3ZSYA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsyA00
3V1QA 4E19A 1O1WA 4B9SA 4RW9A 4Y1DA 1T7PA 3NGZA 1R0AA 3SUQA 1HQEA 2QXFA 4KB1A 3ZSYA 1NJWA 1C0TA 1ZBUA 5KGXA 4FM0A 1D8YA 4DTOA 4DSFA 5HRSA 1UA1A 2P5OA 2HHUA 1KVBA 1LWEA 1RT6A 5KRSA 1X9WA 4FLTA 2G8VA 4BDPA 4Z4IA 4L8RB 4F8RA 3V81A 2OZMA 1QQCA 3V4IA 4W5RA 3PO5A 4CJPA 3KLHA 3NAEA 4KO0A 4BDYA 4FLYA 3L2RA 1L5UA 4GVMA 4DLEA 1NJYA 1KLNA 4CHQA 2QK9A 3P5JA 2RKIA 1HYVA 1UAXA 4CJ5A 1T05A 3SQ2A 4FCYA 1KVCA 3B6OA 1RBVA 4CJTA 3OYLA 1BGXT 3HVRA 4QOZB 3L2WA 1HJRA 2P1JA 1RBTA 4IG0A 4KTZA 3MEGA 1L3UA 2OZSA 3MECA 4DU1A 4CJRA 2NUBA 5C24A 4KFBA 4AHUA 1TKXA 1FK9A 3PUFA 3ZT2A 5CYMA 5HBMA 1WSHA 2Q3SA 1CLQA 3HPGA 2G8IA 4CECA 1HRHA 2XO7A 4DSEA 1RT1A 4OVLA 1JLGA 3U3GA 4DFKA 2XY8A 3V9UA 3NCIA 5KRTA 2KTQA 3O4QA 4AH9A 4CIEA 1RILA 1VSLA 3VQ5A 3O3GA 3L8BA 4CJSA 3SV4A 3TAGA 4WE1A 2HHTA 5HLFA 1UWBA 3DRPA 3VQCA 4CGFA 3HL8A 3WNFA 3V9XA 4DG1A 3TANA 4NCAA 2QKBA 4R5PA 3AVLA 3ASMA 3VQ8A 4CJQA 3SYZA 2HB5A 1J9AA 2KZMA 1BHLA 1JL2A 1RTDA 4FJNA 3T1AA 5JS1A 4KTWA 2EHGA 4BE1A 3CFPA 1WAJA 1QHTA 2GUIA 3AV9A 1REVA 4W5OA 3L2VA 3K5NA 4Z4FA 2IDOA 4E7KA 4FJLA 3ZT3A 3LP2A 4YFUA 3O3FA 1SUQA 4DFJA 2JGUA 4DWIA 3AA2A 1C0UA 3KK3A 2AJQA 3VQ6A 1IKVA 4E7LA 2XY7A 2ZQBA 1EXQA 3DLKA 5C25A 1NKCA 2VG5A 2YHAA 3SQ4A 5I42A 2ZD1A 4W5TA 3OJUA 2OA8A 4OLBA 4NYFA 3KD1E 4HTUA 3KK2A 2IGIA 1NK7A 5SWMA 1SKSA 1JXBA 1QTMA 4E7HA 1C0MA 3NF8A 4CGJA 4ZTJA 4Z0UA 1J53A 3OYCA 1ZBFA 4CJ4A 3F73A 4CJFA 2HVIA 2E6MA 4CEFA 4IFYA 3LANA 2RF2A 4DTRA 1U45A 3ZT1A 4ICLA 3AO4A 3VQEA 2YNFA 3AO1A 2HVHA 2FBXA 3DLEA 4O55A 4CGIA 1D9FA 4M3XA 3M8QA 1RT4A 5I3UA 1I3AA 3QLHA 3ZT0A 4CJEA 1RTJA 5CZ1A 3K5LA 3DLRA 5J1EA 1VSJA 1G15A 3PV8A 4RW4A 4FXDA 3FFIA 3KLFA 4HUGA 4RW8A 4OKEA 5K14A 4FJ5A 1DLOA 3L3VA 3KK1A 3C6TA 2X6NA 1DTQA 1VK0A 3SCXA 2EX3A 4H4MA 1UA0A 3JYTA 2BDPA 2R7YA 1RBSA 1FKPA 1U48A 4KAZA 2D0BA 3HPOA 5DK5A 4CEDA 3NDKA 4M41A 1NOZA 3U3YA 4CK1A 3K58A 3ZSXA 2ETJA 1N5YA 4OKKA 3AVCA 4CE9A 1NK5A 3AVNA 1NK6A 2KFZA 2Y1JA 4F3OA 4FLUA 3BGRA 3NHGA 4M42A 1J54A 5CZ2A 1NKEA 1K6YA 2O4GA 