3ZSZA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zszA00
3CM6A 4FJ7A 2HHWA 3ZSVA 3HPGA 4FXDA 4NCBA 3AO4A 1FKOA 4CHNA 3ZSZA 1TKZA 3CFRA 2X78A 3AA2A 4OPJA 3OS1A 3MXMA 1HRHA 3QNOA 2G8FA 3TANA 4FZXC 4B8CA 4AHVA 3LWMA 4CEEA 2O4IA 1EKEA 4BDPA 3F73A 4E7KA 3NFAA 1S9GA 1GOBA 3HVTA 3VQ4A 4FJ9A 3DLBA 2OPRA 1JLCA 1LW2A 2FBTA 4FLUA 1S5JA 3OYGA 4CJWA 3CQ8A 3VQQA 4OVLA 4OGCA 4J2EA 5J2PA 4KB0A 4FJMA 4KHYA 3KLEA 3OYHA 3M8QA 4FLVA 4PY5A 3IAYA 4Z4HA 3T19A 4CJTA 1LW0A 3IRXA 1NK9A 3VQBA 4C8NA 3OYFA 1NK8A 2BGGA 1JKHA 4FLZA 3PY8A 1EP4A 4FM1A 3ZT4A 4W5QA 4M3WA 3V1RA 1LAWA 3PX4A 1U48A 3EYZA 4FJ5A 4KV8A 2ETJA 5SWMA 1T05A 2GBZA 1B92A 4DQPA 4O44A 3KJVA 4ELTA 4B9NA 3VQPA 3OS2A 1WAFA 1B9DA 1TL1A 4LSLA 4ZTJA 1LWCA 3VQEA 4C8OA 4DTNA 3DM2A 1QSSA 4HUFA 2E6MA 2VG7A 1NJWA 3AA5X 4CFBA 4CJRA 1SKRA 4F8RA 3D0PA 3S3OA 4FJIA 5JS2A 2IOCA 1TGOA 1U47A 3ZSOA 1T8EA 1D9DA 3O3GA 1NOYA 4FJXA 2O4GA 2D0BA 3AVHA 3TAPA 4FLYA 1NK4A 3AO2A 1KCFA 1WSFA 3L3VA 4OPKA 3HP9A 3RRHA 4N5SA 4DS5A 4KPYA 2XO7A 4CEQA 4DFKA 2WONA 4OKEA 1U49A 5KTQA 4I9LA 1RT6A 4F4KA 4DSJA 3OYMA 1TK0A 1N5YA 1Q9XA 5KI6A 2G8HA 2KZMA 3QEWA 3HPHA 3MEDA 3NGZA 5FROA 3KK3A 4H8KA 1X9MA 3L2VA 4OKKA 2D5RA 3EZ5A 2X6NA 3AO5A 4GMJB 1RT4A 3RMBA 2F96A 2EHGA 3HPOA 5HRRA 2P1JA 2ZQBA 3WNEA 3DI6A 4FLXA 3K2PA 5FDLA 1VSMA 1JLEA 3HSTB 2DY4A 2JGUA 2QK9A 3G10A 2ITGA 2G8WA 2Z1JA 1RBRA 4DWIA 5T7BA 4HHTA 2BDPA 3NHGA 1EXQA 3VQ5A 4CJPA 3PO4A 1F21A 3AVKA 1IO2A 5HRPA 4WE1A 1L5UA 3M8RA 2Y1JA 2ZD1A 4GW6A 4M3RA 4ID1A 3LP0A 3VQ9A 1S1TA 4HCCA 1CXUA 3U3GA 4CJLA 3LZJA 4KB1A 3S3MA 4FZYA 3EY1A 1XC9A 3B6PA 2D0CA 4KI4A 2FC0A 1RTHA 3TARA 3SYZA 4BDZA 2OZMA 3LALA 1JLGA 1KSPA 3SQ0A 1RNHA 1ASUA 1DTTA 3LPUA 4NCGA 4ZTFA 4FJJA 2VG5A 3CFPA 1S6PA 2IS3A 3L2QA 1BQNA 3OY9A 3DRRA 1A5VA 3DOKA 1QHTA 2EX3A 3ZT3A 4CIGA 4CGHA 4DTRA 4CK2A 2QKKA 2F8TA 4FYDA 3OYCA 1YTUA 3NCIA 2Q3SA 4F3TA 1NKEA 1GOCA 4AILC 2QKBA 3DLRA 1U04A 3SPZA 4IG3A 1WSEA 3TAFA 5EU7A 1RDBA 3DLKA 4FVMA 5SZTA 4BDYA 1C0TA 1UOCA 4E3SA 1BQMA 2IAJA 4G1QA 2E6LA 2QXFA 1WNSA 4B3OA 3LDSA 1VK0A 1G15A 1RDAA 4Z4EA 