3ZSXA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsxA00
4DFKA 1RDCA 3HL8A 2GBZA 3PX4A 3QEIA 3CQ8A 3PX6A 2KZZA 3AO3A 3U3GA 4CIEA 1J54A 1NKBA 1QSYA 4DTRA 4B9SA 4PWDA 3CFOA 1U4BA 3NF6A 3VQ6A 3QNNA 4ZTJA 1L3TA 5C42A 2KFNA 3RTVA 4B9MA 1LAVA 1KVAA 3C94A 4FJKA 1UOCA 3AV9A 3IG1A 1EX4A 1HYZA 1I39A 1S5JA 3OYKA 1BIZA 1IKXA 4E7IA 2HVHA 4CFAA 2G8KA 1CXUA 1TKDA 4I2PA 1YTUA 4TSXA 1ITGA 3D0PA 3VQPA 3V9UA 4FJLA 4F2RA 2BE2A 3NFAA 4PA1A 3HK2A 1FK9A 3VQ8A 4FLTA 4N5SA 5HRRA 3C6UA 5JS2A 3LP2A 4B9TA 4M41A 1ZBHA 3L2RA 3OYBA 3RMCA 1VSEA 3LZJA 2Z1HA 1RBSA 4B8AB 3VQ9A 3SPZA 4BACA 1T8EA 1BGXT 1LV5A 2OZSA 2HHWA 1KLMA 3KLGA 5E41A 4CF9A 3VN5A 3NDKA 4C8LA 1SV5A 1WLJA 4M42A 4DF4A 3KK1A 1EXQA 3O3FA 1RTDA 2E4LA 4CHOA 2KFZA 2E6MA 2FC0A 3ASMA 4JS5A 2XY7A 1RDBA 2QXFA 3NH2A 4M3ZA 3KJVA 3B6PA 4IBNA 4NYNA 3V1OA 3OY9A 2AJQA 4B08A 4LY7A 2HHVA 3VQDA 1KCFA 5T7BA 1HRHA 1LW0A 2P51A 4CF8A 4AHRA 4HUGA 4KI6A 3L2QA 1MU2A 1TKZA 3F9KA 4CF2A 3K5LA 1J53A 4CHPA 2PYJA 5FRMA 3EZ5A 1WSFA 2Z1IA 3RR8A 4ELVA 1C1BA 3KD1E 1B92A 4CJUA 3OYEA 4N47A 1SUQA 4KTZA 3LZIA 3O3GA 3V4IA 1X9MA 1JKHA 4B9NA 3MAQA 4DS4A 4FJNA 4RW6A 4H4MA 3IRXA 3DMJA 1LWEA 3MEDA 3AVLA 2PZSA 4DFJA 2PY5A 3DLRA 3ZSOA 5J2MA 1B9FA 3T1AA 3DRPA 3OJSA 1RILA 3SCXA 2FBYA 1JLFA 1VRUA 3PUFA 2VG7A 3VQEA 4KFBA 4JS4A 4KHNA 1CXQA 4XIUA 2Y1JA 4FJIA 1F21A 3LPUA 3ZSQA 2P5GA 3HJFA 1BI4B 2P5OA 4NCAA 1S1WA 3DOKA 1DTTA 3SQ2A 3SPYA 1ZBIA 5CZ2A 2YNIA 4OKEA 1JLGA 4O0JA 5I42A 3CM5A 2OYQA 4FZYA 3LP3A 3EY1A 4DG1A 1HJRA 1L3VA 1UA1A 3O4NA 3LALA 4FK0A 1A5XA 1LAWA 3NGYA 4DLGA 1B9DA 2B4JA 3HPOA 3QNOA 3S9HA 4IKFA 5KGWA 4DSJA 3OS2A 2Q3SA 3JSMA 2XO7A 2HHUA 3DI6A 2HHSA 4DTJA 1JLQA 1RBTA 1WNSA 4CEZA 1RDAA 1VSMA 1IO2A 3OYGA 1TKTA 3MECA 3LWMA 3O3HA 1WSIA 3NF7A 4E7LA 3OVNA 2DFEA 1SKWA 2NUBA 3NHGA 4B3OA 1C1CA 3DLKA 3V9SA 1DLOA 3AVBA 4FK4A 4W5RA 3AVJA 4BDPA 3L2UA 2ATQA 1NK0A 4L8RB 1WSEA 1HPZA 3DLEA 2HHXA 1CZ9A 1RCHA 1NK5A 1TK5A 1RDDA 1NK7A 3ZSZA 1NJYA 1ZBUA 3TR8A 3G10A 2HB5A 2RN2A 2XRIA 3V81A 4CJWA 1IKWA 4HUEA 3L3UA 1ZBLA 3LANA 3ZT3A 3LAMA 3NF9A 2EHGA 3HM9A 