3ZT1A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt1A00
4ELVA 4R5PA 4HVJA 4JRQA 3TAQA 1U48A 4B3OA 1QSYA 2G8HA 4FJ5A 4I9LA 3ZT1A 4RW8A 1L3VA 3VQCA 3K5OA 4JRPA 4ZTJA 5E41A 4O0JA 4PY5A 4CEDA 2QK9A 1LAVA 5CYMA 1S9EA 2BDPA 4E0DA 4CEQA 3P1GA 3ZSOA 1RBUA 2IAJA 4NCAA 4IFVA 3TAFA 1RT4A 3JSMA 3ZSYA 4OKJA 2F96A 3NE6A 2XY7A 3DRRA 3LPTA 4CEOA 4W5OA 4FZZA 3ISNC 1C1BA 4AHRA 4KHUA 3C6TA 4LY7A 4M3YA 1RTJA 2HHVA 1VSKA 4K8ZA 1S1UA 2YNHA 1HNVA 1HJRA 1HNIA 2ZD1A 3IRXA 3OYJA 1RTIA 4AHUA 1TV6A 5CZ1A 5J1EA 1BCMA 2O4GA 3NGIA 2HHSA 1ZBUA 1GOAA 3M8RA 4E3SA 1S6PA 1ASWA 3RMDA 4E7HA 4M3XA 2DFEA 3ZSVA 4KI4A 3CM5A 3WNGA 3L2UA 3NF6A 4B8AB 4M3RA 3TARA 1QSSA 4CF9A 3SUPA 4O55A 2XY5A 3AO2A 1VSFA 3OYHA 4L8RB 4DTXA 4KRFA 1BL3A 3VA3A 3A2FA 5J2MA 3HP6A 4Z4EA 2X78A 2G8IA 3AO1A 3AVBA 3MECA 3B6PA 3KTQA 3OYNA 1TGOA 2HNDA 3EYZA 1QQCA 3C6UA 5HP1A 2KZMA 4CGDA 3V1RA 2GUIA 2HW3A 3LANA 2Q3SA 4DTRA 3AA3A 3HPGA 4KHQA 1DTTA 4OKKA 4RW6A 4CJPA 3OJSA 2YNIA 1RTDA 3ULDA 1TK5A 1HRHA 4ID5A 4LSLA 3PX0A 4JS4A 3SNNA 1NKEA 3F73A 1LWEA 1B9FA 2OA8A 3SPYA 4EZ9A 2HMIA 2O4IA 4GVMA 2VG7A 4ZHRA 4DLEA 4FW1A 1ZBHA 4LH4A 4CGFA 3L2WA 4DTNA 4PA1A 3PV8A 3QNOA 1KVCA 2G8WA 3KK2A 1VRTA 2PZSA 4KHYA 2OZMA 2DY4A 4FJNA 4FM1A 4FM2A 1LV5A 3LP0A 3QIOA 5I42A 3QINA 4F8RA 1J9AA 3SJJA 2GV9A 1D9DA 1NK4A 2P5GA 3L3UA 2IGIA 1NOZA 2Z1GA 3AVGA 5KTQA 3VQ7A 3K58A 3AA5X 5DMRA 5K14A 3DM2A 4BWMA 3PUFA 4CGHA 1REVA 4CIFA 5KGXA 3V9SA 3RMCA 1XI1A 2HVHA 1X9WA 3DLKA 1A5VA 3T3FA 1KLMA 4DFJA 2Z1HA 3AVAA 4NCGA 4CJ4A 2YKNA 3KLIA 1TK8A 3V9XA 2A1SA 1RT2A 4BDZA 3SQ2A 3K5LA 4EZ6A 2QKKA 2D0CA 3V1OA 4Z4GA 1L3UA 1G15A 3OYIA 1EXQA 4DQIA 3PO5A 4I2PA 2QXFA 3QO9A 2PYJA 3U6FA 3OYDA 4DSJA 2HHQA 2E6MA 3RTVA 5HRPA 4DSKA 3ZSZA 3CQ8A 4DTSA 4RW7A 3RMBA 4CF1A 4H4OA 4Q5VA 3VN5A 4BE1A 2NUBA 4ID1A 2XY6A 4I9QA 3VQ6A 3QETA 4FJKA 4F3TA 4CERA 2BE2A 4DSLA 1N6QA 1GOBA 3VQPA 4CJLA 3ZT4A 3QEPA 1TAQA 4FZYA 4GMJB 4PWDA 5SZTA 1XHXA 4FJHA 1T7PA 2Z1JA 2F8SA 3RWUA 2JGUA 1LAWA 4AH9A 4C8KA 2FBTA 4H4MA 1C1CA 3LP2A 5HRRA 3VQQA 3OYKA 4E7JA 4J2EA 1SKWA 2YV0X 3U3GA 4OPJA 