV6A 1QS4A 2OPQA 1RBUA 4CEOA 2GV9A 1HYSA 4DLEA 4M42A 3WNFA 4CJSA 4DTXA 4C8LA 2ZE2A 1WAJA 3AVGA 3VQ8A 2WONA 4W5NA 2QKBA 2ITGA 3DM2A 1BGXT 1L3SA 4KHUA 2HHQA 1W9HA 2A1RA 1K6YA 2YHBA 3NF8A 2HB5A 4FLWA 4M3ZA 4CEBA 4F2SA 3CFOA 3HJFA 3AA4A 4OVLA 3LALA 3H08A 3V9ZA 4FM0A 1QSLA 1RBVA 3V81A 2QK9A 3NGYA 4CK1A 2HMIA 1QE1A 3AO3A 4FJHA 3RRHA 4CF2A 4B8AB 3PUFA 3LZIA 1QTMA 5FRMA 2DFFA 1IO2A 1RT4A 1WSHA 3I0RA 3HO1A 2VG5A 4ELUA 1ASVA 1NJXA 4M45A 4FJJA 4KHQA 5C25A 3IS9A 3KKRA 5FRNA 3HVRA 3IRXA 4FW2A 4ID5A 1IKXA 1RT6A 3S3MA 3G10A 4CHZA 2ETJA 3PX4A 4KHWA 1A5XA 1VSLA 2EX3A 4OJRA 1LAVA 4DS4A 1NJWA 1NKCA 4E7HA 1WSJA 4B08A 3LWMA 4ELTA 2G8FA 4CHQA 1DTTA 1EXQA 2X78A 3TARA 3QEPA 3VQDA 2VG6A 5HRNA 1BISA 3L2QA 2PY5A 4FLUA 4CEEA 4GMJB 2FC0A 3ITHA 3SV3A 1U48A 3V1QA 4BE0A 1RT2A 3CFPA 3MXIA 3CG7A 1DTQA 1Q8IA 4M3TA 4G1QA 1EP4A 4JS5A 3L2VA 1YTAA 2Z1JA 4OLBA 4HTUA 4ZHRA 2P5GA 4FZYA 3KTQA 1CZBA 3M8RA 1D8YA 4EP4A 3TAFA 3LPUA 1NKEA 1WLJA 1D9FA 1S9EA 3OYCA 5C42A 1S6QA 4QCLA 2YNHA 1VSDA 1FKPA 1RT7A 4B9VA 4DQIA 3HP6A 1BL3A 4W5RA 1GOAA 3OS1A 4JRQA 3OYGA 3L8BA 4C8MA 3OYHA 3VQEA 3AVAA 3HSTB 4K8ZA 2G8KA 4DSKA 4CF1A 1C0TA 4DQRA 1SL2A 1UWBA 2G8WA 1HPZA 1VSEA 1VSFA 1W0HA 1WSIA 2OPSA 3ZT1A 1ASWA 4CEQA 5KRTA 4E7KA 3TAPA 1WNSA 1ZBLA 1S1WA 1Y97A 1SUQA 4IBNA 1LWCA 4HCBA 4HUGA 3LP0A 5HRRA 1HYZA 1JLCA 1ZBFA 4CJPA 5SWMA 5SZTA 3NHGA 3S3NA 1ZBHA 1UA0A 1S6PA 4F2RA 1B92A 4CHNA 4J2BA 2BDPA 4BWJA 3QLHA 2R7YA 4FM2A 2QXFA 1VSHA 1TKXA 3VQCA 1S1UA 4W5TA 4I2PA 4XIUA 2B6AA 3NAEA 3AA3A 2OZSA 1TL1A 1FKOA 4CJKA 2EHGA 3AO4A 2VG7A 4RW4A 3T19A 1ZBIA 4AHTA 4FJ9A 1HRHA 3C95A 4KKOA 4YNQA 4FJGA 5K14A 1UA1A 1RT3A 4C8KA 2OA8A 1SV5A 2HNZA 4N41A 4BDZA 4JS4A 4B9UA 4W5QA 3U3GA 4CJTA 4OKKA 3VQQA 3OYEA 3EYZA 1D5AA 3NGIA 4PA1A 4CFBA 1D9DA 1JXEA 3V1OA 3HPOA 1KRPA 4F3TA 3SCXA 1IKYA 4IFYA 1CXQA 1L3TA 3K5OA 3QNNA 3QETA 3SQ1A 1LW0A 3T3FA 3QERA 