4AHSA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 60

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
2040608010012014014012010080604020
0102030405060Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYO1 (108-110)TI2 (78-81)S3 (83-89)TI1 (57-60)S1 (60-68)S2 (71-78)TI3 (79-82)AH1 (94-107)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)TIV1 (67-70)S4 (112-114)TIV2 (89-92)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 60
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahsA00
4OKJA 4E7KA 4ID5A 3NGIA 4BACA 1ASVA 3VQCA 4KTZA 1JL2A 3ZT2A 4DTRA 4R5PA 3L2VA 1U04A 1RBTA 4KHYA 4DLGA 4O0JA 4J2AA 1HYSA 2WOMA 1NK7A 1X9MA 1UOCA 4EZ6A 3NF6A 2KTQA 1IKYA 3AVMA 3LP1A 1RDDA 2HHUA 3SQ4A 3V6DA 1FXXA 1KFDA 1U49A 4Z4IA 4CFCA 3OYFA 2ITGA 3AO3A 4CHZA 1JLQA 3O4NA 4M41A 1KFSA 3SYZA 2VG5A 3ZT4A 3LZJA 1FKPA 2QKKA 4E7HA 4FLWA 2G8UA 3T3FA 2X74A 4CJRA 4FK4A 1J5OA 1IKVA 3VQBA 4Q5VA 3SZ2A 3DOKA 3KD1E 1X9WA 4KHSA 4KHNA 4BWMA 1EETA 1SL0A 1HPZA 4FJ5A 4PUOA 3S9HA 1TAQA 1X9SA 2F8SA 3KK1A 3SPYA 4TSXA 2OA8A 4CK1A 1A5WA 1XWLA 1C1AA 4BE2A 4AHTA 4B9SA 3WNEA 4C8LA 4LD0A 4IBNA 3VQ4A 1QS4A 3O3GA 3U3GA 5KI6A 1TKZA 2Z1JA 5KTQA 2Y1JA 1T7PA 4B9NA 3DI6A 3SUQA 2A1SA 1NK6A 1SL1A 1VSHA 1RT1A 4IDKA 1SKRA 4OPJA 3LPUA 1EX4A 3DRRA 3OYBA 4OVLA 5J1EA 5C42A 2VG6A 4CK2A 1VSKA 1RT3A 4EP5A 3KLEA 4C8OA 4KHWA 1QSSA 1U47A 4H4MA 3OY9A 1HYZA 1LWEA 3K5MA 3QEIA 2KZZA 4KFBA 3HP6A 1SKSA 3WNGA 4MFBA 4NCGA 3TANA 3EZ5A 4GMJB 1VRUA 3AA2A 3HPHA 3HPGA 3K5LA 3KK2A 1RILA 2VG7A 3AO2A 3ASMA 4M45A 4HHTA 1BGXT 4FLTA 1NK4A 4ELVA 3VQ5A 4DF4A 5KGXA 1F21A 3MXMA 4M42A 3V9WA 1WLJA 4E1MA 5FRNA 4BDZA 3QLHA 4K8ZA 4UQGA 4DSEA 4RW8A 2D0AA 3G10A 4CJ5A 4CJKA 2G8WA 4DQIA 3SV4A 1S1XA 4AHSA 3WNHA 