3ZT3A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt3A00
2RN2A 3NF8A 4B08A 3OYHA 1SL1A 3HVRA 3HO1A 1QSLA 1KLMA 1X1PA 1I39A 5FROA 5JS2A 4B8CA 4FJ7A 4UQGA 4W5TA 2PYLA 4EZ9A 1RCHA 1BGXT 5C42A 3WNGA 4HUFA 3AVBA 2ZQBA 3C6TA 1LW0A 3V9XA 3M8SA 3TAPA 4CK1A 2YKMA 4FW1A 3ZT4A 3K5MA 3G0ZA 3NH1A 1NJXA 1B9FA 4CJPA 3M8RA 3S3OA 2HVHA 4GMJB 3TABA 2JLEA 3NFAA 4KO0A 4CF9A 3V9ZA 5HRNA 2KFNA 3JYTA 4ZTJA 4OKKA 1IKYA 4CF1A 3OYKA 3SPYA 3SQ0A 3HP9A 3L2WA 1O1WA 4R5PA 3VA3A 3TAEA 2D5RA 1U45A 1SL2A 1KCFA 4IBNA 4CIGA 3V9WA 1NOZA 4E7HA 4OKJA 2EX3A 1BCOA 2YNHA 4O4GA 2HHWA 2OPSA 4DTNA 1CZ9A 4FLYA 4FJJA 2KFZA 5J2MA 3NHGA 4DQRA 3KD5E 4N56A 3OY9A 1WN7A 1RTIA 1TL1A 3L8BA 4AHTA 1SKWA 2KZMA 1MU2A 2B6AA 4CEQA 4CJSA 1J5OA 4FZXC 4M45A 4B9SA 3ZSZA 2GV9A 4BE1A 2XRIA 3OYEA 1HRHA 3VQCA 3PX6A 2F8SA 1EP4A 4ELTA 5DK5A 3PX4A 5C25A 1KRPA 4E19A 4Z4IA 1WNSA 1KVCA 1TV6A 3V4IA 1L3UA 3RWUA 3BGRA 1VSIA 1KSPA 3SQ2A 4CEAA 2BGGA 1RT5A 1X9MA 2X6SA 3OVNA 3HM9A 2HHTA 2YHAA 2JGUA 5KGXA 5KI6A 4CCHA 4RW7A 4FXDA 4CGDA 4O5BA 4DF8A 4AH9A 2E6MA 4CFCA 3NE6A 2DTUA 1QE1A 3VQDA 2BE2A 1J54A 3ALYA 2RPIA 1XHXA 3WNHA 3AVFA 4DLGA 2WOMA 5KRSA 4BWJA 4DU3A 4FLWA 3DLHA 5FRNA 3AA3A 3KLEA 3TWHA 3S9HA 4M3UA 3ZSVA 3VQ8A 4IFVA 4RW6A 2G8HA 4B9TA 4K8XA 1B9DA 1T7PA 4FZYA 1U48A 1JKHA 3P1GA 1SKSA 1QS4A 1GOCA 3QO9A 3LP2A 4DFPA 2G8WA 1IKWA 3TAMA 3SNNA 1U47A 1HNVA 4KTWA 2KW4A 3S3MA 4FZZA 4B9MA 4C8OA 4DSIA 1RDBA 5HROA 3UIQA 4F3TA 5C24A 5HRSA 2X6NA 1EKEA 3AA4A 5CYQA 3KLHA 3U6FA 3RR7A 4C8NA 3ZSRA 4F2SA 4HUEA 4DQIA 4TSXA 1CXUA 3V81A 3TARA 4FK0A 3OYFA 1D8YA 4H4OA 4DWIA 4NCAA 3RRGA 4Z4GA 2HVIA 2G8FA 3DRPA 3E01A 4H8KA 3VQPA 4DTSA 4CIFA 1EXQA 1HQUA 4O44A 4CGFA 3SPZA 3VQQA 3O3HA 2HHVA 1HNIA 4EP4A 4CHQA 4FLZA 4CJQA 3NAEA 3LAKA 4RW4A 3C95A 3HXMA 4HCCA 1VSMA 4HHTA 1ASUA 1JL1A 2B5JA 1WSEA 3K5LA 4CHOA 1JXBA 4F4KA 3THVA 1JL2A 3LALA 4I9LA 4CJ3A 1UA0A 1FKPA 4KREA 2YNGA 3AVNA 5KGWA 3AO3A 5I42A 3OS2A 2O4IA 1B92A 3O3GA 2O4GA 4DTUA 2XY8A 3LPTA 4CJWA 3KLFA 3QNNA 2OZSA 4OGCA 1TAQA 4I9QA 3P83D 2HNZA 4W5NA 4E7IA 1TKDA 4CGJA 3ZT3A 1J53A 