4BR0A

Rat ntpdase2 in complex with ca ampnp
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 137
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br0A02
1NM1A 4A61A 4CZGA 5AQMA 1HKBA 3VEWA 5JICA 3VERA 2A40A 1XUPO 4CZFA 1YXQA 4I6MB 4BR7A 2D0PA 4K42A 2HF3A 3MK6A 3SK3A 2IIRA 5KPZA 1JCGA 1G99A 4A2AA 4FWSA 1BUPA 4BRPA 4L3QA 2P9NB 2PAVA 4H0TB 3A5LC 3ZX2A 3EKUA 2P9SB 5LJWA 3BF1A 3IMXA 1P8ZA 1U2VB 1NGCA 3WQUA 3VETA 3JXUA 3ZEUA 3MMVA 3AAQA 2BUPA 3A5MC 3C0BA 1ATSA 3ULEA 3H6EA 3EO3A 4XH4A 2PBDA 3GG4A 4CD3A 5FPMA 3O5BA 5AQPA 4E1JA 3D2FA 3DXMB 3LDNA 3TPQA 3GE1A 2V7ZA 5E26A 5AZIA 4WQ5A 1BU6O 2QWOA 1CZAN 3VEXA 3QBWA 2E1YA 2GELA 2CGLA 1Z05A 4KBOA 2ASPA 3LM9A 4BR0A 4FWOA 2E8AA 3LDQA 4HTLA 4IJNA 3EKSA 5AQFA 3DXKB 3LDLA 1NWKA 2FXUA 5F1XA 3CJBA 1NGIA 1BWFO 4F9OA 4BR9A 1V4TA 4M63C 4A62A 3G25A 3A8YA 1HPMA 3FLCO 3WEEB 2E1ZA 4BVPA 3HSCA 2ITMA 2QWRA 5AQZA 3O8MA 5AQOA 2QWPA 4ISGA 1D4XA 2HOEA 3UKUB 1GLAG 2QWNA 4BRLA 3S41A 1TUYA 4FL9A 2QXLA 2J4RA 1KAXA 3DJCA 3FZHA 3ZX3A 3UE5A 4NB4A 3CJ7A 4FO0A 1QQMA 5BR9A 3U9DA 4GY2B 4FWQA 3ZEUB 5BN8A 2P9LA 3FZMA 5AFUH 1NGGA 1BO5O 1NMDA 3AARA 3QDKA 3FGUA 3ULEB 5AQJA 4H0YB 3HTVA 4CD1A 1V4SA 1GLFO 1WUAA 1ZC6A 2F9TA 3KZBA 3D2FB 4FWPA 1NGEA 1YVNA 4IXCA 5BRDA 3BF3A 1NGHA 2FSJA 5AZIB 4H0XB 3WUHA 4BRDA 1DEJA 4JN4A 3MN6A 4CBWA 2E20A 4MO5A 3FZKA 5EX5A 2QWMA 5EVZA 4BC4A 5BN9A 2Q31A 2FLOA 2Q0UA 5EOYA 1K8KB 3VGLA 5AQKA 3ATUA 1HX1A 3M6GA 5AQIA 2YJEA 3CJCA 1HKGA 2NLXA 5AQHA 4ISEA 3VEZA 4RWTA 1NGBA 4CJ7A 4H5TA 1SQKA 3WXIA 1KXPA 4Z94A 2OANA 3DXKA 3U9ZA 2QW9A 5AQXA 5BREA 3MN7A 3FFKB 3JS6A 3SMSA 1BA0A 3M3ZA 2CH6A 2GTDA 3HI0A 2WUSA 4EFHA 3WEEA 1XC3A 2ZGYA 4EHTA 5AQNA 3CERA 3VESA 2E2QA 4BG9A 3O08A 3TU5A 1T6CA 1X3NA 4PL8A 3UKUA 3L0QA 3DWLA 5AR0A 4DHYA 5LJVA 2DPNA 4IWVA 4YDUC 1KAYA 3D7EO 3L6QA 3H46O 5AFUA 1ESVA 4BRGA 5E84A 1QQNA 5AQGA 2P9LB 3WXKA 4H5RA 2ASOA 4BRIA 2P9KA 2Q2RA 1YAGA 1C0GA 3ID8A 1HJOA 3ATVA 4B1XB 3CJ1A 4DQ8A 