4AHVA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahvA00
1QE1A 3VQPA 1VSIA 4NYNA 5C25A 1X9WA 1ZBHA 1FXXA 1TL1A 4CK1A 3AO3A 4OPJA 4CIFA 5HROA 4CEEA 1L3VA 4FCYA 3LP0A 1U45A 4DSIA 4CFCA 2DTUA 2BANA 3LWMA 4K8ZA 4FJ9A 3LPUA 5I42A 1VRTA 1RBTA 4KAZA 1VSEA 4DLEA 3L3UA 4LH5A 1VSJA 1UWBA 3AVHA 2IS3A 3LZIA 2VG6A 1NJZA 3CQ8A 5FRMA 3KK3A 1T8EA 1RTDA 3S3MA 4FXDA 2G8KA 1VSKA 3MEEA 4HHTA 3ZSOA 1S6PA 4CERA 2IGIA 1HPZA 4DG1A 4BACA 2Z1HA 3DRPA 1RT2A 4DFPA 3ITHA 4CGFA 1UA0A 2RKIA 4CEAA 3HT3A 4CEQA 3DLEA 4DSKA 4KHNA 2DFEA 2PYLA 4AHUA 1GOCA 3NCIA 1NKBA 3NGIA 3P1GA 4BE2A 4KB1A 1HRHA 4KHSA 3OYKA 1FKOA 3QIPA 1SUQA 3WNEA 1NKEA 1YT3A 1RNHA 4ZTFA 3C6TA 3DOLA 4DS5A 4FLTA 4DTSA 4KRFA 1X9MA 4CGHA 1I39A 4TSXA 3D0PA 4LSNA 3S3OA 2HNDA 4NCBA 4UQGA 3EY1A 4B9TA 1SV5A 1TGOA 2RN2A 2Z1JA 3AA5X 4DU1A 3OYIA 1G15A 4M3WA 3NH2A 2HHTA 2D0CA 3RTVA 3K2PA 3V81A 3SQ2A 1NJWA 4M41A 4CJ4A 1L5UA 3OYMA 4F2SA 4LH4A 2O4IA 4CEBA 4H8KA 4CJQA 1JKHA 1VSDA 4DU4A 3QEXA 4KO0A 1NK6A 1NOYA 3SV4A 2HW3A 1HQEA 3A2FA 2Q3SA 3MAQA 4ZTJA 2F96A 2ATQA 3OS1A 3DI6A 4CGIA 5K14A 2R7YA 1S5JA 4CHYA 1CXQA 4OJRA 3OYNA 4HUEA 3VA0A 4CECA 5C24A 3D45A 2D0AA 4DSLA 4FJ7A 3WNGA 3ALYA 2HHQA 4C8MA 3T1AA 3CFPA 4HUGA 1BI4B 4CJSA 3V4IA 3I0RA 3HL8A 4FZZA 4NYFA 1K6YA 3LANA 3QLHA 3VQEA 4CFAA 2B4JA 1RT7A 1S1XA 1BCOA 3F73A 4DSFA 1SL1A 1HQUA 1IO2A 1RDAA 1VSFA 3DRSA 3ASMA 1TKTA 4AH9A 1Q8IA 1GOAA 3EYZA 1RT4A 4CF0A 1Q9XA 2HHVA 4B3OA 2YKNA 3V1RA 4FJXA 1NK4A 4AHTA 1C1AA 4DSEA 4GMJB 4JS4A 1VSLA 3ZCMA 4LD0A 1D9DA 3QNNA 3PV8A 2ZQBA 4BWJA 4FK0A 2HHWA 1SL2A 2XY6A 3TAMA 3ZSWA 1KLNA 2O4GA 1T7PA 2DY4A 5HBMA 1LAWA 5CYQA 1YVUA 3AVMA 4OGCA 3BGRA 4CHQA 1HJRA 3PY8A 3SZ2A 1RT3A 3FFIA 4KREA 4DSJA 2NUBA 4CFDA 1FKPA 2DFHA 3HPHA 4IDKA 4CF9A 4ZHRA 1KVAA 3LP2A 1QS4A 5HLFA 2X74A 4CGJA 3V9UA 4O0JA 1JLQA 3IS9A 1BQNA 2EX3A 3C94A 4H4OA 3RRGA 3NGZA 3VQAA 1NOZA 1NK5A 4NCAA 1RILA 1JLEA 5KI6A 2KW4A 2OPRA 3AVIA 4CHZA 1LV5A 1S1WA 4KKOA 4BE0A 1JLAA 1S1VA 3PO4A 4FJJA 1WSEA 4DFJA 3HSTB 1XWLA 4CK2A 4ELVA 1JXBA 3CYMA 4E19A 4FK2A 1TL3A 4BWMA 2QKBA 2Y1JA 4FM1A 