4A62A

Parm from r1 plasmid in complex with peptide from c-terminus of parr
Total Genus 109

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDEADSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (2-7)TI1 (8-11)AH1 (76-88)AH2 (116-126)S2 (11-17)O2 (67-69)TI7 (172-175)AH9 (310-319)TI2 (18-21)EMPTYS3 (23-29)S4 (32-33)O1 (33-35)S6 (53-57)TI3 (58-61)TII'1 (40-43)S5 (47-50)TII1 (132-135)S10 (130-132)TIV1 (49-52)3H1 (70-74)3H2 (104-106)S7 (95-102)TIV2 (147-150)S13 (176-182)S8 (108-109)S9 (113-114)S14 (187-194)TI5 (109-112)S12 (165-171)3H3 (150-153)AH3 (154-159)TI6 (161-164)3H4 (183-185)AH8 (282-294)TI8 (194-197)AH7 (245-268)AH4 (199-213)TVIII1 (195-198)TIV3 (239-242)TI10 (241-244)S15 (275-279)3H5 (298-300)3H6 (307-309)S16 (301-302)TIV4 (304-307)TI4 (61-64)S11 (139-147)AH5 (219-228)AH6 (232-238)TI9 (228-231)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
total genus 109
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A01
4CD3A 1GLFO 4CBWA 1MDUB 4FWPA 2HMPA 3G25A 1U2VA 2PAVA 3D2FA 4BROA 3VEYA 3IUCA 3HSCA 2OANA 1HUXA 2P9LA 3U4LA 1TUYA 4BQLA 4PKHA 4RWTA 4FWLA 3UB5A 2A42A 3FGUA 1JCEA 3HM8A 3DWLA 4PKGA 4CBUA 2PBDA 4BVPA 4CD1A 2FF6A 2YHWA 5AZJB 4B1ZA 2YCHA 4B1XB 1K8KB 1ZXOA 4H0XB 3IDHA 3O5BA 5FPDA 4CZMA 3CERA 2ZWHA 4FWKA 4H5RA 3TPQA 3CIPA 4BR7A 4IWVA 3CI5A 5BN9A 3R9PA 2A40A 2D0OA 1NGEA 5BPLA 4B1UB 4WQ4C 2F9TA 4NO7A 3FFKB 4ISFA 4K43A 4B1VA 4JD2B 4JHDB 1NMDA 3ENHA 2QWPA 4DCHA 3AY9A 3CJ1A 3VGMA 3O08A 2P9PB 4QS7A 3DXMA 4I6MA 1NLVA 2GUPA 2HF4A 5AQOA 3C0BA 3H6EA 3D2EA 5AQZA 3ATVA 3L0QA 5BN8A 2D4WA 4BGAA 1GLDG 2ASOA 2ZF5O 3I8BA 1IJJA 1ZC6A 4FOEA 4A62A 2FSJA 3I33A 3O4WA 3B8AX 4H0TB 1HPMA 2I7NA 1U6ZA 4FPAA 2E20A 5JMVA 3RSEB 2Q31A 1MWMA 3QBWA 3QICA 1U2VB 3AAPA 4BR0A 5BRHA 2KHOA 3EKUA 3U9DA 3CETA 3TU5A 1ATSA 3FR0A 3IMXA 2P9LB 4CZLA 2IVPA 4EIAA 4B1YB 1T6DA 4BR2A 5AQVA 5AZJA 5EX5A 3QDKA 4CBXA 5KQ8A 1GLCG 1XQSC 1BA0A 3CJ7A 3MN5A 1K8KA 4BC2A 2GWJA 3ATUA 4FWNA 2FSNA 4WQ5A 4JNEA 5LY3A 4O5FA 1YUWA 2VWBA 2QWOA 1TYQB 3W3DA 4H5NA 1QZ6A 5FPEA 4BG9A 3QFPA 2QWLA 3QB0A 4K25A 3VF4A 4BRDA 1Z05A 2A6AA 4BRHA 1ESVA 1R59O 1CZAN 4FO0A 