4BC5A

Crystal structure of human d-xylulokinase in complex with inhibitor 5- deoxy-5-fluoro-d-xylulose
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
524
structure length
524
Chain Sequence
RRCCLGWDFSTQQVKVVAVDAELNVFYEESVHFDRDLPEFGTQGGVHVHKDGLTVTSPVLMWVQALDIILEKMKASGFDFSQVLALSGAGQQHGSIYWKAGAQQALTSLSPDLRLHQQLQDCFSISDCPVWMDSSTTAQCRQLEAAVGGAQALSCLTGSRAYERFTGNQIAKIYQQNPEAYSHTERISLVSSFAASLFLGSYSPIDYSDGSGMNLLQIQDKVWSQACLGACAPHLEEKLSPPVPSCSVVGAISSYYVQRYGFPPGCKVVAFTGDNPASLAGMRLEEGDIAVSLGTSDTLFLWLQEPMPALEGHIFCNPVDSQHYMALLCFKNGSLMREKIRNESVSRSWSDFSKALQSTEMGNGGNLGFYFDVMEITPEIIGRHRFNTENHKVAAFPGDVEVRALIEGQFMAKRIHAEGLGYRVMSKTKILATGGASHNREILQVLADVFDAPVYVIDTANSACVGSAYRAFHGLAGGTDVPFSEVVKLAPNPRLAATPSPGASQVYEALLPQYAKLEQRILSQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Function of Human Xylulokinase, an Enzyme with Important Roles in Carbohydrate Metabolism
pubmed doi rcsb
molecule keywords XYLULOSE KINASE
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 180
structure length 524
sequence length 524
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2012-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A01
1ATRA 2Q31A 4IJAA 1ATNA 5AQFA 5BRFA 4BRIA 3D2FA 3HTVA 3ZEUB 2A42A 2NLXA 1BA1A 2QXLA 4JD2B 3IDHA 1KAYA 4AM6A 3WXJA 2HF4A 2KHOA 3QICA 2VWBA 3H3NO 1BA0A 2CGKA 4BR5A 3TPQA 3D2FB 2ASPA 1RFQA 4BR2A 5AQYA 3H46O 2ASMA 4H0OA 3DXMA 1RGIA 4CZJA 2DPNA 3VEVA 1QZ5A 1MDUB 3VF6A 3MCPA 1XUPO 4FWRA 1HJOA 1GLDG 2P9NA 3EKUA 3EO3A 3UKUA 4H0VB 3VEXA 1DKGD 2GWKA 4A61A 1NWKA 3MK6A 3HZ6A 1NLVA 5E26A 1BG3A 2ZWHA 4DHYA 2E8AA 4A62A 4DCHA 3LM2A 1BO5O 3O4WA 5AQMA 1P8ZA 1X3MA 4H0YB 2I7PA 4HWIA 2P9KA 4FWNA 2D4WA 2P9NB 2V7ZA 3UKUB 3QMLA 3VGKA 1X9JA 2NZTA 3VEWA 2GELA 