4B8AB

Structure of yeast not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
278
structure length
252
Chain Sequence
MFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
molecule keywords GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
total genus 81
structure length 252
sequence length 278
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8aB00
1RTIA 2HW3A 3OYAA 3NGIA 1JLEA 3SPZA 4CJ4A 3AVAA 1SL0A 3AVFA 3DRSA 4O4GA 4KTQA 4AHTA 2D0AA 3OYBA 1ZYQA 3U6FA 1KLMA 4OLAA 1C1CA 1WSEA 1BIUA 4CEDA 4F4KA 1C0MA 4KB1A 3DLGA 4CF9A 3DLBA 3MXJA 4F8RA 4FM0A 3QNOA 3PO4A 4M3TA 4CGDA 2KTQA 3V1OA 4CHYA 4I9QA 3ASMA 3SQ1A 3T1AA 4CJKA 3SQ0A 4C8LA 1BGXT 4CK2A 1S5JA 1TAUA 1IKXA 3HSTB 4CJ3A 1HJRA 3M8RA 5C24A 1UOCA 3AVNA 3HVTA 1DLOA 4DSFA 1U45A 5I42A 4HTUA 1QSLA 3QIOA 2G8FA 4KI4A 1B9FA 3WNFA 3AVIA 2BDPA 2XRIA 4CE9A 4AHVA 3SNNA 1B92A 1ITGA 1JLQA 3JSMA 5C42A 3NFAA 4FLWA 1KSPA 3TAPA 2YNFA 2IC3A 5DK5A 2QK9A 4CJTA 4W5TA 2Q3SA 4Z4EA 1ZBIA 3VQCA 1G15A 1CXUA 4LH5A 1RTJA 2FC0A 4O55A 3VQ7A 4DF4A 4OKJA 1D8YA 3RR7A 1GOAA 1ZBUA 3B6OA 4FJ7A 1KTQA 4CFBA 2F96A 3K2PA 3O3HA 4CESA 4OGEA 3AVJA 4CCHA 1TK5A 4E0DA 1VSLA 4KHNA 4Z4FA 4UQGA 4LY7A 3ZSVA 4RW6A 1KVAA 3EY1A 3AO5A 5J2QA 4KI6A 3TABA 1RBVA 4O0IA 2VG6A 4JRQA 1RBSA 4DSIA 2Z1IA 2RN2A 2P1JA 4CERA 4CFDA 3KLFA 3VN5A 5C25A 3CFPA 3M8PA 4DLGA 2GBZA 3L3VA 4FLYA 4B9NA 4Q0BA 3O4NA 4DTUA 1A5VA 2G8WA 4E3SA 3OYMA 1L3UA 4HUFA 2QKKA 1Z25A 4LD0A 4CHPA 4DTRA 3S3MA 1VSHA 1WLJA 4HHTA 1SV5A 1QS4A 4CEZA 3WNEA 4CIGA 1SKRA 4ID1A 2IAJA 4NCAA 4FJGA 4L8RB 4FLVA 3SYZA 2Z1HA 3AO4A 4XIUA 2D5RA 3M8SA 3P5JA 1RTDA 2HNZA 3CM6A 3TAQA 4Z4GA 3LAMA 4M3RA 1NK8A 1ASWA 1JLGA 4E1MA 3NE6A 3PX4A 3PV8A 1KVCA 3V6DA 4H8KA 