1L3TA 4CGGA 4Z4EA 4EZ9A 4I2PA 4CESA 3ZSZA 4FJ8A 4KHQA 3SQ1A 4CIGA 4KPYA 3VA0A 4NYNA 4F2SA 3S3OA 1JLBA 4F2RA 4M3YA 2X6NA 3AVNA 3DLGA 1J54A 3DLRA 3LP2A 3VQ6A 3OS1A 4NCAA 4DFMA 4AHRA 2ZE2A 1TAUA 4BDYA 4DQSA 2G8VA 4CF9A 3I8DA 2O4GA 1B92A 3L8BA 2IAJA 5KGWA 1BCOA 4IG0A 4HUFA 4IFYA 1ASUA 3AO5A 4DU4A 4FZXC 1CZBA 5T7BA 3LAKA 4AILC 4CF1A 1VSMA 4WE1A 4AH9A 2E6LA 2ZD1A 1KSPA 4N41A 1YTUA 1RTIA 3OYNA 1CXQA 1C1BA 3KLGA 2HW3A 2OZSA 2FBXA 2G8FA 4W5OA 1D9FA 3PX0A 3OVNA 5HBMA 2JGUA 3ITHA 1R0AA 1VSIA 1RT2A 1NK8A 1NK9A 2FC0A 4LY7A 5CZ2A 3VQ8A 2HMIA 4DTSA 4HCBA 3ZSRA 4FJKA 4FM1A 2DFFA 3TARA 2DFEA 3HYFA 3L2WA 4B08A 5J2NA 4KHUA 4LSLA 3O3FA 3V1RA 3NAEA 5J2PA 3TAQA 3PO4A 4JS4A 1NK5A 1NOYA 3IS9A 3LP0A 4CIEA 1GOBA 1I39A 4CEDA 3SQ2A 1N5YA 4FJHA 2XY8A 4OKEA 4CGHA 5HRPA 3NH2A 2IS3A 3RRGA 3ZCMA 4FLZA 2B4JA 4HTUA 4OJRA 4FM0A 2E4LA 3AVJA 1RT6A 3VN5A 1ZBHA 4FJ9A 3DLHA 1HMVA 3SQ0A 1S1VA 2R7YA 4ZTFA 3TR8A 3TI0A 1JL1A 5C24A 4DSIA 1X1PA 1LAVA 3PV8A 3RMAA 5JS1A 1QE1A 4B3OA 1SV5A 3V9XA 3LP3A 1RBRA 1VRTA 2OPSA 2HHVA 1ZBIA 4DTMA 2Q3SA 3NGZA 2RPIA 1IKWA 4RW6A 1L5UA 1WSHA 4DTNA 4KTQA 2BGGA 5D3GA 1S9EA 4ZTJA 4L8RB 4DFJA 4PA1A 3SV3A 4CEOA 2KQ2A 2XO7A 5I3UA 3NCIA 1C1CA 2VWJA 1WN7A 4W5RA 3HK2A 5FDLA 1ZBFA 3L3UA 4F8RA 5SZTA 3ZSVA 1Q8IA 3E01A 3SJJA 1C0TA 2PYLA 3ZSWA 1JLCA 2YNHA 3NFAA 3HJFA 2HHWA 4CEEA 1MU2A 1WNSA 3TAPA 5JS2A 1WAFA 2GV9A 3OYAA 5HRNA 2KZMA 2EX3A 4CJEA 1BQNA 2D0CA 4C8MA 3P83D 4CGDA 2HHXA 1VSEA 3NF9A 4FW1A 3K5OA 1ZBLA 1YVUA 3K5NA 3VQ9A 3ZSQA 2OPRA 3FFIA 5HLFA 4CEAA 3P5JA 3S3MA 1KLMA 3LAMA 2QK9A 5HRSA 4CJ3A 1WSEA 4DU3A 2XY7A 1U4BA 3QEPA 4AHCA 4Z4HA 3DM2A 3OS0A 3QNNA 1C6VA 4I9LA 4M3XA 2D0BA 4PY5A 4Y1CA 2IDOA 1NK0A 1LV5A 2O4IA 2Z1HA 3CFOA 2F96A 1QHTA 3AA3A 3RTVA 1BIZA 