4B8CA

Nuclease module of the yeast ccr4-not complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
280
structure length
267
Chain Sequence
PIFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARPIGTFRSKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLELLRKSGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/cell cycle
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
total genus 85
structure length 267
sequence length 280
chains with identical sequence C, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8cA00
4E0DA 1RNHA 4C8LA 4M3RA 3VN5A 2P5GA 1JLCA 3NF9A 1S5JA 1RTIA 4RW4A 4B08A 1JLGA 3AVKA 4Z4HA 4DTMA 1NKCA 3PO4A 3IS9A 1D5AA 3P1GA 3L3UA 4EZ9A 4QOZB 2OPRA 3AA2A 1O1WA 3QEXA 4KO0A 3HSTB 1D9DA 4Q0BA 3MEDA 2RKIA 1LWFA 1S1WA 4MQ3A 3DOKA 4RW6A 3OYHA 3DLHA 4KTZA 4Y1CA 4KHNA 2F96A 3K2PA 5I3UA 3K5LA 3A2FA 3SUPA 1I39A 4N47A 2PYJA 4B9LA 3DLEA 1TL1A 4BE0A 1A5VA 1RT2A 3G10A 4IBNA 3OYGA 4F2RA 1HQUA 3OJSA 2HNYA 2JLEA 4CJKA 1I3AA 4IKFA 4O0JA 3ZSQA 2IOCA 3SPYA 4FLXA 4B3OA 3L8BA 4CEZA 1XHXA 3V9SA 4DTRA 2HHVA 3SI6A 2QKBA 2HMIA 3KK3A 1T7PA 4ID1A 4DTXA 4DF8A 1A5WA 4OKJA 4CEDA 3QETA 1SKSA 1Z26A 4B9TA 4BDPA 1QS4A 1FKOA 4DSJA 2HVHA 4E3SA 3OS0A 1NOYA 3PX6A 4FW2A 1XHZA 1S9GA 5FDLA 3P83D 4RW9A 3ZSYA 4FK4A 1KFSA 1FXXA 1IH7A 3SQ0A 1J5OA 4BWMA 5E41A 1JLEA 1LW0A 3C95A 5HRRA 4FM1A 4FM2A 4FZXC 3QEVA 2HVIA 1NK4A 1WSIA 1L3SA 1SKRA 1TKTA 4DTJA 1UA0A 4NCGA 4JLHA 4CHPA 4DTOA 3AA4A 3M8RA 3O3FA 1RBTA 1C1BA 1KVBA 1BHLA 4IFYA 4B9MA 3QINA 4BE2A 1QTMA 2KFNA 3QEPA 3KLEA 2ZQBA 1NJYA 3AA5X 4CGFA 3F9KA 3SZ2A 1WLJA 2O4IA 4NYFA 5FRMA 4B8CA 4UQGA 1ASVA 4WE1A 5J2PA 4CJTA 3RMDA 2RPIA 3SQ1A 5CZ2A 3T1AA 4GMJB 4CGGA 5J2NA 3ZCMA 4DSFA 2HW3A 1TKZA 3PX0A 5KRSA 3QEIA 4Z4GA 1JKHA 2DFFA 3RMAA 4FW1A 3LP2A 3JYTA 4CESA 3SUNA 1SL1A 3T3FA 4I2QA 2G8VA 4FYDA 3L2RA 2WONA 1ASUA 4FJ9A 4Q5VA 3AV9A 1J54A 2YNFA 1BGXT 3KJVA 3UIQA 3MEGA 4F4KA 4F8RA 4PWDA 3IRXA 2HHSA 