The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR5 K; 4DV5 K; 4JI4 K; 4B3M K; 4GKJ K; 1N33 K; 4X62 K; 4LFB K; 5IWA K; 1N34 K; 2F4V K; 4DUY K; 3J7Y P; 1N36 K; 4B3T K; 4JI3 K; 2VQE K; 4LF6 K; 4DV3 K; 2UXC K; 2VQF K; 4DV4 K; 4KHP K; 5LL6 Z; 4AQY K; 4DV7 K; 4DR4 K; 4B3R K; 5AJ3 K; 4NXM K; 5FLX O; 4YY3 K; 1FJG K; 4LF8 K; 4CVN E; 4DR2 K; 4LF7 K; 4LF9 K; 2UXB K; 4LFC K; 4CW7 B; 3T1H K; 4JI1 K; 4K0K K; 4B3S K; 1XMQ K; 2UUC K; 1I94 K; 4NXN K; 4DV6 K; 1HNW K; 4JYA K; 2ZM6 K; 5LMU K; 4YHH K; 4OX9 K; 5IT9 O; 1IBM K; 1XNQ K; 2UUB K; 3J81 O; 4X64 K; 4DR1 K; 4JI7 K; 4DV1 K; 2HHH K; 1HNZ K; 1J5E K; 1N32 K; 4X65 K; 3J80 O; 3J7A P; 4LF5 K; 2UU9 K; 5A2Q O; 5BR8 K; 4DR6 K; 1HR0 K; 5LMN K; 4JV5 K; 1IBL K; 3OTO K; 2UUA K; 1HNX K; 4GKK K; 4V19 S; 3T1Y K; 4DUZ K; 1IBK K; 4DR3 K; 4DV0 K; 1XNR K; 4DV2 K; 2UXD K; 1XMO K; 4JI0 K; 2E5L K; 3JAM O; 4JI2 K; 4JI5 K; 4X66 K; 4LFA K; 4JI6 K; 4JI8 K; 4DR7 K; 4LF4 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KRF A; 4JKC A; 4FLU A; 4IKF A; 4C8K A; 1RBV A; 3WT0 A; 3K9J A; 4CJR A; 4CBU A; 3SQ0 A; 5C15 A; 5I42 A; 4C8N A; 2RE2 A; 4LSL A; 4H4M A; 4HUE A; 4CZJ A; 4CFB A; 4CGJ A; 4M45 A; 3VPZ A; 2R7Y A; 4XEI A; 3ZT1 A; 1OVY A; 1EX4 A; 4AHT A; 2OTL N; 3VQ8 A; 4E1M A; 3A5L C; 3NFA A; 1WSF A; 2VQE K; 4KB0 A; 1EXQ A; 5B8H A; 5LL6 Z; 2IIR A; 4DR4 K; 4FJJ A; 3SUO A; 1TAQ A; 2ZWH A; 3BF3 A; 1QQM A; 3O3G A; 3AO1 A; 4Y0W A; 4RWT A; 4Z4E A; 2GUI A; 4HWI A; 3ZCM A; 4DTO A; 3ZLJ A; 3HTV A; 4CHO A; 4BDP A; 2KW4 A; 1L5U A; 3CJA A; 1WAF A; 4O5B A; 3ULD A; 1XMQ K; 1SKW A; 4JKB A; 1Z25 A; 1OH7 A; 5M1K A; 4OX9 K; 3NF7 A; 4B08 A; 3QIN A; 2Z1I A; 1LCU A; 1REV A; 2D1K A; 3DMJ A; 1SL0 A; 1YI2 N; 5AQQ A; 4O8U A; 1BDG A; 2DY4 A; 5F1X A; 5KGW A; 3V9W A; 1KVC A; 4CFA A; 2P9L B; 1KSP A; 3BP8 A; 2O8C B; 2YKN A; 2ASO A; 4IO8 A; 2G8I A; 1HUX A; 1ZBL A; 3AA4 A; 3MN9 A; 1BA0 A; 3H3N O; 1E4F T; 3CG7 