4BG8A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (monoclinic space group)
Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS4 (106-111)TIV1 (71-74)TI1 (46-49)S1 (40-45)S2 (50-54)S3 (62-67)AH1 (80-102)TIV2 (72-75)TI3 (75-78)TVIII1 (104-107)AH2 (114-121)AH8 (266-286)TVIII2 (111-114)TIV3 (136-139)AH3 (124-128)3H1 (145-147)S5 (132-135)TI4 (138-141)S12 (292-296)AH7 (248-261)AH4 (148-157)S6 (161-165)TIV4 (166-170)S7 (170-176)TIV5 (175-178)S8 (179-180)TIV6 (230-233)TI5 (181-184)TIV7 (240-243)AH5 (191-202)AH6 (220-227)TI8 (286-289)3H3 (298-301)AH9 (303-312)TI2 (56-59)TI6 (182-185)3H2 (213-215)TI7 (207-210)S10 (230-231)S11 (234-235)TVIII3 (158-161)S9 (186-188)TII1 (70-73)Updating...
connected with : NaN
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 100
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A01
5AQLA 3GDQA 1IJJA 2QXLA 3LL3A 2F9WA 4MO4A 1U6ZA 3UKRA 3R9PA 2A42A 3HM8A 5KQ8A 3OHRA 4A2AA 2VCPA 3LDOA 4FWOA 4HWIA 4BC3A 4Z94A 1MDUB 4H5WA 3QBWA 2YCHA 3I8BA 5AZJA 5EX5A 3C0BA 2P9PA 5AFUA 2CGLA 4H0OA 3FZMA 1K8KA 2A41A 2GUPA 4BQLA 3FZLA 4L3QA 4DQ8A 4K25A 3S41A 3DXKB 4IXCA 5AQZA 1QQMA 3VPZA 4CD1A 3BEXA 3D2EA 3TU5A 1LCUA 4WYBA 1NGEA 2E1YA 3SJHA 3AAQA 2W40A 2CGJA 5AQNA 3AAPA 1GLJO 4DCHA 5F0XA 3SLCA 1BOTO 3BF1A 3CIPA 4BRNA 1ESVA 1ZC6A 1R59O 3BP8A 3EKUA 3TPQA 3VEVA 5EVZA 2ITMA 1Z05A 3LDNA 1KXPA 2ZF5O 1NGJA 1YXQA 2DPNA 4XH5A 1HUXA 4WQ4A 1YAGA 3FFKB 2W41A 4PL7A 3A5NC 4GNIA 4H0TB 4JAXA 3KZBA 4YDUC 1DGKN 3HSCA 5AQMA 1V4TA 5JLHA 1SAZA 3A5MC 3R8EA 4XH1A 3VEOA 2CH5A 3U9DA 4CZGA 1QQOA 4I6MB 5BRHA 3FGUA 3VOVA 4AM6A 5AQTA 4FWSA 3O80A 2P9SB 3IDHA 4B1UB 3O4WA 1X3MA 3FZFA 2HF3A 1KAXA 2QWNA 2I7NA 1CZAN 1KAYA 5AQYA 4CBWA 3H3OB 5I9EB 2Q36A 3ZX3A 1NGGA 2P9KB 2P9NA 4WQ5C 4BR2A 3IUCA 4BRMA 3EO3A 2GWJA 3U9ZA 4CI6A 1BUPA 2E1ZA 5F1XA 3P4IA 3BUZB 4ISGA 3ID8A 1ATSA 4CJ7A 4PKGA 1HKCA 1HKBA 3DAWA 1NM1A 1NGFA 2YHXA 2P9UB 2ZGZA 5F2RA 2A3ZA 4K41A 5E26A 1HX1A 5EY4A 3AARA 4JHDA 1XQSC 4MO5A 4B1YB 3SMPA 4CZFA 3C7NA 5FPDA 3CQYA 4BRDA 2GTDA 2PBDA 5E84A 3HI0A 3RSEA 3U8XA 3VF6A 1U2VB 4FWPA 2FF3B 5AQVA 4GY2B 