3ZT0A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt0A00
1BQNA 3HSTB 4AILC 2G8VA 3DYAA 3WNFA 3V9ZA 1KSPA 1X1PA 1Q8IA 4M3TA 4M45A 5FDLA 4DU3A 1ZBIA 5HRNA 3U3GA 5J1EA 4QAGA 3VA0A 2XO7A 5KI6A 1IH7A 3OY9A 4B9SA 4CK1A 3C94A 4FLUA 2XY6A 2KFNA 3L3VA 3AVJA 5T7BA 3VQAA 4FJ7A 1JKHA 4AHSA 2DFFA 1RDDA 3RR8A 4IFYA 1FKOA 4CJFA 2KQ2A 4BE2A 4DFMA 1NJZA 3DLEA 4IG0A 3VQCA 1CZBA 2QXFA 1C0UA 2ZE2A 3OYJA 3CM6A 3IS9A 1NKEA 1JL2A 1SV5A 1VSEA 4CJ5A 1S6QA 3NGYA 3ZSXA 4LD0A 4KHNA 2G8KA 3QO9A 4Z0UA 1KRPA 1VSLA 4J2BA 4UQGA 1WAFA 1IG9A 1RT7A 1WLJA 3HVTA 3TAEA 1TK5A 4DQIA 3D45A 1MU2A 3LAKA 1Q9YA 3A2FA 2LSNA 2X74A 3NCIA 1IKXA 3K59A 3U3YA 3V9SA 4K8XA 4KFBA 4NCAA 3HK2A 1I3AA 1Y97A 3V4IA 1BL3A 4CEAA 2VWJA 4JRQA 1EXQA 3HYFA 3MAQA 3NHGA 1RCHA 1RBRA 3EZ5A 3DRPA 4QOZB 3QNNA 4C8KA 2HVIA 3ZT3A 4CGJA 3LALA 4CK3A 3HPHA 1FK9A 3VQ7A 3IG1A 4IDKA 1TKXA 2F96A 4JRPA 4DTOA 4DSKA 3P1GA 2DTUA 3AVCA 2IAJA 4NCGA 4AHVA 1JLAA 1T03A 4F3TA 4J2AA 3CYMA 3EY1A 1SKRA 1B92A 1RT3A 4CF0A 4CHZA 4W5RA 5J2QA 3RMCA 2HHUA 3VQ9A 4CIEA 3G0ZA 1L3SA 2G8IA 4HUGA 4CHQA 3K5MA 1T05A 4RG8A 2E6LA 3NH0A 3EYZA 1L3VA 1QTMA 3KK3A 3ZSQA 3SZ2A 1B9FA 1G15A 1JLBA 4MFBA 4O0IA 4DLGA 1VSMA 1HJRA 1UAXA 1TVRA 2Z1JA 3OYFA 2YNHA 1S1WA 1BQMA 5KRSA 1NK0A 3O3FA 4EZ9A 5CZ1A 3TAQA 1WSGA 1D5AA 4LH4A 4DG1A 4DQPA 2E4LA 1BI4B 4KHSA 4FW1A 4DSFA 4KHWA 4M3ZA 1GOCA 3NDKA 3QESA 4H4MA 4FJ9A 2F8TA 4I9LA 2G8UA 1NJXA 2JGUA 3D0PA 3C95A 1YVUA 3AV9A 3KJVA 1XHZA 4DSJA 3SUOA 4H4OA 3AVKA 3ULDA 3NGIA 4ZTFA 1TK0A 1ASUA 2A1SA 4CEDA 4FLTA 3T3FA 4C8LA 4KI4A 4N76A 4C8MA 2OA8A 3RRGA 4FJ5A 1NJYA 1X9SA 4ELVA 4AHTA 2BANA 3PX0A 2HHVA 5JS2A 2VG7A 3K5NA 1UWBA 2D0BA 3AVAA 1NK6A 3AO4A 4B9TA 4OLAA 3VQBA 4CJVA 1R0AA 4YFUA 1WSHA 4I2QA 1U47A 4BDPA 1JLQA 1NK4A 3VQ5A 3BDPA 3DLGA 4DF4A 4HCCA 2B4JA 3HO1A 4BACA 4DS4A 2HW3A 4BWJA 1KVBA 4E7JA 2HNZA 1QSYA 2EX3A 4CJ4A 1Q9XA 3QEIA 2E6MA 