4A62A

Parm from r1 plasmid in complex with peptide from c-terminus of parr
Total Genus 109

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDEADSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (2-7)TI1 (8-11)AH1 (76-88)AH2 (116-126)S2 (11-17)O2 (67-69)TI7 (172-175)AH9 (310-319)TI2 (18-21)EMPTYS3 (23-29)S4 (32-33)O1 (33-35)S6 (53-57)TI3 (58-61)TII'1 (40-43)S5 (47-50)TII1 (132-135)S10 (130-132)TIV1 (49-52)3H1 (70-74)3H2 (104-106)S7 (95-102)TIV2 (147-150)S13 (176-182)S8 (108-109)S9 (113-114)S14 (187-194)TI5 (109-112)S12 (165-171)3H3 (150-153)AH3 (154-159)TI6 (161-164)3H4 (183-185)AH8 (282-294)TI8 (194-197)AH7 (245-268)AH4 (199-213)TVIII1 (195-198)TIV3 (239-242)TI10 (241-244)S15 (275-279)3H5 (298-300)3H6 (307-309)S16 (301-302)TIV4 (304-307)TI4 (61-64)S11 (139-147)AH5 (219-228)AH6 (232-238)TI9 (228-231)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
total genus 109
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A01
5AZIB 5BPLA 4J8FA 1QZ5A 1X9JA 3CI5A 4IJAA 1KAXA 1S3XA 1H1VA 5AQWA 3ZX2A 4BVPA 3KHYA 1E4FT 2P9LA 3AAQA 2FSJA 5AQPA 3TU5A 5BN9A 1X3MA 2CGKA 2WUSA 4WQ4A 3M1FA 4B1ZA 2E1YA 5BPNA 4FWKA 5BR9A 4JN4A 5JMVA 5TKYA 4CZMA 4BRMA 2CGLA 5CE3A 1BA1A 4PL7A 3WQUA 1NGCA 2HF4A 3SK3A 2QWQA 5F0XA 4FWRA 4WYBA 1G99A 4FL9A 3FZFA 5KQ8A 4BR2A 4GNIA 3R6MA 5AQHA 4E1JA 5AZJA 1Y64A 2A42A 3LM9A 3ENHA 3L6QA 5FPMA 5AZJB 4CZIA 3MN6A 4FWQA 4CBWA 1NGDA 3P4IA 2IVPA 1Q18A 3ID8A 4HTLA 2QXLA 2GEMA 5JICA 5AQIA 4B9QA 3D2EA 4B1WB 4QS8A 5BREA 2I7NA 4CI6A 5KPRA 4A62A 3D2EB 2HMPA 5AQLA 2Q0UA 1QQNA 3MN9A 3LM2A 2FSKA 4QS9A 2E2QA 4M7XA 5JLHA 4FWLA 5I9EB 4BRFA 4DQ8A 1ATRA 3DXKA 4EAHD 2NLXA 4BR7A 4EIAA 3MN5A 1ZBSA 1YUWA 5BRDA 5JLFA 1R59O 3DXKB 3CIPA 3LDLA 2D0OA 1T6CA 4A61A 5B8HA 4H5RA 4CBUA 1SQKA 1RDWX 3WEEA 3MCPA 2NZTA 2QWPA 4M63C 3WEEB 3B8AX 5AQOA 2ZF5O 1SZ2A 4FO0A 4K41A 1WUAA 3MDQA 3VEOA 1U2VA 2Q2RA 3O80A 1C0FA 2FXUA 4K43A 2P9KA 4H0XB 1JCGA 4BG9A 1U2VB 1BOTO 2P9KB 4BRAA 3A5NC 2AA4A 2A6AA 1NWKA 3A5LC 3ZETA 3CQXA 2ASMA 3EKSA 4CZJA 4JD2A 4H0TB 3LDNA 3ZETB 4BG8A 4BRGA 3H3OB 4JD2B 1BG3A 4BGAA 3H3NO 3O4WA 4CJ7A 1BO5O 4NB4A 3FZMA 2J4RA 