3WNHA

Cyclic hexapeptide pkzdnv in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
137
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 137
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnhA00
4KPYA 2YKNA 3KJVA 3DRPA 1HYSA 1WAJA 5JS2A 4NYNA 3V6DA 4C8KA 4FLYA 4HHTA 1BI4A 3BGRA 2PZSA 4FJ8A 3V9SA 1KTQA 1QHTA 3RRGA 1A5VA 3DLKA 3NAEA 3ULDA 3TANA 5FRNA 2Q3SA 3SV3A 1ZYQA 1U04A 1HMVA 4CFAA 1RDBA 1R0AA 2HNDA 3DLGA 4Z4FA 2HB5A 3RWUA 1NK9A 3B6OA 1NJYA 3QERA 1LWEA 5CYQA 1KSPA 1N6QA 3AVIA 1ZBIA 2YHAA 3VQ8A 4J2DA 3O3FA 3O4NA 3OJUA 1TGOA 4IG0A 3A2FA 2RF2A 3VQBA 1RTJA 4DLEA 4DTRA 1FK9A 4DU4A 1X9SA 2BGGA 1WAFA 2VWKA 4R5PA 5HROA 4M3UA 3VQQA 4L8RB 1TKDA 3HJFA 3AO3A 4FW1A 1RTIA 4OJRA 3QEIA 1TAUA 2FC0A 1VSLA 2KFNA 1VSEA 3OY9A 1IKWA 1TVRA 1WSIA 4AHSA 4CESA 1KLNA 1S1TA 3AA4A 3KLEA 4OLBA 4FK4A 1NJWA 5SZTA 3WNGA 1U48A 3AVJA 2HHVA 4FK0A 3ZSOA 1BI4B 1IKVA 1GOCA 3AVAA 3L2UA 3KTQA 1JL1A 1SKSA 3LAKA 2HHXA 1JLQA 2X78A 3DLHA 4W5QA 3QEVA 4ELTA 3ZSWA 2XO7A 1FKPA 4FLXA 1D8YA 2VG6A 4CJQA 4FM0A 1QSSA 4J2AA 3SUNA 4E89A 1HNVA 4FYDA 3TAQA 1VSKA 3MXIA 4FJGA 4KHYA 1VK0A 4B9TA 3AVNA 1KFDA 5J2NA 3TAFA 1T05A 1ASUA 1CZ9A 2D0BA 3KK3A 1EP4A 3HK2A 4E19A 1EETA 1KVCA 1RBUA 1VSIA 4DS4A 1RBRA 3PX4A 4OLAA 2KTQA 4CERA 4OGEA 1KVAA 4CGHA 1L3VA 3OYMA 4DF8A 4E1MA 2KFZA 1C0TA 1DTTA 3JSMA 3QINA 2XY8A 4IG3A 4DU3A 2BE2A 3QETA 3QEPA 4ZTFA 1HYZA 4DU1A 3TABA 3V9UA 3T19A 1NK0A 4HCCA 3QESA 1ZBLA 4KRFA 2PYJA 4KB1A 2G8IA 5D3GA 3AO2A 3PX0A 3LP1A 4BDZA 1VRTA 4FW2A 1EXQA 3I0SA 3SYZA 4CHOA 4DG1A 1JLGA 1IG9A 3K2PA 2G8WA 5K14A 1WLJA 4OKEA 3DOKA 4M45A 3OYLA 3LZIA 3QO9A 2Y1JA 1QS4A 3S3OA 4CCHA 4DQPA 1TV6A 2KZZA 3SQ0A 4FJJA 2E6LA 3NGIA 3K5LA 3HPHA 3OYHA 2Z1HA 4DFPA 4GMJB 2D5RA 3ZSVA 1WSFA 2RN2A 3CM6A 3VQDA 4CJKA 4OPKA 3OYBA 4JRQA 4BE1A 4DFMA 3SV4A 4KO0A 4DFJA 1SL0A 1VSJA 4J2EA 1SUQA 3DLRA 1NK5A 1YT3A 2F8SA 2W42A 3VQAA 3KLHA 4H4OA 4CFBA 3OYJA 1UA0A 2JLEA 2WONA 4EP5A 2HMIA 2DFHA 4BDPA 1S1XA 4FLWA 5HLFA 1T8EA 1N5YA 4KI4A 4Z4HA 4EP4A 4CIEA 1I39A 3MEEA 4C8LA 3RMAA 2AJQA 2GBZA 4B9MA 3AA2A 4FZZA 1RCHA 3HVTA 3RTVA 4F8RA 1CZBA 3AO5A 