4B8AB

Structure of yeast not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
278
structure length
252
Chain Sequence
MFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
total genus 81
structure length 252
sequence length 278
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8aB00
4Z4CA 3OY9A 4IDKA 1VRUA 4DSEA 4JLHA 1KSPA 1A5XA 4AHSA 2OPPA 1HYZA 2HVHA 1CLQA 2B5JA 1SKSA 1BL3A 2G8WA 2FBVA 4OGEA 4B9VA 4BWMA 1D9FA 4BDYA 4KHUA 4PY5A 4CJPA 3ULDA 1REVA 2ATQA 1WSGA 2Z1GA 3LZIA 4CJQA 4FZXC 4ELTA 4KB1A 4M41A 4Z4FA 3LAMA 1O1WA 2YNIA 3KJVA 1JL2A 3NHGA 3KLIA 3HK2A 4UQGA 3M8RA 3RR7A 3SV4A 1BI4B 4LSNA 3S9HA 2B6AA 3U6FA 2PZSA 4CIEA 3CQ8A 4E7JA 4FK2A 1NOZA 1NKBA 4HVJA 3VQDA 4CERA 3HPHA 4CJWA 4CEQA 1D5AA 1U04A 4CHPA 2XO7A 4E7KA 1ZBLA 4W5RA 4OLBA 3HL8A 4O0JA 2YNGA 4RG8A 4DSKA 1RT3A 4DS5A 2FC0A 3THVA 1S6PA 1NK0A 1IKYA 4IG3A 4BACA 3TAQA 3NGZA 2HMIA 1LW2A 2D0CA 4FW1A 4B8CA 1WLJA 4Z4IA 1UOCA 4PQUA 2RF2A 3AV9A 3HPOA 4M3RA 5KGWA 1RBRA 5JS1A 3IG1A 4CEDA 1DTQA 4OPKA 4DTPA 3NBPA 3ZSVA 1BGXT 4FXDA 1RBSA 1TKTA 2F96A 3AO2A 1SUQA 4ELUA 3DLEA 3HSTB 3HVTA 3O4QA 2DFFA 3MEDA 1VSDA 3ALYA 3ZT2A 1KLMA 3CM5A 1QSLA 5CY4A 3S3OA 3NE6A 2IDOA 2PY5A 1U49A 4EP5A 3VQ9A 1F21A 3QEWA 4CK1A 1TK5A 1RNHA 1Q9XA 4RW4A 3QEXA 1X9MA 3D45A 4CF0A 1B9DA 1BI4A 5HLFA 5FRMA 3AVLA 3SUPA 3DM2A 2IGIA 5K14A 3LANA 3AVBA 2IS3A 4LY7A 3VQBA 1L3VA 1S9GA 3SQ2A 1BIUA 5C25A 2A1SA 5KRSA 4DQRA 3CM6A 1JL1A 3HT3A 4CHNA 1NJYA 1ZBFA 3L3UA 3RRGA 2XY6A 4NYNA 4KTWA 1BISA 4Q5VA 4HTUA 3I0SA 2IC3A 4E7IA 3PO4A 3HYFA 4KHYA 4IG0A 4FJXA 1N5YA 4F2RA 3LPUA 4DSJA 2D0AA 1SV5A 2Z1JA 3IRXA 4K8ZA 5HRSA 1CXQA 1XI1A 3ZSRA 1T03A 2Q3SA 3QETA 3DMJA 4DLGA 4GVMA 1NK8A 2BDPA 1NKEA 1RTHA 3LWLA 1IO2A 4OGCA 1L5UA 2OYQA 4O44A 4CHYA 4HCCA 3L3VA 1J54A 4I2QA 3SQ4A 3TAGA 1J5OA 2YKMA 1RTDA 3KD1E 3K5OA 4DQPA 4WE1A 3DRSA 1L3UA 3AVHA 4M3UA 4CHZA 1SL0A 4F3OA 4DU1A 1WAJA 3B6PA 4ZHRA 4Y1DA 3DRRA 2BANA 2HHTA 3M8PA 3OYCA 3K5MA 1XHZA 2HW3A 4CEEA 2HNZA 4EZ6A 1YTAA 2KFNA 3TANA 2GUIA 2IOCA 3K57A 3V9XA 3OYEA 1RDBA 3CG7A 1TK0A 2DFHA 4LH5A 1HPZA 3SUNA 4FW2A 2XRIA 2FBXA 1KVAA 3OYIA 4HUEA 4FM2A 4FLUA 