3ZSOA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsoA00
1XHXA 5DK5A 1O1WA 2Z1JA 3AA4A 4DU1A 3AO5A 3CFPA 3AO3A 3L2WA 2YNHA 1RTJA 3VQPA 1VSJA 4EP5A 2PYLA 3RWUA 4DQSA 4B9MA 4CJ5A 4W5RA 1LAVA 3V1RA 2BGGA 4CEZA 1BGXT 2IDOA 4CGIA 4DTPA 5FRNA 4KTZA 4PY5A 4DS4A 5I42A 4KKOA 4CEOA 1VSHA 3S3NA 1LV5A 4I9QA 1TAQA 2G8HA 1RT3A 1CLQA 1UA1A 1DTQA 4HCCA 3KLIA 3KLEA 5HLFA 1N6QA 2HHQA 3RTVA 3QEWA 2O4IA 1C0TA 3SPYA 5C25A 1S1TA 4DSFA 1D9FA 1ASWA 3M8PA 4Z4IA 4CHNA 4CJVA 3NHGA 2A1SA 5SWMA 3C94A 4J2DA 3OS0A 4FLYA 4KHQA 1JKHA 4CEBA 3AO2A 4FJLA 2D0CA 1B9FA 4DSJA 1VSEA 3I0SA 4N5SA 1S1VA 1SKWA 4FJ8A 5HRNA 1NJYA 1CZBA 1HRHA 3AVFA 4CERA 3OJUA 1QSSA 1C0UA 3CYMA 1W9HA 2E4LA 4DLGA 4B9TA 3AVKA 1UA0A 1TKXA 1VSMA 3VQ4A 2HNDA 3VQCA 4AH9A 4CF8A 3TARA 3DYAA 1JLQA 1GOAA 2BE2A 4BACA 4Z4GA 4H4OA 1KLNA 4DU3A 2YHAA 4B08A 3NH2A 4O44A 1KFDA 4JRQA 1WSEA 3KKSA 4MQ3A 2BANA 2OPPA 3E01A 4DFJA 4W5TA 1BI4B 1RT6A 4BE0A 4CJQA 1L3VA 1KFSA 5FRMA 1RT2A 3AVIA 3KK2A 4ZTFA 3VQAA 4ELVA 1EP4A 4M41A 4HUGA 3PO5A 4FZZA 3AA5X 1B92A 3NF9A 4CFCA 4DSEA 3LANA 3QEVA 4CGFA 4FLWA 3T3FA 3OYJA 4CJFA 1S5JA 1U04A 2OPQA 3VQQA 4CJ3A 4E1MA 2WOMA 3HL8A 3OYMA 4BE1A 1ZBLA 2F8TA 1HNIA 3HJFA 4RW8A 2DTUA 4HVJA 4CF2A 3CFOA 4WE1A 3V1OA 3ZT3A 2DY4A 1MU2A 4CK3A 1VRUA 1RDBA 4DFPA 3AV9A 3LP0A 3NCIA 1NK8A 3DLKA 1QHTA 3NBPA 3QO9A 1QQCA 3ALYA 4AHTA 4OGEA 4CEFA 1TAUA 1FXXA 2B5JA 3LDSA 4NYNA 1QE1A 4DS5A 4FLXA 5CZ2A 2QK9A 3K59A 5J2MA 4AHCA 4O4GA 4CEAA 4DWIA 3MEGA 3K5OA 5HRPA 3HPHA 4BDYA 1X9WA 1YTAA 3V9UA 1A5XA 4HUFA 3EZ5A 4DQQA 4DQRA 5HROA 1NJXA 4DQIA 3JYTA 1Z26A 4PUOA 1TKDA 5E41A 5KRTA 4DSIA 4E7HA 4CGJA 1EETA 4CEDA 2IOCA 3TWHA 4N56A 2YNFA 3G10A 4DTOA 4Z4FA 3HXMA 4QOZB 3KK1A 2G8KA 1RT1A 4FW1A 3S3OA 4CF1A 1S9EA 4B9LA 4CECA 1CXQA 1X9MA 3ASMA 1W0HA 3NFAA 4KV8A 3TAEA 1SL1A 1VSKA 3QESA 3TABA 1RT4A 4FXDA 4JLHA 4AHRA 4DF8A 2VG5A 4E1NA 4EZ6A 1RBTA 3HPGA 4MFBA 4AHSA 1XC9A 1RT5A 4LY7A 3C6TA 3OYKA 1NOZA 3WNEA 3NGYA 4CFDA 3O3GA 3RRGA 3OS2A 3SYZA 3MAQA 1TKZA 3OYNA 2QXFA 2XO7A 2D5RA 1L3TA 3M8QA 2OPSA 4OPJA 3HYFA 3PX0A 2PYJA 4FJIA 