2EHGA 3SUNA 3ITHA 1UA0A 1J54A 3EY1A 3PX4A 1T8EA 1JLQA 1HPZA 4K8XA 3ZCMA 3K2PA 3IS9A 3MEDA 1CZ9A 2YNFA 4YFUA 4CJTA 4CFDA 3LWLA 2BGGA 3CM6A 1VSDA 3AV9A 3LP1A 1BI4B 3NF7A 4NCBA 3S3OA 2KQ2A 1JL2A 1ZBFA 4JS5A 1NK7A 4OGCA 3RR7A 5FROA 1D5AA 1WAFA 5C25A 1RDDA 4HUGA 4KPYA 1ASUA 1GOCA 3F9KA 3DOLA 3E01A 2VG5A 4CECA 1QSLA 4M42A 1Z26A 2ZQBA 3RMAA 4CK2A 3IAYA 1KTQA 1KVBA 3DLGA 1TVRA 1WN7A 2QKBA 1HYSA 3OY9A 1BQMA 4E1NA 3OVNA 1XC9A 1VSLA 4O44A 1YTAA 1WLJA 1S1WA 3VQAA 3V9WA 3QEXA 1C0TA 2HHXA 4CGIA 4DMNA 4O0IA 3LWMA 1SKRA 3SUOA 4FJGA 4FJLA 4Q0BA 3HK2A 1JLAA 4EP5A 4CESA 3LAMA 1A5WA 3K57A 1EP4A 3TWHA 1RT7A 1VSEA 3FFIA 3OS1A 4DQSA 4B9NA 3DYAA 3JYTA 4FK0A 4I2QA 4W5QA 1C0UA 1VSHA 2FBVA 3TAPA 3ZSQA 1A5XA 4KFBA 1JKHA 4W5RA 3MXMA 1CXQA 4FK2A 1IG9A 3C94A 3VQDA 4B9MA 4I7FA 1WNSA 3SQ0A 2G8KA 4J2DA 1SKSA 3HSTB 1RDAA 3ALYA 3KD1E 4N41A 2VWJA 4CCHA 1IH7A 3NHGA 1Q9XA 1ZBLA 1RILA 4B9TA 3LZIA 3DRPA 3OYGA 1NK9A 4AHSA 1YTUA 1X9SA 2A1RA 3AO3A 2W42A 3OYCA 5J2PA 3S3NA 1FKOA 2OPQA 4Z4HA 3KK3A 4CEFA 3QESA 1ZYQA 3D45A 2D5RA 3HM9A 1X1PA 1KLNA 4Z4FA 3AVLA 1LW2A 1Z25A 4OVLA 4Y1CA 4H8KA 4N47A 1EETA 4C8MA 3HPOA 3RR8A 3NCIA 4CHZA 1YT3A 1XHZA 3NGZA 2Y1JA 1ASVA 3NFAA 4E1MA 1BQNA 2Y1IA 4CK3A 4LH5A 4DTOA 2XO7A 3DLEA 1T03A 2DFFA 1I39A 1FK9A 2HB5A 2ZE2A 3OYAA 1TK0A 4J2AA 3LP3A 2IC3A 2YKMA 5KI6A 1VSIA 3OYLA 2FBXA 2DFHA 4DU4A 4KKOA 4CIGA 1WAJA 3KD5E 5FRNA 2OPSA 1Y97A 2DTUA 1NJYA 4KTQA 4B9SA 4M45A 3NF8A 3K5MA 2KTQA 1RDBA 3DOKA 1B92A 2PY5A 4CJVA 4E7LA 1U47A 5EU7A 4CHYA 1BI4A 3VQ9A 3SYZA 3NDKA 4CHOA 3VQEA 1UAXA 3TR8A 1RNHA 1JLBA 4DU3A 1WSGA 2VWKA 4E7KA 2X6SA 4DFPA 4B9VA 4DTUA 1HMVA 1IKXA 2R7YA 4FLUA 4DSEA 1BIUA 1VSMA 1HQUA 4CEZA 1WSFA 4FLWA 1L5UA 1XWLA 3VQ8A 3QERA 2HHTA 3MXJA 1T05A 1U45A 4CJKA 3SI6A 3TAMA 2VG6A 1JL1A 3TANA 1QTMA 4KTWA 2E6LA 4N76A 3KLFA 4DSFA 4FJIA 3TI0A 4W5TA 3D0PA 4F2SA 1QHTA 1B9DA 1W0HA 3AVJA 4AILC 1QS4A 1JXEA 4O4GA 5SWMA 1C0MA 4DFMA 3QEIA 1U49A 4G1QA 2X74A 4CHQA 5J2QA 2E4LA 2HHUA 1O1WA 3O4NA 1J5OA 2P51A 3LZJA 4DFKA 4N5SA 3HVTA 1JLGA 4XIUA 3ZSXA 5KRTA 3OJUA 3NAEA 2G8UA 