3D2EB 1QZ6A 3LDLA 1K8KA 4BRLA 2P9IA 5AQUA 3CHWA 3ENOA 5AQXA 5BREA 3ZETA 4M7XA 1LOTB 3ULEB 1YUWA 3DWLA 3ZX2A 4FWPA 5BR9A 3VEZA 2FXUA 4H0XB 4EIAA 1K8KB 2YHXA 2P9IB 2FF6A 5AZJB 3VGLA 2P9SA 3WQTA 3LDOA 5AQJA 4QS9A 2E2NA 5FPMA 2YHWA 1GLLO 1X3NA 1RDWX 3CJ1A 4BRMA 1TYQB 3FGUA 4FWOA 1T6CA 1TUUA 2P9SB 4WQ5A 2QWOA 5AQIA 2V7YA 2ZGZA 1LCUA 2Q2RA 2VCPA 2CGLA 3FLCO 4A2BA 3TU5A 1JCFA 2ZGYA 3BP8A 1KAXA 3QFUA 3UB5A 1GLFO 5FPNA 3VF2A 1QQOA 2QWPA 4FSVA 5AQZA 1WOQA 1ZC6A 4CZEA 1HKGA 2F9TA 4WQ4C 5ADXH 1NGHA 4QS8A 4CZKA 2Q36A 4EFHA 3U4LA 4NO7A 4AM7A 3ENHA 4M63C 4XEIA 4CZHA 4CJ7A 2Q97A 4RCHA 3FR0A 3M3ZA 5AQSA 5AQHA 4BR7A 3CJ7A 3CJBA 3L4IA 4FWSA 2HF3A 4BR9A 3CQYA 3MN7A 3QBXA 3SLCA 3CJAA 1E4FT 2E2OA 1HKCA 4CBWA 5ADXA 5AQOA 2P9LA 3EL2A 4CBUA 2Q0RA 1BU6O 5AQTA 1SZ2A 1S22A 2PAVA 3WEEA 4RTFD 1BDGA 2IVPA 3O5BA 3KHYA 3VGMA 4BRCA 2E88A 2P9UA 4BRAA 3I33A 2PBDA 4IZ9A 4H5WA 5AQKA 2FLOA 3U9ZA 2FF3B 1S3XA 2P9LB 3GDQA 4H0TB 1R59O 3S41A 1Z05A 2A6AA 4PKHA 4BRQA 1DGKN 1ZXOA 1GLCG 4K41A 4XH5A 3WEEB 2E2PA 4BG9A 2QWMA 2P9UB 3CERA 4EAHD 5BRHA 4BRDA 4BG8A 1CZAN 3VEOA 3DAWA 1SAZA 3ATUA 4BR0A 4BROA 4DQ8A 4BRGA 3DXKA 2IIRA 3ID8A 3DXMB 3MN5A 2WUSA 4YDUA 5TKYA 3GE1A 3W0LA 4K25A 1NMDA 2IVOA 3AARA 1GLBG 3CJCA 4YDUC 3UKRA 1NGAA 5FPDA 2BUPA 3L0QA 1YXQA 4M7YA 3DXKB 4HTLA 3U8XA 1ATSA 4BVPA 1YAGA 3AAQA 3EZWA 3SMPA 3IFRA 3ZX0A 3HSCA 3BF3A 2OANA 3G25A 1IG8A 3I8BA 4FWMA 2P9KB 2Q0UA 2QWLA 2A3ZA 2YHYA 3JS6A 3BUZB 4C23A 1YVNA 3A5NC 5BRDA 4ISGA 1QQMA 3EN9A 5BN8A 4FPAA 4FOEA 4K43A 1MWKA 1NGGA 5BPLA 3FE1A 1JCEA 2IVNA 3MN9A 5CE3A 3ZETB 3A5MC 5BPNA 4A2AA 3R9PA 4BVOA 4BGBA 1KXPA 2YJEA 4H5VA 4XH4A 4BREA 1NGIA 5AQVA 5F2RA 5EX5A 4Y0WA 3A5LC 2GTDA 4I6MA 1BOTO 4H5TA 5JICA 2P9PA 2CH6A 1C0GA 1HPMA 1C0FA 4IXCA 5AQNA 2YJFA 