4BG9A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (orthorhombic space group)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 92
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A01
4HWIA 1U2VB 2QXLA 4A2BA 4BRAA 2CH5A 1BG3A 2P9UA 2ITMA 2A5XA 4BR7A 1IG8A 3EL2A 4EIAA 4I6MB 3ULEB 5F0XA 4RTFD 4CZJA 2BTFA 1XUPO 3VGLA 5JLFA 3LDLA 3R8EA 3UKRB 5LY3A 1LCUA 2A40A 3VEVA 2QWLA 2ZGZA 2V51B 1BU6O 1LOTB 1Z05A 3SLCA 3VEWA 1ZXOA 4FL9A 4CZEA 3RSEA 4BRPA 4FWPA 5AQIA 5AQOA 4FWOA 3DXKB 3MN7A 4BRHA 3GE1A 3L4IA 3O1BA 2Q97A 5KPRA 4BREA 4EHTA 3ZEUB 4LC9B 4BGAA 3IFRA 5BRFA 1NBWA 3C0BA 2WUSA 3O1WA 3QBXA 4IZ9A 2YJFA 3BP8A 3IDHA 2I7NA 1H1VA 1GLAG 2Q36A 4BRMA 4PKHA 3VEZA 4F9OA 4PKGA 4BQLA 3M3ZA 2P9UB 1T6DA 3WQUA 1BUPA 2YI1A 3ENOA 4BR0A 4H03B 1ATRA 2D1KA 2VWBA 2V7ZA 1BDGA 1C0FA 3SMSA 3ZX2A 2IIRA 3S41A 2Q2RA 3UB5A 4EAHD 4BG9A 1HUXA 2E2NA 3CJAA 1GLBG 3BEXA 4GNIA 3ZETB 2BUPA 1HX1A 3MDQA 3P4IA 4BR5A 1HLUA 3VERA 3FGUA 3A5MC 4BRIA 1E4FT 1YAGA 1MWKA 2CGLA 1SQKA 3MMVA 3GOIA 2P9PA 4O8KA 4PKIA 1D4XA 4HTLA 1V4SA 2ASPA 5AQHA 3U8XA 3U9ZA 4FPBA 2YJEA 3WT0A 5AZIB 1K8KA 4FO0A 3KZBA 3DWLA 5LJWA 3JXUA 5AQGA 2E2PA 4K41A 4WQ4A 4DCHA 1RFQA 4BRQA 3A8YA 1KXPA 4BR4A 3MCPA 1BWFO 1TUYA 3VF4A 1MA9B 5ADXA 1HPMA 1TYQB 4BRDA 5FPDA 4H5NA 3VEYA 2W41A 1ATNA 5AFUA 4Z94A 3FE1A 1JCEA 3C7NA 3VF2A 4BRFA 2D0OA 1BA1A 3WUHA 1MDUB 5F1XA 2AA4A 4H0YB 1DKGD 4YDUA 1BOTO 1QZ6A 3D2EB 1NGIA 4MLEA 2FXUA 3O5BA 1TUUA 4BRKA 3GG4A 2F9WA 5BN8A 4BC5A 4FWKA 3VGKA 4BG8A 3UKUB 3WXLA 2P9IA 4IJNA 4BRNA 1S3XA 1YVNA 3CHWA 3VETA 4H5RA 3WXKA 3VESA 3CJ9A 2GWKA 2NLXA 3OHRA 4L3QA 1NMDA 3ATUA 4H0TB 3CQXA 2ZWHA 3QFPA 1CZAN 3ZX3A 1NM1A 1NGDA 2PAVA 1RGIA 5KPTA 4B1WB 2P9KA 2QWQA 1EQYA 3AAPA 4ISEA 1NGBA 4FWQA 3KHYA 2CGJA 1E4GT 2GELA 4FWNA 4M63C 4C23A 4XH4A 5AQWA 4FWMA 1NGAA 5JICA 3CETA 4IXCA 5AQKA 2A42A 4B1XB 1NWKA 2E1YA 3MK6A 4CBWA 2CH6A 5E26A 5EVZA 3ZX0A 4DB3A 5BPMA 3D2FA 2FSKA 4BGBA 4BR9A 4O5FA 3GBTA 1T44A 