4A62A

Parm from r1 plasmid in complex with peptide from c-terminus of parr
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDEADSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 109
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A01
2P9IB 1IG8A 2FLOA 1S22A 4GY2B 3HTVA 5AQRA 2D0OA 1GLCG 4B1ZA 4H03B 1LCUA 4H0XB 4NO7A 3O5BA 3VGLA 4H5RA 4WYBA 3ZX2A 1GLEG 2QWLA 3BP8A 3ULEA 3VPZA 3ZETA 3UKUB 5EOYA 3IFRA 3A5NC 3J8AA 4B1VA 3A5LC 4JN4A 2V7ZA 2GWKA 1BWFO 1NGEA 3DXKB 4JHDA 2D1KA 5BRFA 4I6MB 4C23A 4AM7A 2QWOA 4F9OA 3VEZA 5LJVA 1MA9B 3A8YA 3HI0A 2E20A 3KZBA 1YUWA 3LDOA 4QS9A 4CZJA 5AQUA 4RCHA 4CZKA 4MLEA 4M63C 3GDQA 3EKUA 2PAVA 4FWLA 1WOQA 2CGLA 4L3QA 4H5TA 4CJ7A 2D4WA 1MWKA 4XH1A 4HWIA 1EQYA 1T6CA 2E1ZA 4JD2A 4NB4A 3VENA 4FOIA 3VEXA 1JCEA 4H0OA 4K43A 1HLUA 2E2OA 5BRDA 3H45C 3MN5A 1YVNA 4FWPA 3AY9A 1SZ2A 2P9SA 1G99A 1NMDA 2HF4A 3QICA 1QQMA 4H0YB 3HBTA 4CZFA 4FPAA 3EN9A 2FXUA 3FLCO 2IVPA 3U9ZA 4CBWA 4BROA 4BREA 2GWJA 3GL1A 1Q18A 5AZJB 3HM8A 4BRIA 3VF4A 1NGAA 3L0QA 4BQLA 3G25A 3D2EB 1QQOA 3H46O 2YHWA 3LDQA 4DHYA 2HMPA 2AA4A 2CGJA 3A5OC 3LDNA 3L6QA 5JMVA 1BU6O 1TYQB 3VEWA 2P9PA 3W3DA 4IZ9A 2Q36A 3EO3A 1P8ZA 2Q0RA 2HOEA 3H1VX 2YI1A 5AFUA 2W41A 1U2VA 4CBXA 4BRNA 1ATNA 3CETA 2P9UB 2GELA 3EL2A 2CH5A 2NZTA 5JLHA 4FWMA 5EY4A 4JHDB 1NM1A 2ZF5O 5AR0A 3LDPA 3ENHA 4FOEA 4BGAA 3SJHA 3QFPA 3UKRA 5BN8A 1ZXOA 2E88A 4EFHA 4IXCA 4HTLA 5E26A 4B1XB 2QWQA 3O1BA 5EVZA 3TU5A 3ENOA 2P9LA 2FF6A 5AQYA 5BREA 3WEEA 3CJCA 5FPMA 4FWNA 2Q31A 3VEVA 1HUXA 4JD2B 4H0VB 5TKYA 5BN9A 3GOIA 3RSEA 4BRLA 1C0FA 3ZEUA 1QQNA 5AQPA 4BRKA 1KXPA 5AQVA 4BG9A 1D4XA 4J8FA 4BG8A 3FE1A 1SAZA 5JICA 2CH6A 4FPBA 2QWNA 3C7NB 3BF3A 3M6GA 4BRGA 3QBXA 2Q1NA 2H3GX 3H3OB 2E1YA 5AQWA 1GLFO 2FSKA 4RTFD 3VETA 2A6AA 4KBOA 5AQMA 3CJBA 2QXLA 4CD1A 5AFUH 1CZAN 4BRQA 1TUYA 4BRMA 3FZKA 4GNIA 1DGKN 1KAYA 1BDGA 3DAWA 1GLAG 3FR0A 3R6MA 3GBTA 2UYTA 2F9TA 3U4LA 5AQKA 5KQDA 1NGDA 3CJAA 4BRFA 3DXMA 2P9NB 1ATSA 