3CJBA 3FR0A 1C0GA 3ZETA 1GLFO 4K42A 2E2NA 3ZEUB 3UB5A 2Q0RA 3KVGA 4C23A 1IG8A 2QWLA 1T44A 3IMXA 1NGHA 1ATNA 4NB4A 4H5NA 4EIAA 4O8KA 3L4IA 3H46O 3VGMA 1LOTB 3FZHA 3ENHA 4B1XB 4M7YA 1NMDA 1X3NA 3M1FA 3JS6A 3O08A 4PKIA 2CH6A 5BN9A 5JICA 3WXIA 4FO0A 3QB0A 3DXMB 4BC2A 5AZIB 4BRLA 4QS7A 4F9OA 2YI1A 3CERA 4BG8A 3JXUA 2J4RA 5AQSA 3GBTA 5CE3A 4CZHA 2V7ZA 4CBUA 4CD3A 3EN9A 4BVOA 3VEYA 4PL8A 3MN9A 2F9TA 4J8FA 2P9LB 3H45C 5EXWA 3O1WA 2FLOA 1C0FA 4B1WB 4H5RA 5KQDA 3EL2A 3WT0A 5BPMA 4H03B 2CGKA 1NWKA 4IZ9A 1G99A 1P8ZA 1MA9B 1GLCG 4DB3A 3LDLA 3GE1A 3ATUA 4JD2A 1XUPO 4I6MA 5ELZA 4CZJA 2BTFA 3LDQA 4FWNA 3UKRB 4A62A 3DJCA 4QS9A 2D1KA 3BF3A 5AQJA 4ISFA 1D4XA 1TYQB 2P9SA 2IVNA 2QM1A 3VF2A 1HKGA 3GOIA 3ZX2A 2IVPA 2P9PB 3O8MA 1BU6O 3VF4A 1XC3A 2P9IA 3HTVA 3W0LA 3O5BA 5ADXH 4BVPA 2KHOA 1K8KB 3O6WA 4H0PA 4BR5A 3AY9A 2P9KA 3CI5A 4BGAA 4CZLA 4BR4A 5BN8A 3QFUA 3IFRA 4FWRA 4WQ4C 3A5OC 3ZX0A 4H0XB 5LY3A 2NRHA 1RDWX 2D0PA 1GLAG 3WUHA 3UKUB 2GELA 1S3XA 4BRAA 5AQOA 2P9UA 3J8AA 3EKSA 3R6MA 4QS8A 5KPTA 4BRHA 2V51B 2NZTA 1JCEA 2D0OA 2IIRA 4O5FA 3WQUA 4EAHD 2Q31A 3H3NO 4FSVA 2E88A 1T6CA 3MK6A 3WEEB 1DEJA 2YHWA 4JNEA 4RCHA 2A6AA 2HF4A 2PAVA 3ATVA 5AFUH 4BRCA 5LJVA 3ZEUA 4BC5A 2QW9A 3LDPA 4EFHA 5B8HA 4DHYA 4MLEA 3QBXA 2FSNA 1E4FT 3ULEA 3L6QA 4CZKA 4H0VB 2H3GX 2QWOA 5BRDA 3MN6A 4NO7A 3D2FA 5AQRA 1BA0A 5AQWA 3VERA 1NGBA 4XEIA 1BDGA 3WQTA 2FXUA 5LJWA 2P9NB 1SQKA 3VEXA 2Q1NA 2GWKA 3DXMA 3VESA 1KAZA 3CJ1A 5AQGA 2E2PA 1GLDG 5EOYA 2E2QA 4FPAA 3KHYA 1BG3A 2Q2RA 3DWLA 5AQUA 4RWTA 2ZGYA 3VENA 4JN4A 5AQFA 3QDKA 4M7XA 4B1ZA 3O1BA 1TUYA 2YJFA 3DXKA 4IO8A 3FE1A 2ASOA 3SK3A 4FOEA 2FF6A 5AQHA 1Z6RA 4JHDB 4BRGA 3UE5A 3FZKA 1YUWA 4A61A 2V52B 4BQZA 3RSEB 1SZ2A 2ASMA 3VGKA 3QMLA 2Q0UA 1WUAA 3QFPA 1J6ZA 2OANA 4FL9A 1GLBG 3CQXA 4K43A 3ZETB 2QWPA 5JMVA 3MN7A 1GLEG 3WXKA 1TYQA 3LM2A 2BUPA 3HZ6A 4M63C 4IJAA 2VYPA 2QWMA 3M3ZA 5AQKA 3H1QA 1QQNA 5KPRA 4FWKA 4BRFA 4FWMA 1ZBSA 3H1VX 4EHUA 4PKHA 3U4LA 4IWVA 1BO5O 1GLLO 4BRQA 2FSKA 3B8AX 1BA1A 1ATRA 4FWLA 5FPEA 1YVNA 4YDUA 2ZWHA 5AZJB 4ISEA 1E4GT 1OKJA 3UKUA 5AQXA 1V4SA 4CZEA 4Y0WA 1EQYA 3CHWA 5FPMA 