1KVBA 2OPSA 4FLZA 1X9SA 1TK5A 4F2RA 1NK9A 4XIUA 5C42A 1BIUA 3TAQA 3SNNA 4FJNA 2KQ2A 2WONA 2I5JA 1TK8A 1UOCA 4I2QA 3OYFA 5CYMA 1J54A 4W5OA 1C6VA 4QOZB 3TABA 3SCXA 3NF6A 5SZTA 3IAYA 5FRNA 1RDBA 2LSNA 5HRRA 4E7KA 3WNHA 3AA4A 4WE1A 4CJFA 5HRPA 3HPOA 3BDPA 3O3GA 3NE6A 1NK8A 4FZXC 1WSIA 4PQUA 2G8HA 1D8YA 3E01A 4E7LA 2XY5A 3PX4A 3F9KA 3CM5A 3L2RA 2YKMA 1LWCA 4DF8A 3QEVA 4KTQA 2HMIA 3VQ7A 3KIOA 3KLIA 3B6PA 4RW9A 3OYJA 2G8UA 1RTIA 2DFFA 4M3YA 3ZSRA 1LWFA 3P83D 3SQ0A 1JLCA 4W5TA 2XHBA 1L3UA 1L3SA 2BDPA 2XRIA 4FVMA 4I9LA 3DLKA 4O4GA 4YFUA 3TAFA 3OYAA 1J9AA 2G8VA 4DTRA 1W9HA 4Q5VA 3V9ZA 3H08A 2HB5A 3C6UA 3ZT0A 4FZYA 3ULDA 2FBTA 3KLGA 4FJIA 4HUFA 4DQSA 1YTUA 2X6SA 4CFBA 4IG0A 2B5JA 5FDLA 4Z0UA 4HTUA 3ISNC 3LALA 3M8RA 3LAKA 3HVRA 3AA2A 1A5WA 4DFMA 1LAVA 4CEDA 1WAFA 1WNSA 3KTQA 3O3FA 2D5RA 3OYGA 2HHUA 4N47A 1EETA 3VQDA 2GUIA 3LDSA 3DM2A 3OJSA 1LW0A 3TANA 1KVCA 2GV9A 3O3HA 4B9NA 1C0MA 3HK2A 4ICLA 3AO5A 1TAQA 4OKEA 1ITGA 1D9FA 4KI6A 3PO5A 5E41A 1TKDA 3L3VA 4M42A 4I2PA 4Y1CA 3OJUA 2Y1IA 2PY5A 1ZBUA 3NF8A 3V1OA 4ID1A 3HVTA 3K5OA 4JRQA 1KRPA 3V9SA 1U48A 2P51A 3OYCA 3I0SA 3V6DA 5KTQA 3K5MA 1JL2A 2QXFA 1U47A 3HP6A 2F8SA 4E3SA 4QCLA 3TARA 2P5OA 4E7IA 3ZT1A 3UIQA 4CF1A 3LZJA 1BL3A 1VK0A 2OPQA 3DMJA 3DOKA 3CG7A 3LP3A 4B08A 5J2PA 3U3YA 5SWMA 3K59A 3VQ4A 1QSSA 4JRPA 5HRSA 3SQ4A 4KHUA 2OA8A 3S3NA 1ASVA 1TKXA 4CESA 3VQCA 4IFYA 4J2DA 4PY5A 3VN5A 4O0IA 3G10A 2YHBA 1U49A 1ASUA 1L3TA 3SPZA 4HCBA 4DQRA 4DMNA 2Z1IA 3V1QA 1O1WA 2X78A 3T19A 4IBNA 3QETA 4F8RA 1EX4A 3IG1A 4FLVA 4PWDA 1RTJA 1WSHA 4IFVA 2F8TA 1Z26A 3OYEA 5J2NA 4CJEA 4DTUA 1QSLA 2OZSA 2PZSA 3AV9A 1NJXA 3AVGA 3CFRA 2OZMA 1HYSA 1Z25A 3ZSYA 1EKEA 1WAJA 4C8KA 3O4QA 3QO9A 4FJ5A 4KHWA 3KD5E 4AHSA 2W42A 3PX0A 1TAUA 3KLHA 3AVNA 3SUQA 4BE1A 4KB0A 1ZBIA 3HJFA 3LPTA 4FJKA 4PA1A 3TAEA 4Z4GA 3IRXA 1HYZA 2IAJA 3MXMA 1GOBA 4LY7A 3K57A 3SUOA 1FK9A 2IC3A 2VWKA 1C0TA 4B9VA 4Z4IA 3RMCA 3ZSVA 1KFSA 2KFZA 1LW2A 3KLFA 2E6LA 4Z4HA 1ZBLA 3LWLA 2KTQA 1VSHA 4BDYA 4C8NA 3QERA 3HYFA 4GVMA 1N5YA 4CGDA 4RG8A 1QSYA 1A5XA 4Y1DA 