4B8CA

Nuclease module of the yeast ccr4-not complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
280
structure length
267
Chain Sequence
PIFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARPIGTFRSKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLELLRKSGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
molecule tags Hydrolase/cell cycle
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 85
structure length 267
sequence length 280
chains with identical sequence C, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8cA00
5J2QA 1O1WA 2G8IA 2R7YA 2A1SA 1RBVA 2YNGA 5KI6A 2E4LA 4CK1A 3O3GA 3QERA 4EZ6A 3DRSA 3HVRA 4FYDA 3KKSA 1TL1A 2IAJA 3OYGA 2Y1IA 1RBTA 4FJMA 3O3FA 3QNOA 3SV3A 3NE6A 3QEVA 1D9DA 1Q9YA 2Z1JA 1X9SA 4JS5A 4OGEA 1HPZA 3QEPA 4CEEA 1ASUA 4CFCA 1R0AA 1UA0A 2BANA 1T8EA 4Q5VA 4FM1A 2GV9A 4CJ5A 1RT2A 3VQBA 4DQSA 3NH2A 3RMBA 3LP1A 1A5VA 4CJUA 2Z1HA 2FC0A 3DLGA 4C8MA 5D3GA 3DLRA 3K5LA 4YFUA 1UWBA 2OA8A 4CGHA 3OVNA 1LAWA 1VSIA 2FBYA 3L2UA 3TR8A 1J9AA 2WONA 4E7IA 1N6QA 3HVTA 3SUOA 1VSHA 4AHCA 3VQ7A 1SL1A 5J2PA 4CF9A 1BI4B 3K5OA 2FBVA 3KD1E 2G8UA 3KJVA 3CM5A 4O44A 4JRPA 3TAGA 4GVMA 4M3YA 5CYMA 1HNIA 4DSLA 3DLEA 3LPTA 4KHUA 3NDKA 3VQDA 3KK1A 4N41A 1NK8A 1D9FA 3CQ8A 2KFZA 3ASMA 1ITGA 4QOZB 3PO4A 1IO2A 1SKWA 3TAMA 4C8KA 4FJGA 3AA2A 3MEDA 3V9WA 4F3TA 2KQ2A 1VRUA 3NH0A 3DRRA 3F73A 1RBUA 2D0CA 4CF1A 4H8KA 3HM9A 4E7HA 4Z4GA 3NAEA 1JLGA 4ZHRA 1VSMA 4CFAA 3DYAA 3KKRA 4CFBA 3NBPA 3MAQA 1NK9A 1BISA 1QHTA 3CFOA 4PY5A 1TAQA 1ZBHA 5E41A 5HLFA 5FRMA 1BCOA 4OLAA 3SQ2A 4FJLA 2XY6A 1WSHA 3QLHA 3NFAA 3O4NA 2XY8A 3ZSYA 1B92A 4DFPA 3TANA 2E6MA 3ITHA 2G8HA 2KZZA 3SQ4A 1NJZA 4N47A 4CEZA 3HT3A 4FJ5A 2HHTA 1VSLA 3QINA 1YT3A 1TK0A 4Z4CA 3S3OA 