3M1FA 2BTFA 3GDQA 4BGBA 2YHYA 3SJHA 1E4FT 3ZEUB 2CGLA 5LJWA 5AQQA 3GL1A 2F9WA 4GNIA 2W41A 3CHWA 4M7YA 4C23A 3WXLA 2EWSA 5AQTA 1E4GT 3R8EA 1NBWA 4BRKA 4DQ8A 4MO4A 3D2EB 3UKRB 1HKBA 1QZ5A 1X9JA 5AQWA 2Q97A 4B9QA 1KAZA 3RSEA 4BC4A 3FZHA 2P9SB 3LM9A 3MN7A 1V4SA 3MCPA 5EVZA 5E84A 2QXLA 1HJOA 1D4XA 1NM1A 1NGJA 3R6MA 3QFUA 4QS8A 3WT0A 2P9IA 2DPNA 5KPZA 1NGGA 5TKYA 4H0VB 3DAWA 2GELA 3O6WA 3GE1A 3FE1A 4K42A 2P9KB 4H03B 1BU6O 2VYPA 4FWQA 4IO8A 1GLLO 3BEXA 4ISEA 4EHTA 1TYQA 4O8KA 4FL9A 2AP1A 5AFUA 5AR0A 2IIRA 5AQFA 1NWKA 4BRLA 2A5XA 3A0IX 3A5MC 4H5TA 3ULEA 4NB4A 3QBXA 3ZETB 5AQSA 5JLHA 3CJ9A 2I7PA 4KBOA 5AQKA 1T6CA 3FZFA 2Q36A 4RCHA 3WEEA 4EFHA 3ZEUA 1DGKN 3L4IA 1C0GA 2J4RA 3LDLA 2E1YA 3VEZA 4BRIA 4A61A 3ID8A 1NGHA 2VCPA 3QMLA 3VEOA 2Q2RA 2GTDA 1S3XA 4IZ9A 3UKRA 3GBTA 3S41A 1IG8A 5BRDA 2ASMA 2QW9A 1XC3A 4WQ5C 1S22A 3AAQA 1TUUA 3HZ6A 4H0OA 2QWRA 5AQLA 1HX1A 1SAZA 4BQZA 2P9SA 1SZ2A 1ATNA 3A5NC 1C0FA 4PKIA 4Z94A 3KVGA 3IFRA 5F1XA 2NZTA 4FWMA 4FOIA 5ADXA 5BRFA 3ZX0A 4BRPA 3H3OB 4CZGA 2P9IB 3UE5A 1WOQA 1H1VA 2P9KA 3MN9A 4CI6A 5AQJA 4IXCA 3H1VX 3FLCO 1J6ZA 4BREA 1P8ZA 3EN9A 4RTFD 5AZIB 5BR9A 5AQNA 2HOEA 4GY2B 4BC5A 4E1JA 3UKUA 3FZLA 5KPRA 1BWFO 3VF6A 3BUZB 1MWKA 2QM1A 1HLUA 3ZETA 5AQHA 2E1ZA 3ULEB 2E8AA 3LM2A 3L6QA 3VETA 5B8HA 1QHAA 3P4IA 3WEEB 2D1KA 1GLAG 5JICA 4H5WA 4CJ7A 2Q0RA 4H0YB 2Q0UA 3WXKA 5EY4A 2YJEA 4HWIA 1NGIA 1NGCA 3ZX3A 3O1WA 2E2NA 3C7NB 3WXIA 2FXUA 4XH5A 5F2RA 3BP8A 4CZKA 4CZHA 3VENA 3MK6A 5I9EB 5ELZA 1T44A 5FPMA 5AQUA 2NRHA 4ISGA 2P9UA 4AM6A 4B1WB 2A3ZA 3SLCA 1WUAA 2YHXA 1NGAA 4HTLA 4PL8A 3MDQA 2GEMA 3LDQA 3EO3A 4BR4A 1RGIA 3WUHA 3VGKA 3FZKA 3HTVA 2QWQA 3KZBA 4MO5A 4BRNA 4FWOA 5KPTA 5EXWA 1Q18A 2H3GX 2FLOA 3SMPA 4BRCA 1BOTO 3CJAA 4M63C 3VF2A 2D0PA 3DJCA 4IJNA 4A2BA 5AZIA 3VERA 3DXKB 3WQUA 1BDGA 1QQNA 3VOVA 3A5OC 2P9NB 1DKGD 2E88A 3U9ZA 5BPNA 1RFQA 4BR5A 4EAHD 3UKUB 3VESA 1QQOA 3O1BA 4J8FA 5E26A 3VEVA 3A8YA 4JN4A 3VEWA 3ENOA 3J8AA 4XH4A 1GLBG 3H1QA 3EL2A 5F0XA 3MN6A 4XH1A 3VGLA 2BUPA 4CZIA 1YXQA 2V7YA 1SQKA 1JCGA 1BO5O 1MA9B 1V4TA 3CQYA 4M7XA 5AQMA 3KHYA 1Y64A 3GG4A 2V52B 2E2OA 2ASPA 4FPBA 1EQYA 3H3NO 4BVOA 