4AHSA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 60
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahsA00
4W5OA 2HHSA 2QKBA 1RTIA 4IFYA 4CJUA 3DLKA 4CHYA 3AVKA 3OYAA 1RT3A 2LSNA 3VQ7A 2NUBA 3C94A 2OPQA 4E89A 2KTQA 1JXBA 1TL1A 4CESA 4PUOA 4B9TA 1ZBIA 4CEDA 1WSIA 4CEEA 3M8PA 3HXMA 4FLTA 4CJTA 4E7IA 3RRGA 2OPPA 3LWMA 1UA1A 3V6DA 4M41A 3MEDA 4IFVA 1EX4A 4OGEA 3BDPA 4AHUA 3WNGA 4CF8A 3QETA 2QK9A 4DTSA 3KLFA 3M8SA 2XHBA 4B9LA 3K5NA 1QSSA 2HHTA 4CF0A 1BI4A 3KK1A 5KTQA 1BIZA 4FJKA 1RTHA 3SUNA 1ZBLA 4Z4FA 2A1RA 3TAFA 2HVHA 2HHQA 4N47A 1F21A 1J54A 1BISA 1KVBA 1X1PA 2G8KA 4CJPA 4E1NA 1O1WA 4FJ7A 4ELVA 4KO0A 2FBVA 5KRSA 4FM0A 1T8EA 2IAJA 1W0HA 4O4GA 4ELTA 1VSMA 1JLCA 1QS4A 1LV5A 4QCLA 1X9WA 4FLUA 3K5MA 2FBYA 4BE0A 2WONA 4FXDA 1HRHA 4BE2A 3DOKA 4DQRA 3TABA 3ZT0A 1HNIA 1JL1A 3NF8A 4ZTFA 2X78A 1HYZA 4FZYA 1K6YA 3K5LA 2Z1IA 4BDZA 1TGOA 1RT5A 4AHVA 3HP9A 2OZMA 3AA5X 5CZ2A 4FJLA 4LH4A 2E4LA 4FJ9A 5DMRA 3QNNA 4CEZA 2IS3A 3AVCA 3VQ4A 4F3OA 4DTUA 4CGDA 1W9HA 1NK8A 1WAFA 1TK5A 1L3VA 3O4NA 1D9DA 3AO2A 4DF4A 2G8WA 3TAGA 3BGRA 4Z4GA 1ZBFA 3TAPA 4C8KA 2HHUA 3QNOA 3PO4A 3PO5A 3LPTA 2HVIA 5FRNA 4Q5VA 3P83D 3OYLA 3HT3A 3DLGA 2PY5A 4LSLA 3LALA 4IG0A 3VQPA 3NF6A 4FK0A 3LAMA 2O4IA 3DLEA 1SKSA 1L5UA 1XHXA 2HB5A 4CFBA 4M3UA 3TAMA 5J2MA 1CZBA 2EHGA 2VWKA 3AVFA 3U6FA 3AVGA 3MXJA 3I8DA 2FBXA 3ZSWA 3CQ8A 4R5PA 3C6UA 3HPOA 1A5VA 3OJSA 1S6QA 3DMJA 3TI0A 3LP2A 3VQBA 1IH7A 2VG6A 3KLGA 1T05A 3HL8A 5JS2A 2RF2A 5KGXA 1HQEA 2HNZA 2G8VA 1ASVA 1VSHA 5C25A 3NE6A 4CECA 3AV9A 3LP1A 1TVRA 3LP3A 4CIEA 4E19A 1UWBA 3O3FA 2DTUA 1RBSA 2D0AA 4FJHA 2BGGA 3V9SA 4ID5A 4CCHA 1U48A 3T19A 2HW3A 1Z26A 1HYSA 4CJVA 3QEXA 1BCOA 4KB1A 1XHZA 3S3MA 3RR8A 4CJ3A 2PYJA 1RDDA 1C6VA 4CIGA 4ELUA 4I9QA 3B6OA 2XY7A 4FLYA 1HQUA 3DRSA 1FXXA 4UQGA 3NHGA 4CJEA 5HROA 1J9AA 1WSFA 3C95A 3HVTA 4CHQA 3SYZA 3CYMA 3D0PA 3UIQA 1YT3A 