1I3AA 4DWIA 4DU1A 1VSDA 1RTDA 1QTMA 3ZT3A 3TAMA 2BDPA 3IG1A 1JLEA 3TABA 3NE6A 3O3HA 4DG1A 3THVA 2HVHA 2IOCA 4CEBA 3QEWA 2HHSA 2KFNA 3B6PA 3AA4A 2AJQA 3DRPA 1RCHA 1RTJA 1VSJA 1Y97A 3IAYA 3NF8A 3NH1A 2PYJA 4QOZB 2DY4A 5KRTA 3D0PA 5FRMA 2FBYA 3M8RA 4FLUA 3IRXA 3V9ZA 1RT7A 3SUOA 3BDPA 3KIOA 1NJYA 4CJFA 1B9DA 1XHZA 4J2EA 4CFAA 1KCFA 5EU7A 3WNFA 3EY1A 5J2QA 3C6UA 4BE0A 4E0DA 4CHYA 4C8NA 3MXJA 4CJSA 3UIQA 4N76A 3SPZA 1TL1A 1K6YA 3ZSYA 3A2FA 4KV8A 1ZYQA 2IC3A 3CYMA 4CJUA 1UA0A 1BQMA 4FJIA 3OJSA 2OPQA 4CJPA 1T05A 4F3TA 1VSLA 1TGOA 2PZSA 5HP1A 1LWCA 4HUGA 2X78A 1G15A 3MEEA 3S3NA 2X6SA 3OYEA 4CGIA 3ALYA 1RT4A 4CJQA 4XIUA 1WAJA 1NJZA 4FJLA 2RF2A 2KFZA 2A1RA 5SWMA 4I9QA 3VQ7A 3QINA 3VQAA 4KTWA 1RT5A 2ZQBA 4KI4A 3KK3A 1TKDA 3V81A 4OGCA 1RBVA 3NGYA 3AVBA 4I2QA 3VQPA 1UAXA 3LANA 1WSGA 4HVJA 2YKMA 1NJXA 2P5OA 3TAGA 4QCLA 4FM2A 2DFHA 4CGFA 4NYFA 3TAFA 1GOAA 2NUBA 4CK3A 3QESA 3U6FA 3SCXA 1IH7A 2WONA 4CFBA 4DTXA 3QERA 5K14A 3KJVA 4HUEA 3HVTA 4FK2A 3PO5A 4CEFA 3L2UA 1JXBA 1KVCA 4O44A 4Z0UA 2Y1IA 4FZZA 3K59A 2GBZA 1C0UA 3EYZA 4CJVA 3VA3A 4LH4A 1S1UA 3OYMA 3HVRA 1DLOA 4CEQA 4CHNA 4E7IA 3QNOA 1L3VA 1D8YA 1XHXA 2QKBA 4O4GA 1BI4A 1BI4B 3C95A 4Z4CA 3AVCA 3OYCA 3OYDA 3AVHA 3LWMA 2XRIA 4I7FA 4F3OA 4OPKA 3QIOA 4DTJA 1Q9XA 4N56A 4M3RA 4FK0A 1RTHA 4BWJA 1TK0A 4KO0A 1JXEA 1C0MA 4E3SA 3KKSA 3CQ8A 3VQDA 2HHQA 4FYDA 1N6QA 4FVMA 4ID1A 1JLAA 1S6PA 1EP4A 2OPPA 2EHGA 3AV9A 3K2PA 4ELUA 4FJ7A 2ATQA 3D45A 1Q9YA 4AHVA 4YFUA 2HVIA 1Z26A 5E41A 3LPTA 5DK5A 3U3YA 3DLBA 1HNIA 3BGRA 4KKOA 4OKKA 3M8SA 5CY4A 3V9SA 1TKXA 1YT3A 1HNVA 3KLHA 4DSJA 3I0RA 4Z4FA 4IG3A 4M3TA 3AVIA 1CXUA 4M3UA 2IGIA 3RRHA 4E1NA 1L3UA 1RBSA 4OLBA 4KB0A 1FKOA 3DMJA 2YV0X 1QQCA 4M3ZA 1GOCA 3SUPA 2YHBA 2YNFA 