A; 4IZ9 A; 5JLF A; 2YKM A; 3PV8 A; 4CJV A; 2P5G A; 2HVI A; 4DR3 K; 3NVK A; 3ATV A; 5AQN A; 2HHW A; 4B9V A; 2J4R A; 2X6N A; 2QEX N; 5M1F A; 1KCF A; 3TAG A; 2G8F A; 4BRA A; 3QNO A; 3S41 A; 4CZH A; 3CCV N; 3V9X A; 1FKP A; 3V9Z A; 1YIT N; 2KHO A; 4FM1 A; 1YJW N; 1D5A A; 5F0X A; 1RDD A; 3SLC A; 3M6G A; 3G6E N; 3RVC A; 1QQN A; 1UOC A; 3OHR A; 5KPR A; 3KKR A; 2CGL A; 2YI1 A; 5AQG A; 2KZM A; 3OY9 A; 3PX0 A; 2P9K A; 4JD2 B; 3HP9 A; 1WAJ A; 1BWF O; 3AVM A; 3LZI A; 2HF3 A; 4CES A; 2IVO A; 4DHY A; 4M3Z A; 3HT3 A; 5BPN A; 2O8D B; 3QFP A; 3SJJ A; 3VTH A; 4QCL A; 3FR0 A; 4NLC A; 4H0T B; 1X9S A; 4FOE A; 2VCP A; 2HHU A; 3DRS A; 3FZL A; 4A57 A; 1NK6 A; 3THV A; 1FW6 A; 4FJK A; 3QBW A; 4BE0 A; 3E01 A; 3TTC A; 2O8B A; 3HOT A; 3IS9 A; 3MWP A; 3AA5 X; 2NRW A; 1HPZ A; 1R59 O; 2Y1J A; 3HPG A; 5KPT A; 4CFC A; 2QTD A; 2DTU A; 1NKC A; 4CJS A; 2F8S A; 2ZQB A; 1VK0 A; 3BEX A; 4A59 A; 4BC5 A; 3VGL A; 4FK4 A; 1VSF A; 4AIL C; 1S1U A; 4FYD A; 1K73 O; 2OTJ N; 3QNN A; 3C95 A; 4FW2 A; 3MXJ A; 3EEQ A; 1OH8 A; 2D0O A; 4G9Z A; 4CF9 A; 3CER A; 3I33 A; 5BRE A; 3VA0 A; 1VQP N; 3T1A A; 3AO4 A; 3VTI A; 3OS2 A; 3T69 A; 4B1V A; 2ZGZ A; 2YNI A; 2GTD A; 4FJG A; 3R8E A; 4IFE A; 1CZA N; 3AVC A; 1Z26 A; 3SYZ A; 1NGC A; 5ELZ A; 5AQM A; 3LDS A; 1NNE A; 2YHY A; 3M8S A; 1BA1 A; 4IBN A; 3I8D A; 3R3L A; 2ETJ A; 2RN2 A; 1HQU A; 1VQL N; 4CBW A; 1XNR K; 5I3U A; 4DFK A; 4Q0B A; 3OJS A; 3QEX A; 4KTZ A; 4MO5 A; 3NDK A; 5AQO A; 3ZT3 A; 3CME N; 3ISN C; 3AVN A; 3M8R A; 4CEF A; 1SS6 A; 3U3Y A; 5CHI A; 2YNG A; 1S1W A; 1RIL A; 2KKZ A; 4FLW A; 5AQH A; 4DF4 A; 4DLE A; 2IAJ A; 1W0H A; 1KAX A; 4JKG A; 4H0O A; 3DLR A; 5FPD A; 3MAQ A; 2VG6 A; 1VSL A; 4JS4 A; 1XHZ A; 3I0S A; 5FRM A; 1N36 K; 4CJU A; 3CQX A; 3T7Z A; 3UE5 A; 4CJQ A; 4ZTJ A; 1LWC A; 4I9Q A; 3QER A; 4H5R A; 1VSE A; 5JS2 A; 4DV3 K; 4DQQ A; 3O3H A; 1LOT B; 2HW3 A; 1GLJ O; 4JHD A; 1RDB A; 2KTQ A; 1RTJ A; 2E1Z