4BG8A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (monoclinic space group)
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
total genus 100
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A01
3C7NA 2P9UB 1T44A 5AQJA 5AFUH 2D1KA 2P9NB 3D2FA 4M63C 1DEJA 2KHOA 3A5MC 3SMSA 3VEXA 3ZEUA 4BGAA 5FPEA 5KPZA 4CZHA 1NM1A 2VYPA 2E8AA 3I8BA 3M1FA 4CZIA 4XH4A 3EZWA 4Y0WA 5AQNA 4H0XB 3S41A 5JICA 2GWKA 4BREA 2ASMA 3I33A 1GLCG 4A2AA 5AZJB 2QWNA 4QS8A 1JCEA 3GDQA 5BR9A 4CZKA 2E1YA 2Q0RA 2J4RA 5AQKA 2P9PB 3ZX2A 4H0PA 2HF3A 2IVNA 1DGKN 3G25A 2E88A 2D4WA 1V4SA 2PBDA 4FWOA 2CGKA 1NGAA 2IVPA 3QFPA 2ZGZA 3CETA 4C23A 3DXKB 4IXCA 3DJCA 4BR4A 1X9JA 2CGLA 3LDPA 4MLHA 4BR5A 5ADXH 5BRFA 2QWRA 2IIRA 4CBXA 2P9KA 2E2QA 2VWBA 3LDQA 1T6DA 3WEEA 1H1VA 5AQMA 1K8KA 5AQGA 1OKJA 5B8HA 1U6ZA 3SK3A 4GY2B 4RWTA 4BVPA 2Q31A 1BA0A 3FZLA 4FWMA 1BU6O 5LJWA 5AQTA 5F2RA 1G99A 5AFUA 2P9LB 3VEVA 1RDWX 1GLBG 5I9EB 3A5OC 4FWQA 4A62A 4IJNA 3O8MA 1XC3A 4MLEA 3QB0A 3VEWA 4RTFD 4DCHA 2QWQA 3MCPA 3R9PA 4JHDA 5AQOA 3U9DA 1Z05A 3RSEB 3CJ9A 4K41A 4BRFA 1RGIA 1NGFA 5AQIA 5AQVA 3QMLA 5FPDA 4EHUA 2A41A 3WUHA 4A61A 3EN9A 4CD3A 3LDOA 3O1BA 1GLAG 4FO0A 3BUZB 4IWVA 4PKIA 4IJAA 3ZETA 3DXMA 3OHRA 3HTVA 4CZJA 1QZ5A 3AY9A 1NGDA 4BR7A 4H5NA 4QS7A 4BRLA 3CQYA 1Y64A 1LCUA 3IUCA 2WUSA 3FFKB 4MO4A 3F9MA 5E26A 3B8AX 4RCHA 4A2BA 3ATVA 3WXJA 3GOIA 3SLCA 5KQDA 4XEIA 5AQZA 1GLJO 2A40A 4ISEA 3VF4A 5AZJA 2GEMA 1KAZA 3EL2A 3WQTA 5BN8A 1KAXA 5AQXA 4AM7A 3MN7A 1C0GA 3FLCO 1QZ6A 1JCGA 4BG8A 2P9IB 4BRQA 3H6EA 3C0BA 1ESVA 1KXPA 4AM6A 4LC9B 1S22A 4XH1A 4H0VB 3TPQA 1CZAN 4CZEA 2ZF5O 5AQLA 2QWOA 5EX5A 1NBWA 1HKBA 3FZHA 3ID8A 5BPMA 1ZC6A 4B1UB 1SZ2A 2BUPA 4BRIA 2D0PA 5ELZA 4B1XB 5LJVA 5AZIA 2FF6A 4FPAA 4CD1A 3A0IX 4H5VA 4CBWA 3AARA 1R59O 2CH5A 2GWJA 2NRHA 1RFQA 4CI6A 1QQNA 1P8ZA 1EQYA 1HPMA 3ULEA 2YJEA 1NLVA 1QQMA 3IMXA 4FWSA 4B1ZA 1BG3A 4ISGA 3U9ZA 2CH6A 3KHYA 4CJ7A 2E2PA 2P9LA 4BG9A 3QICA 4BRMA 1ZBSA 