4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
3M3ZA 5AQTA 3FGUA 2VCPA 2PAVA 2P9UB 2QWNA 1HKBA 3VGMA 2QM1A 4BGAA 4CZFA 2ZGYA 4JAXA 3VEYA 3IUCA 4GNIA 4BRQA 1BO5O 2IIRA 4BRGA 3LDPA 4DHYA 1HLUA 4PL8A 1WOQA 3VF4A 3HTVA 2Q1NA 4FWRA 1YAGA 2IVOA 3D2FB 4FWMA 3KHYA 3UKRB 2V52B 3WT0A 1U2VA 3ZX0A 3ZX2A 4MO4A 3VF2A 3GOIA 1MWMA 2OANA 4BVOA 3EKSA 1DGKN 4WQ4C 1S3XA 3WXLA 3QB0A 3QFPA 1GLAG 5LJWA 2KHOA 3L0QA 3UE5A 2E2QA 4CZLA 3F9MA 2I7NA 4O5FA 1IG8A 1YVNA 2CGLA 3U8XA 4B1YB 2E1ZA 3VEWA 1G99A 3A8YA 5AQOA 2HOEA 5E84A 3VOVA 2V7ZA 3SMPA 3J8AA 3W3DA 4BC2A 2VYPA 2YHXA 3ATUA 3FZFA 1P8ZA 4BR7A 2QXLA 3MN5A 4BRFA 5AQWA 3W0LA 5AQXA 4JD2A 3GE1A 2W40A 1U2VB 5BREA 1TUUA 3WQUA 3HSCA 2FXUA 1ESVA 3GL1A 2V7YA 3CJ1A 3BP8A 3CI5A 3C0BA 1NGDA 4DQ8A 5I9EB 5BN8A 4XH4A 2J4RA 3MMVA 1GLJO 4BG8A 3MN9A 4HWIA 4CZIA 3D7EO 4BG9A 3DXKA 3CIPA 3H3OB 3GDQA 3CJCA 4JNEA 4L3QA 4Z94A 3A0IX 4B1VA 3FZKA 4CZMA 2A3ZA 3VERA 5AQGA 2P9SA 4FWPA 5F1XA 4JD2B 1HKCA 2HF3A 3DJCA 5ADXA 2P9UA 5KPRA 4XH5A 3VGLA 1J6ZA 3ENOA 5JLFA 4FPAA 3U9DA 1XUPO 1NGCA 2A42A 5TKYA 1XQSC 1Z6RA 4EIAA 5BR9A 4ISEA 3HZ6A 3MDQA 4CZGA 4AM6A 2ASMA 4BRIA 1K8KA 4XH1A 3CJ7A 3I33A 2A6AA 1LOTB 1R59O 5EVZA 3IDHA 3DXKB 3LL3A 3KVGA 3FZLA 3CETA 3FE1A 3CJ9A 3UKRA 4I6MA 2PBDA 2A5XA 4WQ5C 3QMLA 3O08A 4FOEA 1BUPA 2F9WA 4H03B 4B1ZA 4A2AA 4JHDA 1V4TA 1T6CA 4CZHA 4FL9A 3O5BA 2P9SB 2IVPA 1RDWX 3ID8A 3WEEA 2QWMA 3FZMA 4A61A 3O1WA 3EZWA 2ZWHA 5AQYA 3A5MC 2P9NB 1NBWA 1D4XA 5FPMA 1GLCG 4QS7A 3HI0A 3ULEA 1NGFA 5KPZA 4CD1A 3FR0A 3L4IA 1NGHA 2I7PA 5CE3A 2F9TA 3SJHA 4H5NA 1K8KB 4BGBA 5KQDA 1MA9B 5AQIA 2QWLA 4PKGA 1Q18A 4CZKA 3LDQA 4I6MB 2DPNA 4H5TA 3MN7A 1KAYA 3BF1A 4E1JA 3IFRA 4JHDB 4CBUA 3FZHA 4B9QA 5EOYA 3WXKA 3VENA 2GELA 1NGGA 3DAWA 4CBWA 1NLVA 3R6MA 4FWOA 5BPNA 1BOTO 5B8HA 1ZC6A 2QWRA 2P9KA 2YHYA 4ISGA 3WEEB 2A41A 5AZIA 2ITMA 5KPTA 2QWQA 4B1UB 4B1XB 1BG3A 2GWKA 5BRDA 3ULEB 3ENHA 3SK3A 1NMDA 2HF4A 