3ZT4A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt4A00
4OJRA 1NJXA 1IH7A 2G8FA 2O4GA 3AVHA 1RT6A 1BCOA 1WSEA 3AVFA 1C0UA 4W5QA 3OY9A 3L2WA 4FM2A 1QSYA 1L3SA 4B9UA 4L8RB 4FJ8A 1YTAA 1NK4A 2RKIA 2WONA 3CM6A 1J54A 4CJVA 2YNHA 4CFDA 1L3VA 4KHUA 3D45A 1CZ9A 3MEDA 3OYEA 3SUPA 4DU4A 5KGXA 4KHYA 4OLAA 4RW9A 4B9NA 4J2DA 4E0DA 4OKJA 2FBTA 4KTZA 1VSJA 3U3YA 4Z4FA 1RBVA 4QAGA 3SZ2A 4ID5A 2JGUA 3AVIA 1LAWA 1BCMA 3H08A 3M8SA 4N5SA 4ZHRA 4CIFA 3AO2A 1JL2A 4ZTFA 1QE1A 3NF8A 2X6NA 2YHBA 2G8WA 2D5RA 1LWEA 3K5MA 3VQDA 4DU3A 4Z4GA 3RRHA 3LP3A 4LH4A 3AVBA 4CJQA 5KRTA 3LP1A 4GVMA 4HVJA 4CEDA 3M8RA 5HRSA 1SL0A 4E7LA 4FW1A 4OLBA 1NOYA 4CGJA 4EP4A 3K5OA 5J2MA 5CYMA 1RTIA 4Y1DA 1TKXA 3MECA 4ID1A 5JS2A 1IKXA 4E7JA 2DY4A 2X78A 3PX6A 4DS4A 4F8RA 3QIPA 1JXEA 4JS4A 4BDYA 3OS1A 2KQ2A 2OPPA 4XIUA 3EY1A 4DS5A 3NF7A 4OVLA 4DFMA 2DTUA 1FKOA 1REVA 2ITGA 3VQQA 2GV9A 3LDSA 5I42A 2YNFA 2B4JA 3ALYA 3SUQA 3DRSA 3S3NA 4M3XA 1VSDA 2A1RA 3T19A 1NK8A 2BE2A 4CIGA 2AJQA 3DM2A 1GOAA 3V1QA 5DMRA 4ELTA 4CGDA 1BL3A 2A1SA 5J2PA 2HHXA 3QNNA 4QCLA 1HRHA 3B6OA 4KV8A 3RMAA 4J2AA 3KKSA 4DU1A 3VA3A 3OYKA 3QEVA 4DMNA 1XHZA 1SL2A 1IG9A 1HNIA 3C95A 1B9DA 1JLQA 4J2EA 1ZBFA 4CGIA 5J2QA 2G8UA 4NCGA 1BQMA 3DRPA 4Z4IA 4CJSA 4DTOA 1WSHA 4FLUA 3LPUA 1WAFA 3CFPA 3SQ1A 2D0AA 4ZTJA 1KCFA 4PQUA 3E01A 3G10A 4CJUA 4DTJA 2YHAA 4CJ3A 4Q0BA 2FC0A 3KLIA 4O4GA 3V9XA 5C24A 4FLXA 3VQ9A 3VQ7A 1RBUA 3ZSVA 4IG3A 4B9TA 2R7YA 3P5JA 4KAZA 1ASWA 1JLCA 2RF2A 4W5TA 2G8VA 3SQ2A 1ZBUA 1HYSA 3AO4A 2NUBA 4OPKA 4JRPA 2HB5A 3L8BA 5D3GA 1J5OA 3NFAA 4KI4A 2VG5A 4BWMA 3WNHA 1EETA 4LSLA 3VQ4A 1S9GA 4CHPA 3SV3A 4E7KA 4E3SA 3MAQA 2GBZA 3ZSXA 4KTWA 5FDLA 4M41A 3OJUA 3KJVA 3SJJA 1T03A 1N5YA 4HTUA 1L5UA 4M3ZA 3TAGA 4HHTA 1X9SA 5HLFA 2IS3A 1LW0A 1SL1A 1S1WA 1JKHA 4KHWA 3AVJA 4M3UA 1VSEA 2I5JA 3NH1A 4CEAA 3HXMA 1ZYQA 2D0CA 4CHQA 1HQUA 5FROA 1Z25A 1KVAA 4G1QA 3HPOA 2FBXA 1KFSA 4AILC 1JLAA 1DTQA 1MU2A 1O1WA 2F96A 3KLGA 2OZMA 1C0MA 1KVBA 4DSKA 1I39A 1EKEA 3DOLA 1IKYA 1U4BA 4FLVA 4M3YA 3JYTA 5C25A 4CIEA 3ZSQA 2PZSA 4I9QA 4FLTA 