1T7PA 3V1QA 1WSGA 4DQPA 1EXQA 1K6YA 1CZ9A 2YNIA 4H4MA 3VQEA 3O4NA 2IS3A 1NK6A 4PWDA 1HNVA 1S6PA 1CXUA 5FROA 4CFAA 3TI0A 3O3FA 1VK0A 3HT3A 4M45A 3SUNA 3OYFA 3NGIA 4DU4A 3AVCA 1UAXA 4JS5A 3THVA 4CHOA 3MXIA 3NF6A 4CHZA 4CIFA 5HP1A 1IG9A 2HNYA 1YTUA 1D5AA 1NKCA 4KHWA 1TK8A 5I3UA 1ZYQA 2XY7A 4BE2A 4Z0UA 3HM9A 4E7LA 4IKFA 4B9UA 1ASUA 1LWFA 4L8RB 3F73A 2E6MA 4TSXA 1S1UA 2XY8A 3AA3A 4KFBA 2G8WA 4M3ZA 1DLOA 2E6LA 3BDPA 1WSHA 2GV9A 4KHSA 3LP1A 3DRSA 1BIUA 3ISNC 1YT3A 4RW4A 4JS4A 2OPRA 3RMBA 1KRPA 4CCHA 2G8IA 1EKEA 1BISA 1LAWA 1VSFA 3VQ8A 3SZ2A 4F4KA 1XWLA 3AO4A 4M3RA 3VN5A 4LSLA 2O4GA 3SUQA 4KB0A 2WONA 1BIZA 1HQEA 3HK2A 3D45A 4O55A 1SV5A 1Q8IA 3KKRA 4M3UA 1Y97A 4LH4A 1RCHA 4C8MA 3OYAA 3NE6A 3HVRA 1RT7A 4IG3A 3ZT4A 1TL3A 3CQ8A 4DLEA 3KJVA 3QEPA 3U3GA 4BDZA 1TVRA 3QNNA 4C8OA 2G8FA 1BL3A 4RG8A 3K2PA 1S1XA 4CK2A 1UWBA 3KD5E 3PO4A 4FJKA 5JS2A 3OYBA 2Q3SA 5KI6A 3LZIA 2HVIA 2KFNA 4DMNA 4OJRA 4KI4A 3P5JA 1F21A 3BGRA 1RDDA 1B9DA 3OYHA 2XY6A 2HMIA 3ZSQA 3OVNA 2KQ2A 1IKXA 2RKIA 1HPZA 1RBUA 3HP6A 5KRSA 1HQUA 3CG7A 1HYVA 3DLBA 4DTNA 1WSIA 1XI1A 2Z1IA 3SJJA 3AVNA 4J2EA 4I2PA 4W5QA 4FJMA 4FM1A 4CJWA 4DSLA 4KPYA 1LWCA 3CM5A 1U45A 5CZ1A 1ZBFA 2X6NA 4CJRA 4O0IA 4E7KA 1REVA 1X9SA 4C8KA 2OZSA 4NCAA 2HHUA 4C8NA 4ICLA 4ELUA 4E7JA 3T19A 3SUPA 1BI4A 4O5BA 3ZT1A 3RMAA 4F2SA 2HHTA 1T8EA 1NK0A 2GBZA 1D9DA 4Q0BA 4PA1A 4CJ4A 1JL1A 2OYQA 4FJ7A 4FZYA 2VG7A 3QINA 4DTMA 5DMRA 1IKVA 4QAGA 4E0DA 5D3GA 3I8DA 1JLCA 1WSFA 3ZT0A 1JXEA 4M3XA 4Y1DA 1SL2A 4I7FA 4CJTA 3SQ1A 1GOCA 3NH1A 3VQ9A 3K5MA 3U6FA 2KTQA 5KTQA 3L2VA 3AVAA 4RW9A 2Z1GA 1ASVA 4JRPA 3S9HA 2Y1JA 5C42A 4Z4EA 1TK5A 1RDCA 3K5LA 3RMCA 4FZXC 2RF2A 3O4QA 3OS1A 1BCOA 1QS4A 2DFHA 4I2QA 4FLUA 1NKEA 4F8RA 3VQDA 2F8SA 1T05A 3SNNA 4FJNA 5JS1A 3L2UA 3KLFA 3SQ4A 1LW2A 2X6SA 3V6DA 1C6VA 3L8BA 2IGIA 2I5JA 1A5WA 1NK4A 4KTQA 4I9LA 1RBSA 4OKJA 3WNGA 3DOKA 1S6QA 1TL1A 3HO1A 2FBVA 3KLGA 1C0MA 2DFEA 2RN2A 2DFFA 2RPIA 3ITHA 4CJUA 3EY1A 3OYLA 2KZMA 4CGGA 4IDKA 1RTHA 3ZSOA 3M8RA 3VA3A 4C8LA 4FCYA 2P1JA 4ZHRA 4FJXA 3LPTA 1HMVA 1BCMA 