4B8CA

Nuclease module of the yeast ccr4-not complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
280
structure length
267
Chain Sequence
PIFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARPIGTFRSKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLELLRKSGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
molecule tags Hydrolase/cell cycle
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 85
structure length 267
sequence length 280
chains with identical sequence C, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8cA00
2X74A 4F3OA 1G15A 3AA2A 1KVCA 5DK5A 3TR8A 3SCXA 4KRFA 3D0PA 1IKYA 4FZXC 1NOZA 4FW2A 3HO1A 1TK0A 1LWEA 3HT3A 1RDAA 4O55A 3WNEA 4F8RA 3WNGA 1IKXA 2YV0X 3AO2A 3B6PA 4E7LA 4FJ8A 3SZ2A 4L8RB 5D3GA 1JLAA 3IAYA 4LH5A 4DSFA 4KB0A 1NJYA 1NK8A 2G8VA 4O44A 1RBSA 3SPZA 3OYGA 5FROA 1EXQA 1ZBHA 2BDPA 2O4GA 3TAFA 3I0RA 1BISA 3RRGA 4N41A 1FXXA 1RBRA 4OLBA 3S3NA 4OPJA 3KJVA 3CYMA 3L2WA 4FJ5A 1KVBA 1S9EA 4FJLA 2KZMA 2OZMA 4TSXA 1WAJA 1ASWA 4HUEA 4HUGA 1YVUA 4LY7A 3P1GA 1KFSA 4CHPA 3ZSZA 3OYDA 4BE2A 1KVAA 4M3ZA 4Z4GA 3HJFA 3DLEA 3OYLA 3QIPA 4ZTFA 4AILC 3QEVA 1RT6A 4IG0A 4W5QA 4I7FA 1JL1A 4AHUA 1TVRA 2F96A 2GBZA 4M41A 3PX4A 4CF8A 4LH4A 3QEPA 1BI4B 3LALA 3CQ8A 4FXDA 2DTUA 1S6PA 1KRPA 3VQ5A 3HVTA 3P83D 3OYNA 3KKRA 3CM6A 4DU1A 1SKSA 3C95A 1HMVA 4ID5A 2OA8A 1QQCA 1BCOA 3KLFA 2G8FA 1LWFA 1A5XA 4DSIA 4CEDA 1VK0A 3T3FA 1NK0A 3ZSWA 5SWMA 5FRNA 3RMBA 3H08A 3DMJA 4BE0A 4M3UA 4B3OA 2P5OA 4KTQA 4FJGA 3LPTA 2B4JA 1D9FA 4DFMA 3AO1A 3SUOA 4CE9A 1J54A 4KO0A 3MXIA 1BQNA 4DQSA 3DYAA 4YNQA 2ZE2A 1RT3A 1RTJA 4CJKA 1MU2A 2Z1IA 4LSLA 1CZBA 3VQ7A 4AHCA 4E89A 4F4KA 3MEDA 3AV9A 4W5RA 1C0UA 2X6SA 1T7PA 4FJNA 2HHTA 4FJJA 4CEOA 1WSEA 3UIQA 1TAQA 