4KTZA 3KD1E 3QNOA 4DU3A 4E7HA 4E1NA 4CJUA 3HO1A 1WN7A 3CFOA 4Z4CA 1R0AA 4B9UA 4KTWA 4B9SA 4B9MA 3G0ZA 3NFAA 4CEZA 4DTXA 3AVAA 4CHOA 3OY9A 4DQIA 5EU7A 4AHCA 4FM2A 3L2QA 2IOCA 5CY4A 2BE2A 3VQ8A 4B8AB 1RBRA 4W5NA 1B9FA 3DLBA 4N76A 1A5VA 4CIEA 4AHRA 3PX6A 2PYJA 3L2VA 2A1RA 4DQPA 4CJVA 4M3ZA 4RW4A 2XY8A 1WSJA 4J2AA 3AVBA 4O55A 3QEIA 3P5JA 3OYDA 4K8XA 1BI4A 1BGXT 1QHTA 5DMRA 4CEFA 3MEDA 5I3UA 1HNIA 2B6AA 3KLEA 3C95A 3OYBA 3AVJA 4M3UA 4Q0BA 4OLAA 1S6QA 2E4LA 1NJYA 1J5OA 1WSFA 2A1SA 3VQQA 4AHVA 3RR8A 4OLBA 4DWIA 5KRSA 1SKWA 4I7FA 1T05A 4F3OA 3KJVA 3QESA 2OPPA 3NDKA 1ZYQA 2YNGA 4EZ9A 4B9LA 2D0BA 2KFNA 2YHAA 3TI0A 4RW6A 4M3RA 4CHPA 1S1UA 2JGUA 2HNYA 1U4BA 2KZZA 3VQBA 1IKYA 1W0HA 1ASWA 4DF4A 3RMBA 3RMAA 1IKXA 1JL1A 1UA1A 4DS4A 5KRTA 4E1MA 3T3FA 4CJKA 1NK7A 1EP4A 4J2BA 1KTQA 3NAEA 1BCMA 1IH7A 1JLGA 1BISA 3OVNA 3KK2A 3SV3A 4NCGA 4J2EA 2BGGA 3TAGA 3SUNA 4OKJA 4FK4A 4CF2A 1S9EA 4DTPA 3JSMA 2XY7A 3VQ6A 3AO4A 3U3GA 4EZ6A 4R5PA 3DLGA 1KCFA 4EP4A 3VQ9A 4JS5A 2IDOA 3LAMA 3ZT4A 4BDZA 2HHSA 3EZ5A 4HVJA 2FBXA 4O44A 4CK3A 1YTAA 3SJJA 3MXJA 4Z4FA 1XC9A 2QKKA 1S1TA 4FLXA 4CF8A 1JLFA 4MQ3A 3KK1A 1SKRA 2VG7A 3CM6A 1XI1A 4E0DA 3MECA 5DK5A 4CGGA 3JYTA 2ITGA 3DLHA 4RW7A 1HMVA 1BIZA 2E6MA 1Y97A 4ELUA 1RT5A 2RF2A 4LSLA 4I9QA 4ID5A 5D3GA 1SKSA 3DRRA 4RW8A 1F21A 4GW6A 1HYVA 4FJ8A 5JS1A 1LWEA 3B6OA 1CZ9A 1S9GA 2Z1GA 4CIGA 3RWUA 3V9XA 4KPYA 4OKKA 3ZSXA 1SL0A 2QK9A 3K58A 1ZBFA 3VQ5A 3NH0A 2HVIA 1TV6A 2XO7A 3RMDA 3MEGA 4FJGA 4IKFA 3HPGA 4CJWA 1WSGA 5KGXA 3QEPA 4FM0A 4FW1A 3KKRA 1EXQA 4C8OA 2ZD1A 2G8FA 1JXEA 1RDCA 5J2MA 4C8LA 3L2UA 4YNQA 3OS0A 3SUPA 3NGYA 4B8CA 4CJ3A 4FLWA 4FYDA 3NF9A 4AILC 2YV0X 2OYQA 1KLMA 3OYLA 3MXIA 2FBVA 4MFBA 4DLGA 2VG5A 2P5GA 1C0UA 1IG9A 3AO2A 4M3TA 2JLEA 1U04A 4OVLA 4HCCA 4N56A 3QINA 5KGWA 1C1BA 1CZBA 1QQCA 3QIOA 4DTMA 2YNIA 1TVRA 4FJMA 1NK0A 5T7BA 4CJ5A 3VA3A 4CHNA 5HRNA 1CXUA 4OGEA 3LP1A 3ZSQA 4E89A 5J2QA 3S9HA 1TKZA 4OPKA 4G1QA 2HNZA 3HP9A 2G8IA 1UAXA 5FROA 1RTHA 4BDPA 4QAGA 3K5NA 4CE9A 4N5SA 3HXMA 1RBVA 4CCHA 2FBYA 3I8DA 1IKWA 1RT6A 1RBUA 