3H46O 3C7NA 4QS9A 1HKCA 3O8MA 1KAXA 1NGDA 1ATRA 2YI1A 4BC3A 3VEXA 2CGJA 2P9UB 5CE3A 3AARA 4H5VA 1RDWX 5FPNA 5KQDA 2GWKA 3D7EO 4YDUC 3JXUA 1JCFA 4BRAA 2FF3B 5JLFA 4L3QA 2ITMA 2E2QA 3M6GA 3OHRA 1G99A 2IVNA 2NLXA 2QWNA 4XEIA 4BRQA 3WXJA 3DXKA 3M3ZA 4BG8A 3JS6A 3LDOA 2ZGYA 2V7ZA 3BF3A 4CZJA 2P9NA 4WQ4A 1ZBSA 2E2PA 2IVOA 3D2FB 4Y0WA 1GLEG 5AQGA 5AFUH 4F9OA 2UYTA 1HKGA 5BPMA 3GOIA 2CH5A 4DB3A 4BRFA 3LL3A 4WYBA 5AQYA 2V51B 4DHYA 3HI0A 3H45C 3SMSA 1XUPO 3CJCA 5LJVA 5AQXA 1NGFA 4EHUA 4JAXA 4YDUA 1X3MA 3BF1A 2FSKA 3EKSA 3MMVA 4FSVA 4BR9A 3WQTA 1GLJO 2CGKA 3HBTA 3U8XA 5BREA 1KXPA 2QWMA 5AQIA 3ZX2A 1LCUA 1NGBA 3F9MA 1X3NA 1DEJA 4FWSA 1OKJA 2ZGZA 3EZWA 1BUPA 3CQXA 1Z6RA 2W40A 2A41A 3CJBA 4JD2A 4CZEA 4JHDA 4BRGA 3LDPA 4K41A 2CH6A 2WUSA 4MLHA 3O80A 3W0LA 4BRMA 4A2AA 2P9PA 4IJAA 3FZMA 4H0PA 1YVNA 4FWRA 4MLEA 1BA1A 3A5LC 3DXMB 1BG3A 4I6MB 5EOYA 4CZFA 2AA4A 5AQPA 5ADXH 5AQRA 3SK3A 1YAGA 1QQMA 4AM7A 4PL7A 1KAYA 1LOTB 2HF3A 2YJFA 3LDNA 4LC9B 2Q1NA 3VPZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLFO 4CBWA 4DU4A 1MDUB 3ZSOA 4FWPA 1HPZA 2HMPA 2OYQA 3D2FA 4JKBA 4PA1A 3VEYA 3IUCA 1LWCA 1VHXA 2P9LA 3LP0A 4PKHA 4RWTA 3PO5A 3UB5A 4CGHA 3ZSXA 5A2QO 1KFDA 3DWLA 2PBDA 4OJRA 1EO1A 1Q9YA 2QKBA 3CCRN 2JLEA 5AZJB 3DLRA 5J2QA 4B1XB 4W5QA 3THYB 3DLLL 3VQ9A 3S3MA 1RDDA 4M3RA 4HTUA 4CZMA 3CCQN 3QESA 2ZWHA 3OYNA 4FWKA 3AO3A 4H5RA 3TPQA 3K2PA 4IWVA 3CI5A 1ZBHA 3PO4A 2A40A 5BPLA 3THWB 1W9HA 4WQ4C 2O4IA 3NF6A 3MEEA 4JD2B 4JHDB 4X64K 4DCHA 1N36K 4MQ3A 2P9PB 5M1PA 2X78A 4ELUA 2GUPA 2HF4A 1QSSA 3C0BA 5BN8A 1EP4A 4YORA 2FSJA 1SKSA 4H0TB 4DR4K 3O3HA 4DR7K 2I7NA 3LWLA 1MWMA 4OPKA 5DM7L 3TSPA 4CIFA 3EKUA 3U9DA 4RW6A 4Z4IA 4C1NK 4CZLA 2IVPA 5FDLA 2O8EB 1K6YA 2YV0X 1BGXT 5AQVA 5AZJA 5EX5A 1OVQA 4CBXA 1GOAA 3QIOA 3U6FA 4RW4A 2NRXA 3KLHA 2FBTA 4WQ5A 3AVJA 1D9DA 5I42A 4DMNA 2D0BA 3LWMA 5HL7L 3VF4A 3NGYA 3M1FA 4IFYA 3FFIA 4JI1K 4O44A 2WONA 4DS4A 3JSMA 1X9MA 3N4PA 2F9WA 2EHGA 3CHWA 4JEPA 1NKBA 4Z4GA 3R8EA 1VRUA 1OH5A 4MO4A 4CFCA 2HHQA 3UKRB 2KW4A 3DLBA 1VQ9N 4IG0A 1QZ5A 3TTCA 2RN2A 2P5GA 2RPIA 1KAZA 5HRRA 4FJJA 4AHUA 4YOXA 3ZSVA 1C0TA 5EVZA 4EZ9A 4OVLA 4YY3K 