The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
29
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XMQ K; 1HNW K; 1I94 K; 2UXD K; 2F4V K; 4X66 K; 5A2Q O; 4K0K K; 4DV5 K; 4NXM K; 4DV0 K; 4GKK K; 3J7Y P; 4LFA K; 2ZM6 K; 4CVN E; 4JI4 K; 4X65 K; 4LFB K; 1HNZ K; 4X64 K; 4DV7 K; 1N34 K; 4DV6 K; 4LF7 K; 1IBL K; 4OX9 K; 1N33 K; 1HR0 K; 4JI3 K; 4X62 K; 1IBK K; 4JI0 K; 4DR7 K; 4JI5 K; 3J7A P; 3JAM O; 4DV2 K; 4YY3 K; 4B3M K; 4DR3 K; 3T1Y K; 4B3S K; 2HHH K; 1HNX K; 3J81 O; 2UU9 K; 4LF8 K; 4DR5 K; 2UUC K; 2VQE K; 4JI6 K; 2UUB K; 3T1H K; 5LL6 Z; 4LFC K; 3J80 O; 1N32 K; 5AJ3 K; 4LF4 K; 1FJG K; 4DUY K; 4YHH K; 4JI1 K; 4LF6 K; 4GKJ K; 4LF5 K; 1J5E K; 1XNR K; 1N36 K; 5IT9 O; 4JI8 K; 4DV3 K; 4LF9 K; 4B3R K; 4DUZ K; 4JI7 K; 4B3T K; 5BR8 K; 4DR4 K; 5LMN K; 4DV4 K; 3OTO K; 4V19 S; 4AQY K; 4DR2 K; 4KHP K; 2UXB K; 5IWA K; 4DR6 K; 1XNQ K; 5LMU K; 2UUA K; 1XMO K; 2UXC K; 2E5L K; 1IBM K; 4NXN K; 4JV5 K; 4JYA K; 4DR1 K; 4JI2 K; 4CW7 B; 4DV1 K; 5FLX O; 2VQF K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O5B A; 3SUQ A; 3QBW A; 2OPS A; 3HVR A; 4NYF A; 4CJW A; 5A2Q O; 4HVJ A; 1SKS A; 2NLX A; 5HOO A; 4X65 K; 4JD2 A; 2HBJ A; 2GUI A; 2HBK A; 1Y97 A; 1C0T A; 3VQ9 A; 5AQF A; 4DU1 A; 1HR0 K; 3VEX A; 3HZ6 A; 1EP4 A; 2HBL A; 1RTJ A; 4CK3 A; 2D4W A; 2EHG A; 4QCL A; 3RMD A; 1JLF A; 3U3Y A; 3ZSO A; 3ZSX A; 1VSE A; 1YJ9 N; 1YJN N; 2VG7 A; 3RVC A; 3SQ1 A; 1UOC A; 1K9M O; 1VQK N; 2P9S B; 1Q18 A; 3DAW A; 4CZL A; 3NGZ A; 4FO0 A; 2D0O A; 1KAY A; 2WBN A; 3OYN A; 1S5J A; 3S9H A; 2OPR A; 3K57 A; 4CZK A; 4E1J A; 2P9N B; 2YNG A; 4HWI A; 5AZI A; 5BPN A; 3C7N B; 4M3W A; 4CHQ A; 4FWQ A; 3PIP L; 3VQ4 A; 2E1Y A; 4Z4G A; 4KPY A; 2QK9 A; 2HMP A; 4LSN A; 4Q5V A; 4FZZ A; 4FXD A; 3I8D A; 1IJJ A; 5HP1 A; 3V4I A; 3KLF A; 1S3X A; 4KH5 A; 2Q0R A; 3MDQ A; 3VQ6 A; 3UKR B; 3IMX A; 1WBD A; 4BVO A; 2NRT A; 4FL9 A; 3OYG A; 1BO5 O; 2FF3 B; 1KAX A; 5ADX A; 