3H45C 4PKGA 5AQPA 3RSEA 4WQ5C 2HOEA 4J8FA 4B1UB 1HLUA 1U2VA 4FWLA 2VYPA 3H3OB 3A0IX 1NGDA 4CZLA 3CJ9A 1TUYA 2E1YA 2P9PB 3IUCA 2AP1A 3CI5A 4CZGA 3VENA 1DEJA 1MA9B 4FWKA 1OKJA 3RSEB 1U6ZA 1GLJO 2CGJA 3QBWA 3P4IA 4H5RA 1U2VB 3GBTA 3IMXA 4GY2B 4BR4A 3WXLA 4B9QA 4CZIA 2D0OA 2E1ZA 2HMPA 4B1ZA 1V4SA 5AQWA 3CETA 3FFKB 5KQDA 2QM1A 4NB4A 2V52B 4H5NA 1ESVA 3O1WA 4IJNA 3WT0A 3QB0A 5LJWA 2A5XA 3EKSA 4H03B 3VERA 1NGBA 4FL9A 1D4XA 2W40A 5AR0A 5AQQA 2YI1A 3MMVA 4BRPA 1QQNA 4BRNA 5AQLA 1E4GT 3HI0A 5EXWA 3C0BA 3ZX3A 2GUPA 3D7EO 2ASOA 1QHAA 3AY9A 3LDPA 4FOIA 5F0XA 3HM8A 3R6MA 3CQXA 3SJHA 3M6GA 5E84A 3C7NA 5AZIA 4QS7A 5F1XA 4K42A 3UE5A 5EY4A 4XH1A 4PL8A 3MDQA 2QW9A 3A5OC 2I7NA 3QFPA 4KBOA 3R8EA 5BN9A 3C7NB 5AZIB 3FZFA 2GWJA 4CD1A 3SMSA 4ISEA 1G99A 3O1BA 2D1KA 4B1WB 5KQ8A 3DJCA 2UYTA 3MN6A 4PKIA 3H1QA 4E1JA 2GEMA 1EQYA 3LL3A 3F9MA 1BWFO 1XC3A 3OHRA 1H1VA 2Q1NA 3BF1A 4Z94A 3H1VX 4ISFA 1NGJA 1HUXA 3J8AA 3W3DA 2F9WA 5KPZA 3D2EA 5LY3A 3UKRB 3GG4A 5EOYA 4O8KA 3U9DA 3GOIA 1Q18A 3KVGA 3VOVA 3A8YA 4EHTA 5AQGA 4MO5A 4L3QA 2BTFA 4WYBA 4B1YB 4BC2A 4FPBA 3WXIA 4CZFA 4FO0A 4DB3A 1GLAG 3ULEA 4IWVA 1GLEG 4MO4A 1ZBSA 4FWQA 5B8HA 4JN4A 3LDNA 3M1FA 2QWRA 3FZKA 3QDKA 2QWNA 2E20A 2ITMA 4BRKA 5AZJA 3BEXA 4LC9B 3HBTA 3LDQA 2FSKA 3O6WA 5FPEA 1NBWA 2AA4A 4BRFA 5AFUH 5LJVA 4MLHA 5ELZA 3SK3A 4BC4A 2FSJA 3O8MA 1TYQA 5EVZA 5AQRA 1T6DA 1NM1A 3VETA 4BGAA 3B8AX 3WUHA 3L6QA 2J4RA 3GL1A 1IJJA 1SQKA 4I6MB 1HX1A 3AAPA 4CZMA 4IO8A 5AFUA 4BQZA 1HKBA 4PL7A 2NRHA 1Z6RA 3JXUA 3ATVA 1BUPA 3KZBA 1NGEA 2W41A 5KPTA 1V4TA 4O5FA 2A40A 1MWMA 5I9EB 4CI6A 5JMVA 4RWTA 1Y64A 2D0PA 1XQSC 4MLEA 2ZF5O 4GNIA 4H0PA 3FZMA 2H3GX 4BC3A 1NGFA 1WUAA 4JHDA 4JAXA 2QWQA 3H6EA 1T44A 4BRHA 4WQ4A 3VEYA 3WXKA 4B1VA 1NGCA 3VF4A 