3KLHA 4ZTFA 2D0CA 3MEEA 2YV0X 5CY4A 2RF2A 3G0ZA 4DU3A 4FJKA 1S9GA 2YNFA 1ZBUA 3PO5A 3O4QA 2ATQA 4Z4HA 3ZT0A 1QHTA 4CEAA 4W5OA 3SPYA 1LWFA 4Z0UA 5HBMA 4CIEA 1YT3A 3NCIA 3AVBA 3LP3A 2VWKA 3DLKA 4NYNA 5DMRA 3VQ9A 3VQBA 1U45A 2G8VA 3MAQA 4KRFA 1XWLA 1HJRA 1J54A 3DLGA 3OVNA 4CJLA 4E1MA 3IAYA 2F96A 2YKMA 3HL8A 4N47A 4B9LA 2Z1IA 3DRSA 2WOMA 3HT3A 4DSJA 2HHTA 2IC3A 3K57A 3B6OA 1RDCA 1TKZA 3QEXA 2YKNA 1SKWA 4C8NA 3HVTA 4ID1A 3RMDA 4NYFA 4AHRA 3M8QA 3V9XA 1NJZA 2YNGA 3PO4A 2OPRA 1RTHA 4J2AA 1HQEA 5CZ2A 2HHUA 4HHTA 3NDKA 3QINA 3AA5X 1RDBA 1VRUA 2KQ2A 3PX0A 1RBTA 4CJVA 2AJQA 4DS5A 1KFDA 1L3UA 2HHVA 3ZT4A 3HPGA 1LV5A 3LWLA 3NF9A 3KLGA 1IG9A 4CGIA 4DSFA 3ZCMA 4FW1A 1TAUA 4O44A 1N5YA 1RDAA 2XRIA 3DRPA 3DYAA 4FZXC 4CJRA 5KTQA 4FK0A 3JYTA 3SPZA 2HW3A 1VK0A 4RW7A 4DFKA 2JGUA 4NCAA 1B9FA 4Z4GA 2P1JA 2PZSA 4OPKA 3TABA 3HM9A 4E1NA 2XHBA 1EX4A 2RPIA 3KLFA 1IH7A 4FLTA 3MXMA 2G8HA 3L2RA 2XY7A 2ZQBA 3VQ7A 5J2NA 5HP1A 1JLEA 4UQGA 3AVKA 3O4NA 4CFAA 4AHVA 2NUBA 4CF9A 1KVCA 2ZD1A 1RCHA 3O3FA 3RTVA 2X6SA 3TAEA 4ZTJA 2F8TA 4FYDA 2Z1HA 4CGDA 1GOCA 1VRTA 3OYAA 4Y1DA 3RR8A 4Q5VA 3SI6A 1NK4A 3ULDA 4KTQA 1KLNA 4DTJA 2KFZA 4I7FA 4CECA 1NK5A 1RNHA 3PY8A 3MEGA 4DU1A 5JS1A 4IDKA 1HQUA 2F8SA 3AVMA 5J2PA 3P5JA 4E0DA 4C8OA 1BHLA 4KI6A 3DMJA 2IGIA 4DTUA 4CK3A 4CJEA 3LPTA 1NKBA 4RW6A 5KGWA 3ZSYA 4FJIA 4KREA 4AHUA 1QQCA 4DLGA 4BE2A 2G8UA 4KB0A 1RDDA 3U6FA 3NF6A 3TR8A 4CGFA 3SJJA 1LW2A 4CK2A 3CQ8A 3AVLA 4H4MA 4CEZA 3QO9A 1ZYQA 4M3WA 4Z4FA 5JS2A 3ZSXA 3OY9A 3D0PA 3V9SA 4KHNA 3OYDA 4FJXA 1CXUA 3C6TA 3AO5A 4Z4CA 3AVIA 4DSEA 2DFEA 2HNYA 3C6UA 5CZ1A 4M41A 4CE9A 3M8SA 3LZJA 4E7JA 4DTOA 4ELVA 1F21A 2X74A 4GVMA 3SNNA 5KGXA 1BI4A 4OKEA 3KD5E 3I0SA 1RBRA 3V6DA 3IG1A 4HVJA 4N56A 3V1RA 3ZSOA 4E7LA 2HVHA 4FLXA 1SKSA 5J1EA 4PWDA 4OLAA 5T7BA 4J2EA 4LSNA 5C24A 2D5RA 4Y1CA 5HRSA 2KFNA 1RTJA 4DF4A 3K59A 3OYFA 