3MECA 3O3HA 4OPKA 2VWKA 4KHQA 4DSFA 4M3ZA 4DF4A 4PWDA 5C42A 2XO7A 2EHGA 1U04A 4L8RB 3AVHA 3ZSWA 1A5XA 1QQCA 2OPSA 3F9KA 4DF8A 4CE9A 4DSEA 1JLCA 4CJ4A 3QETA 1TVRA 1S1XA 1TKXA 1RDBA 3EYZA 2GBZA 1F21A 4OVLA 2RF2A 2VWJA 3TAFA 3SYZA 2HNYA 1GOAA 1TGOA 1S6PA 4I9LA 1HYSA 3U6FA 3AVCA 4OKEA 1L5UA 1KRPA 4CEDA 1MU2A 1NK4A 2OZMA 1WNSA 4KI4A 1S1UA 4DMNA 3L3VA 3U3YA 1LWCA 3VA0A 1Z26A 4I2QA 5SZTA 2HVHA 2FBTA 3CG7A 3EY1A 3HYFA 3SQ1A 4M42A 4I9QA 4FLXA 3S9HA 4FW2A 3M8SA 1KSPA 3OYNA 3ZSZA 1NKCA 4E1MA 2B6AA 1YVUA 3QO9A 4CCHA 3OYBA 4E89A 4FK2A 4KKOA 5HROA 4R5PA 4DTRA 5I3UA 1EKEA 2X6NA 4O4GA 4CESA 2QK9A 2P5GA 3L2WA 3TAPA 4W5RA 1LAVA 3HPHA 2JLEA 1T03A 5FROA 3LPUA 4CF2A 5CYQA 4ID1A 3MXIA 1ZBUA 2A1RA 3AVMA 3RMCA 4NCAA 2YHBA 2XHBA 2IC3A 2HHVA 1WSFA 3KK3A 1L3UA 1WN7A 4HVJA 1TKTA 3THVA 1BL3A 1VSKA 3L2RA 4DLGA 4CJQA 3PUFA 1HYZA 2I5JA 3NF8A 3S3MA 3PV8A 4CGDA 1L3SA 4DFJA 4ELVA 2F8TA 1QSYA 4CIGA 4DS5A 5KRTA 4DSKA 1IKVA 2XY7A 3B6PA 3SPYA 4DU4A 3NF7A 4CJPA 4E7LA 3V1QA 2B5JA 4EP4A 3VQ5A 3SI6A 3KK2A 3ZSRA 2LSNA 4AHTA 1KLMA 1S1TA 3DI6A 3OS1A 3VQAA 4FJIA 1JL2A 3U3GA 1C1AA 3HPGA 1DLOA 3QEIA 1JL1A 4M3XA 1C1CA 4KRFA 4FM0A 5EU7A 1LWEA 1LWFA 3TI0A 2DTUA 4FLWA 4DTNA 3DOLA 1RILA 2DFHA 2VG7A 4CEQA 4DTPA 1UOCA 5JS2A 2VG6A 1TV6A 3AA5X 5I42A 1RBRA 1C0TA 4ZTFA 1TKZA 4Y1DA 4DTSA 1IKYA 3PX6A 2PZSA 4Z4IA 4NYNA 5JS1A 5J2NA 2IS3A 1RT5A 3OS2A 1KVAA 1RDCA 2HMIA 1BHLA 1CLQA 2ZE2A 3LWLA 2HNZA 1RBSA 5C25A 3NGYA 2YNFA 2XRIA 1JLFA 2RPIA 3G0ZA 4BE2A 4CJFA 3AO3A 2DY4A 3ISNC 1RDAA 3HJFA 1RT1A 3SJJA 2O4GA 3KTQA 2P1JA 3AVJA 4ZTJA 1X9WA 3MXJA 4J2DA 2P5OA 2HNDA 4FZZA 3QEWA 4CF8A 4Z4HA 3WNGA 2DFFA 4IBNA 3ZSXA 2RN2A 2W42A 1BIUA 3LAKA 4ICLA 4E3SA 3SUNA 3NF6A 2Z1IA 4IFVA 3M8RA 4W5OA 4DS4A 1IKXA 4Z4EA 1HNVA 