3WNFA

Cyclic hexapeptide ckidnc in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 46
structure length 133
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnfA00
1JL1A 2EX3A 1HRHA 3AVMA 4RW6A 3H08A 3PX6A 4EZ6A 1RDAA 3ZSXA 3DOKA 5E41A 2KFNA 2G8UA 3QIPA 4FJLA 4FZZA 2BANA 4ELVA 1C1AA 3PX4A 4NYFA 4E7IA 1D5AA 2KFZA 5HP1A 4DTJA 2E6MA 4MQ3A 1KFSA 4JLHA 2HVIA 4EZ9A 3TABA 5HRSA 1GOAA 2BE2A 3OYNA 4I9LA 3C94A 4HUFA 2RN2A 3DLRA 3K5NA 4JRQA 4FXDA 3SUQA 4IFVA 1JXBA 4FCYA 1RT2A 1BISA 4M41A 3OS1A 1RNHA 1SKRA 4DWIA 4KI4A 1RBRA 3P1GA 4CJSA 3L2RA 3DRRA 3VQPA 5J2NA 4O0JA 3RMAA 2G8IA 3CFPA 3C95A 4FM0A 1UWBA 3TAGA 3T19A 1TL3A 4F2RA 1WSEA 1W9HA 4N56A 3OYLA 5HRNA 4FJ9A 3OVNA 1QQCA 2E6LA 3AV9A 1J53A 2HHVA 3DLHA 3M8SA 4DTXA 1JXEA 4FZXC 3L3VA 3LZIA 3KKRA 1LWCA 3IRXA 4W5RA 4ZTFA 1WN7A 2P51A 3LAMA 3ZCMA 1DTQA 5I42A 1S1XA 3QEXA 3B6OA 3NH1A 3VQDA 2PZSA 4IFYA 3V9SA 4M3UA 3OYKA 3S3OA 2O4GA 4CESA 3HP6A 4DQQA 4CGHA 2FBXA 2QXFA 3O4QA 4DTRA 4DTMA 4H8KA 3KD1E 1LAWA 2OPQA 2HW3A 2HVHA 3RMDA 1ZBFA 4FLUA 3V4IA 3KK3A 2YHAA 3QEIA 3I8DA 3RMCA 3L2QA 1RT6A 3QEVA 4ELUA 1CXUA 3KK1A 1NKCA 4NCAA 2LSNA 2G8KA 4M3ZA 3K58A 4FLZA 4CERA 4GW6A 4CHZA 3SQ2A 3AO5A 4CK2A 3ISNC 3VQ8A 4CEFA 4CJWA 1RT7A 3LWLA 3SCXA 1D8YA 4DTSA 3THVA 4DSKA 2PY5A 3WNEA 4M45A 4BDYA 4IBNA 5C42A 1EP4A 3KLEA 5DK5A 1TK0A 4CHYA 4C8NA 1NK6A 1L5UA 1J5OA 1WSFA 2HB5A 4O5BA 1HQEA 1K6YA 3KTQA 2VG7A 4FJ5A 3DMJA 5CYQA 4M3YA 3TR8A 2X6NA 5D3GA 3QERA 1YTAA 1D9DA 4CJRA 3HP9A 3A2FA 3KIOA 3M8PA 4B9VA 3CFRA 4OLBA 3L3UA 3KJVA 1N5YA 2XO7A 1HNIA 1HPZA 4CJLA 2A1SA 3OJSA 3LWMA 3VA0A 4CEBA 3AVCA 3HVRA 3V9XA 3OYGA 3ASMA 1Q8IA 4M42A 1Z25A 2Z1IA 1FK9A 2FBYA 2YNGA 1KTQA 3OYEA 1SL2A 1B9DA 3C6TA 4KHWA 1HJRA 2RKIA 1C6VA 1JLBA 2JGUA 4OJRA 3PO5A 4K8XA 5T7BA 1RCHA 2DFFA 3AVKA 1U4BA 4FJHA 3ZT4A 1W0HA 5JS1A 1ITGA 3MEEA 1ZYQA 4Q5VA 2VG5A 3QLHA 1IH7A 1TL1A 1F21A 3G10A 1R0AA 3QETA 4YFUA 4FW2A 4JS5A 4HUGA 2X78A 3KD5E 2OPPA 5SZTA 1LWEA 4DSFA 1ZBLA 1RT1A 3U3YA 1KLNA 2P5OA 4F4KA 3HJFA 4IKFA 2Z1JA 1C0UA 3FFIA 3QINA 2YV0X 3O3HA 1X1PA 4DQRA 3V6DA 3LP3A 4ID5A 2XY8A 5KI6A 