4BC2A

Crystal structure of human d-xylulokinase in complex with d-xylulose and adenosine diphosphate
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
528
structure length
528
Chain Sequence
APRRCCLGWDFSTQQVKVVAVDAELNVFYEESVHFDRDLPEFGTQGGVHVHKDGLTVTSPVLMWVQALDIILEKMKASGFDFSQVLALSGAGQQHGSIYWKAGAQQALTSLSPDLRLHQQLQDCFSISDCPVWMDSSTTAQCRQLEAAVGGAQALSCLTGSRAYERFTGNQIAKIYQQNPEAYSHTERISLVSSFAASLFLGSYSPIDYSDGSGMNLLQIQDKVWSQACLGACAPHLEEKLSPPVPSCSVVGAISSYYVQRYGFPPGCKVVAFTGDNPASLAGMRLEEGDIAVSLGTSDTLFLWLQEPMPALEGHIFCNPVDSQHYMALLCFKNGSLMREKIRNESVSRSWSDFSKALQSTEMGNGGNLGFYFDVMEITPEIIGRHRFNTENHKVAAFPGDVEVRALIEGQFMAKRIHAEGLGYRVMSKTKILATGGASHNREILQVLADVFDAPVYVIDTANSACVGSAYRAFHGLAGGTDVPFSEVVKLAPNPRLAATPSPGASQVYEALLPQYAKLEQRILSQTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Function of Human Xylulokinase, an Enzyme with Important Roles in Carbohydrate Metabolism
pubmed doi rcsb
molecule keywords XYLULOSE KINASE
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 180
structure length 528
sequence length 528
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2012-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc2A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc2A01
4K42A 4EHTA 4BRCA 1XC3A 3EO3A 5AQVA 1MA9B 2YHXA 1RGIA 4ISEA 4CZJA 5FPEA 1JCFA 3BF3A 2YI1A 5FPMA 4A2BA 1GLAG 2A42A 4FO0A 4DCHA 2CH6A 3QFUA 2NLXA 1HKCA 3MN7A 2YHWA 3ZX3A 4E1JA 3CETA 3HTVA 3L4IA 3QMLA 4NB4A 3VGMA 3ENOA 1YUWA 3DXKB 4J8FA 4LC9B 3BF1A 2E2PA 4RWTA 2ASOA 1K8KB 3RSEA 4BRQA 3L0QA 4BRPA 3A8YA 3EL2A 3H46O 4BRHA 5BPLA 4AM7A 2V52B 1QZ5A 5LJVA 1Z05A 4BVOA 2P9SA 4CD1A 1NGJA 1BG3A 3UB5A 1KAYA 4EHUA 3ZEUA 3AARA 2QW9A 3CJ1A 5AQYA 2YHYA 3LDPA 2HOEA 3UE5A 1ATNA 2P9UB 1V4TA 4K41A 2QWQA 2VWBA 