3GL1A 3QICA 2WUSA 1Y64A 3LM9A 4BROA 3CJ9A 4IJNA 3D7EO 3WXJA 3D2EB 4KBOA 4BG9A 2FSJA 5KPZA 2VWBA 2ASPA 4HTLA 1NLVA 1ZXOA 2YHYA 3I33A 3GG4A 2E2OA 4LC9B 3SMSA 3WEEA 4H5TA 1NGDA 3MCPA 3MDQA 5AQPA 2IVOA 4JD2B 2QWRA 4WQ5A 5BPNA 3MMVA 4EHTA 4RTFD 3G25A 3M6GA 4FOIA 1NBWA 4CZMA 1HLUA 3L0QA 5AQQA 5FPNA 1X9JA 3VEWA 3W3DA 3CJAA 1QZ5A 2Q97A 1MWKA 4FPBA 4H5VA 1U2VA 1S22A 2UYTA 4CZIA 2P9IB 4H0YB 2A5XA 1Q18A 2AP1A 4MLHA 1NGCA 3MN5A 1HPMA 4E1JA 5JLFA 2EWSA 4BC4A 4BRKA 4BR0A 4FWQA 4BRIA 1MWMA 1NGAA 4BR7A 5AQIA 3A8YA 3H6EA 5BPLA 2AA4A 3A5LC 1DKGD 2E8AA 1BWFO 3A0IX 3CJ7A 2E20A 5BRFA 3VETA 4CBXA 2QWQA 4AM7A 4BGBA 1JCGA 2GEMA 1RFQA 1NGIA 3VEZA 1WOQA 2HMPA 4B1VA 1TUUA 3EZWA 5AZIA 5BR9A 5ADXA 2A40A 3WXLA 4B9QA 5AR0A 1RGIA 4BRPA 5BREA 2I7PA 4A2BA 2V7YA 2HOEA 4BR9A 1H1VA 3CETA 2P9LA 3CJCA 3VGLA 1QHAA 2D4WA 3ENOA 5TKYA 3HBTA 1HJOA 1JCFA 1T6DA 3ULEB 4BREA 3C7NB 3F9MA 1QZ6A 2YJEA 2NLXA 4XH4A 3FLCO 3D2FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIFA 1IJJA 2NRZA 3KIOA 2HVIA 4IBNA 1OVQA 2A42A 3KJVA 5FRMA 4BC3A 1NK5A 2XO7A 1MDUB 1Q9YA 2QEXN 1NKCA 3SQ1A 3NFAA 1BCOA 5EX5A 3I56N 3SCXA 4CJWA 4C8NA 1JLGA 2P9PA 4Z4GA 1Z26A 3AVCA 5FDLA 3SZ2A 4CJ4A 4DV2K 1WLJA 4FJ7A 4UQGA 3DXKB 3VPZA 1SL2A 3VQAA 3BEXA 2GBZA 4CJLA 4CF8A 2E1YA 3AAQA 2W40A 1GLJO 4DCHA 3MWTA 4MDAA 1U45A 1JJ2M 1S9GA 4FJ8A 2OPRA 2X6SA 3SUNA 3TPQA 2WOMA 4FJJA 3K5NA 2ITMA 1KXPA 3NHGA 1RT3A 3ZLJA 4WQ4A 3FFKB 4JAXA 2YV0X 3HSCA 5AQMA 3EE8A 1V4TA 4DFJA 1YHQN 3A5MC 4DWIA 2QK9A 3VEOA 3MAQA 1NJWA 4CESA 2QA4N 2W6KA 5BRHA 1IKXA 3KK1A 4O5BA 4DSLA 3OS1A 1NG9A 5AQTA 3O80A 4FLXA 1HQEA 2P9SB 2ZJQL 2KZMA 2YHBA 4B1UB 1Q8IA 3ZT2A 3DMJA 2RPIA 2D5RA 3OW2M 4CF1A 1KAYA 1VSIA 3AO5A 3OYHA 2VWJA 3ISNC 4QCLA 3ZX3A 4NYFA 2P9NA 4HVJA 5LMNK 3U9ZA 2KTQA 3SPZA 1BUPA 1SKSA 3P4IA 3ID8A 1ATSA 3ZYYX 1SL1A 3DAWA 1NM1A 4Y1CA 1P90A 2OTJN 2A3ZA 3JAMO 5E26A 3VQ5A 1Q81O 1YI2N 1UAXA 1RCHA 3CCLN 4BWMA 5FPDA 3CQYA 2GTDA 2PBDA 3HI0A 4DV7K 1U2VB 5AQVA 3CJBA 3CFPA 4FJNA 3HPGA 1MU2A 1C0GA 3ZETA 4OGEA 3SQ0A 3DYAA 4M3YA 2E2NA 1J54A 2WBNA 1FKPA 1IG9A 2ITGA 3D0PA 5CR4A 2QWLA 2RN2A 3NVKA 3VQ6A 4NLBA 3CF5L 