4FJLA 2E4LA 4BE2A 4DSEA 3SZ2A 1IKWA 1VRTA 1L3SA 3FFIA 3CG7A 1HPZA 3KK2A 4KREA 4DTUA 4KFBA 4AHCA 1DTQA 4CERA 4KHQA 2D0AA 3QETA 1I3AA 4CF0A 2WOMA 4JRPA 1L3VA 3V1QA 2VG6A 4DSIA 4KHUA 3V9SA 4FZZA 4FJHA 2Z1GA 3DMJA 4FLWA 4EZ9A 2AJQA 2YNFA 2OPPA 3A2FA 1R0AA 3H08A 1BI4A 4CE9A 3SUQA 4RW6A 3MEEA 4DTXA 5FRNA 3F9KA 1DLOA 4DFMA 1WSIA 3SCXA 3DLGA 1KFDA 3M8PA 4E89A 3KLFA 4DQQA 1HNVA 3U3YA 2G8UA 1KVBA 1KRPA 4EZ6A 1WN7A 2FBYA 3O4NA 1W9HA 2JLEA 3K5OA 4Z0UA 1RDCA 1UA0A 2X6SA 2G8IA 2HHQA 1TK5A 2YKMA 3NH1A 2HVIA 1N6QA 3SQ2A 2A1RA 1BISA 1REVA 4FW2A 3P5JA 4CHPA 4UQGA 4B08A 4CHQA 3C95A 5FRMA 3MEGA 2HHXA 4RW4A 4KHNA 4FK0A 1SL0A 3AVCA 1S1WA 3T1AA 4CGFA 4B9LA 4K8XA 3VQCA 3PUFA 4CHYA 4JS4A 2XHBA 3AVAA 4MFBA 1WAJA 5KGWA 4DSFA 4DF4A 3I8DA 1CXQA 3TWHA 3MAQA 2YNHA 3BDPA 1ZYQA 5CY4A 4M41A 5CYQA 4N41A 1CLQA 1LV5A 1X9SA 4B9MA 4LSNA 4H4MA 1HYSA 1RT5A 4YFUA 3OYIA 3JSMA 4AHUA 2B5JA 3V81A 4NCAA 3V9XA 1NK0A 1BGXT 4KAZA 3AVLA 4CFAA 4E1MA 3QLHA 1JLQA 1XHXA 3B6OA 4F2RA 2P5GA 1BL3A 2DFHA 2RKIA 2YNGA 5DK5A 5HBMA 4CIEA 3V4IA 5K14A 1C1AA 2XY6A 1ZBHA 3ZSRA 3ZT1A 4W5RA 3K59A 3OVNA 4O5BA 4HTUA 1QSLA 3NBPA 2A1SA 4N56A 1TL3A 5C24A 3KLGA 4OGEA 3TAEA 1D9FA 4I9QA 4DF8A 3AVBA 1MU2A 3ZCMA 4CGDA 1JL2A 4JS5A 3VA0A 3TABA 3NF6A 1L3UA 2HNZA 2PYJA 2BE2A 4M3UA 1SUQA 1JLAA 3DRSA 5CZ1A 4Q5VA 4N76A 1BCMA 5E41A 4R5PA 3KTQA 4B9UA 4B9SA 4QAGA 4AHTA 3V6DA 4DFJA 2HHVA 4LH4A 5I3UA 2BANA 1IG9A 1VSJA 4DLGA 4PQUA 1BI4B 3V1OA 3P1GA 4CGIA 3NF7A 3S9HA 3TAGA 3WNGA 5J2QA 1FK9A 4RW8A 1BHLA 2Z1IA 3HYFA 4CGJA 5HROA 4DTJA 4B8AB 1HYVA 4OJRA 3K58A 4CCHA 1NK7A 1IH7A 3C94A 1VRUA 3ZSWA 4CFCA 2HMIA 3CM5A 1TKDA 3AVGA 4DMNA 3ITHA 3SI6A 3SV4A 1QS4A 5I42A 4O0JA 1KLMA 4PA1A 4KTQA 4EP4A 2OZSA 1J9AA 1QE1A 3OS0A 1KTQA 1WSHA 3ZT2A 3TR8A 1EX4A 1YTAA 3I0SA 1JLBA 3HM9A 3LP2A 3U6FA 3HT3A 1S1VA 4O4GA 4O0IA 3AO1A 2HB5A 3I0RA 3LP3A 2RPIA 1Z26A 1SKSA 3CYMA 1IKXA 5CYMA 4Z4CA 2KW4A 3OYLA 4KKOA 2GUIA 3RR7A 1RTDA 1X1PA 2LSNA 4MQ3A 5KRSA 1C0UA 2FBXA 1C1BA 1KVCA 2HNYA 3DYAA 3MXJA 4ID5A 3L3UA 3WNHA 4CF1A 3ZSYA 4XIUA 3QESA 3VQDA 4CK1A 