4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
5HLFA 1VRTA 4CJWA 2PY5A 4I2PA 1S6QA 3PO5A 4FJ7A 2OZMA 2KQ2A 3LPUA 4FJXA 4FYDA 4QCLA 3LWMA 1D9DA 3LAMA 1UOCA 3QO9A 3ZSVA 2HHXA 3L3VA 1RT4A 3NGZA 4FM1A 4EP5A 1UAXA 4CIGA 4DSLA 2QXFA 1YTUA 4EZ6A 4C8OA 4H4OA 4FLVA 4DFMA 3KLFA 3U6FA 5HRRA 4DU4A 1CLQA 1T05A 5CYQA 1C6VA 3AVJA 1TL1A 2BE2A 3IS9A 3O3HA 2G8IA 2P5OA 2YKNA 4CHYA 1NK4A 3SUNA 1VSFA 3MXIA 3V9SA 4KRFA 4Z4IA 4B9TA 3NF6A 5DK5A 3QERA 4DQRA 3C6UA 4FVMA 1XWLA 3AVLA 3SUPA 3IAYA 4ELVA 4M3ZA 1LW2A 3NH2A 2O4GA 2JLEA 4F3OA 2KFZA 4IG0A 3OYEA 1LWCA 1LWFA 1IKWA 4HUEA 4BE1A 4M3UA 3L2UA 3CFPA 3OYGA 1RDDA 3OYLA 3MEGA 3KD1E 4YFUA 1QE1A 3VQEA 4DQSA 4KB0A 2DY4A 4DF4A 1KRPA 3C94A 4O0IA 1W0HA 3RWUA 1C1BA 4TSXA 4CJRA 2OYQA 4F4KA 2R7YA 4M3YA 4CJVA 2Z1IA 1JXBA 3CM6A 2BANA 4O55A 2IS3A 1NKEA 4I7FA 4JLHA 4RW6A 3L8BA 2ITGA 3HP9A 1LV5A 4FJ8A 3ZCMA 1NJYA 5CZ2A 2YNHA 1S6PA 2ATQA 5E41A 3RMBA 3AVIA 3TAQA 2OPRA 3ZT2A 4E1MA 1TAUA 1J53A 1JLFA 2B6AA 2YNFA 4IG3A 1UWBA 4B8AB 2X74A 3O3FA 1NK5A 3M8PA 5J1EA 2G8UA 4G1QA 2VWJA 4DFPA 2HB5A 2D5RA 2ETJA 2RF2A 4CHQA 4PWDA 5KRSA 4ID1A 3L2RA 3NF7A 1MU2A 3ZSRA 2AJQA 4BE2A 3KLHA 4DF8A 4M42A 4FW2A 3AO4A 4KHQA 1DTQA 1X9WA 1FXXA 5EU7A 5HRNA 1SL2A 1RNHA 3QEWA 3RRGA 3OJSA 3SNNA 2ZE2A 2HHWA 2KTQA 3H08A 4CESA 1TK5A 2HNYA 2GBZA 2YNIA 1VSJA 4M3RA 3K5LA 4DTSA 4H4MA 4FJ5A 4IKFA 4OVLA 3S3OA 2XRIA 4B9MA 4M3XA 1BQNA 3L2QA 2XHBA 2XY6A 2P1JA 3DLGA 4Z4GA 5HP1A 3CG7A 1YVUA 4ID5A 2HMIA 4Y1DA 2QKBA 3OYJA 1HJRA 3WNFA 3HXMA 1S9EA 3T1AA 1TK0A 1SL0A 3QEVA 4KI6A 4DU3A 1ZBHA 1CZ9A 1RBTA 1RT5A 3O4QA 2Z1HA 1NOYA 4K8ZA 4OLBA 4OKJA 4GMJB 3MEDA 4FJKA 1BI4A 4CECA 1LW0A 5HRSA 3JSMA 1A5WA 3NH0A 2EX3A 4DTMA 4FLUA 3VQPA 1HPZA 1TKXA 2PZSA 3DMJA 4M45A 3NE6A 3OYCA 3NGYA 3QETA 3OY9A 5FRNA 2IOCA 1B92A 1EKEA 2DFFA 1ASVA 1DTTA 3OYAA 3A2FA 1GOBA 1KCFA 3LP3A 3V6DA 1VK0A 4DTXA 2G8VA 3M8RA 4NCAA 1A5XA 3NHGA 4OGEA 4PA1A 3TANA 3WNHA 2F8TA 1QHTA 5KI6A 5JS2A 1RBUA 3S3MA 3THVA 4QOZB 4N41A 1IKXA 2HVIA 2HVHA 1XI1A 2ZD1A 3AV9A 5HROA 4F2RA 3T19A 3NF9A 3VQBA 3KK2A 3TAGA 3AVFA 