4BC5A

Crystal structure of human d-xylulokinase in complex with inhibitor 5- deoxy-5-fluoro-d-xylulose
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
524
structure length
524
Chain Sequence
RRCCLGWDFSTQQVKVVAVDAELNVFYEESVHFDRDLPEFGTQGGVHVHKDGLTVTSPVLMWVQALDIILEKMKASGFDFSQVLALSGAGQQHGSIYWKAGAQQALTSLSPDLRLHQQLQDCFSISDCPVWMDSSTTAQCRQLEAAVGGAQALSCLTGSRAYERFTGNQIAKIYQQNPEAYSHTERISLVSSFAASLFLGSYSPIDYSDGSGMNLLQIQDKVWSQACLGACAPHLEEKLSPPVPSCSVVGAISSYYVQRYGFPPGCKVVAFTGDNPASLAGMRLEEGDIAVSLGTSDTLFLWLQEPMPALEGHIFCNPVDSQHYMALLCFKNGSLMREKIRNESVSRSWSDFSKALQSTEMGNGGNLGFYFDVMEITPEIIGRHRFNTENHKVAAFPGDVEVRALIEGQFMAKRIHAEGLGYRVMSKTKILATGGASHNREILQVLADVFDAPVYVIDTANSACVGSAYRAFHGLAGGTDVPFSEVVKLAPNPRLAATPSPGASQVYEALLPQYAKLEQRILSQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Function of Human Xylulokinase, an Enzyme with Important Roles in Carbohydrate Metabolism
pubmed doi rcsb
molecule keywords XYLULOSE KINASE
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 180
structure length 524
sequence length 524
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2012-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A01
5AQXA 1E4GT 3ENHA 3QBXA 4BGAA 4BC4A 2ZGYA 4KBOA 5AQQA 2E2OA 3U9DA 3WEEA 3DJCA 4H0PA 2E1YA 1KAXA 3O1BA 5EOYA 4PKIA 3D7EO 1LCUA 3VERA 1TUYA 2J4RA 2PAVA 3IFRA 2CGKA 4Z94A 2AA4A 2BTFA 3O80A 2P9SA 1S3XA 5ADXA 3ZX2A 1NM1A 4A2AA 4BQLA 5AQOA 1HLUA 4ISEA 4IJNA 3G25A 4H5RA 2NLXA 3GOIA 3A8YA 3SMPA 4RWTA 1RDWX 2UYTA 1XQSC 2GWJA 3DXMA 3EKSA 4BRAA 1HPMA 3OHRA 1NGHA 1GLCG 1NMDA 3H46O 3I8BA 3L6QA 4MLHA 3WQUA 3VGKA 2Q97A 2GELA 2EWSA 3SLCA 2QWRA 5JMVA 4LC9B 4XH4A 4PKHA 3O5BA 3CJBA 1GLLO 3FZLA 3SK3A 2A40A 1Z05A 3FZMA 5I9EB 3A5LC 5FPEA 4XH5A 4A61A 3VPZA 