4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
3SUNA 1VSKA 2KTQA 4AH9A 4HTUA 1BQMA 1WNSA 2Q3SA 2XRIA 3V9UA 3QESA 3KD5E 3F73A 2HNZA 4EZ6A 3LANA 4CGFA 4DF4A 3RWUA 4FLYA 3DI6A 1RTIA 4AHUA 1EETA 4B9MA 1J54A 4YNQA 2OYQA 3VN5A 4KI6A 3ZSVA 4FLUA 1EX4A 4N56A 1JLFA 2DTUA 4W5QA 1C1CA 3S3OA 4FLZA 1HQUA 3EY1A 2P5OA 4HUGA 2D5RA 3MEDA 5JS2A 3VQ8A 1KTQA 4CGIA 1NOYA 3NF6A 4LSNA 3AO1A 1B9FA 3VQCA 4FM0A 3ZT2A 4DTOA 1XC9A 2E4LA 3CYMA 4ID1A 3QETA 4I9QA 5JS1A 1S6QA 2JLEA 4CHQA 4CJRA 4W5OA 2G8FA 3NF9A 3I8DA 1W9HA 4E7HA 4E19A 3RMAA 2HMIA 4HCCA 1VK0A 3VQ9A 3B6PA 3NBPA 4OGEA 3ASMA 1YTAA 3DM2A 3RMBA 1BI4B 3M8PA 2WOMA 4CIEA 3OYHA 2PZSA 5SWMA 4XIUA 3DLGA 3K57A 1RCHA 4FLWA 3NDKA 2XY5A 4BDYA 2QKKA 4DQRA 2Z1IA 4R5PA 2HHQA 1O1WA 3L2WA 4F3TA 3E01A 1ZYQA 2IS3A 1SL2A 1D9DA 1ZBIA 1RTHA 1NKCA 1IKVA 3ZT4A 4I2QA 1J9AA 3DLBA 1XI1A 3SPZA 4HUEA 2VWKA 1JKHA 4B08A 3P83D 3NGIA 1SKRA 1LW0A 1ITGA 1VSMA 1NJWA 3LP3A 1S1XA 3HSTB 3AA3A 1X9MA 1C6VA 3NE6A 4DTSA 1Q9YA 4DSIA 4BE2A 4DTJA 1A5WA 5CZ2A 3C6UA 1BIZA 4CK2A 4OLBA 1NK5A 4CERA 4IFYA 1WSEA 4O0JA 4AHVA 4E7KA 2OPRA 4TSXA 1VRUA 3K5LA 4KAZA 3L3VA 2YHAA 3OYCA 1VSIA 2FBXA 4I7FA 4M42A 1TAUA 1JL2A 5C42A 2F8SA 3AVAA 5KRSA 3OJUA 3LP0A 4RW9A 1U49A 4Z4EA 3KLHA 3O3HA 4ID5A 4JS5A 4C8MA 4CFCA 1CXQA 2YKMA 3MEEA 4IBNA 4CHPA 5I42A 4Q5VA 3KD1E 4KO0A 3L2UA 1EXQA 3OJSA 4DTXA 3RRGA 4G1QA 2HHUA 3NGYA 1A5XA 5KI6A 1VSJA 1WSGA 4FJ8A 4YFUA 1TKTA 1JLAA 2IAJA 2Z1HA 3D45A 2QKBA 3NGZA 3VA3A 4PQUA 3SCXA 3OYMA 2GUIA 2Y1IA 3OYLA 1RBTA 4RW7A 3PO4A 4FJIA 4IKFA 3HPGA 4Q0BA 4O0IA 1LWCA 4B3OA 3L2RA 2YKNA 4ZTJA 5FDLA 4CJPA 1VSDA 3TI0A 2DFFA 1XWLA 3AVGA 1JLEA 1N6QA 2X6SA 3U3GA 2R7YA 4FK4A 3ZCMA 4KHWA 5K14A 2XY8A 2BANA 2QXFA 4E7IA 3PX4A 1JLCA 4CF2A 1Q9XA 1S1UA 1UWBA 4Y1DA 4CEAA 1VSHA 3KTQA 3CM5A 2YNIA 2I5JA 4CEDA 2Y1JA 3O3FA 1TK8A 2B5JA 3G0ZA 3I0RA 3QEXA 1A5VA 2PY5A 4DG1A 1B92A 1UOCA 3HXMA 1QSYA 5HRRA 4FJLA 3JYTA 4I9LA 2E6LA 3FFIA 1TVRA 3ZT3A 4W5RA 3D0PA 4PWDA 4EZ9A 3P1GA 4O55A 3NAEA 4E0DA 2XHBA 4WE1A 3OS2A 4DF8A 4CESA 1ZBFA 2A1RA 4DLEA 1WSHA 4FW2A 4FK2A 