3SQ1A 4W5TA 2OPRA 4DLEA 1BQMA 3BDPA 4ZTJA 4B9LA 3KLFA 4KO0A 2YNIA 3OS2A 1TAQA 3TANA 3SYZA 3S3NA 3S3MA 3CFOA 4CJ4A 3QIOA 1RT4A 1RTDA 4Z4GA 5C25A 2B4JA 3NE6A 1S9EA 3OYIA 3S9HA 1I3AA 4E7JA 1U49A 4E89A 4Z4HA 4OKJA 3DLKA 3NDKA 3V9WA 3EY1A 4RW8A 2KZMA 1SUQA 2WOMA 2FBTA 4CGIA 3K59A 1BIUA 1J9AA 3MXMA 4DSLA 1REVA 1TKXA 4M3XA 4KPYA 3RR7A 1G15A 4AHSA 4J2AA 1A5XA 1BGXT 4FJJA 1NKBA 4CCHA 3DRSA 4LY7A 4BACA 4FW1A 1S5JA 4CEEA 4CK3A 1TKZA 1UAXA 3M8QA 4QAGA 3OYMA 4OPKA 3K5LA 3CM5A 4FLTA 4L8RB 3B6PA 5J2PA 4IG0A 4R5PA 3F9KA 3RRHA 3V9UA 2E4LA 3QO9A 2KQ2A 3VQ5A 3V81A 4KRFA 4NYNA 3IAYA 3SZ2A 4DTPA 2VWJA 5CZ2A 3T1AA 1NKEA 4B9NA 4FJIA 1QHTA 1QS4A 4KKOA 2F96A 2Q3SA 3ZT2A 4CFBA 2RPIA 2B6AA 4LH5A 4CJQA 1Q9YA 1RILA 4M3RA 4FJGA 2P1JA 2W42A 1VSDA 1T8EA 1EKEA 3CG7A 2HMIA 4CF1A 2GBZA 3LALA 3OYDA 3ZT3A 3QNOA 1WSGA 4OGCA 1TK5A 1FXXA 3LAKA 2OZMA 2HHUA 2ZD1A 3SI6A 1FKOA 3NF9A 3NF8A 2G8FA 4DFPA 1T7PA 4FJXA 2ETJA 3NF7A 3VQ9A 3HSTB 4BWJA 5J2QA 3ULDA 4B8AB 3CM6A 2EHGA 1UOCA 3VQAA 4CIFA 1MU2A 4F2SA 3SQ4A 4ELTA 4RW9A 4DU1A 1RDCA 4B9TA 2OPSA 3M8RA 4CFCA 3NH2A 3PX0A 1DLOA 4Z4FA 4CJUA 4LSNA 4LSLA 1L3UA 4FK0A 2X74A 1JLGA 2DTUA 2VWKA 1BIZA 4OLAA 3AVNA 1JL2A 4AILC 3JSMA 3NFAA 1CZBA 5JS2A 2KTQA 3K5MA 4PUOA 1RBUA 4JRPA 3ALYA 4DLGA 4RW7A 1RT5A 4FJ7A 4FK2A 2ZE2A 3AVHA 4IG3A 3OYJA 2NUBA 4CJ5A 3L2VA 4HTUA 5CYMA 3L8BA 3TAEA 3AVAA 4CE9A 3F73A 3AVBA 1Q9XA 4FJMA 1UA1A 3ZSWA 4Y1DA 1NOZA 4N41A 3OYBA 2A1RA 2KW4A 1XHXA 1X9SA 2HNDA 4KHSA 3VQ7A 4F3OA 1RTJA 4C8OA 2HHQA 1LW2A 4CEAA 3ZSYA 4O4GA 3NGZA 3SUPA 1BL3A 4DS5A 3TAPA 1S1WA 5K14A 3VQEA 5FRMA 1NK8A 3AA5X 3VQ4A 4WE1A 2HHWA 4HHTA 1YTUA 1S6PA 1BCOA 4CFAA 4FJNA 5FRNA 3HPHA 1ASUA 4DFJA 1JLQA 3TARA 1YVUA 1KLMA 3NCIA 2G8HA 4HCCA 4DS4A 3QNNA 3D45A 1IKVA 5KRSA 3SUNA 4JS4A 4CGGA 1NK4A 3SPYA 2IC3A 3AVJA 4BWMA 3U3GA 4DFKA 2HHTA 4KHYA 3DOLA 1HQUA 3HL8A 4DMNA 1HYZA 2D5RA 3NBPA 3WNFA 3OS0A 1WSHA 3MXIA 4W5QA 2FC0A 2YNFA 4OKKA 4E3SA 4J2EA 1WNSA 3DLGA 4CEZA 1TK8A 5HBMA 4E7LA 4KHNA 3KLGA 2ATQA 3PUFA 5KGWA 2D0CA 4CGFA 5J1EA 5FDLA 3O3GA 1KRPA 3K57A 1HYVA 4GVMA 4I2QA 1NOYA 4CIGA 1XC9A 