4AHRA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
155
structure length
153
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQT
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (60-68)S3 (83-89)TIV3 (89-92)EMPTYAH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)TI2 (78-81)TIV1 (56-59)TI3 (79-82)S2 (71-78)TIV2 (67-70)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 153
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahrA00
3HYFA 3OYIA 3UIQA 3V1QA 4DU3A 3SQ0A 4CJEA 3SV4A 1UAXA 3LPTA 4LY7A 3O3GA 3SV3A 3U6FA 4KTZA 2PYJA 5D3GA 3L2VA 1O1WA 4CGFA 1WNSA 1HRHA 2XY6A 3OS2A 3RRHA 4OGCA 4MFBA 2YHBA 1JLBA 2RKIA 3U3GA 4M3YA 3LZJA 5DMRA 3SNNA 2FC0A 1Z25A 1C6VA 4R5PA 3CG7A 3SUPA 4FZXC 1U47A 3ZT1A 1RT4A 3LALA 2OPPA 4KAZA 4B9MA 2G8IA 2HNZA 3VN5A 3P5JA 3NCIA 2O4GA 5CY4A 1D8YA 3ZSQA 3KK1A 4KRFA 4GMJB 1BCMA 3NF6A 3OS0A 4DTSA 3MEGA 1X9SA 1BQNA 1CZBA 4I2QA 4OVLA 2O4IA 4C8MA 2EHGA 3S3MA 3HP6A 4OKEA 1SKRA 1VRTA 1NK0A 3QEXA 3M8SA 3PX6A 3V9ZA 1KFSA 3KLFA 2YKMA 5KI6A 3HPHA 4FLUA 4E1MA 1IH7A 4M3XA 2KFZA 3I0SA 5SWMA 2X78A 5HP1A 4QCLA 2LSNA 3HSTB 1J5OA 5FDLA 1LWEA 5J2PA 3VQAA 1S1WA 2YHAA 3QO9A 4BE0A 4ICLA 5C42A 2YNGA 3S9HA 5CYQA 4KHNA 3BGRA 3RR8A 3V81A 1FKOA 5HRRA 4C8KA 3I0RA 2IAJA 1EP4A 3HPGA 3TABA 3KK2A 5HRSA 2Z1JA 3L2UA 4CESA 1Q8IA 2AJQA 2HHQA 2HNYA 4CJPA 1WSGA 1BIUA 3DYAA 4TSXA 3ZT3A 3P1GA 3T3FA 2XRIA 1ZBHA 4DS4A 5J2MA 3HP9A 3K57A 3RTVA 3SYZA 2XY7A 4CFBA 1JKHA 4FM2A 2NUBA 1TVRA 3E01A 3QNNA 1RDAA 3NH2A 4LSNA 3KK3A 2YNIA 4Z4FA 4IBNA 3SUNA 4FK0A 3DRPA 1B9FA 4B08A 3H08A 3AVNA 2PYLA 3VQPA 3HXMA 3AO4A 3IRXA 5HLFA 3DLBA 1RT3A 4CEQA 2Y1JA 4ID5A 4DF8A 3TAGA 5KRSA 1JLFA 3NF9A 1L3VA 2KTQA 4CJKA 2HVHA 2OPQA 1HYZA 5CYMA 4ID1A 