3TI0A 4DMNA 3L3VA 3NF7A 1JLFA 2E6LA 1SL0A 5KI6A 3AA3A 3S3MA 4AHRA 1DTQA 4CHOA 2ETJA 3QESA 3OVNA 5CYMA 4DFPA 4CJ5A 1Q9XA 4RW8A 3ZSZA 4CFBA 1NK0A 3IAYA 1ZBHA 4CGDA 4IG3A 4LH4A 4OGCA 1ZBFA 1ITGA 3NDKA 3OYDA 4M3XA 3AVBA 4BWJA 3DRSA 1TAUA 1NKBA 5JS1A 1WSHA 2WOMA 4GVMA 4DS4A 4FZYA 3AVCA 3HPGA 3DLRA 3RRGA 4HUEA 1ASWA 1KFDA 3KKSA 3KK1A 1RBUA 4QAGA 1JL2A 1IO2A 3OJUA 4BDYA 3ZT2A 5HRNA 2OPPA 1TK8A 4C8OA 4AILC 1KVCA 1HNVA 2KW4A 2OPSA 1RDAA 1TGOA 4KTWA 1TV6A 1CZ9A 4CJWA 4EP4A 1LAVA 1VSJA 4ZTFA 1BISA 4CIFA 5J1EA 1NK5A 1WSGA 4CHYA 4BE1A 3LP1A 3IG1A 2PY5A 1JLAA 5KGWA 3OYAA 3VQPA 1NJZA 1C0TA 5JS2A 1U49A 4CJUA 1WAFA 4AHVA 3OYMA 3S3OA 1K6YA 1S9EA 2VWKA 4ID5A 3U3GA 1QQCA 4XIUA 4E89A 4JS4A 1BIUA 3TAEA 4Z4CA 4OJRA 2RN2A 1HMVA 3RR8A 3LZIA 3V81A 4OPJA 3QNNA 1NK7A 1T8EA 1WN7A 3ULDA 4TSXA 3HPHA 1KTQA 1Z25A 1KSPA 3B6OA 1N5YA 4E7JA 1KRPA 1T05A 3HYFA 3PUFA 3EYZA 2D5RA 2XY8A 4AHUA 5KGXA 3CFOA 4HVJA 3V6DA 2DY4A 4CJLA 2Z1IA 2P51A 2DFHA 4FCYA 5K14A 2GUIA 2G8WA 4W5TA 3HPOA 3K5MA 3NCIA 2HB5A 1VSEA 4W5RA 4IG0A 2Y1JA 4DTPA 1VSMA 3SPZA 2FBXA 4KI4A 4L8RB 2PZSA 4DU1A 4ELVA 3AVAA 4Z0UA 4KHQA 4DS5A 3VQEA 4CF8A 1QHTA 4BACA 3VA3A 4DQQA 5EU7A 1EX4A 1B92A 1HYZA 3TABA 4DFMA 3ZT0A 4DTUA 1RBSA 1A5XA 2BE2A 2D0CA 2FBYA 4C8KA 4FJ8A 3G0ZA 1LWEA 1RBRA 4CERA 5CZ1A 5C42A 3OYCA 3QO9A 1NK6A 2HHUA 2YNHA 3O3GA 3QLHA 3DI6A 4FJNA 4E7HA 3V9XA 4B9SA 4DU4A 4OGEA 4CJPA 4FLTA 1Q9YA 1VSKA 5HBMA 1B9DA 4O4GA 3KTQA 4FJJA 5I42A 1FK9A 3I8DA 2NUBA 2ZE2A 4FJIA 3LP3A 2RF2A 2G8IA 4CEOA 3C6TA 2XY5A 3HK2A 2IC3A 4KREA 2YNIA 4CF0A 4CIEA 5HROA 3TAQA 3TARA 3ZSOA 3PY8A 4HUFA 2B5JA 3OYKA 3THVA 3S9HA 3O4NA 3DRPA 5T7BA 3TAGA 3VQ7A 3EZ5A 1KCFA 3RRHA 4DQIA 4DSLA 4MFBA 4E7KA 4DTSA 2Y1IA 2QK9A 3HT3A 4I9LA 3MAQA 1RDCA 4CEBA 3HVRA 2G8FA 1IKYA 3PV8A 1GOBA 3DLGA 4DTNA 2D0AA 1QSSA 1VSIA 3VQ9A 1WNSA 3OYBA 4FVMA 4N56A 3ZT4A 1NK8A 4Z4IA 4ELTA 1VRUA 4CEEA 3LPUA 3MXIA 3AO1A 4N76A 2A1RA 1QSLA 3RR7A 4OPKA 3U6FA 3DLBA 