3ZSRA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsrA00
5K14A 3RMBA 4H4OA 1EETA 3P83D 2RN2A 4C8NA 3DLKA 3OYBA 2YHAA 3AVLA 1YTAA 4LD0A 3OYAA 3IS9A 3M8RA 3SUNA 4CHZA 4DLGA 1T05A 3LPTA 3AA2A 1HJRA 1WSIA 1BIZA 3DOLA 3NF8A 3OYCA 1VSKA 1Q8IA 4DF4A 3MAQA 4F2RA 3OS1A 3UIQA 5CYMA 1Q9XA 3F73A 2DFFA 1C0TA 3V9SA 2HB5A 3I0RA 2IGIA 3RMCA 1Q9YA 4B9LA 1TAQA 3HP9A 2IS3A 3LAKA 2X74A 3CFRA 1FKPA 4DTPA 3SV4A 4BDPA 2X6NA 4FJIA 1SV5A 3CM6A 4CERA 4DU3A 4M3UA 4Z4GA 2FC0A 4MFBA 2X78A 3TAFA 4DMNA 4FW1A 4FZXC 2AJQA 3DRSA 2G8WA 2B4JA 3KD1E 3RWUA 2LSNA 3DOKA 3AVNA 1MU2A 3DMJA 4I7FA 2GBZA 3MXJA 3TR8A 3ZSRA 3QEVA 1U45A 1D8YA 4JLHA 3S3NA 4DTXA 2ZD1A 4F2SA 4DS4A 1SKWA 1LW2A 2DFHA 1WAFA 3D45A 2ITGA 4Z0UA 3OJSA 4DQQA 1IKYA 1S1UA 4DTJA 2EX3A 3KLFA 1D9FA 3KTQA 3AVHA 3QINA 3VQCA 4CEQA 4FJKA 1S1TA 3AVFA 4NYNA 1RTIA 1TL1A 3HT3A 4DTOA 4M3XA 4FK2A 4AHUA 3TAEA 1VSEA 3NF9A 2VG5A 3C95A 3RMAA 1ASVA 4CEAA 2GUIA 3O3FA 3NCIA 5HROA 2IDOA 5C25A 4O5BA 3LWLA 3QEWA 2BANA 4QOZB 1B9FA 1TKXA 2B6AA 4OJRA 4OPKA 4RW7A 4H4MA 4DTRA 2Z1JA 3HK2A 1EP4A 3LZJA 2NUBA 3VA3A 4LSNA 3AV9A 3WNGA 5SZTA 4KAZA 3ZT3A 3HO1A 4CJEA 1D5AA 1D9DA 3HVRA 4FJHA 4DSIA 3V4IA 2KZZA 4W5TA 1QSYA 5HLFA 1S1XA 3KLEA 5KI6A 3DRRA 4DS5A 1HRHA 1UOCA 3V1RA 4NCAA 1ASWA 1SKSA 4DFMA 4FVMA 4OVLA 4OGCA 2EHGA 3KKSA 3AO5A 3ZT0A 4KTZA 3SNNA 3V9XA 4CHQA 4GVMA 4K8XA 1TL3A 1WSHA 2HNZA 1TK0A 2P1JA 1YVUA 4CGIA 1N6QA 2HNDA 1GOBA 1S1WA 1I39A 5KTQA 4E1MA 3PO4A 2HW3A 5FROA 3B6OA 4KI6A 4IG3A 4CJKA 1KVCA 3U3GA 2RPIA 4KO0A 4I2PA 5J2NA 3KLIA 2OZMA 3P1GA 3V9UA 1C6VA 1KCFA 4C8OA 3AO2A 4KHWA 3MEDA 1VSIA 1NK4A 2OPQA 1HNVA 4CFAA 1JXBA 1XC9A 2GV9A 2YKNA 5T7BA 1NK5A 3KK2A 4LH4A 4EP5A 3MEGA 4CJFA 4FK0A 2FBVA 4B9UA 1IKXA 3MXIA 4FZYA 3DLBA 2KFZA 1HQUA 2OA8A 4KHSA 1JXEA 2IOCA 3SQ4A 3ISNC 1LW0A 3T1AA 5J2PA 3SQ0A 1ZBLA 4KHUA 2VG7A 2O4IA 2OPPA 1JKHA 2YNHA 1WN7A 3QIOA 3HYFA 1RBTA 4IKFA 4DSLA 5DMRA 4RW4A 1ZYQA 3TANA 3HXMA 4DU4A 1XWLA 4DSKA 1NK0A 3OYMA 1Y97A 1HPZA 1Z26A 2Z1GA 4Z4IA 4O4GA 4DWIA 4DF8A 1QS4A 4CJPA 1LAWA 2P51A 4B9NA 4N47A 5CZ2A 2P5GA 3ZSOA 