1U4BA 3NHGA 5C24A 4CEZA 4B9SA 5I42A 4NCGA 4FJIA 4CECA 2KFNA 4OPKA 3E01A 3BDPA 1RILA 4RW8A 4OVLA 4M3RA 1KTQA 3V9XA 4CJVA 2G8IA 3NDKA 1TKTA 3LP3A 4E0DA 3LPUA 3V1RA 3OJUA 1YTAA 2VWKA 4FZYA 4FJ9A 4PWDA 4E1MA 4I9QA 4B9NA 1HQUA 3ZSOA 2FBXA 4HTUA 3TI0A 4CFAA 5HROA 1D5AA 3ZT1A 1KCFA 2RN2A 4QAGA 4PQUA 4OKJA 4OLAA 1SL2A 2QK9A 3HM9A 1ASVA 3OS1A 4N5SA 4FVMA 4E19A 4W5OA 4B8AB 2Y1IA 5DMRA 1SL1A 5T7BA 1TKXA 2KQ2A 2D5RA 3KKSA 4ELTA 4HCCA 1A5VA 4E7IA 4DTOA 1YTUA 3DOKA 4W5NA 1RCHA 3DRPA 2Z1GA 2G8HA 1BCMA 5HRRA 1X1PA 4N56A 2XRIA 3OYMA 1Q9YA 2E6LA 2YKNA 4PA1A 3LWLA 2HHVA 4CJFA 4M3TA 4DSJA 3I8DA 2X78A 3IG1A 2FC0A 2VG5A 2HW3A 3NH1A 1S5JA 1LAVA 2QKBA 3V9ZA 3NAEA 2I5JA 4MFBA 4B8CA 5HRSA 4GW6A 4CGDA 4Y1CA 5KRTA 4DLGA 1U45A 3HVRA 1HQEA 3LP1A 2B6AA 2DFFA 4FJ7A 2WOMA 5CYMA 2RF2A 3M8SA 1NK6A 4OKKA 4DFJA 3TABA 1NKBA 4CERA 4EP4A 1BI4A 3VQ8A 4DTUA 2XY7A 5SZTA 4Q5VA 3HYFA 3K5NA 3O3FA 3C6UA 3HXMA 4Z0UA 3K58A 3S9HA 2IS3A 3IRXA 2YHBA 4CHYA 1UOCA 1Q8IA 2OPPA 4DU3A 4JS4A 2VG6A 3NF6A 4Q0BA 4RG8A 3ZT2A 3RWUA 2Z1HA 3ZT4A 1ITGA 4H8KA 3LP2A 1RT2A 4CJEA 3V4IA 2IC3A 4IFVA 2NUBA 4M3WA 2OYQA 1O1WA 3OJSA 4O0IA 3WNHA 1C1AA 1F21A 1JLCA 3OS2A 4DU4A 4DFPA 4KHWA 5J2PA 2HVHA 3OYIA 4CEEA 1J53A 5KTQA 3L8BA 4M3YA 4BE1A 1NKCA 2AJQA 3KK1A 1JXBA 3V9UA 3QNOA 4KB1A 2FBTA 4DSEA 3PUFA 1KSPA 5EU7A 3FFIA 3O4QA 4CJTA 4ELUA 4DQRA 1L5UA 2HHXA 2KTQA 3LAMA 2QXFA 1LW0A 5FDLA 3L3UA 1BQMA 4MQ3A 2JLEA 4DF4A 3RR7A 5J2NA 5K14A 4CIEA 4ELVA 3MEGA 1RT7A 3AVKA 5JS2A 3ALYA 1QTMA 2XY8A 1ZBLA 3AVBA 4FJHA 1UA1A 4FK2A 4CIGA 4JS5A 3S3MA 1GOAA 1BIZA 2P5GA 3KK2A 4FZZA 4CHOA 4E1NA 1S1TA 4ICLA 3OYFA 4OGEA 4EP5A 3VQ4A 3SV4A 1SUQA 3VQQA 3DRSA 3NF8A 4HHTA 3O3GA 3U3GA 4E7KA 3K5OA 4CF0A 1QHTA 3VQPA 5FRMA 1WLJA 3SUNA 4DTPA 1TV6A 