4FJJA 3ZSZA 3NFAA 3ITHA 3HVTA 3CG7A 1Y97A 4FVMA 4Q0BA 2D0AA 1KCFA 3CM6A 4DU4A 5C42A 3F9KA 5E41A 3CQ8A 1HNVA 3LZIA 1X9MA 4PUOA 1XHXA 1YT3A 2BGGA 1IKYA 3EYZA 1NJZA 4W5NA 2YV0X 3SUNA 4B9VA 4OGCA 1T03A 2OPRA 3D45A 5KGWA 5HP1A 4N47A 4F3TA 2D5RA 1LAWA 4ELTA 2Z1JA 3TARA 2D0CA 3RR8A 3UIQA 3ZSQA 3IS9A 1U04A 3QO9A 3O3HA 3PX6A 4Z4GA 3AO5A 4PWDA 5FROA 4DQSA 2KZZA 3SUPA 1Z26A 2HHSA 1FXXA 4LSLA 1NK8A 1WNSA 3K57A 4DTMA 3LPUA 3T3FA 1KRPA 3NE6A 5J2QA 1DTTA 5J2MA 1A5XA 1GOCA 1UOCA 5SZTA 4C8NA 4FW2A 2PYLA 4C8KA 3NH0A 1FKOA 3ULDA 2B5JA 1RDCA 4DSIA 1WLJA 3OS2A 4DSKA 1CXQA 4O0JA 4EP4A 2X74A 3O4NA 2G8KA 1QSYA 4KHQA 4CEQA 4DQIA 4B3OA 2Z1GA 1BQNA 1X1PA 3RTVA 3QNNA 3WNEA 1VRUA 3KKRA 4CFCA 4CHPA 4KHSA 1JLAA 2FBVA 3HT3A 1SV5A 2G8FA 2WOMA 1LW0A 4OKJA 5HRRA 3V9WA 2B6AA 4KTQA 4K8ZA 4M3TA 2IAJA 1U4BA 1C1CA 3VQDA 4CFDA 2HW3A 4DMNA 1JXEA 3H08A 3VN5A 4CJ3A 3NGIA 3V1RA 4NYNA 3WNGA 3NH1A 2XY5A 1EX4A 1LWFA 1CZ9A 2GV9A 3NF7A 4AHSA 4AHTA 1LAVA 3IAYA 4HCCA 4IKFA 3QEWA 4KHYA 4CEOA 3TAEA 3OYMA 3OS0A 3V9SA 4LH4A 1RBUA 2BE2A 4MFBA 1SL1A 4KHNA 4FK2A 4CF0A 3LZJA 3DI6A 1EKEA 1HPZA 2KFNA 1ZBLA 3RRHA 3AA4A 1S9EA 1XC9A 4KHWA 4EP5A 4BACA 2B4JA 4OPJA 2HHWA 2O4IA 2HHXA 4LY7A 4F2SA 3OYJA 1NK0A 4DF8A 3DOLA 1ITGA 3CFRA 3S3NA 4FK0A 1JLCA 1HQUA 4AHCA 4FLWA 4G1QA 3ISNC 3MAQA 3LPTA 4DTUA 4CFAA 1VSHA 3OYIA 1IH7A 1RT7A 3A2FA 3I8DA 4J2BA 2DFEA 4GMJB 2F8SA 3MEEA 2IS3A 5DMRA 3ZSWA 3BDPA 4J2AA 1HYZA 1TVRA 2DY4A 1TKZA 4KV8A 4FLZA 1GOAA 2ATQA 3VQAA 3M8RA 2HHVA 1S1WA 4CHOA 1SL0A 1S6PA 3SQ1A 3NH2A 1RTIA 1BCMA 1WSGA 5HROA 1VSMA 2FBYA 2GBZA 2G8HA 1IKWA 3OVNA 1WSFA 4CJVA 2PYJA 1Z25A 4E0DA 3JSMA 4PY5A 4CF9A 3SPZA 2G8WA 1X9SA 4B9LA 2HNDA 3KLEA 2W42A 1WSIA 1RT3A 1BQMA 1KTQA 1TKDA 4ZTFA 1ASUA 3K5OA 4IG3A 1YTAA 3LAMA 3MXJA 4N41A 3T19A 1HYSA 3ZSRA 2E4LA 3ALYA 3OYNA 2ZE2A 2HNYA 1W9HA 1KFSA 1ZBIA 1RDAA 1S9GA 3DLHA 4N76A 3TABA 5KTQA 1SL2A 4FJ9A 4DF4A 1BI4B 3VQBA 4W5QA 4CK3A 1BCOA 3S3OA 4C8LA 4DFPA 1C1BA 1LWCA 1BIZA 3CFOA 4FM2A 3HYFA 4DTXA 1C1AA 2A1SA 4B9MA 1A5VA 4AHRA 2OYQA 4FZXC 1VSEA 2YNIA 3LDSA 1TAQA 