3KLGA 4EZ6A 4BE0A 4CE9A 1YT3A 4CEFA 4G1QA 3VQ4A 1NKBA 4B8AB 4KB0A 3KK3A 1C1BA 4E89A 4DTUA 1NK6A 2VG6A 1RTJA 2XY6A 3PX0A 5E41A 3K5MA 1RT4A 1WNSA 3CQ8A 2PY5A 2HHQA 1UA1A 4FLVA 3HM9A 1U49A 4IG0A 4M3ZA 3S3OA 1JLFA 3TAMA 1IG9A 4DQRA 4CK3A 5HRRA 4DFKA 1RDDA 3NF7A 1VK0A 1EKEA 2KQ2A 1UWBA 3ITHA 4CFDA 4KFBA 1YTUA 4EZ9A 1RT7A 3LPUA 4IFYA 3AA5X 3L2WA 1GOCA 2QK9A 1ASUA 4FCYA 1BHLA 4FM0A 1SKRA 3VQPA 3NE6A 2XY7A 1ZBUA 3CFPA 4B9TA 4ELVA 3AVMA 1QSSA 2OPRA 1TGOA 3K5NA 1RNHA 5C24A 3HP6A 3O4NA 4Z4EA 4PQUA 4PWDA 1ITGA 3VQ5A 4FJMA 4UQGA 1TV6A 4DSJA 4AHSA 3TAGA 3LP0A 4BWMA 3L8BA 2G8HA 3LP3A 1TVRA 2D0AA 3VQ8A 1A5VA 2HVHA 3L3VA 3ULDA 4HUGA 1GOAA 3C94A 3RRGA 4Q0BA 3V9WA 1RBRA 4RW6A 4OGEA 5HRNA 4LH5A 2F96A 4KPYA 3M8PA 4KV8A 3M8SA 3L2QA 3JSMA 4HTUA 2HHTA 2DTUA 1BL3A 1C0UA 2YKMA 1LWEA 1ZBHA 1RDCA 3QETA 2IC3A 5KGWA 1ZBIA 4Z4HA 2KZMA 3DI6A 4ZHRA 3LP1A 1LWFA 2HNYA 4CGFA 5HRPA 4KKOA 5DK5A 1NK7A 2A1RA 4KB1A 1SL2A 4F4KA 2KW4A 4DG1A 3MECA 3NH0A 2FBXA 1BIUA 4BE1A 4M3YA 2XY5A 1U4BA 3SUQA 3O3GA 1CXQA 4WE1A 3TAPA 1R0AA 1HYVA 3VQQA 4NYFA 3SPZA 3SJJA 1RT3A 4BE2A 3VQ7A 2YNIA 1FKOA 1SUQA 4JRPA 1KFSA 3QESA 3V6DA 3RTVA 3D0PA 1NOYA 4E7JA 1HNIA 4CF8A 3KK1A 4FJ8A 2YV0X 3AVIA 3M8QA 3QO9A 4JS5A 3TWHA 3PY8A 4FK4A 4DTSA 4DSEA 5FRMA 4L8RB 5HRSA 4O55A 1VSLA 3O3HA 1KRPA 1G15A 4ZTFA 4CK1A 1XHZA 3KIOA 2YNGA 3OYGA 3QEIA 4E7LA 3SQ2A 1DLOA 3K5LA 1QE1A 2I5JA 4CIEA 4FLXA 2HHSA 5EU7A 3V81A 4AH9A 1BISA 3BGRA 3SV3A 3A2FA 3SZ2A 3P5JA 4H8KA 4HUFA 3NH2A 3OYIA 1TKDA 4NCBA 3S9HA 4FLYA 5HBMA 4CGGA 1VSMA 4J2AA 1KLNA 1RBUA 2DFEA 4HHTA 2FBYA 3AVJA 2D5RA 3EZ5A 1NK8A 4RG8A 4CEDA 2QKBA 3AO4A 3S3MA 4CJQA 1EXQA 1U04A 2VWJA 4CJUA 3F9KA 4KTQA 1L5UA 2E6MA 3PV8A 4XIUA 2A1SA 3JYTA 2R7YA 4B9SA 2E6LA 2XO7A 3CM5A 3ZSVA 3ZT4A 3IG1A 4DTNA 3CG7A 2QKKA 4PY5A 4E1NA 3EY1A 4CFCA 3EYZA 3AVCA 4CHPA 5KGXA 1TK8A 1SL1A 4FZZA 3L3UA 3KJVA 1L3TA 4E7HA 3K59A 2O4GA 4CGDA 1QHTA 1RTHA 3SI6A 4OKJA 1F21A 3AVGA 4IBNA 3HPHA 4ID5A 4CGHA 4Z4CA 2OPSA 2HHVA 3HPOA 3VQAA 3ZSZA 3DLEA 2WOMA 4CEZA 3SUOA 4DQSA 3OYFA 4F3OA 4Q5VA 3VQBA 1X9MA 1RT2A 