3V9WA 2E4LA 2XY5A 3RMCA 4XIUA 1IH7A 2HVIA 4KHUA 5J1EA 1NK9A 2E6MA 1L3VA 2HNYA 3AO3A 3TARA 4CIFA 3SNNA 4FJMA 1WSGA 1RT5A 3AVGA 4CHQA 2G8UA 4C8KA 1VSIA 3F9KA 4FLZA 1RT4A 4CEBA 3LANA 2EX3A 3SI6A 4IG3A 4CGFA 4J2AA 3HPGA 1I3AA 1TKDA 4KHSA 4AHRA 3AVCA 4LSNA 4RW4A 2G8KA 1SKRA 1IO2A 1ZBUA 3QNNA 1K6YA 4I2PA 2XHBA 4ZTJA 4ID1A 4EZ6A 4K8XA 4CHNA 2OPSA 1L3SA 3RR8A 1W0HA 3ULDA 4E7HA 2A1RA 2DY4A 4CJ5A 4Z4HA 1S6QA 4PUOA 4DTRA 1VSFA 4FM2A 2B5JA 3NF7A 1X9WA 4EZ9A 3OY9A 4HUFA 1QSLA 4JRQA 1C1CA 1IG9A 4CJQA 1ZBFA 1U49A 2PYJA 1NK7A 2ETJA 1RDDA 3MECA 1RT1A 1RTDA 3AO5A 4B9VA 2ZQBA 3DM2A 4FJXA 4FYDA 4DSLA 1JLQA 1IKVA 2OPRA 5C25A 1DTTA 2YNGA 4CFDA 3HP6A 4KREA 1S9GA 1QSYA 3AA5X 3DLKA 2VWJA 4FM1A 1T03A 1CXUA 1TKZA 4G1QA 4DLEA 3S3OA 1U04A 4GMJB 3AVJA 5KGWA 3AA4A 4F2SA 3ZSRA 4CK3A 4FLUA 3PX6A 4FW1A 3QINA 3RMDA 1N5YA 1HPZA 1YT3A 4JRPA 4KPYA 2YNFA 1GOCA 3SQ4A 4CJLA 1D8YA 2BGGA 3ZSXA 4H4MA 1X9MA 2RPIA 2HNZA 4DTNA 3SQ0A 1VSJA 3HSTB 3VQDA 4R5PA 3TAPA 4DQQA 3RMAA 1Z26A 3CM5A 4BWJA 1NOYA 4QCLA 4AHSA 3DLHA 4DTXA 2IDOA 2BE2A 4CGIA 3KD5E 4CF2A 1JL2A 4ZHRA 1WAFA 2FBYA 1CXQA 4CJSA 1SKWA 2HHUA 2R7YA 3VQBA 4CJ4A 1JLGA 5CY4A 4KAZA 3P5JA 3HPOA 3PV8A 1TAUA 3OYEA 1LWCA 3M8QA 1TL1A 3VN5A 1DTQA 3NGZA 4B08A 2KZZA 1JLFA 4CESA 1RBVA 3RRHA 3VQEA 3V6DA 4KV8A 4I2QA 2D0BA 2D0AA 3NH0A 3OS0A 3LWMA 1HNVA 3EZ5A 1Z25A 4CF1A 3MXJA 1CZ9A 3K57A 4YFUA 3AVMA 1VSMA 1XWLA 1RTHA 1B9FA 4B9UA 3LZIA 1S1VA 5HP1A 1UAXA 4DTSA 2DFHA 3CFPA 5JS1A 3PX0A 4F3TA 3AVFA 4CJRA 3NH2A 1T05A 4DTMA 3PO5A 2YNIA 3AA3A 4KTWA 1TL3A 1WSIA 3NGIA 4KHYA 3U3YA 1RNHA 3T1AA 1XC9A 2DFEA 2GV9A 3C6TA 3LP0A 4OJRA 3QEIA 1U47A 4DQIA 4CK2A 1A5WA 1FKPA 2O4IA 1VRTA 4KHQA 4N76A 1VSDA 4C8OA 3NGYA 4H4OA 2Y1JA 4O5BA 3TAQA 1R0AA 1NKEA 4Z4CA 3OVNA 3L2UA 