3FZHA 3VESA 3O08A 4BC5A 4EHUA 1KAZA 3WQUA 3VPZA 2A41A 3CIPA 3ZEUA 4JNEA 2YCHA 5JLFA 4JD2A 4B1XB 4JHDB 2V51B 4CD3A 2E2QA 4F9OA 4CBXA 1J6ZA 5KPRA 5JLHA 4BQLA 2CH5A 3FZLA 3LM9A 2EWSA 5BPMA 1JCGA 3O80A 2FSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATRA 3CFPA 4DTPA 3HJFA 3OS0A 2JGUA 2WONA 3QIOA 3L2VA 4CJVA 1BA1A 3NGZA 4DU1A 1BCMA 4DSEA 4JKBA 3SBGA 3SBTA 5GINA 3V6DA 4JYAK 5HOOA 2VWBA 4E19A 3H3NO 2HBKA 3K9JA 3TPQA 3LALA 1W2BM 4OO1J 2D0CA 4Q5VA 4CZJA 4OVLA 3VEVA 1MU2A 4DTRA 1VRTA 1XUPO 3SUNA 1HJOA 3QINA 1GLDG 4LH4A 3EO3A 4I7FA 1DKGD 4CJPA 1VSFA 4JKDA 1NLVA 1BG3A 2ZWHA 4DHYA 4FJ7A 4FJLA 3AVGA 3NDKA 4FLTA 1X9SA 1IBKK 4BWJA 2W42A 3QMLA 3VGKA 1UWBA 1ASVA 2NZTA 4DR6K 4DUYK 4E7KA 1VQPN 1VHXA 5M1PA 1K8KA 3SUOA 2P9IA 2KZMA 5AQUA 3KWGA 4M7XA 3WXMB 4CHOA 3ULEB 4CK1A 5BR9A 4WFAL 4CJ5A 2FXUA 1VK0A 4YY3K 1D9FA 1TVRA 4DLEA 3CG7A 2YHXA 4CCHA 3C65A 3VMFB 3TAFA 3WQTA 5AQJA 3SAFA 4JEPA 3HVTA 3V9WA 4FW1A 4CGGA 1RT6A 4QS9A 2ZJPL 3WNGA 2ZJQL 1RDWX 1RTJA 3LP0A 1TV6A 1TYQB 4FWOA 5AQIA 2V7YA 1LCUA 1D5AA 3DLEA 3ZSXA 5GAGP 3LZJA 2I5JA 4DQPA 4YNQA 1JCFA 4E1MA 2ZGYA 3BP8A 2RN2A 1BGXT 3UB5A 4I9QA 2D5RA 3K58A 5DM6L 1NK4A 3AVJA 4F2SA 3V1OA 3AVNA 3TABA 3LP1A 1WLJA 4FJXA 2DFHA 3CQ8A 3HO1A 4QS8A 3T1AA 4CZKA 4CZHA 1OVYA 4M63C 4LD0A 5HP1A 4NLCA 5AQHA 4YFUA 2HF3A 4FK4A 3KD5E 2HHVA 3CCVN 3VQ8A 4IFEA 4FLZA 2VGMA 4CEDA 2Q0RA 4CJSA 3WEEA 4DMNA 3KHYA 1DLOA 2OA8A 4KH4A 3AGRA 3KKSA 3NMUA 1TAUA 1IKWA 2R7YA 5C2FA 4QOZB 2FLOA 2FF3B 1HRHA 2P9LB 3GDQA 1Z05A 4KHSA 1FW6A 2A6AA 4PKHA 1LWFA 4BRQA 1ZXOA 3EZ5A 1GLCG 4B9MA 2E2PA 2JWKA 4LF5K 1CZ9A 4KHQA 1W97L 2DTUA 4DQSA 3DAWA 1BIZA 1BQMA 2PFUA 4BROA 2E5LK 3RWUA 2W6KA 3DXKA 4JV5K 4M41A 5IWAK 1VSEA 3O4QA 4CFAA 4IO9L 3VQDA 3PO4A 3UKRA 4M3XA 2GX9A 1QQCA 