4FYDA 3AVKA 2D0BA 2OPSA 4FVMA 4CEBA 4IG0A 3AO3A 5HRNA 3TI0A 3QIOA 2B5JA 1CZ9A 5KTQA 4FLXA 4KB0A 4FLWA 4AHTA 1YVUA 1D9FA 4IFVA 3SQ4A 4O5BA 3AVGA 3KLHA 1NK8A 4DTUA 3HM9A 3K2PA 3L8BA 4FJLA 4O0JA 4ZHRA 4N5SA 3NGZA 1XC9A 4B9UA 1L3UA 1J53A 4IG3A 1SL0A 3OYLA 4BE1A 3CFPA 2HHTA 3NE6A 4OJRA 2F96A 4CJ5A 2G8FA 4PY5A 4CJ3A 1X1PA 4DLEA 4B3OA 1HNVA 2YV0X 4M3UA 3NH1A 4GW6A 3OYCA 4FJJA 1CLQA 3RWUA 4Z4HA 3NGIA 3LAKA 1S9EA 1IKXA 4FK4A 3V1OA 4Q5VA 3VQ5A 1RTJA 3L3VA 2HHWA 2KW4A 4AHSA 1WN7A 3F73A 2R7YA 3NFAA 4DTRA 2ITGA 3AA4A 4CEFA 3NH0A 4KB1A 2VWKA 3SPZA 2G8WA 4DQIA 2BGGA 1NJZA 2JLEA 1HYSA 1HQEA 4CF0A 1QSYA 2F8SA 1DLOA 4DTMA 3OYNA 2B4JA 2E4LA 1NJYA 3DLKA 3FFIA 4FW1A 3LZIA 1LV5A 3JSMA 3O3FA 1EX4A 3VQQA 4CIEA 1NKEA 3C6TA 5KGWA 5J2NA 4CJVA 4E7JA 4DSFA 1RTHA 4DMNA 3L2WA 3F9KA 3HO1A 1RT6A 5HBMA 2XY5A 1NJWA 2KQ2A 1T7PA 1JL2A 1KLNA 3PO5A 2ZE2A 3EZ5A 4KO0A 2QKBA 1B92A 3O4QA 1BL3A 3L2RA 2G8KA 4DSKA 1YT3A 4FJ8A 2HHUA 1HYVA 3LDSA 3M8QA 4M3ZA 4CERA 3KKSA 4RW8A 4EZ6A 3AA5X 1S9GA 3NGYA 1C1CA 2E6LA 4HVJA 4DFKA 1XHZA 4L8RB 4FJXA 4W5RA 1BQMA 1HNIA 3OYHA 1RBTA 3QETA 1UA1A 4F2SA 1JXEA 1K6YA 2XO7A 1ZBIA 1HJRA 3ZSWA 1IG9A 3HVTA 1N5YA 3CM5A 4DU4A 4FJKA 2HW3A 1S1UA 5KGXA 3KD1E 3K59A 4FJ9A 2EX3A 2VG5A 3ZSYA 1F21A 3AA2A 4Q0BA 3AVCA 2X74A 3QESA 3DM2A 4DS5A 1VSDA 4FLYA 4DFMA 4FK2A 3IG1A 4FJNA 1JXBA 3SI6A 4J2AA 3TR8A 2YNHA 3RMAA 1G15A 3DLHA 4OLBA 3B6OA 1RTIA 4FLTA 3OYKA 4E19A 4FJ7A 3KLEA 2D0CA 1RT2A 3HK2A 1XWLA 3OS1A 4M3WA 1C1BA 2F8TA 1WSIA 1J9AA 3QEVA 1KVBA 3C6UA 3RMBA 3SUOA 4ELVA 4FJ5A 4CIGA 3LAMA 1GOBA 1CXUA 4FLVA 4CHOA 2W42A 4GVMA 4E7IA 3PO4A 4C8LA 3AO1A 1S1TA 1WAFA 2IS3A 3NDKA 1SUQA 4KFBA 4W5TA 1U4BA 4B9SA 1QS4A 2OYQA 1S5JA 1VSIA 1RBSA 3MXJA 3NF7A 4O55A 3OYBA 