4AHRA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
155
structure length
153
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 153
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahrA00
1S6QA 3LALA 4DTUA 1SL1A 2BANA 4DQSA 3CQ8A 1JLFA 1JLGA 4DTNA 1SKRA 4HUEA 1DTTA 2WOMA 3AO5A 5CYMA 1S1WA 1EETA 5FROA 3VQQA 4N56A 3HVRA 3L3UA 3KK2A 4N76A 1WSHA 4KRFA 2YKNA 2X6SA 4M3XA 1RT4A 3HP9A 4M42A 4QCLA 3VQPA 3OS1A 1ZBUA 1S1TA 3OYBA 4CEOA 2P5OA 4DS5A 4DSLA 1EX4A 3TAEA 3WNFA 4B8CA 3ZSWA 3TAFA 3HXMA 3ZSXA 1NOYA 3T19A 5C42A 3OYLA 4CJ5A 4KV8A 3LAKA 3KKSA 4I2PA 1SL0A 3NF8A 4ELTA 4F2RA 2RF2A 2E6LA 1L3UA 3TANA 3DLBA 4FLVA 2VG5A 4FJ9A 3OYJA 4FLUA 3OS2A 5JS1A 2A1SA 1HPZA 1GOCA 5KGWA 4KO0A 4QAGA 5E41A 3K57A 2OA8A 4B9UA 4F8RA 3HO1A 1ZBHA 4Z4IA 5I42A 4OVLA 4O0JA 3P83D 3HT3A 3PV8A 1RILA 4FLXA 1NKEA 3QETA 1HYVA 3IAYA 4C8LA 3AV9A 2HHSA 4FYDA 2Q3SA 3B6OA 4O4GA 2RN2A 1C6VA 3OS0A 1D9DA 1EXQA 3SZ2A 5CZ2A 4M41A 3VA0A 4HUFA 5HLFA 4CEAA 1EKEA 4FM1A 4CECA 2PYJA 1S9GA 1KSPA 2Y1IA 3OYMA 4NYNA 2G8VA 1QS4A 5DK5A 2EX3A 4CFAA 3L2QA 4DMNA 4ZHRA 3NHGA 1ZYQA 1NK0A 4CF1A 4FJJA 1UOCA 5EU7A 3O3HA 4BDYA 4FM0A 4DS4A 4FK4A 4DSFA 1KCFA 1S5JA 3HPHA 3DM2A 3AVJA 4IDKA 4JRPA 4CEDA 4F3TA 4AHSA 4J2BA 1KLNA 4PA1A 2KW4A 3LPTA 5HROA 4FJHA 3V1OA 4CEEA 3JYTA 1NJZA 3VQ7A 3VQBA 1TV6A 1WSGA 4CJ4A 1O1WA 4FM2A 1IKYA 3AVFA 3AVAA 3WNGA 1TK0A 4ZTJA 3HJFA 2DY4A 5HBMA 4BDPA 1NOZA 1QHTA 4CGHA 1MU2A 4M3WA 3OVNA 4CGGA 1LWFA 3MXIA 5D3GA 3ZSOA 1X9WA 4DSEA 2HW3A 2FBXA 1QSLA 3AVCA 4FW2A 1S1VA 5HRNA 4ZTFA 4HUGA 4BE2A 2YHAA 3SV3A 3DOKA 4PWDA 2HHQA 3BGRA 1SV5A 3LWLA 4BACA 2QKKA 4IKFA 2YNIA 1U47A 1RDBA 1YTUA 3T3FA 4DTOA 4CJLA 1L5UA 4CHOA 1J5OA 3I0SA 1VSEA 3HYFA 4CGFA 1WSIA 1YTAA 4FLTA 3SQ2A 3LAMA 4CJFA 3AVHA 3DI6A 3OYEA 4O0IA 4AHTA 3K58A 3DLRA 4CJPA 2Z1GA 1JXBA 3G0ZA 4GMJB 4DLGA 1RDAA 4AILC 4MFBA 4I9LA 4N5SA 1RTIA 4FVMA 1RCHA 3AVNA 2YNGA 1JL1A 3TAQA 3TWHA 3KTQA 4F2SA 1RTHA 4CIFA 4FLZA 4RG8A 3PO4A 1VK0A 3DRRA 3L8BA 1VSMA 3THVA 5KRSA 4CF2A 3M8RA 3NDKA 1JLCA 1S1XA 2YNFA 4KHNA 2OPSA 3MXJA 4I7FA 3KK1A 1BIZA 1NK9A 4K8XA 2HHXA 1NJWA 3F73A 