4AHSA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 60
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahsA00
2HW3A 3QETA 3KLGA 3PO5A 3ZSQA 4MFBA 4DTXA 1U04A 4B9NA 4DTJA 1Z26A 3LP3A 1A5VA 2BE2A 3PX0A 3CYMA 3OJSA 2QK9A 1IKVA 2DFFA 3AVLA 3ASMA 4FM1A 5HBMA 3K5LA 1DTTA 4PA1A 4UQGA 2DTUA 3HPOA 1QSLA 4CEZA 4KHUA 1RBVA 3K5MA 4KO0A 4KHNA 1BQMA 4RW9A 4AHRA 1RDCA 3V9SA 4I9QA 1J9AA 4Y1DA 3TAGA 3CG7A 1RTDA 3OYHA 4Q0BA 4BE2A 4NCGA 4WE1A 1S5JA 5CZ2A 2RPIA 4OKJA 1YTUA 4FLWA 2OZSA 1SL2A 4N41A 4EZ9A 3V6DA 4CJWA 3TAEA 4E0DA 3L2WA 3KLFA 4CGFA 2BANA 4HUEA 1RILA 3DRRA 3LP0A 3VQ8A 3QEVA 4KB0A 2QXFA 2PY5A 1J5OA 2G8UA 1TKZA 3LP1A 4CEEA 1RCHA 2D0BA 3RMCA 1RNHA 4HTUA 4FLZA 3AO4A 4DTUA 1ASVA 4J2BA 3V9XA 3CM5A 3QEPA 4FVMA 3OYFA 4FM2A 3QNOA 2OYQA 3LAKA 2DFHA 1KLNA 1BIZA 4HCCA 2XO7A 1LAVA 1RDBA 3SV4A 3OYKA 4FK0A 1FXXA 4FLXA 3DLBA 1SL1A 4DFMA 3VQCA 4DFPA 4DQPA 1UOCA 3TAMA 4K8ZA 3SQ4A 4B9SA 1BIUA 1B92A 1CZ9A 3FFIA 3WNGA 4CEAA 1RT6A 3CFOA 4CIFA 3CM6A 4DTNA 4CFCA 1U48A 2HHWA 1CZBA 4F2RA 3O3FA 1A5XA 2A1SA 4CFBA 2NUBA 3K58A 2X6SA 3KTQA 2ZD1A 3IS9A 1HNVA 1U49A 3OYJA 1HJRA 4FJXA 3ZT3A 3SPYA 2XY8A 2XHBA 4FJ9A 4B9LA 3AVIA 5SZTA 5J2NA 4G1QA 4CHQA 4BWJA 4NYNA 1U45A 1SL0A 3TABA 1EX4A 3MXJA 1IG9A 4BDPA 1KVBA 3C95A 3NF6A 1RDAA 5KGWA 3KJVA 1FK9A 1TAQA 1JLFA 4CEBA 3WNEA 4CJVA 1WSEA 3MECA 1LWEA 3SUQA 4DU4A 2HHSA 1HMVA 1I3AA 2Q3SA 3AVKA 3U3YA 3U6FA 1L3TA 4FJMA 4B08A 4FJ8A 3VQ7A 2IDOA 3AA3A 3SUNA 1T03A 1VSKA 4CJ5A 3KLHA 4CJRA 4OLAA 1WSIA 1VSFA 3VQAA 4EZ6A 5FDLA 1TAUA 1TV6A 3RMDA 3DMJA 2Z1IA 2P1JA 4ID1A 4E1NA 3O4NA 1RT7A 2HHXA 4W5QA 1BI4B 2P5OA 4CHZA 3NHGA 4CEOA 3QLHA 3VQ4A 5CYMA 2ATQA 3NH2A 1LW2A 3DLHA 2HHTA 3TAFA 3QNNA 3ZCMA 3ZT4A 4CHYA 1DLOA 2F96A 3O4QA 3DOKA 1X9WA 1D9DA 1FKOA 5D3GA 1JLAA 2FC0A 4F3OA 3F73A 2WONA 1VK0A 3T1AA 4DTPA 4M3UA 4FW2A 5KI6A 4BE0A 1TL3A 1UWBA 4CK2A 2HVHA 5JS1A 1KTQA 3ZSVA 3KIOA 5E41A 3QIOA 2R7YA 3AVBA 1HYVA 3QEIA 3P1GA 4AHVA 3RRHA 3HXMA 1EXQA 1RT4A 1IO2A 3NF9A 4Z4HA 1BGXT 3JYTA 4NCBA 5FRMA 1T7PA 4CJLA 3HSTB 3G0ZA 3VQBA 4Z0UA 2A1RA 1IKXA 2FBYA 1I39A 4IG0A 