4B8CA

Nuclease module of the yeast ccr4-not complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
280
structure length
267
Chain Sequence
PIFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARPIGTFRSKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLELLRKSGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
molecule tags Hydrolase/cell cycle
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 85
structure length 267
sequence length 280
chains with identical sequence C, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8cA00
1LW2A 4DU1A 4DWIA 2QKBA 5FROA 2FBXA 1VRUA 4F3OA 4FJ5A 4O55A 4DTNA 3TANA 3LWMA 3OYLA 3NCIA 4FW1A 3HM9A 1ASUA 3V1QA 1RT1A 4JLHA 2KZZA 1ZBLA 5HBMA 4BDPA 4DQQA 2HHTA 3PX4A 4DFJA 1C1CA 4O5BA 4AHUA 5HLFA 1K6YA 3L8BA 3LDSA 3KD1E 3EY1A 4FJIA 4DSEA 1X9MA 1T7PA 1TKZA 3MXIA 4OLAA 4NYFA 4FJKA 1C0UA 1TV6A 4CE9A 1T03A 1RCHA 2YV0X 1QSSA 2YNGA 2HHWA 3HVTA 1BIZA 3RRGA 2FC0A 1UA0A 1L3UA 1EX4A 4KI6A 3PX0A 3AVKA 2G8VA 3OVNA 5JS1A 4BE1A 2RKIA 1LWFA 4OGEA 4CJUA 3AO1A 3AVGA 4EP4A 3CG7A 2G8IA 5E41A 2KFNA 4CF0A 4DTRA 4K8ZA 1SKRA 3AVFA 4CJFA 3VQEA 1NOYA 2KFZA 3SPZA 2BGGA 1FKPA 5FRMA 4CGDA 3P83D 1O1WA 3VQDA 3BGRA 5J2PA 4Z4FA 2FBVA 1ZBFA 1IKYA 1VSLA 2P5GA 1XWLA 3L3UA 1DTQA 1KTQA 3VQ7A 4B9NA 4DG1A 5C25A 3RR8A 5D3GA 1W0HA 2XY5A 4IFVA 1A5WA 4BWJA 4NCGA 1L3TA 4DTXA 3S9HA 5CYMA 1JLBA 2O4GA 3AVLA 2HHVA 1VSHA 4M3UA 1Q9YA 4F8RA 1JLAA 4DSKA 3M8PA 3TI0A 3HYFA 1XHXA 5FDLA 3ZSZA 4JS5A 4FLYA 1T8EA 1RNHA 2KW4A 3F73A 3AVNA 3AO2A 3VQ8A 3M8SA 4RW8A 3O4NA 5CYQA 4DQRA 4ELUA 4Q0BA 2Y1IA 2BE2A 1BL3A 3SZ2A 2QKKA 3NGIA 4M42A 2IC3A 1X1PA 2I5JA 5DMRA 4O0JA 4CHNA 3ULDA 4DQSA 1WSJA 1WSFA 2G8UA 1Y97A 4DFMA 4CGFA 3DYAA 4FVMA 1IKWA 3RMBA 1HYSA 3DRPA 3TABA 