3ZSWA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zswA00
3H08A 3OJUA 4CJ4A 2B6AA 4BDPA 1CXQA 3O4NA 2X74A 2LSNA 4EP5A 1NK6A 2RPIA 2FBVA 3WNFA 4CEEA 2XHBA 3OYCA 1NJWA 4G1QA 4BACA 1RBUA 4OVLA 1TKZA 3AVAA 3V9SA 4TSXA 3LP0A 4EP4A 4DFPA 3KLEA 3K58A 4OPJA 3DLKA 4QAGA 4KV8A 1KSPA 2FC0A 5JS2A 5HRSA 1D9DA 2KZMA 4DSIA 1ASUA 1LAVA 4DS4A 4ID1A 4CFBA 3C6TA 3CFPA 1Y97A 3V9WA 2DFFA 3VQ9A 4CIEA 4DTRA 1NK5A 1S6PA 3VQ8A 4CJUA 3CG7A 4CHOA 3SZ2A 4C8OA 3NH0A 3MAQA 3MEGA 3M8PA 4N41A 3VQDA 3SV4A 4I9QA 4E7LA 4KTWA 2RN2A 1SL0A 5CZ1A 1QSLA 4BE0A 3TABA 1Q9XA 1IKYA 3NH1A 1IO2A 3LAKA 1LWEA 4LSLA 3D45A 1Q9YA 1NK7A 3HXMA 4E7HA 4FJIA 2HHWA 1QQCA 3O3HA 1XWLA 1RT5A 1NKCA 2FBXA 4J2EA 1O1WA 1X9MA 3SNNA 1T05A 3UIQA 1L5UA 3IG1A 3MXMA 4Q5VA 4OLBA 2QKBA 4NCBA 3VQQA 4BDYA 2KFZA 3PX6A 4C8LA 3VQ5A 2HVHA 3FFIA 4K8ZA 4KRFA 4UQGA 3HSTB 4CJEA 1BIUA 4CJ3A 1FK9A 4E1NA 1JLBA 4O0IA 3OYDA 1BGXT 4W5NA 4BDZA 2P51A 1REVA 3ZSQA 2ZD1A 3DRPA 2OYQA 3V1OA 3AVGA 3QIPA 3AVNA 1RT7A 3DLRA 3VA0A 3TAQA 4M42A 3QNNA 2G8HA 4CGIA 5C25A 3L2WA 2OZMA 3MEEA 2PYJA 1J53A 4N5SA 3HM9A 3TAPA 1X9WA 1HNVA 4M3ZA 1ZBHA 4XIUA 3NAEA 5CZ2A 4Z4CA 3CYMA 3HPOA 1FXXA 1LAWA 4Y1CA 3O4QA 1ASVA 4DF8A 2HNDA 4RW9A 4DQRA 1NK0A 4KHUA 4Z4GA 2YV0X 5FROA 5KRTA 3LWLA 3KLFA 3K5NA 1VSKA 4KKOA 3L2QA 3D0PA 2KFNA 1D5AA 4B9MA 3SPZA 2PZSA 3PV8A 4FJKA 5KRSA 4NCGA 2G8FA 4HUEA 3OYKA 4GVMA 3ZSXA 3AO4A 3PUFA 1VRUA 4FZYA 4FJMA 2IOCA 1L3VA 3RWUA 1S1VA 3PX0A 2FBTA 1LW0A 5J2MA 3HP9A 1C1AA 1TKTA 2DFEA 1T03A 4MQ3A 3M8RA 3I8DA 3LP1A 5HP1A 3VQBA 1ZYQA 1VSEA 4HCBA 3SQ4A 4DLEA 4FJNA 1RDBA 4I2QA 1JL2A 3MECA 5J2PA 1BI4A 4CJRA 2XY6A 3ZSOA 2EHGA 2BE2A 1A5VA 1BIZA 4DSEA 3MEDA 4CJFA 3NGIA 1T8EA 1QSYA 1KFSA 1KRPA 4B9UA 1KVAA 4CJQA 1HYSA 4O55A 3OY9A 1XHZA 3F9KA 1VSHA 3QO9A 3CQ8A 1RBRA 1HQEA 2HNYA 2GV9A 4Q0BA 3THVA 4MFBA 1BI4B 3CM6A 1I39A 1QS4A 1EKEA 3K5OA 1RT2A 3AVLA 1S9GA 3VQ7A 4N56A 1BQMA 4CERA 3OYMA 4DTUA 3OS1A 1UA0A 1HQUA 2HHQA 4LY7A 4FJXA 1RILA 1RCHA 1ZBFA 3F73A 2HMIA 3PO4A 1DTTA 1TAUA 2IDOA 3WNGA 2IGIA 4CJ5A 4DQPA 2P1JA 3S3NA 3DRRA 1BCOA 3KK1A 