4AH9A

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
156
structure length
154
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQTK
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI2 (78-81)TI1 (57-60)S1 (60-68)S3 (83-89)TIV1 (67-70)TIV2 (89-92)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)TI3 (79-82)S2 (71-78)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 154
sequence length 156
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ah9A00
1LWFA 4M45A 3ULDA 1LW2A 4RW8A 1HRHA 4O55A 4CGGA 2EHGA 4NYFA 4IG3A 4FJ5A 4CJKA 4KHUA 3QIPA 2KQ2A 4I7FA 3AO1A 5SZTA 3CM6A 5CY4A 4FJGA 2X6NA 4CJFA 1L5UA 2R7YA 1C1AA 1RTDA 4I9QA 4CJ5A 3KJVA 2X74A 3PY8A 3VQEA 3DLHA 3CM5A 3AVJA 4EZ9A 1WSJA 4YNQA 3K5LA 4HTUA 3V6DA 4IDKA 2PYJA 1XHXA 4CK1A 4Z4HA 1RCHA 1KSPA 3QNOA 4C8OA 1TAUA 4KRFA 4M3XA 5HRPA 3QEVA 2AJQA 1ASWA 3ZSWA 3IAYA 1ZBHA 2YNGA 1FKOA 3NBPA 4RW7A 2HHWA 1ZBUA 1RTHA 2D0BA 3CG7A 4DQQA 1UA0A 1TL1A 1X9SA 2XRIA 3K57A 2Z1JA 1SL1A 3OYAA 2WONA 3O4NA 4OGCA 3SYZA 3V9SA 3PX0A 4FJKA 4FJ8A 4CF9A 1RT7A 3VQ7A 2IDOA 3VQAA 4CHPA 1U4BA 2JGUA 3VQ4A 4CESA 3KK1A 4B9LA 1RT3A 2JLEA 5T7BA 3PUFA 3SUNA 3L2UA 1BCMA 3S9HA 1LW0A 3LWMA 4DSIA 2YHAA 3P1GA 2F8TA 4DSEA 3SQ1A 3ZSQA 3SCXA 4FK2A 1RT4A 1LAVA 3MAQA 3QEIA 2IS3A 4RG8A 5HRNA 3LZJA 4BE0A 4E7HA 1NKCA 1WAFA 2XY8A 4CGJA 4E7LA 1HMVA 4JS4A 4CEFA 2QKKA 2KTQA 2Y1JA 4FLUA 2DTUA 3S3NA 1HYSA 3LALA 3EYZA 3TWHA 5C24A 2FBVA 3LDSA 4DQIA 4I9LA 3L3VA 1REVA 4JS5A 4GMJB 4DFMA 1XWLA 4CEAA 4J2AA 3QERA 4B8AB 1XC9A 3LAMA 3A2FA 5J2PA 2OYQA 3VQPA 3OY9A 1KFDA 1K6YA 3DOLA 4DS4A 1N5YA 1JKHA 3V9WA 3MECA 2DFEA 4FLWA 1HJRA 4PA1A 3OYCA 1G15A 4FM0A 3OYEA 4AILC 3QEWA 4M3YA 3M8RA 5KI6A 1VSEA 1HQUA 3HVRA 1HNVA 4FM1A 3SQ0A 