4A61A

Parm from plasmid r1 in complex with amppnp
Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
321
structure length
309
Chain Sequence
HHLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDERDSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINSIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (72-74)TIV1 (8-11)AH1 (76-88)AH3 (116-126)S2 (11-17)EMPTYS16 (301-302)3H5 (307-309)TI1 (18-21)S3 (23-29)S4 (32-33)TIV5 (58-61)TIV2 (39-42)S5 (47-49)TII1 (132-135)S6 (54-57)S10 (131-132)TIV3 (49-52)TI2 (61-64)TI3 (69-72)S11 (139-147)TIV6 (147-150)AH2 (104-107)TI4 (109-112)S8 (108-109)3H2 (150-153)AH4 (154-158)TI5 (161-164)TII2 (182-185)S12 (165-171)S14 (187-194)AH8 (246-268)TI6 (172-175)S13 (176-182)TIV8 (194-197)AH6 (219-228)AH7 (232-238)TI7 (228-231)S15 (275-279)3H3 (283-285)3H4 (298-300)AH9 (286-294)TIV9 (304-307)S1 (1-7)S9 (113-114)AH5 (199-210)TI8 (280-283)S7 (95-102)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
total genus 92
structure length 309
sequence length 321
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a61A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a61A01
3D7EO 1DGKN 1MWMA 2ASOA 1J6ZA 1X3NA 4CZMA 4AM7A 3FZLA 2FSJA 1CZAN 2GELA 3MN9A 3CHWA 2J4RA 1ATNA 3FR0A 5FPNA 3QBWA 2DPNA 3IMXA 1HKBA 4FWOA 3EN9A 2QWMA 4HWIA 5KPTA 4BREA 3LM9A 4MLHA 3VEYA 4CBXA 4GY2B 5AQHA 3AY9A 2ASMA 3VETA 4FWNA 3AARA 4MO5A 1NGHA 3LDQA 2IVPA 3HI0A 4H5NA 1S22A 5KPRA 4DB3A 2GWJA 5AQTA 2BUPA 3ATVA 3HM8A 1GLAG 3QBXA 2QWNA 4FWLA 1BWFO 2P9KA 3J8AA 5BRDA 1ATRA 4FSVA 3TU5A 4JHDA 5KQ8A 4A62A 4CZJA 3CERA 4I6MA 3JS6A 2VYPA 2A3ZA 3W3DA 3SLCA 5AQLA 4H5WA 4BRFA 1C0FA 3EL2A 1KAYA 3CJ1A 5E84A 3VF2A 3LDLA 2A5XA 1GLJO 1NGDA 4JHDB 4CBWA 4M63C 4FPAA 3QB0A 4I6MB 4FWKA 3UE5A 2A42A 3M6GA 3VF4A 2PBDA 4BGAA 2A40A 3WXJA 5BN8A 5AQJA 2E2NA 4A2BA 3WXLA 2YJEA 1BA0A 1NGFA 1QQNA 1EQYA 5EY4A 1GLLO 4MLEA 4CZGA 4DCHA 1NGBA 3A5LC 3ZX2A 3FZHA 4K25A 4DQ8A 5EX5A 1QQMA 3DXMA 4BC5A 3VF6A 2AA4A 2CH5A 1YXQA 4H0YB 2PAVA 4BG9A 4IJAA 1RGIA 3FZFA 3BF1A 2V7YA 1E4GT 3EO3A 2F9WA 3FZMA 2NLXA 5AQRA 5ADXA 3G25A 4JAXA 5JMVA 3VEOA 4CZFA 4EIAA 4IJNA 3DXMB 1BU6O 1P8ZA 4EHUA 5AQNA 5BN9A 3C7NA 