3TAFA 1LV5A 4FCYA 3ZSRA 1NK8A 4BE2A 1UOCA 2D5RA 3OJSA 4FM1A 4B08A 4LD0A 2F8SA 1HMVA 2ETJA 1TKXA 4CEBA 3NGYA 1TAQA 3QERA 1CZBA 1X9SA 2ZE2A 1JLGA 3ZT3A 1RT1A 1WSHA 3NHGA 3SUOA 4KREA 3ZT4A 2HVIA 1NOYA 3V4IA 4N76A 1WSEA 3VQAA 3RMAA 4WE1A 5SWMA 2PYLA 1WNSA 1JLEA 3WNEA 3AVJA 4DU1A 1NJZA 1S1UA 1C1BA 4JLHA 4DSLA 3AO1A 1CLQA 1XC9A 1C0UA 3VQ4A 4KI6A 1QHTA 1BISA 1SKSA 2YKMA 3ZT2A 2VWJA 5EU7A 1KCFA 4FK2A 5KGXA 5T7BA 4CJTA 5C24A 3AV9A 4I9LA 3TAMA 1RBVA 2ATQA 3EY1A 3PO5A 5HLFA 1U48A 4FJ5A 4O44A 3QNOA 3AVKA 4FJLA 3TAGA 2E6LA 1RT4A 4B9LA 1YTAA 3AO2A 3SUPA 3HVTA 4B9VA 4FLTA 3V9UA 3RMDA 2RKIA 2B4JA 4DTJA 3RMCA 4B8AB 4Z4EA 1YT3A 1GOCA 1LWCA 4CEDA 3U6FA 1JLCA 3LPUA 2P5GA 4KHQA 4AHVA 3M8SA 1WAJA 4DTMA 4FJJA 3L3VA 2A1SA 1TVRA 3OS0A 1S1XA 1WSFA 1A5XA 3DLEA 4F3OA 4CGHA 1BCMA 3T1AA 4C8NA 4Z0UA 4OGEA 4RW6A 5CYQA 5E41A 4CHZA 3ZSYA 4DU4A 2HHUA 5CYMA 1N5YA 1IG9A 3V9ZA 1HYZA 2PY5A 3TR8A 3CM5A 1U45A 3DLBA 5DK5A 3AA2A 3NH2A 3K5MA 1L3SA 4ZHRA 3U3GA 4F4KA 4N47A 4EZ6A 1JL1A 3U3YA 1WN7A 3K57A 3IRXA 3L8BA 1U4BA 2EX3A 3C95A 1TK5A 1RT3A 1JKHA 4CK2A 3G0ZA 3VQEA 4YFUA 5HROA 4CHQA 3OYEA 1VSDA 4R5PA 4M3YA 3P1GA 1FKOA 3HPGA 3ITHA 3LAMA 2A1RA 4DQIA 4IFYA 4CEQA 1NOZA 1LWFA 1L3UA 3BGRA 1YTUA 4KHSA 1RDAA 4AHTA 2ZQBA 4CEAA 4DTXA 4F3TA 3LP2A 4CHPA 2X78A 2KQ2A 3KJVA 4M3RA 2DFHA 3LZIA 4O0JA 4Z4HA 4LH4A 2R7YA 3EYZA 4BE1A 3S3OA 3I0SA 1J9AA 5SZTA 1Z25A 2X6SA 4B9NA 3VA3A 5I42A 1RTJA 3AVCA 4CJLA 4E3SA 1RBSA 2OPQA 2Q3SA 4FJHA 3QEIA 3M8QA 1JXBA 4OKEA 1SV5A 3DOLA 3LDSA 4FJ9A 4ELTA 3LPTA 1S1WA 4KAZA 4E7KA 4DS5A 3KLGA 5DMRA 3QINA 4DSJA 2BGGA 2QKKA 4FYDA 1TV6A 1QSSA 3QEXA 1RDCA 2XO7A 4B8CA 4DTSA 3S9HA 2G8UA 3RR7A 2KZZA 4CJVA 3K5LA 4IDKA 3AO5A 3O3GA 3TARA 1TGOA 4JRQA 3P5JA 4KPYA 1RDDA 5FDLA 4KHYA 2YKNA 4CESA 4ZTFA 4CE9A 2HB5A 3HP6A 4O5BA 1VSIA 3HK2A 1QE1A 3AA5X 4PA1A 3QEWA 3AVHA 2YNHA 2YNFA 3RR8A 3K2PA 4J2DA 2VG6A 2D0CA 1L3TA 1IH7A 4KB1A 4W5RA 1KLNA 2G8WA 4GW6A 1Q8IA 3NGZA 4RW7A 2WOMA 1NK4A 1TKDA 4PY5A 1W0HA 1X1PA 1YVUA 4IKFA 2F8TA 4YNQA 4AILC 4CHNA 1HNIA 1B9FA 1VK0A 4DFKA 1CZ9A 3LALA 