3M1FA 3WXLA 3HZ6A 4BRMA 3VF4A 2ITMA 3VEZA 3LM2A 5AQWA 3ZETB 5F2RA 1KAYA 2Q0RA 1ZBSA 3VEOA 2D1KA 3UKUB 3BF3A 4O8KA 4H0TB 5BREA 2OANA 2P9LA 2ASMA 3IUCA 1TYQB 3DAWA 2ZGZA 2QWOA 4JD2A 3LDQA 3KHYA 1T44A 5E26A 1SZ2A 4JNEA 3LDOA 4YDUC 4WQ5C 5AQJA 2E88A 4CZHA 4IJAA 3WT0A 3FE1A 3WXKA 1T6CA 3WQTA 1HUXA 1ZXOA 4H5TA 3CI5A 4M7YA 4B1ZA 3D2EB 3R6MA 2QWPA 2FSJA 1V4SA 3ZEUB 4H0OA 3H1VX 3GL1A 3AY9A 3LM9A 3B8AX 2QWNA 2D0OA 3FR0A 3ID8A 1CZAN 4JAXA 3UKRB 4BRGA 1S22A 2P9IA 2NRHA 4BG8A 1NGGA 3EN9A 2E20A 2QWLA 4BVPA 1GLDG 2E2QA 3QFPA 3SMSA 5BN8A 1YUWA 1RGIA 2QWQA 5AQGA 3VENA 4NB4A 2ZF5O 2FSNA 4IWVA 5AQLA 2KHOA 1K8KB 3D2FB 3O6WA 1BO5O 2P9NB 1H1VA 1MWMA 1NLVA 5EVZA 3MDQA 3LDNA 3H1QA 4CBUA 5AQZA 5AZIA 2F9WA 1J6ZA 4CZIA 1IG8A 5F0XA 4F9OA 3W3DA 3R8EA 3EO3A 2QM1A 1GLBG 4EAHD 3AARA 1MA9B 4BQZA 5AZJB 3H6EA 1RFQA 3LDLA 5BN9A 3KZBA 3FLCO 3VGMA 1TUUA 2ZWHA 3FGUA 5BPLA 1NGJA 4BROA 4GY2B 3QBWA 5AQVA 1BOTO 3CJCA 3C0BA 1NGCA 5JICA 3EKUA 5FPDA 2H3GX 3BUZB 3O08A 4BRPA 1MWKA 1NGAA 3VESA 5KQDA 3A5NC 2CGJA 1NGFA 1NGEA 4B1YB 1Y64A 5KPZA 3ULEB 1Z6RA 2GTDA 3RSEA 1YVNA 2GWKA 1U2VB 4BRCA 4MO5A 4BRQA 5BRDA 4FO0A 2V7ZA 4QS9A 5B8HA 2P9SB 2E8AA 4YDUA 4BC3A 5LJVA 4H5WA 2D0PA 5AQRA 3TPQA 4WQ5A 5BPMA 3CIPA 3HTVA 3FFKB 4HTLA 3QICA 1NGBA 4B1VA 2YHWA 4MO4A 3MCPA 4MLEA 3VF2A 4AM7A 4FPBA 2FXUA 4FWMA 3DXMB 4B1WB 4AM6A 3JXUA 3R9PA 4CZJA 4BRNA 1BA1A 4K41A 2W40A 3U8XA 4M7XA 1U6ZA 4B1XB 3L0QA 1BDGA 2E2NA 4FPAA 1NBWA 3L4IA 3UKUA 4BRKA 1WUAA 2YJEA 3MN5A 3ZX0A 4K42A 4A62A 2FSKA 3CQYA 4H0XB 2IVOA 4BR9A 1G99A 4CI6A 3DWLA 4JHDA 1DEJA 1TYQA 3U9ZA 3M6GA 3UB5A 4CZEA 4EIAA 1C0FA 3ENOA 2YCHA 4BR5A 5FPMA 1JCFA 2P9KB 3ATUA 1WOQA 1QZ5A 2HOEA 3VETA 5JLFA 3U4LA 3J8AA 4CZKA 1DKGD 1JCGA 2YI1A 4EHUA 2P9LB 3C7NA 2Q31A 4JD2B 4BC2A 