1HKGA 3MMVA 5AZJA 4XH1A 2E2PA 1WUAA 4M7YA 5EOYA 3VEZA 3VEXA 4BQLA 3MK6A 4BRHA 3QICA 4F9OA 2NZTA 1RFQA 4QS9A 2CH6A 3WEEA 2YHXA 3HTVA 2HOEA 5FPDA 2D1KA 4ISGA 4FOIA 5AQMA 1NGJA 3CI5A 5AZJB 1BDGA 1XC3A 4GNIA 2HMPA 3VGLA 2E2QA 3EKUA 1KAZA 2A41A 5AZIA 1HLUA 4PKHA 1C0GA 3WEEB 4EAHD 1T6CA 2ZF5O 3U9DA 1ZBSA 4LC9B 5KPZA 5AQWA 2Q0RA 2QWPA 4C23A 4BROA 3AAPA 5AQSA 4H0OA 1WOQA 3UB5A 4BRPA 5AZIB 5JLHA 1QZ5A 2E8AA 4RWTA 3FGUA 3LDOA 1GLBG 3O08A 3OHRA 3ZX3A 2YCHA 5AFUH 2P9UA 1OKJA 3KZBA 2QXLA 3M1FA 3UKRB 3U9ZA 2P9LA 2V7ZA 2ZGZA 1SZ2A 4FWQA 3H1VX 3DXKA 2QWQA 3HSCA 4BR7A 3O6WA 2HF3A 4FWPA 2P9UB 4MO4A 3GG4A 2WUSA 3LDPA 3WQUA 3ZEUA 1GLEG 4FWRA 4CJ7A 1TUUA 2P9LB 3O4WA 4B1ZA 4H03B 4PL7A 3DXKB 1ZXOA 3LL3A 2V52B 2NRHA 4XH5A 3ATUA 1GLCG 1YAGA 3VEWA 3C0BA 4O5FA 2P9PA 2YJFA 3DAWA 1KAXA 3QFUA 4EHTA 3ZEUB 2P9IB 2CGJA 4CZIA 1BUPA 3O1WA 4BRQA 2P9SA 4NB4A 1BOTO 4H0TB 3MN5A 3M3ZA 1TYQA 4B1YB 1Z05A 3H1QA 3MCPA 4RTFD 3VERA 1Q18A 2P9PB 2CGKA 4YDUA 1X3MA 2FF3B 4IWVA 5BPNA 1HX1A 3GOIA 4O8KA 3O1BA 3B8AX 2P9SB 5AQVA 3WT0A 5FPEA 5FPMA 3CJBA 1BG3A 1TYQB 2A6AA 5LY3A 3A8YA 3WXIA 4DHYA 1E4FT 2QM1A 4BR4A 3GDQA 3CJCA 3MN6A 4XEIA 3L4IA 4B1UB 4EFHA 5F1XA 3KVGA 1YUWA 3I8BA 4BC4A 1T6DA 3LDNA 4B1WB 4BVOA 2OANA 1QHAA 1ESVA 4QS7A 3S41A 3SMPA 4BR0A 4IXCA 1KXPA 3I33A 4BC3A 2GTDA 4FO0A 4CZLA 5EVZA 4K43A 5F2RA 2W40A 1XUPO 1R59O 1S3XA 5AQQA 3U8XA 2Q1NA 3R9PA 1ATSA 4IO8A 3ZETA 4H0XB 1TUYA 4FOEA 4CBUA 3QMLA 3IUCA 3SK3A 3A5NC 2Q0UA 2E2OA 4BRDA 4PKIA 3U4LA 1IG8A 4CD1A 2F9TA 2FSNA 2P9NA 3H3OB 4BC2A 3GBTA 4YDUC 5BRFA 3ZETB 1SAZA 4B1VA 1JCEA 3SJHA 2AP1A 1JCFA 3O80A 2ZWHA 3WQTA 5BR9A 5AQUA 5LJVA 3H6EA 3CIPA 3F9MA 2Q36A 1NBWA 5BPLA 2P9NB 2FLOA 3UKRA 1YVNA 3BP8A 1GLDG 2I7NA 4BG8A 2GWKA 3DJCA 5ELZA 1NM1A 4H0VB 3O8MA 3VEVA 1G99A 2BTFA 3WXKA 2IIRA 1HKCA 3HZ6A 3BF3A 5CE3A 4CI6A 1NGCA 3VOVA 2E1YA 4E1JA 3BUZB 3QFPA 3EKSA 1LOTB 2Q97A 1QQOA 4BRMA 1NWKA 1Z6RA 4HTLA 5KQDA 4BRGA 4JN4A 3FZKA 1ZC6A 3H46O 2QW9A 5AFUA 1V4SA 2IVNA 3CJAA 5EXWA 3FFKB 2GEMA 4FWSA 5AQZA 1MWKA 1X9JA 2P9IA 2D4WA 4H0PA 4ISEA 4BR5A 1V4TA 5AQOA 4IZ9A 2KHOA 5LJWA 3FE1A 3SMSA 2YHYA 4BRNA 4WQ5A 4CZKA 1BA1A 5B8HA 3TPQA 5AQIA 3DWLA 4H5RA 3IDHA 2IVOA 4JD2A 2GUPA 3R8EA 