2BANA 3DM2A 4GVMA 4DQIA 4IKFA 4Z4EA 4JS4A 4EP4A 4ZHRA 2HMIA 3IAYA 3NGZA 3THVA 4JS5A 4KI6A 1J53A 2GUIA 4IG3A 4CIFA 1Z25A 2ZQBA 1IKWA 4FJIA 2JLEA 2OA8A 3ZT1A 3ULDA 3U3GA 2YV0X 4CEAA 3F73A 2D0BA 2IC3A 2Z1HA 4OKEA 3M8QA 3OS1A 4B8CA 2OPRA 4O0JA 1U49A 4KTWA 4CEOA 4O55A 2ATQA 4DQPA 4DTMA 3S3NA 1UA0A 2D5RA 5C42A 3QESA 2Z1JA 1JL2A 4B9SA 3LZIA 1DTQA 4F4KA 1RILA 3QEVA 3NFAA 1KSPA 3DI6A 3LZJA 1YTUA 3ZSYA 2HHXA 4CJLA 2R7YA 2D0CA 3SQ2A 5KGWA 1KCFA 2HNYA 4L8RB 4NCAA 2RN2A 4CGIA 4MFBA 2Y1JA 4RW9A 1GOBA 1KLMA 3NCIA 3HO1A 2P5OA 2YHAA 1EP4A 5CYQA 4N5SA 3AVNA 4LH5A 3G10A 1HPZA 3DRRA 3VQ9A 4HTUA 4OVLA 4H4OA 4OPKA 4HUEA 3V9UA 3SCXA 4RW7A 4E7KA 3QEPA 4B9NA 4KPYA 1LAVA 2I5JA 4DFKA 4N76A 4JRQA 3KK3A 1HYVA 2RKIA 3ALYA 3SQ0A 1QE1A 3SUQA 1LWFA 4RW4A 1Y97A 2VWJA 1NK4A 1BIUA 4Y1DA 5KI6A 3AVBA 1RNHA 1ITGA 3V1RA 3MAQA 2KQ2A 1VSJA 4EP5A 1JKHA 3AVIA 4RG8A 3SQ4A 5JS1A 4DTXA 1VRTA 4I2PA 4WE1A 3OJUA 4E0DA 4FJGA 3TARA 4B8AB 4O0IA 4I7FA 4C8OA 3A2FA 3S3OA 4DSLA 2WOMA 3V9XA 1KTQA 3ISNC 1JLGA 5FDLA 4CE9A 3EZ5A 4JRPA 3RMBA 2HHWA 3DLRA 1RT7A 1TK8A 1VSIA 1C0MA 2ZD1A 3HP6A 4DU4A 3B6PA 4CGJA 4E1MA 3K58A 3V81A 1QSYA 3VQQA 2YNFA 5DK5A 4F2RA 1BGXT 4O44A 4C8NA 2IDOA 4O5BA 5HRPA 4RW6A 3TWHA 3SI6A 2F8TA 3L8BA 4NYNA 1WN7A 3I0SA 4Z4HA 3OYBA 1U47A 4KAZA 3SV3A 3LWLA 5J1EA 4CFAA 2OPSA 3IS9A 1NJYA 4HUGA 4DS4A 4IBNA 3ASMA 2YNGA 4EZ6A 4AHSA 1QTMA 1DLOA 1JLFA 2G8HA 4PQUA 2KW4A 3PUFA 1NJXA 4OKKA 1CXQA 1D5AA 4CHZA 4DSEA 4N56A 4CEBA 5HRSA 4DTRA 4J2DA 3V1OA 2YKMA 3VQAA 1JLEA 1WAJA 1N5YA 3NF7A 4CEQA 1S1VA 1RCHA 5J2PA 4DSJA 4GMJB 2HHVA 1HMVA 1I3AA 3T3FA 1IG9A 4CHNA 2B5JA 3ITHA 4I2QA 2E6MA 1Q9XA 1BHLA 3D45A 2E6LA 3SJJA 4BDYA 2DFHA 4B9MA 1SL0A 4BDPA 4DTPA 5C24A 3SPZA 3HK2A 1TAUA 2DY4A 2IGIA 2ETJA 1CXUA 1VSKA 5HRNA 2P5GA 4EZ9A 3HYFA 4KHWA 1TL3A 4M3ZA 3O3GA 1S1WA 4F8RA 1LAWA 2RPIA 4AHCA 3OYKA 3V4IA 3PX0A 3VQ8A 4DFMA 3KKSA 1XWLA 