4IDKA 4O44A 4CF1A 4CJTA 3VQBA 1JLGA 3KKSA 3V9WA 5E41A 2IDOA 1BHLA 3AA5X 5CY4A 3HL8A 4HHTA 3LPTA 3T1AA 4ZTFA 2ETJA 1GOCA 4KTQA 4N41A 1ZBHA 1GOBA 3NH2A 2PYLA 2ATQA 4M3XA 4QCLA 1WSFA 1D8YA 1N5YA 5J2QA 3SNNA 3BDPA 2OPQA 1CZBA 1HPZA 2HNDA 2OZMA 3RR7A 1U4BA 1NK8A 3LAKA 4OGCA 2DY4A 4DS5A 3CQ8A 2IOCA 5DK5A 2D0AA 4CHNA 3AA4A 4DTMA 4CGHA 3DMJA 1SKSA 3QNNA 2E6MA 2OA8A 5KRTA 4O5BA 4CF9A 3VQPA 4W5NA 3HJFA 3KIOA 2EX3A 4KREA 4CIGA 3HM9A 2FBVA 1RNHA 3AVBA 4FW1A 1HJRA 4CHZA 5J1EA 1F21A 4F3OA 5D3GA 1JXBA 1WAFA 1TKZA 2EHGA 1S6PA 5FROA 3RMDA 3OYEA 1TKDA 3VQ5A 4FCYA 4FJKA 1HYSA 2RN2A 3NH1A 3M8QA 4DQPA 4QAGA 1Q8IA 3CG7A 4CFBA 4CJKA 4FZZA 4RG8A 1UA0A 2ZQBA 3MECA 1ZBLA 3BGRA 4Z4HA 4CGDA 1JLBA 1RDAA 3JSMA 4QOZB 1NK7A 4FM2A 3LAMA 1T05A 4ELVA 3KJVA 3HVTA 4E7JA 3RRHA 1LWEA 4CJVA 4AHSA 3OYAA 4CHOA 4ELTA 5KGXA 1C1AA 1FKOA 1K6YA 4Z0UA 3KK1A 3VQEA 5CZ1A 3TAFA 3AVMA 2ZE2A 1KRPA 3TR8A 1VRTA 4LY7A 2OZSA 4DQSA 1RT2A 3AVHA 4DTUA 4FZXC 4DTRA 2XO7A 4FM1A 4CJLA 3NH0A 1S9EA 3SQ0A 3PX6A 1YVUA 4DS4A 5CYQA 4E3SA 3CFRA 4FLTA 3H08A 1HRHA 1C0UA 1NK0A 4OKKA 4CK3A 1KLMA 3DLHA 3I0SA 5HLFA 1RBSA 5HP1A 4NYFA 3V9SA 1X9WA 2NUBA 1QSSA 3THVA 3QEIA 4DU3A 4KHUA 4CEZA 1BQNA 4BE0A 1L5UA 1BI4A 4OVLA 5HRSA 3HK2A 3M8RA 3LWMA 4DSJA 3WNEA 3AVKA 4DQIA 1TV6A 4L8RB 4FK0A 5I3UA 4K8ZA 1JXEA 3PX0A 1ASWA 4RW8A 1S5JA 4CEEA 4DSEA 1LAWA 1WAJA 3CFOA 2KFNA 1MU2A 4KHYA 4BWJA 1NJXA 3K58A 3DRRA 4H4OA 1REVA 4IG0A 1Z26A 1C1BA 1QE1A 3IS9A 4JRPA 3WNGA 3EZ5A 1X1PA 1Z25A 2ITGA 1R0AA 4OJRA 1HQEA 3AVLA 4RW6A 4FJ9A 4KRFA 4CJWA 1RT7A 3OYGA 2O4IA 2RPIA 1NK4A 1U47A 2BE2A 2XY6A 3OVNA 3ZT1A 1HMVA 4H4MA 1IH7A 3KKRA 4GVMA 1IKYA 1RT1A 2F96A 4NCGA 4DMNA 3OS1A 2BDPA 4CGJA 1IG9A 3DLEA 3LPUA 3NHGA 1YTUA 2HVHA 3ZSWA 3ITHA 2YHBA 3RMCA 1QS4A 4CHYA 4Z4IA 4C8NA 3KLIA 3KLFA 3HO1A 1TGOA 1W0HA 5FRNA 4KHNA 2IGIA 4ICLA 4UQGA 3DOKA 1VSEA 4J2AA 1D5AA 2KZZA 1S9GA 4KI4A 3LZJA 2FBTA 5C24A 4NYNA 2HNYA 5T7BA 2KW4A 4J2DA 2LSNA 4KTWA 3KK3A 4AHCA 4FYDA 3TANA 1LW2A 2A1SA 4FZYA 3S9HA 4CJ4A 2OPSA 1TL3A 3VQDA 3OYBA 3HVRA 4O4GA 1G15A 3ZSQA 3S3NA 