1NWKA 4QS9A 1NGHA 3TU5A 5LY3A 3GE1A 2YHYA 4B1VA 1TUUA 1WOQA 1MDUB 1NMDA 1BO5O 2NZTA 4BQLA 3CJBA 3ENOA 2VCPA 3CJ7A 3HBTA 1XUPO 2A42A 4M7XA 1T6CA 2F9TA 4DB3A 2F9WA 4BRKA 4FWNA 1D4XA 4BVOA 1Z6RA 3VENA 4BRHA 3O4WA 4WQ5A 3CJ1A 3L4IA 1WUAA 5AR0A 3UKUB 3H1VX 3U8XA 3CIPA 2ZGYA 2E2OA 4DHYA 2Q1NA 1NGBA 3MK6A 4NO7A 3H3OB 3CERA 3J8AA 3EKUA 3JXUA 3CJCA 2AP1A 1GLEG 3VEZA 1JCFA 4FWKA 3IDHA 4J8FA 1NGCA 3O08A 2QWLA 1HX1A 3A5LC 3BEXA 1E4FT 2D0OA 4WQ5C 5JLFA 2ZWHA 5AQUA 1GLLO 4CBUA 3L0QA 1BWFO 2QM1A 4KBOA 4FWPA 3ATUA 3UKRA 4JD2B 4FL9A 4FPBA 3MN5A 2NLXA 3VETA 2P9UA 2P9NA 2H3GX 4BRCA 5FPMA 3GL1A 1YAGA 3QBWA 1HJOA 3WT0A 1ATRA 1TYQB 3A8YA 4FWLA 1YUWA 2E2NA 4Z94A 4XH5A 5ADXA 3KZBA 3HI0A 3GBTA 4EAHD 5AQWA 3WEEB 1TUYA 3R8EA 1K8KB 2Q2RA 3WXLA 2W40A 1NGGA 3MN6A 1BUPA 3VEOA 3D7EO 2P9PA 3VESA 5KPTA 2ASOA 1MWKA 3BP8A 3VPZA 2HF4A 1C0FA 4GNIA 1NGJA 2V7YA 3R6MA 4L3QA 4CZFA 4H0YB 1IG8A 3GG4A 5JLHA 4M7YA 2QXLA 4E1JA 3VGLA 3O80A 3DXKA 2QWPA 2V7ZA 2YHXA 4BRGA 3MN9A 4BR0A 3QDKA 3VERA 4H0TB 4H0OA 3SMPA 2DPNA 2EWSA 4B9QA 3VEYA 4FSVA 4B1YB 3L6QA 4EFHA 4H5RA 3MDQA 3LDNA 2QWMA 3DXMB 3ZETB 5BPLA 4BQZA 1NGIA 3D2EB 2V52B 1X3NA 1HKGA 3UKUA 1BDGA 5FPNA 4DQ8A 3UB5A 3FR0A 4BC2A 4I6MB 1SQKA 3M3ZA 1KAYA 4BR2A 3ZX3A 5AQPA 2A3ZA 2BTFA 1YVNA 4BROA 2AA4A 2E20A 5EY4A 5EXWA 3FE1A 5AQSA 4FWRA 5EVZA 4K25A 3DWLA 3AAQA 3RSEA 3WQUA 4B1WB 4CZLA 4YDUC 3KVGA 5AQHA 5EOYA 5E84A 2P9SB 4PKGA 4IO8A 2GELA 5BRHA 3IFRA 2GUPA 3ENHA 2HMPA 4IZ9A 1BA1A 5BN9A 2I7NA 2FLOA 4BC5A 3EKSA 1U2VB 3VGKA 1J6ZA 4JD2A 4PL7A 3VF6A 4NB4A 5F1XA 3MMVA 3VF2A 1DKGD 1XQSC 1NGEA 3C7NB 4MO5A 3D2FB 4JAXA 3ZEUB 4BRDA 1GLFO 1S3XA 1TYQA 2FSJA 3M6GA 3H1QA 1GLDG 4JNEA 3H45C 4O5FA 3BF3A 5BPNA 5AZIB 2ITMA 4BRAA 5AQYA 4PKHA 2GTDA 3W3DA 5BRDA 5AQFA 4BRPA 3WXIA 1HLUA 4O8KA 3P4IA 5JMVA 2Q36A 3QBXA 1ATNA 1HKCA 2FF3B 3ULEB 1QQOA 4EHTA 2IVOA 3H46O 2W41A 2P9IA 2PAVA 3QFUA 4WYBA 4H5WA 3LL3A 1X3MA 4K42A 2YI1A 3FZMA 3BF1A 2YCHA 4WQ4A 3LM2A 4H5TA 