2B5JA 4QOZB 4DG1A 3KD1E 3HYFA 4KTZA 3RMBA 1TL3A 2YNIA 3OYLA 3TAQA 3RR7A 1HNVA 4FCYA 3MXJA 4TSXA 3T1AA 1BCMA 5HLFA 3LP2A 4IFVA 3BGRA 4CFDA 4KFBA 4BE1A 4DU4A 3SQ0A 1TGOA 4NCBA 1JLBA 3NH1A 4E3SA 3U3YA 4PY5A 4CGGA 1RT5A 5HROA 3K58A 3DLEA 4H8KA 4O0JA 2VWJA 1MU2A 1QSYA 4CGHA 4I9LA 1L5UA 3KKSA 3KJVA 4DTRA 1VSKA 3KLIA 1CZ9A 4RW9A 3SYZA 3SUQA 1XHZA 3NE6A 2RN2A 4O55A 4DTMA 1WSEA 4M3YA 3K5MA 4EP5A 1JL1A 1BI4B 3QESA 4FJ8A 2BE2A 4KV8A 4DF8A 1WSGA 3E01A 3KK3A 4E7IA 2D0AA 4E19A 3RMCA 1SL1A 2P5OA 4DSLA 4EZ9A 3QEIA 4KHSA 3JSMA 3OYJA 3LP1A 1BCOA 3KK2A 2FBTA 2O4IA 3AVCA 2KW4A 1Z26A 1REVA 1S1XA 2LSNA 4OGCA 1Q9XA 4N5SA 5KRSA 1U4BA 2OZMA 2OYQA 4FK4A 2KTQA 4B3OA 2DFHA 1HNIA 2HNDA 3ISNC 3MEDA 3EZ5A 4FZZA 1ASUA 1LWEA 3S9HA 2IOCA 1SKRA 1S1VA 4RG8A 4WE1A 1NOZA 4DTSA 3SV4A 3QEWA 4CJWA 1RTIA 1T05A 1TKDA 4AH9A 3SQ4A 1DLOA 4H4OA 4BWMA 3QEVA 1J53A 4DSIA 4F4KA 2E4LA 1KFSA 3SUOA 1KCFA 4M3XA 4PQUA 3DI6A 1WAFA 2HHWA 1WN7A 2O4GA 1C1AA 3WNEA 1UOCA 3I8DA 3OS2A 5J2QA 4CIFA 1T8EA 5CYMA 2W42A 4CHPA 2G8IA 4AHCA 1TK0A 1XHXA 4FVMA 1BQNA 4HUEA 2XY6A 1BQMA 1JLQA 1KLMA 4KB1A 3O3HA 3F73A 1VSIA 4DTNA 1X9SA 1KVBA 3DOLA 3K5LA 4FLZA 4DFMA 1RT1A 4CIGA 2PYLA 1VSMA 3CM5A 1TAQA 1BIUA 1IKVA 3AVHA 1YTUA 1J9AA 4CERA 4BDYA 4CJFA 3VA3A 1S1TA 1RILA 3NH0A 1T03A 3BDPA 2DY4A 4MFBA 3ZT3A 4E89A 4Z4EA 3NH2A 3KLEA 3NBPA 4L8RB 1TK8A 3UIQA 4I2QA 4LSLA 1X9MA 4FJ5A 5KI6A 2Y1IA 3CM6A 4R5PA 2RKIA 3OYIA 3V4IA 4RW8A 3ZSVA 3PV8A 1T7PA 2YHAA 1XC9A 4Q0BA 1C1CA 4DTPA 2HHSA 3L3UA 2FBXA 3OYMA 1JKHA 1VSJA 3NFAA 2PYJA 4FJMA 3HP9A 4PUOA 4CCHA 1JLGA 4JRPA 4CJQA 3DRRA 4DWIA 4OKJA 3PX6A 4CF8A 4YFUA 3CYMA 3ZSRA 4CJ5A 1JLAA 4KO0A 1HMVA 3ZT2A 2Z1GA 1NK6A 1KSPA 4IKFA 4LH4A 3VQ6A 2OPPA 3ZSZA 4CEFA 3OS0A 2Y1JA 3S3OA 1KVAA 2P51A 3RMAA 4DQPA 2KZZA 3ZSWA 2QKKA 4KAZA 3HK2A 4KHYA 2XY8A 3THVA 1U04A 4CFCA 3K5NA 4HUFA 3VN5A 4K8XA 4FJLA 1C0UA 1IKWA 