2IVNA 3DJCA 4CZGA 2V52B 1ZBSA 3JS6A 4IO8A 4JNEA 4FOIA 5JMVA 4M7XA 2YHWA 4K43A 4BRGA 2A6AA 4H5TA 1GLDG 5BPNA 2P9LA 4RCHA 2D4WA 5AZJA 3CERA 2J4RA 3VF6A 5AQQA 5AQPA 1ESVA 1JCGA 2GUPA 3A0IX 3WXIA 4CJ7A 4MO5A 3W0LA 1DGKN 4M7YA 5AQLA 2UYTA 2YHYA 1OKJA 1NGJA 2ASMA 2P9NA 2I7PA 3H46O 4ISGA 2GEMA 2P9SA 4CI6A 3DAWA 2QWMA 3HM8A 3O4WA 4MLHA 4BVPA 5AQSA 3RSEB 5BRDA 4B1VA 3FFKB 4WQ4C 4FOEA 1P8ZA 3O08A 5AQMA 4BRCA 4BQZA 4PL7A 2Q0RA 3WEEA 4QS8A 3F9MA 3DXMA 5AQZA 1U6ZA 1YUWA 4K25A 1NGGA 3U9DA 2NRHA 3FR0A 3UE5A 1BO5O 2W40A 3WQTA 3AARA 4EFHA 3D7EO 3FZHA 3H3NO 5BPLA 2E2QA 3ENHA 4CZMA 3U4LA 1SAZA 1KAXA 5ADXH 2E88A 4RWTA 4H0VB 2GTDA 4JHDA 3VEOA 4FPAA 4WQ5A 5KQDA 5AFUH 4CZFA 4K42A 4YDUC 2E2OA 5F2RA 5AR0A 4PL8A 4DQ8A 1J6ZA 4XH5A 3SK3A 1HJOA 2H3GX 3LDOA 1U2VA 3BF1A 2EWSA 2E8AA 5AQNA 4A2AA 3FLCO 1V4TA 3VENA 4BVOA 4NO7A 2P9NB 3W3DA 4I6MA 3FZMA 3ULEA 2P9PB 3LM2A 5FPMA 1R59O 3LDNA 3UKRA 3CJ7A 5KPZA 2V7YA 1K8KB 2FF6A 3FZKA 3CJBA 5AQYA 1ATSA 1KAZA 3AY9A 4KBOA 3SMPA 1XQSC 4QS9A 1GLCG 3LM9A 3IUCA 5LJVA 5FPEA 3HBTA 2FSNA 2CGKA 5AQVA 2FSJA 3QMLA 4B1UB 3A5LC 3CI5A 1Y64A 3ZEUA 3QDKA 1GLJO 4FWSA 3EZWA 3QICA 1X3NA 4H5VA 4A61A 5BR9A 2DPNA 1MWMA 3L0QA 3M6GA 4H0XB 4Y0WA 4BRLA 3C7NB 1C0GA 4FSVA 5BREA 1JCFA 3WXJA 2QWRA 3AAQA 3A5OC 3CJCA 3QFUA 3GDQA 4QS7A 2ZF5O 2Q1NA 3H1QA 3EO3A 2P9IB 1HKCA 3HI0A 3ID8A 1Z6RA 4CD3A 5KQ8A 3ZETA 1S22A 2VCPA 3HSCA 2YHXA 3EKUA 1GLEG 3H6EA 3FZFA 2QWNA 1IJJA 3MN5A 2P9KB 5JLHA 3CJ1A 3H3OB 2ZGYA 2HF3A 5AQTA 1KAYA 3EN9A 5AQFA 5AZIA 1QZ5A 2QM1A 2PBDA 4ISFA 1QQMA 3L6QA 3LDPA 1GLLO 1YXQA 2FF3B 3BUZB 4MO4A 3HZ6A 4B1ZA 4CZHA 3H1VX 3D2FB 1QQNA 5EY4A 2FLOA 5AQUA 4CZKA 3MN6A 4WYBA 4A62A 3ATVA 5FPNA 1NGHA 1TYQA 1BA0A 3CIPA 4BC4A 1NGCA 4XEIA 3EKSA 5BRHA 1QHAA 1T6CA 1Q18A 3KVGA 3LDQA 5AQJA 4J8FA 3TU5A 4AM6A 5BN9A 4JD2A 2YCHA 2E1ZA 2NZTA 3CQYA 4WQ5C 4EHUA 4CZIA 1GLFO 3D2EA 5EXWA 5E84A 2P9LB 1X9JA 2AP1A 4H0OA 5AZJB 3VOVA 3VPZA 2VYPA 4JAXA 3UKUA 5AQRA 1HKBA 3M1FA 