4DFPA 3NGYA 2VWKA 1VSJA 4Y1CA 3PUFA 3K2PA 3OS2A 1IKVA 1UAXA 3ZCMA 1C1CA 4MQ3A 4W5RA 4RW8A 1CZ9A 4OKKA 4GW6A 1BCMA 4O0IA 3DLHA 3VQ9A 1BI4A 3RMDA 4CHNA 4Y1DA 1TK5A 2JLEA 3HVTA 4E0DA 3ZSYA 4EP4A 4ELTA 5JS1A 4M45A 4BACA 4CGJA 2E4LA 5CYQA 1C0MA 1C1AA 4DFJA 1KVBA 3L2VA 3TI0A 4CF0A 1J54A 4FLUA 1L3UA 5I42A 4FJNA 3LWMA 4KHQA 2XRIA 1HMVA 1NJXA 3B6PA 2KTQA 1S6PA 4CJRA 3G0ZA 1J9AA 3NBPA 4OKEA 3AO3A 3VQEA 3V9ZA 3QEPA 3V1OA 1W0HA 1RBVA 3VQ6A 1S9EA 3L2RA 2Y1IA 3K5OA 3SPYA 1X9WA 3KKRA 4FJGA 4JRQA 1JLAA 1T8EA 2F8TA 4GMJB 1CLQA 4FJ5A 3ZSQA 4J2BA 1U48A 1QSLA 1JLQA 1BQMA 1TAUA 1NJWA 1S1VA 3LALA 1X1PA 1VRUA 4I9LA 4CIGA 3SCXA 1A5WA 4NCGA 3K57A 4CF1A 4CEBA 3H08A 3RRHA 4E7IA 4CHYA 1REVA 4BDZA 3DLRA 3G10A 3SUPA 1RCHA 1S9GA 1WSGA 3C6TA 3CYMA 4HVJA 3U6FA 2HMIA 4B9VA 2FBTA 1KTQA 5J1EA 1JLBA 2PZSA 1RT5A 3LZIA 1B92A 2G8UA 1RILA 4AHCA 2XY8A 3AA3A 3E01A 3QEXA 1L3VA 1S6QA 3KD5E 2HHUA 2P5OA 4CJVA 2ETJA 4CJTA 4YFUA 4CF9A 1LV5A 4N41A 4CF2A 4W5OA 1I3AA 1WAJA 2YNFA 4RW9A 5I3UA 4FJXA 2Z1HA 4FJ9A 3ZSWA 3NGZA 2F8SA 3OJUA 4FM1A 3T3FA 4JS4A 2DY4A 3C6UA 1Z25A 4QAGA 1W9HA 2Y1JA 4AHTA 4CECA 3OYHA 4OLAA 4ID1A 4DU1A 1JLGA 5D3GA 1O1WA 1TKZA 1BI4B 2ZQBA 3IRXA 3NH1A 3HL8A 4B9MA 2WONA 4N56A 1RDAA 3DYAA 1XI1A 4FJLA 2RKIA 3AVAA 3OYEA 4CESA 4LSLA 3OY9A 2XHBA 4CJWA 1NJZA 3AA4A 1ZBFA 1KSPA 1BCOA 1KFDA 3NHGA 2YHBA 4N76A 3NGIA 2Z1IA 3HPGA 3QLHA 4J2EA 3LAMA 4FLWA 4QCLA 4LY7A 4R5PA 3AO1A 1KLMA 3LANA 4DQIA 1EX4A 4C8KA 3WNHA 3SYZA 4KRFA 1LAVA 2D0BA 3T19A 5J2MA 1U47A 3OVNA 3ZSXA 1NOZA 4CJ3A 4OPJA 4B3OA 4CK2A 4KI4A 4F3TA 3AVBA 3I0SA 2JGUA 3PX4A 4KREA 1NK9A 4Z4FA 3VN5A 1NJYA 1SL0A 1J53A 5SWMA 1WSJA 2BE2A 4M3RA 3CFOA 5JS2A 3K58A 4FJJA 1VSHA 4M3WA 4M42A 2BGGA 2QXFA 5KRTA 3DRPA 1X9SA 1BQNA 3OS0A 4HUEA 2G8KA 2OYQA 4ICLA 4KHNA 4M3TA 4FXDA 1VSFA 3LP2A 2RF2A 1T03A 5CZ1A 3SQ1A 4IFVA 1WSEA 1VSDA 1HQEA 4I9QA 4FM2A 3PX6A 4CCHA 4DSFA 3WNFA 3OYKA 1B9DA 2OZSA 1HYSA 1UA0A 4C8LA 2X6SA 3TABA 4DLEA 4KTWA 1VRTA 2IAJA 3QERA 3U3YA 5HP1A 4CHOA 1IO2A 3MEEA 1KVAA 4TSXA 5FRNA 3QNNA 4FYDA 1JLCA 1FK9A 3V1QA 5KRSA 