4FLTA 3AVGA 3QIOA 3SUOA 1BQMA 3V4IA 4OLBA 1C1AA 5CYQA 4K8XA 3NAEA 4M3WA 1L5UA 1RTIA 3SV3A 4DFKA 2VWKA 1ITGA 3RRHA 4J2BA 3NF7A 2JGUA 3PUFA 3ZSVA 3SI6A 4H8KA 4AHUA 1QSLA 4HCBA 1KLMA 4W5NA 1WAJA 2X74A 4CEEA 3LAMA 4OKKA 4CESA 1FKOA 1RTDA 3DRPA 4DTRA 2KW4A 1NK7A 3I0RA 3CFRA 3V9XA 1KSPA 2A1RA 2VG6A 3PX6A 1NOYA 4BDPA 4F3OA 3KIOA 1RBVA 4FK4A 1KCFA 4XIUA 4FLZA 1KVAA 3KLHA 4DFMA 3DRRA 2G8VA 2FBXA 3IAYA 4F2RA 4KHUA 4LSNA 4CF0A 2HHSA 1C1BA 5T7BA 3QEXA 1UOCA 3ZSWA 4KB1A 4FLVA 2QKKA 4W5OA 4FJ5A 4CJKA 4GW6A 1J53A 3K5NA 3DLGA 1VSLA 1BHLA 4GMJB 4BWJA 3ZCMA 4CGHA 4B9NA 4CJSA 3LWLA 3PY8A 1I3AA 3A2FA 3K58A 3LALA 3KTQA 4Z4HA 1JLBA 3HSTB 4YFUA 4CIEA 4IG0A 3JSMA 4QCLA 4B8CA 3MECA 1LWEA 1DTTA 1S9GA 4DF4A 4HUEA 3V81A 2XY5A 3AO1A 5KGXA 4KHNA 2IAJA 4KRFA 4YNQA 4KREA 3HP9A 2PZSA 4Y1CA 3DLHA 4M3YA 3TAGA 3VQBA 3LP3A 4B3OA 3AVHA 3S3MA 1J5OA 4B9VA 5HRSA 3V9ZA 4FVMA 4OKEA 3ULDA 4DTSA 1VSDA 3M8SA 4DTUA 4ZTJA 3V9SA 4R5PA 2JLEA 1U49A 3MXJA 4FYDA 2YHBA 5HBMA 3H08A 2HNZA 3RR8A 1NJZA 3NGZA 1HYZA 4CGDA 3DMJA 1SUQA 4ID1A 3VQ7A 4FM2A 4K8ZA 4DSKA 2G8UA 2PY5A 4M3TA 1RNHA 2FC0A 3QERA 1IH7A 3FFIA 1SKRA 1TGOA 3LAKA 2B6AA 1S1WA 2HW3A 4BWMA 1LW0A 4IFYA 2LSNA 3QLHA 5J2QA 4FJJA 4KAZA 4OVLA 2XRIA 3OYEA 3RR7A 1G15A 1Q9XA 3TAMA 3DI6A 4N76A 4F3TA 1KTQA 4E89A 1SL0A 3D0PA 3MEEA 3CM6A 3OY9A 1JLEA 5J2NA 4CF9A 5K14A 1A5VA 2ZE2A 3U3YA 2HHVA 2EX3A 4KTWA 4FJGA 2HHXA 4DG1A 2Z1HA 1YVUA 3DLRA 4FM0A 4CE9A 1ZBUA 3AVJA 2YKMA 5CY4A 4CEQA 1U47A 3NDKA 1D8YA 4FK2A 3DLEA 1IKYA 1JLAA 3AVMA 2YNGA 1JLGA 3ZSRA 4KHYA 3TAFA 3EYZA 2HVHA 1HYSA 3KK3A 3G0ZA 4CFBA 1WSJA 1RBRA 1RILA 1TKTA 4HTUA 4ELTA 4N41A 3UIQA 4ID5A 3T1AA 1JL2A 4NCGA 3L2QA 2BDPA 4FJHA 1ZBIA 3WNFA 2HHWA 3B6PA 3IS9A 3L3VA 3OYGA 1TV6A 1SKSA 1KVCA 5C24A 5KGWA 4IFVA 3P83D 2YV0X 4OGCA 2HB5A 3OYDA 4Z4CA 3K57A 1U4BA 2D0AA 1NK9A 2AJQA 2OZMA 2R7YA 3AVLA 1QSYA 2XHBA 3QETA 1GOBA 1X1PA 4KO0A 3PX4A 1HJRA 2GUIA 3DOLA 1JXBA 3TANA 3QEIA 2FBTA 4IBNA 1WLJA 3SCXA 3OYIA 3MXMA 3C95A 1L3UA 2VWJA 4FW2A 1Z25A 4KI6A 4LD0A 4B9SA 4OPKA 1TK0A 3ZSYA 5EU7A 4DTJA 2KZZA 3HPOA 