1QSSA 4CK3A 2NUBA 3K59A 1ZBFA 3V9WA 4DTXA 4CF1A 4DFJA 5J2PA 3QEWA 5KRTA 1FKOA 1LWFA 1S9GA 3VQDA 1J9AA 4CIFA 3DLHA 1JL1A 2B6AA 3F73A 3WNHA 3M8QA 3OJSA 1T7PA 4KB0A 1D9DA 4BACA 4FJKA 3LP2A 4E7JA 3AVHA 2RF2A 3L8BA 3V9SA 5J2MA 3DLRA 4Z4HA 3D0PA 1CXQA 3HJFA 1C0UA 5CY4A 1S1VA 3S9HA 4RW9A 1S1UA 4Y1CA 1A5WA 2A1RA 2YKNA 2LSNA 1HRHA 2JLEA 3OYKA 2X6NA 1QQCA 4R5PA 4M3ZA 1TL1A 5SZTA 4CF0A 4Y1DA 3ULDA 3U3YA 3MXMA 2E6MA 1X9SA 4FZYA 2HHSA 4WE1A 2Z1GA 3EZ5A 3BGRA 3L2QA 2HVIA 1HYVA 1QE1A 1KFSA 4QAGA 2ZD1A 4B08A 3ZT4A 1BIZA 3MEGA 4OPKA 3CQ8A 3OY9A 1TK0A 1HYSA 1TL3A 3K5NA 3QEVA 2ETJA 2HHTA 4KHQA 3AO2A 4PWDA 4AHSA 4CEOA 4GMJB 3NAEA 4FCYA 5FROA 4O0JA 3HYFA 5KI6A 4CF2A 3TANA 4DS5A 3K58A 2R7YA 3KKRA 1YT3A 2FBXA 1J53A 3HPHA 1QHTA 2KW4A 3QIPA 5FDLA 3ZCMA 3LZIA 4FZXC 1WSGA 4M45A 4J2DA 3TAMA 4QOZB 4G1QA 2BANA 3HP6A 3LALA 3ZT3A 4E7KA 4CGGA 3OS2A 1IKWA 1NKCA 1NJZA 1KLNA 4CFAA 3IAYA 3UIQA 4FYDA 2YNGA 1J54A 1BI4A 3NF9A 3QNNA 3F9KA 3ITHA 4CJPA 3AA4A 4F3OA 2BGGA 4DFPA 1S6PA 3HPOA 4I2QA 3K5MA 3OS0A 2X78A 4JRPA 2GUIA 4ELTA 3KK2A 1DTQA 3AO3A 4FLZA 1JLCA 1VSJA 4CGFA 4DQRA 4N76A 1ASVA 1WSIA 3OYLA 4B9UA 2HHUA 4CGIA 3L2VA 2W42A 4KO0A 4F3TA 3QEPA 1KRPA 1EX4A 3TAEA 4FJJA 1RT5A 2JGUA 3AVKA 4ICLA 3ZSXA 3DLEA 4FLXA 2HNDA 5JS2A 1NK0A 4CEQA 2IDOA 3DMJA 5J1EA 4DF8A 3K5OA 4IFVA 3ZT1A 3JYTA 4DU1A 4OPJA 2XY7A 4ZHRA 3S3NA 3OYGA 1NK6A 2YHBA 3ZSRA 3VA3A 3VQAA 4W5NA 4M42A 1WNSA 3ZSZA 4CEFA 4W5OA 4N5SA 1VRTA 1C1BA 3DRPA 1FKPA 3AVGA 3U3GA 4B9SA 4B9LA 4CEBA 3O4QA 4AHCA 3ZSYA 4E89A 2VG7A 1YVUA 3KK1A 4KRFA 4CFCA 1VSEA 1LW0A 1SUQA 4BE2A 4B9VA 2P5OA 1VSDA 1LAWA 4LSNA 4OJRA 1Q9YA 3LP0A 4OKEA 1F21A 3VQ9A 4YNQA 5HRSA 4DU4A 1X9WA 4BWMA 2AJQA 4CHNA 1HNIA 4O5BA 4ZTFA 