A; 3VER A; 2P9N B; 5CYM A; 1KAZ A; 2HBK A; 3DAW A; 5KTQ A; 4K42 A; 3QEP A; 2FC0 A; 4JI1 K; 4K0K K; 1I94 K; 1HNW K; 1J5O A; 2FXU A; 4E1N A; 3KWG A; 5LMU K; 3QES A; 4BWJ A; 1NK8 A; 3DXM B; 3QBX A; 4AHC A; 4PA1 A; 4CER A; 1Y97 A; 4Z4I A; 5FRO A; 3HBT A; 4PY5 A; 4X65 K; 3HXM A; 3TTF A; 4CFD A; 1WBB A; 3S3M A; 1SUQ A; 3VQB A; 3HJF A; 3VQ7 A; 3TTD A; 1WB9 A; 1TKZ A; 5FRN A; 4GW6 A; 2YNH A; 3GOI A; 2JLE A; 1VQ6 N; 2PYJ A; 4JV5 K; 3CMA N; 4EZ6 A; 2O8E A; 4BRN A; 3TPQ A; 1ILY A; 1FK9 A; 1BHL A; 5CR4 A; 3ID6 A; 3CCJ N; 1WSJ A; 2Q31 A; 2A6A A; 2E20 A; 3RR7 A; 3VQC A; 2Z1H A; 3P4I A; 2F9T A; 2YNF A; 4KTW A; 1A5W A; 1D8Y A; 1QSL A; 2BAN A; 2AJQ A; 4C8O A; 1ZBH A; 4CK1 A; 4FLY A; 3LP2 A; 3C94 A; 2ZJR L; 4KHU A; 3AAQ A; 3HST B; 1U2V B; 1HYV A; 1BU6 O; 1BI4 B; 3OYE A; 3CPE A; 2WBN A; 2E6L A; 3SQ2 A; 3P83 D; 1BL3 A; 3LWL A; 3UIQ A; 1BCM A; 4FPB A; 2VYP A; 3L4I A; 4O5F A; 3OYB A; 1SV5 A; 1NK7 A; 3TAR A; 5D3G A; 3IAY A; 4BY9 C; 3ZET A; 3G71 N; 2EX3 A; 2RPI A; 3H3O B; 5FLX O; 3AVH A; 3LDQ A; 3OVN A; 5SZT A; 3ALY A; 2BH1 A; 2IVN A; 3FFI A; 3OW2 M; 4ISF A; 3TAN A; 2AA4 A; 4M3X A; 3VES A; 5J1E A; 3IDH A; 4E7K A; 4JS5 A; 3UKR A; 2QK9 A; 2WC9 A; 5TKW A; 2BTF A; 1NGB A; 3RWU A; 1QHA A; 3SMP A; 4AF1 A; 4N56 A; 3TAP A; 3EKU A; 4B9T A; 2YX6 A; 3MK6 A; 3MED A; 1L3U A; 4JK8 A; 3A2F A; 3QIO A; 4OGC A; 1TK0 A; 2W6L A; 3PX4 A; 1ITG A; 1YAG A; 3K2P A; 1Q86 O; 5AQV A; 4W5O A; 1BQN A; 1K9M O; 4E3S A; 4JKH A; 4HTL A; 2OPS A; 3O9U A; 3H6E A; 2XO7 A; 1V4S A; 2VG5 A; 1M1K O; 3OA9 A; 4HHT A; 3ZSO A; 2I7N A; 1HNX K; 4V19 S; 1SAZ A; 5AQL A; 3KLG A; 3K58 A; 3C0B A; 3OYM A; 4KHW A; 3W0L A; 4ILH A; 5T7B A; 4J2A A; 2E2Q A; 3H1V X; 3M3Z A; 3OYA A; 3MCA B; 5BPL A; 4H5N A; 1S5J A; 3R6M A; 1SQK A; 4DTR A; 1TGO A; 3UKU B; 1TV6 A; 1ESV A; 4I6M A; 4FWL A; 5K14 A; 5EVZ A; 4C8M A; 5F2R A; 4E19 A; 3OBW A; 5HOO A; 3HI0 A; 5J2P A; 3V1R A; 1QVG M; 