1BI4B 3KD5E 3RMAA 4FLZA 4CJKA 3H08A 1NJZA 3OYMA 4CF9A 1XI1A 3VA3A 1NKCA 4OLBA 3K57A 1QHTA 4YNQA 1KVAA 1WSGA 1TV6A 2VG5A 1JLAA 1EETA 3ZSZA 1ASWA 1G15A 1MU2A 3KIOA 1TKTA 4CFCA 3NH1A 1NOYA 4FJNA 1J5OA 4KHUA 4B08A 3DLHA 2KFNA 4HHTA 4QAGA 2AJQA 2JGUA 1B92A 1U45A 4DLGA 3TAQA 4DF8A 1R0AA 4ZTJA 1TKDA 1KFDA 3SNNA 3KTQA 3MEEA 1UOCA 1NKEA 4DLEA 2PZSA 3U3YA 4CJ5A 3M8RA 3OYIA 4K8ZA 1S1XA 4FLWA 1A5XA 3LAKA 4NCBA 4B9UA 3KLIA 1A5WA 4QOZB 1VRUA 2P1JA 3TR8A 1L3SA 1CZ9A 4M3WA 1SUQA 4H8KA 3CFOA 3OYJA 3SV4A 4FLXA 1NK7A 3ZSQA 1Q9YA 5FRMA 1LW2A 4W5TA 1BL3A 2G8FA 3NF9A 4NCGA 1VK0A 2FC0A 1TK0A 1FKPA 4DFJA 1QQCA 4FVMA 1RBRA 2FBTA 1NK0A 1JLBA 3RRHA 3OYFA 4LSNA 4FJJA 1RDAA 1RBVA 4FW1A 1NJWA 4FYDA 5K14A 4M3TA 3SUOA 4W5RA 1FK9A 2X6NA 1YTAA 3OYGA 1XC9A 1NKBA 3KLEA 4DQQA 3K2PA 1D9FA 3AA2A 1U4BA 1UAXA 4Q0BA 1KFSA 3OY9A 4J2AA 2YNIA 4G1QA 4TSXA 1X9SA 3HJFA 4OPJA 3K59A 2W42A 4DSIA 3PX6A 4FJ8A 4M42A 3JYTA 4KTQA 3RWUA 4E7LA 3V9WA 4DMNA 5CYMA 1X9MA 4CHPA 3P5JA 5CZ1A 4DU1A 5SZTA 2X6SA 4IDKA 1S1TA 4B9VA 1JLQA 4FK2A 4BE1A 3L2QA 3MEGA 4FK4A 3ZSOA 4XIUA 3S9HA 1C1BA 4CF1A 4M3XA 3IG1A 3CFRA 1NK5A 1RT4A 3TAEA 4CJ4A 3L2VA 3QEIA 3OS2A 3ZSVA 4DS5A 2DFFA 1ASUA 2XY6A 2QKKA 4N41A 4Z4IA 4K8XA 1EXQA 1SL2A 5SWMA 3NDKA 1JXEA 1VSEA 1SL1A 3AO1A 4Y1CA 1S9GA 3PY8A 3CM5A 3FFIA 3QIPA 1BQNA 5FROA 4MQ3A 4OLAA 1S5JA 3PX4A 5CY4A 2KFZA 4KV8A 5HLFA 3KD1E 1NK9A 3VA0A 3NH2A 1YVUA 4M3RA 3L2UA 4CEFA 3QIOA 4DU3A 1QSLA 1NOZA 5KRTA 3MECA 4CHOA 1RT1A 4ICLA 4C8MA 3CM6A 3L2RA 3MXMA 3RTVA 4HUFA 3NGYA 3AVHA 3LDSA 4FJXA 1T7PA 3L3VA 2IOCA 1ZBUA 3ZT4A 3JSMA 2KZMA 2O4GA 4BWMA 3RMDA 1TKXA 4KRFA 5HBMA 3V1QA 4HCCA 2Q3SA 4H4MA 3OYCA 1GOCA 1IO2A 4PWDA 3HSTB 4FLVA 4KHYA 1ZYQA 1WSJA 4KTZA 1BQMA 3VQEA 4FZXC 4BACA 4CJQA 1C1AA 1WSHA 3ZCMA 4KHSA 4C8LA 2GV9A 3VQDA 1B9FA 1HNVA 5I3UA 5T7BA 1T03A 3AA3A 3LANA 5HRRA 3SPYA 4ID1A 3HPHA 1LWCA 1EKEA 2VG7A 2X74A 3PV8A 