4DQSA 2XO7A 3VQCA 3V81A 1QS4A 4W5NA 4AHCA 3OYFA 3D0PA 1VSHA 4AHVA 3KLHA 4KKOA 3KD5E 2B6AA 3VQ9A 2F8SA 1LWCA 2B4JA 3ZSVA 3KLFA 4O0JA 1R0AA 2OZMA 4FK0A 1W0HA 1DTTA 3V9UA 2F96A 4DFPA 1N6QA 3ZT4A 4CIEA 1KFSA 2HVIA 1X9MA 4DSLA 4KO0A 3B6OA 3HSTB 1IKVA 1VSJA 4CE9A 3RRHA 3OYGA 1NJXA 4FJNA 3VA3A 1TV6A 3SUPA 1Y97A 5J2QA 1O1WA 4DTMA 1L3TA 3B6PA 1NJYA 3C94A 2YV0X 2Z1GA 1A5XA 1L3VA 2YHBA 4CCHA 3AVIA 2D5RA 4F3TA 1NOYA 4AHRA 4OKEA 1FK9A 1TVRA 3ITHA 3LWLA 4DU1A 3SPYA 4KB0A 3TARA 3U3GA 1I39A 1J5OA 4KB1A 1NK0A 1S9GA 4CIGA 3AA4A 3VQ5A 1A5WA 1RT5A 1WSHA 4FVMA 1FKPA 4DQPA 4FJIA 4XIUA 4BWJA 4M3ZA 3L2QA 3TAMA 3NCIA 5KRTA 3JSMA 3ALYA 1FXXA 3LPUA 3HPHA 3NGYA 4CJWA 4G1QA 3ZT3A 4BE2A 3K2PA 3PO5A 3HL8A 4B8CA 3V4IA 3NF8A 2RPIA 4FZXC 4OGEA 5FRMA 4KTWA 3F73A 2YKMA 1HYVA 2KFZA 3QO9A 3HP6A 4F4KA 1S5JA 4KTZA 4GVMA 4YFUA 1S1UA 4MFBA 3AVHA 3ZSZA 4HVJA 1JLFA 3ZSYA 1SKSA 2BGGA 4CJ3A 1JL1A 1JLGA 3SI6A 3RRGA 2KZMA 1VSIA 3HP9A 1LWEA 4BDZA 3V9XA 4NYNA 3SQ4A 3NF9A 3VN5A 4FJLA 1WN7A 2OPRA 1DLOA 3T3FA 3C6UA 4B3OA 1TKDA 1QQCA 3H08A 3IG1A 4FLVA 1RBRA 3OYMA 5HROA 1NKEA 4ZHRA 4KHWA 1EXQA 4FZZA 4EP5A 2QKBA 2ZQBA 3AVGA 4FM2A 1SL2A 1Q8IA 4KV8A 4Y1DA 4N47A 1ZBFA 4OPKA 4UQGA 2Y1IA 5SWMA 3PX4A 1UA1A 3NFAA 1SUQA 2HHQA 4E89A 1KCFA 3CQ8A 1GOBA 4E19A 4IG0A 5J2MA 1HNIA 3OYJA 4HUEA 2Q3SA 3ZT0A 2P5OA 2XY7A 2OPQA 1HYZA 2RN2A 2FBYA 4DU4A 2HNZA 4W5TA 3MEGA 1U45A 1U04A 3VQ6A 4N56A 2VWJA 1EKEA 1UWBA 4ZTFA 4Y1CA 4J2DA 2PY5A 4LH5A 1EP4A 3U3YA 2G8KA 1KLMA 1TL3A 3L2VA 3V1QA 4EP4A 3T19A 1DTQA 2W42A 4DTNA 3SNNA 3RMBA 3DLRA 3I0SA 1VRUA 4CHNA 1NK7A 4OLAA 3V1OA 2BE2A 1YTAA 4KPYA 1ZBIA 1T7PA 2G8HA 3TAFA 3L8BA 5KRSA 1HQEA 1QE1A 4IBNA 2G8WA 4I2PA 3QEPA 2IAJA 3UIQA 1KVAA 4CHOA 3ZSRA 1WSFA 3AVCA 3NH2A 