2XY8A 2ITGA 4O5BA 4F3TA 3DRPA 4CJUA 4E1MA 4CJVA 1S1VA 4YNQA 5KGXA 4ICLA 4RW8A 3O3GA 1WSJA 3ZSWA 4E3SA 1JKHA 3AVJA 1RDAA 1RBTA 2YHBA 2YNHA 4TSXA 3T1AA 3OYLA 1XC9A 5J2NA 3VA0A 4DTNA 1C1CA 1MU2A 5DMRA 2X74A 1UAXA 1ITGA 2WONA 3E01A 4Y1CA 1RBVA 4AHTA 3AVAA 1RT6A 4DU4A 1J53A 3KKRA 1A5WA 3G0ZA 4I2PA 2KTQA 4DF4A 3TABA 4O4GA 1FK9A 4HUGA 3RMBA 4RW7A 1RCHA 3P1GA 3AA3A 4CFBA 3RRHA 1HQUA 1K6YA 1TGOA 1Y97A 4CGIA 3MXJA 3OYGA 3KTQA 4H4OA 4AHRA 4N47A 2G8IA 1ASWA 1KCFA 2HNDA 3AVGA 4CF2A 4CF9A 4M42A 1DTTA 4KPYA 2I5JA 3ZT0A 1CXUA 1J9AA 3DOLA 1XWLA 3ZT1A 4BDZA 4DSFA 2XY5A 4ZTFA 3QERA 4B9TA 2D0BA 4FJJA 2DTUA 5I42A 1TAQA 4KTZA 1WNSA 3SV3A 1S1WA 3FFIA 2RPIA 1VK0A 3VQ6A 1X9WA 4FJKA 4KB0A 3T19A 2FBYA 5SZTA 3QEVA 4F8RA 4I9QA 2JGUA 3ZT3A 4CECA 3JSMA 1W9HA 2EX3A 3NGYA 3S3NA 1WSFA 3L2VA 5I3UA 3K58A 4FJIA 2F8TA 1FKOA 1VSHA 1WSIA 3AO1A 1Z25A 3PUFA 2YHAA 3HXMA 3QESA 2O4IA 1KLNA 3KIOA 3SPZA 2QXFA 3MXIA 1CZBA 3KKSA 3NF6A 1TKXA 3TAEA 1NK5A 4E19A 3WNGA 3TAFA 4C8NA 3DLHA 1TL3A 3ZT4A 2X6SA 1D8YA 4CJFA 3QNOA 4JRPA 3OYDA 4DFPA 2BE2A 4G1QA 4NCAA 1RT1A 4W5OA 3LZJA 3LAKA 3PY8A 4KI6A 4KI4A 1EX4A 1BHLA 3DLKA 3TARA 2VG7A 2FBTA 4NCGA 4FK4A 3V4IA 2OPRA 4F2SA 4M3XA 1BQMA 1LWEA 3K5LA 4LH4A 4CK2A 2OZSA 3NGIA 1S5JA 3QNNA 4M3YA 3NDKA 2Y1JA 2D5RA 4FJ8A 4CGGA 3KLGA 3L8BA 1LV5A 4FM1A 3V9ZA 4DMNA 4HHTA 3V9SA 1U48A 2GBZA 2HHQA 1HJRA 1RDDA 2Y1IA 1IKVA 2HVIA 4CHOA 5SWMA 4CGJA 4OLAA 1EETA 1LAWA 5FROA 1RT2A 1TL1A 1RTIA 1HNIA 4FZZA 2XHBA 1LW0A 3LPTA 3OYAA 4PWDA 4FVMA 2VWKA 3KLFA 3SYZA 2RN2A 4IFYA 3SUOA 3O3HA 1D9DA 3AA4A 3DYAA 3QO9A 3SI6A 3SUQA 3B6OA 4CJKA 1RTJA 1ZYQA 4B9SA 3RWUA 4MFBA 1X1PA 3OYFA 3HPGA 3V1QA 4IFVA 1S1XA 2QKKA 3WNHA 3M8SA 4DS4A 5FRNA 1ASVA 1RBUA 3TWHA 1HRHA 1C0MA 3VQ8A 3C6TA 4E0DA 5C24A 4CJEA 2G8KA 1SL2A 4EP4A 4K8XA 4CJSA 4O0IA 4BE2A 2Z1HA 5HRNA 4JRQA 3OJUA 5D3GA 2HB5A 3NH0A 4ZTJA 5J2PA 2O4GA 4DQQA 2YNFA 1VSKA 1Z26A 2G8FA 1HNVA 1JLEA 3AVIA 1JXBA 1CZ9A 1JLQA 4CK3A 2P51A 4C8MA 2OA8A 3ZCMA 4FJNA 2G8UA 3CYMA 4CJ5A 4DSIA 3QIOA 3HM9A 3I0RA 2YKNA 4M3ZA 2ZD1A 2P1JA 3TAPA 3LP2A 4FYDA 3PV8A 3VQPA 3L2RA 1SKRA 4CGFA 3SPYA 3WNFA 1GOBA 4H4MA 