3OJSA 3S9HA 1U49A 1B9FA 3MXMA 2JLEA 4IFVA 4JRPA 2DFFA 4PA1A 3QESA 1RBRA 2E6LA 3L3UA 3OYBA 3K59A 4CFBA 4CJWA 4O5BA 3HPHA 3AA5X 2VG6A 4LH5A 4E7IA 3HK2A 1S6QA 2HNZA 4N56A 3OS1A 4C8OA 4E89A 4FJMA 3I0SA 3RRGA 1ZYQA 4QCLA 4CF1A 2X78A 4C8MA 3AVKA 3C94A 4Q5VA 4E1NA 3OY9A 4KHUA 3P83D 3TAQA 3RMAA 2ITGA 1TGOA 3M8PA 1VRTA 3KLGA 1JLEA 3RR7A 1WAFA 4HHTA 1IKXA 3OYHA 1S1UA 3SZ2A 1B9DA 3DLBA 3HO1A 3VA3A 5KI6A 4DFMA 4M3UA 1VSIA 3OYKA 3QEPA 2Z1IA 3AVMA 3LP0A 4CGGA 4CF2A 1QSSA 4DTSA 4FJKA 4E1MA 4CHZA 3OYFA 3L2UA 2X6SA 1LW2A 1S5JA 1VSKA 3RWUA 4E3SA 3ZSVA 4FYDA 2YKNA 1C6VA 3PX0A 4K8XA 3SPYA 1CXUA 4RW7A 4CESA 1KSPA 1HMVA 5FRNA 3THVA 4O0IA 4F4KA 2BANA 2A1RA 1NK4A 3SV3A 1YTUA 4RW6A 1NOYA 4CIFA 1KLMA 4CHYA 3V9ZA 4DQPA 4UQGA 3D0PA 4M3RA 4DQRA 3DRRA 4CIGA 3AA3A 3NBPA 2OPPA 3VQ9A 3TR8A 3E01A 4DS5A 1TK5A 3VA0A 1XI1A 2HMIA 3QETA 3NF6A 4LD0A 1S1VA 1TK8A 4HUEA 1RTHA 1CZBA 4RG8A 3G10A 5D3GA 3P1GA 4AHVA 2IOCA 4B8CA 3DYAA 3I0RA 4M3ZA 3DM2A 3K2PA 1BIUA 4CGHA 4OPKA 1TK0A 4NCBA 1JLBA 2LSNA 3KJVA 3TAFA 1J5OA 3AVBA 4I2QA 2XHBA 1L3SA 1JL1A 2P5GA 4Z4HA 4M3YA 4EZ6A 3DOKA 3IRXA 4TSXA 3EY1A 4JRQA 4DS4A 1ASWA 3AO2A 5CYQA 4DTPA 1EP4A 1QSLA 3IG1A 4QAGA 4I7FA 1RT2A 3DMJA 3HSTB 1TAUA 4KPYA 2Z1HA 4HUFA 1WSJA 3U6FA 1ZBHA 3QIPA 1IG9A 4XIUA 4CEAA 3ZT4A 2KW4A 2VWJA 4E7JA 1F21A 2DFHA 4IDKA 4O44A 4FLVA 3HJFA 1YVUA 4KKOA 3QNOA 1HNIA 2RPIA 3AVFA 3AVGA 3MEDA 1RDBA 1Q8IA 1LV5A 4BWMA 4FZYA 4CK2A 4Y1CA 3SQ0A 3AVHA 4KB0A 3S3MA 4KRFA 4CEZA 4I9LA 4BE0A 4DLGA 5J2NA 4DSLA 3QIOA 4DQQA 5HRPA 3K5MA 4H8KA 3C6UA 3KTQA 3KD5E 2VG7A 4B08A 1TV6A 1Q9YA 4ID1A 4FJ8A 1TL1A 3NF9A 4GW6A 1JLFA 4HVJA 1NJXA 3SJJA 4B9UA 2DTUA 4JLHA 3TAMA 3VQ7A 4BDZA 1KFDA 2IC3A 2YNHA 4CEBA 3SI6A 4I2PA 4M3WA 3LP3A 1JKHA 3RMBA 1B92A 4M45A 2QKKA 1T8EA 3WNHA 4LSNA 5FDLA 3PO4A 1A5WA 1SKWA 1BL3A 4B9TA 5J2PA 1ASVA 1KVAA 4ZHRA 3LALA 2HHQA 2WONA 1WN7A 4CCHA 2F8TA 1GOBA 4MQ3A 4DU3A 4CEEA 3AVIA 2YHBA 2Y1IA 2F96A 3RMDA 1MU2A 3SUOA 5EU7A 3TI0A 4FM1A 3L2QA 3V6DA 4EZ9A 4FJIA 3V1OA 4OJRA 1D5AA 2FC0A 1RDDA 2OPQA 3HP9A 3VQPA 4N5SA 3OYEA 5CY4A 