2D0AA 3ISNC 4B9VA 3P1GA 1NOZA 4J2EA 2ITGA 4KHYA 1BISA 4E7KA 4PQUA 1WN7A 1X1PA 1C0UA 3HP6A 2HNDA 1RT6A 3ZT0A 4HCBA 4I9QA 1HYVA 4OPJA 5J2PA 3FFIA 3ZCMA 4CEFA 1BQNA 4CGIA 1NK4A 3BDPA 3ZT2A 1NK8A 3K5OA 3WNFA 2GV9A 2G8WA 4FJ5A 3DLBA 1RT7A 3M8SA 3L2VA 5SWMA 1VSJA 4IG0A 5FDLA 3SUNA 1SL0A 2QKKA 4M3WA 1RBRA 1ASVA 1QE1A 2F96A 4NCGA 4CHYA 2IDOA 3I0SA 3VQQA 1NOYA 5C24A 4NCBA 1ZYQA 3TAQA 3QERA 4F8RA 3WNGA 4FZZA 4FYDA 4CGHA 1TL3A 3AVMA 3K58A 2IS3A 4ID1A 4CK2A 3OYCA 4KO0A 1Z25A 3HVTA 4Z4GA 4QCLA 4C8NA 3K5MA 1A5WA 4CJQA 4KRFA 4N56A 4W5TA 2IOCA 2IAJA 4I9LA 4CEEA 4CHQA 2XY6A 5K14A 4CHNA 1NJXA 4E7HA 3LPTA 4E1NA 1HNVA 4C8KA 2FBVA 2X74A 3HP9A 4KTWA 4OPKA 4BE1A 1S6QA 4DSEA 1J9AA 4DQIA 3ZSVA 3NE6A 3SQ1A 3SNNA 4ZHRA 4FM2A 4UQGA 5HP1A 3M8PA 3VQ7A 4KB1A 4Y1CA 4M3YA 4DTNA 4DWIA 1GOAA 2E6LA 2OA8A 2IC3A 4MQ3A 4ID5A 3VQ4A 4FLWA 1J5OA 4JRQA 3CYMA 2XY8A 3TI0A 2KW4A 3T19A 3ZSYA 3HT3A 4FLVA 1KLNA 3DLHA 4KI4A 2PYLA 1FKPA 3T3FA 4KREA 1CLQA 2HMIA 3RMDA 2ETJA 2O4GA 4Q0BA 2YHAA 5DK5A 3OYAA 3M8QA 2XHBA 3VA3A 4DTPA 4ELTA 4CJRA 2VWKA 2OPSA 1REVA 3KTQA 1C0MA 1QQCA 1VK0A 4EZ9A 4IFVA 1NJWA 2YNFA 3TAPA 2FBTA 4CGDA 2XY5A 4IDKA 3AVCA 4C8MA 4N76A 1JLEA 3NF8A 2RKIA 1L5UA 3NCIA 4CJ4A 3LDSA 4KHUA 3CG7A 3ITHA 3U6FA 2R7YA 3TAMA 4O5BA 1Z26A 4CF1A 3KD5E 4OGEA 3DOLA 3DYAA 4DLEA 4KTQA 3RR7A 3MXMA 4FJGA 4BE2A 1VSHA 3P5JA 1Q9YA 1RT2A 3PO4A 1D5AA 1DTQA 3BGRA 3OYDA 4K8XA 1VRTA 3PV8A 2DY4A 4DS5A 4CEBA 3RMAA 3K57A 4DTXA 1D9DA 3AVHA 3VA0A 1KFSA 4OLBA 4FW1A 1GOBA 3H08A 2QK9A 3SV3A 1A5VA 3K2PA 1Y97A 4Z4CA 4DTSA 2Y1IA 4CEAA 3AVIA 1WSJA 2KQ2A 3V1RA 5C25A 1BQMA 3OYJA 1RT4A 3L8BA 4CGJA 1BL3A 3CFPA 1Q8IA 2A1SA 5HROA 3SI6A 1HQUA 3ZT4A 3OYIA 1L3UA 2G8IA 4DTMA 4DSIA 2JGUA 1RT3A 4N41A 3C95A 1XHXA 3OYFA 3HPGA 3KLIA 1VSFA 4HVJA 1U48A 4F4KA 4F3OA 4M45A 1RTHA 4B9LA 1S1TA 4OKKA 3EYZA 4G1QA 3E01A 3KIOA 3TAFA 4Z0UA 4CJTA 4HTUA 1N5YA 3ZSXA 1IH7A 3NGZA 4QOZB 3DRSA 1U04A 3KLFA 3CFRA 3TABA 3S3MA 4FVMA 4JLHA 5J1EA 3F73A 4LH4A 5KRTA 2YNGA 1SL1A 4HHTA 5SZTA 1YT3A 2KZMA 2DFHA 3TANA 2VG6A 3L3VA 3SQ0A 1D9FA 4DFMA 