4CJVA 3LPTA 2HB5A 1NK6A 3NH0A 2IS3A 3OS1A 3V1OA 3VQPA 4NYNA 4C8OA 4DQPA 1B9DA 1TVRA 4NCBA 1LWCA 3QINA 4FLUA 1ZBIA 1Z26A 3ZCMA 3RMAA 4JS4A 2ZD1A 4B8AB 5C24A 3TARA 3AVBA 1S1XA 1FK9A 2D0BA 3JYTA 1R0AA 2LSNA 3AVCA 3U6FA 5I42A 2G8WA 4HUGA 3V6DA 2OA8A 4HCCA 3T1AA 2GUIA 2QK9A 3DRRA 3OYFA 5CY4A 3O3FA 3PO4A 2IOCA 1VSEA 3OY9A 4PWDA 3P5JA 4ELTA 3O3GA 3MXJA 1HJRA 4DLEA 4KHWA 3I0RA 4QAGA 3VQ6A 4PA1A 4F2RA 3ZSXA 1I3AA 4KREA 4B9SA 3ZT4A 4CJEA 1NK4A 4M3RA 1KFSA 3SV3A 2HHXA 4CHPA 1DLOA 3KD5E 1NKCA 4Z4CA 3LANA 4LSNA 1A5VA 3PO5A 4HCBA 1J54A 1LWEA 3SYZA 3CM5A 3KKRA 2HHSA 1X9SA 1VRTA 3KLEA 2HNZA 3KK2A 4H4OA 3CQ8A 4AHRA 2DFEA 1VSKA 2X6NA 4FJLA 1QE1A 1WSGA 3QEPA 3OYJA 3SUPA 3LALA 4FJNA 1KLMA 1TL1A 4N76A 4RG8A 1BGXT 4CJTA 2XHBA 3QLHA 1L3SA 3AVJA 3T3FA 1CXUA 3NDKA 5K14A 5HROA 4I9QA 1NOZA 3ZSWA 1KRPA 2E6LA 3AA2A 4AHVA 5HRSA 2F8SA 1FXXA 3SQ0A 3SQ4A 3VQAA 3AV9A 2OPQA 4ID5A 3OYBA 4E7IA 2F8TA 3E01A 1RT2A 1SUQA 5KRTA 4AILC 3PV8A 1SKWA 1SL2A 4FJXA 4RW7A 2A1SA 3RTVA 2DY4A 2XRIA 4CESA 4E7JA 3OYGA 1VK0A 4FLTA 1U48A 3OYMA 4BE2A 3OYCA 4E0DA 4Z4GA 2WONA 4CJRA 2QXFA 3HL8A 2W42A 4DTPA 1C0MA 3MEDA 3K5LA 3LP0A 4M3TA 1ASWA 1C1AA 4J2AA 4FK4A 4FW2A 4RW6A 3C6TA 4BACA 4B9UA 1UA1A 4KTWA 3NF9A 2RPIA 1NJWA 4IBNA 3KLGA 1TKDA 4CCHA 3V9ZA 1REVA 3K59A 3BDPA 4KV8A 2HNDA 3QNNA 1L5UA 1JXBA 3LP1A 4JRQA 1KFDA 3SUOA 4KO0A 1VSFA 4Z4HA 4FM2A 3AO5A 4CIEA 3NHGA 2OYQA 3NBPA 3C94A 3V9WA 3DOLA 4E7HA 4DU4A 1WN7A 4CJPA 3V9UA 1BI4A 1JLCA 2Z1JA 3ITHA 3QO9A 3CFOA 4ZTFA 4LY7A 4J2BA 1D5AA 4UQGA 2P1JA 1S6QA 4W5OA 4DF4A 5KGXA 3NF8A 2D0CA 1F21A 3SQ1A 2HVIA 3KTQA 1S9GA 1VSJA 4GW6A 3SUNA 4E89A 4N56A 5KI6A 4O0IA 3OYHA 2G8FA 2Z1GA 4FLXA 4FK2A 3ASMA 1D9FA 1WLJA 2F96A 3AO3A 1JLEA 1BCMA 4LD0A 4I2PA 4ZHRA 4CGGA 3K2PA 