3ZT3A 2GV9A 3D0PA 3SQ1A 4K8ZA 4PY5A 2DTUA 4C8NA 5FRMA 1TVRA 1ZBLA 2OPQA 4M45A 1CLQA 1Y97A 2VG6A 2G8HA 3ULDA 1J9AA 2D0CA 4Z4GA 1NJXA 1B9DA 2ATQA 2HB5A 2X78A 3AVKA 3H08A 4Z0UA 1FKPA 3B6PA 2B4JA 4B9TA 3KLHA 2DFEA 3AVGA 3NH0A 1CZBA 1IG9A 4KHWA 1TKTA 1N6QA 4DWIA 4KAZA 4Z4EA 3NFAA 1XHXA 1S1UA 2O4GA 2OZSA 3PX6A 2IDOA 3SJJA 4Y1CA 1K6YA 4JS4A 3NGYA 3IRXA 4YFUA 4B3OA 4NCBA 3WNEA 4CHPA 5KI6A 4R5PA 1ZBIA 1A5VA 4YNQA 3JSMA 2D0AA 3T1AA 1JLEA 1VSHA 4B08A 4CJWA 4O44A 4CESA 3SV4A 3TAMA 3L3VA 3NCIA 5HRRA 1U49A 3NH1A 4E7LA 4CERA 3K2PA 3ZCMA 4OPJA 3ZSQA 3C6UA 4LSNA 3PX4A 3RR7A 3QNNA 4CHYA 3CM6A 1BI4A 4LH4A 4RW9A 1NK4A 3AO3A 2KZZA 4DU3A 3RWUA 2YHBA 3NGZA 3S3NA 4FZYA 3MEDA 2RKIA 1QSSA 2FBVA 5FRNA 4OKKA 2KQ2A 4E1NA 3PY8A 1XC9A 1CXUA 3O3GA 1XHZA 2HNZA 4CHQA 2ZE2A 1T7PA 1EP4A 4AH9A 3RR8A 4BWMA 2YNHA 4CF8A 1YT3A 4LD0A 1WSEA 5SWMA 3HPGA 2HVHA 1REVA 2PZSA 1D9FA 2W42A 2XY7A 4CEBA 3RRHA 3NF9A 3EZ5A 4NCAA 4F4KA 3SPYA 4M3RA 4Z4FA 3TARA 1T05A 1WN7A 3EY1A 3HPOA 4BE1A 2ITGA 4CFCA 1KRPA 1IKWA 1RT7A 3KIOA 3ZSZA 3U6FA 5J2PA 1TGOA 2HNYA 1IKVA 3QO9A 2KZMA 4IFYA 4I2QA 5J2QA 1BCMA 3NAEA 5KGXA 3EYZA 3ALYA 1SUQA 4KTWA 5J1EA 4E7IA 3RMBA 2LSNA 4B9VA 4CK1A 3L2VA 3E01A 1BGXT 1I39A 3SPZA 3ITHA 2PY5A 4DFPA 2YV0X 1JL2A 3MEEA 1JLBA 3NH2A 4N41A 4DQPA 2OPPA 4DQIA 5J2NA 1RT5A 3LANA 5CZ1A 3VQ9A 4CGJA 3RRGA 1UA1A 3QEWA 2HMIA 4E3SA 3ZSYA 1X1PA 3VQ8A 4J2DA 4OPKA 4CJVA 4EP4A 4NCGA 4ID1A 1LW0A 2XHBA 1NKBA 3I8DA 3QEPA 1HMVA 4CJUA 3TR8A 1Z26A 3FFIA 3V6DA 4J2EA 1VSKA 3VQ5A 4M3ZA 4TSXA 2G8FA 1KFSA 3DOLA 3TABA 1B92A 4ELUA 1BI4B 3DRSA 4OKJA 3ZT1A 3OYAA 4LY7A 4CHNA 3OYNA 4FCYA 4EZ9A 3VQAA 2G8UA 4FZXC 1LAWA 4KHSA 1HYSA 4FZZA 4Q0BA 1TKZA 1VRTA 3C6TA 1U48A 4FJLA 4FLWA 3OY9A 1L3VA 2Z1HA 1HJRA 4AHVA 3VQ6A 3ZSRA 4KB1A 1TKDA 2ZQBA 3NF7A 4BE0A 4CK2A 3C94A 1BISA 1DTQA 2RPIA 4AHUA 4E1MA 4JRQA 1C1AA 1ITGA 1RBTA 3KLIA 4GVMA 3SQ0A 4CJTA 1U4BA 2HVIA 1BL3A 4IBNA 3RMDA 4DTPA 4RW7A 3AVMA 1XI1A 1B9FA 3HL8A 3U3GA 1FXXA 3HVTA 1RT3A 1WLJA 1U04A 3O4QA 4HVJA 1JLAA 3LZJA 1W0HA 4GW6A 3DLHA 1D8YA 3CFPA 1A5WA 4FJIA 4FJXA 2BE2A 4DTJA 1X9MA 2KFNA 4W5OA 