3LM9A 1ZXOA 4F9OA 4JN4A 3CI5A 1HUXA 3U4LA 4K43A 2ASPA 5KPRA 4CZGA 3CHWA 3O6WA 1ATSA 2QW9A 4HTLA 3DAWA 2HOEA 3VGMA 2P9KB 5AQQA 3W0LA 4HWIA 3O1WA 2I7PA 2YJFA 3FZFA 2Q97A 3SJHA 3H3NO 5F0XA 3D2EA 1LOTB 2FSKA 4WQ4C 5TKYA 3FGUA 1Q18A 3VOVA 2CGJA 1QHAA 4BGBA 4I6MA 4PL8A 4EIAA 2A5XA 3UE5A 1E4GT 1MWMA 3CQXA 4ISFA 2FSNA 2FXUA 5CE3A 2Q0UA 3HM8A 4BC3A 4FOIA 2E1ZA 3JS6A 3FZKA 4JHDB 1V4TA 4BC4A 4CZMA 3AAPA 1MA9B 1YXQA 2P9SA 5BREA 5AQRA 3HZ6A 2OANA 1SAZA 5KQ8A 2A6AA 3CJAA 3WXKA 1U2VA 1IJJA 3HSCA 4H03B 4YDUA 2YHWA 4BRNA 3EO3A 1BOTO 3O5BA 2UYTA 3UKRB 3A5NC 4FOEA 3ZX0A 3LDLA 2V51B 4BR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C7NA 5AFUH 4HVJA 4DV0K 3D2FA 3SMSA 1DEJA 2KHOA 5KPZA 4DFJA 1X9WA 1Z25A 2F8SA 2OZSA 1OVYA 3ZT3A 4FJKA 2VYPA 2E8AA 3V4IA 1G15A 3U3GA 3HXMA 5AQNA 4OKJA 3THWA 4H0XB 4I2QA 5FROA 2ASMA 3TARA 1KC8O 1HPZA 4GV3A 1BGXT 4CJVA 1LW0A 4LFAK 4PQUA 3NF9A 5AQKA 2P9PB 3ZX2A 1SKWA 3CCUN 3HOTA 3CD6N 2DFHA 1TKXA 1TAUA 1EX4A 2IVPA 2HHTA 3S3NA 1NK4A 2XY7A 4IXCA 4BR4A 2CGLA 5EU7A 3LDPA 4MLHA 4AF1A 4BR5A 1VQ9N 4QCLA 4KH6A 1WBBA 1VRUA 2XY5A 5C15A 3O3FA 3DMJA 3LDQA 3RMDA 4CE9A 1OKJA 1DLOA 4BVPA 1S1XA 1XC9A 4HUGA 4E1MA 3KD1E 4DR3K 3AVAA 4JI8K 2O8BA 2GBZA 4U67L 4DTXA 5KRTA 4IJNA 4MLEA 3QB0A 3VEWA 1ASVA 3ISNC 4JHDA 3RSEB 3CJ9A 3MCAB 4K41A 4BRFA 1W2BM 4YOXA 5C2DA 2A41A 5HRPA 4ZTJA 4M3WA 3PSFA 3VQCA 1EP4A 4A61A 3AVIA 4CFDA 4B8CA 2GX9A 3LDOA 3AA3A 3O1BA 1GLAG 3MEDA 5GAGP 2HBLA 2G8WA 2P1JA 3O4NA 4PKIA 4FLZA 1VQ7N 4KPYA 1QZ5A 1U47A 4GV9A 5LMNK 1C1AA 2KLAA 3TABA 3B8AX 3QNOA 4QOZB 4FZYA 1RT6A 4AHRA 3GOIA 3R1XA 2ZJRL 3VQ7A 2OPSA 4XEIA 4HUEA 4FLUA 1L3TA 1IKWA 4FLVA 3AO2A 4DTJA 2GEMA 3T3FA 3SCXA 4DU3A 3WQTA 1KTQA 2EHGA 3ZSZA 3MN7A 1TAQA 1C0GA 1JCGA 4BRQA 3AVNA 4YOVA 2E4LA 4AILC 4N47A 4GV6A 1VQMN 3CC4N 1CZAN 2NRRA 3V1QA 3VQ8A 2QWOA 5EX5A 4B9VA 3ID8A 1S6QA 2BUPA 1IH7A 4DV1K 5AZIA 4CGHA 1YF5L 4CJSA 4CBWA 1VQON 3AARA 1R59O 4JRQA 3KK1A 3PX4A 3O3GA 2FBXA 