5IWA K; 1J6Z A; 4Q0B A; 4K42 A; 3B8A X; 3VPZ A; 3ZYY X; 1XUP O; 3WEE B; 4OO1 J; 4BRE A; 1S1U A; 4DR1 K; 3KK1 A; 3AVI A; 4H0V B; 4CW7 B; 4DQI A; 3SLC A; 1WSH A; 4CD1 A; 2YCH A; 1NK4 A; 3T69 A; 4JKH A; 2XY7 A; 4BWM A; 1YUW A; 3BF3 A; 4KFB A; 3AO5 A; 4DMN A; 4DV5 K; 5FRO A; 3J7Y P; 1JLB A; 2RN2 A; 4I2P A; 1ASW A; 2HW3 A; 1CZA N; 3VQ7 A; 2GEM A; 3QEX A; 2CH5 A; 3I33 A; 3CCJ N; 4Y0W A; 1RDB A; 3IRX A; 3VQE A; 1J53 A; 4BC3 A; 3LPU A; 2O8D A; 3SQ2 A; 3QNN A; 1L3S A; 3K5N A; 1C6V A; 1RBV A; 1FKP A; 5C24 A; 3IAY A; 3TU5 A; 1U45 A; 4DTP A; 4KHN A; 4DB3 A; 3PX6 A; 4FZX C; 3C6A A; 3QEP A; 3QBX A; 3NAE A; 5AQL A; 1DLO A; 3DLE A; 4YFU A; 1RGI A; 1YAG A; 3ZT1 A; 3U9D A; 2YHA A; 1YI2 N; 2LSN A; 4CJP A; 3SAG A; 1VQL N; 4RTF D; 2HHX A; 1VSH A; 3P1G A; 4RW9 A; 5AQN A; 2KZM A; 1T6C A; 3SMP A; 3LDQ A; 5M1K A; 1WN7 A; 4NLC A; 1Q7Y O; 4JK9 A; 1D9F A; 3OA9 A; 2IDO A; 1HMV A; 3HP6 A; 4W5N A; 1QZ6 A; 4H5T A; 1QSL A; 4DUZ K; 3OYC A; 4H0P A; 4JI7 K; 4JKA A; 1XQS C; 4OPA A; 3M1F A; 3CD6 N; 2VG5 A; 4CJK A; 4CZJ A; 3AVC A; 4JK7 A; 3HPH A; 3A8Y A; 4DFM A; 4DWI A; 3CCV N; 2UXB K; 1TL1 A; 4CJE A; 3OYF A; 1Z6R A; 3NGI A; 2E6M A; 3VEW A; 4A59 A; 1ILY A; 3QIP A; 3AA4 A; 3VET A; 4B9N A; 4JI2 K; 1RDD A; 3T1A A; 3I55 N; 4H0T B; 2P9U A; 1LAW A; 3GBT A; 3LDO A; 5J2P A; 4RCH A; 3NH2 A; 4XIU A; 4B9S A; 3RMA A; 3C95 A; 5KI6 A; 1ASU A; 3PO4 A; 4M7X A; 1RTH A; 1SL1 A; 2ATQ A; 1HYV A; 3MCA B; 3IS9 A; 3N4P A; 5BPL A; 4BG8 A; 1WLJ A; 4A2B A; 3ULE B; 3OYD A; 3LDL A; 2RE2 A; 1QQM A; 3ZSW A; 1UA1 A; 1RTI A; 4BR4 A; 2W40 A; 3KZB A; 3WNH A; 1VSL A; 1XWL A; 4QAG A; 3DJC A; 4CJ3 A; 1HX1 A; 5AQM A; 1OH7 A; 1IH7 A; 2FLO A; 2PYL A; 5GAG P; 2O4G A; 3O3F A; 2IVO A; 1JLA A; 1HNX K; 3EO3 A; 3L0Q A; 4KHU A; 3BZK A; 1T05 A; 1W7A A; 4B9T A; 3KK3 A; 4BR0 A; 1BCM A; 2Q3S A; 5F2R A; 4PL8 A; 3WT0 A; 3SYZ A; 3CYM A; 1XI1 A; 3DXM B; 1HNI A; 4CEB A; 4BDY A; 3VF6 A; 4Y1D A; 