4AHRA 3V1OA 1KLNA 1RT5A 2Z1GA 1DLOA 2DFHA 3TAEA 1RT4A 2HB5A 3O4QA 4GMJB 4KFBA 4CEFA 3DRSA 2D0BA 3SQ2A 3QEWA 3P5JA 3QIPA 1KVAA 4CFAA 2O4GA 1TL1A 4DLGA 2RF2A 3HP9A 3LP1A 3OYIA 1L3TA 3KLGA 4B9TA 1WSJA 4DTNA 3TAQA 2KQ2A 4DSFA 4FJHA 1LV5A 4IFVA 3F9KA 4CJ5A 4M3TA 3HP6A 4DQQA 1L3SA 1RTJA 3S3MA 1NJYA 2XY7A 2HW3A 1HYVA 2HHXA 4CJFA 3OYDA 1BCOA 3ZSOA 4B8CA 3QIOA 4CCHA 3C6TA 1BCMA 3HT3A 2PYJA 2P5GA 1KCFA 4KHSA 1LWFA 2OPPA 4AHTA 2GV9A 3K2PA 1U45A 1KVCA 4J2BA 1CLQA 4E89A 4B8AB 4NCBA 1TKXA 3SYZA 5KTQA 3ZSRA 3NF8A 3K5OA 1XHZA 1QSLA 3EYZA 4ZHRA 1RBRA 3K59A 4DU1A 4M3RA 4BACA 2YV0X 2YNHA 3VQ7A 2FBYA 3V9XA 2AJQA 1XHXA 3DRPA 1RT3A 4ELUA 2Z1JA 3HYFA 3PUFA 4FJ5A 3SUPA 2F8TA 2BGGA 1FK9A 1QTMA 4W5TA 4LH4A 3OYJA 3C95A 2HHSA 3TWHA 4M45A 3L3UA 3TAPA 4LH5A 1RTDA 3MXMA 5DMRA 3QERA 1Y97A 1S1VA 3QO9A 4N76A 2RKIA 1FKPA 1LAVA 4B9VA 2G8VA 2P51A 2G8IA 4J2EA 1JLQA 4F2SA 1CXUA 4M41A 4E1NA 1EP4A 3ALYA 4KTZA 5FRMA 1IKXA 1JL1A 3MXIA 3AVIA 4CFDA 3RR8A 2QK9A 3VQ4A 1T7PA 3CFPA 1ZBUA 3DYAA 3V1QA 1SL1A 2VG6A 3C94A 5SZTA 3NCIA 4DFPA 5HRPA 3DOLA 2X6NA 4CJEA 3K5MA 1SL0A 4FJ7A 4DSLA 3LALA 1U04A 4JRQA 1NK9A 2YNFA 4DSKA 3V81A 4M3UA 1SKWA 1QHTA 4M3WA 4B9SA 2HVIA 3L2QA 3ZSZA 1BL3A 1TK0A 1S1WA 3SV3A 1NKBA 4B9UA 1I39A 4CJSA 1SV5A 2HHWA 3QLHA 3TABA 4KB1A 3ZSYA 4B9NA 4CE9A 1C0MA 3DLKA 4PY5A 2X74A 3QNOA 2B6AA 2JGUA 3VQ6A 3OYKA 4F4KA 3VQAA 3G10A 3NF7A 2YNGA 4LD0A 3O3GA 3TAGA 5C25A 3SJJA 1U48A 3LZIA 1FXXA 4CEQA 1BISA 3SQ4A 2KZMA 1EKEA 3VA0A 4OKJA 3CM6A 3AO4A 1DTQA 3LP2A 4H8KA 3IAYA 2KFZA 4GW6A 3M8SA 3SZ2A 4BDPA 1HNVA 4BE1A 4C8KA 3HPOA 3SV4A 4CEBA 3QEVA 1WSIA 4MFBA 1UAXA 3AVCA 2D0CA 2VG5A 3IRXA 3MAQA 4RW4A 4OPKA 2X78A 4CJQA 1NJZA 4DFJA 4DWIA 4M3ZA 3AVFA 4EP5A 3ISNC 3L2VA 1TAQA 3SQ1A 2G8KA 4DTPA 1KVBA 3AVNA 3OY9A 4PA1A 1L3UA 1ASVA 2FC0A 3A2FA 4M3YA 4CK1A 3LWLA 4CJUA 4CF0A 3SPYA 2WONA 5KGWA 4OPJA 4FJJA 4IG3A 1I3AA 1T8EA 4K8XA 1RT6A 3KK2A 4BDZA 1T03A 1IKWA 4DU4A 3WNFA 4CJ3A 4AILC 3U6FA 4KKOA 4KHQA 4EP4A 4C8OA 1J53A 5EU7A 1HYZA 3ZT0A 3DLRA 1RBVA 3AA2A 3ULDA 2VWJA 2VG7A 4FJNA 3TARA 3SI6A 