3DXMA 2CH5A 4IWVA 3ZX0A 3LDNA 3UKRA 4BRIA 1QQNA 1NGCA 2NZTA 5BR9A 5ELZA 4H5TA 1C0FA 1HUXA 3D2FB 4JHDB 3EKSA 2FSNA 5BPNA 3ZETB 4BGBA 3WXKA 5AQKA 4BVPA 4XEIA 4JD2B 3ID8A 5EY4A 1HX1A 3O08A 4FWRA 2V7ZA 5KPTA 1T6DA 3M6GA 1DKGD 1WUAA 1GLDG 5BRDA 3R6MA 4CZIA 3D2EA 1JCEA 3WXIA 3KHYA 2YCHA 3M1FA 3WQTA 1JCGA 1H1VA 2QWNA 1MDUB 2ZGYA 3WUHA 3CI5A 3ENHA 4B9QA 3VEOA 4WQ4C 5F1XA 4H5RA 3SJHA 5AQMA 1NGFA 1HPMA 3VEZA 5F2RA 3ZX2A 1U6ZA 2Q31A 4C23A 5AQRA 4CZHA 4K43A 4MLHA 3DJCA 2E88A 3HBTA 3QBXA 5AZIA 5JLHA 1XQSC 3CQYA 4BGAA 1MWMA 4FOIA 4BC2A 3MDQA 5AFUA 2D1KA 4DHYA 2ZWHA 2AA4A 3EZWA 3F9MA 2A41A 3IFRA 1GLEG 2J4RA 1BOTO 3AAQA 1NGDA 3HZ6A 1NMDA 5KQDA 1NGHA 3O6WA 3MCPA 2W41A 5JLFA 1BA0A 3MK6A 2GTDA 3DAWA 4H5WA 3FLCO 4CZFA 1IJJA 2PBDA 3O1WA 3W0LA 4BR9A 3FZKA 4QS7A 5AZJA 2D0PA 5LY3A 2QXLA 1NGAA 4FSVA 4K25A 4FWLA 1SAZA 4H5NA 1G99A 2P9PA 1NGEA 4IXCA 4BRAA 1YVNA 5AQXA 3GDQA 1U2VA 1SZ2A 4WQ5A 4NO7A 2FF3B 2GELA 5ADXA 1YAGA 3L6QA 2VCPA 3A0IX 4GY2B 2IVNA 1D4XA 1ATRA 3U9ZA 4FL9A 2BTFA 1GLLO 4M7YA 1NM1A 3C7NB 2A3ZA 4DQ8A 5EVZA 3SMSA 2P9LB 3WXLA 4YDUA 2BUPA 4H0YB 3GG4A 4F9OA 1C0GA 4PKIA 5EX5A 1Q18A 4BR5A 2ZF5O 3FR0A 4B1YB 3O8MA 3BUZB 3P4IA 2F9WA 4ISGA 2IVOA 2YJEA 4CZEA 3KZBA 5KQ8A 2QWMA 4BQZA 4JAXA 3QB0A 1T44A 5AQUA 3UKUA 2QWOA 4CJ7A 5JMVA 4O5FA 5AQWA 4BG8A 2AP1A 1BUPA 2FSJA 3VENA 1T6CA 1WOQA 3FFKB 4I6MB 4BR4A 1S22A 4BR7A 2A5XA 2P9NA 5EXWA 2CGJA 3M3ZA 1HKBA 3R8EA 4CZLA 3IDHA 2FXUA 3WEEA 2Q2RA 4BRLA 3CJ7A 1GLCG 5FPNA 4MO4A 4H0XB 2P9IA 2P9KA 4EIAA 3LM9A 5BREA 1NGBA 2V7YA 3EN9A 3O5BA 4B1VA 3FZFA 3R9PA 4H0TB 2Q0UA 4FPAA 4JN4A 3CJCA 5AR0A 3CQXA 3LDQA 3MN9A 2OANA 3U9DA 4BC5A 3VGKA 2IVPA 3VGLA 5AQOA 2GUPA 5BN8A 3VF2A 1P8ZA 3RSEB 5LJWA 1TYQA 3LM2A 3ULEA 5F0XA 4IJAA 3VF6A 1V4SA 1BU6O 2A40A 4B1UB 1GLFO 