3U3YA 3QNOA 4E0DA 3AVBA 4CEOA 3I8DA 4J2BA 2D0CA 1ZBHA 3DOLA 4ICLA 3QEWA 4O5BA 4CGIA 4FJHA 5KRSA 4CFCA 5FDLA 3WNFA 4DQQA 1RBSA 4W5OA 3MXMA 2IAJA 4RW8A 2BDPA 3RR7A 1XWLA 2XY7A 4M3WA 1JLEA 4OKJA 3B6PA 4TSXA 4CEQA 3ZCMA 1LWCA 1JXEA 1GOBA 2RPIA 1HNIA 3LWLA 2YNFA 2RKIA 3U3GA 1REVA 3IS9A 2E6MA 1NKBA 2G8HA 3LDSA 3ZT0A 2YHBA 4CJEA 2NUBA 1NK7A 4BDYA 4AHVA 1UOCA 5DK5A 3NBPA 3SQ4A 4LSNA 1C6VA 1IO2A 2OPSA 3WNEA 3KLGA 1SL2A 3V9ZA 2ZQBA 4F3OA 4DSEA 4DTUA 2Z1GA 3M8QA 5C24A 4Z4CA 4HUFA 3HL8A 1BQNA 1Q8IA 3ISNC 4C8MA 1XI1A 5JS1A 2OZSA 2GUIA 3C94A 1RNHA 5EU7A 4DQSA 3RMDA 2QK9A 3MXJA 1GOAA 4CHQA 4FLUA 1TK0A 4KFBA 4E7HA 1JXBA 3L3VA 4CK3A 4DTJA 4CK1A 4WE1A 3ITHA 3KLFA 4BE2A 4B9VA 4FJ5A 3THVA 4HTUA 2VWJA 3M8SA 1HJRA 1RT5A 4JS5A 3IRXA 2HNYA 4LH5A 3LWMA 4BACA 3DI6A 1D9FA 4BE0A 3NF9A 4CIGA 1NOZA 1RTDA 4B08A 3MEDA 4FK2A 3OS1A 1S6QA 1UWBA 4Y1DA 4OPJA 3NHGA 4KHWA 4DTSA 4NCBA 3PY8A 2P1JA 4DTOA 4K8ZA 1KVBA 3RMCA 4FJ7A 1S1UA 3OJSA 2O4IA 1BCMA 3NFAA 1BHLA 1LW0A 3VQPA 2HHQA 5DMRA 3HO1A 2PY5A 4N76A 3ZT4A 3ZT2A 5CY4A 1QQCA 3AVKA 3OYFA 2QXFA 3P83D 4AHCA 3OS0A 4FJIA 3ZSYA 2DTUA 3LALA 1S6PA 3K5MA 1SV5A 2G8KA 1MU2A 3OYIA 3SUQA 2OA8A 1XHXA 3HYFA 4DSIA 5CYMA 4DTPA 3DMJA 4CJPA 3M8PA 3HXMA 3EYZA 3V9XA 4B9NA 4KTQA 4CF8A 1WSGA 5T7BA 3T3FA 1CXUA 4OGCA 3SPZA 4DSLA 1UAXA 4CJ5A 1B92A 4CEFA 4W5NA 4FJKA 1NK6A 4IBNA 4LH4A 2X6NA 4ZTJA 3DM2A 1RDAA 2ITGA 1BISA 3T1AA 3NH2A 3O4QA 5J1EA 4N56A 1S9GA 5HP1A 5FRMA 5HRSA 3TI0A 1UA1A 3D0PA 4KHQA 1O1WA 4CEAA 1HPZA 4DMNA 3PO4A 1VRUA 1WSEA 2F96A 1JKHA 4KTWA 4OKKA 3SZ2A 3AA5X 1U4BA 4C8OA 3SNNA 4CJWA 1KCFA 1C1CA 4O44A 2DFFA 1L3UA 1BQMA 1TKZA 1KFSA 2ZE2A 2BANA 4PWDA 2Z1JA 1TAQA 1LWFA 2O4GA 3ZT1A 4UQGA 4Z4EA 3AVLA 2KQ2A 4CECA 3CFPA 4DQRA 3CQ8A 2A1RA 4B9UA 2OPQA 4Z0UA 4DWIA 1A5XA 1F21A 1JLAA 2KW4A 3AVMA 3DRSA 4ID1A 3QNNA 1EX4A 4FM2A 2G8FA 1RT6A 4FZXC 3LP3A 1DLOA 4CGFA 4ID5A 1ASVA 1L3SA 3V1QA 3JYTA 3M8RA 2F8TA 2XY5A 3VQ4A 4DSKA 1IKYA 1RBTA 3NCIA 1J53A 4CF1A 5HBMA 1TK8A 4JLHA 4C8NA 3ZSXA 3L2QA 2YKMA 4KI6A 1NKCA 1X9WA 5J2QA 4DQIA 3C6TA 3KK2A 1RILA 4O55A 4ELVA 3V81A 3DRRA 1W0HA 3ZT3A 