2HHXA 3NDKA 2YKMA 3IRXA 1IKVA 4J2BA 4BWJA 2KFNA 1RT6A 1W9HA 4ELVA 2FBYA 4CIEA 3V81A 1NJYA 4E7IA 1YTAA 4C8OA 4PQUA 1KFDA 1N5YA 2DFEA 3SJJA 3PX6A 4ELUA 3HXMA 1VSFA 3PY8A 3S3OA 2X74A 1BL3A 3DM2A 4Z0UA 1K6YA 3VQ5A 4NYFA 4CK1A 3LZJA 3AA2A 4KV8A 4CJFA 1C1AA 4W5RA 4FJHA 1TKXA 2D0CA 4AILC 4Z4IA 1VK0A 4HVJA 4CJLA 1XHXA 5CYMA 5EU7A 4KTWA 4Z4CA 1TVRA 3LWLA 3RMCA 5CYQA 4FZZA 3BDPA 2HHQA 1SKWA 2Z1JA 1RDDA 3NH2A 5HROA 3KTQA 3AVCA 1CLQA 4OLBA 3AA5X 2G8HA 4CJEA 3PO5A 1YTUA 2EHGA 1NK5A 3I8DA 1UAXA 3VQQA 1CZ9A 2BE2A 3L2WA 5HP1A 4DTMA 3G0ZA 4AHRA 2X6SA 3TWHA 2IGIA 2HHWA 1TKTA 1UA1A 2G8VA 5CZ1A 4E7HA 4KHUA 3D45A 4IBNA 4CHZA 1BI4B 4GVMA 1X9MA 4FM2A 1SL2A 3RWUA 4IG0A 1XI1A 4CJRA 1Q9XA 4MQ3A 3TAGA 5KRSA 1T05A 3KLEA 1XC9A 4LSLA 4B8AB 1U4BA 4CEAA 1JXBA 1RBTA 3SUNA 4I7FA 1RDBA 3ZSWA 2EX3A 1IO2A 4O44A 1FK9A 2O4GA 4B3OA 4I9LA 4RG8A 1S1TA 2XHBA 3K5LA 4I2PA 4DWIA 1BCMA 4N41A 4M3XA 4CECA 1L3TA 5KGWA 4TSXA 3DI6A 2HB5A 3MECA 1GOCA 4RW7A 5SWMA 4K8ZA 1U49A 1TAQA 3CFOA 3SV4A 2PY5A 2GV9A 1NOYA 4FM1A 2F8TA 2OPPA 3LP1A 5HBMA 3LPTA 3QESA 5HLFA 1HMVA 4PUOA 1RBRA 3AO1A 5K14A 1TKZA 3VA0A 3V4IA 4H4MA 1IKYA 1CZBA 3OJUA 4BE0A 1NK7A 4C8MA 3QETA 3CG7A 4FJIA 3OYHA 1TV6A 5CZ2A 3OYNA 3IS9A 3FFIA 1A5XA 3KKSA 3HO1A 3SQ4A 3C6UA 3RTVA 1QTMA 3DOKA 3AVBA 4E7LA 3OYDA 3C6TA 4JLHA 4M41A 2YV0X 4IFYA 3SV3A 4Q5VA 3V9UA 4DSLA 2ATQA 3KD5E 4M3UA 4E1NA 4KHSA 2P51A 5J2NA 3PX0A 4E19A 2E6LA 1EXQA 3LANA 1O1WA 3AV9A 5I3UA 2HMIA 1ZBHA 3V1QA 3ISNC 2XO7A 1TKDA 1N6QA 3QO9A 3RRHA 2Y1JA 4DSJA 3C94A 4FLTA 2B5JA 4GW6A 1NKBA 1GOBA 4N56A 4NCBA 3V9ZA 1IH7A 4EZ6A 4CGHA 2QXFA 3SUPA 4CHQA 1KVBA 1U48A 3DOLA 1L3SA 2E4LA 2QKBA 1VRUA 3V1RA 2XY6A 1S1WA 4EP4A 1S6QA 4EP5A 4CGJA 4DFMA 4K8XA 2HHVA 