4EP5A 4W5RA 4KFBA 1RT1A 4JLHA 1IKVA 3V9WA 4L8RB 1WLJA 4N41A 3OS2A 4KHQA 3DYAA 1D5AA 3NHGA 1REVA 1VSMA 4PUOA 3AA3A 2YNHA 3K5LA 1B92A 3O4NA 4KHYA 1MU2A 2GBZA 1I3AA 4FJHA 1RDDA 2HHXA 2KZMA 4DQQA 3PUFA 2G8WA 3RR7A 3ZT3A 2AJQA 3AVFA 3ZT2A 2X6NA 3OYHA 1T03A 4FJLA 3ZSZA 4CEOA 3L2WA 4Z4EA 4O5BA 2YNFA 4FW2A 1RCHA 5HP1A 2ETJA 1TK0A 5CZ2A 3NBPA 4CJLA 3U6FA 1B9DA 3THVA 2VWJA 3NF7A 4F3TA 1VRUA 1C1CA 1DLOA 2P1JA 1JLBA 4IG3A 3SYZA 4DTJA 1XHZA 3M8SA 1HNVA 4CJPA 4F4KA 4FLUA 1KFDA 3KKSA 4CJTA 3DLRA 2WOMA 1BQMA 3AVCA 3TAPA 3TWHA 3SQ1A 3HM9A 1XHXA 1CLQA 5JS2A 2HVHA 4KI4A 3TR8A 3M8PA 1J53A 5CZ1A 4DTOA 1N6QA 1Q9YA 2RPIA 3SPYA 2FC0A 3M8QA 4H4MA 2ZE2A 1RBSA 1NKCA 3AO1A 3WNFA 5J1EA 3QEWA 1DTQA 3AVKA 4DTNA 3AVLA 4M45A 3NH1A 2EHGA 4DFKA 4FLYA 3SI6A 1QTMA 4E7JA 1DTTA 4CJRA 1BHLA 4W5QA 3L8BA 1KSPA 4M3XA 4ELTA 1X1PA 4KV8A 3RRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QE1A 3VQPA 1GLDG 1ZBHA 2W40A 5HROA 4CFCA 3LWMA 1XC3A 1RBTA 3ULEA 1E4GT 1VSJA 3LZIA 1NJZA 3PLAA 3CQ8A 1T8EA 5F0XA 1VSKA 3MEEA 3NMUA 2FF6A 4B1ZA 2Z1HA 2H3GX 1RT2A 1UA0A 2RKIA 4KHNA 4DSKA 3Q7CA 2HBKA 1I94K 3CI5A 4KB1A 3FZKA 1HRHA 1SUQA 2VQFK 3WNEA 1E3MA 1RNHA 4ZTFA 3C6TA 4G9ZA 4FLTA 1RFQA 3A5NC 3SK3A 4JD2B 3D0PA 1KQSM 4DU1A 4M3WA 4GVEA 3NH2A 2HHTA 3RTVA 3V81A 2PBDA 4CEBA 1JKHA 2NLXA 4DU4A 2F9WA 4DUYK 1NK6A 4EAHD 2CGKA 3CJ9A 2YHXA 5DM7L 4JAXA 1XMOK 2F96A 2ATQA 3F2KA 4CGIA 2R7YA 3THXB 4HUEA 2OCEA 2FSJA 2D0AA 3WNGA 3N4QA 3GDQA 1HJOA 3P39A 1BI4B 4HUGA 1K6YA 5AZIB 4CFAA 3G6EN 1Z05A 1RDAA 4CZMA 3OBYA 4WQ5A 3ASMA 1GOAA 2HHVA 4B3OA 5LMUK 4FJXA 1NK4A 1C1AA 4JS4A 3ZCMA 2P9IB 3DXMA 4FK0A 3M1FA 3ZSWA 2O4GA 2UXCK 2ZGYA 3CJBA 1HJRA 1RT3A 4IEIA 3THWB 2NUBA 4CF9A 1NU0A 1KVAA 3VETA 1HNZK 3RRGA 4NB4A 4IFEA 4BQZA 5F2RA 2YJFA 3A8YA 4CHZA 4FSVA 4BE0A 4NXNK 1VQ5N 4DFJA 3C0BA 4ELVA 1JXBA 1KVBA 3FZLA 3KWIA 2OPSA 1QQMA 4FLZA 1X9SA 2E2PA 3TAQA 2KQ2A 1EWRA 3OYFA 1J54A 4W5OA 1C6VA 3TABA 5SZTA 4BRIA 5FRNA 4E7KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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