3WNGA

Cyclic hexapeptide pkidnp in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wngA00
3SI6A 2HNYA 4O55A 3ISNC 4O0JA 3OYBA 3LALA 4DFMA 4E1NA 2DY4A 4CCHA 4HTUA 4KB1A 1HPZA 2OPQA 3TAGA 3OYHA 1XC9A 2HVIA 4KHYA 4EZ6A 1C0UA 2JGUA 1DTTA 3VQQA 3NGZA 4KTZA 1C1BA 2E4LA 4NYFA 2FBTA 4DSFA 3AVGA 3ZSYA 4F3TA 3K57A 4B3OA 3LDSA 1RBTA 4YNQA 3V1QA 1SL0A 2G8UA 3I0SA 4I2QA 2AJQA 4E7LA 3QNOA 3V4IA 3KJVA 3KK2A 2B5JA 3ZSXA 1S6QA 3TAMA 4FJLA 5KI6A 3BGRA 4DQIA 1X9SA 4DTSA 3HO1A 1ITGA 1BI4B 1X9WA 4M3TA 3K59A 3DRPA 4G1QA 2F96A 2PYLA 3QEIA 1CLQA 1NOYA 2X6SA 1TV6A 4E89A 1Q9XA 4E7JA 4DS5A 1WSEA 4RG8A 3MAQA 4F4KA 5CYMA 4CK1A 4AHCA 1JLFA 4JRQA 4CF1A 4AHRA 2QKKA 3LWMA 2PY5A 3EZ5A 3CQ8A 1YVUA 5HLFA 4C8MA 3HT3A 2HHSA 4KKOA 4LSLA 1VSIA 3K5NA 4I2PA 4HHTA 1LAVA 4M42A 2ZQBA 2BGGA 2FBVA 4MQ3A 4CHNA 4BE2A 4AHTA 2KTQA 1WAJA 2QKBA 5T7BA 1RBVA 1KFDA 2RN2A 1EKEA 2YHBA 2YV0X 1QQCA 4PA1A 4FM2A 4FJXA 1QTMA 2HHUA 4CJKA 1RTJA 3WNHA 1IKWA 1D5AA 3AO4A 2D5RA 4C8OA 3TABA 1Z25A 4E0DA 1HNIA 1IH7A 1W0HA 2HVHA 3L3UA 4FJ7A 3KLHA 3DLEA 4B08A 1FK9A 3H08A 3QINA 3ZSZA 4ELUA 3M8QA 3ULDA 3L2RA 4PY5A 2P5OA 4FCYA 4F2RA 2XRIA 3KD5E 4B9MA 5E41A 2YNHA 3NGYA 1QSSA 3HK2A 3TANA 3OS2A 3EYZA 1VSHA 3EY1A 3DRSA 1WN7A 1JL2A 3V1OA 1NK9A 4KB0A 5KRTA 4ID1A 2XHBA 4BDPA 3AVBA 3SUQA 1SV5A 3I0RA 3ZCMA 4AH9A 3F73A 4DU1A 1KLMA 2GUIA 3AVLA 1WSFA 3IS9A 2ZE2A 4OJRA 1NKEA 1WSJA 4ELVA 4I9LA 1J53A 3D45A 3NH2A 3HJFA 3CYMA 1BGXT 1C1CA 1JLQA 1RT6A 1ZBFA 1LWFA 3L8BA 2ZD1A 1U4BA 3TAEA 5I3UA 2IAJA 1EXQA 4JS5A 4DU4A 1VSMA 3ZT2A 3AVNA 3VQ9A 1L3TA 4F3OA 4HUEA 3DLRA 1KVAA 3LZJA 3NCIA 1JLEA 3M8PA 4BWJA 4CJRA 2DTUA 5FROA 1JXEA 1A5WA 3DM2A 1WSIA 4DF8A 2KFZA 4K8XA 3VQ6A 3JYTA 3KTQA 4GVMA 1Q9YA 4KFBA 4DG1A 1C0MA 3B6OA 5FDLA 1QSLA 3C6TA 4DQRA 2X74A 5J2QA 3U3YA 3TARA 1TK0A 4FJHA 2EHGA 5HP1A 1BQMA 4B9TA 2IC3A 3OYIA 3L2UA 4N76A 1GOCA 3QO9A 1QHTA 1KSPA 4J2EA 4L8RB 3TI0A 2B6AA 5CY4A 5KGWA 2OZSA 4Z0UA 3LP1A 3PO4A 1HYSA 3VQAA 4CJ3A 4EP5A 1S9GA 2B4JA 2YKNA 1WLJA 4UQGA 1TK8A 3AVAA 1RT2A 1N6QA 4FJNA 3OYMA 1UA0A 3VA0A 1HQUA 2YKMA 2BE2A 5CZ2A 