1E4GT 3MMVA 2HF4A 4BC3A 2P9SB 4MLEA 2UYTA 3QFPA 5E26A 3ZEUB 2YJFA 4B1XB 4FWPA 2PAVA 1BO5O 3VESA 2E2QA 5BN9A 3U8XA 5B8HA 1KAXA 1Z6RA 5AQLA 3A5LC 4A2AA 3CERA 4CD3A 4BRDA 4O8KA 5BRHA 2QWLA 3DXMB 2A6AA 3H3OB 2Q0RA 4EAHD 3UKRB 3DXKA 3H3NO 2GWKA 5BRFA 1K8KA 3GL1A 1GLBG 3FGUA 4HTLA 3S41A 3A5OC 2F9TA 5AQNA 4GNIA 4B1WB 3JXUA 3CJBA 3OHRA 2Q97A 3W3DA 4AM6A 3JS6A 1KAZA 2FF6A 1DGKN 2V51B 5AQIA 4BRGA 1QQMA 1RFQA 1ZC6A 3D2EB 3O4WA 3FZLA 2P9UA 5FPDA 5AQHA 1J6ZA 3B8AX 3H6EA 5AQSA 3WQUA 1HLUA 3VERA 3GBTA 4L3QA 2I7NA 4H0VB 4WQ5C 1ESVA 5TKYA 1S3XA 2QWRA 5KPRA 1NLVA 3FE1A 2VYPA 2HF3A 3VEXA 2FSKA 4MO5A 3TU5A 3VEYA 1IG8A 2E20A 3D2FA 4JHDA 3WT0A 2ASPA 4WYBA 4CBUA 3ZETA 1Y64A 2E2NA 2Q1NA 3QBWA 1X3MA 4YDUC 4JD2A 1HJOA 5AZIB 4CBWA 3LL3A 3MN5A 5AQQA 3A5NC 2KHOA 2CGLA 4CZMA 1LOTB 1CZAN 1TUUA 4XH4A 5AQFA 1QHAA 2IIRA 4BR0A 5AFUH 5JICA 1XUPO 2HMPA 2ZGZA 3CIPA 4PKGA 3VF4A 4BROA 3HSCA 1ZXOA 2ITMA 3H1VX 3MN6A 3IMXA 5BPMA 3G25A 1NGIA 1SQKA 3O1BA 4IO8A 4M7XA 3AAPA 1X3NA 2NRHA 4JNEA 3DWLA 1BWFO 1EQYA 4KBOA 1X9JA 5I9EB 3AY9A 5KPZA 4H0PA 4CBXA 5AZJB 1NWKA 1QZ6A 1ZBSA 4ISFA 1DEJA 2H3GX 4BR2A 4XH5A 2QM1A 4XH1A 4RTFD 4PL7A 4A62A 2P9PB 3I33A 2E2OA 5EOYA 4RCHA 4FWKA 4QS8A 3VETA 1BDGA 1U2VB 4FOEA 3BEXA 4CZKA 4PKHA 3KVGA 4QS9A 2DPNA 3WXJA 1ATSA 4IJNA 3GOIA 2WUSA 4B1ZA 4Z94A 4H0OA 5ADXH 1MWKA 4BC4A 4CI6A 2Q36A 4FWMA 3U4LA 2QWPA 3IUCA 2W40A 4BRKA 2EWSA 3ATVA 4EFHA 3LDLA 3D7EO 4M63C 2CGKA 4BG9A 5AQJA 3VEWA 4FWQA 3ATUA 4DB3A 1LCUA 3VOVA 4BRMA 4BRNA 5AQPA 4A61A 4CZGA 3UKUB 3FZHA 3LDOA 5AQZA 4BREA 3SK3A 3BP8A 4FWSA 4H5VA 4WQ4A 3CJAA 3O80A 1QQOA 2P9NB 2D4WA 3H45C 2D0OA 3HM8A 4Y0WA 3C7NA 3WEEB 4H03B 2P9LA 3TPQA 3CJ9A 3GE1A 3J8AA 5AQTA 2P9IB 2P9KB 1NBWA 3I8BA 4BRFA 1OKJA 1YXQA 3C0BA 2GEMA 4FWNA 4IZ9A 4HWIA 