4M3ZA 3M8PA 3L8BA 5FRNA 3NGZA 3KK3A 3VQ9A 3LZJA 2Y1JA 2LSNA 1NKCA 3V9UA 1NOZA 3L2RA 4RW7A 4KPYA 1X9MA 4AHUA 1JLEA 3MEGA 5KGXA 2HMIA 3TWHA 1UA1A 1TK0A 5K14A 1L5UA 2KZMA 4DWIA 4CHOA 3VN5A 3L2VA 2Z1JA 3LALA 1SKWA 4FZXC 4DQRA 4I9LA 4DS5A 4DF4A 1U47A 3DI6A 3OS2A 2HNDA 3QINA 2YV0X 3PO4A 1VSEA 3HP9A 4RW6A 1TKDA 1HQEA 3SPZA 4FJKA 3L3VA 3SYZA 1BQNA 2VWJA 3JSMA 3HK2A 4M42A 3AVAA 2AJQA 1W9HA 2E6MA 4B9VA 3HO1A 4J2AA 2ITGA 1NJYA 4CGJA 4LH5A 4LSNA 4KI4A 1JLBA 3V1OA 3PX4A 2G8WA 2HHUA 1C1CA 3AA2A 1SV5A 4N47A 3NH0A 3VQEA 1QTMA 2W42A 4K8XA 1VSIA 1DTQA 1Q8IA 4IFVA 3VQQA 1S9GA 2KW4A 1QQCA 2F8SA 1O1WA 1REVA 3ZSWA 1NK9A 1KFDA 1VSMA 1VRTA 3MXMA 1VSDA 4O0IA 1RBUA 4CEFA 3V9WA 4KHYA 1BI4A 1JLQA 4HUFA 3M8QA 3AVGA 5CY4A 3SNNA 1T05A 3NGYA 1Q9YA 2P5GA 2KFNA 3S3MA 3QESA 1RTJA 1C0UA 5FROA 3IAYA 4Z4GA 4CF9A 1HQUA 2OPRA 4HUGA 4DSEA 4PWDA 3V1QA 3VA3A 1G15A 1RBSA 3OY9A 2Z1GA 3PX6A 3NE6A 4LH4A 4CE9A 4BACA 1YT3A 4DQIA 2HHQA 3ZSZA 3V9ZA 4OKKA 2B5JA 4AHSA 3EZ5A 3NF8A 3HP6A 4CF8A 4F3TA 2WOMA 3KK1A 2ETJA 4I2PA 1NKBA 2YKMA 3C6TA 2GUIA 4ZHRA 2FBTA 3SZ2A 2RKIA 4ID5A 1D5AA 4CJEA 4KTWA 3SUOA 4KRFA 2Y1IA 3K5OA 3LAMA 4H4OA 1W0HA 3OJUA 4CECA 4HVJA 4B9UA 4DSKA 4GVMA 5HROA 4EP4A 1TK8A 4PQUA 2OPSA 4AHCA 1ZBHA 3M8RA 1TL1A 3K57A 4C8OA 1RBRA 2KZZA 2DFEA 5CZ1A 4DF8A 3SI6A 1VSHA 2IAJA 4C8LA 4O4GA 1KSPA 1ZBUA 2YHAA 4DU3A 3NF7A 1BCMA 2F8TA 3D0PA 3OVNA 1ZBFA 3TI0A 4E7JA 1YVUA 5HP1A 1WLJA 4CGGA 1C0MA 4O0JA 5CYQA 3OYDA 3SQ1A 4N76A 1LAWA 1X9SA 4KHSA 1JKHA 1A5WA 2Z1HA 2KQ2A 4DSFA 4FJHA 3TR8A 2DY4A 3LANA 3I0SA 3VQ6A 2XRIA 4FCYA 1BISA 4KB1A 2GV9A 1S1WA 3TANA 4CGIA 4CJSA 3PY8A 2B4JA 1SKSA 3L3UA 4FLYA 4O44A 1LV5A 3MXIA 4B9TA 3LDSA 3DLKA 4O5BA 4FK4A 3S3OA 1K6YA 1ZBLA 3QIPA 3LWLA 2XY6A 4GW6A 4B3OA 4B9MA 4KHWA 4E3SA 4M3TA 4MQ3A 1ITGA 1KVCA 1RBTA 5C24A 4CEQA 3L2UA 3KKSA 1B9DA 4OJRA 4YFUA 4DTRA 4E7IA 4FJGA 3AA4A 5HLFA 2G8IA 1QE1A 1RT3A 3CQ8A 2JLEA 4RG8A 4CIGA 3RRGA 4IDKA 4CESA 1UAXA 3OYNA 3OS1A 3DRPA 3M8SA 2OPQA 3S3NA 4M3YA 4E7HA 3K2PA 3OYCA 1KVAA 4ICLA 4LSLA 4CJFA 3AO2A 4DU1A 1ZYQA 1S6PA 2G8VA 1F21A 2VWKA 