4B8AB

Structure of yeast not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
278
structure length
252
Chain Sequence
MFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
total genus 81
structure length 252
sequence length 278
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8aB00
1T03A 3TAMA 4EP4A 1VSEA 2W42A 1G15A 1NK5A 2P1JA 2HW3A 1WLJA 2OZMA 3ZT4A 1ZBLA 4RW6A 3TWHA 3K57A 3HPOA 1WSFA 4F2RA 2OPSA 2G8WA 4FZYA 4J2AA 1RBSA 3LZJA 4F8RA 1W0HA 1FKOA 4BDYA 1HNIA 4CERA 1C1CA 1YTUA 3WNHA 3SV3A 5KRSA 3NH1A 4CCHA 4IDKA 4CEDA 1WSGA 3S3OA 4E1MA 4FM1A 4EZ6A 3I8DA 1D5AA 1C0MA 3K2PA 1KVAA 4OPJA 3HVRA 4FJMA 4FXDA 2X78A 3ZSRA 2KZZA 3KK1A 4C8LA 4WE1A 4BACA 3ZSQA 2YV0X 4HTUA 3SCXA 3MXIA 3PO4A 4KB1A 3ZSOA 4F3OA 4E7KA 3MEDA 1C1BA 4KHUA 2D0AA 3RMAA 2FBTA 2IC3A 3OYMA 1RT7A 5SWMA 3LP0A 1IH7A 4LD0A 1RBVA 4BE0A 3RMBA 5CZ1A 3HPHA 4CJUA 3SQ2A 1NK4A 4F4KA 4KFBA 5KTQA 4KI6A 5E41A 3KJVA 1XC9A 1RDBA 1NKEA 1UOCA 3V9WA 1LV5A 1RTDA 4DQIA 3QLHA 3SUQA 2OPPA 1S9GA 5HROA 4IG0A 4ELUA 4CJ3A 4KAZA 2QXFA 2RF2A 3M8RA 4B9NA 4FK0A 4PWDA 4CJSA 1L3SA 1RDCA 2FBXA 4QCLA 1KFSA 4DWIA 4I7FA 2OZSA 4CHZA 1WN7A 3CM5A 1QSSA 3AVAA 3ZT3A 1GOAA 1RT4A 2HNYA 2VG7A 3QO9A 5HRRA 3HVTA 4CEQA 4KTQA 5J1EA 1ZYQA 5J2QA 3V9ZA 1VK0A 3WNGA 3JSMA 4K8ZA 3PO5A 1RT2A 3HP6A 4DTOA 1BI4A 1RBUA 2RKIA 2HHWA 3SQ0A 2IGIA 4RW8A 4KHWA 4M3XA 2QK9A 1WSEA 4FJIA 2YNHA 3CM6A 2HHTA 2OPRA 2ZQBA 3I0RA 4RG8A 5FRNA 2ZE2A 1SL2A 4FK4A 4FJ8A 5DK5A 1BL3A 3KLFA 1C0TA 2D5RA 3LPUA 4OPKA 4E7JA 2Y1JA 1KVBA 3LDSA 3DYAA 1I3AA 1HYZA 5KGWA 1QHTA 4FCYA 4FZXC 3QEWA 1UA1A 3P5JA 2B6AA 3VQDA 2HHQA 3ASMA 3DLHA 4M3UA 3V1QA 4CE9A 2XO7A 2YNGA 4RW4A 3LANA 1IKXA 5EU7A 3VQQA 3VQ5A 3OYLA 3D0PA 