3ATVA 2DPNA 5EY4A 4BVOA 1QQOA 2V51B 3A5OC 4I6MA 3ZEUA 5AQSA 2GUPA 4BG9A 4PL7A 1X3NA 2P9UB 4BREA 4FL9A 3VGLA 4WQ4C 5LJWA 3HSCA 1KAZA 4CZLA 4WYBA 1E4FT 2HF4A 1QZ6A 4K43A 3H3NO 1GLAG 1D4XA 4CZMA 2VWBA 5AQPA 2WUSA 2CGLA 3MN9A 4FWLA 4IXCA 1K8KA 2HF3A 2P9PA 2VYPA 3CJ1A 1C0GA 2VCPA 5AR0A 3ZX3A 4CD3A 4H03B 4DB3A 3CETA 4BC5A 2E2PA 2Q1NA 4BRIA 4RCHA 1EQYA 4Y0WA 1OKJA 1JCEA 3DXKA 3EZWA 3BF1A 1IJJA 4QS8A 4DQ8A 2QWMA 3CERA 3WXJA 4FWQA 2GEMA 3F9MA 2Q0UA 4BGBA 4RTFD 5AQYA 3W0LA 2V7YA 1MDUB 3GE1A 3P4IA 5AZJA 2YJFA 4B1UB 4B9QA 4CZFA 4J8FA 4H5VA 1YXQA 5BR9A 1XC3A 5ELZA 1BA0A 2YHXA 5AQUA 3CJ7A 3TU5A 3I33A 3FZKA 4PKGA 4FWOA 4CD1A 3MK6A 1ZC6A 4FSVA 3O8MA 2Q36A 4K25A 3IMXA 4L3QA 3WEEB 5CE3A 4BR4A 2AP1A 4IZ9A 3WUHA 1BU6O 4IO8A 2FF3B 2A6AA 3HBTA 4FWNA 3ULEA 3FZHA 4CBWA 3SJHA 2Q2RA 1QQNA 1R59O 1BG3A 3WXIA 4BRHA 5TKYA 1U2VA 3AAQA 4FOIA 3H3OB 2CH5A 4HWIA 1P8ZA 2IIRA 4FOEA 3MN7A 1NGIA 1T6DA 2D4WA 4XEIA 4GNIA 4M63C 4BRLA 3M3ZA 5KQ8A 3RSEB 1X9JA 2A5XA 5EXWA 4QS7A 4BR0A 1GLEG 3GG4A 3MMVA 3VEYA 1SQKA 3A5MC 3CJAA 4ISGA 5AFUH 1BUPA 5AQIA 4XH1A 4FWPA 4FWSA 4CJ7A 4CZGA 4FWKA 3ZETA 1LOTB 2FLOA 3VEVA 4FWRA 2PBDA 2A42A 2I7PA 3BEXA 4NO7A 3CJ9A 4E1JA 4WQ4A 5KPTA 3VOVA 1ATNA 5AQTA 5EX5A 1HKGA 2BUPA 5FPNA 1BWFO 1ESVA 5F1XA 1X3MA 3CQXA 2A3ZA 3AAPA 5AQNA 3O4WA 2P9KA 1XUPO 3QMLA 2YHYA 3MN6A 3D2EA 1ATSA 4JHDB 3S41A 4EFHA 3HI0A 4H0YB 3CHWA 1QQMA 5E84A 2P9UA 1HKCA 3UKRA 3VEWA 5KPRA 3VEXA 4H5NA 2QXLA 2CH6A 3EL2A 2W41A 5ADXH 1NGDA 1V4TA 2V52B 3KVGA 3C7NB 1Q18A 3LDPA 4BR7A 4C23A 1HKBA 4DHYA 1DGKN 1KXPA 2ASPA 4CBXA 1QHAA 1ATRA 4I6MB 3QB0A 3IDHA 1GLJO 5BRFA 3D2FA 4BRDA 4A2BA 2P9IB 2P9NA 2IVNA 3H45C 3LL3A 2QW9A 2NZTA 3FZFA 1HJOA 5BPNA 3QDKA 5LY3A 1YAGA 3VF6A 4DCHA 4BR2A 5AQFA 4EHTA 3UE5A 2A41A 