1GLJO 3FZHA 3CQYA 4PKIA 2ASOA 4XEIA 5FPDA 2E2PA 1BA1A 1NGFA 1HPMA 1H1VA 3CQXA 3AAPA 4IJNA 4O5FA 3VF6A 2P9PB 1V4SA 4XH5A 5AQOA 4FWSA 1GLDG 5AQIA 1BOTO 4H0PA 3ATVA 1XQSC 4FWQA 4WQ5A 5AQHA 2A41A 1XC3A 1QHAA 3M1FA 1BUPA 2E2NA 5AZIA 3VF2A 1K8KA 3H6EA 2P9IA 1X3MA 1X9JA 3FGUA 4DCHA 4B9QA 5BPNA 3D7EO 5F1XA 3UB5A 4H5WA 3WUHA 3S41A 5AQNA 4DB3A 5FPEA 3WQUA 2YCHA 3JXUA 3MN9A 3BUZB 5AQZA 3UKRB 3ZX3A 3GE1A 2P9KB 3D2FB 5CE3A 1T44A 2NRHA 1T6DA 1NGGA 3QB0A 1DEJA 3DXKA 5EXWA 3WXKA 3CHWA 1GLLO 4JAXA 2A40A 3O8MA 2V52B 5FPNA 2AP1A 4B1UB 5KQ8A 4I6MA 4PKGA 3H3NO 2A42A 3EKSA 2I7PA 3ULEB 1X3NA 3FZLA 3ZETB 4K25A 3C0BA 3GG4A 4EAHD 4QS7A 4BR4A 3R9PA 4YDUA 4BRDA 1HX1A 5AQTA 5AQLA 4EHTA 3O80A 3QMLA 5LJWA 4K41A 1HKBA 2YHYA 3SMSA 1U6ZA 3OHRA 2GTDA 3P4IA 1NGJA 3W0LA 1YAGA 4MO4A 3MCPA 4E1JA 1ZBSA 5BPMA 3CJ9A 4XH4A 3KVGA 5E84A 3WXLA 4CBUA 2VWBA 4WQ4A 3I33A 3FFKB 3JS6A 3UE5A 2D0PA 3AARA 1NWKA 1RGIA 3CJ7A 4CZIA 2ZGYA 4CZMA 3IMXA 1QZ5A 3DWLA 2V51B 3O1WA 4FSVA 4H5VA 1Z6RA 4IO8A 4JNEA 3O4WA 1NBWA 5B8HA 1NGIA 1IJJA 4BVOA 4A2AA 3MMVA 4H5NA 5AZJA 1BO5O 1NLVA 3CI5A 1RDWX 2CGKA 2P9SB 4FWRA 5LY3A 5AZIB 4CZGA 1J6ZA 4M7YA 2Q0UA 3VOVA 2HF3A 3VEOA 4BC2A 2FSJA 3O6WA 3U9DA 3CERA 3L4IA 2QM1A 3SLCA 2WUSA 1TYQA 4PKHA 1NGBA 1MWMA 4B1YB 2NLXA 5AQQA 4BQZA 5KPRA 1KAZA 2FF3B 2IIRA 2VYPA 2OANA 1HKCA 4BRCA 3AAQA 3HSCA 4BC5A 3ATUA 5ADXH 5EX5A 5JLFA 2P9UA 4FL9A 2V7YA 4EIAA 3TPQA 4BC4A 4BR7A 4WQ5C 2BUPA 2IVOA 2E2QA 5AQSA 1E4GT 3WQTA 2E8AA 5ADXA 3IUCA 1YXQA 4PL8A 4B1WB 2Q97A 1ESVA 4CD3A 5BRHA 1U2VB 3IDHA 4ISEA 1ZC6A 3MN7A 1JCFA 3CIPA 3CJ1A 3R8EA 4Y0WA 3M3ZA 3LL3A 3LM2A 2DPNA 4FWOA 5F2RA 1MDUB 2F9WA 2ZGZA 5AQJA 1JCGA 4ISGA 4BR9A 5BR9A 1BG3A 2ITMA 4RWTA 3ID8A 2QWMA 1LOTB 4FO0A 3UKUA 4BR0A 4DQ8A 3QDKA 1HJOA 3C7NA 4FWKA 3U8XA 4BRAA 1TUUA 4A62A 1KAXA 4BR2A 3SMPA 2YJEA 3MN6A 2P9LB 3VEYA 3LDLA 3WEEB 1Z05A 4BVPA 3RSEB 5ELZA 3SK3A 3ZEUB 2Q2RA 4K42A 5AQXA 5I9EB 1RFQA 2W40A 2BTFA 2A5XA 2QW9A 3ZX0A 4YDUC 3VESA 