4QCLA 4R5PA 1NOZA 3LP0A 1HQEA 4CK1A 2VG5A 3HM9A 1C6VA 4HHTA 1HNIA 1TL3A 3TAMA 3AO2A 1RDBA 4O55A 4CFCA 3K57A 4FJKA 1KVAA 4W5NA 1S6QA 4PA1A 1SV5A 4F3TA 1L3UA 3NH1A 4E1NA 5SZTA 4NCAA 4KFBA 4FJXA 1REVA 4M42A 3V1RA 1MU2A 3WNHA 3VQAA 4ELUA 3VQDA 4N41A 2A1SA 1GOAA 1CXUA 3FFIA 4DG1A 4YFUA 4BDZA 4J2DA 2AJQA 3SCXA 5SWMA 1BI4B 1BI4A 1RCHA 1EP4A 3ZSXA 1XI1A 3AO5A 3NHGA 4DSKA 3BDPA 2Z1JA 3OYLA 3DM2A 4ZTJA 2OA8A 3K5OA 4E7IA 3OYJA 3TANA 1GOCA 3AVNA 4FJMA 3NGZA 2VG6A 3DOLA 4LD0A 3TR8A 4CJQA 5D3GA 5FRNA 3K5NA 4CJ3A 4FK0A 3KLFA 1Q8IA 1L3VA 1S1UA 3B6PA 4PY5A 3KIOA 2R7YA 1C1CA 1RBVA 1HRHA 4CHNA 1U47A 1R0AA 3VQ4A 1RT5A 1HYSA 3NAEA 1RT3A 3SUQA 1VSHA 2Z1HA 4YNQA 2KZMA 3CM5A 1IKVA 5C25A 2BGGA 3WNGA 1QE1A 1U04A 3VQQA 4KTQA 4AHCA 4CJFA 3CFRA 3HXMA 3BGRA 4J2EA 2ZD1A 1VSDA 4FLVA 3CFPA 1YT3A 1BQMA 1S1VA 1EKEA 1JXBA 3DYAA 4CF2A 3V4IA 2OYQA 4B9NA 4B9UA 1EXQA 3DLKA 4K8XA 3NFAA 1JXEA 2E4LA 4KRFA 1RILA 3CG7A 4FJLA 2GV9A 2XHBA 3CM6A 4NYNA 3HP9A 3RMBA 2HHXA 4M45A 1XWLA 1WSEA 2E6MA 3HP6A 3TWHA 4FJGA 2VWJA 4CF1A 1TVRA 2FBTA 4O44A 4OKEA 3SV3A 4CIGA 3NH0A 4DWIA 1RTHA 3NF6A 1ZYQA 4M3ZA 1G15A 1YVUA 4KV8A 4W5QA 4KB0A 3LAMA 1VK0A 3K59A 4FXDA 3LDSA 4IFVA 4KKOA 4J2BA 4Z4EA 1WSJA 4OKKA 1VRTA 4KHUA 3V9UA 4OLAA 3O3HA 4E19A 4B8AB 1XC9A 3NF8A 3LWLA 4KHYA 4DQSA 1RT4A 1HJRA 4EP5A 3AVJA 1C0MA 4H8KA 5J2QA 2YV0X 3HL8A 1ZBIA 3NGIA 2EX3A 1VSLA 4FLWA 1ZBLA 2HHQA 3WNEA 3MECA 2KFZA 3AVMA 1YTUA 3NBPA 3RWUA 1N6QA 3HO1A 4CFDA 5HLFA 2G8UA 3L2QA 1T03A 4I7FA 4Y1DA 3QIPA 4KAZA 1BCOA 4M3YA 3H08A 4KB1A 3V1OA 3ZT1A 3VQ6A 2X6SA 2XY6A 4PUOA 5DK5A 3L2VA 3HJFA 1JLQA 3RMCA 3OS2A 4KI6A 3OYNA 3ASMA 1BCMA 1BL3A 3KLGA 3V9ZA 4CF9A 3AVHA 4FJHA 4M3TA 5FROA 2DTUA 3ZSRA 1VSFA 1YTAA 2KTQA 4DQPA 3HVTA 3OY9A 3MXMA 4KHWA 3OS1A 5CY4A 3RTVA 1DTTA 1TAQA 3E01A 4HCCA 4KHSA 4E7LA 4FJ7A 3ZSWA 1W0HA 4O0IA 1L3TA 1JLBA 3LAKA 3JSMA 2G8HA 3KD1E 3KLIA 1L5UA 1HYVA 4DQRA 3M8QA 3DMJA 2IDOA 3V9WA 2YKNA 3ISNC 2YHBA 