3AVIA 3C95A 1JLEA 4CE9A 5HRPA 1D9DA 2HVIA 1RNHA 4CJWA 1GOCA 4XIUA 3THVA 4Z4EA 3QEIA 4QOZB 4HUEA 1NK9A 3V9SA 1U49A 4EZ9A 4FJMA 1KVAA 1SL2A 4N76A 4DTNA 4DTPA 3CM6A 4H4OA 1IKVA 4FZYA 2DTUA 2KZZA 2DFHA 4DTOA 1BI4A 1S6PA 4FCYA 4CGHA 1RDBA 4HHTA 4AILC 1HMVA 1SV5A 2ETJA 1QHTA 4DLGA 4E7HA 3AVMA 4F4KA 1TAUA 1GOAA 1ITGA 4DSLA 3HVRA 4CJRA 3VQEA 3RR7A 1TGOA 4DTJA 5JS1A 3DLEA 1NOYA 4QAGA 4CHZA 3LP1A 4B9TA 4BDPA 4CIFA 3QEPA 4FZZA 1UOCA 4I2PA 4DSIA 4E89A 2WOMA 2OA8A 1NK4A 3VA3A 5E41A 1ASVA 4FJIA 1J54A 3ITHA 2KFNA 2IDOA 3S3OA 4DFPA 2QKKA 4B9VA 2GUIA 3DRSA 1REVA 4B9LA 3OYAA 1DTQA 5K14A 4ZTFA 3ULDA 4BDZA 4ELTA 4EP5A 4OPJA 4CEDA 3KJVA 1Q9XA 2JGUA 4O0IA 3VQCA 3SQ2A 4N56A 4BWJA 4KHUA 4JRQA 2A1SA 3DI6A 3T1AA 3AVJA 4M41A 4CCHA 2D5RA 3V9UA 4Z4IA 4CK3A 3AO2A 4CGDA 1NKCA 5I42A 4F8RA 4H8KA 1TKDA 3MECA 4DQPA 3HL8A 1NKBA 1A5VA 2OZMA 1QQCA 5FRNA 1VSLA 4ZTJA 4H4MA 3SQ1A 1TK0A 1A5WA 4KTWA 2Z1HA 1RBRA 1X9MA 4DF4A 3RMDA 3ZT2A 5I3UA 3VQDA 1RCHA 3OYGA 4DSEA 4C8NA 1VSEA 4E1NA 1QTMA 1BCOA 1X9WA 2XY8A 3V6DA 1LW2A 3O4NA 5J1EA 3SCXA 4E3SA 3KIOA 1TV6A 2RN2A 3M8RA 1WLJA 4NYFA 3MAQA 4JS5A 4DSJA 1C0UA 2ZD1A 1RDCA 3V4IA 2A1RA 4NCBA 4LH5A 3ZSRA 2OZSA 3CQ8A 2HHSA 4KHWA 3ZSVA 1TKXA 3ZCMA 3CFOA 1I39A 2YKNA 5CZ2A 3OYDA 4B8AB 4CFDA 4OKJA 4I9QA 3AVHA 3MEDA 4LH4A 4KV8A 3OYJA 1HQUA 3KKRA 3O3HA 4DQQA 5HROA 1BGXT 1FKPA 1WSJA 2P5GA 2ZQBA 3AVFA 3VQBA 3VQ8A 4DU1A 3VA0A 1RT7A 4DWIA 2Z1GA 1KTQA 1LAVA 4IDKA 2DFFA 3DLGA 5FRMA 3IAYA 1N6QA 1JLGA 1VK0A 2FBYA 4CHQA 4CEZA 1NJXA 1VSMA 4RW9A 3WNFA 2FBVA 3I8DA 3OJUA 4K8XA 4N41A 2HHXA 1Y97A 1NOZA 2YNFA 2G8UA 1EXQA 3ZT4A 4W5NA 1DTTA 3WNHA 3AV9A 3G10A 2RF2A 4HCCA 3VQ6A 1FXXA 3TAFA 1U48A 2QK9A 4DG1A 2QXFA 4UQGA 3MXIA 3V9XA 4KREA 2DFEA 1KCFA 3G0ZA 