1BIZA 3RMCA 4N76A 4DQIA 2P5GA 3TAMA 3TABA 3O4QA 3D0PA 2HMIA 4IG0A 1C1BA 3SQ4A 2GUIA 4O55A 2RPIA 4Z4CA 1ASVA 5C42A 1NJWA 3EYZA 3SYZA 1C6VA 3ZT1A 3M8PA 5KGWA 4JRQA 4FW2A 4IFYA 3LALA 2ATQA 1TKTA 4YNQA 4KHSA 2OZSA 1D9DA 4KB1A 1UA1A 1WN7A 4DTXA 3SI6A 3OVNA 2P51A 1VSHA 3M8QA 3VQ5A 3WNGA 3TAPA 3AV9A 3L3UA 3NF6A 3VQ8A 3V9SA 5CY4A 2E4LA 2P1JA 4DQRA 3NBPA 1S1XA 4CECA 4CJWA 5FRNA 4BE1A 3U3GA 5EU7A 4CFBA 3HP6A 1K6YA 2IDOA 1NKBA 1KLMA 1HQEA 3C94A 4R5PA 3HT3A 1S9EA 4DLEA 1VRTA 3B6PA 3HM9A 4WE1A 3CFOA 3NDKA 4FZXC 1BHLA 1QHTA 1S1TA 3MXMA 4M42A 4W5NA 2HNYA 1VSMA 4CEZA 2PY5A 3A2FA 5HRPA 2VG6A 4CJKA 3OYGA 2VWJA 3V81A 3DI6A 4BE0A 2XY6A 4I7FA 3SPYA 4RW6A 4ELUA 1VSLA 1WLJA 4YFUA 3LWMA 3CFRA 3IRXA 4CHOA 1VRUA 2XY7A 5CZ1A 4E7IA 3UIQA 3AA4A 3AA5X 1FKPA 3AVKA 4DTPA 4DQSA 3QLHA 3U6FA 1HYZA 3OYFA 1TKDA 2KFNA 4E1MA 1UOCA 3VN5A 5HP1A 4DTSA 2Q3SA 3OYIA 3OYMA 4FJKA 1XI1A 4JLHA 2Y1JA 1NOZA 2ZD1A 3HVTA 3SV4A 1TK0A 3L2UA 3DLGA 1UWBA 2OPQA 3AO1A 4AHRA 3TAQA 1D5AA 3ZT3A 4Q5VA 4FJJA 4UQGA 2JLEA 3LAMA 4CJRA 3I8DA 3RRGA 3DRRA 3OYCA 4E7HA 1BI4A 4M3TA 1KFDA 3P1GA 5KRSA 4FCYA 4BE2A 3S9HA 3V4IA 1NK0A 3WNFA 2W42A 3SQ0A 4CEQA 1D8YA 3QNOA 5HRNA 1TK8A 4KO0A 4FK4A 2HHVA 3QEWA 1RDDA 3KTQA 1S5JA 1IKVA 3NE6A 3ZT2A 3V9ZA 1NK6A 4HCCA 3V9UA 3PX4A 4C8MA 4B9VA 4FK2A 4CESA 3NH2A 3ZT4A 3KD5E 2OA8A 4DSEA 1FXXA 3DLHA 1X9WA 1RDBA 4RW8A 3CG7A 1S1UA 1TK5A 3ZSWA 1W0HA 4AHCA 4BDPA 2DFHA 4FJHA 1Q9XA 1TV6A 4H4OA 4RG8A 5SZTA 3V1OA 4E1NA 3OYNA 3P83D 2O4IA 3FFIA 3O3GA 4PA1A 3OYHA 1NKEA 1TAQA 3LWLA 4MFBA 3ZSOA 1B92A 4LY7A 5CZ2A 1CXQA 4CK3A 4FJGA 3QETA 4OGEA 4N41A 1RCHA 2IAJA 4CGFA 1EP4A 3ASMA 4NCAA 2F8TA 3S3OA 3CYMA 1WNSA 4LSNA 2Y1IA 1RT5A 3OJSA 4N47A 3K57A 3DLEA 2D0BA 5KTQA 4FLWA 3KK3A 2G8HA 4KRFA 1A5XA 1RBRA 4CEOA 1B9FA 3DLKA 1SKWA 1VSKA 3TAFA 1N6QA 1RTDA 3RMBA 2B5JA 4MQ3A 2Z1HA 3ITHA 4CJEA 1WAJA 4IFVA 4FZYA 1T8EA 1RBTA 1U04A 3OYDA 3NGIA 4FJ7A 1D9FA 2XRIA 1RDAA 4AHSA 4DSIA 4N56A 4J2BA 4KREA 3VQEA 3I0RA 3SCXA 1G15A 1L3UA 1RT3A 1S1VA 4C8OA 3WNEA 2HVHA 1SUQA 1GOBA 4EZ6A 4KB0A 2Z1IA 1TAUA 1CZBA 