3RRHA 1SL0A 1Y97A 2IGIA 4E7JA 3OY9A 4DWIA 3OJSA 2KTQA 1HQUA 3AVNA 1CZ9A 1J53A 3AV9A 2HW3A 3TABA 4MQ3A 4BACA 2OYQA 4N56A 3SZ2A 4DTUA 4AILC 4F4KA 3QIOA 1NJWA 3HXMA 1RDDA 3AO2A 3DRPA 5HRPA 4DU1A 2PY5A 3C6TA 1LV5A 1QSSA 1J54A 3AVBA 4CF0A 4FLZA 1YTUA 1C6VA 3KLFA 3ALYA 1DTTA 3NCIA 3K2PA 4JS4A 1U47A 3ZT3A 3IS9A 3QNNA 1NKEA 1HRHA 3PY8A 4ELTA 4HUFA 1QE1A 3AVLA 1RNHA 3RR8A 4CEAA 1CXUA 3HK2A 4RW8A 4DTXA 1ZBFA 3IRXA 3I8DA 3T19A 4W5TA 1TAUA 4KV8A 4I2PA 4M3WA 2JGUA 4LSNA 4FK0A 2PYJA 5J1EA 3RMDA 1RTHA 3CM6A 3DLKA 2O4IA 4M3RA 5HP1A 4FW1A 2G8KA 3ZT2A 1WAJA 4GW6A 3OJUA 4FCYA 1TK8A 3MEGA 4PQUA 3AA4A 3K59A 4AHSA 5HRSA 4KO0A 4LSLA 4KHSA 2YNIA 1KFDA 3BGRA 3ZSQA 4KFBA 1S9GA 1EETA 5HRNA 4FVMA 4IFYA 1JXBA 3JYTA 3PX4A 3SUQA 3SCXA 1T7PA 4FJXA 1U45A 4Z4FA 1SKSA 4FLYA 1VSDA 4KREA 1NKBA 5SWMA 3VQPA 3KD5E 3ZSVA 2D0BA 4CECA 3V9SA 4YNQA 1WSJA 4F2SA 1ZBLA 2OPQA 2HB5A 4DSIA 4XIUA 1VRTA 2QXFA 4C8OA 4HUEA 4DFKA 3UIQA 1JLEA 3FFIA 3MXMA 1N5YA 4CJLA 1GOBA 4EZ9A 4F2RA 4I7FA 1Q8IA 3G10A 5CY4A 4AHRA 4DTOA 2PYLA 3KLEA 2G8VA 4DQPA 4FJHA 4OGCA 3OYCA 1NK6A 3JSMA 1U4BA 3V9UA 3VQ9A 4C8LA 4W5QA 1EP4A 1W9HA 3V81A 1TKDA 3VQQA 3ZT0A 4KB0A 4FJKA 4LY7A 4M3UA 2HHXA 3SNNA 2YHAA 3LP2A 3K5MA 1KFSA 1SV5A 3I0SA 4B9TA 3OS0A 2KW4A 4C8NA 3NF9A 4FXDA 1HYVA 1Q9XA 4B3OA 1G15A 1RT3A 2F8SA 1EX4A 3AVGA 4CJKA 4RW4A 3D0PA 1XI1A 1GOCA 4CEFA 4Y1CA 3MEEA 4CEOA 2OPPA 3SUPA 4B9UA 4DU3A 4KTZA 3VQ4A 3DLBA 1SUQA 1NJYA 2G8FA 5KTQA 1ZYQA 3AA3A 3QIPA 4DQQA 3ZSOA 4CJRA 4M3TA 1VSJA 3VA3A 1JLAA 4KHWA 2B4JA 4G1QA 1X1PA 4K8XA 3OYDA 4TSXA 3P1GA 4E19A 1KLNA 1BQMA 3TWHA 4B08A 2HVIA 4CJVA 4PUOA 1NJXA 3HSTB 3M8QA 1C1BA 3KIOA 3KLHA 4FZXC 4CK3A 4WE1A 3HP6A 1CXQA 1B9FA 1S1VA 4JLHA 1XHZA 2OZSA 4FJJA 2IDOA 3T1AA 3DMJA 3T3FA 3NH1A 4UQGA 