4N47A 2JGUA 4E3SA 4HCBA 4Y1DA 1SL0A 1LV5A 3NBPA 4DF8A 4FLVA 1RDCA 1HYZA 4KI6A 1S1XA 3B6OA 3TANA 1TK5A 2EHGA 3HP9A 1S1UA 3G10A 2W42A 3LZJA 4FCYA 4FLYA 1I39A 3MAQA 1T8EA 2YKMA 3HK2A 3EY1A 3T19A 3SPYA 3ZSVA 4BDYA 1QSSA 2IAJA 2HHWA 3VA0A 4FK0A 3K2PA 3V1OA 3SV3A 3EYZA 3SJJA 1KLNA 4O4GA 3CFOA 4FLXA 4AHTA 2IOCA 1HJRA 1QS4A 1XHXA 4JLHA 4O0JA 5HRPA 3C94A 4NYFA 3QESA 4W5TA 3K5MA 1VSLA 1KLMA 4C8MA 2YNHA 1HYVA 2XO7A 3DOLA 3ZSQA 3QLHA 2PY5A 1VSHA 5J2QA 4OKEA 2F8TA 3AVHA 5E41A 4UQGA 3RTVA 4IBNA 3AVAA 1IKWA 4DWIA 3OYCA 4CJWA 3JYTA 1ZBIA 3NE6A 3K5LA 1RBTA 4BWMA 4F2RA 1Q9XA 4B9TA 2ATQA 3L2VA 1QE1A 3WNFA 4HVJA 3SUQA 4KKOA 3U6FA 3KTQA 2VG7A 3AVNA 1GOBA 2FBVA 1N6QA 3DLRA 2IGIA 3SQ1A 2PYLA 3PO4A 3M8PA 3QETA 3KLIA 3AVIA 3THVA 3BGRA 3MXMA 4C8LA 4IDKA 1BIUA 3V9SA 1CLQA 4B9LA 3HL8A 1FKOA 2Z1JA 3DLBA 3QEXA 3F73A 3K59A 1WSFA 1BGXT 1EP4A 4IKFA 1Y97A 3OYKA 1UA0A 1U48A 3I0SA 2G8WA 3KLHA 2BANA 5HBMA 3ZT3A 4KHNA 4Z4FA 4GVMA 1C6VA 3QO9A 4CEFA 2KFZA 5CZ2A 4CGJA 4DTJA 1HYSA 4FLWA 1JLBA 2XY6A 1LW2A 1C1BA 5C42A 2HHSA 1RBUA 1RDBA 1DLOA 2P51A 2OPQA 1ZYQA 1EX4A 3ASMA 3QEWA 1WNSA 4DS5A 4CGGA 3TAMA 4BACA 3SQ2A 1BL3A 2YHAA 3KLEA 1NK4A 2KW4A 4NCAA 4CFCA 4AHVA 1EETA 4CHZA 5I3UA 4CCHA 4M45A 4B9MA 1J5OA 4J2EA 2D0CA 3ZSYA 5CYQA 4FLTA 5HLFA 4DQPA 3OYJA 3O4NA 4NYNA 1WN7A 4I9LA 3AO4A 3TAEA 1JKHA 3ITHA 3ZCMA 4M3XA 3O3HA 2WONA 3LAKA 4C8NA 3MEEA 3VQAA 2HMIA 4OGCA 3KK3A 1ASUA 4FM0A 4RW9A 4KTZA 4RW7A 3SYZA 4QOZB 1S1WA 1NJZA 3IS9A 3KLGA 1HRHA 4M42A 3L2RA 2ITGA 1NJXA 1VSKA 2LSNA 1X9SA 2Q3SA 4FK4A 1JLEA 1NJWA 3V1QA 3VQ6A 2OZSA 3TWHA 3KIOA 3JSMA 3VQCA 1KFDA 2HB5A 1TK8A 3CFRA 1B9DA 3DLGA 4CGHA 3PY8A 1D9DA 4CJPA 3OYBA 1C0MA 4J2BA 5J2MA 4Z4IA 4RW6A 5KGXA 3M8RA 1REVA 3QIOA 1JXEA 2RKIA 1TGOA 3G0ZA 