3IS9A 4ELUA 1SKWA 4M3YA 4OLBA 2XY5A 1C6VA 3OYBA 4JRQA 3QERA 3MXIA 2KFNA 3LAMA 3RMDA 4C8KA 3THVA 4CIFA 1RT3A 1X9WA 4DSKA 2NUBA 1SL2A 4F2SA 4CJKA 1Z25A 4HCBA 1TAQA 2VWKA 4CFDA 3KLHA 3RTVA 3G0ZA 1ITGA 1WSJA 1ZBFA 3VQAA 2IGIA 1J53A 1W0HA 3QIPA 3PX6A 4L8RB 1JLFA 4IDKA 4CESA 4FW1A 3VQ8A 1U45A 2F8SA 4FJGA 3LP1A 3S3NA 1KVAA 1UAXA 3AVIA 4I2PA 3SUPA 4M45A 1HMVA 3AA4A 1RDDA 3OYKA 1S9EA 4KHWA 1XWLA 3KKRA 1RCHA 4CGGA 1VSDA 4CF2A 4J2BA 4OKJA 4CEDA 4J2DA 1QQCA 3VQ6A 3O3FA 4M3TA 4LD0A 2IC3A 3E01A 4M42A 4ICLA 3KK1A 3DLHA 4LH5A 4CF9A 3ISNC 4K8ZA 1BCOA 4FLTA 1VSHA 4CJFA 4EP5A 1TKXA 3LZIA 3PV8A 4BWMA 4CHZA 2HHTA 2I5JA 2RN2A 4C8LA 1LAVA 4Q0BA 3KKSA 3M8SA 3OYDA 1NJYA 2YV0X 4KI6A 2ZE2A 3AVMA 3VQ7A 4KRFA 4CJ4A 1Q8IA 4Y1CA 3NAEA 2FBVA 1YT3A 3AVNA 3OYNA 3OYAA 4CEFA 4FM2A 3HJFA 4W5TA 1HJRA 1ZBUA 4IFYA 3DOLA 4I2QA 4AHSA 2OPQA 4CEZA 4BACA 2KZZA 1FXXA 4E1NA 5HLFA 5HRSA 1RTJA 3AA3A 3SQ4A 3RR8A 1TV6A 2GV9A 4HVJA 1NK5A 3HP6A 4DQRA 4IKFA 4RW9A 2HHSA 4CEAA 1EETA 4E19A 4Y1DA 1LWFA 4FM0A 4RG8A 3ZT0A 1VSLA 4KHSA 2B6AA 1RBUA 5C25A 2VWJA 4DLEA 4DQSA 4DSLA 3MECA 4B9TA 3LANA 3C6TA 4CJ3A 1U4BA 4PWDA 1S6QA 3K5LA 4DTOA 3PX0A 4IFVA 3HL8A 1NKCA 4DG1A 4ELVA 3IG1A 3LPTA 3V9UA 5J2NA 1Q9YA 4FK2A 1D5AA 2YNIA 3OJUA 3SUNA 1BIZA 1NJXA 3KIOA 3L2UA 3K5NA 4YNQA 4CJ5A 4IG0A 1VSEA 4RW7A 4FJ8A 3V9WA 1T7PA 4E7LA 5KRTA 1K6YA 2YKNA 4ZHRA 4FK4A 2ATQA 2X74A 4H4OA 1XI1A 4Z4GA 3QINA 3QEVA 3KD1E 4CJUA 1ZBLA 4CJEA 3QNNA 4F3OA 2Y1IA 1RT2A 1C1CA 1IKVA 1SL1A 2DFEA 2DFFA 4QOZB 3RMAA 1S1UA 4LY7A 4KO0A 3NGIA 4DU3A 1ASWA 3ALYA 2XRIA 3HXMA 1HQEA 1RT7A 1RBTA 1S1XA 3DLEA 2R7YA 1RBVA 2KFZA 3SUOA 3AO3A 2OPSA 4W5NA 3RRGA 1QSYA 1I39A 3TI0A 3QO9A 4KTZA 2HW3A 4M3ZA 3OYJA 4E7HA 1CZ9A 3LAKA 2Z1HA 1XHZA 3ZSXA 1A5WA 4DU4A 3K5MA 1J54A 4CECA 3NE6A 3SV3A 1IKYA 1HQUA 2IDOA 1UA1A 1JXEA 2P5OA 3ZSQA 1CZBA 4Z4FA 3TAMA 3HO1A 1Y97A 1LWEA 1D8YA 1C0MA 2OYQA 3O4QA 4BE0A 4PUOA 4E7JA 2G8VA 3NF8A 1A5XA 1RT1A 2DTUA 5J2MA 1T03A 3NH0A 3VN5A 3QEIA 3L2RA 2KQ2A 1JXBA 1NK6A 1TAUA 1YVUA 1VSIA 1B9FA 4DTSA 3KLIA 3T3FA 2OA8A 3HVRA 1NOZA 3L2WA 