3I0SA 5JS1A 4DG1A 3HT3A 2P5GA 1WN7A 3KD1E 3AA3A 3NGZA 2YNIA 2ITGA 3NH1A 4KHWA 4AHUA 3KLHA 4ID5A 1IG9A 2OZSA 4CJVA 3EYZA 3RRGA 3LWMA 1NJXA 4FW1A 4M3WA 5HRRA 2IS3A 4C8KA 4FJMA 1LWEA 2OPRA 2KFZA 4BDZA 3E01A 3MEEA 5E41A 3SUQA 3PUFA 3OYCA 3QEIA 4KTZA 2OZMA 3V9XA 3ZSQA 3H08A 1ASUA 3K57A 1JXEA 4B9MA 3TR8A 3KLGA 2B4JA 3L2RA 4ZTJA 4B8CA 1TGOA 1RTHA 4EZ9A 3SCXA 4QCLA 2XY8A 4KPYA 2A1SA 1WAJA 3OYFA 4CJQA 1VSMA 4RW8A 5HRPA 3NGYA 3O3GA 3NHGA 4BE1A 2VWJA 3NBPA 1TK8A 2G8UA 4FJ9A 1LW2A 3A2FA 2DFFA 2D0BA 2DFHA 2VG5A 3VQ6A 2RPIA 1VSIA 1XHZA 2G8KA 4B9TA 3HK2A 2KZMA 2KZZA 1X1PA 2I5JA 1JLBA 3LP3A 1RT4A 4NYNA 5KGXA 4DTSA 2YHAA 1HPZA 3SPYA 3MXIA 1JL2A 1BCOA 1EETA 1SL1A 3OYIA 5FRNA 4DQPA 3C95A 1I3AA 1S9EA 4C8NA 3HM9A 3RMDA 3VQEA 1I39A 4CJ5A 4CHOA 3MAQA 1LWCA 2XY5A 1L5UA 4H4OA 1REVA 1U04A 4KREA 1D5AA 4HUGA 4HCBA 1RDAA 4DQQA 3LPUA 2PYJA 3SQ2A 4FW2A 4YFUA 1C0TA 2OPSA 1BISA 1LV5A 2YNHA 4OVLA 1HQUA 1HQEA 2VWKA 1JKHA 1JLFA 4PY5A 1WSJA 3VQBA 4J2AA 2HVHA 2ZE2A 4M3YA 3TI0A 1LAVA 1SKSA 2F8SA 3KLIA 4DQSA 4LH4A 3ZT0A 5KTQA 1RCHA 3L2UA 3P1GA 3QERA 3T3FA 4IG3A 4NCGA 3KK3A 4CJUA 4FK4A 4PA1A 4RW4A 4CJSA 5DMRA 3ZSOA 4W5QA 1HNVA 4FK0A 3AVLA 1RNHA 4IKFA 3RR8A 2PZSA 5FRMA 1BHLA 3IG1A 1WSHA 5D3GA 4IDKA 4FXDA 1R0AA 4CJWA 1RT3A 1Y97A 3B6PA 3TAFA 1RDCA 4J2EA 4OKKA 1NK9A 1WSFA 4FVMA 3NF8A 1J5OA 4DQIA 2PYLA 3HL8A 4CEEA 4DTJA 3VQ8A 2DY4A 3QLHA 1RILA 2ZQBA 1XWLA 5T7BA 3OYJA 4FLUA 3SZ2A 1HYZA 1NK4A 1C6VA 4AH9A 3THVA 4DSKA 2OA8A 1WAFA 4KFBA 3VQ4A 3ZT2A 4JS4A 2FBTA 2HNYA 3ALYA 1RT2A 4DTPA 3QEXA 1U47A 3OYEA 1D9FA 1S1XA 1FXXA 2KQ2A 3NF7A 3NF6A 3HVRA 3MEDA 1JLAA 3O3FA 4DTNA 2OYQA 3AVMA 3G10A 1VSKA 4FJ5A 2IOCA 4FJLA 4HUEA 4DU3A 1W0HA 1L3VA 3LAKA 1EKEA 3SI6A 