4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
2YNIA 1C0MA 4FLXA 1S9GA 2IS3A 4FLUA 3SQ2A 3SUOA 3I0RA 4CJPA 5E41A 4O0IA 3U6FA 2F96A 2HNZA 1QSYA 1D8YA 1TK8A 1Z26A 1I3AA 2A1SA 3IG1A 3V9SA 4CFBA 3MEEA 1IKWA 3ZSWA 3KK2A 3QEVA 4DSLA 2VG6A 3VQQA 3HL8A 4CEOA 4DLGA 4WE1A 4DQPA 4IG0A 1EX4A 1TAQA 3KKRA 4GMJB 1R0AA 1U4BA 3AV9A 4KV8A 3NH2A 5FRMA 1C1AA 3G0ZA 4M45A 3PY8A 3SV4A 5T7BA 2B6AA 4O44A 3SJJA 4JRQA 1ZBIA 5KI6A 3NDKA 4N47A 3SNNA 3TWHA 3RWUA 3P83D 4FM2A 4BWMA 4CEAA 4CF9A 1BIUA 3WNGA 3LAKA 1BI4A 2YV0X 3RMCA 4B9NA 1SUQA 4CHNA 1Z25A 1WSFA 1JL2A 3M8RA 4OKJA 4M3WA 4XIUA 3K5NA 3ZSXA 2XY8A 4CJRA 4PUOA 4CK2A 3KLHA 3SI6A 3KD1E 1K6YA 5HRSA 4CF8A 4CGHA 2EX3A 4HUEA 1LWEA 3HO1A 4EP4A 5HBMA 1NJWA 2Z1IA 3CM6A 3L8BA 3AVKA 2BE2A 4CJQA 3EYZA 3PO4A 4Y1DA 5HROA 4FJ8A 3KLGA 1HQUA 1QSLA 1NJZA 4CHOA 3AO2A 1RBTA 3ZT4A 3O3FA 2YNFA 4M3UA 4Z0UA 3WNFA 2JGUA 4O5BA 3VQ5A 3K57A 2OPPA 3THVA 2P51A 2A1RA 4Z4HA 1JLAA 1IH7A 2HNDA 3LP1A 3QLHA 3VQAA 4IBNA 4CE9A 4CESA 4G1QA 3L2WA 3TAPA 1CXUA 3DLHA 2F8SA 3S9HA 3VQCA 4BDYA 3MEDA 4JS5A 3VQ6A 2D0BA 4TSXA 3LPUA 3TANA 4J2EA 3O4NA 3VQ9A 3OYAA 4CF0A 3SQ1A 1ASVA 4DTJA 1ASWA 3CG7A 1RTDA 1JKHA 3P5JA 3DRPA 1DTTA 1C0UA 3L2UA 1RTHA 1HJRA 1U49A 3M8PA 5SZTA 3OJUA 1I39A 3V1RA 3K59A 3B6PA 2G8KA 4KI4A 1T7PA 4AHUA 4FYDA 1KVBA 3DMJA 1NOZA 4KB1A 3NH1A 2ATQA 2D0AA 3LP0A 4FJMA 4IG3A 2PY5A 4HVJA 4DTMA 4FLWA 4KPYA 4KHUA 2HMIA 5HP1A 1KLMA 3L2VA 3U3GA 1RILA 4Z4CA 4Z4EA 4CGIA 2XRIA 3KKSA 3ZCMA 3KTQA 3UIQA 3AVIA 4H4OA 4H4MA 3MAQA 4NCGA 4YFUA 3OS0A 4BDZA 2B5JA 4FJJA 3QERA 3DLKA 3DOLA 2W42A 1LW2A 3P1GA 2OYQA 1HNIA 1W0HA 4E3SA 3S3NA 1N6QA 4ICLA 4CECA 3SV3A 3WNEA 3SPZA 2G8HA 5CZ1A 5CYQA 4FJIA 4CERA 2HHSA 1B92A 1O1WA 4DTNA 3D45A 2RPIA 4DSFA 4LSNA 1A5VA 3ASMA 4CIGA 3F73A 3OYCA 4FW2A 2HVIA 2XY7A 1BCOA 4CJ4A 1VRTA 2OZMA 2ETJA 3HVTA 4I7FA 3TAMA 1NK5A 4LY7A 4E1MA 3OYHA 1RT2A 2HB5A 1XHXA 3L2QA 1L5UA 1C1BA 3ZT2A 1T03A 1GOBA 4CJWA 4NCBA 2YNGA 3RRHA 1L3UA 3T3FA 4CJVA 2P5GA 3QIOA 4FJNA 4QCLA 1QS4A 3HPHA 1UAXA 4B9MA 4F2SA 4KI6A 4B8CA 1ZBHA 5KGXA 2KFZA 4DTXA 