2Z1JA 1C0TA 3SUQA 3QEVA 4KHYA 2HHVA 3LWMA 2Y1JA 4DTSA 4RW6A 3RMAA 4CJ3A 1UWBA 1BCOA 3SUNA 1Q9XA 1FKOA 1RT2A 1ZBFA 4JLHA 5HRPA 1RBVA 4CIGA 1WAJA 2XO7A 4HHTA 3M8QA 3SNNA 4FJNA 1KVCA 4F3OA 4Z4CA 2D5RA 4ID5A 4FJ7A 2HHTA 3AA2A 3KKRA 1KVAA 2DFHA 1SL2A 2X6NA 4CGDA 3AO4A 1WSJA 1N5YA 1Q8IA 1IO2A 3DYAA 2E6MA 3ZT2A 4M3TA 1WAFA 2XY6A 3L2RA 1QTMA 4KI6A 3DLKA 1VSLA 4DQRA 2F8SA 3AA5X 3IS9A 1LV5A 3KLEA 5HP1A 5HRSA 4CCHA 4EZ6A 1DLOA 2O4IA 4L8RB 2G8KA 1U45A 3A2FA 3C95A 1KTQA 3V4IA 3ISNC 4CJQA 2ZD1A 4E7KA 5C24A 3DLEA 1JXEA 2GBZA 3OYGA 4B9SA 1C0UA 2OYQA 1IKXA 4CJKA 4FJMA 3I0RA 1W9HA 4E19A 1CZ9A 1RTDA 4OLBA 1G15A 3QLHA 4HCCA 1KFDA 1FK9A 3CFRA 3OJUA 1J53A 4KI4A 3RMCA 5K14A 4HCBA 3NE6A 1RDCA 3QEIA 1VSFA 1TKXA 2WONA 3HSTB 4W5TA 4DFJA 4OLAA 2HHUA 3NF6A 3K5OA 4FXDA 2IC3A 4HTUA 1QSYA 3QIOA 4OKEA 1GOBA 2IGIA 3LP0A 2XY5A 4CJRA 2JGUA 1A5XA 3ZT0A 4FK0A 4M3UA 1X9SA 5C25A 4IG3A 4CEFA 3TAGA 4QOZB 1GOAA 1VSIA 3AO2A 3CYMA 4CEQA 3OYFA 1XWLA 1UA0A 1NK8A 4C8KA 3KLFA 3K5NA 3F9KA 3NGIA 4NYFA 4B9NA 3VQCA 3OYDA 3RTVA 3SCXA 3MXMA 1VRUA 4EP5A 2BGGA 5KRTA 4DTMA 3L2WA 2QKBA 4LH5A 4C8MA 4J2AA 1BIUA 1RT1A 1RT6A 3DRPA 4IG0A 4H8KA 1HNIA 4CJEA 3LP3A 1TL3A 4CHZA 2XRIA 3SQ4A 4I9QA 2P1JA 2QK9A 4FK2A 4KHUA 3TAPA 3KD1E 2R7YA 4M3YA 4KREA 2AJQA 4FLYA 1T03A 3UIQA 3ZSVA 3TI0A 2P5GA 4ELVA 4Q5VA 3HP6A 1IH7A 1RDDA 3QIPA 1WNSA 1NJYA 4FJKA 3OJSA 2OZMA 1S9EA 4CFBA 3V9UA 3HM9A 3PO5A 1Z25A 3D45A 3LPUA 4CFDA 3V9WA 3AA4A 4KFBA 1C1CA 1YVUA 3VQEA 4WE1A 1S6PA 4XIUA 3SI6A 3KD5E 4DTXA 4OGCA 4N47A 1QQCA 2P51A 3KLGA 2YKMA 2F96A 4CIEA 2BDPA 4E89A 1JKHA 3OYIA 4AHRA 2KTQA 4DSJA 4KTZA 3MECA 4BDZA 2QXFA 4OGEA 4JS5A 3S9HA 4DF8A 4DG1A 1F21A 3KJVA 4KB0A 2B6AA 1LAVA 2XY8A 3QEXA 5DMRA 1L3SA 2IAJA 3V1RA 3K59A 1L3TA 3VA3A 3O3FA 2F8TA 3P1GA 3S3MA 3MEGA 1NK5A 2ETJA 4CK3A 2EHGA 4DSKA 1RBSA 3AVLA 1BQMA 2VWKA 3QINA 4W5RA 2PYLA 4E7JA 2G8IA 2FBYA 1SKSA 2X74A 3BDPA 1C1BA 4O55A 4E0DA 2GUIA 3CG7A 3S3OA 4KTQA 4KKOA 4DF4A 1QE1A 3KK3A 1I3AA 3M8PA 4PQUA 4FJGA 3LZIA 5KTQA 1Q9YA 4FJ8A 1RTJA 4KHQA 3CM5A 3VQ4A 3HK2A 3DLGA 3LDSA 4RW4A 2E4LA 3V1QA 5I3UA 3AO1A 4G1QA 