3QEXA 3CYMA 3OS2A 1TAUA 2WONA 4KV8A 1S6QA 4KO0A 1S1UA 2ZD1A 4NYNA 5KI6A 4Z4IA 3TI0A 3OJSA 4ZTJA 4CFAA 4CJRA 1ZBFA 1L3TA 2WOMA 3HYFA 1CZ9A 3C6UA 3TARA 3B6OA 4M41A 3IS9A 4PA1A 4DTRA 3PV8A 4FJ7A 1SL0A 3AVIA 2AJQA 3NBPA 3QIPA 4CFCA 1CXQA 1VSIA 2HNDA 4GW6A 5SZTA 2Z1HA 4FJXA 3C6TA 4LH5A 4DFPA 2HNZA 5KGXA 1IG9A 2EX3A 3NF8A 4O55A 3F9KA 4Z0UA 3M8SA 2XRIA 3DOLA 3B6PA 2G8HA 4ZTFA 1SKWA 3KD5E 3HJFA 1LW0A 1S1WA 4CGGA 1RDAA 3KLIA 1C0UA 1KRPA 3SNNA 4CGHA 3V4IA 3CG7A 3AVFA 4B9MA 4EZ9A 1KLMA 4HCBA 4M3YA 1QTMA 2XY5A 1ITGA 3NHGA 2VWKA 3AA3A 4C8NA 1T7PA 3V81A 4OLBA 5CY4A 4CF8A 1K6YA 3DRRA 5KRTA 3JYTA 1L5UA 4B9TA 3HO1A 1RNHA 3ZSWA 3AVCA 2KTQA 3LALA 1RILA 3OYCA 2VG6A 4AH9A 4FJJA 4J2DA 1TKZA 3TANA 4IG3A 3TR8A 4HHTA 4JRQA 4KI4A 1Z26A 3QERA 3IRXA 3VQAA 2OPQA 1J54A 5K14A 3DRPA 3P83D 1I39A 1HNVA 1O1WA 3G10A 3OYBA 3VQBA 3KK2A 4DU4A 4H4MA 2XY7A 1EETA 3AA4A 3S9HA 4FJGA 3OYIA 1VSMA 4JS4A 5J2MA 3ULDA 1WSJA 3C95A 3DLEA 2B5JA 1VSJA 4CK3A 2FBYA 4Q5VA 3DLGA 3T1AA 2E6MA 1JL1A 2BE2A 1BGXT 2LSNA 1YTAA 4CESA 4DSJA 4MQ3A 4Q0BA 4O44A 4CJPA 4FJNA 4IFYA 1XHZA 4DTUA 1NK6A 1RTHA 3RWUA 4N41A 4Z4EA 3NGZA 4JLHA 1EKEA 3SI6A 3C94A 4OVLA 4FLTA 4Y1CA 4CJ5A 1XHXA 3NGYA 1B9DA 3ZSZA 4CF9A 3VQ4A 2X6SA 4DFKA 3CQ8A 1LWCA 1VRUA 1NK7A 4OKJA 3THVA 3T19A 4B08A 2YKNA 4M42A 1RT3A 3S3MA 1J5OA 3CFOA 3VQ6A 2X6NA 4KB0A 4CGFA 4MFBA 1HQEA 4CFBA 1D9FA 4GMJB 3AA2A 3MAQA 4AILC 2D0CA 3DOKA 3O3GA 4B3OA 3S3NA 5CYQA 2QKBA 3AA5X 1JLEA 1UWBA 2HB5A 3K5OA 4FVMA 2G8FA 1S1XA 4C8OA 1S1TA 2DFFA 3KKRA 4W5TA 4CGIA 1VSHA 3TAQA 3NF9A 3VQ9A 4DMNA 3T3FA 4GVMA 4M3RA 4DF8A 1A5VA 1FKPA 3M8QA 4AHRA 2NUBA 4N47A 3K59A 1TKDA 4CGJA 3A2FA 4CF1A 3VQ8A 4DFMA 2IDOA 1RTJA 3OYFA 4DQRA 3U6FA 