4H8KA 1J54A 1NK7A 3RR7A 2HB5A 2GBZA 2PYJA 3DYAA 4OPJA 1RTIA 2FBXA 3G10A 3ULDA 3PV8A 2HNZA 2QKKA 4CF0A 3HT3A 3RTVA 4L8RB 4FM0A 4FK2A 5KRSA 4IFYA 1NK4A 1L3UA 5EU7A 3SJJA 5KTQA 2G8KA 4AH9A 4XIUA 4FLTA 1MU2A 1S6QA 1RTHA 1KFSA 4FJ7A 2BDPA 4C8NA 1WSJA 3BGRA 2YNGA 1JXBA 1S9EA 4FW1A 2YNFA 4FZYA 2YHBA 2EX3A 2OPPA 3WNFA 4NYFA 1BHLA 1VRUA 3B6OA 1QSYA 4CJTA 4FXDA 3QEWA 1NK5A 3ZT0A 3MEEA 3HJFA 1U4BA 4AILC 1CXQA 4M3WA 4F2SA 3LP2A 3AVHA 4CERA 3THVA 2OA8A 3RR8A 3A2FA 1TKTA 5C42A 4E7LA 1XHZA 4FLVA 4OPKA 1S1XA 1WNSA 3SUPA 3U3GA 1TK5A 4YNQA 1YTAA 2IS3A 2B6AA 1Q9XA 5T7BA 4ELVA 1WAFA 4FJIA 1HYZA 1N5YA 2IOCA 4CGDA 3O3GA 3MAQA 4LY7A 3NDKA 2FBVA 1D9FA 3ZSRA 5HRPA 3ZSYA 3ITHA 3EYZA 4ELUA 3P5JA 2VG5A 1WSHA 4M45A 1S1VA 1RT1A 1NK8A 3LPTA 4E89A 3DLEA 3NFAA 4DLGA 3D45A 1JLGA 4C8KA 2VG7A 4KTZA 4R5PA 2G8FA 4CEDA 4W5NA 4KHQA 1NJWA 3H08A 1CXUA 2ZQBA 1T8EA 4J2DA 1SUQA 4N56A 1XC9A 1XHXA 3LZIA 1RDDA 1LW0A 3ALYA 3DLRA 3DRSA 4DFJA 5J2PA 4IG3A 4CHPA 2E4LA 3C6UA 4KKOA 1TGOA 1ASWA 4BDZA 2EHGA 3I0RA 3EY1A 1HPZA 4M3XA 1TKXA 1ASUA 2YNHA 2HNYA 4M3RA 3B6PA 1NK0A 3HVTA 4CHNA 4CCHA 4BWMA 1RT5A 4CJ4A 4E1MA 1UA0A 4TSXA 3AA5X 4I2QA 3K59A 4CJKA 1WSGA 2YKNA 4OGEA 4RW8A 5HRRA 3QERA 1NK6A 2OZMA 3S9HA 4JS5A 2D5RA 3VQPA 1D8YA 4F8RA 1BL3A 3KK2A 3I8DA 1IH7A 3SV3A 1QS4A 3NBPA 3T3FA 1S1UA 2QKBA 3HL8A 1J53A 5DK5A 4BE1A 4DFKA 4DQSA 3AVFA 4BDYA 4H4MA 4EP5A 5JS2A 3NCIA 4JS4A 3AVCA 4QAGA 4OKEA 4Y1CA 4W5RA 4C8MA 2RN2A 1TVRA 3O3HA 3SQ2A 2X74A 1CLQA 2D0CA 3HYFA 3L2QA 1KRPA 2D0AA 3QEXA 4KFBA 1EETA 2X78A 3AO5A 4DG1A 5SWMA 1L3VA 4CJ3A 4KI6A 1NOYA 4OLBA 2XY7A 4DSJA 4KREA 1KCFA 3LPUA 4HHTA 4IKFA 2P51A 3KKRA 1S1TA 3HVRA 4FZZA 4E19A 1C1AA 3AVJA 4LD0A 4CJQA 1L3SA 3TARA 4PY5A 3IG1A 4JLHA 5HRNA 4FJ5A 3CFRA 1C1BA 3RMAA 3TAQA 2ZE2A 1EP4A 4ELTA 4AHTA 1RT2A 4CF2A 4I7FA 2JGUA 4IBNA 3NGIA 1LWCA 3LWMA 4M41A 1XWLA 4Z4FA 3PUFA 3KD5E 4F4KA 3HPHA 2G8HA 4QCLA 4DTMA 1GOBA 4KV8A 1LWFA 3QO9A 1NKEA 4FJNA 3SCXA 3DOLA 1GOAA 5J1EA 4CF1A 4CK1A 4DLEA 1BCOA 1HRHA 4CK3A 4CFAA 1WN7A 3IRXA 3OYMA 3V81A 3ZT2A 3NH1A 4KTQA 1JLCA 3AO1A 3ZT1A 1NJZA 