1WSHA 3VQ9A 3QERA 4KI4A 4BDZA 1BHLA 1SV5A 2GUIA 3HPHA 4WE1A 2PZSA 4NCBA 1L3TA 4DS4A 1RTIA 4IFYA 5KRSA 4DMNA 3ISNC 3CG7A 1XI1A 3D45A 1J9AA 4CF9A 3OYHA 3VA3A 4FJKA 4PY5A 2HHQA 3DI6A 2X6NA 4E7JA 5CZ1A 2ZD1A 5HRNA 3KD1E 1XHZA 4AH9A 3V81A 2HNDA 3L2QA 4CJ3A 1HNIA 4DFKA 3SUPA 1W9HA 1C0TA 3NF9A 4J2DA 2QKKA 1WSJA 3LDSA 2A1SA 4CFBA 4DSKA 3DRRA 1VSEA 4CK1A 1B92A 4LD0A 3NFAA 4K8ZA 1EKEA 1VRUA 4KFBA 1UWBA 4CEQA 4BDPA 4Z4EA 2F8SA 1L3UA 3TAGA 3A2FA 5KI6A 3AVLA 1FK9A 4CJUA 1LAWA 3NCIA 3ZT0A 2P1JA 3L3VA 4CEAA 3OYAA 1NK5A 4DG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZHA 2BUPA 2X74A 3AA2A 3TR8A 1KVCA 4IZ9A 4NB4A 3SCXA 3CCLN 1NGBA 1NOZA 4IJAA 1N33K 3A5NC 1RDAA 4O55A 3A5OC 4FPBA 3HBTA 1GLEG 1JLAA 2QTDA 2G8VA 2V7ZA 4O44A 5JVGL 1ZBHA 5FROA 2BDPA 5BN9A 2UU9K 4OLBA 2HBKA 3TU5A 5JLFA 3KJVA 3CMAN 3CYMA 1RFQA 3BZCA 1KVBA 1S9EA 4H0OA 5AQXA 4TSXA 1YVUA 3SAGA 3I56N 3MN6A 4DR7K 4H5WA 4Z4GA 1KVAA 3FZKA 3HJFA 3J7ZO 1JL1A 4AHUA 2VQFK 3G25A 4FXDA 4CF8A 4LH4A 3D6RA 3LALA 3CQ8A 4DV2K 1R59O 1KRPA 5AFUA 1NGDA 3C95A 3O80A 1HMVA 3QICA 4ID5A 1QQCA 1Z6RA 5AZIB 1QQMA 3T3FA 1NK0A 5SWMA 3RMBA 4M3UA 3DMJA 1XMOK 3T1YK 4BRGA 4ISFA 4GV9A 3F2KA 4CZLA 1N36K 1RT3A 1Q81O 2Z1IA 3BF3A 4LSLA 1CZBA 4B1YB 5AZJA 4JI8K 4IXCA 3MEDA 3AV9A 4W5RA 4FJNA 2HHTA 4FJJA 3ZX3A 1NNEA 2O8DA 4QS8A 1U4BA 1MA9B 4B9SA 4NCGA 4K0KK 4RW8A 5AQHA 4OVLA 5FPDA 3LP3A 4FJ9A 4I9QA 4JI7K 3J8AA 4B9NA 3ZSOA 5AQNA 4CFAA 2RN2A 2CGKA 3OS1A 5AQTA 5DMRA 1SL1A 1A5VA 4E7IA 4W5NA 4JI0K 4JD2B 3CJBA 2Z1GA 1TUYA 2YKNA 5BREA 3CC4N 2FC0A 2HW3A 2QI2A 3NH1A 2QKBA 4CGDA 2NNWA 4DR2K 3R6MA 3LDOA 4FJ7A 1KC8O 1NGEA 2NRTA 5CYMA 2RF2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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