3VQEA 2O4IA 3U6FA 3A2FA 1SUQA 4DSEA 5J2MA 4KI6A 1KVCA 4CF0A 4CIFA 2E6MA 1BIUA 1IO2A 3AVHA 3K5MA 3CG7A 1HRHA 4C8NA 3SQ2A 1T7PA 1HQEA 4CJQA 4MFBA 3ALYA 4IG0A 1HNVA 1LV5A 4KPYA 4IFYA 4CJFA 4N41A 2VWJA 1S9EA 1NK5A 4O44A 1C6VA 3ZT0A 4PWDA 3PX6A 4CFDA 1NJXA 3DLHA 3RR7A 1GOBA 5I42A 2P5GA 1U48A 3T3FA 4M3ZA 1VRUA 3QEPA 1EX4A 1YTUA 1HYZA 1KRPA 2HHWA 4RW4A 4CGJA 4K8ZA 4YFUA 3G10A 4CJTA 3RMDA 3S3NA 3S3OA 3NBPA 3AO2A 1TL3A 1TKDA 4FJ5A 3O3FA 2RKIA 3QNNA 4DSLA 2YNFA 1DTQA 1DLOA 1RT4A 1TKXA 4IBNA 4KHSA 4J2BA 3OS1A 1FKOA 2VG7A 3OYGA 4J2AA 3AVFA 2XY6A 1NOZA 3G0ZA 3QIPA 2XY8A 5CZ1A 5EU7A 4CHQA 3OYAA 3AO1A 4FZYA 4ICLA 5HBMA 1C0TA 3AO5A 4TSXA 3WNGA 3QEWA 2DFFA 4JS4A 3L3VA 3O3GA 4AILC 1BISA 2WOMA 2NUBA 4ID5A 4CEQA 3CFPA 3KK3A 1BI4A 4DTMA 4KRFA 3ZT3A 5J1EA 3OYJA 1FKPA 1RILA 2D0AA 2BANA 2RPIA 2Z1IA 4RW8A 4ELTA 1LWEA 1WSGA 3C95A 3VN5A 2BDPA 3PUFA 1W9HA 4BDYA 3E01A 1T8EA 4DQQA 1ASVA 4CGFA 2Z1HA 3HPHA 3VQPA 3RMBA 2YNGA 1J54A 4WE1A 4M3XA 4FZXC 4FJGA 4XIUA 3LPTA 4OGCA 3PO5A 2VG6A 3ZSOA 4E19A 4JRPA 1L3VA 3RRGA 2P1JA 4OKJA 1WAFA 4DSJA 3DLGA 4N56A 4FW1A 1KFSA 4IKFA 4OKKA 4CEAA 4CEZA 2HHQA 4NCBA 4O4GA 1UAXA 1IKVA 4FLYA 3HVTA 3V9ZA 4FJMA 3V9SA 3RWUA 4R5PA 4KAZA 3KLFA 1IKXA 3SPYA 1CXQA 3VQCA 3V9UA 3LAKA 3VQDA 3KLGA 2OPPA 2Q3SA 3SV3A 4PQUA 3PX0A 4FVMA 1BIZA 4CIGA 1KTQA 1TL1A 1VRTA 3V81A 1RT5A 4FM1A 4FK2A 1TGOA 1JKHA 1NJWA 1NJYA 4F8RA 4W5TA 1NK0A 3DLBA 1RNHA 3MECA 2DFEA 2X6NA 4DWIA 4FW2A 5DK5A 1LW0A 4PUOA 4QCLA 4HVJA 2Z1JA 4HUFA 4O5BA 3O4QA 3AVCA 3DRRA 3UIQA 3NE6A 1UWBA 3ZSVA 1D9FA 4W5RA 4I7FA 4DU3A 3KIOA 3SUPA 1KVBA 2HHTA 3OYCA 3LWLA 4DTNA 1ZBUA 3L2VA 1BQNA 2IS3A 3MXMA 1SL1A 1UA1A 3P83D 4E7KA 4KI4A 3KKRA 3LP0A 3VQ7A 3CM6A 5HRPA 3CFRA 3LZIA 4E1MA 3CM5A 4J2DA 4QOZB 1ZBLA 1TVRA 4Z4HA 4OPJA 2OPRA 4CESA 5J2PA 3QIOA 4OVLA 1NJZA 3VQ5A 1B9DA 5KTQA 1XI1A 4FJIA 1L3UA 3L2WA 2KW4A 4CJSA 3NAEA 4B9LA 4FZZA 3TAFA 3HVRA 4M3WA 4DLEA 3TR8A 2OPSA 3AV9A 5SWMA 4Y1DA 3SUOA 1I39A 4M3UA 1YTAA 3FFIA 3ZSQA 3P1GA 1NKBA 2G8IA 3V6DA 1QS4A 1S1TA 2QXFA 3SJJA 4KHNA 1GOAA 1HMVA 1VK0A 4BE0A 4E7IA 1RT3A 