5JS1A 1QS4A 4FLZA 3QEPA 3NH0A 3LP2A 4W5OA 1YT3A 4CJLA 4CGHA 2XHBA 1TL3A 1XWLA 3O3FA 4C8KA 1HJRA 4EP5A 1LW2A 3KKRA 1A5VA 4FVMA 1S6PA 4FXDA 3V1RA 1FK9A 4CF8A 4KPYA 4DTNA 4CK2A 3G0ZA 4NYNA 4F2SA 3AO3A 2HHTA 1QQCA 1JLBA 3PX0A 1C1AA 1CXUA 1XHXA 3QEIA 1TKZA 2YKNA 3AVLA 3AVMA 4KHQA 4LH5A 1JLFA 4CJ5A 4F2RA 3AVCA 1JXBA 3HPHA 3ZCMA 4B8CA 4DG1A 3OYAA 4AHVA 4DTMA 4CCHA 4K8XA 4PWDA 2FBVA 3L2VA 1CLQA 2YKMA 3TWHA 3PO5A 4DFPA 2FBYA 2YNIA 3C6TA 4QOZB 3DYAA 5J1EA 1ITGA 3ZT0A 4TSXA 3KLFA 4FM0A 3VQPA 1JLGA 2BGGA 1LWCA 2HNDA 3LPTA 4CF1A 3TARA 4C8LA 1WSFA 4Z4EA 4RW7A 4OGCA 3KK1A 3S3MA 1TVRA 2B6AA 2WOMA 4NYFA 4AHTA 3NGYA 4I2PA 3PY8A 1RT7A 3LP0A 1WSJA 3QINA 4CK1A 4HUGA 1EXQA 3PO4A 2Z1GA 4CF0A 3OS2A 3KLHA 1Y97A 3TANA 1BIUA 2KZMA 4M45A 3HP9A 1BGXT 4LD0A 4AHUA 2KZZA 1RT2A 4DFKA 2YV0X 1QTMA 1JLEA 3KIOA 4E89A 4DQPA 4F3OA 2ETJA 2OPSA 1KTQA 4IBNA 4CGGA 1KLNA 2HHSA 1DTTA 3OYJA 2QKKA 3HSTB 2ZE2A 4RW4A 1BISA 1KRPA 3K5NA 4DSFA 3SNNA 1NJYA 3QESA 1NJZA 1ZBLA 1TGOA 1Z26A 4ELVA 2EX3A 2VG7A 4FJXA 3EZ5A 3SPZA 3LANA 2DFEA 1T05A 5J2NA 3RR8A 1NKCA 1SKRA 3I0SA 2KFZA 1X9MA 2HW3A 3DLRA 1S6QA 4CFCA 3RWUA 1RILA 2F8SA 2HHQA 1C1CA 1RTHA 3K59A 3O4NA 3SUNA 4FK0A 3TI0A 3VQBA 1KSPA 4GMJB 3ZSRA 2EHGA 4DTRA 4DWIA 1R0AA 4CE9A 4C8NA 3RR7A 4FJ9A 3VQ6A 2IGIA 4CFAA 4DTUA 1EX4A 4O44A 3MEGA 5HRRA 4H4MA 3VQCA 4CERA 3BGRA 4W5RA 1QSSA 1Q8IA 2PYLA 4B9LA 3MXIA 4CJPA 1VSFA 3OYBA 3RTVA 4FJNA 1W9HA 1I3AA 4HUFA 1SKSA 4PY5A 1HNVA 1RDCA 1ZBIA 2HHWA 4HUEA 4IKFA 1ZBHA 3HO1A 3NHGA 3LAKA 4CEBA 3AO5A 2PYJA 2P5OA 4HCBA 3C6UA 2OYQA 2QK9A 1A5WA 2LSNA 1VK0A 2BANA 3ISNC 3L3VA 4BWJA 4CHYA 1RT4A 3NCIA 4DF8A 5HROA 4I2QA 4B9SA 2G8KA 3QEXA 4FJ5A 5K14A 4CHNA 4ICLA 3L2RA 1YVUA 3QERA 3QO9A 4FJIA 2ZQBA 1LWFA 3F9KA 3HL8A 4IDKA 1F21A 4Y1CA 4M3RA 4CEEA 2IC3A 2X6SA 1J9AA 4O0JA 4FZZA 3F73A 4EZ9A 3DMJA 2Z1JA 3AVNA 1UAXA 4E19A 3OS0A 4CF2A 1XC9A 4KHNA 1JL1A 4I9LA 3ZSYA 3BDPA 4BACA 4DSJA 3L2QA 2IOCA 1IKWA 3K2PA 4H8KA 3IAYA 3AVAA 4B08A 1WSIA 4AH9A 4DSLA 4F4KA 1DLOA 1U45A 2VWKA 1KVCA 4OKKA 1U47A 4PUOA 4B3OA 3MXJA 3IS9A 3VA0A 3TAEA 