4FK2A 3ASMA 2YNGA 4LSLA 3OYAA 4W5OA 4FM0A 4ZTJA 3SUPA 4DSLA 1WN7A 3KKSA 4OJRA 3TANA 1HQUA 1BIUA 4H8KA 3TWHA 2RKIA 1D9DA 4CJKA 4YNQA 2HHSA 4E7IA 4N47A 4DTUA 3OYHA 4CF8A 4FJGA 4AHRA 1LWCA 1KCFA 1TK8A 1B9DA 4CFCA 3ZSYA 5J2MA 5J2PA 1U45A 4DSIA 4CK2A 4ID1A 1A5XA 3LP1A 4FLVA 1XI1A 1ZBHA 4DMNA 2HHTA 4O5BA 3O4QA 3MEGA 4OLBA 3AO1A 4KTZA 4Z4EA 2B6AA 3DMJA 1ZBFA 3HL8A 4KB1A 2XY5A 2YKMA 4DSEA 3F73A 1NJWA 1HYZA 4DF8A 4CEQA 3AO3A 2HNDA 4FM2A 3LWLA 4F3OA 4M3WA 1UA0A 4DQSA 3VQPA 4B9MA 1UOCA 3E01A 4OKEA 4CJLA 1REVA 1S1UA 3QIOA 4DLEA 4CFBA 1SL2A 1QSLA 3PX4A 4NCBA 2HHWA 3OYEA 4B08A 3AVGA 1BIZA 1JLEA 1RBTA 2YV0X 4CEZA 3HVRA 3SUNA 4PQUA 2QK9A 4E89A 3HT3A 4DU1A 4KHYA 4FXDA 5CZ2A 1KLNA 4DFPA 4B9LA 3OS1A 1CXUA 4JLHA 3U6FA 3LP3A 1Z26A 4CGGA 1SKWA 4KHQA 1A5WA 4MQ3A 1S1VA 4CFDA 4E19A 2ITGA 2I5JA 3TAMA 3PO5A 1NKCA 3LP2A 4FZZA 5I3UA 1L3TA 1TL1A 1RT1A 3ISNC 3VQEA 3OYLA 1J53A 4CGFA 3QNOA 2O4GA 1HYVA 2XHBA 3S3OA 1FXXA 1TAQA 2B5JA 1WSJA 5DMRA 4DTSA 1DTQA 4BDYA 3OYCA 4RW9A 4O0JA 1N6QA 3M8RA 1C0TA 3HPGA 4CFAA 1IKVA 1CXQA 3L2WA 1RTHA 1WSFA 1X9MA 4J2EA 1RT5A 3K5OA 4Z4IA 4LH5A 4B8AB 4CEEA 3MXMA 2AJQA 4CHNA 3L3UA 4GMJB 1RDCA 5SZTA 4N56A 4FJMA 4Z4FA 3I0RA 3SYZA 4DQRA 1J9AA 3ZT4A 1QE1A 3L8BA 1HNVA 4FJKA 1C1AA 1LAWA 3OS0A 1KTQA 1RTDA 3L2RA 1LWEA 1NOYA 3ZT2A 4O44A 1RBVA 3ALYA 1HYSA 1JLCA 2HNYA 1X9WA 4FZXC 4B3OA 1YTUA 3LP0A 2D0AA 1LV5A 3DI6A 4CJEA 2VG6A 1JXBA 3AVMA 3LAMA 1TKZA 2XRIA 3PUFA 4IFVA 4CJQA 1GOBA 1S9EA 4OPJA 4CEOA 1NK5A 3SQ2A 3KLHA 1TKDA 4DTNA 4ICLA 2WONA 4M42A 1I39A 2FC0A 4HVJA 1WNSA 3L2UA 3O3HA 3NE6A 4KRFA 4BWMA 3HXMA 3S3NA 2PYLA 3TI0A 1S5JA 4Q0BA 3SQ1A 1J5OA 3WNHA 5SWMA 2VG5A 3ZT1A 3VA3A 3JYTA 4N5SA 3HP9A 2QKKA 4I7FA 4W5QA 2RPIA 3OYGA 3AA2A 3OJSA 4DWIA 4PY5A 3NGZA 2OZSA 2X6SA 4FW2A 1IKWA 3CG7A 3H08A 3KK1A 1U49A 4EP4A 3QERA 2XY8A 3B6PA 4JS5A 1J54A 4KO0A 3C6TA 3S3MA 4OGCA 3VN5A 