4FLXA 4FM0A 5KRTA 1C1AA 3CFOA 4B9UA 4Q0BA 3BGRA 1JXEA 4E89A 4FJHA 2ZQBA 4PUOA 4FLWA 4DQSA 5J2QA 4CIFA 4CEBA 4FLYA 3ITHA 1UA1A 3MEGA 5FDLA 2WOMA 4KV8A 4Z0UA 3U3YA 4R5PA 4Z4HA 5J1EA 3K59A 3L2UA 3VN5A 2HHUA 4QAGA 3QLHA 1JLGA 1IKXA 4CE9A 1VSIA 3HP6A 5CYQA 4F4KA 3RMCA 2NUBA 5CYMA 3NCIA 4KKOA 1BQNA 2P5OA 2KQ2A 3HVRA 3OYJA 4IBNA 4FLTA 3SQ1A 4XIUA 4DFKA 1BIZA 4FJ5A 3AO3A 3LP0A 1NK9A 3L2QA 4C8KA 4DU3A 1Q8IA 2OZMA 1QS4A 1SL1A 1S9EA 2HNYA 1RT7A 3PX4A 3NF8A 2BGGA 4CJ4A 1W0HA 4CJLA 3QINA 3L2WA 2JLEA 5E41A 2R7YA 2ZE2A 2P5GA 1TVRA 4DG1A 3RMAA 1YVUA 3AA2A 1I39A 3QIPA 3S3MA 1FKPA 3IS9A 4OKJA 3OS2A 1HMVA 3G10A 1TV6A 4CFAA 4CJTA 5C42A 4DTJA 1IG9A 4KHWA 4M3TA 4CFDA 1NKCA 1HYVA 3AVFA 2GV9A 3V9UA 4HCBA 3NH1A 3BDPA 1KTQA 3OYHA 1ZBUA 3HP9A 4E1NA 3DOKA 1KRPA 4CF8A 4Z4EA 1VSMA 2VG5A 2ETJA 3KLEA 4AHCA 3ZSQA 1WN7A 4AH9A 1C0TA 2W42A 3ZSOA 5HP1A 4DTUA 3RR8A 4L8RB 4ID5A 2YV0X 3AVMA 1QE1A 1U47A 3VQ5A 1FXXA 3MXMA 3NF9A 4J2BA 4CF1A 4I9LA 4DTOA 1C6VA 4FLVA 4B9NA 2PYJA 5T7BA 4LD0A 3C94A 4CJRA 4DWIA 3O3FA 1B92A 4W5NA 1IH7A 3AO4A 3WNEA 4AHVA 3C95A 3NFAA 1L3SA 1T8EA 2KZZA 1WSHA 4H8KA 4B9LA 5HRRA 4DFJA 4FLZA 1NK7A 1U45A 4OPJA 2OPSA 1XHXA 4B8AB 2VG6A 4AILC 1VSJA 3PX6A 2OPQA 3EY1A 4C8LA 2E4LA 1LWFA 5EU7A 1T7PA 4DSLA 1QHTA 4KREA 2AJQA 4KHNA 4DTSA 4DTXA 5HROA 1X9SA 1EKEA 1NOYA 4BDPA 4BWJA 1G15A 3V1OA 3C6UA 3AVKA 3KD5E 1GOAA 2RKIA 3VQEA 3PX0A 1S1TA 4DFMA 4CESA 3D0PA 1KFDA 3KK2A 3SQ0A 1L3TA 4FJGA 4OKKA 2QK9A 2HHSA 2B4JA 4N5SA 4KHQA 1RDCA 3NAEA 4KFBA 2E6LA 2VWJA 1DLOA 1NK6A 3OVNA 4FJMA 3DLGA 4FJ9A 1QQCA 3V9WA 1T05A 1HYSA 4IKFA 3AO5A 1RILA 3AVNA 3TI0A 1NK4A 1VRTA 3DLBA 3HO1A 3O4NA 3A2FA 1NJXA 3NF7A 3U3GA 2PYLA 3F73A 3F9KA 1QSYA 3VQ7A 4AHUA 4KTQA 4E7HA 3SCXA 4QOZB 3TAMA 3MEEA 3VQCA 4HUFA 4JS5A 1GOCA 3CFPA 4NYFA 3KLHA 4FK0A 4KAZA 1ZBIA 1JLCA 4DLEA 3KK1A 4ELVA 3AVCA 1BCOA 4I7FA 4DTRA 4CEZA 3SJJA 3ZSZA 4CEOA 4W5QA 1Q9YA 4B3OA 1ASUA 3LALA 2LSNA 1A5VA 1SKWA 1C0UA 4J2AA 2G8VA 3KK3A 3UIQA 2XY7A 4O55A 4J2EA 1NJWA 5KTQA 1JLBA 4OKEA 3QEIA 2QKBA 1KVCA 4RW9A 5JS2A 3TR8A 4CEFA 4DTMA 3ISNC 3T3FA 2HHVA 1N6QA 4B08A 1S6QA 3K2PA 4YFUA 1C1BA 3VA3A 