4AH9A

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
156
structure length
154
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 59
structure length 154
sequence length 156
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ah9A00
4N5SA 3EYZA 4CE9A 3ALYA 2B6AA 2IOCA 3HPOA 4O44A 1WSFA 2D0CA 3KLGA 4QAGA 1UA0A 4HUFA 1TL1A 1GOCA 4DSFA 2Z1HA 3V1QA 2B4JA 4H8KA 4ID1A 4J2AA 2HHWA 3RMBA 3O3FA 3NDKA 4NYNA 4O0JA 4E7LA 3K2PA 3O4NA 4CJ4A 3V9XA 3DLHA 1RCHA 3DI6A 4WE1A 1X1PA 3KKRA 1RILA 1QSLA 3S3MA 2Y1IA 1RDCA 4CFBA 4DTMA 1YTAA 3JYTA 3PO5A 4I2QA 3CYMA 3C94A 3AVGA 3CM6A 1NKEA 4OKJA 5HRPA 3PX0A 4DQPA 3CFRA 2YNFA 2VWJA 4CJSA 3IS9A 1ZYQA 3RWUA 4LSLA 1NK0A 3OYHA 1U04A 2RF2A 4CEFA 2IGIA 2Q3SA 3OS2A 3QNNA 1A5VA 1VSFA 3RR8A 3HJFA 3HK2A 3SUPA 4IG3A 4C8KA 4NCBA 3OYBA 2Y1JA 1SL0A 1XWLA 4I2PA 1SL2A 1T03A 2WOMA 4Z4HA 2HW3A 1K6YA 3VQDA 3AVJA 3K5MA 1TVRA 3AVAA 3K5OA 4FZYA 3HSTB 3OYGA 2D0AA 5SWMA 4ELUA 4CIFA 1S1UA 3DMJA 4OJRA 4RW8A 4CFAA 4FM0A 4DSLA 1T05A 4FK2A 4Q5VA 3OYEA 4FLUA 4EP5A 2HNZA 3SUNA 4DSKA 4I9QA 4FK4A 2DTUA 3TAPA 4FZZA 3NGZA 1J5OA 3M8QA 1HNVA 1XHZA 3SUQA 1IKWA 4KB0A 1IO2A 4FW1A 4KRFA 4OGEA 4N76A 1Z25A 1VRTA 2VG6A 2VG5A 2PY5A 1KRPA 1BL3A 3KTQA 1A5XA 1RTHA 2DFHA 3NGIA 4CGIA 3LP1A 4CCHA 1ZBHA 4IBNA 4M3XA 2DY4A 4CHZA 1RT5A 4FLWA 4E7KA 3PV8A 3KLEA 3PUFA 3LP3A 5C25A 3PX6A 3SJJA 3DLEA 1LV5A 3HYFA 2G8WA 3L2VA 3U6FA 4J2DA 2VWKA 1KCFA 4N47A 2EHGA 1VSHA 2BANA 1CXUA 1NK5A 3KJVA 4KHQA 2OA8A 3VQPA 3DRSA 3VQ4A 1EX4A 4Z4GA 3S3NA 1WSEA 4HUGA 4FXDA 3AVLA 3AA4A 1HPZA 3SQ1A 2FC0A 1RDBA 1ZBUA 4CJUA 3PY8A 4F2RA 4KI4A 5EU7A 3T19A 4KAZA 4CF9A 4JS5A 4CJWA 2D0BA 4M3UA 4HTUA 4AH9A 2X74A 3C6TA 1KLNA 3K57A 3SPYA 2W42A 4CEOA 4B9VA 2YKNA 1SV5A 4N56A 4M3TA 5CYMA 3NH0A 3SQ4A 3L3VA 3KLIA 4DTOA 4DFMA 4KHSA 1JXBA 4LSNA 3I8DA 1VSJA 2EX3A 4OPJA 3O3HA 3THVA 4CJQA 1NOZA 3MXMA 3V1OA 2IS3A 1BCOA 1WLJA 3OYCA 2RN2A 1LAWA 4CJEA 1QQCA 4BE1A 4W5OA 1EKEA 2FBYA 1ZBFA 3EY1A 4AILC 5HP1A 4BE0A 1IG9A 4FJHA 4ELVA 4PA1A 2E6MA 3ZT2A 1DTQA 1JL2A 1U4BA 3V9ZA 5I3UA 4CECA 3QERA 2YHBA 2Z1IA 2P51A 4DF8A 1A5WA 1Q9YA 5FDLA 3K5NA 4K8ZA 