4DS4A 4CEDA 3IAYA 1CLQA 2YNIA 3PX6A 4Z4IA 2YKMA 1RDAA 3KLFA 1QSLA 2AJQA 5J2QA 5HRPA 1IO2A 3V81A 4ICLA 4Q5VA 4KHNA 4B9VA 3OJUA 2XY8A 1RTJA 2VWKA 3AA3A 3OYDA 4J2EA 4Z4EA 4CGJA 1BI4B 4CJWA 3TAMA 2HMIA 1NK5A 3TAQA 1HQUA 1WAFA 2OPRA 2Z1IA 4H8KA 4CFCA 1KVAA 4HHTA 4DLGA 2FBYA 3ZT3A 1IKVA 1WSIA 2Y1JA 1IKXA 4FJ7A 3S3NA 3TAPA 1BCOA 3U3YA 4K8XA 4KKOA 1NK0A 3FFIA 3QIOA 4CJ3A 3SUQA 3MXMA 1A5XA 4PQUA 4BE0A 2BDPA 4B9MA 1QHTA 4MQ3A 5HP1A 1RBSA 3NF7A 4BDYA 3QEXA 4PY5A 5SWMA 4EZ6A 1EETA 1UOCA 4LSLA 1LV5A 4CIFA 1RDDA 3PUFA 4FM1A 2ATQA 1TK0A 4OPKA 2JLEA 3SJJA 3RMCA 4FLWA 4IKFA 4CHOA 2XY7A 2KZMA 4W5TA 2D0AA 3CM6A 1JLGA 3WNEA 3RWUA 1J5OA 4M3WA 2VG7A 4KPYA 3MECA 3AVHA 4OGCA 4DSLA 1TGOA 3DLBA 1DTTA 2XY6A 1KVBA 3I0SA 3CFRA 2ITGA 4DMNA 4LH4A 3B6PA 3OS0A 3QERA 4HTUA 4CFAA 1RBTA 4KAZA 3O3HA 1GOAA 3KKSA 2X78A 3ZSOA 3QIPA 3QEVA 4QCLA 1RT6A 4CF1A 4CJ4A 1CZ9A 4M3ZA 3HP6A 4G1QA 4C8NA 1NK9A 1LW0A 3V4IA 1C0TA 4B9TA 4DTJA 4GMJB 4I7FA 4CHYA 2P51A 4E7KA 1SKSA 3ZT2A 4EP5A 4KTZA 1TKTA 1ZBUA 1Z25A 4YFUA 4DSIA 2KTQA 3HPOA 1TAUA 1NKBA 4FLVA 1JLQA 1D9DA 1WNSA 1BQNA 3ALYA 3THVA 4OKJA 1NKEA 3VQQA 1HYVA 4CHQA 4N41A 4XIUA 1TKXA 4FM0A 4CEEA 1SV5A 4E1MA 3KLHA 4FZXC 4KHYA 1QSYA 5KTQA 4Y1CA 4H4MA 1XI1A 3LZJA 2ZE2A 4CK1A 2HVHA 4CEQA 1IH7A 3V9SA 4FCYA 1U49A 3KK3A 1EP4A 4DTUA 1B9FA 1RTIA 4OVLA 3HK2A 4FK0A 4CJKA 2Q3SA 3DOKA 1KVCA 1YVUA 3ISNC 1ASVA 4CEAA 4DTMA 4KI4A 3HO1A 1FKOA 3DMJA 2PZSA 4FJMA 1JL1A 3UIQA 2GBZA 2O4IA 3QEWA 4B9LA 1GOCA 4DS5A 3DI6A 2G8KA 1D8YA 1S1VA 4CK2A 3HSTB 1RDCA 1BQMA 2B4JA 4B08A 3NGYA 1LAWA 3QETA 4F3TA 2EHGA 2WOMA 1YT3A 5I3UA 4DF8A 1U04A 3WNGA 3LP2A 1N6QA 4M3YA 1ZBHA 2B5JA 4W5NA 3F9KA 1LAVA 4DQIA 1UAXA 1RBUA 1EXQA 1HYZA 4PUOA 5C42A 1YTAA 1B92A 3QESA 4C8LA 1HRHA 1WSHA 1NJXA 