3HVRA 4CJTA 5I3UA 3TR8A 2X74A 3T3FA 1L3TA 3AA2A 3JSMA 3PUFA 4KKOA 5HBMA 4CEFA 4OPJA 2XY5A 1LAVA 5E41A 4DQQA 3ULDA 1ASUA 4Z0UA 3AVGA 1SV5A 1C0TA 4CHZA 4KTQA 1NK5A 4FM1A 5FRMA 3LZJA 2HHUA 2QXFA 4FYDA 4CF9A 3LZIA 1BQNA 3RMDA 1UA0A 1X1PA 3VQAA 2BDPA 3T1AA 3SUOA 2HVIA 1RT1A 1LV5A 3THVA 2XO7A 4B8AB 1J53A 1HMVA 3HJFA 1VSIA 2QKBA 3CQ8A 3HK2A 4FJLA 2OPRA 3HYFA 3QIOA 4CJFA 4B9MA 4K8ZA 4KI6A 3V6DA 3KD1E 4NCBA 4KFBA 5CYQA 3CM5A 1RTJA 3DOKA 3OYLA 1HPZA 3K58A 3NF9A 4DFJA 4CJ4A 1RBSA 3HPGA 1U48A 5KI6A 4M3WA 2G8IA 3IG1A 2HNZA 1GOCA 4FLYA 4JS5A 1Q9YA 4FJMA 2YNGA 1TL1A 3ZSZA 1QSLA 1T7PA 1NK9A 3MEEA 5T7BA 3NGZA 4DLGA 2KTQA 2RN2A 5DK5A 1WSGA 2DFFA 4DF4A 3KLEA 1HYVA 2E6LA 5SWMA 1YTUA 4O5BA 4F3TA 3K5LA 4O0IA 3AA3A 3KK2A 4Z4HA 1U49A 1NK7A 3DLBA 3O3HA 1IO2A 1BI4B 4BDZA 4GW6A 3NAEA 3V9WA 3PV8A 2KW4A 2XY8A 4OKEA 1RNHA 2E6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OJRA 1NJXA 2O8EA 3AVHA 3A5MC 1WSEA 1QSYA 2O8CA 1NK4A 2RKIA 1L3VA 1HYSA 1J54A 4H5VA 2YNHA 3TTDA 3OYEA 1VQ5N 4B3MK 4DU4A 3U3YA 4Z4FA 4DKWA 1LAWA 1BCMA 1S72N 2HBJA 4ZHRA 2X6NA 2YHBA 3MN7A 4JK8A 1LWEA 3Q7CA 2ITMA 3QICA 4FWSA 3I55N 3LP3A 5KRTA 4DUZK 4AF1A 1IJJA 1BUPA 4JKCA 1ZXOA 1NOYA 3K5OA 2ZWHA 4JN4A 5CYMA 4Y1DA 3MECA 1IKXA 2DY4A 1J6ZA 4F8RA 1Y64A 4JS4A 4CD1A 4BDYA 2KQ2A 2OPPA 3VPZA 4JKHA 3BF3A 1FKOA 2ITGA 5KPTA 1KC8O 4M3XA 1QVGM 3BZKA 2CGLA 1NK8A 3AAPA 3DM2A 1LCUA 4DQ8A 2FLOA 3QFPA 2HHXA 4QCLA 3RMAA 1XHZA 1HNIA 4YORA 4J2EA 2W6KA 4G9ZA 1BQMA 2AA4A 5FLXO 2UXCK 4ZTJA 4PQUA 3G10A 1JCGA 5AQSA 4H0VB 4O4GA 1C0FA 5C24A 2O8BA 3VETA 3ZSVA 4IG3A 4M7YA 2R7YA 3P5JA 3OTOK 2RF2A 1ZBUA 3AO4A 2NUBA 4BG9A 1HNWK 4JRPA 5D3GA 4CD3A 4KI4A 2VG5A 1EETA 2CGKA 1S9GA 5FDLA 4BC3A 3KJVA 3SJJA 1VQPN 5EY4A 4LF6K 1SL1A 1X9SA 2IS3A 1Z05A 4H0PA 4BRPA 3T7ZA 2D0CA 5FROA 1Z25A 3TU5A 3AGKA 4G1QA 3HPOA 3ZLJA 1DTQA 2OZMA 1O1WA 4QS7A 2F96A 2QWPA 2VWBA 1H1VA 3H3OB 1JJ2M 2QI2A 1U4BA 3JYTA 2PZSA 4I9QA 1BIZA 3CJCA 1YVNA 5AQOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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