5AQUA 2ASMA 1H1VA 1QHAA 3F9MA 4BC2A 4M7XA 3RSEB 3ENHA 2YI1A 3HZ6A 5AQLA 3VPZA 2P9PB 3AAPA 3CETA 4GNIA 1GLLO 3CHWA 1X9JA 4CBXA 4A2BA 3QB0A 4FOEA 4B9QA 5CE3A 1K8KA 2KHOA 1BG3A 5AQTA 4FWNA 2HF4A 3CIPA 2D0OA 4WYBA 1J6ZA 1RFQA 3SMPA 4XH5A 4BRMA 2V52B 3UB5A 1HKCA 2Q1NA 3QFUA 4FPBA 5AQRA 4BREA 3O6WA 4BRAA 1GLEG 5BPNA 4AM6A 4EHUA 2GWJA 5JMVA 4BRNA 5AQWA 1GLDG 3VGKA 4BRCA 4BRHA 1T6DA 3CJ9A 3WT0A 1TUUA 2I7NA 4EAHD 3MCPA 2GWKA 4BGAA 3VEYA 4IJAA 4BC3A 1OKJA 1GLBG 3EL2A 4BR4A 4FWLA 4QS7A 4RTFD 5AQQA 2CGJA 4CI6A 1GLJO 4QS8A 3KHYA 4QS9A 3VF6A 4CZLA 2VYPA 3FE1A 5AQYA 1DKGD 2Q0RA 4FPAA 3FZLA 3EN9A 3W3DA 4C23A 5B8HA 2P9KB 2A3ZA 1HUXA 3FR0A 3CJAA 3GBTA 4CZJA 1BOTO 4IZ9A 1QZ6A 2FSKA 4H5WA 3EZWA 4BRQA 5JLHA 2A42A 3UKRA 2GEMA 3WXLA 4B1ZA 2H3GX 3O80A 3B8AX 3CQXA 2P9UB 4WQ4A 3RSEA 1QZ5A 3VOVA 3H3OB 4LC9B 1JCEA 2P9PA 1WOQA 4BC5A 1ATNA 5LY3A 4K43A 4H5NA 3H3NO 4B1YB 4JAXA 5FPDA 3SLCA 4FWMA 2A41A 4CBUA 1GLCG 3I33A 3QMLA 1S3XA 4BGBA 1XQSC 3LM2A 4O5FA 3A0IX 4ISFA 3MN5A 1IJJA 3D2EA 3LL3A 5ELZA 2QM1A 4HWIA 4CZHA 5KQ8A 3C7NA 2FSNA 1NGJA 2Q97A 3LDPA 4YDUA 3ZETA 4DB3A 5I9EB 2BTFA 5BRHA 2GUPA 4BRKA 3LDOA 2UYTA 2VWBA 4H03B 1TYQB 5JLFA 3IFRA 4CZKA 5BPMA 1LOTB 2E88A 3U4LA 4PKGA 2CGKA 3QBXA 3IUCA 3IDHA 2ZWHA 2V7YA 4M7YA 1E4FT 3BEXA 3CI5A 3GDQA 2W40A 3QFPA 3A5OC 1MWKA 1JCFA 3ENOA 3FZFA 4CZEA 2P9IA 3W0LA 3R8EA 5AZJA 3WQTA 2IVNA 4B1WB 4XH1A 1BA1A 1RDWX 1SZ2A 3KVGA 3UKRB 2YJFA 4B1VA 3VF4A 3MDQA 4BROA 1BDGA 2I7PA 5FPNA 3HM8A 2E2PA 1ZXOA 2P9UA 2EWSA 1Z6RA 3A5NC 4AM7A 4CZIA 4MO4A 3DAWA 2YHXA 5EXWA 4Y0WA 1X3MA 3AY9A 4JHDA 4H0OA 3L4IA 5F0XA 4IO8A 4NO7A 5BPLA 4BG8A 4JD2A 1NBWA 3VF2A 4FOIA 4BR5A 3D2EB 1ATRA 2ZF5O 5AQSA 2NZTA 3WXJA 4J8FA 1R59O 3H1VX 3ZX0A 5EY4A 3C7NB 2E2NA 3ZETB 1DGKN 3H45C 1HLUA 1C0FA 1NLVA 3I8BA 1MDUB 3R6MA 2V51B 4FWRA 3VGMA 1LCUA 4O8KA 1IG8A 2AP1A 2D4WA 1TYQA 5AQVA 4H5VA 4FWKA 1ZBSA 4WQ5C 5ADXH 3HBTA 4PKHA 4CZMA 3O4WA 5FPEA 2YHWA 4H0PA 3U8XA 2D1KA 