4PWDA 1JLBA 1IH7A 1RBUA 3LP2A 4CJPA 3NH0A 3DLBA 1C0MA 4CEQA 4DSJA 3L2WA 1J54A 1VSFA 1F21A 4C8NA 4FK4A 3AVBA 5E41A 1D9FA 2ITGA 3F9KA 3RTVA 1TK8A 3KD1E 2X6SA 1RBTA 3HPGA 2XHBA 1BI4B 4O5BA 4F3OA 5FRNA 4AHUA 3I0RA 1RDDA 4N5SA 4AHSA 4E3SA 5KGWA 1VSLA 3M8QA 1NK8A 3MEEA 2G8FA 3NHGA 4DF8A 3AA5X 3NF7A 1IG9A 4Q0BA 3TANA 4M3WA 1BIUA 4DTRA 1C0TA 3HPOA 4CJRA 4DTUA 1VRTA 4M42A 1TKTA 1L3UA 2BANA 5I42A 3AVFA 4R5PA 2OPPA 2ZD1A 1RT1A 4Z0UA 4CFBA 4CF2A 2IGIA 3TAPA 1WLJA 4DFJA 4CJEA 4DSFA 1BISA 3LAKA 3QESA 2HHTA 1RT6A 1D9DA 2E4LA 3OYIA 3K5NA 3TAGA 4ELVA 1S1TA 4CFAA 4DTJA 1SL0A 2KZZA 4CJSA 1TKZA 3D45A 1S9EA 3P5JA 1NK5A 1TKXA 3SUQA 2G8IA 4PY5A 4H4MA 3S3MA 1J53A 3MEDA 3QLHA 1LAWA 3AV9A 4DSKA 3IRXA 1U47A 3LANA 3DMJA 3KK3A 3RR7A 4IKFA 1RDCA 2D0CA 3PX6A 4H4OA 5HLFA 4ELUA 4AHTA 4JRPA 2G8UA 4CIFA 1C0UA 2RF2A 1MU2A 3NGIA 5HRSA 2BDPA 1TAQA 3SUOA 4KTQA 1YTUA 4E0DA 4JLHA 4FLTA 4IFYA 2HNDA 3P83D 3SQ2A 3RMCA 3AA3A 3ZCMA 1ZBLA 1A5VA 4K8ZA 2P1JA 4FJ9A 1JXEA 1JLAA 3SV4A 1GOAA 5KTQA 1NK4A 4Q5VA 1D8YA 2YNFA 3QINA 4H8KA 1BI4A 3OJUA 3TAQA 4B9NA 3RR8A 3SPZA 3LP0A 4Z4EA 1X1PA 1ITGA 4WE1A 3C6TA 1WSEA 3EZ5A 2DFHA 4W5QA 1VSMA 4J2BA 5JS1A 5CYMA 2I5JA 1I3AA 2NUBA 4I2QA 4LSNA 4CECA 3AVKA 4CJVA 3TI0A 4DWIA 4FXDA 4BDPA 1QHTA 3CFRA 4KHSA 1NKBA 3ZT1A 3TABA 1YT3A 2G8VA 5C25A 3L2RA 5HBMA 3EY1A 4B9VA 4O4GA 4RW4A 1TK5A 1KRPA 4FJJA 5CYQA 4CGHA 4QCLA 4CJLA 4HCCA 2KW4A 4E7JA 3WNHA 3AO4A 3AVLA 4E1NA 2GUIA 3NAEA 4O0IA 4K8XA 1BCOA 1EX4A 4CEEA 3DLGA 4B08A 4W5OA 4B9TA 3HO1A 3BGRA 3K5MA 1B92A 3S3OA 2P51A 3G0ZA 4FLZA 3K5OA 1BL3A 1NK6A 4HCBA 4Z4GA 4RW9A 5D3GA 4BE1A 1TGOA 3KLIA 1RBSA 1EETA 4FJXA 3L3UA 5J2NA 1WSGA 4OJRA 1ASVA 4QAGA 1RTJA 3DM2A 3ZT2A 1VSDA 1VSKA 3OJSA 3HJFA 3QETA 5HP1A 2HB5A 