4K41A 3A5MC 2I7PA 3VPZA 4BRLA 4BR2A 3WUHA 1QZ6A 3EZWA 3GE1A 1HPMA 4BRCA 1DKGD 4PKGA 4XH4A 3RSEA 3VGMA 3QDKA 3ENOA 5AQFA 4BRKA 4CZHA 3A0IX 2FXUA 4FWMA 4M7XA 5JLFA 3ZX0A 3UKUA 4JD2B 4L3QA 5BREA 1K8KA 1MA9B 1T44A 5BPMA 5BRHA 2Q31A 2H3GX 2YHWA 2P9KB 5E26A 3RSEB 1NMDA 1JCGA 2E88A 3CQXA 2Q2RA 3L0QA 5AR0A 2ZGYA 4Z94A 1HUXA 5F0XA 2D0PA 4WQ4A 2ASPA 2D0OA 5AQYA 1NGAA 1IJJA 3HBTA 3UKUB 4CD3A 2V51B 4B1XB 3IFRA 2HF4A 1K8KB 3H45C 1BO5O 2EWSA 5AQGA 1SQKA 2UYTA 1H1VA 3O5BA 5AQKA 4BGBA 5ADXH 1NGGA 1NLVA 4WQ5C 5I9EB 3P4IA 3GL1A 3ULEA 3AAQA 4FPBA 3ENHA 1GLFO 3MDQA 2FSKA 2FF6A 4NO7A 1LCUA 2W41A 2QWOA 1U2VA 2E1ZA 4JNEA 1DEJA 1RDWX 5TKYA 3R6MA 4AM6A 4BRAA 3A5OC 2QWRA 4A61A 2VWBA 3BEXA 4WYBA 4PL8A 4BR9A 3D2FA 3ULEB 1MDUB 3D2EA 3LM2A 3JXUA 4H5TA 2YI1A 3VESA 3VENA 4QS8A 1Y64A 1U2VB 3FLCO 4A2AA 5AQXA 4BVPA 3L6QA 4B9QA 3CQYA 1D4XA 2VCPA 2E20A 4WQ4C 2ITMA 3CJ7A 3ID8A 4BQZA 3VGKA 3D2FB 4H5VA 3W0LA 1U6ZA 3C7NB 4Y0WA 4KBOA 2QWLA 3D2EB 5JICA 4RCHA 3MN7A 1XQSC 3CJ9A 1NGEA 4FL9A 4J8FA 4K42A 5AQPA 4BRIA 4ISFA 1NGIA 4CZEA 3H3NO 1HJOA 3KHYA 2CGLA 3CETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BHLA 4NYNA 3ZYYX 2FSJA 3C65A 4Z4HA 3EY1A 1IBMK 2HHHK 4YFUA 2IOCA 2J4RA 3CHWA 1RT1A 4MDAA 4CEBA 4B08A 1HKBA 4IFEA 3EN9A 4JRQA 1L3UA 5KPTA 3LM9A 4CBXA 5AQHA 4DR3K 1HNIA 1TL3A 3VETA 4DV0K 3C95A 4FWNA 4FYDA 3LWLA 4MO5A 3ULDA 4EZ6A 1BGXT 4DU1A 3MX2A 4FW1A 1IG9A 4OJRA 5AQTA 3TTCA 3ZSOA 1GLAG 3SAHA 4H4OA 4WE1A 4JHDA 1JKHA 2PZSA 1UWBA 2B4JA 4CERA 2A3ZA 5AQLA 3EE8A 1NK4A 4DSJA 1VQ8N 2GX9A 3LZJA 4WF9L 3DLHA 4FLXA 4FVMA 4JHDB 3RR7A 2YKMA 5I42A 2FBXA 3VF4A 2PBDA 4BGAA 2A40A 3HXMA 2E2NA 3CCLN 1NGFA 2WBNA 3CMAN 1EQYA 4GV3A 3H08A 3OW2M 1GLLO 3T1HK 3E01A 4W5TA 3A5LC 4GVEA 3FZHA 3ZSQA 2XRIA 3VF6A 1YXQA 1NKBA 1C1BA 4BG9A 1RGIA 4KHQA 1N5YA 4CGDA 4KTQA 5AQRA 3FZMA 5M1KA 3PX4A 3ZT4A 4DTJA 4CJKA 3HJFA 4FJLA 4PQUA 1S1UA 5HRSA 4V19S 2O8FA 3OYCA 3JSMA 3DRRA 1VQ5N 4DQQA 4FJ7A 3Q7BA 4Z4FA 4BRHA 3BZCA 1IO2A 4ILGB 4DS4A 1NK6A 4RW8A 4FOIA 3J7ZO 3I0SA 2O8FB 4N5SA 4EZ9A 3CC4N 3VQPA 4K8XA 1GOCA 4EAHD 2ZF5O 3V9XA 3U9DA 3HP6A 3K2PA 1NOYA 5D3GA 2Q0RA 5GADP 3AAPA 1ZBHA 4OPJA 2Q3SA 3VA0A 4FJHA 3E9PA 2E8AA 4I7FA 1HNVA 1WSFA 