4OLBA 1J9AA 3LANA 3D0PA 3SQ2A 2Q3SA 4JS5A 1X9SA 3EY1A 3SQ4A 3VA0A 2IS3A 5KTQA 1IG9A 1EETA 2HHWA 2HNZA 3QIOA 2OPQA 3AVGA 4HTUA 1FKPA 1X9MA 2BDPA 3P5JA 4Z4FA 4CEQA 3QNOA 2DFEA 1X1PA 1KLMA 2ATQA 2YKMA 4CK3A 4AHTA 4JRPA 3SNNA 1SUQA 4I9QA 4FZZA 4F3OA 5HP1A 1TK5A 2QKKA 2XY7A 4C8MA 4M3UA 1U45A 1B9FA 3KKRA 1RT6A 4DSIA 3AVLA 4N5SA 4CJ4A 3NE6A 1SKWA 1C1AA 3DRRA 3QERA 1LV5A 4M3WA 1HPZA 1RDDA 3D45A 1IKWA 5HRSA 1Y97A 1LWCA 2EHGA 2I5JA 4DLEA 1BIZA 1WSFA 1NKEA 4GW6A 4RG8A 3PO5A 2PYLA 2BANA 4CJEA 3S3NA 2O4GA 1NK9A 4FK2A 1IKXA 2YHAA 4CHQA 2HNDA 3C94A 1WAJA 3OYFA 1S6PA 3AVIA 4I2PA 4IDKA 3AO4A 3LWMA 3MEEA 3V1QA 3PX4A 1SL2A 3AVFA 3AO3A 4O5BA 4CEFA 3KK2A 3M8PA 4CECA 4CJRA 4CJVA 1RT7A 1S1XA 3VQCA 4LSLA 5DMRA 3VQBA 2P1JA 2XRIA 4LY7A 4AH9A 2X6NA 4CK2A 1S1TA 1C0UA 2KQ2A 4LH5A 5CYQA 3WNFA 4CE9A 4CHZA 3TAFA 3LZJA 2X74A 3KLHA 4DFKA 1F21A 3I0RA 2B6AA 3O4QA 1X9WA 3CYMA 2GBZA 1W9HA 4DLGA 3M8SA 1TK0A 4J2AA 2KZZA 4FM0A 2LSNA 4KPYA 2JGUA 2G8KA 1KLNA 2YNGA 4CCHA 5KRTA 4EZ6A 5C24A 1CZBA 2IAJA 1UOCA 2QXFA 1JL1A 3ZSVA 4CFAA 4CGJA 1TKDA 3CQ8A 4PQUA 1QSYA 3NH2A 4JRQA 3QEWA 3VQ8A 4M41A 1BQNA 3LALA 1ZBUA 4E1MA 5J2MA 4HCBA 1CLQA 1NJXA 4DSEA 4CJSA 2Z1GA 2HHTA 4RW7A 4FLYA 1RTDA 4OVLA 4H4MA 1TKXA 4DU3A 1UWBA 3ALYA 4HUGA 4F2SA 1CXQA 1RT1A 1DLOA 3OYEA 1U48A 1D8YA 4W5OA 2F8SA 3L2UA 4ZHRA 2VG7A 1J53A 3ITHA 2B4JA 3L2WA 2P5OA 4FJ5A 3SYZA 3T19A 4DF4A 4NCBA 4H4OA 1NJWA 3ZT3A 2FBVA 4G1QA 4CGIA 1D9FA 2FC0A 3SJJA 4FLZA 2OZSA 3LPTA 3K58A 3F73A 2X78A 3I0SA 4LSNA 2ITGA 3NGYA 5HRPA 1LW2A 2XO7A 3U3YA 4FLUA 3TAPA 1U4BA 3KD5E 2OZMA 4ICLA 3MXJA 4DFJA 1UA1A 4CEAA 2D0BA 1UAXA 2W42A 2IGIA 4C8NA 4AHSA 4K8ZA 3SUOA 3VQ5A 4B9VA 3OYIA 3C6UA 2F8TA 3SV4A 1RTJA 4CGHA 1LAWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y64A 4O5FA 4M3RA 2P5GA 4G9ZA 1NKCA 1RTIA 1JLGA 4YOYA 4BC2A 1D5AA 3P1GA 4EZ9A 4QOZB 1V4SA 3AA2A 3VETA 3MEDA 5GAGP 3U9DA 1LWFA 4MQ3A 3OYHA 2A40A 4WYBA 2YHWA 2F96A 4N47A 4B9LA 