5EX5A 1E4GT 2QWOA 4FWKA 4BRCA 2UYTA 4FOIA 1MDUB 3LDLA 3ZEUA 5BRFA 2ZGZA 4WQ5A 3GBTA 1ZXOA 4PKIA 4CJ7A 1TYQA 2ASOA 1KXPA 2P9IA 2Q97A 3VEXA 4BQZA 1QQMA 1GLEG 1QQOA 3MN6A 1CZAN 2GUPA 3VEOA 1SQKA 1ZBSA 1U6ZA 2FF3B 2QWPA 1ATSA 3QDKA 3VPZA 3QBXA 4C23A 5BPLA 1C0GA 1Z05A 3CHWA 1BA0A 4MLHA 4CI6A 1X9JA 4JN4A 2FSJA 1QQNA 4FWSA 4IXCA 4DB3A 4WYBA 2P9KB 4CZJA 4H0TB 4NB4A 1HX1A 1HUXA 5AZJA 5AZIB 3CJAA 1KAZA 1V4SA 4H5RA 2IVNA 3TPQA 4NO7A 3U4LA 3H46O 2FF6A 1KAXA 2D0OA 1BDGA 2GEMA 3FLCO 4KBOA 4FWNA 3VGKA 3ZEUB 3H3NO 4CD3A 1TYQB 4IWVA 4K43A 5EXWA 3R8EA 2P9IB 3ZETA 1Y64A 5AQQA 4H0PA 4WQ4A 1BU6O 4QS8A 3TU5A 1RFQA 3CJBA 3UKUA 3AAQA 3B8AX 2E88A 2P9NA 2BTFA 3LM2A 2P9LA 3G25A 3VEZA 1HPMA 5AQNA 3H1VX 4BQLA 4BRAA 4YDUC 3WQTA 5AZJB 1JCGA 1QZ5A 4RTFD 1QHAA 4CBXA 2Q31A 5AQLA 5JMVA 4A62A 3O1BA 5AQZA 4BRLA 3LDOA 2ZF5O 4H5WA 1C0FA 4IO8A 2Q0RA 2VWBA 3IMXA 1NWKA 2E2NA 3SMSA 4PL7A 2YCHA 3RSEA 3O80A 3OHRA 5AQKA 4ISFA 3ZETB 2EWSA 2Q2RA 3L6QA 3CQYA 2FSNA 4H0OA 1XC3A 5BPMA 3UKUB 4H5VA 4O8KA 3FFKB 3I8BA 2H3GX 2P9LB 3EL2A 4EHUA 4BROA 3KZBA 5KQ8A 5BRHA 1OKJA 2FSKA 4BVPA 5ELZA 3HM8A 1LCUA 5ADXH 4IJNA 3O6WA 3C7NA 4QS9A 2CGJA 2P9PB 3UB5A 1RGIA 1JCFA 3QICA 1DEJA 4FSVA 5AFUA 4RWTA 2BUPA 4BR4A 2E20A 4FWLA 3EO3A 2GWJA 2E2PA 4K25A 3RSEB 4MLEA 4IZ9A 4M7XA 3DXMA 3BUZB 1HJOA 4BRDA 4RCHA 3ATVA 2AP1A 2FLOA 4EAHD 3M6GA 5LY3A 4GY2B 4YDUA 3MCPA 3H1QA 1IJJA 3AARA 3D2EA 3U9ZA 3VEVA 3EN9A 3BF3A 4BC3A 1BWFO 2D1KA 5AQFA 1YUWA 2CH6A 3C7NB 2YHWA 5AQHA 4BRHA 1T6DA 1GLFO 2WUSA 3DWLA 1SAZA 3JXUA 2E1YA 4FO0A 4PKHA 4EFHA 2W41A 3S41A 5AQJA 1DKGD 3CERA 3A5OC 3QFUA 5AQVA 4J8FA 1NGEA 5BN9A 5AQPA 1BA1A 4BR0A 3EKUA 5AFUH 2YJEA 1GLLO 4HTLA 3DXMB 1MWKA 3O8MA 4H0XB 2ASPA 3QBWA 3VF6A 1ATNA 4BC5A 4BREA 5FPEA 3M1FA 3WXJA 1EQYA 3D2EB 1NM1A 5FPNA 3LM9A 5F0XA 5F2RA 4EHTA 1X3MA 1GLDG 3H6EA 3O4WA 4H0VB 5E26A 4BRPA 2Q36A 4BRNA 2GTDA 5EY4A 3MK6A 1E4FT 4BR9A 3H45C 5LJVA 5JICA 