2W6K A; 1HPM A; 2ASM A; 2G8K A; 4FVM A; 2QA4 N; 4O5F A; 4K8X A; 3LPT A; 2W42 A; 1KVC A; 1N36 K; 2OTL N; 1RIL A; 4W5O A; 3DLL L; 4BRP A; 4F9O A; 1QE1 A; 5K14 A; 4B3T K; 5C42 A; 4PY5 A; 4DTJ A; 3NGY A; 4H8K A; 5I9E B; 2BTF A; 3IDH A; 3CCR N; 1IV0 A; 2Q97 A; 2D0C A; 1Q82 O; 2QWM A; 4FK2 A; 3I8B A; 3HPO A; 4GV9 A; 5J2N A; 1JXB A; 3RR7 A; 2ZQB A; 3VQC A; 2E6L A; 4B1W B; 4FK4 A; 3L4Q A; 3E9L A; 3KD5 E; 4C23 A; 1VQ7 N; 3H46 O; 3OYM A; 1JLG A; 1UWB A; 1VQM N; 2A40 A; 4FLT A; 1N8R O; 5TKW A; 4RW7 A; 2KLA A; 3A5L C; 5AFU A; 1EWR A; 3OJS A; 3SCX A; 4FJ9 A; 5KPR A; 2HHU A; 2QKK A; 4DV0 K; 1G99 A; 3K5M A; 4CGD A; 1QHA A; 3HOT A; 3AY9 A; 1NJZ A; 3ITH A; 3FZF A; 4DHY A; 3T3F A; 4BE2 A; 2VYP A; 4I7F A; 3TAQ A; 1D9D A; 1KSP A; 4PKG A; 4WQ5 A; 3S41 A; 2G8V A; 3PIO L; 3DLB A; 1NGI A; 4DFJ A; 3AO3 A; 1N6Q A; 4B3S K; 4DTX A; 3DLH A; 1NGD A; 1HQU A; 2I5J A; 3VQ5 A; 3PY8 A; 1ZC6 A; 2YHY A; 4RW4 A; 4ILH A; 4BG9 A; 1YF5 L; 4B1Y B; 4HUE A; 1KRP A; 1NNE A; 3WQT A; 1NU0 A; 3UIQ A; 4DQR A; 3W3D A; 3THV A; 3QEW A; 3J8A A; 4DLG A; 4LF4 K; 1GLL O; 3CC2 N; 3ZET A; 1X9J A; 4FM2 A; 5FDL A; 1HNV A; 4G1Q A; 4H5N A; 3N4Q A; 3OYE A; 3THX A; 4E7J A; 4KRE A; 4CF9 A; 1T03 A; 3C6H A; 4W5R A; 2VWK A; 1UAX A; 3SAH A; 4I6M A; 3T19 A; 1S1V A; 4WFN L; 1QQO A; 4FJ8 A; 4AH9 A; 2KHO A; 1BL3 A; 1NGH A; 4JAX A; 4E1M A; 5C2D A; 1NK0 A; 1DGK N; 1QHT A; 4ZTJ A; 3S3N A; 1V4T A; 4FWS A; 4CED A; 1GOC A; 3DWL A; 3D45 A; 4BRM A; 1X9W A; 3PX4 A; 2YKM A; 5C0Y A; 3L3U A; 3P31 A; 3DXK A; 2E4L A; 3CIP A; 1NGE A; 3P4I A; 4BE0 A; 2NRV A; 1L3T A; 4OKK A; 2KW4 A; 1K8K A; 1WSG A; 2UUA K; 4F2S A; 2JLE A; 1T44 A; 2YJF A; 4HUF A; 4M7Y A; 3DRR A; 1VSD A; 5FLX O; 4ELV A; 1W2B M; 2V51 B; 3EE9 A; 3CCS N; 2V7Y A; 4FVU A; 2AA4 A; 2KTQ A; 3CMA N; 4DSF A; 4J2D A; 1S1T A; 3MN9 A; 3W0L A; 1J54 A; 4CVN E; 4YDU C; 4CEE A; 3E9P A; 1HNZ K; 3C0B A; 3AVK A; 1C1B A; 3OY9 A; 4X64 K; 1EQY A; 