2I5JA 1BISA 1WSEA 3CYMA 3ZSOA 3RMCA 4O4GA 4ELVA 4H4OA 5HRNA 3CM5A 3QERA 3KKSA 4CJUA 4FJ7A 4FK4A 4B9NA 2KQ2A 4CJLA 3HXMA 4BWJA 4FJHA 4HCBA 4J2EA 1NKBA 1IO2A 2RN2A 4FW1A 3QEVA 4NCGA 3TWHA 1NK9A 1L3VA 4DSJA 3QEIA 4PQUA 1S1TA 3OYAA 3EZ5A 3KLIA 4CHNA 2OPSA 2P51A 1XWLA 1W0HA 3VQQA 4KREA 1BI4A 4OLAA 1RCHA 1VSFA 4DTJA 2VWKA 1U47A 4JS5A 3PX4A 4FZZA 3AVAA 1D9DA 4IBNA 4AILC 3HM9A 4F2RA 3LP1A 3VQ4A 2FBTA 4JS4A 5T7BA 3M8SA 1L3TA 4YNQA 1RT5A 4FJGA 3PY8A 4KI4A 3OYGA 1SKRA 1S1XA 1VSDA 3AO3A 3B6PA 3QINA 4B8AB 1EETA 4I9QA 4OGEA 3MXIA 4CGDA 2PZSA 3C95A 4BE2A 4Z4EA 2XRIA 3LAKA 3ZCMA 5FRMA 1QS4A 3OYDA 3SNNA 4KI6A 3QEXA 2PY5A 2YKMA 4FJXA 4FLXA 1TL3A 2XY6A 3HP6A 3TAPA 2G8UA 3KIOA 1I39A 4CJKA 5JS2A 4ID5A 4ELUA 3DRSA 4CF8A 3G0ZA 4CERA 1XHZA 3NGYA 1JLQA 1RNHA 4Z4CA 3LWMA 1N6QA 2YNGA 3AVJA 3DLGA 1Q9XA 1QE1A 3LWLA 1TKTA 4J2DA 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1QA 4E19A 4RW9A 1HNWK 3NGZA 1HQEA 1NJWA 4DTOA 2HHUA 3E1YA 5HRSA 1UA1A 2P5OA 3EE9A 4X62K 3IUCA 1NGHA 4CJPA 3F9MA 3HZ6A 3KLHA 2FSKA 1L5UA 1RGIA 4DLEA 3MWPA 4H03B 1SZ2A 1KVCA 4CJTA 5BR9A 3CCQN 1TYQA 4IG0A 2NRRA 1EWRA 4DU1A 3J7YP 5C24A 4KFBA 4AHUA 1TKXA 3O08A 5B8HA 3WXMB 2G8IA 1HRHA 4BR7A 1RT1A 4OVLA 1JLGA 1LOTB 1T44A 2XY8A 4CIEA 2GELA 3O3GA 2HHTA 2FF6A 3R6MA 4WE1A 2ZJRL 5HLFA 3VQCA 3DRPA 3VEZA 3TANA 2P9PA 3WNFA 1X9JA 4DG1A 4JK8A 3AGRA 4XEIA 1BHLA 3W3DA 4FJNA 4KTWA 2EHGA 3CFPA 3IMXA 2GUIA 3K5NA 1QQMA 3CCMN 1K8KB 2P9NA 3ZX3A 3ZT3A 4DV3K 3CJCA 4CBWA 4JI3K 2JGUA 4DR2K 3SK3A 3J7ZO 4IXCA 4FWPA 3VQ6A 1VQKN 5C25A 3TU5A 2VG5A 2YHAA 5I42A 1D4XA 4M7XA 1EO1A 2EWSA 4NYFA 4WYBA 4CZHA 2IGIA 1JXBA 4Z0UA 3OYCA 3F73A 4CEFA 3G4SN 2QWNA 1U45A 3ZT1A 4ICLA 3VQEA 3AO1A 2Q2RA 3DLEA 4FWOA 4CGIA 4E1JA 3M8QA 4DR5K 5GAHP 5CZ1A 4FXDA 1VSJA 3KZBA 4RW4A 1KAYA 3U4LA 1EWQA 2GWJA 1U2VB 2HF3A 5C0YA 4RW8A 4H5NA 4X65K 5FLXO 3KK1A 1N36K 3C6TA 2X6NA 2BDPA 1UA0A 4FWRA 4B3MK 3PLAA 1HKCA 4YDUC 4YOXA 5DK5A 4CEDA 4M41A 4CK1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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