1LW0A 1C0TA 4BWJA 1LWEA 2YHBA 3QO9A 4DTJA 3RMCA 4CF2A 4DTOA 4OKJA 3I0RA 4HVJA 2OYQA 2P51A 3NH0A 1L3UA 3KKRA 4DWIA 1KLNA 3OYNA 1IKVA 1S6PA 4DQSA 4DTNA 4F2SA 4PA1A 2BE2A 3KK2A 3VQCA 3RR7A 5EU7A 3QLHA 4DSFA 4J2BA 1NK6A 1REVA 2A1SA 4CJWA 4CK2A 2OZSA 2GBZA 3T1AA 4E7HA 4RW8A 4KHNA 4AHTA 3G0ZA 4HCBA 2ITGA 4M45A 4GW6A 4CJFA 1SKRA 4DG1A 4AILC 4FCYA 3SZ2A 1D8YA 2YKNA 3K5OA 5E41A 1RDBA 3DOLA 3QINA 5J2NA 4CFDA 3HVRA 3AO5A 1N6QA 5HP1A 4CGHA 1KRPA 4CGGA 3O3HA 3AO3A 2QXFA 4OGCA 3MXIA 4E7JA 4CERA 3F9KA 4Z0UA 3AVMA 4J2EA 3ZSRA 3CG7A 4FM1A 1I39A 1WNSA 4KFBA 3OYHA 3CFPA 3L2WA 4DFPA 2Y1IA 4E3SA 1DTTA 4KKOA 3AA4A 4CGFA 4Z4CA 3OYEA 1IKXA 1VSLA 4FZZA 4KB0A 1ZBHA 3WNFA 3LP0A 4W5NA 1WSEA 3VN5A 2B6AA 3ZT3A 3OVNA 2XY8A 1S1UA 4PY5A 1RBTA 3EY1A 1IKYA 2G8IA 3AO4A 4W5QA 4KI4A 3VQ5A 4M3YA 4LY7A 4I9LA 4JLHA 2F8SA 4YFUA 1RTDA 1L3TA 3WNEA 4DSKA 3HPGA 1BCMA 3NBPA 1RT6A 1C1CA 1TKZA 2KZZA 1TAQA 4KHQA 1CLQA 1RTJA 2B4JA 3AVJA 3C6TA 3WNHA 2YNHA 3P1GA 3OS0A 3EYZA 4AH9A 2XY5A 1SKWA 3HM9A 4OJRA 2DFEA 3TANA 3QEWA 3OYDA 2HNDA 3ZT2A 1RT2A 3SUPA 3AVAA 1HJRA 1WLJA 3NAEA 1VSDA 1B9DA 2F96A 3VQ6A 4FM2A 3SQ1A 3DRPA 3L3UA 2G8UA 3DLBA 4CK3A 4CJSA 4AHRA 1RBUA 3O4QA 4NYFA 3V9ZA 4F3TA 3QERA 1FKOA 1VSFA 2BDPA 3E01A 2ZE2A 4CJRA 1Q8IA 3NGIA 2Z1GA 2XRIA 2PYLA 4B3OA 4KREA 4CK1A 2EX3A 4FW2A 5I42A 3KJVA 1GOAA 3DYAA 1S9EA 1SV5A 5D3GA 3LPUA 1RDCA 1KVCA 4LD0A 4FJ5A 3IRXA 1C0UA 4FJMA 3KLHA 2XO7A 5J2QA 3AVLA 1U04A 3ZSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5OA 5HOOA 5JICA 4B3TK 3TSQA 3LDPA 3SLCA 1QQNA 4CESA 3ZYYX 1WSIA 4CBUA 4BC5A 3UE5A 3O9UA 4CJTA 4FVUA 4E7IA 3RRGA 5F2RA 4CI6A 3V6DA 4OGEA 4MLHA 2NRZA 4DTSA 2P9LA 1BI4A 3KK1A 5KTQA 1BIZA 4FJKA 3SUNA 2P9SA 1ZBLA 2A1RA 2HHQA 4NO7A 1F21A 4H0XB 4A57A 4DR4K 1BISA 2O8DB 2G8KA 3VEZA 2ZM6K 5AQPA 2VGNA 4FWMA 1T8EA 4O4GA 4FLUA 3TTCA 3ZT0A 1HNIA 1Z6RA 1JL1A 3ENOA 3NF8A 1HYZA 