2B6AA 3AVFA 4LSNA 4O55A 4CJWA 3OS2A 5CYQA 4FLYA 3I0SA 1JLGA 3C94A 5J2MA 3V4IA 2HNYA 3PY8A 1O1WA 4FW2A 3QETA 4Y1DA 3RWUA 4B8AB 3M8QA 4CHOA 4JRPA 4E7LA 4PWDA 4DF8A 4J2BA 1NOZA 3LZIA 1JLFA 2DTUA 4CECA 3RMDA 2G8HA 1ITGA 3OYGA 4W5NA 1YTAA 3QEXA 2Z1IA 4N5SA 3QIPA 3T1AA 4DFPA 1B9FA 2YHAA 3AVAA 5HRRA 3ISNC 4CF0A 4B8CA 3MAQA 3PX4A 3RR7A 3CM6A 4DSLA 4FJJA 1HRHA 4RW7A 3RMBA 4G1QA 4KI6A 3AO1A 3L3VA 1IKXA 1HQUA 1Z25A 4RG8A 3ZT1A 2I5JA 2B5JA 3JSMA 3HXMA 4CJ4A 2RKIA 4CEZA 4RW4A 4DQRA 3OYHA 3AVGA 1U48A 2P51A 1TVRA 1S1TA 3K57A 4IKFA 1RDCA 1KRPA 3AVKA 3G0ZA 1J9AA 3T19A 3HT3A 3KTQA 1HYVA 3F9KA 3MEGA 1ASWA 4CIFA 4MQ3A 3CFPA 5CZ1A 4H4OA 4OGEA 4FLXA 1XC9A 4YNQA 4W5QA 1DTTA 3F73A 2XY5A 1T8EA 4FJXA 3C6TA 1BISA 1S1WA 1FK9A 1S5JA 4FJNA 1BL3A 4M3WA 2QXFA 4QAGA 3RMCA 4GW6A 1U45A 3HP9A 3PUFA 2P1JA 3MECA 2XHBA 3TWHA 4FCYA 4CE9A 3OJUA 1JKHA 4IFVA 3HM9A 2W42A 3HL8A 3LDSA 4E89A 4W5TA 1DTQA 1WSJA 4Z4GA 1S6QA 4CJTA 3OYJA 3MEDA 4RW9A 5C25A 4DFKA 1SKWA 1TK8A 3SI6A 4ZHRA 1WSFA 2XY6A 3KLFA 3MXIA 2F8TA 1HJRA 2OYQA 2ETJA 3B6OA 4ICLA 4E7JA 2G8KA 1KLNA 4CCHA 1TV6A 4KREA 4DMNA 3QEVA 3SUNA 2JLEA 3DRSA 1BCMA 1XI1A 4FLVA 4DS5A 1VSFA 3NDKA 4B9MA 1HQEA 1LW2A 4FJGA 1WSIA 3OYLA 1W9HA 2VWKA 3ULDA 1T03A 3V1QA 4FZYA 3NBPA 4B9VA 1W0HA 5DMRA 3AVLA 1NKCA 1LWFA 2KW4A 4Q0BA 2E6MA 3H08A 4O0IA 3LWLA 3ZSOA 1QSLA 4NCBA 1TKTA 3DYAA 4CF8A 4DSKA 3V1OA 5HROA 2HHTA 1CLQA 1BIUA 4CERA 4OLAA 3RR8A 3VQEA 4CJLA 4CHPA 1RBUA 3NH0A 1KVBA 2Z1GA 1J53A 4FJMA 2FBTA 4FXDA 1NKBA 4ELTA 4J2DA 4DTOA 5I42A 4DQPA 4KAZA 3L2QA 4DS4A 5CYMA 1RDAA 2HNZA 2YNIA 1NKEA 4EP4A 3O4QA 1D5AA 4F4KA 1ZBUA 2P5GA 4KRFA 2BANA 3QO9A 3OYKA 1BHLA 3V9UA 3HO1A 1REVA 3K58A 3KLIA 3NF7A 3JYTA 1LAWA 5KRSA 2YKNA 5FROA 2LSNA 4JRQA 1RDBA 4JLHA 