1GLBG 3O08A 4CHNA 2YCHA 3VA3A 4M3YA 1OKJA 1C0TA 2F8TA 1X1PA 2JGUA 3U9ZA 2P9LA 2V7ZA 2OTLN 3J81O 3H1VX 4ELUA 2OCEA 2QWQA 4JKEA 4LF8K 4CJWA 3TSQA 4MO4A 3CPEA 1OH6A 4CGGA 1OVYA 1GLEG 4FWRA 5CYQA 3V9ZA 3ZLJA 2HVIA 2P9LB 4AHCA 4H03B 3CFOA 1ZXOA 3ZSYA 4AF1A 4RW9A 2A1RA 4XH5A 2HW3A 1U04A 1YAGA 4KTZA 1SL2A 5M1PA 3AA2A 4JRPA 4O5FA 1KAXA 1RTIA 4BE2A 2X6SA 1NK5A 2P9IB 2CGJA 3QESA 4CHZA 4B3SK 2P9SA 4FJIA 4H0TB 5CZ1A 3PX0A 1C6VA 3RRGA 1DTQA 3WXMB 3C94A 3MCPA 3SBTA 1VRUA 4YDUA 1X9SA 4IWVA 5BPNA 3OY9A 1HX1A 3VN5A 1T3VA 2P9SB 5AQVA 4KB0A 5FPEA 5FPMA 2GV9A 4CFBA 5HLFA 2OZSA 3K5NA 3WXIA 3T19A 5CR4A 3K59A 3MN6A 4CJFA 4B1UB 4KHSA 2KTQA 4BC4A 3VQBA 4B1WB 2OANA 3SMPA 3LANA 3P1GA 2BH1A 3NCIA 3S3NA 3CM6A 2VWKA 3I33A 1D9DA 1BQNA 3KWGA 2GTDA 3LDSA 2YNGA 4ELVA 4K43A 4DG1A 3TSPA 4X64K 4CE9A 1XUPO 1S3XA 4OLAA 2E4LA 4IO8A 3E1YA 5M1FA 3IUCA 3NH1A 3T3FA 3RTVA 4AHVA 3RMDA 3A5NC 3AVAA 3HP9A 1XI1A 4CD1A 1IG8A 5GAEP 3NE6A 4DR1K 4DTSA 4DSKA 5C24A 1I39A 5HBMA 2BDPA 1RCHA 4OKKA 1YJ9N 1L5UA 4DLEA 2XO7A 1D9FA 1NNEA 1GOBA 4C1NI 4DWIA 3FFIA 5JVGL 3NBPA 4JYAK 2XY7A 2ZWHA 1XNQK 1RT6A 2YV0X 1WSGA 3H6EA 3CIPA 4CJTA 4DTOA 5CHIA 3QIOA 2D0BA 5BPLA 2KQ2A 3S3OA 4AILC 4BG8A 2GWKA 2W6LA 5ELZA 4H8KA 4IEEA 2O4IA 1RT4A 2IIRA 4O0JA 1HKCA 4M42A 4CJ4A 4ICLA 3TAQA 1A5XA 4B9LA 3OYHA 1RTHA 1KLMA 3QFPA 1ASUA 1LOTB 3CF5L 1QQOA 4BRMA 1NWKA 3AVCA 4HTLA 5KQDA 4KO0A 1V4SA 4HUFA 2NUBA 5EXWA 4WCEL 5HOOA 2GEMA 1X9JA 1QVGM 4E19A 3NH2A 1V4TA 5AQOA 3TABA 5LJWA 1YJWN 3SMSA 1T7PA 2G8VA 4WQ5A 1EWRA 4CZKA 1T03A 3DWLA 3IDHA 2IVOA 5C2FA 3KLEA 3THVA 1K8AO 3IG1A 2GUPA 4JKAA 4KPYA 2I7PA 2HHXA 1KRPA 4JK7A 1QZ6A 3EZWA 4F3OA 2Z1JA 4FK4A 4UY8O 5H1SQ 1DKGD 4PKGA 4CEDA 4B9VA 4A5BA 4FLYA 3THWA 5KTQA 4ZTJA 4CZHA 5JLFA 4M7XA 1WSEA 3UKUA 3VQ9A 2HHSA 3O9RA 3G4SN 1ILYA 4CJEA 3V1RA 4DMNA 4BACA 2P9KB 3G10A 1NMDA 3CQXA 3KK7A 1YF5L 4Z94A 3O9TA 1XC9A 3VQ6A 3THWB 1D5AA 1HMVA 2QTDA 4WQ4A 2ASPA 3SUNA 5AQYA 4FM1A 1NGAA 4NCAA 3UKUB 4CD3A 3SUQA 3NAEA 3IFRA 3ZT1A 2HHQA 3H45C 3K0SA 1VHXA 3NMUA 5AQGA 3DLEA 4DSEA 3SPZA 3SUOA 5AQKA 1QTMA 1NLVA 2VGMA 4KHUA 4FJMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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