4RW9A 1RTDA 4B9SA 2F8TA 2KFZA 2X6SA 1UWBA 1L3UA 2GBZA 3VQBA 1VSKA 4CIEA 1D8YA 2YNHA 3EZ5A 2XRIA 4CFDA 1RBSA 1SKWA 1EETA 4KTWA 1REVA 1KVBA 3SPZA 3KKSA 3HL8A 2FBVA 1QE1A 4DFPA 3AA5X 1HYVA 4J2BA 3K59A 2B5JA 4E89A 4FLZA 4OKKA 3TAMA 2OYQA 2XO7A 3OY9A 2QK9A 1JLBA 3RMDA 4CGFA 2XY5A 3KLHA 3ZSRA 3NH1A 5KGXA 1T7PA 1BI4B 2R7YA 3VQ6A 2O4GA 3AA2A 3DOLA 3L2QA 3OYFA 3V81A 2E6LA 1L5UA 4RW6A 3LWLA 1FXXA 3L2UA 1TAQA 1NJWA 3VA0A 3CQ8A 3HO1A 2YV0X 1KSPA 3BGRA 4DS4A 3QEVA 1VSEA 1RT6A 1CZBA 1WSGA 3NGYA 4KHYA 4CJ5A 2JGUA 1GOBA 4CJTA 4CHNA 3RMAA 4LH4A 2G8FA 4EZ6A 4KTQA 2HB5A 5KRSA 3LZIA 3LANA 3LALA 4HHTA 1X9MA 1CLQA 4B8AB 4DF4A 2ZD1A 4DSIA 3C6UA 3ZSXA 3TANA 4FJXA 3CG7A 4CIGA 3VQCA 5HRSA 1VSDA 4CEZA 3L2RA 3G0ZA 4KPYA 4F8RA 2BDPA 2DFEA 5KRTA 3OYKA 4DWIA 3IRXA 4ZTJA 4EP4A 3ZT0A 3RTVA 3M8PA 1HYZA 4E7JA 3KK1A 3QESA 1RBTA 1ZBIA 4F3TA 1FK9A 3LWMA 3TI0A 4JS4A 4KREA 4DSEA 2G8UA 5CZ1A 3WNGA 3AVFA 2JLEA 4H4OA 2ZQBA 3IAYA 4ZHRA 4I9LA 3C95A 4O5BA 4ICLA 1C1BA 1WAJA 3AO3A 1KVCA 1RBUA 3DLKA 3B6PA 1LAVA 3MECA 1HNIA 3OJUA 1CXQA 1KTQA 2NUBA 4FJ9A 4IKFA 2KTQA 4CJVA 4OKEA 3L2WA 3KK3A 5DMRA 3HM9A 4BDZA 1U49A 2I5JA 4CEBA 4ID5A 4FLTA 3NHGA 3MXIA 1J53A 4M45A 2FBXA 3ZT3A 2YHAA 4DTXA 3P83D 4KHNA 3HVTA 1C1CA 2YNGA 3TARA 2O4IA 4DS5A 4FJ8A 4FJIA 1D9FA 1TK8A 1NJYA 1C1AA 1RT4A 4CHQA 3DLBA 4QCLA 4MFBA 4Z4IA 3SV3A 4CK3A 2OPPA 1B92A 1O1WA 4GW6A 3I0SA 5HROA 3AO2A 4NYFA 5DK5A 4DTSA 4B3OA 3ASMA 4DMNA 3KK2A 1NKBA 1JKHA 3MEEA 4C8LA 2ETJA 1WNSA 2KFNA 3MEGA 4UQGA 4FVMA 2DFFA 1TKXA 4N41A 1BIUA 4CJFA 3K5LA 1VSMA 3S3OA 4FJLA 2HHSA 3NAEA 4AHCA 4CJPA 3AVNA 2RKIA 4JLHA 4O0IA 4IFVA 1BGXT 1HMVA 3HXMA 2ATQA 3PO4A 1S5JA 1UAXA 1RBVA 3ZSOA 2OZSA 3D0PA 4F4KA 1VRUA 1S1VA 4HUEA 5J2MA 4FJMA 4K8XA 1HQUA 5HRNA 1S1WA 3DOKA 5C24A 1W9HA 1EP4A 5HBMA 3M8SA 3ITHA 4FW2A 3SV4A 3QEWA 4RG8A 3VA3A 3KD5E 3E01A 1Y97A 4Y1DA 4FM2A 4GMJB 2OPQA 1BCMA 3D45A 3OYDA 4B9TA 3CFPA 2IAJA 3KD1E 4W5QA 4B8CA 4IG0A 5CYQA 1SKSA 3NE6A 1HYSA 2KQ2A 3U3GA 4KI6A 4CF2A 1NK9A 4FCYA 4IDKA 2A1SA 4JRQA 3RMCA 5HRRA 3S9HA 4NCGA 1D9DA 1C0MA 1WN7A 4DU3A 4MQ3A 4L8RB 4FM1A 3AVBA 2OZMA 4KHUA 3ZCMA 