1DTQA 4AHVA 3VA0A 3THVA 2G8VA 4CFBA 2HHWA 4ELUA 3OYLA 3NF6A 4W5NA 1RDBA 5CY4A 3NDKA 1T7PA 1WSFA 1JL1A 3ASMA 4BWJA 4CJ4A 3L2UA 2KFNA 2ZE2A 3HSTB 2Q3SA 4CJLA 4IDKA 4B08A 2W42A 1NKEA 1RTDA 4DTMA 4W5QA 4ZTJA 1BGXT 2G8FA 3WNEA 1LWCA 3IAYA 2B5JA 2HVIA 3I8DA 1QTMA 2BDPA 3HJFA 4C8MA 3TARA 1RT6A 4AHRA 4CJ5A 4FLTA 3AVKA 1WLJA 2ATQA 4CEOA 4DQPA 1CXUA 1K6YA 2D0CA 4B8CA 1A5XA 1RT1A 3ZT1A 3NAEA 3FFIA 1NKCA 2HHXA 4I2QA 1TKTA 4N5SA 1RBSA 1DTTA 4E19A 3QNOA 1S5JA 5FDLA 3ZT2A 3RR8A 4CJSA 1CZBA 1HYZA 5C42A 4O0JA 4CEEA 3OYDA 1FXXA 4O44A 1XHXA 4YNQA 4K8ZA 4BDYA 4E3SA 3LDSA 4PUOA 1N5YA 1JL2A 4PA1A 1QQCA 3TAQA 3RR7A 3NFAA 4CIFA 3QIPA 4J2DA 4OLBA 4AILC 4FJ7A 1IKWA 4KHYA 3PO5A 3BDPA 3O4QA 3ALYA 3MXMA 4E7KA 4HCCA 1L3SA 1J5OA 3OYJA 5J2QA 4FW2A 1JLEA 3DLGA 3DM2A 4M41A 2PYLA 2PYJA 3VQDA 2G8IA 4FLZA 4F8RA 1IH7A 4HCBA 3OYNA 3KLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5K14A 3RMBA 4H4OA 1SQKA 4C8NA 4IOCL 3OYAA 4CHZA 4DLGA 3AA2A 3DOLA 3WXKA 3UIQA 4FO0A 3ZETA 1Q9XA 2DFFA 1C0TA 2FF3B 4BR4A 2X74A 4DTPA 4M3UA 2QI2A 4I6MB 4Z4GA 4DR2K 3CJ1A 4DMNA 5AQMA 2QWRA 3RWUA 3ID8A 3ZX2A 4EHUA 1MU2A 2GBZA 3MXJA 3U9ZA 4B9QA 4FPAA 1D8YA 4BVPA 4DTXA 4F2SA 4B1XB 1E4GT 4DS4A 2DFHA 4DTJA 1IKYA 4B9VA 1SAZA 3AVHA 4CEQA 3L6QA 4AQYK 3LM9A 4M3XA 5EX5A 2VG5A 4B1UB 5M1NA 1ASVA 4CEAA 3NCIA 2BANA 5JLHA 1VQ6N 1T6CA 4DTRA 1NGBA 3LZJA 3QBWA 3AV9A 3ZT3A 4CJEA 3HVRA 4FJHA 4CW7B 1JCGA 4CZEA 1QSYA 5HLFA 4CJ7A 4F9OA 4KHPK 3KLEA 4DS5A 2P9UB 3V1RA 1SKSA 2WC9A 4OVLA 4OGCA 3PIPL 1RDUA 3KKSA 4C23A 3ZT0A 3EO3A 4MLEA 4IXCA 1TL3A 3M3ZA 2HNZA 4J8FA 1TK0A 4JK7A 5BR9A 4CGIA 1N6QA 2HNDA 1S1WA 3ZETB 4GV9A 4IJAA 1IBLK 1KCFA 1KC8O 4C8OA 3AY9A 2QWOA 3IMXA 3QBXA 2AA4A 3D2FB 4JNEA 1D4XA 3O4WA 4CJFA 3MXIA 5LMUK 3DLBA 1LW0A 5J2PA 2YNHA 1GLDG 4X64K 3HYFA 1SZ2A 4JYAK 5AZJA 5DMRA 4JI6K 4GNIA 3TANA 4DSKA 1VHXA 1HPZA 4DF8A 1QS4A 4CJPA 2P51A 1NGJA 4B9NA 4YY3K 3O80A 4G1QA 1NKBA 4H0YB 4E89A 4BRMA 2QTDA 5E41A 3K5MA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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