3TR8A 4W5QA 4HVJA 3HPHA 1HNVA 4GVMA 4BWMA 3SV4A 3NGZA 1C6VA 4Z0UA 4DFKA 3L2RA 4O4GA 5J2NA 1KLNA 4ID1A 3WNHA 1XC9A 4OKKA 1U47A 1RDBA 4N5SA 3L2WA 2IDOA 3D0PA 1S9EA 4AHCA 1WAJA 4YNQA 1VSDA 3HP9A 3IG1A 3MEEA 2E4LA 4IG3A 3HT3A 2E6MA 1RTDA 3KK1A 1Q8IA 4HUEA 3C95A 1T05A 1L3VA 3D45A 4FYDA 4DU3A 1YTUA 1MU2A 3A2FA 3OJSA 1RBRA 3VA3A 2DFFA 4AHTA 5CZ2A 1XHZA 1BIUA 4OKEA 4NCAA 1RT7A 3SQ2A 2YNFA 2IGIA 3OYAA 3S3MA 1CZBA 3S3OA 4E19A 4Y1DA 4W5RA 3SPYA 4KHSA 2RN2A 2JGUA 1S1WA 3AA4A 3DLEA 3LAMA 4FZZA 2IAJA 4OJRA 4N47A 4C8MA 1W9HA 2YKNA 3I8DA 3K5MA 1HMVA 1S1TA 3B6OA 3C6UA 3ZT0A 3JSMA 3TAGA 1U45A 4M3XA 4CFDA 2HNYA 3G0ZA 3L2UA 3KJVA 1S5JA 1ITGA 5J1EA 3L3VA 1GOBA 4FJ8A 3AA5X 3IRXA 2FBTA 2VWJA 3SI6A 1JKHA 2Z1HA 4CF9A 3AVMA 3ZSRA 3CYMA 3U3GA 2VG5A 2DTUA 4KHUA 3L2VA 1BHLA 1I39A 3ZSQA 4I2QA 5KGWA 3CFPA 4E3SA 5J2MA 4ELVA 3DLKA 2HHQA 1TAQA 1SL1A 4B8CA 2OPPA 3K58A 4DTSA 2PYJA 4RW4A 3VQ4A 4C8KA 3MAQA 1VSIA 4CK3A 1NK8A 3PY8A 4KB0A 3RR7A 4CGHA 4MFBA 3M8RA 3AVIA 4E7LA 5DK5A 4CIGA 2YHAA 5HRNA 4CJLA 3QNOA 4QOZB 1QQCA 4CJSA 4OPJA 4J2DA 3M8QA 3LP3A 3MEGA 3VA0A 1HNIA 4AH9A 2XO7A 1NJYA 4CEZA 1J9AA 1TL3A 4RW9A 4DSJA 1JL2A 3EYZA 3EZ5A 4IG0A 4I9LA 3DRSA 5KRSA 3KLIA 3HJFA 3LPUA 2BANA 5CZ1A 1WSEA 4LH5A 4CGIA 4CFBA 5T7BA 3NH1A 4KRFA 3V1RA 2ZQBA 4KHQA 1CXQA 4E1NA 5FRNA 3OYKA 3NH2A 3K5OA 3WNFA 1J53A 3TAFA 4TSXA 4KFBA 3VQBA 4CEOA 4FZYA 3LWLA 1ZYQA 3DLGA 5EU7A 4CEFA 4KB1A 4M45A 3L2QA 1BISA 2YHBA 1UWBA 1VSMA 3NFAA 3RMDA 1QS4A 1SL0A 3T19A 4O44A 5SZTA 2HW3A 2X6SA 3VQ5A 3HPGA 5HRRA 4IFYA 3VQ9A 3RRHA 1S1UA 1JXEA 2EX3A 3KIOA 1TK5A 4FJ9A 2DFHA 4CERA 3ZT1A 1RTHA 5JS2A 4CEBA 4CF2A 4CJ5A 4ZTJA 3DLHA 1U4BA 3TWHA 1RT5A 3ZSYA 2G8HA 2KQ2A 3LAKA 3NE6A 3LZIA 4IDKA 2PYLA 4JRPA 1RT4A 2NUBA 3P1GA 2YNHA 