4FJKA 3NGIA 1TKDA 1VSMA 4ICLA 1WAFA 3LP2A 1Z26A 1YT3A 4C8MA 2Y1IA 1C1CA 4KTWA 1WSIA 3ZT1A 3LDSA 1X9WA 2F8TA 3RWUA 2D0AA 4O44A 4DQPA 4F8RA 3AVFA 4OVLA 3DLEA 3KK2A 3PV8A 1LV5A 4Z4IA 1GOCA 1L3VA 1ZBIA 1VSFA 3SPZA 3K5OA 4B9MA 1B92A 3EZ5A 3TAMA 2XHBA 3QESA 4CIEA 3D0PA 4Q0BA 2Z1HA 2JLEA 1QE1A 4H4MA 4FLWA 4DSJA 1U04A 3AO2A 4CHPA 3ZSVA 1CXQA 4E7KA 3VA3A 4KHQA 5SWMA 1QSYA 3QEWA 4CJFA 4KTZA 4O0IA 2QKKA 4FK4A 4FVMA 1NJWA 1CZ9A 1L3TA 4W5NA 1T05A 1SL0A 4ZHRA 1A5WA 1J54A 3KKSA 4AHUA 2G8WA 2IDOA 4XIUA 2G8VA 3HO1A 4KTQA 3L2UA 3IG1A 3OJUA 4I7FA 3NAEA 4NCGA 1IKYA 3AVLA 4N5SA 5HROA 1IKXA 1C0MA 4Y1CA 4N47A 5KGXA 2XY5A 2OZSA 1RBSA 4CECA 4Z4EA 2XY6A 1C1BA 4DG1A 3TWHA 4ID1A 4KB0A 2P5GA 1S1UA 4BDZA 5FROA 4DU4A 2XRIA 1L3SA 4AHVA 2OA8A 5HRRA 4CK1A 4DTOA 3RTVA 2X6SA 1RBTA 3JYTA 4FJ8A 4DF4A 1JKHA 1KVBA 3L2WA 3DLBA 1BI4B 2WONA 4DQSA 1VSKA 1WLJA 1X9MA 1D9FA 2YKMA 5KTQA 2YKNA 4BE2A 4C8KA 1VSJA 4E1MA 3RRGA 2B5JA 2KZZA 4B8CA 1O1WA 1B9FA 2IGIA 4CFDA 3T3FA 3RMBA 1XHZA 1NK9A 3K2PA 1VK0A 3HXMA 4CEOA 1KSPA 3WNHA 3ZSOA 4C8LA 4QCLA 3AO1A 2DY4A 1NJYA 3RR8A 5CY4A 4E0DA 2HNZA 3O4NA 4CF0A 5J2MA 4CEDA 4KREA 1S1TA 1C0TA 3LZJA 4AHRA 1IG9A 5CZ1A 4BE0A 1NK0A 4PQUA 4AH9A 3NHGA 3SV3A 4DTUA 1Y97A 3DI6A 2GV9A 2IAJA 5DMRA 3OYFA 3AA4A 4KI6A 1JLAA 3AO4A 4FLXA 3C6UA 1WAJA 5HLFA 1LW0A 4B9UA 1CLQA 4IDKA 1RDDA 1ASVA 1EX4A 2PYJA 1TGOA 4K8ZA 3LANA 1HYSA 3HPGA 3DRPA 1TKTA 1S6QA 3ZSQA 4Z4CA 4CGDA 4DSEA 1XWLA 4OPJA 1QTMA 4PA1A 5HRPA 2RF2A 4CHQA 4AHCA 4E7HA 4CJEA 1U47A 3HM9A 3PO4A 3HK2A 4FYDA 1RTHA 1QSSA 4FZYA 1VSEA 4LD0A 4LH4A 4RG8A 1S1VA 3MEGA 4HVJA 4HUEA 4E1NA 2F8SA 1KVCA 3HPOA 2GUIA 4CJVA 1NJXA 4KHUA 3IS9A 2HNYA 2YHBA 1IKWA 1BQNA 1LAVA 1VRUA 1KFDA 3LP1A 1ZBHA 2DFHA 2Z1GA 4CF9A 3TAQA 3VQ6A 3P5JA 1EXQA 3ZSRA 3DYAA 3OYHA 4CF2A 1NK5A 1EETA 3VQQA 4PWDA 1RDBA 1TVRA 3ZT0A 2QK9A 3LP0A 3I0RA 1JLEA 1WSJA 4CHOA 1GOBA 4KFBA 4KB1A 4GMJB 3G0ZA 3DM2A 4CJPA 1DTTA 4QOZB 1FKPA 4M3WA 3VQBA 5I3UA 3ZSZA 1XI1A 3UIQA 4DFMA 4FLYA 4O55A 3MEDA 4KAZA 4CJKA 4J2DA 1TAUA 1RT3A 3CQ8A 1BI4A 1U48A 1T03A 4BE1A 3SV4A 1JLFA 4H4OA 3MECA 2R7YA 1VSLA 