3O4NA 4DFJA 2NUBA 3V81A 1BI4B 4I9LA 4KHNA 2HHSA 4CHZA 3LAKA 1D9FA 3OYHA 1QQCA 2HNDA 2KW4A 1RTIA 2B5JA 5CZ1A 4E7IA 4CJPA 3HVRA 1N5YA 2YV0X 3NGIA 3PX6A 2E6LA 4E1NA 2XO7A 4W5QA 4RW8A 3V1RA 1L3VA 3DRSA 3WNGA 3U3GA 4DTJA 4KHYA 1EETA 1BCMA 4C8KA 4HVJA 4FJNA 4W5TA 4LH5A 1NJWA 3HVTA 2RPIA 4ZTJA 2B4JA 4O5BA 4CEAA 1BGXT 1TKTA 2OPQA 4ZTFA 4CK1A 4DTNA 4KPYA 2QK9A 3I0SA 4CEZA 2YKMA 3T3FA 3SQ0A 1Q9XA 4AHTA 1IKYA 3AA5X 4KO0A 3RTVA 3HYFA 4W5NA 3AA4A 1RT3A 5J2MA 2QKKA 3G0ZA 2HHQA 3DRPA 4IDKA 2EHGA 3G10A 1NOZA 4LSLA 4MQ3A 4Z0UA 4HUFA 4FLTA 1SKSA 4CK3A 4GW6A 1N6QA 3VQDA 1S1WA 4KTZA 4K8XA 4CJQA 1ASUA 4WE1A 3K5OA 3PX0A 4FW1A 3B6OA 3LALA 4CFDA 4I9QA 1S1XA 1IKVA 4NCGA 4N5SA 2IGIA 3SUQA 3LP1A 4CJ4A 3K59A 3ULDA 4EZ9A 3MEEA 4CGDA 4CHOA 2F8SA 1YT3A 4E89A 1HRHA 4RW9A 3LPTA 4N47A 4O4GA 4KREA 4B9VA 1TK8A 4FJIA 1BCOA 3VQ8A 3HPOA 1JXEA 4UQGA 2PYLA 1EP4A 1FK9A 4FLZA 4DLGA 3SUOA 1UA0A 1QSYA 3TAMA 3AVMA 1NK7A 3NCIA 4W5OA 1KTQA 3ASMA 2D0CA 2PYJA 3QINA 5HRPA 2Z1GA 4IFVA 3OYDA 3KLIA 2Q3SA 4AHRA 3L2WA 4E7HA 3MXMA 1BIZA 1ZBIA 2X78A 3DYAA 4DQIA 1J9AA 4CF0A 3HT3A 4LH4A 2ZQBA 4CEEA 4IBNA 4FM0A 3HSTB 3TAEA 1NK8A 1Q9YA 1KLMA 1G15A 1L5UA 3KTQA 1LWEA 4DSIA 4DTUA 2XY5A 4B9SA 4AHVA 2D0BA 4CEFA 4FLWA 2DFEA 3BDPA 2WOMA 4KKOA 1CXUA 4DWIA 3VN5A 1XHXA 1ZBUA 1BISA 3AVKA 3OYFA 3KLGA 4HUGA 4LY7A 3SI6A 4F8RA 1KFDA 1T8EA 4HCBA 2YHAA 1KVCA 4FJ9A 4CF2A 3OVNA 2FBVA 2RN2A 4CK2A 4BE0A 5T7BA 4H8KA 3LZJA 4CF1A 3TI0A 3ZT3A 2BDPA 4JRPA 3RR8A 4HCCA 1S5JA 3QEXA 1U49A 3S3NA 1K6YA 1SUQA 2I5JA 5K14A 4N76A 4W5RA 1NK9A 4CFBA 3K57A 1TKZA 3CM5A 4FCYA 3CQ8A 3F73A 2D0AA 4CHNA 3ISNC 2E6MA 4IFYA 3HM9A 3ZT1A 3OS2A 4FZXC 4J2DA 4PQUA 1KFSA 2HHVA 5DMRA 2HHTA 1LAVA 3HPGA 2FBTA 3VQ4A 1KVAA 1U4BA 1BHLA 2RKIA 4CGHA 4KHSA 4CJLA 3K5MA 1REVA 1RBSA 5CY4A 2A1RA 1U48A 4C8MA 4FM2A 3RMAA 1NJZA 3PO4A 4FJLA 1VSLA 1TL3A 3KK3A 3CYMA 1HMVA 2Y1JA 4XIUA 3MXJA 3PUFA 1I3AA 3PY8A 1D5AA 2XY7A 1NJXA 3SQ1A 4BDYA 1SV5A 4NYNA 4O44A 3VQCA 2OPSA 5KGXA 4CERA 1WSFA 1JLBA 4LD0A 1I39A 4CJ3A 3DLEA 4FJMA 1B9DA 4J2AA 1W9HA 4DQPA 1VSKA 3RRHA 