1ATRA 2NZTA 2Q0UA 2V51B 3AAPA 2CGKA 4F9OA 4XEIA 1NGAA 1NGIA 4BR2A 1X3NA 2D4WA 5AR0A 3WUHA 4IJAA 4DCHA 4CZEA 1JCEA 2YJFA 1NGBA 3SLCA 2E8AA 5FPDA 2NLXA 4K42A 3ZX3A 2D0PA 4BR5A 4A2BA 2P9PA 5AQRA 4H0YB 1GLBG 3R9PA 3GG4A 5AQMA 3LDNA 3A5LC 1TUYA 3JS6A 3CQXA 4LC9B 3VETA 3A5NC 1QZ6A 5AQSA 3VESA 4Y0WA 3WXIA 2AA4A 2HMPA 1WUAA 3P4IA 5AQUA 5JLHA 4BC4A 4FPBA 2CH5A 4B1WB 1YXQA 1S22A 1T44A 1NGJA 4BRKA 2A40A 4AM7A 3D2FA 4FWQA 1HKGA 2YI1A 2QW9A 3AY9A 2NRHA 3HBTA 1H1VA 4M7YA 4BRMA 4MO5A 2E2OA 3BEXA 4K41A 4M63C 1SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOYA 3ENBA 4DTOA 5AQTA 2WTUA 4E0DA 2PAVA 5FRMA 2P9UB 4GV6A 2QWNA 5AJ3K 3VGMA 4BGAA 3P83D 1SKWA 3IUCA 2UXCK 1YJNN 4GNIA 4HUFA 1BO5O 2IIRA 5GIOA 1HLUA 1NJYA 2BGGA 4CF0A 1WOQA 4KHYA 2Q1NA 4FWRA 3PSFA 1N32K 3D2FB 1WAJA 4IOCL 2KLAA 3ZX2A 3OYCA 1EP4A 4CJWA 3L4QA 4CGGA 3EKSA 1QSYA 1S3XA 3QB0A 1X9WA 3N4PA 1XWLA 4J2DA 3QFPA 4CJRA 3L0QA 1HMVA 2E2QA 2I7NA 4DV2K 3F73A 3VMFB 1D9FA 4UQGA 4IBNA 4DTNA 3A8YA 2EX3A 1HYSA 3AO5A 3W3DA 3SV4A 2A1SA 5TKWA 3FZFA 1P8ZA 4BR7A 1M1KO 3MN5A 3WNEA 4DTRA 5AQXA 4LF9K 4DSIA 3O3FA 3HSCA 3AGRA 3VTHA 2V7YA 3AO1A 4FXDA 3C0BA 1NGDA 1YTAA 1K9MO 3C94A 3M8QA 1SKSA 3MMVA 1GLJO 2PFUA 1VRTA 4OPKA 4DS5A 4HWIA 3THYB 3SPYA 2FBYA 3CIPA 3H3OB 1KSPA 3QO9A 4Z94A 4B1VA 2F8TA 3NGZA 3VERA 3VQ8A 2P9SA 4F3TA 4NYFA 3AVGA 1RBSA 3K58A 4FLUA 1VQ8N 2QI2A 1C0TA 2YNHA 4KREA 2XY6A 3QIOA 4FPAA 3SQ2A 4EIAA 5BR9A 2ASMA 4BRIA 3SV3A 3M8PA 4F4KA 3LWLA 3CJ9A 3PLAA 1J9AA 2KQ2A 2PBDA 3HJFA 3QMLA 5KI6A 1BUPA 4B1ZA 4A2AA 1L3TA 5T7BA 1V4TA 4CZHA 3WNFA 4DQSA 2P9SB 2F96A 5FLXO 3ID8A 2QWMA 4KPYA 3FZMA 2KW4A 4A61A 3EZWA 2LSNA 2ZWHA 1WBDA 4OKKA 5AQYA 4CERA 3O4QA 1JL2A 4QS7A 3HI0A 1Z25A 3U6FA 3L4IA 1TAUA 1WAFA 4LD0A 5CE3A 4GV3A 2F9TA 3SJHA 4CJVA 4B9TA 1L3UA 5KQDA 1MA9B 2QWLA 4PKGA 4C1NK 4FCYA 3NVMA 3AA4A 3QERA 3OYBA 3LDQA 3QEPA 4KAZA 4FVUA 1KAYA 3R3LA 3KK1A 4LF5K 4CBUA 3FZHA 4KFBA 