4EP4A 4RW6A 3VQ5A 4G1QA 4AILC 5J2PA 4E3SA 4J2AA 2NUBA 1N5YA 3LP2A 4AHVA 4PQUA 3AA2A 1Q9YA 4M42A 3SPZA 5HRRA 1J9AA 3F9KA 3WNHA 3B6OA 3TR8A 2B4JA 4CHPA 4NCBA 1JLFA 2ITGA 3LPUA 1EX4A 1FKPA 3HVTA 1RDAA 3MEDA 4GVMA 4CJLA 2P5GA 2ZD1A 3ZSZA 1KVBA 3O3HA 2OA8A 2Y1IA 5J1EA 4UQGA 4OLAA 4E19A 3VQ6A 2W42A 2QKBA 2FBYA 3LZJA 4Q5VA 1VSIA 4EZ9A 1L3SA 1VRTA 4HHTA 2P5OA 4RW7A 1U48A 1I39A 3L2RA 4E7IA 3ZT2A 3DM2A 3SQ2A 3C6UA 3AVBA 3IRXA 4LH5A 3TAQA 1NJWA 1C1CA 1ZBHA 3QIPA 1XHZA 1WN7A 2EHGA 3KD1E 2ETJA 1NK5A 2X78A 4DTXA 3PV8A 2P51A 3P1GA 3VA0A 1T03A 4FJ9A 3NF8A 3LWMA 3L3UA 4CHQA 1WAFA 1FK9A 1BQNA 4N47A 3OJSA 3RMDA 2ZQBA 4O0JA 1J54A 4CIGA 4CHYA 3IG1A 4NYFA 2IC3A 4B8AB 1QTMA 4FK0A 3SQ0A 3SV4A 2F96A 3ZSXA 1WNSA 1IO2A 2KFZA 4CK1A 4CJEA 1IKWA 5FDLA 1R0AA 2D0BA 4CJPA 5CYMA 1NKBA 3QNOA 2YKNA 3NH0A 3V9WA 3TAPA 2ATQA 5SZTA 3OYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU1A 3L2WA 1RTJA 4EP5A 1VSJA 5KQDA 2W40A 4BY9C 4IDHA 4CJ5A 4QS8A 4I6MB 2UUAK 2IDOA 4CGIA 4KTZA 4CEOA 1VSHA 4I9QA 3LDOA 2G8HA 4HCCA 3I8BA 5HLFA 5JVGL 3SPYA 4DSFA 4CHNA 3MK6A 3OS0A 4FLYA 1JKHA 1YJNN 1EWRA 4FOEA 4IOCL 4FJLA 1WBBA 3LDNA 4FJ8A 2P9KA 4CERA 5HL7L 4DLGA 1I94K 1VQ9N 1GLJO 1VSMA 3D6RA 4CF8A 3TARA 4H4OA 1KLNA 3NVKA 3L0QA 3NH2A 2NRRA 2Q0UA 3PLAA 3AY9A 3GDQA 2OPPA 2YHXA 4W5TA 1RT6A 4CJQA 3ID8A 3KK2A 3DJCA 1YHQN 4M41A 4HUGA 2GWJA 2GTDA 4FZZA 3AA5X 4DSEA 3EE8A 5AZJB 4CGFA 3WQTA 3OYJA 3QMLA 1S5JA 1U04A 4CJ3A 3HL8A 3OYMA 2F8TA 1NMNA 4HVJA 2P9PA 2V7YA 1R59O 2RHKA 4WE1A 3LDLA 1Z6RA 2AP1A 4H5VA 3R1XA 2E2QA 3ALYA 4AHTA 1TAUA 1FXXA 4BR9A 5AQUA 4DV0K 4NYNA 1QE1A 4K25A 5AQJA 3K59A 5J2MA 4CEAA 4O4GA 4DWIA 3K5OA 3V9UA 4HUFA 4B3OA 4DQRA 5ADXH 4C23A 4E7HA 2D0OA 4CEDA 5AFUH 3TWHA 3IUCA 5LL6Z 4JD2A 4B9LA 4JKDA 1CXQA 2KHOA 3ASMA 3NFAA 5FPDA 1VSKA 4BRNA 1RT4A 1NGHA 4BR5A 2PAVA 4JLHA 3CETA 4NO7A 3VTHA 3HPGA 3CD6N 1W2BM 1EO1A 3C6TA 1NOZA 3NGYA 1K73O 3SYZA 2CGJA 3WEEB 1KD1O 4LF4K 2D5RA 3QBWA 4DV7K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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