2ETJA 1ZBIA 3L8BA 4KAZA 4RW9A 2BANA 1JLEA 1SUQA 3SV3A 3AA2A 3AVHA 4M41A 1CZBA 3KLHA 4OPKA 1YVUA 1TKZA 3G10A 2OZSA 4O5BA 4MFBA 3WNHA 4CFAA 2HNYA 4FLTA 4HCCA 3VQ4A 1QE1A 3ZT2A 2OYQA 4IG0A 3M8QA 4LD0A 3OYFA 3C95A 2FBYA 4KTZA 3HYFA 4YNQA 3OYEA 3AVIA 5HRNA 2G8FA 1NOYA 4CIEA 1KRPA 4JLHA 4FLXA 3V4IA 2RKIA 4CF8A 3M8SA 1IKWA 3L2VA 3PX6A 2IOCA 3KKRA 4CGGA 4F3OA 4KB0A 4DWIA 5KGWA 5JS1A 1S1TA 1RBVA 4FJJA 4KHNA 3IG1A 4KHSA 4B08A 4FYDA 4IBNA 1KFSA 4DLGA 4OGEA 5T7BA 4B9LA 4CF0A 1NJZA 2RF2A 2YHAA 3DMJA 4CJ5A 3PY8A 3KLGA 5CY4A 1DLOA 2JLEA 1NK6A 2KW4A 4CFCA 4C8NA 4ELTA 4DSIA 4OLBA 1UA1A 4B8CA 4TSXA 4CJUA 1NK0A 1VRUA 5D3GA 3ZSRA 4FK4A 5HRSA 4CJQA 4ZTFA 1HYZA 4BWJA 4F2RA 3HJFA 4HHTA 3CFPA 5FRMA 2KFNA 1MU2A 3P83D 4M3TA 2EX3A 4FXDA 1R0AA 3HT3A 5CYQA 5JS2A 1FKPA 2LSNA 4F4KA 2ATQA 3B6OA 3QEWA 1K6YA 3AVCA 3L2RA 3SPZA 1NKCA 4OLAA 4FJXA 4KB1A 4RG8A 2OPPA 4CJFA 2HVIA 1DTQA 3NBPA 3I0RA 3DLRA 5HBMA 1W9HA 2FC0A 1VK0A 4BE2A 4FLZA 4DTJA 1CLQA 3P5JA 3T1AA 4FJMA 4QOZB 5CZ2A 4HUEA 3CG7A 3DLHA 5J2NA 4UQGA 4FLVA 3SQ4A 1U4BA 1BCOA 3MAQA 4DQRA 3K5NA 2RPIA 4E7IA 3THVA 4OJRA 1LWFA 2GBZA 2B5JA 2WOMA 3NGYA 1KFDA 4MQ3A 1BGXT 2IS3A 4CHPA 4FW2A 3ZSWA 3V9UA 1ITGA 1C1AA 1CXUA 3ASMA 3ZT0A 3S3MA 1L3TA 4B9UA 1JLCA 3OYMA 1FXXA 4ICLA 3WNFA 1L3SA 1HYVA 3BGRA 3O3GA 3LDSA 2ITGA 1JLFA 3AVKA 3HL8A 1S1XA 3AVNA 1EX4A 2HNZA 3LAKA 1UWBA 1Q8IA 3KJVA 3K59A 3CFRA 3V9ZA 1RTHA 4GW6A 3CYMA 2KZZA 3DLBA 4DQPA 1EKEA 1NJXA 1U04A 2Z1IA 1RBTA 4C8LA 1I3AA 1SL0A 1D8YA 3AVMA 3KLEA 4NYNA 2YNGA 3MEGA 3SQ1A 3MXIA 3RRHA 3TAGA 1F21A 4DTPA 1C6VA 3HPHA 1KVAA 3WNEA 4QAGA 3QLHA 4DF4A 3RRGA 5I3UA 4CF2A 1J53A 4FCYA 4CK1A 1IKYA 3OYBA 3HXMA 4BE0A 2HHWA 5HROA 3I8DA 1RT3A 3L2QA 3QNNA 5C42A 4IDKA 4CJRA 3OS2A 4DQQA 3U3YA 5DK5A 1RT6A 3HVRA 5KRSA 2D0AA 3SZ2A 4M3ZA 1BIZA 4CJWA 3H08A 4NYFA 4AHTA 4CJ3A 1NK5A 3AO4A 1RT5A 4PUOA 4PQUA 2PYLA 3CFOA 4CEEA 1Q9YA 1WSIA 3AA4A 3V1QA 4CE9A 3L3VA 4BDYA 4DF8A 5FDLA 4AHCA 3PO4A 1KCFA 2YHBA 3KIOA 1IO2A 4E19A 4HTUA 3TABA 2D0BA 4AHVA 1S6QA 2I5JA 3NH0A 5C24A 4J2BA 3LALA 1WSEA 3BDPA 2XY8A 