3KK3A 1JLQA 5J2QA 2XY5A 2YHBA 3T19A 3RMBA 2NUBA 4FM2A 1HPZA 2QXFA 3DMJA 2HHTA 4CGDA 3K59A 3OYHA 2RF2A 3QLHA 4KO0A 4DLGA 1U49A 4B9TA 1SL1A 4KI4A 1RT6A 3V9XA 4HCCA 3TANA 4IFVA 3OYAA 4FLZA 4Z4FA 5FRNA 4AHSA 4CHYA 2O4GA 5K14A 4Z4IA 3KKSA 3L3UA 2W42A 3A2FA 3OVNA 3ZSVA 4KB0A 3DM2A 2AJQA 4OPKA 1DTQA 3V1QA 2GUIA 1WAFA 1IKWA 4CJWA 2Y1JA 4LSNA 3IS9A 4J2AA 3ISNC 1SL2A 4IBNA 1MU2A 4W5TA 4CJPA 3RTVA 3DYAA 4CK1A 1FKPA 3AO3A 1VSLA 4M3UA 4LH5A 1JXEA 3HL8A 3HYFA 3PY8A 3ASMA 2YNGA 3DLGA 1BQNA 1KTQA 1J54A 3AVIA 3ZSZA 1Z26A 3KK2A 1D8YA 1U04A 4GMJB 1UWBA 4HTUA 5J1EA 3TAEA 2D0AA 1WSJA 4FLUA 1U47A 3SQ1A 2O4IA 4HHTA 4ZTJA 2OPSA 2I5JA 4CEZA 4IG0A 3SUQA 1W9HA 2OPRA 3QIOA 1EP4A 3S3MA 1RTDA 4PWDA 3VN5A 1TK8A 2VWKA 2Z1HA 1A5WA 4FLXA 4M3WA 4B9SA 4KHNA 1NKBA 1KVCA 3SCXA 1KVBA 1NK9A 3DRSA 3ALYA 2E4LA 3NF8A 3P83D 4DFMA 1RBTA 4ELUA 2DY4A 1VSJA 3KLHA 1J5OA 3ZT0A 4DFJA 3VQCA 4CFDA 1G15A 4DTPA 3QESA 3LWMA 2OZSA 5HBMA 3V81A 2HHSA 2IS3A 4FXDA 3KD5E 1RNHA 1VRTA 1JLFA 2VG7A 4E7IA 3TWHA 4DSFA 4HUFA 1TL1A 3SQ2A 1KLMA 1HRHA 2OPPA 2D0BA 2YHAA 3ZT1A 3OYGA 2KTQA 5JS1A 5KTQA 3AVMA 3JYTA 4B3OA 3L2UA 2F96A 1ITGA 4F8RA 2Z1JA 1S6QA 3AA3A 1NJYA 1S5JA 1VSMA 2FBYA 4O4GA 4FK0A 5CY4A 1T7PA 3SPYA 4RW8A 4CF0A 3B6PA 1C6VA 3WNHA 3BDPA 4M3TA 4HVJA 4J2BA 1ZBIA 4PQUA 4OKJA 4ID5A 3TI0A 1C0TA 1K6YA 1I3AA 2ITGA 2B5JA 2JGUA 3PX4A 3MXIA 3AVFA 3VQPA 2HNZA 5HRRA 5HRNA 4FJ8A 4BWJA 1TL3A 1GOAA 1C0MA 3ULDA 4CEFA 2JLEA 4AHCA 4NYNA 5KI6A 2X6NA 3DI6A 4DSKA 1B9DA 3HJFA 4NYFA 4FJGA 4AHRA 4CK3A 5HRPA 2HHVA 1IKVA 1S9EA 4CGJA 2GBZA 1HJRA 2G8KA 4CCHA 3IAYA 2DTUA 3KTQA 1EETA 1RTIA 4W5QA 3I0RA 2Z1IA 4ICLA 1JLAA 3NF6A 4CIGA 3ZSWA 4FLWA 3LP3A 3DLHA 1UAXA 1BL3A 4CGGA 4W5OA 1NJXA 4E7JA 1VSFA 4E1MA 3NDKA 1R0AA 1N6QA 4F2SA 3LANA 2BDPA 4KTZA 3NCIA 1WLJA 3OYIA 4CFAA 3QETA 1NKEA 3CFRA 1IKXA 2E6MA 4DTNA 1BHLA 1C1CA 3AA4A 1KFDA 4FVMA 4IG3A 3QEPA 4L8RB 2QK9A 5D3GA 4CECA 4JS4A 4M41A 3L2RA 4KTQA 4FZZA 2WONA 4F2RA 3DOKA 2YNIA 3ZCMA 4CGFA 4RW4A 4AH9A 5C42A 3C6UA 3O3FA 3EZ5A 1SKWA 4M3XA 5FRMA 1GOBA 1RTHA 1EX4A 3LZJA 4OGCA 4DQQA 