4FVMA 3RR7A 4M3UA 1JXEA 1C6VA 3CFPA 1KVCA 3TR8A 4FJXA 1VSIA 4FK0A 2ETJA 2R7YA 1BHLA 1C0MA 4CF2A 4FJJA 2KFZA 4CJSA 3M8QA 3OYBA 4HTUA 4FLZA 3NF9A 4B8CA 3O3GA 2VWKA 1RTIA 1Z25A 1LW0A 4Z4HA 3RMAA 3AVNA 2GUIA 1VRTA 4DFKA 3QINA 3ZSRA 3QEPA 4E0DA 2KW4A 4XIUA 4W5TA 4DFJA 3SI6A 2OZMA 1JL1A 3K5LA 2WOMA 3CFOA 4CJUA 3OYNA 2P1JA 3DOKA 3KD5E 2Z1GA 3M8SA 4ELTA 2PYJA 4Y1DA 3C6UA 3K57A 1D8YA 3DLBA 3KIOA 4LSNA 1T8EA 4KTQA 3JSMA 2YHBA 3DM2A 3LPUA 3M8PA 2F8SA 3V6DA 4KI6A 3TAGA 3S9HA 4DTJA 2KZMA 5HRSA 4FLYA 1KLMA 3I8DA 3SPYA 4B9NA 1RBSA 5C25A 3PV8A 3LDSA 2YNFA 5D3GA 1XHXA 2JLEA 3BGRA 4CE9A 2X6NA 4O55A 4FLXA 1SKSA 1HQEA 4KREA 3SUQA 2P5GA 1VSFA 4KB0A 3MXJA 4F2RA 3SV3A 4Z4CA 3T19A 2HHXA 4CJTA 3TAPA 3SNNA 4FK4A 5C42A 4FJIA 4RW8A 2NUBA 2DY4A 1EX4A 1YTAA 4DTMA 2Y1IA 1TAUA 4CIGA 3PO4A 3AVLA 1W0HA 4ID5A 1L3UA 3MEDA 2G8HA 4WE1A 1S6PA 3DLRA 1QS4A 1BCOA 3DLKA 3G10A 2XY7A 4KKOA 4DTXA 1U4BA 2BGGA 1DLOA 3DOLA 2PY5A 3SQ0A 4HUEA 4CESA 4CF1A 3UIQA 3WNEA 4B9VA 2HHQA 1JLGA 4OVLA 3LZIA 3T1AA 3MECA 4TSXA 3DLHA 2QKBA 2OPRA 3AVIA 2IGIA 1XC9A 1VRUA 4FJNA 1RT6A 4HUFA 1SL1A 2OPSA 4KV8A 4CHOA 2W42A 1RNHA 1IO2A 3RWUA 3F9KA 5HRRA 1ZYQA 4CGIA 2HB5A 1RT4A 4KAZA 1EP4A 4JS4A 1IKYA 1LW2A 3KLFA 4M3YA 3DRRA 1ASVA 3ITHA 2GV9A 1U48A 3AVFA 4M3XA 2YHAA 4C8OA 1D9FA 4J2DA 3KD1E 4CEBA 3SV4A 4E7KA 1UA1A 1NKBA 3QIPA 3IRXA 3NF7A 3NH2A 1CLQA 2OYQA 2DFHA 4DTRA 2RF2A 4NYFA 4Y1CA 1TL3A 5JS1A 4KTWA 1RT2A 3VQDA 4RW7A 3ZSWA 3FFIA 1KFDA 1A5VA 4FYDA 3L2QA 1BCMA 4KPYA 3DRSA 2X78A 3V9UA 1SUQA 1DTTA 1WSIA 1C1BA 4FZYA 4HCBA 5KRTA 1S1XA 4ZHRA 3TARA 3KLIA 2GBZA 2Z1HA 3VQQA 2Y1JA 4IKFA 3KK2A 5KGWA 3QEWA 1O1WA 3MEEA 1VSDA 1VSKA 2D0CA 1W9HA 3VQ4A 4E7HA 4E7LA 4DTPA 1L5UA 1K6YA 3RMBA 4K8ZA 2HVHA 4PUOA 4M41A 4E1NA 4IG3A 1WSEA 3PX6A 4CHPA 2EHGA 2HMIA 4E1MA 5E41A 1BI4A 4GVMA 3KKRA 4CGHA 3V9XA 2ATQA 1F21A 3P83D 3NF8A 3KTQA 1RDBA 4FJ8A 