4KHWA 2OA8A 4C8LA 4FZZA 4BDZA 2G8HA 2X6SA 1GOCA 1RT7A 2FBYA 5SZTA 4QAGA 4KB1A 4NYFA 1CZBA 3QIPA 4B8CA 1TKDA 3UIQA 1JLGA 1WAJA 1TGOA 1ASWA 1NK6A 4B9LA 4PY5A 3M8SA 3S9HA 4CFAA 4FLXA 1F21A 1T7PA 3AA3A 2IC3A 4OGCA 2Z1JA 1FKOA 3NDKA 3TABA 2JGUA 3VA0A 3ALYA 4ELUA 3V9UA 3V4IA 4I2QA 3LZIA 3RR7A 1VSIA 4AHSA 1Q8IA 2GUIA 4CJ5A 4Q5VA 1ZYQA 1WAFA 3P1GA 3V1QA 4BDPA 1TVRA 2OPPA 1HQEA 1SKWA 1C0UA 4B08A 1Y97A 2VG7A 4OPJA 2HHUA 4DTRA 1RCHA 1IH7A 3K2PA 4KFBA 3TWHA 3U3YA 1VRUA 3DI6A 3E01A 4KAZA 4CE9A 4B9UA 1C0MA 3FFIA 4LSNA 4DS5A 3I0RA 4DSFA 2YNGA 1IG9A 4RW4A 3O3GA 1BL3A 4CJUA 3AO1A 1HNIA 2FBXA 1CXQA 3SZ2A 1EXQA 3OYIA 3K5NA 3QNNA 1ITGA 1LAWA 3P83D 4CJFA 4JS4A 3AO5A 4E7JA 1L3SA 3QEPA 2P5GA 3SV3A 4ELTA 4B3OA 3AA2A 4F3TA 3V9WA 3NH1A 3ZSZA 1BIUA 2BGGA 3DRRA 3ITHA 1JL1A 3K58A 1RDBA 4E7LA 1X1PA 4L8RB 4CF9A 2G8FA 4E19A 3SQ2A 1Z25A 5JS1A 4CHPA 1XC9A 3AVBA 1J54A 3OS0A 1VSMA 2WONA 3AO3A 4Z4CA 4AHCA 3VQ5A 3AVHA 4FLYA 1RTDA 5CYMA 4OKKA 2VWKA 1JLQA 3OYNA 3MECA 4DTPA 3V9ZA 3KD5E 1C0TA 3TR8A 4RG8A 4FJJA 3OYKA 4M41A 3DLHA 1QS4A 1WLJA 2IAJA 3EZ5A 3NAEA 3V9XA 3NBPA 4Y1CA 4Q0BA 4DTOA 1JLEA 4Z4FA 4FXDA 1VSDA 5KGWA 3VQAA 3KK1A 3DOLA 5D3GA 4E7KA 1HQUA 4M3WA 1HYSA 4CIFA 2W42A 3EYZA 4ICLA 1Z26A 4E3SA 4FJGA 3SQ4A 5I3UA 4RW7A 4AILC 1JKHA 5J2NA 3VQ7A 2X6NA 4AHUA 2HNZA 3L3UA 4CJKA 3SV4A 4E0DA 1S1TA 3ZT0A 1TV6A 4DLEA 2VG5A 1B9FA 1HYZA 3AVNA 4CJTA 5C42A 3KJVA 3TAFA 1XHZA 2VG6A 4FZYA 4M3TA 1VSEA 4BWJA 1C1AA 4CF8A 1WSGA 1HYVA 4MFBA 3ZSYA 1ZBFA 1RT6A 1RTHA 2A1SA 3DLKA 4CJSA 1QSSA 4OJRA 4NCBA 3OYMA 2KZMA 3VQ6A 4OPKA 4DU1A 4HTUA 3NF8A 3D45A 4CEDA 2YHBA 4HHTA 1X9MA 4FK4A 3QIOA 5HBMA 1RT2A 3ZSOA 1HNVA 1S1UA 1L3TA 1KSPA 2Y1IA 5FDLA 3DLBA 3HL8A 3CFOA 3LP0A 2KFNA 3SYZA 2G8KA 1RBRA 4FK0A 3SJJA 4N56A 3WNEA 1BQMA 3QESA 3NFAA 4R5PA 4C8NA 4BACA 5KTQA 4J2BA 3PV8A 3OYBA 4DSEA 1WNSA 1JL2A 1TAQA 5FRMA 3LP2A 4AH9A 3TARA 1NK0A 3JYTA 3QNOA 3KLEA 5C24A 3KIOA 4DSJA 3OJUA 4O0JA 1RDCA 1ZBLA 1GOAA 4DSKA 3DM2A 2KZZA 4CGJA 4ZHRA 4JS5A 3HK2A 2P51A 1J5OA 4CJEA 4CFCA 3V1OA 1KLNA 1WSHA 3RMDA 4B9NA 1U04A 