1HUX A; 4NCG A; 5GIP A; 3FZL A; 4EP4 A; 4DG1 A; 4BR9 A; 4YY3 K; 4ID5 A; 5AQO A; 1REV A; 3CXC M; 2YJE A; 5HRO A; 1FXX A; 5KGW A; 1YJW N; 4JKD A; 2HHH K; 4BRD A; 4FWR A; 5EU7 A; 2E1Z A; 4DU3 A; 3M8R A; 3CQX A; 2FBV A; 2UUC K; 5CZ1 A; 2F9T A; 2O8D B; 1E4F T; 1ATR A; 4M3X A; 1RBR A; 2A42 A; 3VA0 A; 4DTO A; 3OBW A; 4O4G A; 4M3Y A; 4KHW A; 5KPT A; 1N32 K; 1KLN A; 3H3N O; 4E3S A; 4YHH K; 4LH4 A; 4N47 A; 3D6R A; 3TAR A; 1T7P A; 4H5W A; 4R79 A; 4K41 A; 3WNG A; 1C0U A; 4ZTF A; 1OH8 A; 1VSI A; 2IC3 A; 1MWK A; 4IDH A; 4KKO A; 1TGO A; 3QO9 A; 4FOE A; 1SKR A; 3A5M C; 3O9R A; 4FWN A; 4CCH A; 1WNS A; 3LP1 A; 3R8E A; 2CGL A; 1IG8 A; 4CJ5 A; 2NRZ A; 4BDP A; 4J2A A; 4IFE A; 2O8C B; 4FJH A; 2F8T A; 3O6W A; 5JS1 A; 2P9P A; 2XO7 A; 2FC0 A; 3ENH A; 2ZJQ L; 4B1X B; 1VQP N; 1L3V A; 3P83 D; 4JKE A; 4F4K A; 1YVU A; 3VF4 A; 1MWM A; 4LY7 A; 4E19 A; 4E7K A; 4CF8 A; 4FJ7 A; 1RTD A; 4C8M A; 1KVB A; 3AO2 A; 3G71 N; 5JLH A; 4R5P A; 4ICL A; 3CQ8 A; 1SKW A; 4JV5 K; 4DQP A; 2FBT A; 1U2V A; 4DQ8 A; 1ITG A; 3SZ2 A; 1BQM A; 2NRW A; 1ZBH A; 1NJX A; 4QS8 A; 3BUZ B; 4JKC A; 3NF6 A; 3ZSQ A; 4ISG A; 4FM1 A; 4B9L A; 3EKS A; 3QNO A; 1T6D A; 4E1N A; 4DQQ A; 4AHC A; 2OZM A; 3MEE A; 3VOV A; 3NHG A; 3NH1 A; 1TK0 A; 3VQA A; 2ZD1 A; 2P9U B; 3CM5 A; 3BY5 A; 3SQ4 A; 1BA1 A; 4DV6 K; 4JHD A; 3SK3 A; 3A2F A; 4CHP A; 1BA0 A; 4YOY A; 3CFR A; 3IG1 A; 3O4W A; 4IKF A; 4CJF A; 4XH5 A; 3EEQ A; 3EL2 A; 4N5S A; 3MAQ A; 1O13 A; 2HHW A; 4QS9 A; 5FPM A; 5CYM A; 3DI6 A; 1BHL A; 1P8Z A; 5GAE P; 3AGR A; 2DY4 A; 1GLJ O; 3P5J A; 4KTW A; 3THW A; 2KZZ A; 3RTV A; 3Q7C A; 2YNH A; 3ID8 A; 3JYT A; 3SPZ A; 1FKO A; 5M1Q A; 3WXI A; 3TTC A; 1VHX A; 5BN9 A; 2ZGY A; 1RDW X; 5C15 A; 4DTU A; 2W41 A; 3PSI A; 1TYQ A; 3LAL A; 1DTT A; 4WFB L; 4Z4F A; 2NRR A; 3KLI A; 1Z26 A; 1MU2 A; 4A5A A; 2V52 B; 1J9A A; 4FLW A; 4AHR A; 2GEL A; 4DLE A; 3HT3 A; 3KHY A; 4O44 A; 2P9I A; 4DR4 K; 5LMN K; 1YHQ N; 