4XEIA 1BUPA 5AQGA 2HF3A 2NRHA 4GY2B 5EX5A 1P8ZA 3CJCA 4FWPA 4WQ5C 3VF6A 2P9PA 1MDUB 1XC3A 3R9PA 3A0IX 5ELZA 1LCUA 3WUHA 4CZFA 4CZKA 5KPTA 3GDQA 3O1BA 3BF3A 3O5BA 3QB0A 3JXUA 1RGIA 3UB5A 3S41A 3DJCA 3VEZA 4BRNA 1QQOA 5EY4A 2V51B 2CH5A 4H5TA 2Q1NA 3UKRA 4H5VA 3VEWA 3H45C 2QWLA 3UKRB 5AQRA 5AQTA 1MWMA 4BRIA 3WXJA 4M7YA 3D2FA 4FWOA 5AQXA 3VF2A 3FE1A 2QWNA 1YXQA 3D2FB 1JCFA 3J8AA 3CHWA 2A40A 4BC2A 1NGIA 3ATUA 3GOIA 2QWMA 4AM7A 1ESVA 3DAWA 4FSVA 3SMSA 3WXLA 3C7NA 3WXIA 2ASPA 4EHUA 4QS7A 3ZX0A 4BC5A 1DEJA 2Q36A 4CZLA 3C7NB 4FWMA 4B1VA 3R8EA 1OKJA 2YJFA 3IUCA 4I6MB 3H1VX 3QBWA 3SJHA 1HPMA 4BQZA 3IMXA 4IXCA 3CJAA 3JS6A 3RSEA 5LJVA 3LDPA 3WT0A 3FFKB 3U9DA 4FOEA 1IG8A 4IZ9A 3RSEB 3UE5A 2Q97A 3CETA 2YHWA 2P9SA 5EVZA 5AQUA 5AQMA 4EHTA 1BU6O 5FPNA 3CQYA 1T6DA 3D7EO 2P9SB 2Q0RA 2QM1A 3AY9A 4IO8A 4JHDA 3LDQA 1HKBA 2FF6A 4H5NA 2ZWHA 3A5OC 1NBWA 4JHDB 4KBOA 5AQZA 5BPMA 4FOIA 4CZHA 4BR5A 1TUUA 1D4XA 2F9TA 4FWSA 5FPEA 2E8AA 3BUZB 1BWFO 3CJ1A 5ADXH 4WQ5A 4XH4A 3H6EA 5BN8A 4MO4A 5KQDA 1SAZA 3GBTA 5LY3A 2BTFA 3L0QA 3VETA 2YI1A 1EQYA 2D1KA 3O1WA 1NGJA 3TPQA 2P9NA 3VERA 3GL1A 1ATSA 2GUPA 4RWTA 3L4IA 4MLEA 3WQTA 2PAVA 1NGAA 2P9NB 2CGJA 4BRLA 2YJEA 4H0PA 4C23A 1C0GA 4A2AA 1YAGA 1NLVA 4YDUC 2ZGYA 4IJNA 2H3GX 4MO5A 5AQKA 3U9ZA 2A41A 1GLBG 4BR0A 1GLEG 1QZ6A 3W0LA 4F9OA 2VCPA 4JAXA 1NGHA 2V52B 2IVOA 3CJBA 3F9MA 2GWJA 4BRCA 3O08A 1HUXA 4NO7A 3VOVA 1RFQA 2P9IA 3ZX3A 4XH1A 2E88A 4RCHA 4B1UB 4ISFA 2GTDA 4XH5A 3IDHA 2P9IB 3QFUA 1GLAG 3VPZA 1YVNA 3KVGA 4AM6A 1V4SA 1MWKA 3AARA 1NM1A 2UYTA 2FF3B 4CD1A 1BDGA 1WOQA 5AQSA 5F2RA 2KHOA 1IJJA 2V7YA 3OHRA 5EOYA 3VENA 5AQQA 3U8XA 1DKGD 2AP1A 3HI0A 1GLJO 2W40A 2V7ZA 2GELA 2GWKA 3FLCO 4BRHA 4DCHA 5ADXA 3M3ZA 3BP8A 4MLHA 3VESA 3U4LA 2A3ZA 2ASOA 2IIRA 2W41A 3M6GA 4BR9A 1NGBA 4CD3A 2VWBA 3CJ7A 3EKUA 2E2PA 2P9LB 4DB3A 1HLUA 1S22A 2YHYA 2E1ZA 2QWRA 4LC9B 1GLCG 1NGEA 1Z05A 3ATVA 3QFPA 3EZWA 3HBTA 3W3DA 4BRQA 3H46O 4K25A 4H0VB 1ATNA 1V4TA 2P9UA 4ISEA 5E84A 3VEXA 3VGMA 4K42A 1GLFO 2CH6A 3A5MC 4CZEA 3HSCA 1HX1A 2P9UB 2FSNA 1KAZA 1XQSC 1KAYA 2BUPA 2EWSA 2QW9A 3GE1A 1QQMA 3LDOA 3FZKA 3FGUA 4BROA 3QMLA 2YCHA 3EL2A 