4OPJA 1WSJA 3AVAA 3KIOA 3RR8A 4J2EA 2XY5A 4IKFA 4ELUA 4CHZA 1J9AA 4GW6A 3D0PA 1NKEA 1T03A 1T05A 2XY6A 3V9SA 4PA1A 3VQBA 4PY5A 3L3VA 5EU7A 2FBYA 2NUBA 1S1XA 1L3TA 1KFSA 3K5NA 1NK7A 3MXIA 4JRPA 4DG1A 3IS9A 4DTJA 1IO2A 4FLXA 3IRXA 1UOCA 4CJEA 4ID5A 2OA8A 3ZSOA 5KTQA 3MECA 2G8VA 1QSSA 4DTMA 1Z26A 3T1AA 4FM2A 3IG1A 3NGZA 3P5JA 3NBPA 3QEXA 1D5AA 1UA1A 4E3SA 3B6PA 3MXJA 4O0JA 1TKZA 1C6VA 3KKRA 4CFBA 4FM1A 4DFKA 4DQSA 2OPRA 3HP6A 1TL3A 3OS0A 1TK5A 1RT1A 4DSJA 2Y1IA 4CHNA 2VWJA 2QKKA 4FW2A 4AILC 2FBXA 3NF6A 3VQEA 3OYLA 1BL3A 1NK6A 4KRFA 4Z0UA 3LWLA 4DFJA 3S3NA 3LP3A 1YTUA 3LANA 2YKNA 2E4LA 3C94A 4AHRA 2Y1JA 1L5UA 1CLQA 2IGIA 3I0RA 3T19A 4N41A 1RILA 3KTQA 4B9LA 3AVLA 3VQ9A 1S9EA 3DOKA 3CQ8A 2XHBA 3DLKA 4C8KA 3IAYA 1D9FA 4J2AA 2OYQA 3DOLA 3SUOA 1FK9A 1SL0A 4CEOA 3AO2A 2OPQA 5I3UA 4CESA 3NDKA 2D0CA 4LY7A 3SUQA 4DQQA 1RT3A 3HVTA 1YVUA 2G8KA 3AVJA 4CHPA 4F2RA 2Z1GA 1RDAA 1K6YA 3V1QA 3V9UA 1LV5A 4KAZA 4KI6A 4HVJA 1CZBA 1WLJA 1NJZA 3M8QA 4FJ8A 3L2RA 2PZSA 5E41A 2WONA 2QKBA 4HUGA 4FJMA 3HPHA 3K58A 4Y1DA 1NKCA 1W0HA 2YNFA 2DY4A 5HP1A 3K2PA 1QHTA 1EETA 1FXXA 3NH0A 3SQ1A 3NGYA 3V1RA 4QOZB 3LAMA 4C8LA 1VSFA 3OS1A 3L2QA 2R7YA 4QCLA 1RT7A 4ID1A 2IDOA 3KKSA 4CFAA 1Y97A 4CJRA 3ASMA 1Z25A 3OYIA 2X78A 1LW2A 1HYSA 1Q9YA 5JS1A 3NCIA 4FVMA 1NOYA 1S1VA 3TANA 2RKIA 2B4JA 3SV3A 1RBUA 3CFOA 1RT6A 1S1TA 1RDCA 1N6QA 3PO5A 1YT3A 4E7KA 1NJWA 3AV9A 4IDKA 4B9UA 4K8ZA 4F3OA 4KHWA 3RRHA 1IKVA 4CGGA 1HYVA 1C0MA 3ITHA 3I8DA 4FK2A 4Z4FA 4O0IA 4ZHRA 4DU1A 2VWKA 1X9WA 1BIUA 4O55A 3PY8A 1XWLA 1RTJA 3CM6A 3QIOA 3TAGA 4LD0A 2YHBA 3DLBA 5FRMA 1IKXA 1R0AA 3O4NA 1S9GA 3DI6A 2IOCA 1ASWA 4CGHA 4DTXA 3MEDA 4L8RB 1ASVA 1HJRA 1I3AA 5HRRA 3AVIA 3LPUA 4CEZA 3TR8A 1HPZA 3QNOA 1KLNA 2ZD1A 1S6PA 4JS4A 3B6OA 2A1RA 4C8MA 1JXEA 2F96A 4CECA 1YTAA 4H4MA 3K59A 4I2QA 5CYMA 4RG8A 3VA0A 3HK2A 1BI4A 4NCGA 1VSHA 3LZIA 4JS5A 1TAUA 3I0SA 1IH7A 1WSFA 4FCYA 3FFIA 1HMVA 3DLGA 4M3YA 1VSJA 3QETA 1ITGA 1BISA 4ELVA 2FC0A 3LDSA 4KI4A 3PV8A 5J2PA 1VSLA 2OZMA 4I7FA 1JLFA 3OYGA 3KK1A 1ZBUA 2ETJA 1VRTA 1L3SA 