4PL7A 2F9WA 2P9IB 3SJHA 4EIAA 4FSVA 3VENA 2HMPA 1U6ZA 1T44A 1YUWA 1KAZA 1SAZA 4H0VB 5AZJB 5TKYA 3P4IA 4B1UB 5BRFA 4I6MA 4BR2A 2IVPA 4RCHA 1EQYA 4MLEA 3CQYA 3GOIA 2W41A 2P9NA 1MA9B 2YCHA 3O1WA 4PKIA 2FF6A 1Q18A 1RGIA 2P9SA 3O1BA 4JHDB 2E2OA 3GL1A 1U2VA 1QQOA 4XEIA 3H1QA 2FF3B 2ZGZA 5KQDA 1NGFA 4JD2B 4K41A 4BRFA 3J8AA 4BVOA 5KPTA 1NGAA 3BP8A 3QICA 4JNEA 4MLHA 2CH5A 2Q36A 1S22A 3DXMA 2YHYA 2NRHA 3BUZB 2QWQA 1Y64A 3VEVA 5KPRA 3M1FA 3VEOA 4BQLA 3R9PA 4BQZA 2VCPA 3OHRA 1MWMA 2A6AA 4WQ4C 5F2RA 4DCHA 5ADXA 2IVOA 4K25A 2A5XA 1E4GT 2AA4A 1NGDA 2QWLA 3MN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HP6A 1TV6A 5J2QA 2A40A 1KVCA 1SL2A 3QIPA 1YF5L 1YXQA 3OJUA 3G71N 4DUZK 3SK3A 4W5RA 3CQ8A 4RW9A 4WFNL 2KTQA 2P9NB 3MX5A 4CGGA 2DFFA 3NF8A 3SUOA 3JAMO 4B3MK 3BF1A 4KHWA 3S3MA 1P8ZA 3WXMB 2JWKA 2BUPA 3T1AA 4LF9K 3ULEA 4DV4K 2PZSA 1KC8O 1N6QA 3D2FA 3DXMB 4I9LA 3GE1A 4O5BA 5AZIA 4WQ5A 1LWCA 1BU6O 1CZAN 3O4NA 3VEXA 4CEOA 3QBWA 3V9ZA 3DRSA 4GKJK 2GELA 4DUYK 2CGLA 4IO9L 1Z05A 2NNWA 3R3LA 4DQSA 2ASPA 4FWOA 3MWPA 4FLVA 3LDQA 1NKCA 3OYDA 4CJWA 1BWFO 3P1GA 4F9OA 4BR9A 4JI5K 1V4TA 4A62A 2F4VK 4L8RB 3A8YA 1HPMA 3FLCO 3WEEB 3SCXA 3VQ9A 2E1ZA 1KLMA 3TI0A 2ITMA 3O8MA 4ID1A 1TKZA 2DFEA 1GLAG 3ENBA 4BRLA 3DLHA 2J4RA 1KAXA 3VQCA 3ZYYX 1HPZA 1NJXA 2KLAA 3EY1A 3IKMA 1NK0A 3OYEA 3THYB 3OA9A 3CJ7A 1BL3A 2F7TA 4FO0A 1QQMA 5BR9A 4U7BA 3U9DA 1S5JA 4GY2B 3ZT1A 4CHQA 4TSXA 3SAHA 1LAWA 3AARA 5AQJA 4H0YB 3VQEA 4DKWA 4W5OA 1EO1A 3PO5A 4LF6K 4JLHA 4DV7K 1T7PA 2QK9A 3AVMA 4H0XB 3WUHA 2EX3A 3MN6A 4CBWA 2E20A 3FZKA 4B9NA 2DY4A 2GX9A 4KH4A 2ZE2A 1IBMK 2Q31A 2Q0UA 4CJTA 1K8KB 2O8FB 5AQKA 3ATUA 4M3XA 3RVCA 3CJCA 4YOTA 4W5TA 3T3FA 1SQKA 3DXKA 3U9ZA 4JKGB 5GADP 3TTDA 4B9MA 1W97L 3KLEA 2ITGA 2HW3A 2G8UA 2HHTA 3O08A 1T6CA 3UKUA 3L0QA 3NAEA 1OVYA 2DPNA 1VSMA 4YDUC 1J9AA 1TKDA 4DR1K 2OPQA 1LW0A 1ESVA 3AVJA 1QQNA 1HR0K 2YNFA 4BRIA 2OZSA 4FLUA 4WFAL 1YAGA 2OPRA 1C0GA 