4ISGA 4B1YB 4BR4A 4BQLA 3A8YA 3VGKA 1K8KA 3QBXA 2ITMA 2HOEA 5FPDA 5EXWA 1CZAN 3MK6A 3ENOA 4WQ4C 3WXKA 5BRFA 1K8KB 3CERA 1QHAA 1TYQA 2E2NA 5F1XA 1U6ZA 1NGGA 3SLCA 4PKGA 1TYQB 4BC4A 3HM8A 4BC3A 3FZLA 3CJ9A 3LL3A 2FLOA 3G25A 4YDUA 5AFUA 2Q31A 5AQVA 1GLLO 2D4WA 1J6ZA 4H5WA 3QDKA 1T44A 4H03B 4B1XB 5AR0A 5KPZA 1X3NA 2OANA 4CZGA 4DHYA 4A2BA 1E4GT 4BRKA 2I7PA 4BGBA 5AQJA 3GG4A 4H0OA 4FPBA 5AQNA 3IFRA 4PKHA 5AQYA 3VGLA 1NGFA 1ZC6A 4JNEA 3C0BA 2A5XA 3VF4A 4FPAA 1XUPO 4IWVA 3SMPA 4RTFD 3MN7A 3ULEA 1HJOA 3I8BA 3VEVA 4L3QA 3FZHA 3EO3A 2DPNA 2IVNA 2F9WA 4BVOA 1Z6RA 3ULEB 3MMVA 3O8MA 4HWIA 4BREA 4EFHA 3VEYA 5AQFA 1HKCA 3QICA 4BRPA 2QWOA 3I33A 3BF1A 1BA0A 3KZBA 4PKIA 5BRHA 2E2OA 4Z94A 4FWNA 4Y0WA 3BEXA 2PBDA 1KXPA 3DWLA 3HTVA 4O8KA 3FR0A 5E26A 2D0PA 3ZEUA 2E20A 2YHXA 3AAPA 3HZ6A 1MA9B 3H1QA 2VYPA 3ZEUB 1NMDA 4CBXA 1GLDG 5LJWA 3O6WA 3EN9A 4H0YB 3UKUA 1LOTB 1HKGA 4PL8A 5AFUH 4I6MA 3DXMA 5AZIA 2P9PB 3UKUB 1DGKN 1JCEA 4O5FA 2ZGZA 1ZXOA 3DXMB 4BRDA 1TUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F2RA 1KAXA 3SZ2A 4CEDA 1FJGK 1H1VA 2ZJPL 4YOYA 2FSJA 1SL2A 3NGYA 1VQNN 4B3OA 1WSFA 4WQ4A 3M1FA 4B1ZA 2HHHK 5BR9A 4E1NA 3M8RA 2HB5A 5TKYA 3SQ1A 2XO7A 1VQLN 1HR0K 5CE3A 5C24A 1NGCA 3RVCA 2OYQA 4KV8A 4DG1A 4DSIA 1NK5A 4KREA 4FL9A 5KQ8A 1NK0A 1RT1A 3R6MA 4G1QA 2G8KA 5LL6Z 4IBNA 3ENHA 3L6QA 3HT3A 4FWQA 1WSGA 1UA0A 2F96A 3P4IA 1Q18A 3ID8A 3QIPA 2XY6A 1BCMA 2GEMA 4GKJK 2LSNA 3D2EA 4B9QA 1S72N 4QS8A 2X78A 5BREA 5FDLA 3AVMA 3NMUA 3G6EN 4KHNA 3LM2A 4BE2A 4FXDA 3VQ7A 2FSKA 4QS9A 4C8NA 1K6YA 3T69A 4DS4A 1CXUA 1N32K 4C8OA 1YUWA 3OYIA 3DXKB 5DMRA 3LDLA 2D0OA 5B8HA 4CBUA 1SQKA 1XNQK 3QESA 3ZSOA 4JYAK 1BI4B 3KIOA 4OPJA 3MWPA 2NZTA 1U48A 3WEEB 1NKCA 3DLKA 3B8AX 4BE0A 3I0RA 1KLMA 4K41A 1WUAA 3ZLJA 1A5VA 3VEOA 2OA8A 1U2VA 2OCEA 2FXUA 2P51A 1JCGA 2KTQA 1N6QA 3RTVA 4CFBA 2D5RA 2P9KB 4BRAA 1TKXA 1NNEA 2A6AA 3A5LC 4NLCA 3C6HA 3KLFA 3I8DA 3LDNA 5IT9O 4BRGA 3SAFA 3ZT3A 4JD2B 3OTOK 4CEBA 3G4SN 3O4WA 1DTQA 3ALYA 4CJ7A 3QEVA 4PY5A 5SWMA 1ASWA 1BUPA 1RBRA 5AQGA 4EP5A 2HF3A 4YORA 4ZHRA 4KHYA 5C25A 2NRXA 3LZIA 4JKAA 4WQ5C 4OX9K 2P9PA 1MDUB 3QINA 5M1NA 1HPZA 1KTQA 