3AVBA 1BGXT 2BDPA 3ZT3A 4OLBA 2HNYA 1S1UA 2RN2A 4E7JA 4EZ6A 4DQIA 2OPSA 2HHUA 3QNOA 1X9MA 3NH0A 5HRPA 3DLGA 1QHTA 3DRRA 3NF7A 4OKEA 4BE1A 4DSEA 3OS1A 3K5MA 1TK0A 1X9SA 1S1TA 3OVNA 3VQEA 1ZBUA 3LALA 4RW4A 3DLBA 4DU4A 4AHSA 3V81A 4CJUA 4DFMA 2IC3A 4FLTA 1JL1A 1L3TA 3NF6A 4I9QA 1NK9A 3RTVA 1GOCA 3V9ZA 4KRFA 2GUIA 4M42A 4E89A 4IDKA 3CFOA 2ZE2A 4CEFA 3TAQA 5KRTA 1HYVA 5C24A 3QEXA 4CEZA 3NGYA 5C25A 5J2QA 4OPJA 1RBUA 2ZQBA 4JRPA 4CK3A 2X6NA 3ZSYA 3EZ5A 3G10A 4E7IA 4AILC 3L3UA 2FBVA 1B9FA 1MU2A 1RNHA 1KTQA 3T19A 3OYNA 3PO5A 3LZIA 3NAEA 3MXJA 1S1WA 3LWMA 3K5LA 1EP4A 3TAGA 3D0PA 3F9KA 1X9WA 2QKKA 2DFEA 2KQ2A 2YKMA 3TAFA 1HMVA 1TGOA 2QK9A 2DTUA 1RT7A 3DYAA 4KO0A 1WAJA 1U48A 1HNVA 1D9DA 4F4KA 4L8RB 2F8TA 1VRUA 1BQNA 4RG8A 3VN5A 4CIFA 3QETA 2PYJA 2XHBA 2KZZA 1IG9A 2IGIA 3MECA 4HHTA 2R7YA 1ZYQA 4ELVA 4Z4GA 1BCMA 4BDPA 3SQ0A 2FBYA 3AVJA 4KHYA 4PY5A 1FKOA 1LWCA 1Y97A 4IFYA 1S5JA 2X74A 1CXQA 3OYBA 2Y1IA 1S1VA 2PZSA 5HRNA 3K58A 3SPYA 3AVNA 3NCIA 3O3HA 2FBTA 4OKKA 2E4LA 3EY1A 4CEBA 1JLBA 4AHVA 3SCXA 4FJKA 4M3RA 3HJFA 4Q0BA 1EKEA 3S3OA 1LW0A 1A5XA 4ZTJA 4M3XA 1EXQA 1IKVA 2JLEA 3AVLA 1JXBA 4FJXA 3KIOA 1JXEA 3OYJA 2EHGA 4MQ3A 3ULDA 4OLAA 1VSLA 5J1EA 1NKCA 3DM2A 1HRHA 3KLEA 4C8NA 1TVRA 2YKNA 3DI6A 4KHQA 1C6VA 1YVUA 3KJVA 2VWJA 4DWIA 2ITGA 3CM5A 2WONA 3E01A 3OYLA 3QEIA 1XHZA 4N76A 4I9LA 3NF8A 4E7KA 3TARA 1LWFA 3T1AA 3ZSOA 1NK6A 4J2DA 4DQQA 1TKTA 1HYZA 2O4GA 4PQUA 3S3MA 4CIEA 4DF4A 1WSEA 1WN7A 1CZ9A 4KREA 4E7HA 1GOAA 1UA0A 2OPRA 4DMNA 4KB0A 4BE0A 4ZHRA 3RRGA 1BQMA 2VG5A 2DFHA 1RDCA 3MEGA 3SUQA 4CFDA 4DTUA 4FJ5A 3OS2A 3OYIA 3BGRA 4KFBA 4N5SA 4N56A 4JLHA 1JLGA 4ELUA 3MXMA 1WSIA 2HHWA 5D3GA 3IRXA 4O55A 4FZZA 3HSTB 4PWDA 4B08A 4W5QA 3V4IA 1Q9YA 1NOYA 4LD0A 5I42A 3NE6A 1RBVA 3HYFA 3LWLA 1U45A 1QTMA 4KHWA 3M8QA 2Z1JA 4E1NA 3VQ7A 1QQCA 3HT3A 5KGWA 2E6MA 2G8VA 2BANA 1TKDA 2G8FA 5JS1A 3CFPA 4W5OA 1BL3A 3LANA 4HUFA 1IKXA 4AHTA 3QIPA 4FK2A 1RT1A 1T8EA 3SQ4A 3V9WA 3M8SA 2B4JA 3I8DA 2QKBA 4I2QA 4KKOA 3SYZA 1JLEA 1TKZA 4HTUA 4C8LA 4CGDA 5KRSA 3AO5A 3C6TA 5I3UA 