1TKXA 2F8TA 1UOCA 4WE1A 4BACA 4FJ7A 1RDCA 4OKEA 3O4QA 2X6NA 1RT1A 3MEEA 1VSJA 4N56A 3SV4A 1SL1A 4KI6A 1TL1A 3KK1A 1RBRA 4LSNA 4W5NA 3VQ5A 4FLYA 4IG3A 2OPRA 1RCHA 4FVMA 4FJ9A 4Z0UA 3NH1A 3O3FA 3TAEA 1S1VA 4Y1DA 4KO0A 3NH2A 5HLFA 3HP9A 4CJSA 2G8VA 3UIQA 2IDOA 3M8PA 3VQBA 4IKFA 4M3WA 4ELUA 3VA0A 3QIPA 3G0ZA 3SCXA 3AVFA 3OS0A 3EZ5A 1TAUA 4CHNA 1TKTA 1RBSA 2RN2A 2XHBA 4HCBA 1BHLA 4FJ8A 1TKDA 4QCLA 2P1JA 3NF9A 4DTMA 1JXBA 3S9HA 1NJWA 1SL2A 2P5OA 2AJQA 4DS5A 4M3UA 1S9GA 2XRIA 1NKBA 4CJEA 4E89A 1X9MA 4FM0A 1KSPA 1N5YA 4BDPA 2B4JA 4FZXC 3DI6A 4C8OA 4DG1A 4DU1A 3SUQA 1HQEA 3DRSA 4Z4CA 4EP4A 4DS4A 3KKSA 4CEAA 4KREA 1BISA 2KFZA 3HO1A 3O3HA 3LPUA 1D9FA 3V6DA 1S5JA 2B6AA 3ZT3A 4KHWA 4Z4IA 3T19A 3I0SA 4CEBA 1NK8A 1TL3A 1SV5A 1IKVA 4KV8A 4CFBA 4IFYA 4CGJA 4HUFA 3V81A 1LW0A 3AO5A 1WSJA 4RW4A 2WONA 1WSHA 3QEVA 1LWCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HVJA 4JRQA 5AQIA 1YF5L 4FJ5A 3ZT1A 4RW8A 3HI0A 3JXUA 4ZTJA 4DR2K 5E41A 4O0JA 5BPMA 2KKZA 2QK9A 4YOTA 4PY5A 4H5WA 2BDPA 4CEQA 3P1GA 2IAJA 2FF6A 3TAFA 5I9EB 4DV2K 5KPTA 3G4SN 2F96A 3MWTA 1KXPA 3CC2N 3LPTA 4CEOA 4W5OA 4AHRA 4LY7A 1T3VA 1RTJA 2HBKA 2QWPA 3HTVA 2KHOA 3TSUA 4B1UB 1VSKA 2HHVA 1BUPA 1HNIA 2YNHA 3VGKA 1RTIA 1TV6A 3KHYA 4O8UA 1ASWA 5M1KA 3WQTA 1J6ZA 4U67L 1QSSA 4CF9A 2XY5A 3FR0A 5C15A 4LF4K 4JI8K 5J2MA 3HP6A 2X78A 4O8KA 3MECA 4FPAA 4OX9K 5HP1A 3V1RA 4IO8A 2YJFA 3HPGA 4JD2A 1H1VA 4JK8A 1RTDA 1TK5A 1NGIA 3ID6A 5ADXH 4X62K 4LSLA 3PX0A 1NKEA 3F73A 1LWEA 2HMIA 2J4RA 4K25A 4DLEA 1NMNA 4LH4A 4DTNA 3WQUA 1KVCA 3KK2A 1VRTA 3THXB 3F5TA 1LV5A 2O8FA 5I42A 4KHPK 3SJJA 5LMNK 1V4SA 1NK4A 1VQNN 3L3UA 2Z1GA 3VQ7A 5DMRA 3IAYA 3DM2A 3KZBA 2P9UA 5AQKA 1IBMK 3HOTA 3DLKA 4DFJA 4BG8A 4BRGA 2YKNA 4BRDA 3O9QA 4PHTX 2QKKA 3R8EA 2GELA 5AQNA 3OYIA 3CCLN 4I2PA 5GAEP 3MCAB 2PYJA 1BA1A 3RTVA 2Q1NA 3CQ8A 3EL2A 4DTSA 3FZKA 4AF1A 4ID1A 3QETA 1N6QA 4CD3A 1GOBA 3VF4A 1JCEA 1TAQA 4PWDA 3ATVA 4KH4A 4FJHA 4DV3K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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