4CF8A 4JS5A 1NJWA 2WONA 3SUOA 3QINA 3RMBA 4KHYA 3DLKA 3I0RA 3T19A 3OS1A 2Y1IA 4FJ8A 2G8IA 4DS4A 4DFKA 1NKEA 4FJXA 3DYAA 3KIOA 4KAZA 3HP9A 2RKIA 4OGCA 4N47A 3WNGA 3NCIA 1QSYA 4FJNA 5HRNA 1BQNA 2DTUA 3LDSA 3KJVA 1RT7A 1B9DA 4F2RA 1MU2A 4HCCA 4F2SA 1Q8IA 4BDYA 1KCFA 3P83D 4MFBA 1T8EA 1BQMA 3DRRA 3CYMA 4DLEA 4DTOA 1T03A 3L3UA 4DMNA 2WOMA 2O4IA 3HPGA 1RT1A 3OVNA 4DSEA 2OPQA 3RMAA 3TARA 4KKOA 1DTTA 1RBUA 4FK2A 1ZBLA 1Z26A 4BDPA 1UWBA 1NOZA 3NH0A 3CFRA 1EP4A 2FBVA 1UA0A 3CM5A 3VQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJIO 4JI1K 3NGIA 1JLEA 3SPZA 3DRSA 4O4GA 2UYTA 3OYBA 1C1CA 1WSEA 5TKWA 4ISEA 1OVYA 3FR0A 5AQLA 3QNOA 3JS6A 3VEZA 4CHYA 2Q36A 3D7EO 4CJKA 4C8LA 1BGXT 1R59O 3F9MA 5C2FA 1Q7YO 1TUYA 4CBUA 1RDUA 1B9FA 2UU9K 2BDPA 1ITGA 5C42A 4MLEA 4BG8A 1ZBIA 4FOEA 3VQCA 4LH5A 1CXUA 3G71N 1NGHA 1RTJA 1D8YA 3RR7A 1ZBUA 4FJ7A 4CFBA 1XNRK 3H1QA 4M7YA 1TK5A 1VSLA 2E2QA 4Z4FA 4UQGA 3EY1A 4DV6K 3G4SN 4CERA 4IXCA 4DLGA 3CFPA 2GBZA 3L3VA 3MK6A 4B9NA 4Q0BA 4KBOA 4B1YB 1L3UA 4HUFA 3ID8A 3S3MA 1N8RO 2GUPA 4PKIA 4FJGA 2CGJA 3SYZA 2Z1HA 3AO4A 3M8SA 2HNZA 1VQ4N 4LF6K 1ASWA 1JLGA 3NE6A 5AZIB 3IFRA 4KH5A 4H8KA 4GV6A 1S9GA 2QWNA 2B6AA 4BRFA 2QM1A 1ATRA 3OJSA 3P31A 4B3SK 4FJKA 2RF2A 4H5VA 5I9EB 3DLRA 4Z4HA 1CXQA 1C0UA 1KAZA 3BUZB 2D0PA 2LSNA 4YHHK 2IIRA 2JLEA 3M6GA 2PBDA 4LF8K 4HTLA 4M63C 2X6NA 1YI2N 1K8KA 3ZEUA 4GV9A 4FZYA 3A5OC 4JI3K 2Z1GA 3CPWM 3BGRA 2HVIA 1QE1A 2ZD1A 1E4GT 1BIZA 4OPKA 3OY9A 3EKSA 4JNEA 3ID6A 4AHSA 2FSJA 5FROA 4DS5A 3KKRA 1YT3A 2FBXA 3HPHA 1QHTA 5FDLA 1X9JA 3QIPA 3LZIA 4FZXC 3TAMA 1N34K 4PHTX 1KLNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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