3IS9A 4G1QA 1KVCA 1I3AA 4B9NA 4M42A 1C0MA 1NK5A 3ASMA 3PV8A 3ZSZA 4BE2A 1ZYQA 4DQRA 4RG8A 4N47A 3QNOA 1SL1A 4CJSA 4HTUA 4HUGA 4PQUA 3U3YA 4Z0UA 5SZTA 4E0DA 4W5QA 3ZSOA 1MU2A 2PY5A 3QLHA 4JLHA 5DK5A 5C24A 4BWMA 5T7BA 2HNDA 1FK9A 4NYNA 4CEEA 3AVLA 1A5XA 4DQSA 1XI1A 1ZBLA 1NK6A 4CJTA 1EKEA 4CJ4A 2G8HA 4KHYA 3WNEA 1D5AA 3M8PA 4YFUA 3OVNA 4PWDA 1U45A 3DLRA 4CHPA 1VSHA 4CJUA 3T19A 1RDDA 3WNGA 4FXDA 5KRTA 4OLAA 4E7LA 3RMCA 4KHSA 4M45A 1Q9YA 1ZBFA 1T03A 1JL1A 1WSHA 2Z1IA 4I9LA 3K5MA 1C0TA 4LD0A 3PX0A 4C8OA 1L5UA 1TKTA 3DRRA 4PA1A 3AVAA 4Y1DA 3LP2A 1WSFA 1KFDA 4Z4CA 2D0AA 1UA0A 4CF9A 1KSPA 3OJSA 3LWMA 1EETA 3LANA 2B6AA 4YNQA 3TAEA 1JLAA 2IC3A 2Q3SA 3LPUA 4FJHA 1ASWA 4CGJA 5J2QA 4CK1A 2VG7A 4KKOA 3AVBA 1LW0A 2IOCA 4RW4A 4FLZA 1SKSA 4CGIA 2HB5A 1XHXA 4Z4GA 4OGEA 1B9DA 3KTQA 1WSEA 4CF8A 3SJJA 2XHBA 1IKYA 4DFJA 3TANA 3LWLA 1S6QA 2WONA 1RILA 3NBPA 4FM0A 3QEWA 3MEEA 4RW6A 3NHGA 1TAQA 3TWHA 4FW2A 3TAPA 4O44A 3OYFA 1L3TA 3VQ7A 3K58A 2X6NA 3QERA 4B8CA 3OYEA 4CK2A 4AHCA 4IKFA 1RT5A 3P83D 3RRGA 4Y1CA 4JS4A 1C1AA 3LP3A 1HPZA 2P51A 2OPRA 2FBXA 4CFAA 2HHVA 1UWBA 1RTDA 4F3TA 4W5OA 3K5OA 3L2QA 3NAEA 3DOKA 3C94A 3HPOA 3D0PA 1QSSA 4AHRA 3QIPA 3SUQA 4O4GA 1T8EA 1IKWA 4WE1A 4F3OA 3K5NA 4I7FA 4M3RA 4ELUA 2G8VA 4HCBA 2ATQA 1BI4B 2GBZA 3KD5E 3PY8A 1S1VA 3B6PA 4OKKA 3HJFA 3AA3A 3SZ2A 4FJGA 3ISNC 2KZMA 4CFCA 3JYTA 3SPYA 2BANA 1BHLA 3V9WA 5CZ1A 4NCAA 5C25A 4M3TA 1SKWA 4RW7A 4AHVA 4KI6A 4KHQA 2DY4A 3EYZA 4K8ZA 4OPKA 4CF1A 1RBVA 1IO2A 1YTAA 3KLIA 3VQ4A 2P5OA 3TAQA 1YTUA 1RBUA 4BDYA 1QSLA 2X6SA 3KLGA 4BACA 1KRPA 4F2RA 3TARA 1W9HA 4AH9A 3CFRA 1Z26A 3TAMA 1NK7A 1TK5A 4IFYA 4EP4A 2VWJA 4E7KA 2I5JA 3NF8A 4PUOA 2Y1IA 3ZT0A 3DMJA 4KPYA 4CJQA 3A2FA 4CHYA 1JLCA 