4Z4CA 3VQAA 4M3RA 1L3VA 4KHYA 4KFBA 1S6QA 1BCMA 4Q5VA 4KTZA 4LH4A 3HT3A 3T3FA 3JSMA 4IG3A 4M3XA 5J1EA 4Y1CA 2RF2A 1LAWA 4CJ4A 3F73A 3OJUA 3SQ4A 4N76A 3QEPA 4B3OA 4N47A 4CJKA 4FK4A 4YNQA 3PUFA 2HNYA 2IC3A 4DSEA 4KTQA 1QQCA 3NF7A 3NH2A 4E1NA 4FYDA 5HLFA 1U49A 2QXFA 1TKTA 3AO1A 3HL8A 4OJRA 1X9SA 1W9HA 2VG6A 4YFUA 4BDYA 2ITGA 1C0TA 4PUOA 3K57A 3RMBA 2EHGA 4DTPA 1SKRA 1JLGA 3CM5A 1T8EA 4OPKA 4DTRA 3QINA 4B9NA 2AJQA 1S1WA 4Q0BA 1TK8A 1NK4A 4DSKA 3L3UA 2E6LA 4CJFA 4F8RA 3H08A 4KB1A 2P5OA 4CERA 4M3TA 1Q8IA 3VQ6A 4CF8A 4FJGA 2HNDA 2VG7A 3C6UA 3DYAA 3QIPA 4OVLA 3SI6A 2D0AA 1RT2A 1F21A 3DMJA 4CEBA 1C1AA 3O3FA 1RT4A 4KHNA 2D0BA 1G15A 3CYMA 4JLHA 4E1MA 1UAXA 3ZT2A 4CF2A 3CFPA 4M3ZA 4BACA 2P5GA 4CJTA 2Z1IA 4GVMA 3VQ5A 4DS4A 1D9DA 1WAJA 1TK0A 5HRPA 4KPYA 1A5VA 5K14A 2I5JA 4CK2A 4NCBA 4OLAA 4CJUA 2YV0X 3ULDA 4ICLA 1BQNA 1NK5A 1IG9A 4CEDA 3DM2A 3HJFA 1TVRA 4OKEA 4KHSA 1VSDA 4FJNA 3DRSA 5SWMA 3VQ4A 3ZCMA 3SUPA 4FM0A 3RTVA 3G10A 1XHZA 4FJKA 3K5OA 2P1JA 1SUQA 1RBVA 1HQEA 2HHXA 3RMAA 1LWFA 1Q9XA 4HCBA 4QAGA 2HHSA 3QERA 1CXQA 2GUIA 1WSGA 1NKBA 2KZZA 1LAVA 5CZ2A 3V6DA 3SYZA 3KD1E 1GOAA 4AHUA 1DTTA 2DFEA 4CGIA 2HW3A 1LWCA 2VG5A 1BQMA 1BI4B 3A2FA 4N5SA 4DQPA 3OYCA 3WNEA 3ZSYA 1JLAA 2X74A 4CK3A 5KRTA 1JLEA 4CIEA 1S1UA 3EYZA 3VN5A 1WSHA 1QTMA 2DFFA 3AA2A 3ZT0A 1JLQA 1N5YA 1DTQA 4LSLA 3SZ2A 1RDDA 4LSNA 4DTOA 4BDPA 4OGEA 3ZT1A 1RNHA 1U04A 3QEWA 3QLHA 4E89A 2HMIA 3OYBA 4B9VA 3AVGA 1RBSA 3AO5A 3DRRA 3OYJA 1KTQA 2KTQA 3PX0A 2P51A 4FJHA 4FJLA 4I2PA 3LZJA 1KFDA 4DSFA 4M42A 3L2VA 3KLGA 1ZBLA 2W42A 1TGOA 4DFMA 4CJVA 4AHCA 1C0UA 1RTHA 3AVKA 1KVBA 3OJSA 4KHUA 3LP1A 3AA5X 4BDZA 3KLIA 4DS5A 3ISNC 1NK0A 3PO4A 3HPOA 4CFDA 2HHUA 1A5WA 3V1OA 2G8UA 1KVAA 2Z1HA 1C1CA 2A1SA 2FBVA 3L2UA 1A5XA 1ZBHA 2BANA 4W5RA 4W5QA 4W5OA 2PYJA 4J2DA 4CEFA 4OLBA 2Z1JA 4Z4EA 3CFRA 3NF9A 4FJ5A 3SV4A 4NYFA 3RMDA 2LSNA 3ZSQA 4E7LA 1GOBA 4IG0A 4NYNA 4BE0A 3BDPA 2HHQA 3AVCA 1NK8A 4AHSA 2IAJA 2F8TA 3D45A 4MFBA 5D3GA 3U3YA 3QEVA 5J2QA 1FKOA 1RBRA 3TAQA 3MXMA 3LP0A 4DSLA 2ZE2A 3F9KA 4ZTFA 4DU4A 5CY4A 