4HUGA 4E7IA 3AVFA 3L8BA 1RILA 3BGRA 4NYNA 4E0DA 1FKPA 1WLJA 1TKTA 3CFOA 3PO5A 1HYZA 4TSXA 1VSKA 2RF2A 3QEXA 3HK2A 4OLAA 4QCLA 1J5OA 2XY8A 4CJSA 1O1WA 2KTQA 4M3XA 3NF9A 3D45A 4DTMA 4BWJA 4DTPA 3RMCA 3QEPA 4N47A 5DMRA 4DFPA 1KFSA 1BIUA 4I7FA 2PY5A 3C6UA 3SQ1A 1TVRA 4B9VA 2YHAA 4BE1A 4Z4IA 2P51A 1TK8A 3P83D 3NDKA 1UWBA 4FCYA 3KD5E 4GVMA 4W5OA 5JS1A 4CEBA 1GOAA 2B4JA 5KGXA 3DRPA 3LWLA 3V9ZA 2PYLA 5CZ2A 1RBSA 1SV5A 4KTWA 1ASVA 3AV9A 3SPYA 3SNNA 4DQIA 3AVJA 4FJNA 1KLNA 2PZSA 3NGYA 5J1EA 2W42A 4DU1A 4NYFA 4AHRA 1NJZA 1NKBA 2HVHA 3K57A 3VA3A 1WSGA 2YHBA 4CHOA 3ULDA 4IBNA 4CJQA 5HP1A 4DS4A 4C8MA 3OJSA 3NH2A 1RTIA 3RWUA 3O3HA 4CJVA 2HNDA 5HRNA 2HHUA 1HNIA 1VSFA 5D3GA 4AH9A 3UIQA 3ASMA 4CK3A 1QTMA 3TAQA 1JL1A 4JLHA 3OYEA 4J2AA 3QIOA 4CF8A 1ZBIA 4FJKA 4CEOA 1L3TA 2G8KA 3JYTA 4HUEA 2XY7A 3SJJA 3WNFA 4O55A 5C42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEB 3CM6A 4FJ7A 2HHWA 4FXDA 3CFRA 3AA2A 1HRHA 4AHVA 5LJWA 3CJBA 3F73A 3ZX3A 5CR4A 2NRXA 4FJ9A 3DLBA 1LW2A 2FXUA 5ADXH 4ILGB 4OVLA 5JLFA 4J2EA 3IAYA 4Z4HA 1OVQA 4CJTA 3VQBA 3J7ZO 4M3WA 3V1RA 4YY3K 4KV8A 1T05A 4O44A 4ELTA 4LSLA 3VQEA 4C8OA 2NRVA 3DM2A 3AA5X 3S3OA 1TGOA 2Q2RA 2O4GA 3HSCA 5AQFA 3H46O 4OPKA 3F9MA 2QWLA 4DS5A 4DFKA 2WONA 4A2AA 5KTQA 4I9LA 1RT6A 1N5YA 5KI6A 5LMNK 4IEIA 5FROA 3VF6A 1M1KO 4OKKA 1BDGA 3RMBA 3QBXA 1NMDA 1RT4A 4LFCK 4EHUA 1NGBA 2F96A 4JYAK 4JKFA 5GINA 2ZQBA 3DI6A 4B3TK 5FDLA 1JLEA 2DY4A 2JGUA 4IXCA 1K8AO 4BGBA 1O13A 1RBRA 3VQ5A 2P9NA 3K9JA 1ZC6A 1NU0A 5EOYA 3CQYA 4GW6A 5GIPA 4KB1A 1P90A 2FC0A 3SYZA 1ZXOA 3SMSA 2ZF5O 5AZJB 1ASUA 4NCGA 2ZJQL 3VEXA 2VG5A 3CCRN 2IS3A 1LOTB 3L2QA 3DOKA 1QHTA 4AF1A 5HOOA 1YTUA 4F3TA 2Q3SA 1GOCA 2QKBA 5AFUA 4IG3A 4WFBL 3TAFA 3DLKA 1WBDA 2A3ZA 2WUSA 1WNSA 5M1QA 1RDAA 1HLUA 3G4SN 3GBTA 1IKWA 2P9IA 1HPZA 3ATVA 4DR3K 4LF8K 2VCPA 1IBKK 3V1QA 3BF1A 4KHUA 4FZZA 4FLWA 5AR0A 4FPAA 2OPPA 3SJHA 1R0AA 3H08A 4BG8A 1BI4A 1Q7YO 4RW6A 2UYTA 5FRNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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