3VGMA 2A41A 4XH1A 1WOQA 1X3MA 2E20A 3G25A 4FWLA 3O8MA 3H45C 2GWJA 3LL3A 1RDWX 3QB0A 3J8AA 1NGEA 2Q0UA 3QBWA 4E1JA 1ZC6A 2KHOA 3IMXA 3R6MA 4B9QA 4BR2A 3I8BA 4IJAA 2HOEA 5ELZA 3MN9A 1WUAA 2D0PA 2Q31A 4BROA 1DEJA 1XC3A 2P9SB 5TKYA 1HKGA 4BC2A 4H0PA 4CD1A 2F9TA 3I33A 5EOYA 3VEXA 2OANA 5I9EB 3HTVA 1NLVA 2QWPA 2HMPA 3WEEB 4JN4A 3TPQA 3DXMB 4IWVA 4BC3A 4JD2B 2ASOA 4GY2B 3A5NC 3O6WA 5EX5A 1SZ2A 4FWRA 3SJHA 4CBUA 4CBXA 2A3ZA 2IVPA 3FZLA 3BF3A 1NGFA 5AQXA 3DXKA 5CE3A 1QQOA 4H5WA 4JHDB 4NB4A 3O80A 3R9PA 4CZLA 2IVOA 5B8HA 2HF4A 1G99A 2QW9A 2QWOA 4DHYA 4B1YB 3B8AX 4AM7A 3GL1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HWIA 1U2VB 2QXLA 3NF9A 4A2BA 4CJWA 1YTUA 2IOCA 1W7AA 3I55N 4DTPA 2HVHA 3AO5A 2BTFA 1NJIO 3DLBA 3ZT0A 2DFFA 1VQKN 1QSSA 3KWIA 1VQ8N 1WSEA 2A40A 2QWLA 2UUBK 3BGRA 3K57A 3LWMA 1L3VA 3OYJA 1E3MA 1JLQA 4JEPA 2AJQA 1UA0A 4CZEA 3EY1A 3AVBA 4FWPA 5HRNA 3CPEA 2XHBA 1XWLA 4YHHK 1HR0K 3NMUA 3ZEUB 4BGAA 4FK2A 4HCCA 2WTUA 2QEXN 1NJXA 3AVFA 1KCFA 1BQMA 2F4VK 3VQ4A 2I7NA 4IDHA 2YNHA 4O44A 2Q36A 3HP9A 4PKHA 3OYIA 4CGGA 4HHTA 3VQ8A 2P9UB 3SBTA 3G0ZA 1BDGA 1C0FA 1BISA 3SMSA 4CGIA 1CLQA 1J54A 5CYMA 3NFAA 2OCEA 4PWDA 3ULDA 4B9MA 3RR8A 2OPPA 4AHUA 1U48A 2KQ2A 3FGUA 4DU1A 1NJZA 1DT9A 5C10A 1N8RO 3E66A 4BDZA 3QIOA 2KFZA 1LWFA 1X1PA 3E9LA 2YJEA 3WT0A 2HB5A 3KZBA 1KFDA 1DTQA 4DS4A 1VSIA 3R3LA 4HUEA 1D9FA 4KH4A 3T1YK 1VQLN 3CD6N 5SZTA 1J9AA 1RBSA 1T03A 4UY8O 2HNZA 1MA9B 4YNQA 2P5GA 5C24A 1F21A 5ADXA 1RCHA 4C1NI 4Z4EA 4CF9A 4H5NA 1X9MA 5AFUA 4Z94A 4BRFA 2W6LA 4IOXA 5F1XA 2UUAK 2AA4A 4H0YB 1DKGD 1EX4A 1NU0A 5K14A 1BOTO 4BRKA 2FXUA 4B3TK 1I94K 5BN8A 3O4NA 3TSQA 1G15A 3DM2A 4FJMA 4M42A 2HW3A 3QNNA 1JXEA 1YVNA 1YJNN 3G10A 3CJ9A 2GWKA 2NLXA 3T7ZA 2O8DB 3PIOL 4TSXA 3VA3A 2O8BB 3ZX3A 1RBVA 1L5UA 4M3WA 1NM1A 1NGDA 3ZT4A 3EEQA 1RGIA 1S1UA 1RT6A 4NYNA 1S1VA 4ISEA 4HUGA 4C23A 3KHYA 4M63C 4E7IA 5DM6L 5GINA 2PZSA 3ZSOA 4DTMA 1NWKA 3PIPL 4LSLA 3AVAA 1CZ9A 