4CJSA 3B6OA 3OYNA 3SUNA 4ELVA 4EZ9A 1HYVA 1SKRA 2Z1GA 3KLIA 4H8KA 3G10A 5I3UA 1WSGA 4I7FA 3L2VA 1UA1A 2IAJA 4FM0A 1D9FA 4C8KA 4OKKA 4DU3A 4DTOA 2HW3A 3CFOA 4DF4A 3RRGA 3C94A 4DG1A 4FK4A 4DWIA 3SV3A 4QOZB 4CF2A 4E19A 4E89A 3SYZA 4E0DA 4DQSA 1F21A 3QEVA 3SQ0A 4FLYA 2OA8A 4FZXC 1SUQA 4H4MA 3V1RA 3OYLA 4KFBA 3OYBA 1ZBLA 4AHUA 3NF9A 2IC3A 4DMNA 4JS5A 2P5OA 3SJJA 4C8MA 3KKRA 4CF9A 1XHXA 4CIFA 3RRHA 3SI6A 2XY8A 5J2NA 2HHXA 3VQ6A 3MXJA 4FW2A 1DLOA 3E01A 3KD1E 4PUOA 2XRIA 1B92A 1TK0A 4CF8A 1WSIA 2BANA 2KW4A 1CXUA 2VG5A 3OYJA 4NCAA 1S1TA 5KGWA 4HUGA 4QCLA 1EXQA 1ASWA 3HO1A 3OS2A 4OJRA 2G8IA 1ZBUA 4FW1A 1XI1A 4FJ7A 4CJKA 4Y1DA 2XY7A 3NFAA 3HPHA 3OYFA 3NBPA 3HVRA 4H4OA 3AVBA 4FLVA 4I2PA 4BWMA 4M45A 3T3FA 4K8XA 2Y1IA 3NF7A 2G8VA 4OLAA 3JSMA 1LW2A 4CFCA 3NE6A 4KHWA 1QTMA 4JRPA 3V6DA 3HT3A 4CEOA 4CF1A 3KIOA 4RG8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O5FA 3O4NA 2LSNA 1NK6A 5BRHA 1NJWA 3OYCA 4OVLA 4A57A 4TSXA 5DM6L 4DFPA 5AR0A 3K58A 4QAGA 2FC0A 4JK8A 2IVNA 3NVMA 4ID1A 3CFPA 1HUXA 2DFFA 1Q18A 1N8RO 3M8PA 4N41A 2UXCK 3CQXA 4KTWA 2RN2A 4IWVA 1SL0A 2NLXA 3TABA 5GADP 4BR7A 1LWEA 4BRLA 1KD1O 4F9OA 4E7HA 3THYA 4DR2K 3PLAA 2FBXA 4A2AA 1X9MA 4CZFA 3SNNA 1SQKA 4B3MK 1L5UA 3IG1A 3MXMA 5BR8K 2QKBA 3VQQA 4BDYA 2KFZA 3PX6A 4C8LA 2HVHA 3FFIA 4FO0A 4BVPA 1BIUA 5GIOA 1WB9A 5BPMA 4KH4A 4KH5A 3OYDA 3UE5A 3ZETB 1T44A 3ID8A 3SMPA 4EHUA 1NGBA 3V1OA 3AVGA 3QIPA 3AVNA 2G8HA 3FFKB 4K41A 4CGIA 3MX2A 3L2WA 1HR0K 1X3NA 3K9JA 3J7AP 1N36K 4M3ZA 1ZBHA 4XIUA 4IO9L 4Z4CA 3CYMA 1NK0A 3KLFA 5AQMA 2KFNA 3PV8A 4PL7A 5TKYA 4ISEA 2E88A 5BPNA 4NCGA 2G8FA 4HUEA 5B8HA 2UYTA 2P9KB 4FZYA 1LW0A 2FBTA 5J2MA 1TKTA 3I8DA 4IOXA 1DKGD 4DLEA 1RDBA 4FWNA 3L4QA 4H0TB 3MX5A 4A62A 2BE2A 1A5VA 1BIZA 5AQFA 4DSEA 1KFSA 1KRPA 4CJQA 1XHZA 2YJFA 4GNIA 2HNYA 1HQEA 2P9NB 3CM6A 1QS4A 3RVCA 2GWKA 1IJJA 4MLHA 4EIAA 4YOYA 5M1QA 3OS1A 3QBXA 2KHOA 2HHQA 3THWB 4FJXA 2D0OA 1ZBFA 4E1JA 4BR9A 1DTTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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