4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
50100150200250300350400020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
50100150200250300350400400300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI4 (85-88)TII5 (392-395)S1 (38-47)S3 (70-77)TI1 (47-50)S2 (50-59)TI2 (59-62)TI3 (62-65)TII1 (65-68)TIV1 (60-63)S4 (116-121)3H1 (82-85)AH11 (397-412)AH2 (123-131)TII2 (185-188)AH3 (133-149)AH4 (162-177)S5 (153-159)TI5 (178-181)S8 (198-202)TI8 (282-285)S6 (184-185)S7 (188-189)TI6 (203-206)TIV4 (190-193)S9 (206-212)AH6 (276-280)S10 (223-228)TIV5 (227-230)S11 (231-241)TI7 (263-266)AH8 (347-358)TII3 (240-243)AH5 (245-260)S12 (270-275)S14 (342-346)AH10 (381-387)AH9 (366-378)TI10 (394-397)AH12 (417-421)AH1 (89-106)3H2 (109-114)TII4 (267-270)3H4 (286-288)TIV6 (325-328)S13 (298-303)3H3 (220-222)TI'2 (330-333)AH7 (307-316)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
2ASPA 2E1YA 5AQUA 1NGIA 4Y0WA 5BPLA 3QICA 4EHTA 4LC9B 4JD2A 2BUPA 5AQPA 1NM1A 5AQSA 1T6DA 2P9SA 2IVNA 2PAVA 5JICA 3ENOA 5AQNA 3S41A 2FF6A 1S22A 3G25A 3DAWA 4I6MB 3JS6A 2D1KA 1HKGA 1QQNA 3WEEA 2YCHA 1GLLO 4H03B 3CJ9A 2D0OA 2VYPA 2ITMA 5F1XA 3FGUA 2P9KB 5E26A 4BR0A 4CBUA 3WXKA 4BR2A 3WQTA 3HTVA 1MWKA 4PL8A 3WUHA 1SAZA 5ADXA 1EQYA 5CE3A 2P9UA 2NRHA 2QWNA 3BP8A 3EO3A 4O8KA 3U9ZA 2FSJA 1BOTO 5KPTA 4A62A 4BR4A 3M3ZA 3O80A 3BF3A 3QB0A 4FO0A 4H0TB 5AZIB 3CJCA 3O5BA 2A3ZA 2P9PA 4CBWA 1Z05A 2HF4A 2Q0UA 1U2VB 4IJAA 4AM7A 2J4RA 3FZMA 4WQ4A 3CHWA 3FR0A 4A61A 3LDPA 3U9DA 5AZJA 1ZXOA 1XC3A 3BF1A 3CJ7A 3EL2A 1JCEA 5BRFA 3AAQA 2P9LB 4NO7A 2GEMA 4NB4A 1RDWX 4QS9A 2QWPA 3UKRB 4BC2A 2IVOA 1NGJA 3EKSA 3IMXA 1HJOA 4K42A 4GY2B 1OKJA 2F9TA 3P4IA 4H5TA 1LOTB 4CZHA 4ISFA 1RGIA 3JXUA 2Q2RA 4H0YB 4H0OA 5JLFA 1J6ZA 5BPMA 1ATSA 3OHRA 3DWLA 1HUXA 5EX5A 3KZBA 5AQVA 4A2BA 5AQTA 1NGDA 1T44A 3CJ1A 4C23A 1WOQA 4XH4A 4BRQA 1XQSC 3L0QA 2A41A 2FF3B 2Q0RA 5AQJA 4H0VB 4JHDA 3QFUA 4BR7A 2E2OA 2AP1A 3DXKA 3H45C 2QWRA 2D0PA 