1FJGK 3ULEA 4CK1A 1NLVA 1QQMA 4B1ZA 4Z4FA 1BG3A 3U9ZA 5J2MA 2XY8A 2P9LA 1ZBSA 4UQGA 1NGHA 1JLFA 2YHYA 4O5BA 4B1VA 2KZMA 1JL1A 1WOQA 2WFBA 4DR1K 4FK0A 1J9AA 4BQLA 3D6RA 3NGZA 2OPRA 2NUBA 5HOOA 1HYSA 4ILGB 3JSMA 3NCIA 3CCMN 3DLKA 1BHLA 4FWNA 1VSIA 3VENA 4JKGB 1DTTA 2R7YA 3O4WA 3HP6A 3H1VX 3L2VA 5GAEP 4FM2A 2Q1NA 4J2DA 3MK6A 3AVBA 3H3OB 4DTUA 1K9MO 3JXUA 2QTDA 1GLEG 1NG9A 3EYZA 4C8LA 1OH6A 3O08A 3C6TA 4ICLA 4F3OA 4WQ5C 4BDZA 1K8AO 4CBUA 1S1VA 4DLGA 3QNNA 1RDAA 4F2RA 3S3OA 1UOCA 1NOZA 4LD0A 2H3GX 4CJPA 1HJOA 3WT0A 2Z1GA 1ATRA 2BH1A 3J7YP 3HI0A 3CM6A 5DK5A 1NOYA 3AO5A 1WLJA 2Q2RA 3DLLL 4JI3K 3CYMA 4E19A 1CZ9A 4DQSA 1M1KO 1RDDA 1KVAA 1TKDA 4FJIA 3NGYA 4DMNA 5C0YA 1DT9A 3R6MA 4CJWA 1VQPN 5JLHA 2KTQA 2O8FB 3GG4A 4M7YA 3KJVA 4B9MA 4B3RK 3T19A 1W9HA 3O80A 4EZ6A 2V7ZA 3KWGA 4WFNL 4DV6K 3ZSRA 4RW9A 2DPNA 4CJ3A 4FJ9A 2A1SA 3SQ2A 3VEYA 3MXIA 2GUIA 1YTUA 3DXMB 1X3NA 3CCSN 4FW1A 2O8EA 5FPNA 4DQ8A 3OYJA 3EE9A 5HL7L 1N36K 5H1SQ 4ZHRA 1HNZK 4FVUA 3M3ZA 1KAYA 1C0UA 3ZX3A 1YVNA 4CGJA 4BE1A 1HNWK 1BL3A 5DM7L 1EETA 1YVUA 3LP3A 3TTDA 1ZBIA 4IO8A 4E7IA 5D3GA 1JXBA 2HMPA 1BA1A 1QSSA 3L2RA 1VSJA 1Q81O 3EKSA 4KB0A 3VGKA 3VF6A 4Z0UA 1XQSC 3QETA 4MO5A 3V9WA 5KTQA 3ZEUB 4IFEA 3AVHA 1S3XA 3H1QA 2UUAK 1GLDG 3H45C 2OYQA 2KZZA 2ITMA 1C1BA 3J7AP 2GTDA 5AQFA 3WXIA 3TAMA 3QESA 3VQ5A 1XHXA 2Q36A 2HHUA 1UA0A 2RN2A 3SBGA 2VG7A 1ATNA 1HKCA 1YJWN 1RTIA 1WBDA 4CFAA 5MLCQ 5SZTA 2YI1A 3FZMA 3BZCA 3MAQA 4Z4IA 4LFCK 3TI0A 3LM2A 3VQEA 4B08A 2Z1IA 4JN4A 4M3RA 1JLQA 4K43A 2YHAA 3CHWA 1W7AA 4DUZK 4X66K 3O6WA 1NU0A 1OH8A 3DM2A 4HTLA 2P9KB 4LSLA 5AQQA 3W0LA 4HWIA 3O1WA 1UAXA 3FZFA 2Q97A 3OVNA 4FLYA 3V1OA 3WNGA 3D2EA 2FSKA 3QINA 3RVCA 1Q18A 5DM6L 3THXA 3HPOA 3SQ4A 1OH7A 1E4GT 3HK2A 1RBRA 1SKSA 2FSNA 3F9KA 1NK5A 3HM8A 4FOIA 5KRSA 3DYAA 1YXQA 4OJRA 4CJKA 4BDYA 1OH5A 3NH2A 5AQRA 1KFSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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