3ID8A 1HJOA 1Z25A 4CJVA 5AQUA 4BC2A 3NGYA 1JLFA 1Q8IA 4M7XA 2YV0X 4CJEA 3LAMA 3LZJA 3AAPA 4X65K 3CETA 3CCEN 1ZBFA 4V19S 4YY3K 5C2DA 3QB0A 4OJRA 5CE3A 2KHOA 4LFCK 1BG3A 1JLGA 4FWNA 2QKKA 4FJ8A 2IC3A 3NFAA 3SMPA 4AHRA 2V52B 3UB5A 3LDSA 1HQUA 4FPBA 1C0UA 4MDAA 3QNNA 4NCBA 4C8MA 4YOVA 4BRHA 3AVIA 5HRNA 3CJ9A 4IG0A 4JYAK 3DRPA 1TUUA 1SUQA 2I7NA 4EAHD 4BGAA 3VEYA 4FYDA 1NK6A 2Z1GA 3RWUA 4KB0A 3EL2A 1J5EK 4OVLA 2VGNA 4QS8A 4CZLA 3THXA 1K6YA 2A1RA 3LPTA 3NVMA 1DKGD 4JV5K 3OYKA 2Q0RA 3FZLA 4YOYA 4F4KA 4DFKA 4C23A 3FR0A 4MFBA 2IS3A 3BGRA 3SQ2A 1T03A 2BH1A 4JKBA 3WXLA 3B6PA 4JI8K 3O80A 1U48A 2NRVA 1BI4B 3K9JA 1WOQA 1FKOA 2GV9A 4C8KA 1JLBA 4JS5A 4H5NA 3H3NO 4JAXA 5FPDA 4JK7A 3OS1A 4CVNE 2HSTA 3AVHA 3AVBA 3KLHA 3LM2A 1SL0A 1IG9A 4OLBA 4KHNA 4HVJA 1IJJA 4CESA 1ILYA 2XRIA 1SV5A 1WSHA 4HWIA 3DLKA 4LH5A 2FSNA 4R5PA 1HJRA 5I42A 1UOCA 4ZTFA 3TTFA 3DM2A 2XY6A 1YTAA 3LDOA 4N56A 5JLFA 3IFRA 4CZKA 5HRRA 3VQQA 1LOTB 4PKGA 4PHTX 2CGKA 1CZ9A 3IDHA 2V7YA 3CCRN 1E4FT 4KO0A 3SUQA 3M8QA 3GDQA 3CCUN 4FLYA 3QFPA 3ZLJA 3A5OC 4KTQA 3CCSN 1X1PA 4FJ9A 4KHYA 4Q0BA 4O44A 4AHUA 1N5YA 4KI4A 1RDWX 1SZ2A 4B9VA 2YJFA 3P31A 5FPNA 3HM8A 4AH9A 3D0PA 3THVA 3T69A 1RTHA 2JLEA 4CZIA 3NGZA 3DAWA 1WSIA 2VG5A 4YFUA 5A2QO 2YHXA 1C1AA 3HPGA 3VQAA 2KFNA 1TL1A 4IO8A 4JKCA 4BG8A 3VF2A 4DV3K 3PSFA 4BR5A 4CJ4A 4DR7K 5AQSA 2NZTA 1R59O 2E2NA 3PIPL 1XMOK 4PY5A 3C95A 4JKFA 3F2KA 1NLVA 1NK5A 2V51B 1ASUA 3AO4A 3V9WA 1NNEA 1XNQK 1S1VA 4CEBA 1JLQA 1B92A 3K9KA 1TYQA 1GOAA 3VN5A 4CJSA 4FWKA 1ZBSA 4DG1A 4WQ5C 3HBTA 1W2BM 2YNGA 3S3NA 2YHWA 4H0PA 1RT1A 4OLAA 3VENA 4UQGA 1U6ZA 1T44A 1WAJA 1YUWA 4JKHA 5AZJB 5TKYA 1RBVA 3SV4A 1I94K 3SBTA 4BR2A 5DM7L 1IO2A 2IVPA 4FJHA 1JXEA 4C8OA 3CD6N 4JI0K 4DR3K 4Z4IA 3GOIA 2W41A 1W7AA 2P9NA 1S6QA 3JYTA 4E7LA 1U49A 3O1WA 4GW6A 1Q18A 4ILGB 2E2OA 1S72N 1E3MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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