2QK9A 4Z4HA 4MQ3A 1WAFA 3MEEA 2G8IA 1TKXA 4WE1A 3SCXA 4G1QA 1DLOA 5FDLA 4HTUA 2FBTA 2IS3A 3OYDA 3LWMA 2XY7A 1RTDA 1VSEA 3KJVA 4FJ9A 1S5JA 2HB5A 1JLCA 3AVMA 3KK3A 3ZSWA 3EY1A 3TAFA 4DMNA 1QSYA 3RMCA 1ZBFA 4KV8A 4BWMA 3OYAA 5T7BA 4CE9A 3MEGA 3NGIA 3O4QA 5DMRA 4E7JA 3SUNA 4CEEA 4FJXA 2KQ2A 3HSTB 1UWBA 1WSIA 4FLVA 4KKOA 2OPPA 3OYMA 4M41A 3EZ5A 4PQUA 3QESA 1BHLA 3VQ7A 4RW9A 1HYZA 3SJJA 1VK0A 2BDPA 3TI0A 4M3WA 2Q3SA 5CZ1A 4FLTA 3DLRA 4KHQA 4PWDA 2DFHA 4XIUA 1XI1A 1NJYA 3HYFA 4EZ6A 1C1BA 1JLBA 3M8PA 1VRUA 4DLEA 5HBMA 4AHVA 2XO7A 2YNIA 4RW8A 2PY5A 4J2BA 1BIZA 5J2NA 1RBTA 3ZSXA 4JRQA 4BE2A 3DLEA 3MAQA 4DF4A 1XC9A 3AO4A 4FLUA 1U4BA 4LH5A 4E0DA 3CG7A 3OYNA 1ZBIA 5SZTA 4CJ5A 4CF0A 3AVHA 2ATQA 4IFYA 4CJLA 4KB0A 4CHYA 2GBZA 3WNFA 3QEIA 4B8AB 1ZYQA 1EX4A 3KK2A 1LWEA 3HPGA 1SV5A 3U3GA 4FJIA 1NK9A 4EP5A 1REVA 1VSKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BF1A 1QQMA 4FWSA 3ZX3A 1X1PA 3TSQA 4UQGA 4HUFA 1N34K 2ZQBA 4C1NK 4H0YB 2UUBK 4CK1A 4FW1A 3NH1A 3S3OA 2HVHA 4GMJB 4KO0A 4B1ZA 3HP9A 3TAEA 3U8XA 3B8AX 4IBNA 1NOZA 4DTNA 4FLYA 4FJJA 1MA9B 1SKWA 1TL1A 4AHTA 4CJSA 3O9TA 2GV9A 1EP4A 5DK5A 3PX4A 3THWB 1X3NA 4E19A 2QI2A 1KVCA 3CJ9A 3IUCA 1NGFA 1GLFO 1KSPA 3SQ2A 1X9MA 3HM9A 3OVNA 2JGUA 2P9KA 4FXDA 3VGKA 4DF8A 3Q7BA 4KH5A 4JN4A 1W97L 4O5FA 1NMNA 5CR4A 4CFCA 3NE6A 1QE1A 1K9MO 5KPZA 4RWTA 4IOXA 4MDBA 2RPIA 3AVFA 4BRAA 4DLGA 3RSEA 3AA3A 4FL9A 4LFBK 3KLEA 3S9HA 3ZSVA 2ZM6K 4JKDA 4IFVA 4RW6A 1QZ5A 1B9DA 4FSVA 1SKSA 1QS4A 3DAWA 5AQIA 3H6EA 3QO9A 3A8YA 2FLOA 3KWIA 4XH5A 1NWKA 1IKWA 3SNNA 1U47A 1HNVA 4CBUA 3S3MA 4B9MA 4DSIA 5HROA 5EVZA 5HRSA 2X6NA 3VEWA 4CZHA 4BVPA 3KLHA 3U6FA 1BDGA 2O8EB 4PKHA 4HUEA 3BY5A 3V81A 3OYFA 4NCAA 1QHAA 4FWOA 3E01A 2UYTA 2HHVA 1HNIA 2ASPA 4RW4A 3HXMA 1HKBA 1VQ5N 1ASUA 3K5LA 4CHOA 1JL2A 3GOIA 2YNGA 5KGWA 3AO3A 1JCFA 4CZLA 3O3GA 1IBKK 3LPTA 3ZLJA 4I9QA 1TKDA 4H0PA 1J53A 3N4PA 4K25A 2A42A 2QWOA 5LL6Z 5AQOA 5BREA 5LMNK 1ATRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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