3ZSQA 1RDDA 4DTUA 2G8IA 3NBPA 4FJ7A 1L3VA 3VQAA 2G8VA 4DU4A 3TAQA 1LW2A 2QXFA 1MU2A 3LP2A 3RR7A 3CM5A 4FLYA 2IC3A 4DTJA 4BE2A 1NJZA 4CEDA 4TSXA 3B6OA 5C42A 2AJQA 4E19A 3QNOA 3L3UA 3OJSA 2ITGA 1QSYA 3ZSYA 4DSJA 4CEEA 1NK6A 4Z4CA 4C8MA 1WAFA 3HPGA 4FLVA 2A1RA 1TKDA 3DLGA 1N5YA 1YVUA 1S1TA 3KIOA 3OYAA 5CY4A 1ASVA 3AVMA 3HPHA 3SQ2A 4DFJA 1JXEA 3L8BA 5J2QA 1LWFA 1HQEA 3TR8A 4ELTA 4FJKA 3OYMA 3DLRA 3VQQA 4CJKA 1U45A 2HMIA 1QTMA 1BISA 1C6VA 4BDYA 3FFIA 3OYIA 3T1AA 3VQ5A 4FJ5A 5FRNA 3HT3A 1RNHA 3TAGA 1NJXA 1X9WA 3ZT1A 3TAEA 1NK4A 1NKCA 1TKZA 1Q9XA 2OPSA 4FLXA 1JLEA 4KO0A 2Z1JA 3DRPA 1TKTA 2FBTA 4B9LA 3BDPA 3LPTA 1N6QA 2E4LA 1BQNA 1FKPA 4M3ZA 3LP0A 3RRGA 1WSJA 4FYDA 3NF8A 3RRHA 4OGCA 5J2PA 3SQ0A 3QEXA 3QINA 1J54A 3QETA 4M3WA 4CGGA 5E41A 1ITGA 4CF8A 4CJ3A 4FJGA 1LW0A 4H4MA 3LZJA 4PQUA 4LY7A 2YNIA 4OVLA 3ZT4A 5HLFA 2HHVA 1YT3A 4AHRA 1U47A 4YNQA 2PYJA 3AO5A 3AVHA 4IFYA 1JLAA 1SUQA 3ZSVA 4CEQA 4CHPA 4CJLA 3AVKA 3UIQA 3OYJA 4CF1A 1JLGA 3NF9A 3F73A 4CGJA 1CZ9A 3DYAA 1BIZA 4CK2A 4GVMA 3HP6A 4KFBA 3SUOA 3A2FA 4B08A 3PX4A 1X9SA 1IH7A 4CEAA 2QKBA 3OYNA 4BDPA 4E3SA 3V9SA 1U48A 5JS2A 2PYLA 4W5NA 3KLFA 1RTIA 3JSMA 4CESA 2G8KA 2KW4A 4CERA 3VN5A 4E1MA 3V6DA 4Q0BA 1KLMA 1YTUA 4OLAA 1BI4A 4KV8A 3LDSA 2F8SA 1RDAA 3MAQA 4ZTFA 4XIUA 4NCAA 3P5JA 1BHLA 2PZSA 4I7FA 4E7HA 4JRPA 3T3FA 2Z1GA 4Y1CA 1JL1A 4AHTA 2HVIA 3QIOA 1VSIA 1NK7A 3H08A 1TL3A 4M41A 3OYLA 3QEPA 2LSNA 1WSHA 1XI1A 1Z26A 1QS4A 2P1JA 3I0RA 3VQEA 4CJRA 1HRHA 3AVCA 3LAMA 3ULDA 4RW4A 4CHYA 3V9WA 4FZXC 2D5RA 4DQQA 4W5TA 1S1XA 2HHQA 1UOCA 1RT2A 3DRRA 4E1NA 1IKYA 4M3YA 2GUIA 1ASWA 4YFUA 1IKXA 4CFCA 3NF7A 2RPIA 2IDOA 4HVJA 5KI6A 3LAKA 4KB1A 4FJJA 3WNFA 3AVIA 3HVRA 1NK8A 1C0TA 4EZ9A 1DTTA 1S9GA 4B9UA 5FRMA 1KFSA 1SL1A 5KGWA 2HHXA 4FJNA 3O3GA 2OPRA 2XY8A 3F9KA 4KTZA 3VQ8A 1B9FA 4DG1A 3V9UA 4C8OA 5K14A 3V4IA 2G8HA 3QO9A 4F3OA 4CGDA 4AHSA 2P5OA 1W0HA 4F2SA 3G10A 1VSLA 4CK1A 3TAFA 1EXQA 1ZBLA 4B9NA 3SNNA 1S6PA 3ZSZA 5D3GA 1I39A 2P5GA 3NF6A 1ASUA 5I42A 1QSSA 4RW7A 4C8NA 4B9MA 3SI6A 4DQIA 3ISNC 4DFKA 3MXJA 1QHTA 2VG7A 3P1GA 4CHOA 5SZTA 1TK0A 4KHWA 4LH5A 