3P31A 2Y1JA 4GV3A 2UUBK 4M7YA 3OYNA 3QIPA 3ZX0A 2F96A 4FWMA 4IG3A 2Q0UA 3N4PA 1FJGK 4I2PA 4KHWA 3A5NC 5BRDA 3AO3A 3SV4A 3EN9A 5BN8A 3CFOA 4K43A 3MN9A 3L4QA 4EP4A 4E7JA 1GOCA 4J2BA 3BZCA 3O9UA 4FM2A 3A5MC 4N41A 4BVOA 2HVIA 2YJEA 5J2PA 5F2RA 3E1YA 5EX5A 4AHTA 4W5NA 3A5LC 2GTDA 4I6MA 1BOTO 1NKBA 4FJNA 5AQNA 1C0FA 1GOAA 3KKRA 4RW9A 5J2MA 4X64K 1TGOA 3RSEA 3S3NA 2BE2A 4ELTA 4J8FA 4E3SA 3AGKA 4CF9A 4BE0A 3MXIA 4FWLA 3KWIA 2VYPA 3OYFA 3VA3A 3SUQA 4IOAL 3THXA 3SAGA 1NGDA 4CZLA 2E1YA 1X9WA 1Z25A 3VENA 1QVFM 1A5VA 4KO0A 4OX9K 4FWKA 4CF2A 3VQ6A 3CCMN 3QNOA 3DLLL 3VTHA 3P4IA 3K5LA 3IMXA 4GY2B 4BR4A 3J80O 4DS4A 4B9QA 2E1ZA 3NH1A 4E89A 2ZJRL 4X66K 3FFKB 2DFEA 2V52B 4H5NA 4IJNA 3WT0A 4F4KA 4KFBA 4RG8A 1Q7YO 3C94A 4F3OA 3DLGA 4FL9A 2UUAK 4DF4A 2HNDA 4FJ8A 2JWLA 4H4MA 4DLGA 1K6YA 5EXWA 4QAGA 3KLHA 4CJWA 2GUPA 4CHNA 1QHAA 4WCEL 3G0ZA 2Z1HA 5HL7L 5E84A 3J7AP 4QS7A 1HNVA 3CCRN 4DSLA 4B08A 3UE5A 3ZSVA 1TK8A 4KAZA 4XH1A 4PL8A 3CD6N 3A5OC 4KBOA 2QI2A 3C7NB 5AZIB 3FZFA 3M8RA 2X78A 2GWJA 1WSEA 4PQUA 1VQ4N 4ISEA 1G99A 3CMEN 3NVKA 4QCLA 3VQ7A 3K2PA 3H08A 5KQ8A 3NCIA 2UYTA 5LMUK 4PKIA 4CVNE 4FYDA 4DR2K 2HSTA 2GEMA 3ZT4A 3LL3A 4R5PA 1I94K 1BWFO 2Q1NA 3OYIA 1NK6A 3J8AA 5KTQA 2X6SA 2OTLN 1CXQA 5M1KA 3TSPA 3C95A 2OPPA 3UKRB 3AVFA 5LY3A 2UU9K 1SV5A 1Q18A 3TI0A 3L2RA 4FJIA 1S5JA 5HRSA 4ZHRA 4JI2K 5JVGL 4K8ZA 4IWVA 4MO4A 4B9UA 3O9QA 3RMDA 1TKXA 3QDKA 2XHBA 1Q86O 4CJQA 2ITMA 5AZJA 4FJKA 2P1JA 3TTDA 4YOYA 1NBWA 2AA4A 4BRFA 2XY7A 5AFUH 3SK3A 3UIQA 4ELUA 2P51A 4ZTJA 3O8MA 5EVZA 4NXMK 5EU7A 1JXBA 4HTUA 4TSXA 4BGAA 4YORA 1WB9A 3B8AX 2OCEA 4JRQA 4I6MB 4IOXA 4IO8A 3NE6A 1HKBA 2KZZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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