1EKEA 4BDZA 1C1BA 1RT3A 4L8RB 4F2SA 3SCXA 4CJQA 4FXDA 4F4KA 4DFPA 3NAEA 3AO4A 3ZSVA 1KSPA 3HVRA 1RBVA 3IS9A 2VG6A 1X9WA 4EZ9A 3TAEA 4FLZA 3VQCA 4B3OA 2B6AA 4KTQA 1G15A 2GV9A 2D5RA 3OYIA 1KCFA 2OZSA 3OYNA 4FJGA 3NF6A 2OPSA 2RF2A 3G10A 3K57A 1N5YA 3QEIA 4DSFA 2PY5A 4FJJA 4CF8A 4FJHA 4WE1A 3VN5A 1HQEA 4AHSA 4CECA 3HXMA 3K5NA 3H08A 1JLFA 4R5PA 1IG9A 1TK8A 1S6PA 2A1RA 4DTOA 1HPZA 2X74A 3DLRA 1NJZA 2HHUA 3SNNA 3DM2A 3O4QA 3OYEA 2OZMA 3V9XA 2R7YA 3OS2A 1RILA 2ETJA 4M41A 2P5OA 1NK7A 3AVAA 4OLBA 4CHZA 1QTMA 1Q9XA 4HUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU1A 4V19S 2QKBA 4O55A 3NVKA 3THYB 3FZFA 5DM6L 4CW7B 4OO1J 3HM9A 1TUYA 4CZJA 2KZZA 2E2OA 4BDPA 5HBMA 2HHTA 3PX4A 4DFJA 2O8FB 3G6EN 4AHUA 4M7XA 4MO4A 1T7PA 4OLAA 4FOIA 4FJKA 1C0UA 1T03A 1RCHA 1YVNA 2HHWA 3RRGA 2FC0A 1L3UA 1EX4A 4KI6A 1HR0K 4FOEA 4OGEA 3AO1A 3CG7A 5M1KA 5BRFA 2G8IA 4CF0A 1D4XA 3VOVA 4CJFA 2Q0RA 3F2KA 3KWIA 4IDHA 4B1UB 3SPZA 2E1ZA 3ATUA 2BGGA 2PAVA 1O1WA 1BO5O 3D7EO 1XWLA 3VQ7A 4BY9C 4YY3K 4IFVA 4DTXA 3NMUA 1JLBA 2P9SB 4XH1A 4M3UA 4YHHK 4F8RA 1JLAA 2P9PA 1HNXK 3TI0A 3HYFA 3N4QA 5FDLA 4H0YB 1T8EA 1RNHA 1T3VA 2NRXA 5DMRA 2I7NA 4CHNA 3ULDA 4DQSA 1WSFA 1Q86O 1IG8A 1P8ZA 2ZGYA 4CGFA 3DYAA 4FVMA 3H1VX 4WQ4A 1M90O 3DRPA 2UU9K 1RDUA 1X3MA 3VQPA 1B9DA 1TVRA 3MCPA 3QINA 4WQ4C 4ILGB 4JS4A 5C15A 3AVBA 1S1XA 2Q1NA 1GLDG 4HCCA 3T1AA 5GINA 4A5BA 2QK9A 3I55N 4PWDA 3OY9A 3FZMA 4JKBA 4YDUA 1BA1A 4ELTA 3MXJA 1HJRA 4JKHA 5ELZA 4GV3A 4F2RA 1OKJA 4YDUC 4M3RA 3A5NC 1DLOA 4HCBA 1A5VA 1XUPO 3WXJA 3KKRA 5GAGP 3G25A 1X9SA 3KLEA 2HNZA 1YAGA 1VSKA 1WSGA 5IT9O 3SUPA 4N76A 4CJTA 2XHBA 3NDKA 4H03B 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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