1N36K 2Z1IA 4BDZA 1RT5A 4AHVA 3AA5X 3O4WA 5CZ2A 2E4LA 1T6DA 4FPAA 3QB0A 1Q81O 2IS3A 3AVCA 3CCRN 3AGRA 4IEEA 1W9HA 4X65K 1WAFA 1TK5A 1K8AO 2YHXA 1ATRA 3BGRA 3TAPA 4C8KA 2HHUA 3BF3A 4IWVA 4DR5K 3QNOA 3LPTA 4WQ5A 3P83D 3DLGA 3LALA 3EE8A 3DLEA 5FPMA 3TAMA 5J2MA 4JAXA 3PIPL 2D1KA 3FLCO 3OHRA 3HPOA 3PLAA 3DMJA 3S41A 2FF3B 2FSNA 4KH6A 1VSHA 3NE6A 3KWIA 3ID8A 4B1UB 4E19A 1UWBA 4DCHA 3W3DA 3GG4A 3T19A 3VMFB 1NLVA 4CJVA 4KB1A 1XHZA 3RR8A 2GWJA 4AM7A 4I9QA 4FLYA 1FXXA 2QWNA 1J9AA 3D0PA 1WBDA 4GVMA 4WCEL 4O8KA 2HMIA 3NGZA 3M5RA 2GUIA 4CIFA 4IEIA 2GWKA 2WTUA 4IZ9A 3HOSA 4FJIA 2HF4A 2OA8A 3F73A 3L0QA 2D0BA 2Z1HA 4OKEA 4CW7B 1C0FA 1Y64A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W5O A;  5HOO A;  5JIC A;  4B3T K;  3TSQ A;  3LDP A;  3SLC A;  1QQN A;  4CES A;  3ZYY X;  1WSI A;  4CBU A;  4BC5 A;  3UE5 A;  3O9U A;  4CJT A;  4FVU A;  4E7I A;  3RRG A;  5F2R A;  4CI6 A;  3V6D A;  4OGE A;  4MLH A;  2NRZ A;  4DTS A;  2P9L A;  1BI4 A;  3KK1 A;  5KTQ A;  1BIZ A;  4FJK A;  3SUN A;  2P9S A;  1ZBL A;  2A1R A;  2HHQ A;  4NO7 A;  1F21 A;  4H0X B;  4A57 A;  4DR4 K;  1BIS A;  2O8D B;  2G8K A;  3VEZ A;  2ZM6 K;  5AQP A;  2VGN A;  4FWM A;  1T8E A;  4O4G A;  4FLU A;  3TTC A;  3ZT0 A;  1HNI A;  1Z6R A;  1JL1 A;  3ENO A;  3NF8 A;  1HYZ A;  1N36 K;  2Z1I A;  4BDZ A;  1RT5 A;  4AHV A;  3AA5 X;  3O4W A;  5CZ2 A;  2E4L A;  1T6D A;  4FPA A;  3QB0 A;  1Q81 O;  2IS3 A;  3AVC A;  3CCR N;  3AGR A;  4IEE A;  1W9H A;  4X65 K;  1WAF A;  1TK5 A;  1K8A O;  2YHX A;  1ATR A;  3BGR A;  3TAP A;  4C8K A;  2HHU A;  3BF3 A;  4IWV A;  4DR5 K;  3QNO A;  3LPT A;  4WQ5 A;  3P83 D;  3DLG A;  3LAL A;  3EE8 A;  3DLE A;  5FPM A;  3TAM A;  5J2M A;  4JAX A;  3PIP L;  2D1K A;  3FLC O;  3OHR A;  3HPO A;  3PLA A;  3DMJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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