5J2MA 4EZ9A 1EXQA 2F8SA 3V6DA 2HHXA 4GMJB 5CZ2A 4CFCA 1LWCA 4PA1A 4N76A 1TKZA 4CGHA 3I8DA 3MECA 1S1UA 5KI6A 3LP1A 1JLFA 4Z4GA 3H08A 4DQIA 3LWMA 3ZSYA 1VSLA 4FCYA 4CCHA 1UWBA 2E6MA 2IAJA 3NH2A 3OYKA 3LDSA 4JS4A 3RMDA 1VSEA 4W5TA 1QSSA 2HHWA 4ID1A 4GW6A 3OYMA 3V1RA 1UA0A 2X6NA 4RW6A 1TKDA 3IAYA 1HQEA 3VQ4A 2G8HA 1KFSA 4MQ3A 3OYBA 1I3AA 3AA5X 1JLAA 4OVLA 3VQAA 5HBMA 4E7LA 1B9FA 3DI6A 3DLRA 3ZSXA 3K5NA 1YTUA 2X78A 3VQQA 4NCBA 4DF8A 2EHGA 2KZMA 2DY4A 3OJSA 2Z1IA 1EP4A 4OJRA 4N41A 5HRPA 3EZ5A 4J2DA 3V81A 1YT3A 1VSFA 4FZYA 4B9MA 3JYTA 1TK8A 4C8OA 2A1RA 4FJ7A 3SNNA 4KRFA 3CFRA 4N56A 1BCMA 1RT4A 3SZ2A 3PO5A 4BE0A 4BE1A 1QTMA 3HJFA 4LSLA 1WSEA 2KW4A 5DK5A 3EYZA 3M8QA 4CJ3A 1IKWA 1RT5A 3MAQA 1KVBA 1U4BA 4CGDA 4M45A 4KO0A 3OS0A 1NJZA 1LAVA 4CHQA 3QEPA 1TAUA 3P5JA 3ASMA 3LP3A 3OS1A 2KFZA 5CZ1A 3P83D 4CEAA 4FJLA 1R0AA 4KHSA 4M3WA 2DFEA 4QCLA 1ZBHA 4CIGA 3OYNA 3RTVA 1WAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KSPA 2ASMA 2P9NA 2HVHA 1HYZA 3B8AX 3CQXA 4U7BA 2UXCK 5M1QA 4FOEA 5IT9O 3CPEA 4KHUA 3G25A 3MN5A 1KQSM 3ULDA 2ATQA 3LZIA 1WSGA 4ELTA 4M41A 4B3TK 5E84A 3NHGA 5FPMA 3M8RA 3ATVA 1BI4B 2O8BA 3CQ8A 4E7JA 1K8AO 1NOZA 1HKGA 3GE1A 3GG4A 4CEQA 4CHPA 3HL8A 4JN4A 1IKYA 3PSFA 4FL9A 4BACA 3NGZA 1LW2A 2ZF5O 1WLJA 1UOCA 4Y0WA 2RF2A 5C2FA 4PQUA 4WQ4A 3HPOA 1KAYA 1YF5L 3CPWM 1BGXT 1RBSA 1RDUA 1TKTA 3VF2A 3DLEA 3O4QA 1HX1A 4PL8A 4WQ4C 4GKKK 4GKJK 3CM5A 3NE6A 4DV4K 2QWPA 4JEPA 1RNHA 2P9KB 3QEXA 3A5OC 4LFBK 4CF0A 5GIOA 1S72N 1B9DA 1D4XA 3SUPA 2IGIA 5C10A 3O9RA 1S9GA 5KRSA 2A1SA 5BPNA 3JXUA 1ZBFA 3C65A 2P9LA 4HTUA 1BISA 3GDQA 2IC3A 4JI5K 4QS9A 5IWAK 4H03B 5HRSA 2E1ZA 3ZSRA 1W2BM 2Q3SA 3QETA 3EEQA 4JKGA 4YDUA 4OGCA 4O44A 3L3VA 4I2QA 4DQPA 3DRSA 2PAVA 2WFBA 1TYQB 3H6EA 3AVHA 4CHZA 4F3OA 1EQYA 4DU1A 2E88A 1FJGK 4ZHRA 2A41A 2BANA 5ELZA 3K5MA 4JK9A 1XHZA 4CEEA 4EZ6A 2KFNA 4JI2K 2W6KA 1TK0A 3SUNA 1HPZA 3DXKB 4FW2A 1N36K 1KVAA 4HUEA 3BEXA 4U67L 4FLUA 1DEJA 2NRVA 2ITGA 4JKCA 1YXQA 4CJUA 4YNQA 5AQNA 5KGXA 4ICLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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