3VERA 2A3ZA 4O8KA 4BR5A 1HKGA 4H0TB 1OKJA 3LM9A 2P9NA 3WXJA 3VGMA 1GLBG 3F9MA 2IVNA 5AQGA 4CZEA 4IJAA 3BEXA 4M7XA 4A61A 2PBDA 4AM6A 4IWVA 2GUPA 4MLHA 4CI6A 5AQFA 4CZHA 5F0XA 3HZ6A 3A0IX 4WQ4C 1Y64A 2VCPA 4BC3A 1NGCA 4PL7A 3BF1A 1SQKA 2FSNA 2ZWHA 1E4FT 2ASPA 1WUAA 2YHXA 3KHYA 3QBWA 4Z94A 2KHOA 3VGKA 3DXMB 3EZWA 2ASMA 3O08A 4ISFA 3H1QA 2QWPA 3MK6A 4BGBA 5KPZA 3B8AX 2QWRA 1C0GA 1NGHA 1R59O 3MDQA 1XUPO 4A2BA 2I7NA 4BRHA 2YJFA 1S3XA 4CZLA 1ATRA 5BPLA 3WT0A 1QZ6A 3I8BA 3A5MC 3FZFA 2J4RA 1DKGD 3DJCA 2GEMA 4EHUA 3QFUA 2P9KA 4LC9B 3FZMA 5KPTA 1K8KB 3D2EA 3D2FA 4MO5A 4BRPA 1V4TA 2EWSA 1BA0A 4QS8A 3WXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGYA 1S22A 2ZJPL 1CZ9A 2QTDA 5AQRA 1ILYA 2G8UA 4FJXA 4H03B 1LCUA 4JKGA 3L2QA 1BI4A 1GLEG 2OPSA 1Y97A 3P31A 5EOYA 3IFRA 3A5NC 3J8AA 3O9TA 2EHGA 3VTIA 3VN5A 3T1HK 2GWKA 1BWFO 1DTQA 2Z1JA 4EZ9A 4R79A 3OBWA 2D1KA 2XY6A 3AO5A 4I6MB 4AM7A 3SI6A 2B6AA 2QWOA 3VEZA 3AVLA 5LMUK 4CJVA 3ZSQA 3HI0A 2E20A 3ITHA 3KZBA 4CFBA 5M1PA 2OTJN 3LDOA 5AQUA 3EKUA 2CGLA 4L3QA 3D0PA 1O1WA 4FCYA 2D4WA 4XH1A 4G9ZA 3VENA 4DR6K 1JCEA 4H0OA 4K43A 5CZ2A 3H45C 3MN5A 4J2EA 1NKEA 4B9LA 4FJKA 5CR4A 3L2RA 3F73A 4CJ5A 4BE2A 5E41A 3KTQA 4DFKA 4CBWA 1VQON 4BREA 4BWMA 3KD5E 1Z25A 1HNVA 3OYLA 4DFMA 3G25A 3ID6A 1Q82O 1QQOA 2D5RA 5SZTA 3H46O 3LDQA 2AA4A 1S1UA 3KLEA 3A5OC 2QI2A 2HBKA 3KKSA 3K9JA 1BU6O 2X78A 4KH4A 3VEWA 3NGIA 3EO3A 3OA9A 2Q0RA 3H1VX 3PIOL 2W41A 4ICLA 5LMNK 1N33K 3CETA 1QS4A 4B3TK 3EL2A 2KZZA 4JHDB 1BCMA 3LDPA 1IKYA 3ENHA 1BISA 4CIGA 3PSIA 1VAZA 5BN8A 1FK9A 2QWQA 3O1BA 1OVQA 4CVNE 4NYNA 5AQYA 5T7BA 3DRRA 4FWNA 3WXMB 4KHSA 1HUXA 3HK2A 2HSTA 3RSEA 1C0FA 4BRKA 3DI6A 4FZYA 2YX6A 2D0CA 1X9WA 4FPBA 3C7NB 3TWHA 5IWAK 3LAMA 3QBXA 4W5QA 4CEFA 1JLQA 1RT5A 2E1YA 4RTFD 1QVGM 2A6AA 4KBOA 2QXLA 4DQPA 4B9SA 4CD1A 3ZSXA 3QIPA 1TAQA 4BRQA 4BRMA 1FJGK 1VQ4N 1XHXA 3AVAA 1GLAG 1KTQA 3R6MA 3GBTA 3SCXA 3NMUA 2UYTA 3V9WA 4LY7A 4I7FA 4DLGA 2P9NB 3FZHA 4DV1K 