2A1SA 5I3UA 4ELVA 1KLNA 1REVA 1NOZA 4OGCA 4DTNA 3E01A 3NDKA 1NKBA 4NCBA 3IAYA 4CF0A 3ZSYA 3L8BA 2Z1JA 4E3SA 2HHXA 4CEBA 4E7IA 3O3HA 3O3FA 2Q3SA 4YNQA 2DTUA 5HP1A 1NK0A 2O4IA 2E4LA 4KRFA 1QQCA 3OY9A 3SUPA 4DSKA 4FJ5A 4BE1A 2YKMA 1RT6A 4L8RB 1Q9XA 2IAJA 5T7BA 3OYKA 2ATQA 4FW2A 3AVGA 4DSFA 3H08A 1Z25A 1BIZA 3ALYA 4O0JA 2KQ2A 1X1PA 4KTWA 1Y97A 4PY5A 3LP1A 1IKYA 4CJTA 2BDPA 1RBRA 4PUOA 3KIOA 2DFHA 1QS4A 2P5GA 1B92A 4FJLA 3EYZA 4J2EA 1RT5A 4KKOA 3L3VA 1CXUA 1MU2A 5D3GA 3HM9A 2EHGA 4CGDA 1TK5A 2BGGA 2YNIA 4B9UA 3V6DA 4DF4A 5HBMA 3OYAA 1S1VA 3HXMA 4TSXA 3AVJA 1HMVA 3K58A 3O4NA 1QSLA 3MEGA 1JXBA 4Y1DA 1TVRA 1W9HA 3VQEA 3OS0A 4J2BA 3NFAA 3PX6A 4CJ4A 2A1RA 1D8YA 2B4JA 1WSHA 5FROA 4DQSA 4OGEA 4CHOA 1KVCA 1S5JA 4H4OA 4Z4CA 3AVBA 5FDLA 3KLHA 3QETA 2PYLA 3TABA 1QSYA 3AVLA 5HRSA 1NJXA 3RMDA 2VWJA 1WNSA 3HL8A 1NJZA 3NH2A 4ID5A 3AV9A 3LPTA 4B9VA 1NK8A 3AO4A 3PX0A 4QAGA 2I5JA 5CZ2A 1U47A 3WNFA 3D45A 3DMJA 4LSLA 3MEEA 3QIOA 1WSIA 2ITGA 2G8KA 4M3WA 4RW7A 4I2QA 3LP3A 3HK2A 3MECA 3VA0A 3L2VA 3QESA 2HHSA 1FXXA 1R0AA 4CECA 1YVUA 1TKTA 1TL3A 2ETJA 2G8UA 1HYSA 3NAEA 3F73A 4DTXA 4BWJA 5HRNA 3MXMA 4DSIA 2BANA 4HVJA 5FRMA 4KREA 5C25A 3SUOA 3SPZA 1C6VA 3DM2A 4HUGA 1RCHA 1HRHA 3LP2A 3OYNA 1JLQA 4NYFA 4C8KA 3AO2A 3MXJA 3QEPA 2G8VA 1RTIA 4CJEA 1VSDA 3OJUA 1JLFA 3NGIA 4DLGA 3AVNA 4DFJA 3G0ZA 3RMCA 1U49A 4KHNA 1EX4A 1TL1A 3SYZA 2PY5A 3DRSA 4OKKA 3SPYA 1NOYA 4LSNA 3L2WA 2PZSA 3AO1A 4FYDA 3VQCA 3L2RA 1KCFA 5I42A 3V1RA 1U45A 5DMRA 1VSFA 4DS4A 4NCAA 3LAMA 1ZBUA 3L3UA 4KHSA 4RW9A 1LAVA 3KLEA 3V9SA 2F8TA 3AVKA 1HYVA 5CYMA 3RR7A 4FLZA 1B9FA 4Z4HA 4FJHA 1TKXA 2P5OA 4E19A 1HQUA 3VQ7A 2R7YA 3VN5A 1J53A 1T8EA 3OYEA 2HHVA 3OYHA 1JKHA 