4M3R A; 1YF5 L; 4JKE A; 1GOA A; 3QLH A; 1TKD A; 4BRE A; 1K8K B; 3VGM A; 1C0U A; 4Z4F A; 3THX B; 4B3T K; 5EXW A; 3U8X A; 2D4W A; 3HPO A; 2X6S A; 4CCH A; 3V1Q A; 5M1Q A; 2QI2 A; 5J2Q A; 3ZEU A; 3SPY A; 4K8X A; 2OYQ A; 1S9G A; 4AQY K; 1EWR A; 5BR9 A; 4QS8 A; 3TWH A; 4H5W A; 3NGY A; 5AQK A; 4YY3 K; 3WEE A; 4JKD A; 4QS7 A; 3F5T A; 1U6Z A; 4DR2 K; 2ITM A; 3QIC A; 1OH5 A; 1ASW A; 2NNW A; 2DPN A; 4PQU A; 3SUP A; 4I7F A; 2KZZ A; 3ZX0 A; 3TAF A; 4F8R A; 1N8R O; 1VQ8 N; 4HVJ A; 4FSV A; 3ZT0 A; 4DU3 A; 3VF4 A; 4AH9 A; 1JLQ A; 4FLV A; 4DB3 A; 3V4I A; 4HCB A; 1EQY A; 1NGE A; 3D2E B; 4FLX A; 2CGJ A; 2Q97 A; 2O8F A; 4CF2 A; 1JLG A; 4LF5 K; 4BC3 A; 4RW7 A; 2RHK A; 1WSG A; 1CXU A; 4YOX A; 4BR7 A; 3C6T A; 3HSC A; 3SQ1 A; 3SAG A; 1QZ5 A; 4FWN A; 4BC4 A; 3O9S A; 4FM0 A; 4DSF A; 3UB5 A; 1T05 A; 4ELU A; 5C12 A; 1IJJ A; 1WSH A; 3T1Y K; 1IBK K; 4CD3 A; 4DV2 K; 4DFJ A; 2UXD K; 1XMO K; 4CZE A; 3DLK A; 4IOX A; 2QA4 N; 1W9H A; 4JI2 K; 3VQA A; 3HM9 A; 3KK7 A; 3ZT2 A; 3H1Q A; 4YDU A; 1NM1 A; 3HRG A; 4UY8 O; 3O9Q A; 4OPJ A; 4CHZ A; 4DR5 K; 2QXL A; 4JI4 K; 4BDZ A; 1RDA A; 2OPP A; 1N33 K; 3KLI A; 5AZJ B; 1YJN N; 4AHR A; 1RDW X; 3HL8 A; 3VA3 A; 2F8T A; 1X9J A; 4ICL A; 2F4V K; 3RRG A; 4PKG A; 4MDB A; 3V6D A; 5GIO A; 2QKB A; 4YOR A; 3OYJ A; 2ZGY A; 2HST A; 3EZW A; 4ID1 A; 4IEI A; 2V52 B; 3MN6 A; 1QQC A; 1WSI A; 1KVB A; 1QS4 A; 5FDL A; 3VMF B; 4LY7 A; 2A5X A; 2KLA A; 1YHQ N; 2ASM A; 2Q3S A; 3WUH A; 3QEI A; 4FJ8 A; 3EYZ A; 3AA3 A; 5JVH L; 4DTJ A; 4CIF A; 3TAQ A; 4FWS A; 5BN8 A; 1C0F A; 3CQ8 A; 1JCE A; 1QE1 A; 3ZSR A; 4LD0 A; 3AO5 A; 2UXB K; 4C23 A; 1T6C A; 2VWB A; 2YJF A; 3NF9 A; 3JSM A; 3THW B; 1C0T A; 4O4G A; 1U45 A; 4I2P A; 3SCX A; 4EFH A; 4LH5 A; 3RSE A; 1C0M A; 2IOC A; 1Z05 A; 5CZ2 A; 5HRS A; 3D45 A; 4FXD A; 2GWK A; 3M5R A; 4G1Q A; 2NLX A; 3J80 O; 3AO2 A; 1EO1 A; 3VQP A; 1KLM A; 1EWQ A; 1E3M A; 3LAL A; 1S6Q A; 3J7A P; 3ID8 