3OYAA 4CJPA 4DSIA 1KLMA 3HM9A 3RMBA 5I3UA 1X1PA 1B9FA 1Z25A 4FJJA 4CGHA 5C25A 3BDPA 1JXEA 4CIEA 4O55A 2HVIA 4DSLA 3AV9A 4DTOA 5J2MA 4Z4CA 4FYDA 1GOCA 1WSFA 4OGCA 4CFDA 1N6QA 1C0TA 1WAJA 3AVNA 3OYGA 5KRTA 3ZSOA 4FLUA 1R0AA 1JL2A 2VG6A 3TAPA 3F9KA 2O4IA 2KTQA 3SQ0A 1ZBIA 3KLIA 4B8CA 3RWUA 3E01A 1SKRA 3UIQA 3VQ5A 4Z4EA 4PUOA 1IKWA 4N5SA 3NAEA 3DM2A 4JRPA 2BGGA 2HHVA 3K5NA 3OYLA 3T19A 4GMJB 1HYSA 1QSSA 1VSJA 3HPGA 2I5JA 1QHTA 3WNHA 4W5OA 2PYLA 2YNIA 2PZSA 4KAZA 3AO3A 4CJUA 1EKEA 3V4IA 3V1RA 5I42A 4DTSA 1IKYA 1Y97A 3OYEA 2RF2A 2O4GA 2XY5A 3KLEA 4HCBA 4Z4IA 3ISNC 3VA0A 4DS4A 1XI1A 4FJLA 1VSLA 4QOZB 1C6VA 4DMNA 3MEDA 2E6LA 2IGIA 4E7KA 4NCAA 3OYBA 4Q5VA 5HRSA 1HNIA 4RW4A 3OS0A 4JRQA 4J2EA 1NJXA 1JL1A 3VQDA 3OYIA 3P83D 1FKPA 5J2QA 2X6NA 3C94A 4W5TA 3KD1E 3DLGA 2IC3A 3ZSXA 4DQQA 4ZTJA 4B8AB 2KFZA 5DMRA 3AVMA 3CFPA 4OVLA 4ZTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAXA 1VHXA 2HW3A 3PO5A 4DTXA 1U04A 1A5VA 5JVHL 3KWIA 3CYMA 4GNIA 2QK9A 3DXKB 1DTTA 4R79A 4KHUA 3SK3A 2GTDA 4YHHK 1T3VA 1QVFM 4KO0A 4IJAA 1BQMA 4RW9A 4AHRA 4BGAA 1RDCA 3V9SA 4I9QA 4ISEA 1QZ5A 2BANA 4KB0A 3LP0A 2W6LA 1J5OA 1Q86O 2G8UA 4WQ5C 4DUYK 1RNHA 1VQ7N 4HTUA 1K8KB 3LM2A 4DTUA 4J2BA 4K42A 4BR4A 3QEPA 4FM2A 2JWLA 1H1VA 2DFHA 4HCCA 1LAVA 3SV4A 4FK0A 4B1WB 3WXMB 2PAVA 3N4PA 4GV6A 4DFPA 3H1QA 4DQPA 1UOCA 4K8ZA 4YORA 3SQ4A 1NGGA 1BIUA 2BH1A 1RT6A 3CFOA 3CM6A 4CFCA 1U48A 3I8BA 3N4QA 3O3FA 3R6MA 4A59A 3K58A 5C2FA 2ZD1A 3IS9A 1VQ6N 5SZTA 2VGNA 4BR7A 3J7AP 4BQZA 4BDPA 1KVBA 5EY4A 1SQKA 1JLFA 5F2RA 3HRGA 1WSEA 3MECA 3SUQA 3J7YP 1HMVA 1I3AA 3H1VX 1VQMN 2YX6A 2IDOA 3AA3A 2YCHA 1T03A 1VSKA 3FZHA 4CJ5A 1YHQN 3KLHA 4PKHA 4CD3A 4CJRA 4OLAA 2ASPA 3VQAA 1TAUA 4BRLA 3DMJA 2GELA 5GIOA 2JWKA 3O4NA 1RT7A 4H0XB 1RDWX 2P5OA 3SAHA 4CEOA 3VQ4A 3NH2A 1LW2A 1QZ6A 3DLHA 3CIPA 3ZT4A 4CHYA 1D9DA 1EO1A 3QICA 4KHPK 4BC5A 3MMVA 2WONA 2IVNA 5M1QA 2FXUA 5JS1A 1NMNA 3KIOA 3QIOA 4JI1K 3AVBA 3QEIA 4ISGA 1M90O 5BPLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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