4BE0A 1RT6A 3AVFA 4CGFA 5HBMA 3OYLA 1NK0A 1RTIA 2ETJA 1BCMA 4GMJB 3I0RA 3LANA 1XHXA 2YKMA 3QESA 4DSJA 5FDLA 4N5SA 2Y1JA 1U49A 1S5JA 1K6YA 3P83D 3VQ8A 2X78A 4RW7A 4BE1A 4E0DA 1A5WA 4HCCA 3OYMA 3O4QA 4QAGA 3IAYA 4KHYA 2QKBA 1VK0A 1BQNA 3C95A 4DQRA 1YTAA 3H08A 3A2FA 1I3AA 3NGIA 3LDSA 1D8YA 4CJWA 4M41A 1QSLA 4KTQA 1T05A 1IG9A 5J2MA 3TAEA 4FM2A 3LP3A 4LH4A 3WNEA 4CJ3A 4CIFA 3K57A 2YNHA 4KHNA 2X6SA 3OYHA 2ZQBA 3K5NA 1C0UA 2KFNA 4O5BA 1BI4A 4IDKA 1L3TA 4CGGA 4CIEA 2FBXA 3OYFA 3LZIA 4K8ZA 3LALA 3ULDA 3PO5A 2X74A 2F96A 3RMAA 4E1NA 2HHWA 3RTVA 4O55A 1VSEA 4RW9A 4O0IA 1U48A 3BDPA 3V4IA 3OYAA 1ASVA 4BWJA 3V9ZA 3D45A 1SKRA 3DLHA 4DFMA 1S6QA 3V9XA 1TL3A 3AVIA 4BDZA 2G8WA 4F8RA 1IKWA 4CJEA 4EP5A 3QEXA 3L2VA 1XC9A 4AH9A 1VSFA 3VN5A 3C6UA 4O0JA 3IG1A 3CYMA 2EX3A 3HL8A 3AO4A 4CJTA 3VQEA 1JLBA 1HJRA 3DOKA 4KAZA 4OLBA 4FLTA 2HHQA 4CGIA 4CK2A 5T7BA 1JXEA 3V1OA 3OYKA 3SV4A 2P51A 3DM2A 5DK5A 5K14A 4BDYA 1S9EA 1NK7A 3EZ5A 1BGXT 4ELUA 4IKFA 1ZBIA 1RCHA 3TAQA 4CFDA 4NCBA 1C0MA 3C94A 4RW6A 2KZMA 5HRRA 5KRSA 4FJ7A 1SL2A 4LH5A 1WSGA 3OYEA 4IG3A 3PX0A 2AJQA 1RT4A 5DMRA 2ZD1A 4HUGA 4PA1A 3L2QA 3WNFA 3RWUA 4AHUA 4CGJA 2E6LA 3HP9A 3VQ6A 4B9NA 1HQEA 1WSEA 4J2EA 3V6DA 4B8AB 4OPJA 3OYIA 1XWLA 1QS4A 4FJ9A 1LW0A 1BIZA 2WOMA 4M45A 3CFPA 3AO1A 3AVKA 4FK4A 2HHSA 4ID5A 4RG8A 3E01A 3M8PA 4CJSA 3HPOA 2Q3SA 4FLUA 4B9SA 4B9LA 3VQCA 4AHVA 4J2BA 3L3UA 5C24A 1D5AA 2ITGA 3CFRA 1WSIA 4CEBA 3SQ0A 1FXXA 4CHPA 5FRNA 1S1WA 4CHZA 1FK9A 2D0AA 2NUBA 4DLEA 3ZT4A 1KTQA 4FJNA 4OKJA 2XY5A 4F3OA 2GUIA 1RTDA 2YKNA 1WAFA 2BDPA 3LAMA 3K58A 4NYFA 3TARA 1JKHA 4J2AA 2IOCA 1RTJA 4B9MA 4CERA 1QTMA 5KGXA 3RR7A 2BGGA 3AVAA 1UA1A 4DQIA 4KI6A 4FZYA 4N76A 1TK5A 4HCBA 3L8BA 1J5OA 2RKIA 4IG0A 4JRQA 5CZ1A 4HTUA 