3HP9A 3VQ7A 1Q8IA 1I3AA 1RT7A 1TGOA 3U3YA 4PWDA 4E7IA 4KKOA 2XHBA 3SYZA 1S9EA 1J9AA 3QIPA 4BWMA 4CGHA 4M42A 1IKVA 5FROA 3SCXA 1TK5A 4DQRA 2BE2A 4QOZB 3WNEA 5CZ2A 3OS0A 4DU1A 3AV9A 2WONA 1G15A 5T7BA 1T8EA 2X6NA 4W5RA 1XHXA 1SKRA 4Z4FA 2KZZA 4DQSA 4Z0UA 1L3SA 4OPKA 1RBRA 2BGGA 5JS1A 1JLFA 5J1EA 4OLBA 3NFAA 4BWJA 4DTPA 1XC9A 4O55A 3AO1A 4M3RA 2QKKA 3MEDA 1RT1A 3M8RA 4AHVA 2KZMA 1LWCA 1KVAA 1KFDA 3ZSWA 3TWHA 1JLCA 1LWEA 1S6QA 1TV6A 3WNHA 2ZE2A 3NCIA 1B9DA 2XY7A 4FK0A 1GOAA 1DLOA 2GV9A 3SZ2A 4DTNA 4DLGA 2F96A 3AA3A 4HCCA 5J2NA 1RTJA 3IG1A 3K58A 1RT3A 3LPUA 2HNYA 1F21A 3AO4A 1HJRA 4O4GA 4HCBA 1L3TA 1D5AA 3DM2A 1TAUA 1WSIA 1NOYA 1C0UA 4PUOA 4Z4EA 4J2EA 2HHUA 3O4QA 2HHTA 4CF0A 3NH2A 3TABA 2HVHA 3OVNA 2YKMA 1UA1A 1VK0A 2X78A 3QEIA 4PY5A 4BACA 2HNDA 4AHUA 3OS1A 4LD0A 1JLQA 3QLHA 4DLEA 4E0DA 3CFOA 1R0AA 5KTQA 1BQMA 2XY6A 3V1RA 3VQ9A 4R5PA 4G1QA 4DTRA 1FKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N5SA 3HPOA 3OBYA 2IOCA 1VQ6N 3CC2N 2D0CA 4FWKA 1IBLK 3M1FA 4JD2B 1O13A 2HHWA 3RMBA 4X66K 3VF6A 3BF1A 4NYNA 4O0JA 3O4NA 3V9XA 3H46O 1RCHA 3DLHA 3MWPA 3U4LA 2YI1A 2PBDA 4FPBA 3BZKA 1V4TA 3CYMA 3AVGA 1NKEA 5AQRA 4DQPA 5HRPA 3PX0A 3THXA 4WQ5A 3RWUA 4YOVA 2RF2A 3QNNA 3ID6A 3RR8A 4IG3A 4NCBA 1KXPA 2H3GX 4JKAA 3OYBA 1T03A 3AVJA 3K5MA 3OYGA 2D0AA 3ZX3A 3DMJA 2HBLA 2NZTA 2YJFA 3O8MA 4CFAA 1R59O 1T05A 4FK2A 4BG8A 4Q5VA 4DSKA 2DTUA 1QQOA 1J5OA 3SUQA 2VQEK 5C10A 4LF4K 4OGEA 1VRTA 3KTQA 3ZX0A 1BL3A 5JVHL 2DY4A 4CHZA 4CZHA 4BROA 3CCMN 5FPMA 3PX6A 3SJJA 4JI0K 3CPEA 3HYFA 2G8WA 3L2VA 4J2DA 4N47A 2EHGA 1M1KO 1CXUA 4KHQA 3VMFB 5BRDA 3D2FA 5AQJA 4X64K 3S3NA 3NVMA 4HUGA 3AVLA 1HPZA 5KPZA 1RDBA 3AGKA 2CH5A 3ZEUB 4AH9A 4B9VA 3NH0A 2GUPA 1U2VA 1JXBA 2V7YA 2A6AA 2EX3A 2ZGYA 3THVA 2IS3A 4FWLA 4CJEA 4BE1A 3ATUA 4NB4A 3EY1A 5HP1A 2O8DA 1GLEG 4FJHA 4HWIA 4DR1K 4QS8A 1HR0K 4B1WB 3CQXA 3QERA 2WTUA 2P51A 1A5WA 5FDLA 4RW9A 1DT9A 4PL7A 2X6SA 3VQBA 4JI8K 1VSKA 1D8YA 5HL7L 4CFDA 3SAFA 1XC3A 1KAZA 1EETA 3MN9A 1REVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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