1YITN 4WFBL 2KFNA 4JKDA 3GDQA 1ZBHA 3O5BA 4AHSA 1W9HA 2ZE2A 4H5VA 3OYEA 1NK9A 1HNZK 3HO1A 2QWLA 4W5TA 2YHAA 2UUCK 3OS0A 4JKHA 4BRIA 4Z4HA 3F5TA 2WONA 3D2FA 4IOAL 4HCBA 4JV5K 1S1VA 3KK2A 5AQXA 3ASMA 3TAGA 1UWBA 1FKPA 2VG7A 1NG9A 2I5JA 4OLBA 3SBGA 3TTDA 3NF9A 3O3FA 2KW4A 4O0JA 3R3LA 4AM7A 1ESVA 4PHTX 2X6NA 3QLHA 4QAGA 3C7NA 3OYCA 4CGFA 4Z0UA 2A1RA 1NKEA 1LAWA 2Q36A 1KD1O 3HL8A 1Q9XA 3QBWA 2QA4N 1HPMA 4E89A 3IMXA 3CJAA 1CZBA 3WNFA 3NH1A 3FFKB 1YF5L 1DT9A 3U9DA 3PO5A 1IG8A 1VRUA 4B9SA 2YHWA 3LPTA 5AQUA 1BU6O 3KD5E 3CQYA 2RN2A 3D7EO 3RR7A 2NNWA 2Z1GA 4DV6K 3OYKA 1YJ9N 4JHDA 4ELVA 3QERA 1NBWA 4KBOA 1ILYA 3LALA 4CZHA 5KGXA 1KRPA 1TUUA 3O3GA 2XY7A 3O3HA 5HLFA 5FPEA 4JKGB 3AVFA 5CY4A 1HQUA 4CJWA 1BWFO 3CJ1A 5BN8A 4XH4A 3H6EA 4DQSA 3S3NA 4GV9A 4MO4A 4FJ9A 4FLVA 5LY3A 2ZD1A 1Z26A 4EZ9A 4CIFA 4DV1K 3LWLA 3TAPA 3L4IA 4CJ5A 1VSIA 2PAVA 4WCEL 4BRLA 1IKXA 4BWMA 3LPUA 2GBZA 4YOWA 3M8SA 1HNXK 3C95A 1YAGA 4HTUA 1NLVA 4YDUC 1YT3A 4TSXA 4IJNA 2H3GX 1KCFA 3OBWA 3BZCA 2DFEA 3OYAA 5HRNA 4F2SA 4BR0A 4GVMA 1HQEA 4F9OA 1VQ4N 1S1UA 4W5RA 3HP6A 4WF9L 3DMJA 5C2FA 4DV3K 4PUOA 1VSJA 3O08A 3ZX3A 3MXMA 2GV9A 3KWGA 4XH1A 4FLXA 4PWDA 1RDDA 2WBNA 3MWTA 4FZZA 2GTDA 4XH5A 3IDHA 4CJ4A 4F4KA 3QFUA 4E3SA 1VSHA 3M8PA 1U47A 1WOQA 3LP1A 5AQSA 4DSLA 4DFPA 3CQ8A 4DU1A 4M3YA 2O8EA 1S1TA 3HK2A 3DYAA 4LF6K 1VQ5N 4M3WA 4CIGA 1SKWA 2O8FA 1GLJO 4JKEA 4DCHA 2FC0A 4AHRA 3DRPA 3U4LA 1I39A 2A3ZA 2W41A 1NGBA 3P83D 4JI2K 4JK8A 3RR8A 4DQPA 1WSIA 4F3TA 4CECA 3MX5A 1W0HA 2QWRA 1GLCG 4BRQA 2OPRA 3HBTA 4JI6K 4DLGA 5GINA 4IOCL 4ISEA 4AF1A 4E1MA 4K42A 4N76A 3MX2A 3A5MC 3MCAB 4N5SA 3THXA 1KAZA 2BUPA 2QW9A 4BY9C 3LDOA 3TSPA 2HNYA 3QMLA 4ISGA 4KTZA 3ZYYX 4PQUA 1KFDA 3VGKA 3O9QA 3QBXA 1X9WA 3MXIA 4B08A 3MK6A 1L3UA 4WQ4C 4K8ZA 1K8KB 4JI7K 3IAYA 5F1XA 4CHNA 2KZZA 1U6ZA 3SLCA 1Q86O 4FYDA 5H1SQ 1VSLA 1S9GA 1TYQB 2WFBA 3DRRA 3EZ5A 3QNNA 4C8MA 4N56A 3R1XA 4LFCK 3KD1E 2UU9K 2Z1JA 3H08A 3HP9A 2OANA 3CCSN 4ZTJA 3SPZA 3S9HA 3GG4A 1NKBA 1LW0A 5M1QA 3LANA 1RT2A 3AO2A 3AO4A 1NGFA 3C0BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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