1NOYA 3NGZA 4BWMA 2OPRA 4B9VA 3SPZA 1B9DA 3AO5A 4FJ8A 1KCFA 2DFEA 4OJRA 1KVCA 4CHOA 1EXQA 3ZCMA 1L3VA 1CZBA 3B6OA 3V1RA 1UAXA 1NK5A 4DTMA 3P5JA 4H4MA 2BE2A 4KTWA 2QKKA 3KLGA 4LD0A 2YV0X 2HHUA 1HMVA 4QCLA 4DTJA 4Q0BA 4W5NA 2D5RA 1RT7A 2ATQA 3OYJA 4OKKA 3HO1A 1FKOA 1I39A 1WLJA 4H4OA 3LZJA 1ASWA 3RRGA 4KB1A 3NHGA 3WNHA 4CHNA 4Z0UA 1LW2A 1REVA 5CZ2A 4MFBA 3LWMA 4FLVA 1DTQA 4BDPA 4NCGA 1FKPA 3ZT1A 3S3NA 4B8CA 4KPYA 1IH7A 5KGWA 4HHTA 2Z1GA 1W0HA 1X9MA 4DG1A 4CHQA 3LP0A 1JLQA 1NOZA 4CHYA 3KLIA 1Z25A 2VG5A 1KVBA 4E7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8IA 4DV5K 4EZ6A 4FYDA 2IAJA 2Y1IA 1KAZA 4EHUA 3SV3A 4EAHD 1XUPO 3VMFB 2Z1JA 4JS5A 3GG4A 3BF3A 3C7NA 3QEPA 2PAVA 1BOTO 4CFCA 1R0AA 2BANA 1T8EA 4Q5VA 4FM1A 2GV9A 4GKJK 3NH2A 3LP1A 4IOCL 4CJUA 3FZKA 3DLRA 3K5LA 2OA8A 3OVNA 3HVTA 3SUOA 1SL1A 4BROA 1M90O 4CF9A 5KPTA 1BI4B 3QFUA 3I33A 3KJVA 3CM5A 4K41A 4GVMA 4DCHA 4DV7K 4DSLA 3DLEA 2ASPA 4DHYA 1NK8A 1IO2A 2FF6A 2I7NA 1WB9A 3QMLA 1J5EK 2KQ2A 5AQSA 4Z4GA 1JLGA 4ZHRA 3O5BA 4DR2K 3DYAA 4PY5A 3CFOA 2EWSA 1Q18A 4WQ5C 5FRMA 1XC3A 3VGKA 4FJLA 3CMAN 5KPRA 5DM6L 3O4NA 2XY8A 1B92A 4DFPA 3ITHA 4JI3K 1NJZA 4DR7K 3GDQA 4LF9K 1YAGA 3MECA 3L0QA 4OPKA 3O3HA 4C1NK 4YDUA 4PWDA 4JYAK 2XO7A 5AQYA 3AVHA 3L4IA 4DF8A 1JLCA 1S1XA 1RDBA 3SAGA 1F21A 4A62A 3AARA 2RF2A 3TAFA 4DR3K 4I9LA 3EL2A 1S6PA 3AVCA 1GLFO 2QWMA 1MU2A 2OZMA 3AGKA 4KI4A 4DMNA 3SAHA 3VA0A 2FBTA 3CG7A 3EY1A 1Q81O 4KH5A 3M8SA 3EE9A 1KSPA 3ZSZA 2B6AA 1YVUA 4PKHA 4E89A 2P9KB 5F1XA 3CQXA 3L6QA 3R6MA 4CESA 3SMSA 2E20A 4PKGA 5AQWA 3AVMA 4NCAA 2XHBA 3ZX3A 3D2FA 1L3UA 1WN7A 3L2RA 5AJ3K 1W97L 3PV8A 4DSKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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