1BGXT 5FROA 3ZSVA 1QQCA 1GOAA 3MXIA 1LWFA 3ZSOA 1EETA 4QCLA 1YT3A 3AO5A 3LANA 4AHCA 3KLGA 3SQ4A 5HLFA 3HM9A 3ZSZA 2IC3A 4FLWA 1RDAA 3NFAA 4CJ3A 4RW4A 4BE1A 4W5NA 4NYNA 3THVA 4ELUA 4F2SA 1RTJA 3OYKA 3OJUA 3IAYA 5CYQA 2O4IA 3K2PA 3HJFA 4E3SA 4N41A 1ZBLA 4CCHA 3ZCMA 4OPKA 1ZBUA 5DK5A 4DQQA 4EZ6A 3K58A 4CERA 3TABA 2YKNA 4C8NA 4DU4A 4FM1A 3P5JA 3QEVA 3OYIA 4Q5VA 1VSHA 1ASWA 4LY7A 1JLFA 4F8RA 1RILA 2BE2A 2P51A 5KTQA 2IDOA 3SJJA 1KVAA 3NF6A 4I2PA 2RN2A 1S1TA 1NK8A 3AVBA 1ITGA 4OGEA 3V1RA 1N5YA 4B9UA 1VK0A 1NK9A 4PWDA 1WAJA 2Z1IA 3CQ8A 1FKPA 1HMVA 4RW6A 3CM5A 4FCYA 3O4NA 1SL0A 1EKEA 5KGXA 2YNIA 3B6OA 2D5RA 5K14A 3ZT0A 3AVHA 4R5PA 2P5OA 4CIFA 2G8FA 2ZD1A 4G1QA 3VQ8A 4EP5A 3SCXA 1QSSA 4AH9A 1T7PA 3NH1A 1NK7A 5HROA 2PZSA 1HPZA 3SPZA 1VSJA 5FRNA 3HP6A 3LPTA 3RTVA 4KHUA 1RBUA 2A1RA 4BDZA 1C1CA 1XWLA 3RMDA 4CEFA 2DFEA 4CJWA 3V1QA 1TKTA 5J2NA 3I0SA 4O4GA 1TGOA 4CJRA 4Z4GA 3LWMA 1QHTA 1HNIA 4CHYA 3OYMA 3QLHA 4L8RB 2OPPA 2FBYA 1LAVA 5CY4A 4CGDA 2OPQA 5CYMA 4CF9A 1NOZA 3AO2A 5C24A 3V81A 4AHUA 3AA5X 2ZQBA 3V1OA 4PA1A 1CZ9A 3V9WA 4FJLA 2IS3A 3QETA 5FRMA 4HHTA 2KZZA 4IBNA 1HRHA 1TV6A 4GW6A 4OKKA 3RRHA 5HP1A 3PY8A 2FBTA 4F4KA 2Q3SA 3WNGA 3TAFA 2FBVA 2G8WA 3NBPA 3HPOA 4I9QA 2IOCA 2FBXA 3QEXA 4FJHA 4CECA 1BISA 2KTQA 2BDPA 1KFSA 1U04A 4DS5A 5I42A 5EU7A 3OS2A 4M3RA 3AA3A 5HRPA 4BE0A 3KLEA 3CFRA 3NAEA 4CJPA 3OYDA 3LZJA 3L2VA 3AA4A 3VQ6A 1S9GA 5HBMA 4OKJA 3OVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AILC 4YOXA 4DQ8A 1KXPA 3O8MA 3L0QA 4DU3A 1IG8A 1QHAA 4B9SA 4MDAA 5C2DA 3FZFA 1WB9A 3WUHA 2P9SB 2NNWA 3VQAA 4WYBA 3H45C 2ZGZA 4IFYA 5BR9A 4DFMA 1NJZA 3OYJA 2P9LB 3R9PA 1NKEA 4C1NI 1VSEA 4CJ5A 3HOSA 4IOCL 4KHNA 2G8KA 3QO9A 1KRPA 2UUAK 3CIPA 1WAFA 1RT7A 4JKDA 3TAEA 3D45A 1Q9YA 3A2FA 3QFPA 1MDUB 4K8XA 4KFBA 3CCMN 2Q36A 1Y97A 2D1KA 4DR5K 3HYFA 3MAQA 1IV0A 1RCHA 2F4VK 3U9DA 