4FZXC 3OY9A 1CZBA 5KTQA 4CHQA 3DLEA 3K5OA 4FCYA 1SKWA 5J2PA 2ZD1A 1WAFA 4EZ9A 4M3TA 4GW6A 2P5OA 4FLVA 2KTQA 4C8OA 3C6UA 4CJKA 4KTWA 1J53A 3ZSRA 4RW9A 5CYMA 3JSMA 2BGGA 4BE2A 3OYMA 4C8KA 4GVMA 1RTIA 3OYKA 5FDLA 3O3GA 4R5PA 1REVA 3AA2A 1VSMA 1HQEA 1RDAA 1D9FA 4CHYA 1RT6A 4FVMA 4FM0A 3VQ8A 3LZJA 4DS5A 3KLIA 1WNSA 2QXFA 2XY6A 1U04A 4E0DA 4MFBA 4DTSA 3RR7A 3V1OA 2IOCA 3LP3A 3AA5X 3K2PA 3QINA 1LAWA 1RT3A 2IDOA 1VSIA 3LDSA 2HW3A 3PX4A 4CGJA 3RMBA 3AA3A 3HPGA 1L3SA 1WSHA 2XO7A 3KD5E 3RMAA 3AVFA 4FW1A 1S9EA 4Y1CA 3VQPA 2HHXA 4DF8A 1KVCA 1A5WA 4DLEA 4FJ7A 3JYTA 3NHGA 1SL0A 3VQBA 4CFAA 4AHRA 4OJRA 3TI0A 3NF9A 4NYFA 3OYEA 3NFAA 3NBPA 4NYNA 3HVRA 4CEDA 3KK1A 2HHTA 4OGCA 4CJTA 3KK3A 3HM9A 4KTQA 1SKRA 1RCHA 5DMRA 3VQDA 3PV8A 3A2FA 1QE1A 2GBZA 3QO9A 4B8AB 3KLFA 4CF2A 2KZMA 4JS4A 4M3YA 1NK8A 4FXDA 1KVAA 1SL2A 4ID5A 1DLOA 4N41A 3AO4A 3TR8A 4YNQA 1J5OA 3C94A 3IAYA 4I2PA 1YTAA 4CJ3A 1W9HA 2IAJA 1J54A 1HPZA 1TV6A 5J2NA 2E6LA 4F3OA 4Z4IA 2YHAA 3ALYA 5FROA 1ASUA 3FFIA 2KW4A 3AVCA 2HHVA 4F3TA 1XI1A 3PX0A 1VSDA 1ZBLA 4B3OA 2O4IA 2FBXA 5SWMA 4NCAA 1NJYA 1WSJA 5HRRA 3BDPA 4IFVA 4FK4A 1VSKA 2G8WA 3PX6A 3TABA 2P1JA 3OYGA 3L3VA 2RKIA 1WLJA 4B9TA 3HXMA 3V6DA 3HK2A 2DY4A 3RR8A 5DK5A 2Y1JA 4DSJA 3B6OA 4UQGA 2D5RA 3ZSVA 5C42A 4DSIA 5FRNA 5JS2A 3OJSA 2Z1GA 1QSSA 1UWBA 1LAVA 3LAMA 3DRSA 1SKSA 1NKEA 4DFPA 1KFSA 1VSHA 1RBRA 1G15A 3CQ8A 3NGZA 1J9AA 5K14A 1NK0A 1DTQA 1NK4A 4QAGA 3AA4A 4Q5VA 3QNNA 4OVLA 4DQRA 5CY4A 4ELTA 1NK7A 2G8UA 4FJHA 1NJXA 1TKXA 3V9UA 4CJFA 3C95A 4RW6A 3AVAA 1U47A 2NUBA 4H8KA 4DQSA 4FZYA 2WOMA 4F2RA 3MXIA 5HLFA 2GV9A 2D0CA 4CFCA 4DFKA 1LV5A 4B9UA 1VSFA 3PUFA 4B9LA 1TAUA 1BIZA 3HP9A 4BWJA 1JLFA 1F21A 4RW8A 2VG7A 3CYMA 3ISNC 4Z4FA 2XY5A 4QOZB 1SV5A 1RDDA 1RT4A 4DG1A 4FJGA 2HHQA 3U3YA 1ITGA 2OA8A 3HP6A 1RT5A 1RBSA 4CJEA 3AO1A 2PYLA 4DTOA 4CEEA 4M41A 4DS4A 3QEPA 1WSGA 4ZTFA 1S1XA 1TK5A 1RTJA 3AVHA 4E19A 3H08A 4CF1A 2X78A 3OYDA 1S6QA 3LP2A 3HPOA 2YHBA 4W5TA 1FKPA 4K8ZA 2YNHA 4FK0A 4CCHA 5EU7A 1S6PA 2LSNA 1C1CA 2OPQA 2DFFA 4K8XA 3DLRA 3I0SA 4PA1A 