3AA2A 2ITGA 1JLAA 1J9AA 4FJJA 5J2NA 3HPGA 2A1RA 2D0CA 4AHUA 2G8HA 2LSNA 3RR8A 4Y1CA 5JS2A 1UOCA 4CECA 2A1SA 3VQ4A 2OA8A 3NDKA 1RDBA 4CHYA 4EP4A 4Z4FA 4NCAA 4CHOA 4Z4CA 2PZSA 4EZ9A 4CEEA 1S1WA 1SKWA 3HM9A 4CJ4A 3QESA 4B9NA 2IOCA 4Z4IA 1A5XA 5SZTA 5KRSA 1RDCA 1RDAA 2VWKA 3OYEA 2I5JA 3TAQA 3VA3A 4BE1A 1KLNA 2FBXA 3JSMA 1NKCA 3THVA 1O1WA 2OYQA 3KD1E 5D3GA 4CK2A 1VSLA 2HW3A 4LSNA 1XHXA 5HRSA 1NK8A 4FK0A 3AVKA 3OYDA 3CFOA 2XO7A 1S6PA 3OJUA 2OZMA 2HNDA 3OJSA 3L2QA 4FLTA 4C8KA 1X1PA 3NGIA 3K5LA 2GBZA 3AVMA 3OVNA 4KREA 1RTHA 4QAGA 4H8KA 1RBRA 3RTVA 4FLUA 4CGHA 4DFKA 1RBUA 4FLZA 1CZ9A 3NF6A 1KCFA 3QEXA 1HJRA 3F9KA 2GV9A 2F8TA 4DS4A 1XHZA 3RMAA 1JLBA 2E6LA 2X78A 3KK1A 4CEBA 2RF2A 3WNEA 3LPUA 4AHSA 1EETA 2KFNA 3LP3A 4CHZA 1U49A 1S1UA 3OYKA 1C1AA 2HHXA 4DLGA 3AA3A 4CJLA 4OGEA 4O0IA 4W5QA 4CEFA 4ZTJA 2HHVA 4Z4GA 1U47A 3ITHA 3AA5X 1EP4A 1U04A 3T19A 2PYJA 4DQPA 1CZBA 2KQ2A 3M8RA 3DOLA 3V9WA 5C25A 4AHVA 1BCMA 1F21A 4IG3A 4CIEA 3SQ0A 3ZT4A 1HYVA 3P5JA 1IKYA 4GMJB 1QSYA 2Z1GA 2P51A 3I8DA 4FM0A 3QEVA 4H4OA 3VQ8A 4OPKA 3NH0A 1LWCA 1TAUA 3K2PA 3ASMA 4HCCA 4CFCA 4DTXA 4CK3A 3NH1A 3V9XA 3SZ2A 1SKRA 1TKZA 1N5YA 4FJ8A 2HMIA 3IG1A 4KHWA 3ZT1A 1Q8IA 5HROA 4CE9A 1S1VA 1ASUA 1FXXA 2JLEA 3DI6A 3SUNA 4FK4A 4OLAA 5DMRA 1RBSA 3K58A 4RW7A 3HYFA 5CYQA 4CJ5A 4BACA 3V1RA 3C6UA 4F2SA 1JLGA 2G8FA 1TAQA 4IFVA 4CEOA 2IDOA 3DMJA 3LP2A 3MEGA 3MEDA 3S9HA 1U45A 1VSFA 3OYFA 4CJPA 4HUGA 3PV8A 4CFAA 3KKSA 4CFBA 2KZMA 3VQBA 5HRRA 4IDKA 1R0AA 1SL2A 1ZBIA 2KZZA 3KLIA 4W5NA 4B8CA 4C8LA 1WSHA 3AVJA 2F8SA 1RTIA 4DTRA 3T1AA 3DYAA 4FXDA 3AO3A 4DFJA 5C42A 3O4NA 4KTQA 4ZTFA 3TWHA 4DFPA 4NYNA 3RRHA 1Y97A 2R7YA 5K14A 4CJWA 1VSJA 4FLXA 4FLVA 1ZYQA 2ATQA 3MXJA 3U3GA 4CGGA 4CHPA 2G8KA 2IGIA 4CJEA 3ZSRA 4M45A 4CGIA 4B9VA 3AA4A 1ZBHA 3M8SA 4FLWA 3BDPA 1JLCA 4KTWA 3B6PA 3NFAA 4GW6A 4LH4A 4CEDA 4CERA 4Q5VA 4DTPA 3SNNA 3SPZA 1D9DA 4M3RA 4W5OA 2G8VA 3SCXA 1S1XA 2D0BA 2G8WA 3NF8A 4KHUA 1MU2A 1L3SA 3OYLA 1T03A 3NF9A 2EX3A 3LAMA 3OY9A 2FBYA 3HPOA 1S5JA 1RCHA 4JLHA 3AVIA 3O3HA 1VSDA 3RMCA 1I3AA 1K6YA 4DSIA 