4CEOA 4CHQA 3AVAA 4TSXA 4ZTJA 3OS1A 1BGXT 3IS9A 4F2SA 3LZIA 4CERA 1S1XA 3OVNA 3QIOA 3I8DA 1RT2A 3AVNA 4CEBA 2KFNA 2ETJA 5CZ2A 2OPSA 1KTQA 1JLCA 5DK5A 1JL2A 2Z1IA 2YNIA 3VQ8A 2HHSA 4FZYA 3SV3A 4J2EA 3NF6A 2IC3A 2XY5A 1S1VA 4CF0A 2HHUA 1RDBA 4FW1A 3OYKA 2HMIA 4Z4FA 4E1MA 1ASUA 2YNHA 3DRPA 1GOCA 3OS2A 4CK2A 3OYHA 3NDKA 4FJ7A 4KI4A 1RTIA 5J1EA 3JYTA 3DYAA 3MXMA 1RILA 3KIOA 2VG7A 2P5GA 4FW2A 4LSLA 4CK3A 3RWUA 4LH4A 4KHNA 2GBZA 4Z4CA 4C8KA 1NJWA 1SKRA 1BQMA 2ATQA 3HT3A 2VWKA 3M8SA 4C8MA 3SZ2A 2HW3A 4OLBA 1C1CA 4F2RA 2PYLA 3DLEA 3DRSA 4KI6A 3M8PA 4M3TA 3K58A 5HRRA 2E6MA 3OS0A 3OYDA 1RDAA 4HHTA 4E7KA 4CGIA 3NH1A 1BHLA 1CLQA 3QEXA 1C6VA 4EZ6A 3QNNA 1IKYA 1D5AA 1BQNA 4OKKA 2HHVA 4FYDA 3TAEA 3ZSXA 2QK9A 1HPZA 3VQQA 4BWMA 4CGDA 1S6PA 3KKRA 4BACA 4CFDA 1ZYQA 1U49A 2PZSA 4CJ4A 1QSSA 1Z25A 5K14A 4DQRA 3RMAA 2GV9A 3BDPA 3PO4A 4C8LA 1IKWA 2HHXA 3CFOA 4DU3A 4O44A 3AA2A 5DMRA 1C1BA 3VQBA 1WSIA 4B9SA 2FBXA 4FLYA 1CZBA 3WNFA 5I3UA 3SJJA 4DLEA 4DG1A 3DLKA 2OZSA 5C42A 3U6FA 1T8EA 3PV8A 1QSYA 3DOKA 1SKWA 2HNYA 1Z26A 1CXUA 3NGZA 2QXFA 4NCAA 3ISNC 2DFFA 3DI6A 1QSLA 1L3SA 4W5RA 3MXIA 4DF4A 2O4GA 2VG5A 3V9ZA 1LV5A 2O4IA 1B9DA 1JXBA 3CFPA 3O3FA 3O3GA 3WNGA 4CHYA 4FJMA 4L8RB 1T05A 4HUGA 4DTOA 3OYNA 2X78A 4CEDA 4JRQA 3ZSOA 4OKJA 4ICLA 1Q9YA 4NCBA 3HXMA 3TR8A 3HVTA 4ID1A 4NCGA 4LD0A 2Z1HA 1KVBA 2E6LA 4F8RA 1WNSA 2RKIA 3DRRA 1B9FA 3WNEA 4CF8A 3O3HA 3KLEA 1IO2A 3LP3A 1U48A 2VG6A 1X9WA 3ASMA 4DLGA 3AO3A 2EX3A 1KLNA 4B9MA 4Z4IA 2ZE2A 4DTSA 5FROA 1TK0A 4ELTA 1QTMA 4RW6A 1JLEA 1Q9XA 2OA8A 4PUOA 3HYFA 4CHZA 4CJQA 4DS5A 4DFKA 4QOZB 1XI1A 3LPTA 2WOMA 4CFCA 3KK2A 4M41A 4CJTA 4KFBA 3NE6A 4MQ3A 1W9HA 3OYLA 5FDLA 4GW6A 2YKNA 2DY4A 4PQUA 2B5JA 2A1SA 3K59A 4N41A 1BIZA 