1RDBA 3AVJA 1BIUA 5HROA 1UA1A 4B9LA 3AO2A 1NK6A 1RBUA 4F8RA 5HBMA 2G8UA 4MQ3A 4N47A 1RDDA 1SUQA 3QINA 4Y1CA 2P1JA 4BWMA 2DFEA 1NOZA 4HUFA 3SUQA 4E7LA 4NCAA 3V9ZA 5J2NA 4LSLA 3QEPA 1D9FA 1KFDA 4F2RA 3WNHA 3AO5A 5HRNA 1BGXT 4I2PA 1ASUA 2G8HA 4FJGA 4FLXA 3V6DA 3UIQA 3K5NA 3OS0A 3AO3A 1VSLA 3TAMA 3KLEA 4HCBA 4FJXA 4E1MA 4HVJA 3PO5A 3MEGA 3AV9A 4N5SA 3RTVA 4OKEA 4FLVA 3L8BA 3T3FA 2HHTA 5J2PA 1QQCA 1S1TA 1J5OA 1NKEA 1YT3A 3V1RA 4C8LA 2IC3A 4CECA 1RDCA 4KB0A 3PY8A 4Z4CA 1X9SA 4KPYA 4FVMA 3B6OA 3OYNA 3SUOA 1DTTA 1IO2A 1WN7A 4CEOA 4DFMA 1WLJA 3MXJA 3T19A 3ZSXA 4CIFA 4DFKA 1L3VA 1HNIA 3NFAA 4JS4A 2B4JA 3OYFA 4OLAA 2W42A 3PV8A 1TK5A 3IG1A 4JLHA 3V4IA 1KFSA 4FJMA 4PUOA 4CF8A 2HHVA 4Z4GA 2ZD1A 4Z4FA 1B9DA 1CZ9A 3O4NA 1GOAA 5J2MA 3VQQA 4KV8A 1KSPA 1C0TA 3U3YA 5CYMA 1RILA 2G8WA 3HPHA 4CGGA 3LDSA 2GBZA 1VSFA 4FXDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M3ZA 5BRHA 2KTQA 4HTUA 5IT9O 4DHYA 4A2AA 2XRIA 3BF3A 3LANA 2DPNA 4CGFA 4DF4A 3M5RA 5LY3A 3VN5A 1U2VA 4BR4A 3I56N 1VQKN 1JLFA 4GKJK 2D5RA 5JS2A 3VQ8A 1KTQA 4LSNA 4XH5A 4BQLA 5BN9A 4I9QA 3CYMA 2UXCK 4W5OA 3NF9A 4HCCA 2E88A 3NBPA 4OGEA 1YTAA 3DM2A 2NRRA 2WOMA 4DV5K 3BUZB 3GL1A 2P9NA 4XIUA 1YIJN 4BDYA 5LL6Z 1E4GT 4BRGA 2HHQA 1ZYQA 3N4QA 1SL2A 3MWPA 5JLFA 1ZBIA 1RTHA 1NKCA 2HBKA 3ZT4A 3O8MA 4FWNA 4FOEA 2VWKA 5CHIA 1SKRA 4WFNL 4YOVA 1VSMA 1RGIA 3LP3A 4JHDA 3NE6A 4DTSA 4NLBA 4H0VB 5CZ2A 1BIZA 2O8FB 1WSEA 4E7KA 2ASOA 3GOIA 4KH4A 3J7ZO 2E2QA 1K8AO 1T6DA 5KRSA 3LP0A 1U49A 4Z4EA 1NJWA 3O3HA 3OTOK 3CQXA 3O1BA 4CFCA 1CXQA 2YKMA 4IBNA 5I42A 3R8EA 3K0SA 4Q5VA 3L2UA 1EXQA 1J6ZA 2HHUA 1VSJA 3SBTA 4FWMA 2ZGZA 3CD6N 4GKKK 4FJIA 2OANA 3HPGA 3THWB 4ZTJA 4CJPA 4JKHA 3UE5A 2QA4N 1GLAG 5AQLA 1JLEA 2X6SA 1IJJA 4KHWA 2XY8A 1Q9XA 3LDOA 1UWBA 4Y1DA 1BOTO 4CEDA 2O8BB 3H1QA 3O3FA 3HXMA 3ENBA 3D0PA 4PWDA 3UKRA 4O55A 3NAEA 4GV9A 3U9ZA 4FW2A 2ZWHA 5CY4A 4HHTA 4MLEA 2P9PB 4ZTFA 1ZBHA 1GOBA 4QCLA 3D7EO 1D8YA 3BDPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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