1KFDA 3DI6A 4G1QA 4B9SA 1SKRA 3OYDA 5HRPA 4YFUA 3V9XA 2O4GA 4N5SA 4CIEA 1U04A 1TK8A 3LWMA 2F8SA 4AHCA 5JS1A 4KTZA 4UQGA 1TK0A 2X74A 1EP4A 4CK2A 3ZSXA 4DG1A 1S6PA 1CZBA 4KPYA 4N56A 4LH4A 1YT3A 4CIFA 5HLFA 3BDPA 4EP5A 1NKCA 5JS2A 2IS3A 3L2UA 3SQ1A 2KFZA 4BDZA 4I9QA 3SV4A 4PQUA 1Q8IA 4AHVA 1WAJA 2D0BA 1X9MA 1CLQA 2FC0A 1BCOA 4I9LA 4ID1A 3OS1A 1TAQA 3VA3A 3KKSA 1VRTA 4DSEA 4FLVA 4W5RA 1F21A 3ITHA 3LAKA 4BWMA 3HP9A 1ZBIA 1DTQA 1N6QA 1BIUA 3RR8A 1TGOA 4CJQA 1KTQA 2PYJA 4OLAA 1Q9YA 4M3ZA 3RRGA 3SZ2A 3AO3A 3SJJA 3TAEA 3NH0A 3P1GA 2QKKA 3TAPA 1A5XA 5C42A 4FLUA 3ZT0A 1XWLA 1UA0A 4I2PA 1FK9A 4JRPA 2IOCA 1SUQA 4BE2A 2JGUA 4LY7A 4JS5A 4FM2A 1NJWA 4ELTA 4F2SA 1DTTA 2DY4A 4IFVA 1IO2A 4XIUA 3K5NA 4DS5A 3OYGA 1RT1A 1LWEA 1HPZA 3HSTB 4DU1A 1ZBHA 4DQQA 3HPGA 1JLBA 1WAFA 4KHQA 4DSLA 4FJ9A 3HT3A 4O4GA 1IKVA 2XHBA 3QINA 1TV6A 3RTVA 3I0SA 4IBNA 3QNOA 1X9WA 4AHTA 1L3UA 3EY1A 4CJKA 1L3VA 4CHQA 1JLAA 1UAXA 1GOBA 1T05A 1JL2A 4OKEA 1ASWA 4E1NA 2E6LA 4DTPA 2G8IA 4F3TA 2JLEA 2HVIA 1JLGA 3ZCMA 4M3TA 4NCGA 2RN2A 3U3GA 3ZT1A 3TAFA 1N5YA 4O5BA 4CFDA 2FBVA 3V9UA 4FM0A 4B9LA 4CJFA 3PUFA 4H8KA 4FLYA 3O4QA 3OVNA 2OYQA 2XY6A 2DFEA 4Z4GA 2HHUA 3K5MA 3QNNA 3PY8A 1LAWA 1QE1A 4CEOA 1J9AA 4KHYA 1VSLA 1SV5A 1S9EA 3DLRA 3K5LA 4E7LA 1GOCA 3SUNA 1U4BA 2KZMA 4C8MA 2F96A 3NF7A 3WNEA 3AVMA 1D9DA 4DTSA 4B8CA 1JLCA 3OYJA 4FLXA 3ZT2A 3VQPA 4CJLA 2OA8A 4OJRA 3LWLA 2XY8A 2P51A 3NF6A 1XI1A 3DLBA 4IKFA 3CFPA 3RRHA 1BCMA 3QEIA 4M45A 1JXEA 2Z1GA 4HCCA 3M8PA 3UIQA 1IKWA 1A5WA 4B8AB 1C1AA 4ICLA 4W5OA 1LW2A 4CEEA 3FFIA 4CEFA 4CIGA 3PX4A 1SL1A 2GV9A 3EZ5A 1VSKA 1BI4B 4CHNA 4R5PA 4Z4FA 3IG1A 2VG5A 4E0DA 2HMIA 3DLKA 2KW4A 3AO5A 5J2NA 2YNFA 1RDDA 