4DU1A 3VENA 2O8FA 4JK7A 1RDAA 4CF1A 1S6PA 2A41A 3OS1A 3OJSA 4B1UB 1C6VA 4DTMA 4B1XB 2GWKA 1A5XA 1JLAA 5BRDA 4NXMK 2O8EB 3SK3A 2HF4A 1E4GT 3SQ4A 4FOIA 3ZEUA 4GW6A 3GBTA 1TYQA 4TSXA 4BQZA 1QQMA 2XHBA 4C8NA 3V1QA 4C23A 1W97L 3QDKA 3OA9A 4E1NA 4CI6A 1BA0A 4BY9C 4U67L 4JN4A 2O8FB 4FWSA 4F8RA 2DTUA 5CZ2A 1LW2A 4H0TB 1DT9A 2ITGA 4E7LA 4NB4A 1HUXA 5AZJA 1MU2A 3QEVA 4DTPA 1QSLA 1RBVA 3U4LA 3VQ4A 1KAXA 2NRTA 1BDGA 2GEMA 3FLCO 3OY9A 1L5UA 2BANA 3ZEUB 3DOLA 4JI2K 5J2NA 1KQSM 3OBWA 1TYQB 4K43A 5EXWA 3R8EA 4M3RA 1YTUA 3OYMA 4QOZB 3V9UA 4UY8O 4WQ4A 5C0YA 4QS8A 3V81A 3TU5A 3ZSQA 4JYAK 4G9ZA 3V6DA 3LM2A 3CXCM 5FDLA 3NFAA 3PIPL 3B6OA 1VHXA 1HPMA 3PX6A 4CK3A 3H1VX 1IKWA 4BQLA 3Q7BA 4RW8A 3IKMA 2YKMA 5AZJB 1NKCA 1TK8A 1NKEA 1IG9A 1QHAA 4CBXA 1VRUA 1T8EA 4BRLA 4IO8A 4PY5A 4CJUA 4Y1DA 2YCHA 3O80A 4YFUA 4ISFA 4QAGA 2GV9A 2FBXA 4OLBA 4FJGA 4IOXA 4Q0BA 2FSNA 4H0OA 1XC3A 3KK7A 4U7BA 1J5EK 3I8BA 5HL7L 3ZSRA 3HOTA 3EL2A 1YJWN 5HOOA 1ASVA 2FBVA 1A5WA 1OKJA 1TKXA 3OYNA 4BVPA 5LMNK 2ATQA 4DTSA 1RGIA 4FJMA 4CF9A 1DEJA 1DLOA 4FSVA 4NCBA 5GAHP 1REVA 4CIFA 2IAJA 3EO3A 4DV0K 4NYNA 3THVA 4K25A 3MAQA 2QKKA 1TK5A 3CFOA 1K8AO 3DXMA 4KH4A 1DTQA 2Y1JA 4AILC 2AJQA 3MCPA 3EYZA 3AARA 3D2EA 3U9ZA 3EN9A 4CJ4A 1CXQA 3G71N 5AQFA 4A5AA 5AQHA 1Q82O 4LF4K 1B9DA 4BRHA 3LP2A 2JGUA 2OCEA 4DR5K 5KGWA 1NJIO 5HRPA 3QEXA 4EFHA 2ZE2A 3KKRA 1CZBA 3PO4A 1BGXT 1I94K 3OYKA 2HNDA 3AVAA 1N34K 3DRRA 1HYZA 4AHRA 1N5YA 4CFCA 5AFUH 5HRNA 1Q9YA 4AHVA 4HTLA 3MWTA 3DXMB 4KB1A 4JI6K 4CEZA 1FW6A 4H0XB 3EE8A 3QBWA 3JSMA 1UA0A 4YNQA 1EQYA 1GOBA 3D2EB 1NM1A 3ULDA 1WSEA 2NUBA 1SS6A 3AO3A 4W5NA 4CW7B 4EHTA 4GMJB 3CPWM 1X3MA 3H6EA 5SWMA 4K8ZA 4H0VB 1L3SA 1WSJA 4BRNA 3MEGA 3MK6A 4BR9A 5JICA 3AAPA 2HHWA 3DLBA 4F9OA 1NGAA 3T19A 2D4WA 2KFNA 4E7HA 4JS4A 4IJAA 4OX9K 1BQNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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