5AFUA 2IVPA 3GDQA 5AQKA 2ASOA 4ISFA 4O5FA 2P9PB 5JLHA 5BRHA 2FF6A 3JS6A 5AQHA 3HM8A 4JN4A 2E1ZA 1SAZA 5AQMA 5AZIB 3DXKB 3GBTA 2I7NA 1HX1A 2HMPA 4H0VB 4BRFA 3O1WA 1NWKA 1GLFO 3A0IX 2F9TA 3QFUA 4PL8A 3BP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJMA 4FJIA 1CZ9A 1KFDA 1KTQA 1JLCA 2ZGYA 4KRFA 4KB1A 3CCQN 1IO2A 4X62K 3T1AA 3BDPA 2CGKA 4FM1A 2RKIA 4NXNK 3I8DA 4C8LA 3TSQA 1VSLA 3O80A 4DFKA 3PSIA 4JK8A 4A2AA 1T8EA 1HLUA 2Z1HA 1HYSA 3G25A 2NLXA 3GOIA 2HHXA 2NRWA 4PQUA 1EWQA 3EKSA 4EZ9A 4BRAA 4FJLA 1GLCG 3I8BA 1M1KO 4JI6K 4XH4A 4PKHA 4CFAA 4UQGA 3SK3A 2A40A 1Z05A 3VQAA 1U45A 3CCEN 4A61A 1WBDA 4YORA 4OVLA 4BRMA 1W7AA 3NMUA 3ZETB 4DMNA 2R7YA 1SUQA 3UKUB 4CF0A 1XHZA 4O8KA 1DLOA 1TGOA 3TAFA 4DSLA 1YJ9N 4J2DA 3IUCA 4CHZA 1QVGM 4BE2A 1T44A 4JNEA 4JYAK 1HYVA 4CZHA 3TAPA 3WXKA 2UXBK 3WQTA 3CI5A 1O13A 3NE6A 4B1ZA 3R6MA 5JS1A 1VQ4N 4AHUA 1EWRA 3AVMA 3VQ4A 4CJLA 3ZEUB 3D6RA 3OYEA 3B8AX 3FR0A 1IH7A 4JAXA 4M41A 2NRHA 4BG8A 3L2VA 1S6PA 3AO2A 4N41A 4AH9A 3E9PA 3I0RA 1YVUA 4KHPK 4JLHA 2E2QA 4FK4A 4OKKA 5BN8A 1S1UA 1TAQA 3N4PA 3VENA 1NK4A 4DQIA 4M3ZA 4Z4CA 3O6WA 2DTUA 3ZYYX 1BCMA 1W2BM 3VQ6A 3NBPA 4H4MA 1NLVA 5EVZA 2HBJA 3DRPA 4NCAA 5AQZA 3M5RA 4OPAA 2EX3A 1ITGA 3L2UA 1IG8A 3QERA 1L3VA 4M3XA 4CEZA 4Z4HA 4EAHD 3AARA 4CEAA 2YX6A 1XNQK 4I7FA 3VGMA 1TUUA 5CR4A 2E6MA 3F2KA 3FGUA 5KGWA 2ZE2A 4JKBA 4FZXC 1DTTA 1BOTO 3C0BA 4FJ7A 1RDBA 5JICA 4W5OA 3EKUA 2H3GX 4BRPA 3PV8A 3BZKA 1NGAA 4A5AA 3HJFA 3PX6A 1MU2A 3A5NC 2CGJA 1KLMA 1NGFA 1RILA 4B1YB 4A5BA 4EP4A 2GTDA 3RSEA 1OVQA 3AO3A 3CM5A 4M42A 5C42A 2HHSA 4OX9K 3PSFA 5BRDA 4BRCA 4FO0A 1Z26A 4LH5A 3ZT2A 1VQ9N 1Q7YO 4QS9A 4YDUA 4H5WA 4FLVA 3TPQA 4WQ5A 3QEWA 5BPMA 3HTVA 4BACA 3NFAA 3OYFA 4C8OA 4MLEA 4AM7A 2NUBA 1VAZA 3R9PA 2UU9K 