4CHPA 3KLGA 3CFRA 4E7HA 4K8XA 2GUIA 3V1OA 3KTQA 5J2PA 1SKSA 1NK9A 2Y1IA 3L2QA 4HUEA 4FK2A 1HJRA 1BQNA 4O0IA 4FLWA 1U48A 1KSPA 2GBZA 4QOZB 3KD1E 1ASUA 1BISA 5C24A 4DQPA 4FJKA 2YHAA 4BDPA 1EXQA 4ZHRA 3NCIA 1LWFA 4E89A 3U3YA 2RPIA 4DU3A 3SQ4A 1NJYA 4DLEA 3BGRA 3QEVA 3ZSVA 4HUFA 4AHSA 1DLOA 3ISNC 2Z1IA 4CJVA 4W5NA 4N76A 1BQMA 2YHBA 4CF2A 2HVHA 4CEZA 3NE6A 1X9SA 4CHYA 4W5QA 1BHLA 4FW1A 1ASVA 1RBTA 4CK1A 4AHUA 4FZZA 3LZIA 3TAGA 2KFNA 4CEAA 4CJWA 3KK3A 4DTMA 4DTJA 3AVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKGA 4EP4A 1VSEA 2W42A 1NK5A 2KLAA 1WLJA 2NRTA 3ZT4A 4EHTA 4RW6A 1ZBLA 2UU9K 3K57A 3E66A 2FLOA 1WSFA 1JJ2M 4JKHA 3OW2M 4F8RA 2ZGYA 3C7NB 1FKOA 1HNIA 1DKGD 4CZJA 3KHYA 3I56N 4CEDA 2H3GX 4BROA 2P9KA 3BUZB 2E2NA 2X78A 1ZBSA 4DR4K 3ZSQA 4LFAK 3ZSOA 1JCFA 4KHUA 3OYMA 1RT7A 3LP0A 3NMUA 5AFUH 1IH7A 4LD0A 1QHAA 5CZ1A 5KTQA 1HKBA 1RDBA 3V9WA 1W2BM 3QLHA 4GV9A 1S9GA 4ELUA 4KH6A 4LFCK 4FOIA 3M8RA 4FK0A 4PWDA 1KFSA 2RHKA 2OZSA 5AQLA 3TTFA 2VQFK 2QWPA 1QSSA 4DR2K 4FWKA 2VYPA 1VK0A 3WNGA 1YIJN 3SAFA 3PO5A 4B1YB 3WXIA 1BI4A 1RBUA 2RKIA 2NRRA 3KWGA 3SQ0A 3TPQA 4KHWA 2QK9A 4OX9K 5C2FA 1WSEA 2UYTA 4PL7A 2OPRA 3I0RA 2ZE2A 1BL3A 4AM6A 4M7YA 3LPUA 4E7JA 3LDSA 1HYZA 4FZXC 3QEWA 1UA1A 3P5JA 2B6AA 3C65A 2HHQA 3JAMO 3V1QA 5EU7A 3VERA 3VQ5A 3OYLA 3D0PA 3QEXA 1TAUA 1IJJA 4KV8A 3EO3A 5AZIA 3TI0A 1TYQA 2HF4A 1L3TA 3TARA 4M41A 4BR7A 1VQMN 4PA1A 1YJNN 3Q7CA 3AVIA 3EKUA 3JS6A 3QIPA 4DFPA 1KD1O 5KGXA 1IG9A 4YOTA 3F9KA 3M8SA 1NJIO 3B6PA 2A3ZA 1SKWA 4CGGA 3V4IA 4LF9K 1KLMA 3I8BA 2XY5A 2WBNA 5F0XA 4OLBA 5KRTA 3N4QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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