4XEIA 5DMRA 4FM1A 4O44A 3HVRA 3RRGA 1BA1A 4GV6A 4LSLA 2HBLA 3MECA 4FJMA 4O5FA 3R1XA 2P9PB 3HOSA 1R0AA 4JS5A 1GLDG 5C25A 4DV6K 1XQSC 4JI1K 4QCLA 1YITN 4WQ5A 4FM2A 1QHAA 1Q9XA 3VF2A 4W5TA 1K8KA 4CEOA 1NG9A 4C8NA 2HHVA 3CPEA 5FLXO 1RDUA 1XMOK 5CHIA 3P83D 3THYA 3WUHA 3OYAA 1L3UA 4DB3A 2YCHA 4OGCA 4CJ3A 2VWKA 1VQ8N 4DUYK 2A1SA 5CE3A 3BZCA 1NGGA 4IDKA 3CQ8A 3NAEA 3WXKA 3SAGA 3L3UA 5FPNA 2GUIA 4JKGB 3OVNA 5DM7L 2E5LK 1BI4B 3IS9A 1LWEA 3OTOK 4K25A 3GG4A 3V9SA 1S1WA 3QERA 4AHVA 4BR4A 3VQCA 1RDAA 4YDUA 4BRDA 1HX1A 4AHUA 1KFSA 4FJNA 1K6YA 2ETJA 2F4VK 2O8CB 5LJWA 4FVUA 1U6ZA 3W0LA 1YAGA 3MCPA 4CF1A 1ZBSA 3EE8A 4KTZA 4XH4A 3KVGA 3CMEN 4PUOA 5CZ1A 3QESA 3J7ZO 4FZZA 2WC9A 1SUQA 2D0PA 5KRSA 4CZMA 3CCUN 1QZ5A 3DWLA 4RG8A 2DY4A 4H5VA 4IO8A 3VMFB 1NK8A 1JJ2M 4B9VA 2FBVA 1P90A 1NGIA 1IJJA 4K0KK 5AZJA 3RMDA 1BO5O 4FLYA 1HNXK 4W5RA 1RDWX 3QEXA 4FWRA 5AZIB 3QNOA 1J6ZA 1OH6A 2HF3A 4MDBA 3O6WA 4OKEA 4IOAL 1ZYQA 4C8OA 3AO2A 4Y1DA 1BQNA 1WSIA 3CERA 2QM1A 2IC3A 3TTDA 3O3GA 4B1YB 2NLXA 4HUFA 3KIOA 1N6QA 3SBTA 2O8EA 1RTIA 2IIRA 4OPKA 3K59A 2VYPA 2OANA 1HJRA 2Z1IA 1F21A 3DLEA 3V1QA 1CZBA 4ZTJA 2OA8A 4BC5A 4JI7K 1D9DA 1C0UA 2P9UA 1SL1A 4FL9A 4U7BA 1VQ5N 4B8CA 2V7YA 1BCOA 3ZSRA 4BC4A 2BE2A 3QO9A 4Z4CA 3CCJN 4YOWA 4DV3K 4KB1A 1RCHA 4CJKA 5AQSA 2E2QA 3WQTA 2F8SA 3DRSA 4JK9A 1J5OA 2OZMA 4B1WB 4F4KA 5BRHA 1N36K 3T69A 3IDHA 3MN7A 1JCFA 4CF2A 4CEAA 1C1AA 3LM2A 4FWOA 2ZGZA 3CCMN 4NLCA 4RWTA 3CPWM 3ID8A 3SAFA 4BR0A 4FO0A 2FBTA 2IAJA 2YNFA 4X62K 3U8XA 3TAGA 4A62A 2YJEA 5HBMA 1JXEA 3F2KA 5DK5A 1EO1A 3RSEB 5AQXA 1LWCA 3BDPA 1RFQA 3O9QA 5CYMA 4CECA 4CERA 2G8FA 2KKZA 3EZ5A 1Q9YA 3SUPA 1OKJA 3NGZA 3LM9A 3WXJA 3HSTB 4IJAA 4A61A 3F5TA 3MX5A 2F8TA 4HHTA 3T3FA 5AQFA 3DLBA 3HZ6A 1Y64A 2VCPA 1K73O 2HHTA 3CC7N 5I3UA 4OLBA 1NGCA 4CEBA 3BF1A 2KLAA 3L8BA 2VG6A 2ZWHA 1WUAA 3LWLA 4E7JA 3VGKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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