3NF9A 4KRFA 1HYVA 1HYSA 1HJOA 3D0PA 3R6MA 3LPTA 3WT0A 2O8EA 1NGGA 5TKYA 4FJ5A 2GELA 3O6WA 3SBGA 5C24A 1BCOA 2HNZA 3ZLJA 3FE1A 3CD6N 1Y97A 3BZKA 4FJNA 3NHGA 4BY9C 4LH5A 1SL0A 4IDKA 4CERA 3LPUA 2WBNA 3MEDA 2WTUA 4FYDA 4RW9A 2O8DB 4O0IA 1YTUA 4EFHA 2HHVA 1DGKN 2X74A 3SV4A 3L4IA 1C0GA 4HUGA 3LZJA 4CEZA 4BRIA 4WFAL 1F21A 4CHYA 2HNDA 3QMLA 4WCEL 3S3OA 4FJLA 1S3XA 4FZXC 3UKRA 1TK5A 3S41A 2FBVA 1IG8A 4JKGA 1FKOA 4YFUA 3ZT4A 4U67L 1RDAA 1TUUA 4NCGA 1SAZA 1DTQA 4CJWA 1BCMA 3F5TA 3RMAA 3THVA 3A5NC 4Z4EA 4PKIA 3NCIA 3QERA 3IFRA 2XRIA 1E3MA 4DTOA 1YIJN 1YJWN 1B92A 3ZX0A 4J2AA 1JLCA 4NYFA 1H1VA 3MN9A 4CI6A 4Q0BA 3F9KA 1HNIA 5AQJA 2W6KA 1JLFA 1EX4A 4DV0K 3EN9A 1U49A 3OYGA 3QNOA 2HHTA 3NE6A 3CPEA 4YOVA 4ZTFA 5KPRA 1T3VA 1QTMA 4M3XA 4DV2K 2QM1A 3VQ4A 3KK3A 4KTZA 5AQHA 2ITGA 1IKYA 3ULEB 2O8DA 4KHUA 1RT5A 2PFUA 1KVAA 3L6QA 1N8RO 1RTIA 5B8HA 5JS1A 3P4IA 3E01A 3T19A 5JICA 3ISNC 4J2EA 4W5RA 5KRTA 4H0YB 4W5TA 2Q0UA 3K58A 5E41A 1WSHA 4KHNA 1NGCA 3VQ7A 3ZX3A 3L2QA 3CC7N 3O1WA 1NJWA 3MCAB 1HYZA 3C7NB 3PY8A 2FXUA 4XH5A 5F2RA 1VQ5N 3BY5A 5FRNA 5FRMA 5I9EB 1X1PA 1TAQA 5FPMA 3WXMB 3SPYA 3SLCA 3QEVA 3T7ZA 1T8EA 3V81A 4NCAA 4RG8A 5LMUK 2QWQA 4FWOA 3VMFB 4DWIA 1U04A 3PIPL 4JV5K 3J81O 3VF2A 1BL3A 3VERA 2HBMA 5HOOA 3TAPA 3HOSA 3A5OC 1DKGD 4OKEA 3O3FA 4LD0A 3OYKA 3SPZA 2YKMA 3ZSQA 1DTTA 4B8AB 2DFEA 2G8UA 3H1QA 1UAXA 3MN6A 2HMIA 1OH7A 4KB1A 4HUEA 4JK8A 4EP4A 4AHTA 4IKFA 5CYQA 3VQ6A 1JCGA 1NJYA 3CQYA 4BWMA 4CF1A 3HK2A 2Z1HA 5AQMA 5JVGL 3DLGA 4CJPA 5HBMA 1NK8A 3C7NA 3RMBA 4I9QA 1KAXA 3AVNA 1XMQK 3C6UA 2KKZA 2P9UB 4DQQA 3HL8A 1J53A 4H5VA 5FPNA 5KQDA 2GWKA 4YDUC 1WAFA 3ZYYX 1VQKN 1X9WA 3M6GA 1T05A 3LAMA 2NLXA 4B9VA 4XEIA 4GVMA 2IOCA 4Z4CA 2VG6A 3PSIA 4IO9L 4BG8A 4BDZA 1W2BM 1ZBSA 2E2PA 2IVOA 5AQGA 1GLEG 4F9OA 3GOIA 4DB3A 4BWJA 4DHYA 4KO0A 3H45C 3M8RA 1VSMA 4CJTA 3AV9A 3SQ1A 3TAQA 5AQXA 3TSUA 1HNXK 4WFNL 1X3MA 2FSKA 3MMVA 4BR9A 5TKWA 1X9SA 2F96A 1JLBA 3F2KA 3U8XA 5AQIA 2HBLA 3WNEA 3CCMN 4I9LA 1OKJA 5LMNK 2ZGZA 3OS1A 4DSFA 3CQXA 2PY5A 1SL1A 1BIUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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