1NK6A 3NHGA 1NK4A 1YT3A 3S3MA 3IRXA 4KO0A 4CJVA 3HP6A 4DQSA 1XWLA 1CXUA 3K5OA 4CF8A 1IG9A 2FC0A 1TKTA 3KLEA 3MEEA 3PY8A 2DFHA 1WNSA 4DTJA 4DSKA 4OLBA 2YHAA 1REVA 1BHLA 4LY7A 4HCBA 1B92A 1QE1A 4E3SA 2XY5A 2HB5A 3HSTB 1J5OA 1JL1A 1ASWA 4M3YA 4LD0A 3SQ4A 1LW2A 4DTUA 3DLKA 4DF4A 2O4GA 4M41A 3WNFA 5FRNA 4NCGA 3C94A 4RW6A 4B8AB 5KGXA 4B9SA 1RDDA 1T05A 4DTOA 1D8YA 4OKEA 4FJKA 1VSEA 2XY7A 2VG5A 2W42A 3OS0A 3QETA 4FYDA 3OYNA 4N5SA 1Z26A 3IAYA 4CGDA 4BDZA 1VSKA 4CJUA 3QERA 2HNZA 4E7HA 1BL3A 5JS1A 4CF9A 1G15A 5HRNA 3DOKA 4CF2A 1RT7A 4N47A 4LH5A 1SKSA 3NF7A 3QLHA 3HP9A 1RTDA 2ETJA 3ZSWA 1BCOA 4H4MA 2Y1JA 3SV4A 1JXBA 3SQ1A 1RT1A 1X9MA 3MXIA 4Z4EA 3SYZA 4KHQA 3TAPA 2YNIA 1B9FA 5C24A 4BWMA 4I9QA 4Q0BA 4DMNA 2WONA 1TK5A 4FJ9A 1A5VA 3HL8A 3PX4A 4RW9A 1LAWA 4ZHRA 3D0PA 2Y1IA 3LANA 1NK7A 4KV8A 5FRMA 2QK9A 4B9UA 1L5UA 3HXMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DFMA 4E1NA 2DY4A 3ZYYX 3TAGA 2HVIA 3OYHA 4EZ6A 1C0UA 1DTTA 4KTZA 4NYFA 4DSFA 3AVGA 4CZKA 1SL0A 3ENBA 3I0SA 2P9PA 4I2QA 4JKAA 2ASOA 2D4WA 5AQGA 5JVGL 3QNOA 3KJVA 3KK2A 3ZSXA 3V4IA 3TAMA 2O8CA 2Q1NA 1X9SA 3HO1A 1ITGA 2NRXA 1RDWX 4FPAA 4J8FA 3K59A 3VEVA 1Q9XA 4E7JA 4DS5A 1MWKA 4RG8A 1Z05A 3MAQA 4K0KK 4BR5A 4AHRA 4FWNA 1YVUA 4C8MA 4PL8A 5AZIA 4KH5A 2BGGA 2O8EB 3THYA 4MQ3A 4CHNA 3E9OA 1WAJA 2P9KA 1RBVA 1KFDA 4PA1A 2FLOA 3J8AA 2HHUA 1Q7YO 1NGHA 4YOXA 4C8OA 4IEEA 1QQMA 2HVHA 4EIAA 4FJ7A 3EZWA 3PSIA 4F2RA 3KD5E 4B9MA 2DPNA 3NGYA 1QSSA 1NGJA 4JKGA 2ZGYA 4ID1A 4BDPA 4B1XB 3I0RA 4AH9A 3ZCMA 5BN9A 3F73A 3EKSA 3VTIA 1BDGA 2ZE2A 2QW9A 1NKEA 1J53A 3DXKA 5I3UA 2IAJA 1EXQA 4DU4A 4FWSA 2GWJA 3LZJA 3NCIA 1JLEA 2JWKA 3BZCA 4CJRA 4FWPA 2V7ZA 2KFZA 1SAZA 1XNRK 3VQ6A 3H1VX 3JYTA 5FPNA 3IUCA 1W97L 5F1XA 3TARA 3U3YA 2X74A 2IC3A 1GOCA 3QO9A 1JCFA 3MCAB 3ZEUB 3O6WA 2VQEK 3VQAA 3QDKA 4CJ3A 4EP5A 3OW2M 2YKNA 1WLJA 1TK8A 3AVAA 4KH6A 3VF6A 1N6QA 2BE2A 1SUQA 5J2MA 4CIFA 1IO2A 3AVHA 4IXCA 1T7PA 1HRHA 4FJLA 5DM6L 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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