2LSNA 3C6HA 1GOCA 2FBVA 4FCYA 4DUYK 3CXCM 2FSKA 4ILHA 4BGBA 3DOKA 3MEGA 1M90O 4BR9A 5IWAK 1NG9A 2NRRA 5FDLA 1Q7YO 3LAKA 3DJCA 4CZGA 2V52B 3MX5A 3ZT3A 1N5YA 2Z1JA 3THVA 3CCEN 3QEWA 4K8XA 3IAYA 1U47A 5FROA 2JWLA 3CERA 1JLFA 1LW0A 2ZQBA 4CESA 3QERA 3SI6A 3V81A 1JCGA 2GUPA 3A0IX 4A5BA 4B9NA 4FJIA 3ZT2A 4LSNA 4ILJA 1OKJA 4CVNE 1NGJA 5J2MA 2BANA 4JI8K 1RDCA 4UQGA 3MCAB 4CI6A 2GEMA 2P9SA 4CIFA 3HM8A 4MLHA 4DR7K 4M45A 2ZE2A 2HHTA 4OPJA 3L8BA 4FJKA 1I39A 2OZMA 4I2QA 2EX3A 3SYZA 5HROA 1D9DA 4BQZA 2RPIA 4FM1A 2D0AA 2Q0RA 3VA0A 1NJYA 4V19S 1HNWK 1X9SA 1YUWA 3U9DA 3FR0A 2W40A 4OPKA 4EFHA 2YKNA 3V9ZA 1JLGA 3ZLJA 3CF5L 2Q3SA 3L4QA 3U4LA 3V9UA 4DR4K 3VQ6A 3K5LA 3G6EN 4LFBK 2XY8A 1WNSA 4JRPA 2E2OA 3L2RA 3DRPA 1J6ZA 1TVRA 1HNZK 4KO0A 4JI5K 3D6RA 3AA2A 4A2AA 1V4TA 1IO2A 3KK2A 2P9NB 3FZMA 1S6PA 5KTQA 4U7BA 3SJJA 4CF8A 3UKRA 1HJRA 4CHQA 3TTDA 1WBDA 3CJBA 2UXDK 4IFYA 4FJ9A 3KKRA 3U3GA 4DTXA 3THXA 4M3TA 2E5LK 4K8ZA 3O9TA 4PQUA 1TL1A 4R5PA 4E1NA 3WNFA 3CFPA 5FPEA 1TV6A 2HHHK 2CGKA 4DTNA 3MWPA 1K73O 2IAJA 2O4GA 4JI2K 2QA4N 2NRZA 3OS1A 3G4SN 3QICA 4A61A 3OBYA 3SUOA 2DPNA 1MWMA 4BRLA 4B9VA 5BREA 3LANA 4I2PA 5D3GA 3L2QA 3AAQA 1J53A 4W5QA 4N5SA 4QS7A 2D5RA 3LP3A 2HHQA 2P51A 2GX9A 4KB1A 5KQ8A 4GV3A 4BDYA 4DFKA 1NKBA 3PO4A 1LAWA 1S22A 1S1WA 2YHXA 3CFOA 1XMQK 1TAUA 5JLHA 4CEQA 3CJ1A 4CJQA 3H3OB 2ZGYA 3IS9A 5AQTA 3TAGA 4Z4FA 3V1OA 1QZ5A 1UAXA 3HJFA 2PBDA 3L6QA 1GLLO 1TK0A 3MECA 4AQYK 4N47A 1YXQA 3C6AA 4CZHA 3H1VX 4FJLA 3L3VA 3CMEN 4KH5A 3WNEA 3LPTA 4CZKA 3NF6A 1NGHA 1W97L 1NK6A 4A5AA 1NGCA 4M3XA 1Q18A 3LDQA 3T19A 1WLJA 4AM6A 3BZKA 4PA1A 4DV3K 1Q81O 4WQ5C 4KHPK 4BY9C 3D2EA 4DQIA 3VOVA 4X62K 4E89A 1N6QA 5AQRA 1HKBA 2Z1HA 3V9SA 4XH1A 3TSPA 3AO2A 4CE9A 3QB0A 3J8AA 1LWCA 2HSTA 2Q0UA 1C1AA 4B08A 3O3HA 4WCEL 4E1JA 2KHOA 4BR2A 3I8BA 4DSIA 3MN9A 3WNGA 1DTTA 1NOYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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