4H4OA 1RBRA 2JLEA 3LP1A 3O4NA 4CEZA 2IOCA 2NUBA 3P5JA 2HHWA 5J2MA 3SUPA 1BQNA 3AVBA 4AHCA 1TL1A 1NKCA 1SKWA 5CY4A 3WNHA 1BHLA 1HQUA 4DLEA 1HYZA 4C8OA 4W5NA 1RNHA 3QNOA 1RBUA 5T7BA 4CGIA 3PX0A 5FDLA 3MAQA 4MQ3A 4FW1A 3SUOA 1KVBA 4ICLA 3OYCA 1VSJA 3CFOA 1LWEA 2FC0A 4RW8A 3NBPA 4DQQA 1R0AA 4DFKA 2KFZA 3ASMA 4DTRA 3V81A 3V9ZA 4Y1DA 4UQGA 2G8WA 3QERA 3OYKA 3OYHA 4E7HA 3LP2A 4CE9A 4B9MA 1ASUA 2HNDA 3AA3A 1NK6A 4B9LA 4KPYA 4OJRA 1TAUA 5CYQA 1ASVA 4H4MA 4IFVA 4FJ5A 4BWJA 4DU1A 1HRHA 1CXQA 1TK5A 2VWJA 3U3YA 1KLMA 1LW2A 3VN5A 3ZT4A 1JLQA 3V9XA 3DMJA 1J54A 4CF9A 3VQDA 2VG7A 2I5JA 4B8AB 2A1RA 4CF0A 5SZTA 4Z4HA 2OPRA 1NK7A 1TAQA 1HNVA 4DFMA 2FBTA 2DFFA 4CJSA 3V9SA 2B5JA 1WSFA 3SYZA 1C0MA 1HQEA 1ASWA 4DSIA 3K5MA 3K5LA 4DU4A 2Z1IA 3IG1A 1VSDA 2D0BA 4W5QA 3L2UA 4LSLA 3PUFA 4O5BA 1UAXA 5JS2A 3QESA 1TK8A 3AVIA 3M8SA 2IS3A 4PUOA 1LWCA 1D5AA 1T8EA 3G10A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6QA 3J7AP 4DTUA 4JV5K 1RDUA 3CQ8A 1JLGA 3ZEUA 2WUSA 3AO5A 3VQQA 4N56A 4CBUA 1HR0K 4N76A 3H46O 3HP9A 4M42A 3SBGA 3OS1A 2NRHA 2E1YA 2P5OA 3WNFA 4B8CA 3H1VX 3HXMA 1HPMA 4KV8A 3LAKA 3KKSA 4K43A 1SL0A 4AF1A 3LL3A 3W3DA 3DLBA 3LDOA 3OS2A 3KWGA 1MDUB 2O8CB 3MCAB 3VESA 3EL2A 2OA8A 4A57A 4F8RA 4JKHA 4LC9B 4Z4IA 3CJCA 1NKEA 1BU6O 3IAYA 4C8LA 2HHSA 4GY2B 1HJOA 1Q18A 4A61A 3B6OA 4JAXA 2HSTA 2RN2A 1D9DA 3U9DA 1T6DA 1EKEA 4FM1A 2PYJA 1S9GA 2Y1IA 1QS4A 1K8KA 4DMNA 4O8KA 3NHGA 1HUXA 4WYBA 2P9IA 1J5EK 3IMXA 3O3HA 4BDYA 4BR0A 4DSFA 1E3MA 3EN9A 4H5WA 3A5LC 4AHSA 1KAXA 1KLNA 5BN9A 3DXMA 3WXLA 1JCFA 4JI2K 4FM2A 3HJFA 1KXPA 3WNGA 1TK0A 5HBMA 3R9PA 4CGHA 3W0LA 3MXIA 5LJVA 1QSLA 4I6MA 5HRNA 2YHAA 3SV3A 5HL7L 1U47A 4UY8O 3K9JA 3H6EA 2JWLA 1J5OA 3NMUA 4CGFA 1YTAA 3AVHA 3MDQA 2J4RA 3DLRA 2Z1GA 4GMJB 4DLGA 1RDAA 4BREA 4N5SA 3CHWA 4FVMA 4ISGA 3AVNA 1JL1A 2Q0UA 1VQ5N 4FLZA 3A5MC 2I7PA 1DT9A 2HHXA 3SJHA 3OBYA 4K8XA 3ZT3A 2GV9A 3D0PA 2ZJRL 2FSJA 2OPQA 2YI1A 1Y97A 4BGBA 2G8HA 1Z6RA 3HI0A 3ULDA 4MO5A 4FLVA 2X78A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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