A; 3MEE A; 3CFO A; 1JKH A; 4IJN A; 2G8W A; 1YTU A; 2QWQ A; 5LY3 A; 3CCE N; 4JEP A; 4WE1 A; 2XRI A; 1I3A A; 4IJA A; 3R9P A; 3H45 C; 1DKG D; 1S1X A; 1TL1 A; 4JK9 A; 5C24 A; 5KGX A; 1N5Y A; 3A5M C; 4GY2 B; 1RBS A; 1TL3 A; 1NGH A; 2HND A; 2UUA K; 4R79 A; 4GKK K; 3OYC A; 3BF1 A; 4OVL A; 2A3Z A; 2IGI A; 2ZD1 A; 1HJO A; 2OCE A; 1LAV A; 1LWE A; 1XQS C; 2DFE A; 5AQT A; 3K5M A; 4NB4 A; 4Z0U A; 1HLU A; 3MN5 A; 3GL1 A; 3M8P A; 4W5T A; 2IS3 A; 1TKT A; 5BRF A; 3WXK A; 3SMS A; 3AA2 A; 4CZL A; 3SPZ A; 2NZT A; 1VQ7 N; 5AZI A; 1BUP A; 1NK0 A; 3DM2 A; 4JRP A; 4XH5 A; 4PWD A; 3JYT A; 3P38 A; 4E1J A; 4GV6 A; 1DT9 A; 3SUQ A; 4LH4 A; 3AVG A; 1BIS A; 3ITH A; 4CZK A; 4M3Y A; 3AVI A; 1LV5 A; 4CGG A; 3U9Z A; 3SAF A; 3O3F A; 1HNI A; 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2P5O A; 3MX2 A; 2FF6 A; 3HYF A; 4BRO A; 3C7N B; 1GLD G; 4DUY K; 3OYK A; 3J7Y P; 3CFR A; 2P9S B; 5CYQ A; 1HMV A; 4JN4 A; 4FK0 A; 3F2K A; 3VQQ A; 1RTI A; 4DLG A; 2FSN A; 2Z1J A; 2D0B A; 2LSN A; 2P9U A; 1C0G A; 1J53 A; 4K25 A; 1WSE A; 4FM2 A; 4IOC L; 1Q9X A; 4FJL A; 3O4Q A; 2E4L A; 4KFB A; 4N47 A; 3P5J A; 3CJB A; 2ZJQ L; 4BWM A; 3DRR A; 4BR9 A; 4BGB A; 2NRR A; 1N6Q A; 4EIA A; 4DKW A; 1T44 A; 3RMC A; 2HBJ A; 4YNQ A; 3MMV A; 2H3G X; 4J8F A; 4YHH K; 1WUA A; 4BRM A; 5KRS A; 3F9K A; 3VEN A; 5KRT A; 2V7Z A; 3BDP A; 2Q0R A; 3J81 O; 5E26 A; 3DXK A; 3E66 A; 4DV1 K; 1NOY A; 3P31 A; 3PX6 A; 3VN5 A; 3K59 A; 1J5E K; 3SK3 A; 1U48 A; 3W3D A; 1U49 A; 3VEO A; 1E4G T; 4FJI A; 1NGG A; 3N4Q A; 5CY4 A; 1HKB A; 5KQD A; 4DQ8 A; 3PSI A; 4B1W B; 1Q7Y O; 4E0D A; 4CEE A; 3LM9 A; 3NVM A; 1NGD A; 1VRU A; 4TSX A; 2QKK A; 2A1S A; 4DS5 A; 5BR8 K; 2P9P A; 2Y1I A; 4F3O A; 4KPY A; 2HHQ A; 4I2Q A; 3QEW A; 3WXJ A; 4N76 A; 1YVN A; 1RT5 A; 1XHX A; 5GAD P; 3DLL L; 3CET A; 4HUF A; 4HUG A; 5TKY A; 2FBX A; 3ZSQ A; 4BR0 A; 4C8L A; 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