3LP1A 2IOCA 4OPJA 4AH9A 1RNHA 3C95A 4HUFA 3OYBA 4E7IA 4DTXA 2FC0A 3CYMA 4ID5A 4B9UA 3HK2A 4KREA 1KVCA 2LSNA 3THVA 3HM9A 1S6QA 4FJHA 3VQDA 1YVUA 4CGFA 4KHQA 1J9AA 4IFVA 1S1WA 3E01A 1IKXA 3FFIA 4LY7A 1NOZA 5JS2A 3V1RA 4FCYA 4N76A 1CZ9A 3O4QA 3MXJA 1RBVA 1SV5A 3G10A 4DMNA 4FLXA 4KAZA 4KHYA 1UAXA 2D0AA 4CEZA 4M3UA 3KKSA 5EU7A 3KTQA 4OVLA 2A1RA 5CZ1A 5KGXA 1NJZA 4CJUA 1XHZA 3AO5A 1JLQA 2XY6A 1T03A 1WAJA 1VK0A 3AO2A 4BDYA 3KLGA 4CF1A 1NK9A 3AVMA 4M3RA 3T1AA 1CXQA 1UOCA 2FBTA 3RMDA 2HVHA 3VA0A 4DTPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWFA 3ULDA 1HRHA 4XH1A 4FJ5A 3R9PA 4CJKA 3VEWA 3CM6A 2E1ZA 4CJFA 2PBDA 3KJVA 4YOTA 3NVKA 5FLXO 1WB9A 5AQXA 4YNQA 3K5LA 4HTUA 2GELA 2QWMA 2A3ZA 4KRFA 3ENBA 4M3XA 4RW7A 3E9LA 1TL1A 1XMQK 1SL1A 2O8CB 3V9SA 4NXNK 4JKAA 4FJKA 4FJ8A 4CF9A 2A42A 1U4BA 4BRPA 1RT3A 3RSEB 3L2UA 3P1GA 4NLBA 4DSEA 3SCXA 1GLJO 4RG8A 5HRNA 1K9MO 4BE0A 4WFBL 3O9QA 2QKKA 1FJGK 3P39A 2Y1JA 5A2QO 4I9LA 3L3VA 3UE5A 4B1UB 4GMJB 4B3MK 4J2AA 3J7ZO 1XC9A 2Q2RA 1K6YA 3DOLA 1N5YA 1JKHA 1U6ZA 2DFEA 4CZIA 3M8RA 5KI6A 1GLAG 3R6MA 3HVRA 4AM6A 4BR2A 3V81A 4ILJA 2E20A 3OYFA 1VSHA 4AHVA 4DV4K 2OZMA 4FK0A 4B1XB 1N6QA 2HVIA 1IKVA 4CE9A 4Y0WA 1TV6A 5J2QA 3LM2A 4DV7K 2F4VK 1L3VA 3C94A 3TSUA 4CCHA 4FWRA 2D5RA 5BPMA 1NOYA 1VQ9N 3ITHA 5KQ8A 3SPYA 3RSEA 3RVCA 4KB1A 1NGAA 1J5OA 1NK0A 3VQ5A 3SMSA 4FJIA 3BF3A 3A8YA 1FXXA 3LPUA 5JVGL 4G1QA 3HL8A 5AJ3K 3NF8A 3W0LA 3O8MA 4KTWA 1HYVA 3MWPA 5AQIA 3QO9A 4GVMA 3PSIA 3AVHA 3ZSYA 3EKUA 5FPNA 2VWBA 5EVZA 1JLGA 2KZMA 4BDZA 1LWEA 3V9XA 3VN5A 1DLOA 4B3OA 1QQCA 5AQWA 1NKEA 4ZHRA 4EP5A 3AVGA 4FM2A 4Y1DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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