3QDKA 3A5MC 4BQLA 4FPBA 1RDWX 1R59O 3HI0A 1NGGA 1E4FT 2E8AA 3SMPA 1HKGA 1GLJO 4FWOA 1TUYA 2E1YA 3EKUA 2ASMA 2FLOA 3QICA 5AQGA 2E1ZA 3FZMA 5CE3A 1BA1A 4I6MA 3CHWA 2GWJA 1TYQB 3ULEB 1KXPA 3VPZA 2I7PA 3H1QA 5E84A 3SLCA 4PL8A 3VEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EHTA 4YOTA 1XC3A 3I56N 2FBTA 4TSXA 3WNFA 5AQVA 3ZCMA 3BGRA 1QTMA 1TVRA 4CZJA 3OYEA 1RT7A 2P51A 2YI1A 3AVCA 3BF3A 4N76A 2CH6A 3QFUA 2NLXA 4C8NA 3ZX3A 4NB4A 3J7ZO 3OS1A 4J8FA 2VGNA 4C8OA 3L4QA 1RT5A 3JAMO 4LSLA 3A8YA 3H46O 4FJIA 2V52B 5LJVA 3K9JA 3HXMA 3AVFA 4BVOA 4CD1A 3NH1A 4GW6A 3UB5A 4CJ3A 3ZEUA 3WNEA 2YNIA 2XY7A 3AARA 2QW9A 1NNEA 3JYTA 3UE5A 1XMOK 4YOUA 2P9UB 3J80O 3QEXA 4K41A 1JLBA 2NNWA 4JKFA 2VWBA 3KK7A 4E3SA 4CF9A 2JWLA 1VSIA 2HNYA 3PSFA 4BRIA 1NK6A 2VGMA 3SAGA 1NGCA 4JHDB 5KRTA 1VSKA 3ZETB 3DOLA 4BVPA 5AQKA 4DU1A 2ZD1A 3SZ2A 4DV4K 2KZZA 5EY4A 3LZJA 3OYBA 1RNHA 2V7ZA 1SL0A 5IT9O 3V9WA 3BZKA 2VG5A 4CZIA 4X65K 2QKKA 4AHSA 3WQTA 1C0TA 3M1FA 5KI6A 1H1VA 2OA8A 1A5WA 4F2SA 5CZ1A 4C1NI 5A2QO 1S6PA 4KV8A 3KK2A 5M1FA 1L3SA 3H08A 5HRSA 1NGFA 5CZ2A 1Q9XA 5BR8K 3K2PA 1U45A 4CGHA 3L3UA 3RMBA 1TKZA 1U6ZA 5KTQA 4CZHA 3THXA 1S9EA 1YITN 3DJCA 2E88A 3QBXA 3KLHA 3P83D 4NCGA 2KFZA 1XQSC 4CJLA 4Z0UA 4M42A 1RDCA 1W97L 4OLAA 4E7JA 4KH4A 4DHYA 2ZWHA 3TWHA 2WONA 3NAEA 1VQKN 2IC3A 3QINA 4B9TA 2J4RA 1IBLK 3J7AP 1NGHA 2OZSA 5JLFA 4GV3A 4L8RB 1BA0A 3MX5A 4Z4IA 2PBDA 3U6FA 2HVIA 3AGKA 3FZKA 3KTQA 2F4VK 5LMNK 4DV6K 4X64K 1NK0A 4W5RA 4E0DA 4KFBA 3HP6A 4FLTA 4R5PA 4BDZA 3ASMA 3CD6N 1U2VA 3ZSVA 1I3AA 1N32K 2NRWA 2ITGA 2O8DA 3PV8A 3TSUA 2IVNA 3OBWA 1ATRA 4CHPA 1LWCA 2P9LB 4DTNA 1RBSA 2BUPA 4DWIA 5C10A 4AF1A 5I42A 3VQAA 2RPIA 1WAFA 3C95A 3TAGA 5C2FA 5KQ8A 1Q9YA 3CCUN 4LF9K 3UKUA 1C1AA 3KK3A 3C6UA 4CK3A 3SQ2A 4WE1A 