1U47A 1U49A 3TAGA 3ALYA 3VQAA 5FROA 3MECA 3SUNA 4FJNA 4Z4IA 2HVIA 3VA0A 4M3UA 1FK9A 4GW6A 2HHXA 3V9WA 4O0IA 3FFIA 4NCGA 3QIOA 1TK5A 4CGJA 2E6MA 1GOBA 1KTQA 3AO2A 3AVFA 3WNHA 3LDSA 4B9NA 3QIPA 4ICLA 4DMNA 1NK7A 1NJYA 3B6PA 2JLEA 4FLYA 2E6LA 5EU7A 3ZSQA 1QSSA 4EZ6A 2BGGA 4DQQA 3HXMA 4B9TA 4CJ3A 3CFRA 3D45A 1JL2A 5I3UA 3L2WA 3QNOA 1BIZA 1C0MA 3L3VA 2A1SA 2IDOA 4LH5A 4AILC 4M3RA 4OPJA 2DTUA 3KK1A 3AV9A 3VQ4A 1I39A 1XI1A 4HCCA 1NK8A 1JLFA 1RBSA 3HPHA 2FBVA 4KTWA 3TANA 1NK0A 3F9KA 3P83D 1L3VA 1TVRA 1WSFA 3ASMA 3VQPA 3L2UA 4F3OA 3EY1A 2B4JA 3VQ5A 4CESA 5J2MA 4FM1A 2KZMA 1YVUA 3RRGA 1C6VA 3AO1A 5CYQA 2X6NA 1O1WA 1RTDA 3LANA 4B9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OW2M 1EQYA 1HYVA 4BDPA 1I94K 1A5VA 3G4SN 4KPYA 1BDGA 1G15A 1YJWN 4UY8O 3AVNA 2GBZA 4BR4A 5HRPA 5E41A 1NU0A 1EKEA 3F5TA 1IBKK 3HTVA 2RHKA 4JK9A 3RSEB 2XO7A 2QEXN 4DQ8A 3DLRA 3M8PA 1Q81O 1VQNN 3OYBA 4O5BA 3DLHA 3TWHA 3SUPA 4H0VB 3EKUA 3TI0A 4IG3A 1ITGA 3AA2A 2KHOA 2KLAA 3K2PA 4X65K 1DKGD 2BTFA 3C7NA 4IG0A 1X9JA 5AZIA 1NMNA 3VEOA 4O4GA 1SL0A 1FXXA 3EZWA 2QWPA 4F8RA 4HTLA 1EETA 3FGUA 4B1VA 4CEOA 1HYSA 3J7YP 4CJSA 3AGKA 3DLLL 2ZE2A 5AQYA 2HSTA 4MO5A 2QKBA 3DM2A 2A41A 5C12A 3LALA 3H08A 3O9SA 1TYQA 3L0QA 5KQDA 2HMIA 3RRHA 5FRMA 3LZIA 4DV2K 2DFFA 4I6MB 4HWIA 1NJXA 3IS9A 1C0FA 1RT6A 2QWRA 4CHZA 3PX4A 3KWIA 4OJRA 1LAVA 1NJWA 1NKCA 5AQUA 3VENA 3QEPA 4DUZK 3L2QA 5HRNA 1BISA 4FLUA 2VWBA 4CEEA 4GMJB 1U48A 1OH5A 4BE0A 2QM1A 3CFPA 2VCPA 5F0XA 3SBTA 4H5TA 4HTUA 1CZBA 3M8RA 1D8YA 4EP4A 1WLJA 1KQSM 3OYCA 1LCUA 1VSDA 1RT7A 4U67L 1BL3A 1GOAA 1BO5O 3OYGA 3OYHA 4C1NI 1N33K 3HBTA 4CF1A 2IVPA 2Q0UA 1SL2A 2G8WA 1WSIA 4E7KA 5KRTA 4XH4A 3FZHA 5JVHL 5AQPA 3LP0A 5SZTA 4CJPA 3NHGA 4LF8K 1UA0A 1B92A 3ENOA 4FM2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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