4N41A 4YFUA 4CGDA 3C6UA 4DFKA 3DYAA 4HCBA 3HP6A 4KHNA 3EZ5A 4NCGA 4RW4A 1W9HA 3OS2A 4W5RA 3SI6A 5KI6A 4MQ3A 1I3AA 5E41A 2IOCA 5HRPA 1S5JA 4QCLA 1Q9XA 2FBTA 3FFIA 4RW9A 4CJTA 1WN7A 4DF4A 3AVCA 4RG8A 2OPPA 4OVLA 4CEEA 3O3HA 4Z4GA 4LSLA 1L3TA 3H08A 3ZSZA 4CHPA 4M3RA 4KHSA 3CFRA 4FLTA 3K59A 4FVMA 3AO1A 3CG7A 3S3NA 4N47A 5FROA 4DSJA 2P51A 1QSYA 1JLCA 3BDPA 3NF6A 1NJZA 3MAQA 3QLHA 4CF0A 1TKTA 4DSFA 1G15A 4BWJA 4XIUA 3KK1A 1S1WA 3AVGA 4H8KA 1J5OA 2FBXA 4CJ4A 1YVUA 4W5TA 4EZ6A 4PA1A 4CFDA 4HVJA 4HUGA 2X74A 3AVHA 1CXQA 4E7KA 3NGZA 4M41A 1NKEA 3SUOA 3SPYA 3SJJA 2X6SA 3LPUA 1U45A 3KD5E 4CJ3A 3HT3A 4F4KA 4G1QA 4Z4IA 2IC3A 3CYMA 3P5JA 3PUFA 3ZSRA 1X9MA 1KRPA 4RW6A 2QKBA 2YV0X 1S1VA 5C25A 1TL1A 2Z1IA 3RMBA 2B4JA 3HPGA 3OYGA 1JL2A 4MFBA 4F2SA 3AVFA 3L8BA 2FBVA 2KZMA 3VA0A 4CJFA 2Y1IA 4M42A 4GW6A 3KIOA 3KD1E 5CZ2A 5KRTA 4CJSA 4YNQA 4FLVA 1RT7A 4B8CA 1WSJA 4IFVA 1SKWA 3VN5A 3V1OA 2FBYA 3AA3A 3MECA 3KKSA 4I9QA 4FJMA 1SKRA 4F3TA 1QE1A 4O0IA 3VQCA 3NDKA 1CLQA 3TAEA 2I5JA 3E01A 3OYCA 1HYVA 4CEZA 1D5AA 4M3TA 3V9WA 4O4GA 5KGXA 4EZ9A 3C95A 2JGUA 2HW3A 4Y1CA 3KKRA 1RT1A 3VQ7A 4I9LA 4CJUA 3HVRA 3RR8A 3VA3A 1D9DA 4CE9A 1NJXA 3SQ1A 3TARA 3QIOA 2XRIA 3SQ2A 1YTAA 2B6AA 4ZHRA 2DY4A 4JS4A 1BCOA 4I2PA 3AO4A 1K6YA 2LSNA 2PYLA 3U6FA 4FJ9A 1TL3A 2YNGA 4CHZA 2HHWA 5SWMA 1U47A 2OYQA 1C1AA 3HSTB 4B3OA 3OVNA 5KTQA 1J9AA 3TAGA 4M3ZA 1EKEA 1VSFA 3ALYA 3D45A 4AH9A 3QEXA 4Q5VA 2ETJA 4CEBA 4FJNA 1TKXA 2XHBA 1NK8A 4QOZB 4H4MA 4AHTA 1Z25A 2IS3A 4AHUA 1B9DA 3KLIA 4CHNA 3PX6A 3K5NA 4LD0A 2GV9A 3DLEA 3ZSQA 2YNHA 2HVIA 1X1PA 4Q0BA 4AILC 3IG1A 1J54A 4NCAA 1WNSA 3NF7A 4HUEA 3PV8A 1FKOA 1RT2A 4NYFA 4BWMA 3EY1A 1BIUA 2A1SA 2OPRA 1L5UA 1ASWA 1LW2A 4CK2A 3HM9A 4DS5A 4K8XA 3CFOA 1LAWA 1NK4A 3RRHA 1SL1A 1C0UA 3TAMA 2IGIA 3CM5A 1VSDA 1C1BA 4KHUA 4FLZA 2HHTA 1IKXA 2B5JA 3PO5A 1DTQA 3LAMA 4KB0A 3HPOA 1ZBUA 4QAGA 4E7IA 1XC9A 5I42A 2XY6A 4FXDA 4CF2A 3OYKA 3HP9A 1RDDA 4CJVA 2HVHA 3DLBA 1Z26A 2HNZA 3G0ZA 3VQEA 2YNIA 3K57A 3MEGA 4RW7A 5HRRA 1WSHA 2EX3A 4O0JA 3L2VA 4F2RA 4PQUA 4B8AB 2P5GA 2R7YA 1U49A 3G10A 3L2RA 2E4LA 2VG5A 4FZYA 