3MK6A 1XNQK 4JKFA 3OYGA 1SAZA 3OJSA 1I3AA 4O0JA 1T6DA 3SPYA 3G25A 4B1UB 4JYAK 4DTRA 4BG9A 3SI6A 1IJJA 4I6MA 1T7PA 4ID1A 4DF8A 3OTOK 4OKJA 3QETA 1FKOA 1HKBA 5EY4A 1WBBA 3PX6A 4FW2A 1VHXA 4YDUA 1XHZA 5LJWA 1KFSA 3SQ0A 1J5OA 3C95A 4FM1A 2HVIA 5LMUK 4BC3A 2E5LK 4QS8A 1VQ5N 1HKGA 1UA0A 4CHPA 3UB5A 4CZFA 3M8RA 3VEYA 4LF4K 1BHLA 1BA1A 1QTMA 2KFNA 1NJYA 3AA5X 1WLJA 2OANA 4JD2A 1GLBG 4B8CA 4WE1A 5CZ2A 3MN6A 4CGGA 1YITN 2HW3A 5KRSA 3QEIA 2WFBA 3RMAA 3LP2A 4JI3K 4JKDA 1SL1A 3T3FA 4MO4A 4CBUA 1TYQB 3GE1A 3AV9A 2P9LA 3MEGA 2HHSA 3TI0A 4A59A 5GADP 3VEXA 5KQDA 1BDGA 2O8BB 2ETJA 1Q9XA 4CFBA 3CCUN 2HMPA 4CGDA 4IG3A 4OGCA 4PKGA 3OW2M 4BR2A 1TAUA 2YI1A 3ATUA 4BQZA 1WSHA 4FZYA 3AVCA 3HPGA 3DLRA 4HUEA 4ISGA 5CR4A 1YI2N 3OJUA 1JL2A 4IO8A 1ATSA 1J6ZA 5TKWA 4C8OA 4FSVA 4BRFA 4BRCA 2OPSA 1IV0A 4ZTFA 1HLUA 1WSGA 3S41A 4CHYA 4BY9C 3WEEB 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 4JAX A;  4N5S A;  2VQE K;  3DRR A;  4M3W A;  1RDD A;  2I5J A;  2EHG A;  3RSE B;  1KD1 O;  4RG8 A;  3UKR A;  4K41 A;  1T44 A;  3H1V X;  2PYL A;  2BAN A;  4FK2 A;  3S3N A;  2OTL N;  4CHQ A;  2YHA A;  1XMO K;  2HND A;  3OYF A;  4FWN A;  1S6P A;  4H0V B;  5AZJ B;  3AO3 A;  3KK2 A;  3ZET B;  4EAH D;  5JMV A;  5DMR A;  2W40 A;  4LSL A;  2X6N A;  4CK2 A;  3THY B;  3WNF A;  3O1B A;  3RVC A;  3EN9 A;  2X74 A;  3KLH A;  3I0R A;  2B6A A;  1X9W A;  1Z05 A;  3M8S A;  4J2A A;  2KZZ A;  2WTU A;  3CJB A;  4KPY A;  4EZ6 A;  4IZ9 A;  5GIO A;  3CQ8 A;  3NH2 A;  4M41 A;  4CZG A;  1ZBU A;  3MN9 A;  2HBK A;  3OHR A;  1K8K A;  2Z1G A;  2ZGZ A;  5BRF A;  1RTD A;  5KQ8 A;  3ALY A;  1D8Y A;  4ZHR A;  4CW7 B;  3T19 A;  1OVY A;  3DXK A;  4H5W A;  2OZS A;  3T1Y K;  2X78 A;  5HRP A;  2ITG A;  1MDU B;  3TAP A;  3H3O B;  2OZM A;  4DFJ A;  1NGC A;  1MWK A;  4B9V A;  2F8T A;  3DLB A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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