3H1VX 5EOYA 1S3XA 2V52B 3ID8A 4H0XB 4M7XA 3DXMB 3AY9A 5BPNA 3D2FA 2CGLA 2P9IB 4BG8A 4FWPA 3VEWA 3LDNA 4RWTA 5BREA 2UYTA 3ZETB 3M6GA 4B1ZA 4BGBA 4EHUA 4PKIA 3EKUA 3ULEA 2E8AA 3VPZA 1BA1A 3MN9A 1SQKA 5BN8A 3RSEA 3KHYA 2HMPA 4JAXA 2E2QA 4CZJA 2A6AA 3C7NA 3CJAA 4CD3A 3WQUA 3FZKA 3ATVA 4BGAA 4BRKA 5F0XA 3FZLA 2I7NA 5FPDA 3A5LC 2E2NA 1YVNA 3VEVA 2E1ZA 4FOEA 4BC4A 3VEZA 1KAYA 3CQXA 3H6EA 2CH5A 1JCFA 3HM8A 2P9PB 4WQ4C 5EY4A 2W40A 1QQMA 1SZ2A 4HTLA 3ZEUA 2YJEA 4BRCA 3LM9A 1TYQB 2PBDA 1DEJA 1GLEG 2ASMA 3GE1A 4O5FA 4ISGA 2QM1A 3MDQA 1NGGA 1GLBG 1NGAA 3CIPA 3CQYA 5AQLA 3A5OC 4B1VA 2HOEA 1V4TA 3D2EA 2GUPA 3SMPA 4FWMA 3A5NC 4XH5A 5KPRA 1G99A 1X3MA 3GL1A 5AFUH 3DJCA 3GOIA 4BRPA 4K41A 4FL9A 4E1JA 3UE5A 4H5RA 4FWSA 1Z6RA 4CD1A 1ATRA 4AM6A 3VEOA 4DCHA 2DPNA 4WQ5A 3QBXA 3O6WA 3D7EO 4BC5A 2QWOA 3BEXA 2NLXA 4FOIA 4HWIA 4RCHA 4B1WB 2W41A 5AQXA 3FE1A 5AQFA 3M1FA 1C0GA 2CGJA 5KQ8A 3O8MA 2HF3A 2Q31A 4YDUC 5AR0A 4B9QA 4BRHA 1NWKA 2I7PA 2ZGYA 4DQ8A 2IIRA 2NZTA 1K8KA 1QHAA 2A5XA 4M63C 1NGBA 5FPNA 4I6MA 1IJJA 3O1BA 2BTFA 3O4WA 4BQLA 5JMVA 2IVPA 5FPMA 3AAPA 3HBTA 1BO5O 2GWKA 5AQOA 4PL7A 2P9KA 4DHYA 3UKUB 3RSEB 4BRNA 4BRDA 4BR5A 5BRHA 5F2RA 4XH1A 4FSVA 4IO8A 3FLCO 5AQWA 4FPBA 4JNEA 1DGKN 4RTFD 3IUCA 4BQZA 4EAHD 2ASOA 2A42A 2A40A 5AZIA 1U6ZA 3MMVA 1ATNA 4XEIA 5AFUA 1U2VA 4YDUA 1QQOA 4JD2B 1NGFA 4IZ9A 3GG4A 4IWVA 4CZGA 3R8EA 2P9SB 3LDLA 4H5WA 2EWSA 3ZEUB 4CZFA 3O08A 4FWRA 3ENHA 2P9LA 4BRIA 4BRAA 1E4FT 3EZWA 3WEEB 5FPEA 3U8XA 2GTDA 4K43A 4CZKA 5AQKA 3J8AA 2Q1NA 4ISEA 1MA9B 5BRDA 4BRMA 4WYBA 4MLHA 2P9NA 3TPQA 5BR9A 3A5MC 3D2EB 2GWJA 1BG3A 3C0BA 2P9UB 2Q36A 4BR9A 3F9MA 1MWMA 4JN4A 1GLDG 2D4WA 4FWLA 4WQ5C 3SK3A 1HPMA 2ZWHA 3VEYA 1BUPA 4QS8A 3FFKB 1NGHA 4BRFA 1Q18A 4BG9A 3SJHA 2OANA 3VETA 2QWQA 4K25A 3VGKA 3FZFA 3A0IX 2KHOA 5AZJB 4CBXA 3L4IA 3R9PA 3DXMA 2P9IA 1KAXA 1NLVA 1BA0A 3HZ6A 3I8BA 1ESVA 4B1XB 3GBTA 3MCPA 1K8KB 3ZETA 5JLHA 1R59O 2FSNA 4B1YB 1E4GT 2V7ZA 4FWNA 3A8YA 5LJWA 1D4XA 3O1WA 