2BDPA 4OKJA 3L4IA 1LOTB 4FW2A 1VQ9N 3M1FA 2ZM6K 2PYJA 3LP0A 3O08A 1JXBA 4YNQA 5BN9A 3VA3A 3NGYA 4B9TA 5GINA 1JLCA 4QS7A 3AVKA 3CMEN 4BG8A 3ZT1A 4CZHA 5KI6A 4FLWA 4N41A 2F9TA 1NOZA 4J8FA 3KWIA 4X62K 5C2DA 2FLOA 3T3FA 1N8RO 3E1YA 4FZYA 4H5RA 3WT0A 2CGKA 3RMAA 1NWKA 4IZ9A 1W2BM 1XHZA 4E89A 1G99A 1C0UA 4DB3A 2XY5A 3K59A 3AVAA 1NK8A 4BY9C 3P83D 4I6MA 1CXQA 3LDQA 3DJCA 4B3OA 3VF2A 3GOIA 5FLXO 1YT3A 3K2PA 3OJSA 2IVPA 3O8MA 2P9IA 5E41A 3ZSXA 4DR3K 3O6WA 4I7FA 4KB1A 3AY9A 2YKNA 4IFYA 3THWA 4B3SK 3L2UA 4X65K 1BI4B 3QFUA 5MLCQ 5J2QA 4WQ4C 3ZX0A 1JLBA 2NRHA 2G8UA 2D0PA 3HRGA 3HJFA 2GELA 4ICLA 1NJXA 3TANA 4CEQA 3RWUA 4QS8A 4YOYA 3HVRA 4DR5K 4DR7K 1TKDA 4KHYA 4DTOA 2E88A 4GKJK 2HSTA 2XRIA 1DEJA 2Z1IA 1NK9A 4ELUA 3EE9A 4RCHA 2A6AA 2P5GA 4BC5A 3MX5A 3LDPA 5B8HA 4DHYA 3IG1A 3QBXA 2FSNA 4DS5A 4H0VB 2H3GX 3C6UA 4NO7A 3D2FA 5CYQA 2UXDK 3KWGA 4DSIA 4R5PA 3AA2A 3MWPA 3WQTA 3TAQA 3HPOA 2UXCK 5LJWA 3T69A 3LP1A 1KVAA 1XNQK 1KAZA 1T03A 4FPAA 1BIZA 3SAGA 3NH2A 4M7XA 4DQIA 5C2FA 2YJFA 3FE1A 5AJ3K 3QIOA 1N33K 1QQCA 1RBVA 1Z6RA 3EY1A 3VTIA 2QKKA 3O9UA 3F73A 3WNHA 4B9UA 2V52B 4O44A 4DMNA 5FRNA 1CLQA 3RSEB 1I3AA 4IKFA 3HVTA 5KTQA 4M41A 1J6ZA 4FL9A 2X6NA 4LF6K 1I94K 3WXKA 4FM2A 3CCRN 2HB5A 4M3XA 2YNGA 2BUPA 2KFNA 4IJAA 2O8CA 3N4QA 3V9ZA 2FBTA 5AQKA 1U48A 1KTQA 5KPRA 3AGRA 3NBPA 4AH9A 2YNIA 4FWMA 4EHUA 3JSMA 4PKHA 1VQ6N 3OYDA 1CXUA 1B9DA 5FPEA 4CJKA 4MDBA 3VMFB 4TSXA 3P5JA 4DTNA 4OO1J 1E4GT 3HM9A 3UKUA 2IC3A 4LF8K 1NJZA 2E6LA 4Y0WA 1KLNA 2P51A 5FPMA 4BE0A 4BROA 3LANA 3THYB 3TSPA 2I5JA 4IJNA 3SQ2A 1B92A 5TKWA 3ALYA 5C15A 1HJRA 3GG4A 3PIPL 3SMSA 3WEEA 4CJTA 4CIEA 4JD2B 4WQ5A 1ZBLA 1W7AA 4CEDA 2HHHK 3HOSA 4CJSA 5LMUK 1QZ5A 2Q97A 3M8SA 1TK0A 1RTHA 4B3MK 1S22A 2UYTA 4NLCA 3DLLL 3RMDA 3NCIA 3KKSA 5M1PA 1YIJN 1S1VA 1LAWA 1HPMA 4FK0A 3PY8A 3OTOK 1OH8A 4FWQA 1VSHA 4FM1A 1MWMA 2IDOA 4KHNA 4JK7A 1IO2A 1OH6A 1QS4A 1QE1A 4M3RA 3OYFA 1DKGD 4Z0UA 4I9LA 3BZCA 2XY8A 2QWQA 4YFUA 1KVBA 4LFBK 4BACA 1T3VA 3G71N 2BANA 1HNZK 1RFQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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