3LANA 5I42A 2G8WA 3C6TA 3QLHA 3TAPA 4PUOA 4KV8A 1SL1A 1D8YA 4CGGA 3L2VA 1QTMA 3VA3A 4KI4A 3AO2A 4DFKA 1QSLA 4OKEA 3B6PA 4Z4HA 1SKRA 1U45A 4CGIA 4DG1A 3KKRA 4OLAA 4CEBA 5KRTA 1RT1A 4J2EA 2XY8A 4KTQA 5C25A 2IDOA 1IO2A 3DLRA 3LDSA 3OS1A 1WSIA 3C95A 3D0PA 4FJHA 2O4IA 3AVAA 3MAQA 1EX4A 1RTJA 4CEQA 3RMCA 3SPYA 1R0AA 2DFHA 4DS4A 1X9SA 1L3UA 1O1WA 3IG1A 2GV9A 3HO1A 3VQ9A 4DQQA 3VQQA 4KHUA 3M8QA 5FROA 3DOKA 1U47A 3AVGA 1RILA 3ZT4A 2HW3A 3HJFA 3ZSQA 1YTAA 5J2PA 4F2SA 2E4LA 2FC0A 1WSJA 4KTWA 3ZSXA 3I8DA 3ZSWA 3AVCA 1JLCA 2OZSA 4BWMA 4CIEA 3PX4A 1C1CA 4CEOA 4Z4EA 4JRQA 3HP6A 3LWLA 3EY1A 1UA1A 3F9KA 3QEIA 1VSHA 2F96A 1RBVA 2DTUA 4YNQA 1FKPA 4GVMA 3CFRA 4DMNA 5J2QA 1KVBA 1S1VA 1WN7A 3HPHA 3KKSA 5SWMA 3SPZA 1WSEA 1NKCA 3SCXA 1T03A 1RDAA 4FK2A 3BGRA 3IRXA 4CCHA 1NKBA 1DLOA 1JLAA 4CGFA 1A5VA 1S9GA 4EP4A 2LSNA 3P5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HLFA 1VRTA 2FXUA 4I2PA 4DV4K 5GAGP 2OZMA 2KQ2A 4FJXA 4IWVA 1D9DA 3LAMA 4JKEA 4CD3A 3L3VA 4FM1A 4CIGA 4BRFA 5KPZA 4DU4A 3ATVA 5CYQA 1T05A 2A3ZA 1YUWA 4KH5A 2BE2A 3O3HA 2G8IA 4CHYA 4GV9A 3MXIA 3V9SA 4Z4IA 3F5TA 3NF6A 4CBXA 4DQRA 4IJAA 1XWLA 3AVLA 3O5BA 3NH2A 2O4GA 3FFKB 1VQKN 5FPEA 2HF4A 1D4XA 4BE1A 4M3UA 3OYLA 3MEGA 1QE1A 1W0HA 4F4KA 4M3YA 4CJVA 1RGIA 3CPWM 4O55A 4FSVA 4BRNA 3CC7N 2P9LA 1EQYA 2ITGA 2OANA 3HP9A 1SS6A 1DGKN 3GBTA 2OPRA 4JK7A 2GUPA 2O8BA 1BA0A 1UWBA 3O3FA 5J1EA 2G8UA 2ETJA 2RF2A 3M3ZA 1W97L 2A40A 1T6CA 3NF7A 1MU2A 4BE2A 4FWSA 4FW2A 4M42A 3EE8A 5BRFA 1FXXA 5HRNA 1N36K 4NXMK 2UXBK 1C0FA 3WEEB 1RDUA 2KTQA 4CESA 2GBZA 2GWKA 2YNIA 3LDPA 4DTSA 5BPMA 2NRXA 3WQTA 2XRIA 3L2QA 2XY6A 1U2VA 1YVUA 2HMIA 3OYJA 1HJRA 3SAHA 4KI6A 5M1QA 4IO9L 1NOYA 4K8ZA 3MEDA 4CECA 1VQ7N 3JSMA 4EAHD 2I7PA 2EX3A 2A41A 5AQQA 1HPZA 3DXMB 5IWAK 3O9UA 3NGYA 4CZMA 3OY9A 2DFFA 1ASVA 3SBTA 4PL8A 3WNHA 2F8TA 4CBWA 1NGEA 5KI6A 5JS2A 2NRRA 1Q18A 4QOZB 1IKXA 3VOVA 5E26A 3T19A 3CJBA 3CCVN 3O4NA 5FPNA 3G4SN 2UUAK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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