4CEOA 1ASUA 4LSLA 4CF2A 4JRPA 1BISA 3QINA 2P1JA 3D45A 3K5LA 1QE1A 1TKZA 1TL3A 1TL1A 3OYMA 4CGGA 3L3UA 4KTQA 1CXQA 3MXMA 5JS2A 1RT1A 3DOLA 4HUFA 3S3NA 2VG6A 4J2BA 3AO5A 1VSFA 3PX4A 1VSKA 4FM1A 3LP0A 1TK8A 2RPIA 2HMIA 1VSJA 2BDPA 1VRUA 2FBTA 3BDPA 4KI4A 4CEAA 1BIZA 4CJFA 1WAJA 4CHNA 5FROA 3HT3A 1ZBUA 1KLMA 3CYMA 2E6MA 2IGIA 4NCGA 3EY1A 3PUFA 3V1RA 3ZSXA 1T05A 5EU7A 3VQ9A 1U04A 1LWFA 4MQ3A 1R0AA 1LWCA 4AHUA 4J2EA 2BE2A 4CJLA 1L3SA 1W0HA 2PZSA 1S1XA 1LAWA 3OY9A 4DTXA 1JLQA 4J2DA 2GV9A 3ALYA 4CECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYIA 4DU3A 1FJGK 3SV4A 5GAHP 1WOQA 3LPTA 4LY7A 3FLCO 3SV3A 2W41A 1X3MA 3SMPA 2E2OA 2HBJA 1WNSA 1HRHA 3VEYA 4FWOA 2RE2A 1JLBA 5LL6Z 3U3GA 1NLVA 2YJEA 3SNNA 1Z25A 1C6VA 3SUPA 3CC2N 4I6MA 3CETA 3P5JA 3ZSQA 2A41A 3NF6A 4BGBA 1CZBA 4I2QA 4BRKA 3HP6A 3E9LA 4MDAA 1N33K 3HSCA 2F7TA 2PAVA 3EE8A 1VRTA 1NK0A 1KFSA 1YAGA 4M3XA 5SWMA 2X78A 3G4SN 2LSNA 1VQPN 3MX5A 2YNGA 3ZEUB 1FKOA 2IAJA 1EP4A 3Q7CA 5FPNA 3TABA 3KK2A 5HRSA 2Z1JA 2FF3B 3LL3A 4JK7A 1Q8IA 2AJQA 2HNYA 1U2VB 3DYAA 3T3FA 3P1GA 2QEXN 4B3MK 5AFUA 2O8DA 3RTVA 4CFBA 1R59O 4CJ7A 1TVRA 3R1XA 5JLHA 1B9FA 3H08A 1SQKA 3HXMA 5HLFA 2HMPA 4CEQA 2Y1JA 4ID5A 3TAGA 3NF9A 4ID1A 2P9SA 5HRNA 3QIOA 4KB0A 1IBKK 3SQ4A 2GELA 2P9UB 4A5AA 1DKGD 3EO3A 2QW9A 1KQSM 4GNIA 1J53A 3OYLA 4BE1A 1P8ZA 2VWBA 4YOVA 3NE6A 3F9MA 4CJ5A 3KWIA 4FPBA 4PY5A 5GAEP 1GLCG 2YV0X 3NH1A 4GW6A 4FJJA 1CLQA 4CVNE 4FK4A 2OCEA 3V1OA 3SAGA 2Q1NA 2PFUA 5EVZA 3WEEA 2QXLA 5I9EB 1QSYA 2IVOA 4H5TA 3IFRA 2B4JA 2O8EB 5GADP 3DLKA 3FFIA 2QI2A 3LZIA 5JVHL 3JSMA 3O3FA 1T6CA 5J2NA 4E7JA 3O1BA 1RTHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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