1TK8A 2IGIA 2G8UA 1BCMA 3PY8A 1VSLA 4FJ9A 3AO5A 1NKCA 1HYSA 1KSPA 3AA3A 4W5OA 1YVUA 1RNHA 2VG5A 3VQ5A 5HRSA 3O4QA 3QETA 1S1VA 2P1JA 4LSNA 3DLGA 1S1UA 4CJFA 1U45A 5KI6A 4LSLA 4F2SA 4FJ8A 1JL2A 4M3RA 4YNQA 3RMBA 1QS4A 1RTJA 3AVNA 4E7JA 3OYHA 3KKRA 1RBUA 4CFCA 1U49A 2YKMA 2ZQBA 3K5NA 3NAEA 3SZ2A 3QIPA 3P83D 4J2BA 4RW8A 3U3YA 1TL1A 1HNIA 2RPIA 2Z1JA 1QHTA 4RG8A 2OPRA 5CZ1A 1KRPA 4LH5A 3WNHA 3HYFA 1BI4A 3KK3A 4DU4A 3TARA 4FK2A 4FJMA 1I3AA 1FKOA 1WAFA 2OPPA 2VWJA 4DSFA 2EX3A 4OJRA 4AHTA 1GOCA 3G0ZA 2X78A 3VQBA 2F8SA 4CGGA 4H4OA 3QEVA 4NYFA 4AHUA 4CJ5A 4CGFA 4R5PA 2BDPA 4AHCA 5KTQA 4E1MA 2D0CA 2WOMA 3SV4A 4Z4EA 4Q5VA 1K6YA 4DFPA 1BIUA 3AVKA 3NH0A 4F3TA 4FM1A 1EETA 3C6TA 3OYLA 1XI1A 1TAQA 3V9ZA 1D8YA 1HQEA 2BANA 2W42A 5D3GA 3KLHA 5FRNA 1QSLA 4LD0A 4B9UA 3UIQA 3DM2A 4FLXA 1RTIA 4KKOA 5HRPA 2F8TA 3KKSA 4KV8A 2ZE2A 1ZBFA 2D5RA 3QO9A 4CECA 3HO1A 3L2WA 1RT1A 1T7PA 4GVMA 4FM0A 4CIGA 1NK9A 3KLEA 1LWFA 4PY5A 1VSKA 1EP4A 1JXEA 4YFUA 1TKXA 2G8HA 1KVCA 2G8VA 4QAGA 1YTAA 4CEDA 1VSIA 4FJXA 2GUIA 4DMNA 4KB0A 5EU7A 1NJZA 1W0HA 1JLBA 2I5JA 2HHQA 3HSTB 4H8KA 1JLCA 3LP0A 3HPHA 2WONA 5KGXA 3TWHA 1SKRA 4KHWA 2YKNA 1KFDA 3ZSRA 2X6SA 2JLEA 4DSLA 1U47A 4W5NA 3OYNA 5J2NA 4FLUA 3QEWA 2O4IA 1C6VA 4O44A 4AH9A 4EZ6A 4CIFA 1VSDA 3OYMA 4M3UA 4CJSA 3MEGA 2BGGA 3SUQA 3IS9A 2B6AA 3QIOA 2HHTA 5DMRA 3CM6A 1LWCA 3I0RA 4Z4HA 5KRSA 1TVRA 1JL1A 1G15A 1ASUA 4DQPA 3SYZA 4CK1A 3ZSWA 4CHZA 3I8DA 3V1QA 3RRHA 1QSSA 4K8ZA 3V9XA 5JS1A 1W9HA 1TGOA 4OKJA 4CE9A 3THVA 2Z1GA 3VQCA 4KHSA 4FXDA 4RW4A 3DRRA 1TK0A 4FW2A 3NGIA 2LSNA 1N6QA 4BWMA 4E3SA 1WSGA 3S3OA 2G8FA 2X6NA 4W5QA 3TAEA 1T03A 4FJ7A 1XWLA 1WSHA 3V6DA 5HBMA 2OPQA 1S6PA 1R0AA 3PO5A 4M3TA 1C1AA 1LW2A 3AO2A 3NBPA 4AHSA 4FLYA 5HLFA 1Q9XA 4ELUA 3AA4A 4BWJA 3SUOA 4CERA 4E89A 4E0DA 4DSKA 3AVAA 4CJLA 4OGCA 4ZTFA 3AO1A 3LWLA 4KPYA 1BHLA 2HNYA 1NKEA 5HRNA 2YV0X 3VQAA 2FBXA 3QINA 4BE0A 3QEPA 1UAXA 3WNEA 4AILC 2HW3A 2DTUA 4KHQA 1FXXA 1S9EA 4RW7A 3OJUA 1BCOA 1EKEA 4ICLA 4PUOA 1CZBA 3AA5X 1WAJA 3AVGA 1C0TA 5CYMA 2D0BA 1IKVA 1O1WA 3NH1A 3JYTA 