4WF9L 4C8KA 2HVIA 4CGJA 4WQ5C 5BN8A 4DTOA 1TKXA 4WCEL 1XC3A 4AHVA 4BRLA 1T03A 2FSKA 3CYMA 2HHUA 5J2QA 3P31A 3I56N 3VQ9A 4CIEA 2Q2RA 3KVGA 3FZMA 4X64K 1VAZA 1L3SA 4CHQA 3K5MA 3HOTA 4LF6K 2NZTA 4O0IA 3CC4N 4OPAA 1UAXA 3C7NA 4CBXA 3L4QA 1S1WA 3O3FA 4BVPA 5CZ1A 3KWGA 4DR6K 2E2PA 1BI4B 4KHSA 4FW1A 4DSFA 3CI5A 4KHWA 3QESA 2E1YA 3AARA 4FWQA 1VHXA 2F8TA 1NJXA 3D0PA 4PL7A 3G4SN 4DSJA 4DSLA 4B1XB 3LDOA 1TK0A 3BUZB 4C8LA 2A1SA 4B1ZA 4KI4A 5AQMA 1VQMN 4N76A 4C8MA 1NJYA 4K0KK 3MMVA 3PX0A 2HHVA 1UWBA 4B9QA 3BZKA 1NK6A 3CPWM 4B9TA 2CGLA 3SK3A 4CJVA 4OLAA 1WSHA 5BPMA 2WC9A 1N33K 1YJ9N 4DF4A 3DLLL 4DS4A 2Q97A 4ILHA 2EX3A 4CJ4A 2VYPA 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4CJUA 3OYNA 3DOKA 3QBXA 1N8RO 4FOEA 3C6UA 3DLBA 4LSNA 3LPUA 4NB4A 2WTUA 1C0GA 1P90A 4JN4A 1RBSA 4MDBA 5D3GA 3A5MC 2YJEA 4CE9A 4O55A 4JKBA 1HQEA 4AM7A 4KREA 1Y64A 4DCHA 3M5RA 2HHXA 2OCEA 5E26A 4FJIA 2NUBA 1YTAA 2HBJA 1OH8A 1L3UA 2FSJA 3MEDA 1S6PA 3DLRA 2YHXA 4BRDA 4YOTA 4KKOA 4QS9A 1DLOA 3SQ0A 3O08A 3DLHA 3L4IA 5LJVA 1GLCG 3AAPA 2W42A 4CHOA 4CZGA 3RWUA 3F9KA 1ZYQA 2P9PB 4CGIA 1RT4A 1EP4A 4JS4A 3ITHA 2UXCK 4J2DA 3QIPA 3IRXA 3NF7A 3RSEB 5JVGL 4FPAA 2DFHA 4DTRA 4KHPK 5AQNA 4Y1CA 4KTWA 3VQDA 4RW7A 1U6ZA 4BQZA 1NGCA 5M1OA 1I94K 1BCMA 4LFBK 1DTTA 1WSIA 1Q86O 1MWKA 1YF5L 2Z1HA 3QEWA 4E0DA 4DTPA 1VSDA 1VSKA 1W9HA 2UXBK 4A2BA 3O9SA 4PUOA 4E1NA 1EWRA 2EHGA 2HMIA 1T6DA 4K43A 1F21A 3P83D 1BGXT 3J7AP 4B1WB 4YOWA 1GOAA 3LDPA 4BRAA 3AO5A 4IEEA 3SBTA 3KLGA 1NGJA 3EE8A 4FLWA 3NFAA 4RW4A 3C6AA 4W5NA 4ELUA 5EOYA 5CYQA 3K2PA 3PLAA 4JKGA 1QQMA 4CCHA 1GLDG 3ZCMA 4OPKA 1J5EK 1BWFO 4I6MB 4DR4K 4C8NA 3U8XA 1S22A 3P5JA 4LFAK 4JI8K 3UKUB 3OYIA 4F8RA 5C0YA 1RILA 2BE2A 2E8AA 3NF6A 4BC4A 1ITGA 4H0XB 1N5YA 5AFUH 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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