3NH0A 4EP4A 2O4IA 3KLHA 3TI0A 4EP5A 4CJ3A 3LPTA 3AVGA 1HNVA 4FLVA 1RTIA 3NF6A 2I5JA 4DSIA 4DF8A 2VG6A 2QKBA 3AVIA 4E19A 3AO3A 2D0BA 1IO2A 2BGGA 1A5VA 3QEPA 1QSLA 4I9QA 4UQGA 4I2PA 3V1OA 1UA0A 3OYCA 3P83D 4MFBA 1LWFA 5KRTA 3MXJA 3AA2A 4FM1A 4G1QA 1KCFA 1ZBUA 3CYMA 3WNGA 4DU3A 4KV8A 3V1QA 4J2BA 1VSIA 3E01A 2AJQA 1BCMA 4CEQA 3OYAA 3HT3A 1N6QA 4DQIA 4CJTA 5C24A 3SNNA 2FBVA 3KLIA 2ZQBA 3VQCA 4CF8A 3OY9A 4TSXA 1NK7A 1VRTA 5EU7A 3SQ0A 3PY8A 1SL1A 4YNQA 4F3TA 4W5OA 1VSHA 4BDPA 3MAQA 4B9SA 2YNHA 4RW4A 1TV6A 3V1RA 1SKWA 4FM2A 1SV5A 4PY5A 3ITHA 3HVTA 4B3OA 3TAFA 3EYZA 4AHTA 2Y1JA 3HYFA 4Z0UA 3BGRA 1HMVA 1JLCA 3VN5A 1SKSA 3O3FA 2BDPA 3NGYA 4N76A 2HHSA 4CHNA 3AA3A 2XY7A 3SUOA 1NJZA 2OYQA 4B08A 3U6FA 1RBVA 3V9ZA 4DTNA 4HCBA 2DFEA 2ITGA 4NCBA 4M3TA 1S9GA 3I0SA 4OKEA 4OGEA 4CGJA 2IS3A 1I39A 3LPUA 1BHLA 3SJJA 1ASWA 2PYLA 1U45A 2IOCA 1KVAA 2HHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLEA 1NGAA 2QXLA 2WUSA 3THXA 1YJWN 1Q82O 5FPNA 2ZGYA 1YIJN 4YOYA 4DR5K 2W40A 5AQQA 4ELVA 3BF3A 4CZGA 1D5AA 4MQ3A 2HVIA 1N36K 4DV1K 4JRQA 3M5RA 4JI3K 1JXBA 4LC9B 1NMDA 3OS1A 4IOCL 1SKRA 1RNHA 3DRRA 5J2NA 3HOSA 2PAVA 1K73O 1TL3A 4IXCA 4N56A 5HRNA 1QQCA 4JI0K 4K43A 5AQXA 1G99A 3VTHA 3N4PA 4ZTFA 1WN7A 3LAMA 4RCHA 3CJAA 1BO5O 3F9MA 3CXCM 3QEXA 2PZSA 4M3UA 4WF9L 5AQTA 5GAHP 4DQQA 1NGIA 4CGHA 3KD1E 4DTRA 4DTMA 1YAGA 2VGMA 3L2QA 3KK1A 4NCAA 2LSNA 4M3ZA 4DR6K 3K58A 3ZEUA 3SQ2A 4CHZA 3AO5A 2D0PA 3SCXA 4DSKA 4M45A 1YITN 3ID8A 5C42A 1EP4A 2KLAA 2Q2RA 5DK5A 4CHYA 3KLEA 3MN9A 2GX9A 4O5BA 3VMFB 3SAGA 4JI8K 3KTQA 3ZX2A 1KAYA 4DR7K 2E2OA 5CYQA 1YTAA 2UXDK 4A2BA 1N34K 4B9VA 5GIPA 3L3UA 4BR0A 3AGKA 4BRMA 1HNIA 1Z25A 2Z1IA 2FBYA 3L6QA 4K8XA 1KD1O 5M1PA 1U4BA 4DV7K 5BR8K 2VG5A 4CZHA 3CPWM 1R0AA 1F21A 3G10A 5AZIB 3QETA 5AQOA 2OPPA 1LWEA 4IEEA 3R1XA 3GOIA 4H0VB 3U3YA 4AQYK 3CCVN 1WBDA 2FSJA 2NRWA 3FFKB 4DLEA 1BQMA 3OS2A 3TANA 1TAQA 3UKRB 3SYZA 3S3NA 3S3MA 3CFOA 3QDKA 1RT4A 4E7JA 5LL6Z 3NMUA 3K59A 1J9AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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