4HUFA 3MXIA 1X9WA 2OZMA 4DQSA 4CEQA 1KTQA 2HVIA 3SQ4A 4CCHA 4GW6A 4CJ3A 4CF0A 3QEXA 3RWUA 2ZD1A 3KK2A 4BDZA 3LP1A 1TV6A 3IAYA 4I7FA 2YNHA 1SL2A 5I3UA 4FJHA 1RT5A 4DTUA 4DF8A 3QESA 2YHBA 1NK6A 4FZXC 2KTQA 1RBVA 4CEOA 2HNZA 1UWBA 4WE1A 4B8CA 4CJKA 4FLZA 1X9SA 4OVLA 1T05A 3OS0A 1JXBA 4DU1A 4J2DA 1L3SA 1IKYA 4OLAA 4IG3A 4CESA 3PX0A 4MFBA 1XC9A 3S3NA 4Z4IA 1TAUA 1UA0A 3SJJA 3AO4A 3MEEA 4IFYA 5CYQA 4J2AA 5J2QA 4DTOA 3A2FA 4CK3A 3ZT1A 4KAZA 4CJEA 3QLHA 4DU3A 1S1XA 3D45A 4O55A 1IG9A 4GMJB 3HVRA 1ASWA 4CJPA 4O0IA 1SKSA 3HXMA 4FJJA 1KVBA 2RF2A 1S9GA 4Y1DA 4CJVA 3RRGA 4HCCA 3ULDA 1QTMA 3MXJA 3M8RA 4O4GA 3ALYA 4RW9A 3B6OA 4EP5A 3AVFA 3LAKA 5FROA 4JRPA 4BDYA 3TAGA 4C8OA 4Z4FA 1HMVA 4AHVA 3SUPA 2A1RA 1JLAA 2QKBA 4E19A 3AA2A 2DFFA 4FCYA 3V9WA 3OS1A 4M3XA 4DQQA 4CFBA 4CFDA 1XHZA 3K59A 5CY4A 4DQRA 2B5JA 4I2QA 4EP4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDCA 4DV7K 1OKJA 2D0OA 2YHWA 2GBZA 1O13A 2KFNA 3MN9A 1L3TA 2ZM6K 3A8YA 3AARA 1I39A 1S5JA 4BG8A 4K0KK 5F0XA 3V9UA 1BUPA 3ENHA 3H1QA 4F2RA 4FJLA 3NFAA 4FLTA 4N5SA 1BA1A 3C6UA 3H6EA 3L2RA 3TU5A 4B8AB 4BACA 2OZSA 3NDKA 4CF9A 4YORA 4C8LA 4M42A 3CI5A 2BTFA 3TPQA 1RTDA 3VEWA 2FC0A 3CCJN 2XY7A 1WBBA 1QQMA 4CZHA 3B6PA 2I7NA 3V1OA 3QMLA 5CE3A 2HHVA 3VQDA 3EL2A 5T7BA 1TKZA 5AQMA 4GY2B 1J53A 4CHPA 3RR8A 3KD1E 3OYEA 4FWNA 2V7YA 2QEXN 4IOAL 4KTZA 3LZIA 1JKHA 4B9NA 4DV5K 3MEDA 3CCLN 3AVLA 1BWFO 5F2RA 3ZSOA 3DRPA 4DHYA 4RWTA 3OJSA 3J7AP 3SCXA 4GKJK 4C1NK 1HR0K 2VG7A 3ID6A 3MWTA 2RE2A 4JS4A 1T6DA 2W40A 4XIUA 1RGIA 3LPUA 4MDBA 4KBOA 3MK6A 1BI4B 1ILYA 4NCAA 1S1WA 1DTTA 2F9TA 1SS6A 3UKUB 1L3VA 3LALA 3BF1A 3MDQA 2OCEA 3NGYA 4PWDA 4DLGA 1B9DA 4IKFA 2QXLA 2Q3SA 2HHUA 1JLQA 1RBTA 4B1XB 3HM8A 3CCMN 3LWMA 2O8FA 3AAPA 1MDUB 5C0YA 1E4GT 5FPMA 2DFEA 1OH5A 4OX9K 4FK4A 4BDPA 3L2UA 1HPZA 4FWKA 1NK5A 1RCHA 3G10A 3HTVA 2HB5A 5AQSA 3TTFA 2RN2A 2XRIA 4YY3K 3V81A 3L3UA 2NRVA 1FW6A 3NF9A 3HM9A 1X1PA 3HP6A 5EX5A 4X64K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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