4C8MA 5DM7L 3AVAA 4DR2K 3FFKB 4IFYA 4FJLA 1QQCA 2A5XA 2P9NA 1O1WA 2CGJA 1XWLA 4B8CA 4K0KK 3IDHA 2FXUA 3AO3A 4BRLA 2JLEA 3ZSYA 5FPNA 4PWDA 2QXFA 2VG6A 2FBVA 1YI2N 3RRHA 3EN9A 4KHWA 5K14A 3VQ7A 3R9PA 4H0TB 3SAFA 5HP1A 2X6NA 3LDQA 4I9QA 3BDPA 3MN9A 3IG1A 3OYJA 4FLUA 3DLKA 3TTCA 4CIGA 3VGKA 4LF5K 4I2QA 4WFAL 4YFUA 4DU4A 2UXCK 3ULEA 3LM2A 4IJAA 2RHKA 3MWPA 3LP2A 1SL2A 1L5UA 4FK0A 3K58A 4BC3A 5J2QA 2P9SB 4MLEA 4KTQA 4BWMA 1M90O 4E7IA 2DY4A 5C2DA 3VESA 1BO5O 4AHUA 2IAJA 3A5LC 3N4PA 1TK0A 1VQ6N 1ZBHA 1IG9A 2Q0RA 3H3NO 3AO2A 3OYKA 4OLBA 1YT3A 3K59A 1OH5A 2F96A 2UUBK 1GLBG 3CCEN 1S9GA 3A5OC 1U4BA 4B1WB 1N5YA 4JI7K 4AHVA 1HNZK 4DTRA 4JRQA 4AM6A 1YHQN 4BE1A 2ZQBA 2WTUA 2YKMA 3NVKA 4O0JA 4BRGA 1QQMA 1RFQA 3D2EB 3O4WA 2P9UA 5FPDA 1J6ZA 3OYGA 1JL1A 1HLUA 4DLEA 4LFCK 4H0VB 4WQ5C 4OJRA 4B9UA 2ZJQL 1E3MA 2HF3A 3O9RA 4MO5A 3O3GA 3QNOA 3TU5A 4JHDA 3QNNA 3WT0A 2ASPA 1Y97A 3LWLA 4AHTA 3ZETA 1XNRK 4U67L 2E2NA 2Q1NA 4DR5K 3VN5A 3PUFA 4FJ8A 1HQEA 3WNGA 3LL3A 4YOWA 3O3HA 4IFEA 3NF8A 4FLVA 2X78A 4CZMA 4Z4FA 1SL1A 2YNFA 3E9OA 4DTUA 3VF4A 3HSCA 4W5QA 1S6QA 2HBJA 5BPMA 2JGUA 3O1BA 4IO8A 4NCAA 1D8YA 3PIOL 4IOXA 5LMUK 3CCLN 4FJNA 4IFVA 5KPZA 1NWKA 1JLCA 4ISFA 3HOTA 3NGIA 4AH9A 4XH5A 3TAFA 1NJIO 5EOYA 3OTOK 4FWKA 5GIPA 1NKCA 1WSEA 3VA3A 3D45A 4CZKA 4PKHA 3KVGA 4QS9A 1C0MA 1JKHA 4O8UA 4CF2A 4BC4A 4DSFA 4E89A 2KW4A 4PUOA 4CEFA 4KTZA 4BRKA 4EFHA 2OPQA 1VQ7N 3C6AA 4CEZA 2F8SA 4M63C 4FWQA 2GUIA 1QSLA 3M8QA 5AQPA 4JRPA 3P1GA 2W42A 3LDOA 3OYDA 4M45A 3SK3A 4YOXA 1KVBA 3LPUA 3CJAA 4LSNA 1OH6A 3H45C 4DSLA 3OBYA 4B08A 3ULDA 4LF8K 4Y0WA 3CCJN 4DSKA 2HHQA 2KKZA 3HK2A 4CVNE 2P9LA 3CJ9A 3GE1A 5AQTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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