1KRPA 3RMDA 4W5NA 1IKYA 1ZBFA 4CHZA 2VWKA 4O0JA 3AVGA 4J2BA 4KTZA 4DTRA 3VA0A 4AHCA 1IO2A 4B9SA 2AJQA 3AVMA 4J2AA 2FC0A 4OGEA 4B9VA 4E7LA 1KCFA 1BHLA 4HCCA 3NGIA 2HVHA 1N5YA 1JLCA 4M3ZA 4DU3A 4FM1A 3QESA 4KHSA 4EP5A 3IS9A 4FLYA 4IKFA 2G8IA 2Q3SA 4AH9A 3LPTA 3SZ2A 4KHNA 1D5AA 3QEWA 4C8MA 4CJSA 1XWLA 1BI4B 1YT3A 3V1QA 4W5RA 4CJ5A 3VA3A 3TAEA 3SUNA 1KFDA 3ZT0A 3OYFA 1T05A 3ZSZA 1XC9A 1VK0A 1L3VA 3AO3A 1SL1A 2Z1HA 1CLQA 1X1PA 4LSLA 1RDBA 4HCBA 1BISA 1EETA 3SUPA 4LH5A 4O4GA 4KAZA 4FJLA 2KFNA 1VSEA 3VQ4A 4HUGA 3CFRA 1Q8IA 2X6SA 3V9XA 4CJLA 3ZSQA 4CGFA 5J2MA 4CHPA 4FJ9A 4FLZA 4DFJA 1FXXA 4DTPA 3DOKA 1YTUA 4F8RA 1UOCA 4CGGA 4CEQA 1B9DA 4ID1A 4CK1A 2RF2A 5CZ2A 4DU1A 4DSKA 1JLQA 4RW7A 3WNHA 1HYSA 3L2RA 4OPKA 1Q9XA 1FK9A 3O4QA 4LH4A 2OZSA 3ZT1A 1NKBA 1TL3A 4BACA 2I5JA 1UA1A 1KLNA 1C0TA 3ITHA 1TL1A 1KSPA 1VSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VERA 3TTDA 4L3QA 3I0RA 2BTFA 3CIPA 2F96A 1TK8A 1KQSM 1I3AA 2A1SA 3IG1A 4B3RK 2V7ZA 4CEOA 1EX4A 4GMJB 1U4BA 2HBKA 3AV9A 2O8CB 4O44A 1SQKA 4PKGA 3CPEA 5KI6A 4N47A 1MWKA 1QQOA 3M1FA 4IO9L 4CF9A 1BIUA 3WNGA 3B8AX 3LAKA 1BI4A 2YV0X 4MLHA 1SUQA 2ZGYA 1Z25A 1WSFA 1JL2A 1NMNA 4DQ8A 2P9NB 4PUOA 5EXWA 4HUEA 1LWEA 3HO1A 4IO8A 5HBMA 4PKIA 1VQKN 4FJ8A 3KLGA 1HQUA 3L4QA 1RBTA 1E4FT 3ZT4A 2YNFA 2OCEA 4H03B 1K73O 5AQWA 3DJCA 4O5BA 4BC3A 5C2DA 2OPPA 2HNDA 4DTXA 1T44A 3VQAA 4IBNA 4CESA 3O9TA 3SLCA 1FW6A 3FR0A 3S9HA 4C1NK 4H0YB 3UKUA 1KAYA 3OBYA 3OYAA 3SQ1A 5AZIA 4X65K 5GINA 3P5JA 1DTTA 1BDGA 1U49A 3OJUA 1EQYA 3O9UA 3K59A 2O8CA 3EZWA 4DUYK 3DMJA 1NOZA 2FSNA 5JVGL 4FJMA 5EY4A 4HVJA 4KPYA 1NGDA 3U3GA 3KKSA 4H5RA 4NCGA 3HI0A 4YFUA 4B1ZA 4BDZA 1Z6RA 4BR7A 1V4TA 3E66A 3N4QA 3LDOA 3FLCO 3FFKB 2G8HA 5CZ1A 5CYQA 4CERA 2E1ZA 2HHSA 3D45A 4DSFA 1X9JA 3O80A 3ASMA 3F73A 1XQSC 2HVIA 2FSJA 2ETJA 3HVTA 4CBWA 2GWKA 3TAMA 1VQMN 1MA9B 3ZT2A 2PBDA 3T3FA 4CJVA 3QIOA 3HPHA 1YJNN 4F2SA 4B8CA 5F1XA 2HNYA 1GLBG 5LMUK 3L6QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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