3NGYA 2WOMA 4KTZA 1BGXT 4I7FA 5CZ1A 3WNHA 4CJRA 4JRPA 4FCYA 2OZMA 1HQUA 5HRNA 5C42A 1RT4A 1A5WA 3OYNA 3OYAA 3SCXA 1ITGA 3NF8A 4CHYA 4E3SA 4DTNA 3LPTA 4N5SA 3OYEA 3SUPA 1JLFA 1QTMA 2HHUA 2HHSA 4M3XA 3O3GA 2G8VA 4B9SA 3K5OA 2ZD1A 3TR8A 1LV5A 3LP0A 4FJXA 1RBVA 3V1RA 1Q9YA 3IAYA 4PUOA 5KGWA 4IKFA 3LANA 2VG7A 1ZBFA 4CF9A 1YTUA 3K58A 3TWHA 4CIFA 1RTHA 1LAVA 1VSHA 4LY7A 3TAPA 4B9LA 3F9KA 2EHGA 4AHRA 1RT3A 4FM1A 1JLBA 1T7PA 2G8UA 1FXXA 3S9HA 4CJLA 1HRHA 4I2QA 4GVMA 3OYDA 3LZJA 4E7LA 2QKKA 4M3YA 3VQ5A 4KKOA 4KAZA 3P1GA 4ELUA 1B9FA 1KLMA 3LP2A 1QSLA 1IH7A 1HQEA 4KREA 4DTXA 1TK5A 3L3UA 4IDKA 3V4IA 1BIZA 3QIPA 4IFYA 3NH0A 3NH1A 2IDOA 1NOYA 4FJLA 3I0RA 4DTMA 4PY5A 4E7JA 3AV9A 3NE6A 3S3MA 1XHZA 4CGGA 1RDCA 2DFEA 3VQ9A 1Y97A 4CGJA 1BL3A 3L2WA 4CEDA 2ATQA 5J2MA 5I3UA 2P5OA 3UIQA 3F73A 4DLGA 5J2PA 3ASMA 2D0AA 1VSMA 3VQ6A 1T03A 1C0MA 1S9EA 4KV8A 4E1NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DRPA 1HYSA 3MX5A 3V6DA 2PZSA 1BI4A 2E2PA 3BGRA 4CBWA 2CGLA 3RRGA 3DLKA 3DLLL 2NRHA 5FRNA 2HBJA 1ZYQA 4CFAA 1R0AA 2HNDA 3DLGA 4Z4FA 4DV3K 3CCMN 3EZWA 2GWJA 4ILHA 1ZBIA 3VQ8A 1QZ6A 3O3FA 5C2FA 4L3QA 1TGOA 4DLEA 1M90O 2OCEA 1X9SA 2BGGA 1MWKA 3FLCO 1P90A 4L8RB 3HJFA 4FW1A 2O8DB 1WBDA 1VSLA 3MMVA 3AAQA 1TVRA 4AHSA 1CZAN 3FZKA 4OLBA 4FK4A 1NJWA 1NGCA 1U48A 1BI4B 1IKVA 2H3GX 3EKUA 3LAKA 3I55N 1JLQA 3TTDA 4BRPA 5GADP 3DLHA 4BC4A 1QSSA 4C1NK 2GEMA 3FZHA 2EWSA 1VK0A 4MLEA 3TAFA 1HJOA 1ASUA 2D0BA 3O9SA 4MDBA 4BRDA 3PX4A 2UUAK 2QWNA 1V4SA 1KVAA 4JKBA 3OYMA 1T44A 5DM7L 2XY8A 4IG3A 4ZTFA 1HYZA 4DU1A 4DUYK 3V9UA 3ZLJA 1ZC6A 1VQLN 2P9SA 3PX0A 4IOXA 1VRTA 4FW2A 3SYZA 1BA0A 3CCRN 4LF9K 1S3XA 3K2PA 5K14A 1WLJA 3LZIA 1K8AO 4M45A 1TV6A 2E6LA 2BUPA 2Z1HA 3K0SA 3J7AP 2D5RA 4H5WA 3VQDA 3ZSVA 3OYBA 4JRQA 4BE1A 1VSJA 2UXDK 4XH5A 4CZHA 4H4OA 4CFBA 1U2VA 2WONA 4FLWA 4KI4A 1GLDG 3MEEA 5AQGA 2AJQA 2GBZA 4B9MA 1GLEG 1NG9A 4FZZA 3HVTA 5AQJA 4JI0K 3VGLA 3QNOA 4CEOA 4BR0A 2NNWA 1ZBHA 3HRGA 4CGIA 4CFCA 5FDLA 4DQQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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