1HRH A; 3OHR A; 3ISN C; 3OBY A; 5SWM A; 2E8A A; 3UE5 A; 4YNQ A; 3LAK A; 4CJQ A; 2Z1J A; 3QML A; 1WSE A; 3G4S N; 4HTU A; 4CFD A; 2HST A; 1JXE A; 1U48 A; 1BI4 A; 1C0G A; 2UXC K; 5HRS A; 2BUP A; 4JYA K; 1TL3 A; 5BN8 A; 3L2Q A; 5KTQ A; 3E9O A; 4FM0 A; 1D4X A; 1QQC A; 1KLM A; 4CER A; 3AVM A; 2QWQ A; 3AAQ A; 1NK8 A; 1S9G A; 2GWK A; 4CJL A; 4A61 A; 5BRE A; 1C1C A; 2V7Z A; 2ZJP L; 4CHN A; 1WAF A; 5AZJ A; 1O1W A; 3CG7 A; 4GV3 A; 2AP1 A; 3M5R A; 1W0H A; 3K2P A; 4RG8 A; 4XEI A; 4GVE A; 4IEI A; 4J2E A; 4KI6 A; 3L2W A; 4NYN A; 4YOW A; 4M3U A; 1N33 K; 2Q31 A; 1NK7 A; 3KWI A; 5JIC A; 2D0B A; 1LAV A; 2HHV A; 4J8F A; 1MDU B; 1IKX A; 4BC2 A; 4EHT A; 4BR7 A; 4PWD A; 3AAR A; 3O9S A; 3MWT A; 4H0O A; 3CQY A; 4CZI A; 2JWK A; 4PQU A; 2IS3 A; 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3THY B; 3JXU A; 4CJS A; 2F7T A; 1RT2 A; 4X62 K; 2EWS A; 3NMU A; 4JKG B; 4CZF A; 1VQ6 N; 3SJH A; 2IGI A; 2P9L A; 4CBW A; 2HF3 A; 1CZB A; 4L3Q A; 2HMI A; 1HQE A; 3NFA A; 4DTN A; 3HL8 A; 2WFB A; 2G8F A; 3AVL A; 4PA1 A; 3MEC A; 4O0I A; 1EO1 A; 3VF2 A; 1RDC A; 4DFK A; 5AQU A; 4CEA A; 4E0D A; 4CFA A; 5HLF A; 2A1S A; 1WSI A; 4JKF A; 1BG3 A; 5LL6 Z; 3FLC O; 4FK0 A; 2BGG A; 5AJ3 K; 1HKB A; 2HNY A; 4BY9 C; 3VA3 A; 1JCF A; 4OLB A; 4CK1 A; 3DOK A; 4MDA A; 1UA0 A; 4B8C A; 4BRN A; 3L2V A; 3OS2 A; 1S1W A; 3Q7B A; 5AQR A; 3VEN A; 3CJ1 A; 2VG6 A; 2PBD A; 3U9Z A; 4E7I A; 4C8L A; 3LWL A; 5DM6 L; 1NGA A; 3MED A; 5M1O A; 1YVN A; 1VQ9 N; 2ETJ A; 3PV8 A; 2A6A A; 3D7E O; 3ZX0 A; 3AAP A; 4C8O A; 3OTO K; 1ZBS A; 1QQN A; 3KLH A; 1ZYQ A; 1WUA A; 3JS6 A; 4K43 A; 4B9M A; 3FFK B; 3ZX3 A; 1WB9 A; 1JLE A; 3QES A; 1BUP A; 3LWM A; 4AHU A; 4IG0 A; 1XMO K; 3B6O A; 2X78 A; 5C25 A; 4HCC A; 1VAZ A; 2P9P B; 5GIO A; 3K58 A; 1C0M A; 1WSJ A; 3VMF B; 2D0A A; 4CJV A; 4A57 A; 4DV1 K; 1IKY A; 2RKI A; 1NMN A; 1SAZ A; 2P9S A; 3O9Q A; 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