1BA1A 4CHPA 5C10A 3TWHA 4DQSA 5C12A 2G8VA 4B1XB 3EY1A 4KHYA 4DTSA 4DR4K 3HYFA 4ZHRA 3SUNA 3NF8A 1DT9A 3HPGA 3CQ8A 3NH0A 4H0XB 5K14A 4HTUA 4CI6A 3DWLA 4JHDA 3U9ZA 3UB5A 3ENOA 3HK2A 2DFFA 3ZLJA 3IG1A 4GV9A 3ATUA 1WOQA 1N33K 3RTVA 2HOEA 5HRRA 1NG9A 3KKRA 3ZCMA 1G15A 1KFSA 3RRGA 4EHUA 2Q31A 4BC2A 3V9SA 2QEXN 2O4GA 4PL7A 3HPOA 3OYLA 4N47A 1QSSA 1VHXA 4YOWA 2G8KA 5DK5A 1SS6A 3HL8A 1SKSA 4YOTA 2HW3A 1CXUA 3LP3A 3KK1A 1QTMA 1D4XA 3TSPA 4CZMA 1TK5A 2VWBA 5HRNA 4CIFA 4HUGA 4IXCA 2HF3A 2OZMA 5GIOA 1VQNN 3CCLN 2GX9A 4H03B 3CCJN 1EQYA 1JCEA 2QWMA 3LWMA 2XY8A 4FWQA 1WAFA 3WNFA 4JI8K 1HRHA 4RTFD 1B92A 3W0LA 3P4IA 2YJFA 3K58A 4B9LA 3SPZA 1VSEA 4BDZA 3SYZA 2IAJA 3TU5A 4PKGA 4M3RA 1KC8O 3LDSA 2QXFA 2YHBA 3R1XA 3TTFA 5CE3A 4BR4A 3WUHA 4CHNA 5GAHP 4F3OA 4IO8A 4IG3A 4B9UA 3HBTA 2P5GA 3MWTA 1LW0A 2IS3A 1EKEA 4CBWA 4LFAK 2ATQA 3KLGA 4CFCA 1U2VA 4DR5K 3H3OB 4I2PA 2CH5A 1REVA 3O3GA 2IIRA 4F8RA 3AVHA 1T6DA 1VSFA 3VTIA 3QNOA 4XEIA 4E1NA 4FLTA 4GNIA 4BRLA 3M3ZA 5KQ8A 4AHTA 1X9JA 4KFBA 3T7ZA 4QS7A 3VEYA 1RBSA 3T3FA 2NRVA 4CZGA 3ZETA 1LOTB 3VEVA 5J2QA 1L5UA 4DTJA 2PBDA 4YNQA 4EP5A 4FJXA 4WE1A 2HB5A 1HQEA 3CG7A 4JI0K 4Q0BA 4DR1K 2HVIA 2X74A 5EX5A 3IAYA 4IOAL 3LAMA 4OLBA 3KKSA 1JXEA 4RW9A 5CYMA 4JRQA 5AQNA 3DLHA 1U04A 3QMLA 4KHWA 1RBTA 3AGRA 3M8RA 3AVIA 1Q81O 4Z4FA 3KWIA 4LF8K 4EFHA 1RT2A 3HI0A 4LY7A 4AHRA 4H0YB 3L3UA 3SQ1A 3HPHA 4JI1K 4FJGA 4AF1A 2P9UA 1N8RO 3ITHA 3KD1E 3TSUA 4CJTA 2CH6A 3EL2A 2W41A 4N76A 3OS1A 3KVGA 3CCUN 4FLZA 4KH4A 1DGKN 3IS9A 3G71N 3L3VA 1JXBA 1TL1A 4DV4K 3AVKA 3TR8A 4A2BA 3AVNA 3NVMA 4LSNA 3OS2A 3SCXA 1HJOA 2OPRA 1YAGA 5AQFA 4ELUA 3UE5A 3V9WA 2OZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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