3OYIA 4K8XA 1A5VA 3ZT0A 4AHUA 1L3SA 2YNGA 2BE2A 3AA5X 2RN2A 2PY5A 4DSFA 1VK0A 1UA1A 4GVMA 3M8PA 4BDPA 3AO4A 2G8IA 1TL3A 4H8KA 3CM5A 3ZSXA 4DTPA 1SUQA 3DOLA 4N47A 4HCCA 4DQQA 1D9DA 1S9GA 3DLKA 1TK5A 4CHQA 4B9TA 3PX6A 1RNHA 3CG7A 4E19A 2OZMA 4JS5A 1KVAA 2GUIA 4KB1A 3TAEA 3CFRA 1EKEA 4CFDA 4BE1A 4B9LA 4C8KA 4PQUA 2D5RA 4B9UA 1IO2A 1NJWA 3NHGA 3HPOA 1QSYA 3LALA 1EXQA 1SL2A 3DLEA 4CGJA 1CZ9A 1LW0A 3VQQA 4DTUA 4O5BA 2HNDA 1UWBA 3KD5E 2FBVA 4DLEA 4CF2A 1IG9A 1KTQA 3SNNA 3L2RA 2HB5A 1A5XA 3HSTB 3KKRA 4LH5A 3P1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC4A 3NGIA 4CZFA 3ZT2A 3I8BA 3L2VA 4OX9K 3ID6A 1OH7A 3AARA 1HYSA 5BR8K 4EZ6A 3AVMA 3KZBA 4Z4IA 4CFCA 2F9TA 3AO3A 4CHZA 1Z05A 3O4NA 3ZT4A 3LZJA 2QKKA 1M90O 4FLWA 2ZGZA 2QWQA 4CJRA 3M3ZA 3CC4N 1J5OA 1IKVA 3ENBA 5AQOA 3KD1E 4LF7K 2NRWA 4FJ5A 1X3MA 2NRTA 2OA8A 1XWLA 4DKWA 1T6DA 1VQNN 3TPQA 5JLHA 4LD0A 3VQ4A 5KTQA 2Y1JA 4B9NA 5BN8A 1RDUA 3KWIA 3THYB 4OPJA 3OYBA 1YXQA 4CK2A 4C1NK 1VSKA 3KLEA 3T7ZA 4H4MA 3OY9A 1HYZA 3QEIA 2E88A 4KFBA 3HP6A 4F9OA 5GAGP 3EZ5A 4PKGA 1VRUA 1TK0A 3HPGA 4HHTA 1RILA 5AQNA 3ASMA 3R9PA 4DR2K 3FFKB 3VQ5A 3L0QA 4WQ4A 4LFBK 3MXMA 4WYBA 4E1MA 2E1YA 4BRGA 4DSEA 2YI1A 2P9NA 2D0AA 2G8WA 3SV4A 2GWJA 3WNHA 4FWSA 4CIGA 4NYNA 3KVGA 1JLBA 4M3YA 2X6NA 3DLGA 3U8XA 4CZKA 1J54A 3OS1A 4JI2K 3RVCA 3TTDA 1B92A 4IG0A 4IFYA 4B1ZA 1CZBA 4CF1A 2E6LA 1YTUA 4A5BA 1CXQA 3MN9A 1MWKA 2FBXA 1KAZA 2QWMA 3PX0A 5HBMA 5AQZA 2ASMA 3ITHA 1R0AA 1RT2A 1KQSM 2OCEA 1MA9B 4JEPA 4HCBA 4HWIA 1EO1A 2D1KA 5JMVA 3TARA 5J2NA 4B08A 2HBKA 3OA9A 3PO4A 3TAQA 3KWGA 4JS4A 3VGMA 4BRFA 3IS9A 3SQ2A 3TSPA 2RHKA 4JK8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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