5ELZA 3LDQA 1HKCA 3VERA 4A2AA 3WXJA 3FZHA 4CZIA 4BRLA 2YHXA 1IG8A 4CI6A 3VGMA 5KPZA 4KBOA 1ZC6A 3GDQA 3I33A 3QFPA 1HLUA 5LY3A 3B8AX 4BROA 4EIAA 2QWMA 3AARA 1GLCG 2YHWA 5B8HA 3UB5A 4MO4A 3ZX2A 3VF4A 2CGKA 4EFHA 4JHDB 2VWBA 1WUAA 1T6CA 4FWQA 3DXKB 4BVPA 3CI5A 2FLOA 2E2PA 3MK6A 2FXUA 3TU5A 2V7YA 3WXLA 4L3QA 1NMDA 2E20A 3VF2A 2WUSA 1HKBA 1BU6O 1KAZA 2QXLA 1BDGA 4MO5A 2YI1A 1TYQA 1V4SA 2H3GX 3D2FB 1NGEA 5EVZA 3VESA 4QS7A 1GLJO 4BVOA 4PKHA 3CETA 4Z94A 3QMLA 3SLCA 3IFRA 4M7YA 1QZ6A 3MN6A 5I9EB 3ULEB 1BWFO 5AQHA 2GELA 5AQRA 3H46O 3VF6A 1QZ5A 3H1QA 4J8FA 4CZEA 3EN9A 4H5VA 5AQYA 3SMSA 4IXCA 1JCGA 1H1VA 1LCUA 3C7NB 2P9NB 2Q97A 5AQIA 5KQDA 3H3NO 1NBWA 3HI0A 2YHYA 2ZF5O 1NGCA 1GLAG 3BUZB 1YUWA 3WT0A 4FWKA 3ZX3A 3LM2A 2QW9A 5BN9A 3QDKA 4FWOA 2V51B 3VGLA 4BRGA 5AQZA 2VCPA 4CZMA 3HSCA 2YJFA 3VENA 3W0LA 4DB3A 1C0FA 4BREA 2E88A 3QBWA 3H3OB 3U4LA 1X3NA 2QWLA 3UKRA 3CERA 4PKGA 5AQMA 4FPAA 5AQQA 5EXWA 1ZBSA 3VEXA 3W3DA 1HX1A 1KXPA 2ZGZA 3MN5A 4CZLA 5LJVA 3IDHA 5ADXH 4B1UB 3LDOA 1RFQA 1CZAN 2FSKA 1YXQA 4CJ7A 2F9WA 4F9OA 3WXIA 1P8ZA 2AA4A 1X9JA 4IJNA 5AQGA 1YAGA 3UKUA 1MDUB 1XUPO 1GLFO 3CJBA 4GNIA 3ZX0A 4H0PA 1DKGD 1Y64A 3R6MA 5TKYA 1TUYA 2CH6A 5E84A 3LL3A 4MLEA 4BC3A 3KVGA 4H5NA 3VOVA 3L6QA 1TUUA 3MN7A 3ATUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK5A 2P5GA 4BWMA 2E1YA 4MDBA 4DR3K 4NXNK 4W5RA 3L2VA 4LC9B 4JD2A 2BUPA 4DSEA 1NJZA 5AQSA 4PWDA 1FK9A 2IVNA 3BZKA 1HQUA 3S41A 4CEQA 1WSJA 1KC8O 3THYA 4I6MB 3DAWA 1S5JA 1HKGA 5SWMA 1QQNA 3WEEA 1WSFA 3OY9A 3CFPA 3CM5A 4H03B 1VSFA 1HNZK 3ID6A 3FGUA 2P9KB 3K5OA 4CBUA 4R79A 3AO1A 3WXKA 4CFBA 1MWKA 3TAPA 3CFRA 5CE3A 3M8SA 3U9ZA 4DSFA 2G8FA 4JRQA 1BOTO 2KZMA 3M3ZA 3O80A 3BF3A 4LF9K 3DYAA 5AZIB 4CF2A 4A5BA 5GAEP 4DUYK 2HF4A 2P1JA 3VA0A 2DFFA 2HHXA 3VQDA 4WQ4A 1VQON 3FR0A 4CGJA 1LWFA 4M42A 3EL2A 5JVHL 3CJ7A 4NO7A 1RT3A 5FRMA 3E9PA 4NB4A 4QS9A 3UKRB 4BC2A 1SS6A 4OVLA 4DV7K 4F3OA 1UWBA 4K42A 4JKHA 4LY7A 1KVBA 4GY2B 3JYTA 4H5TA 3AO4A 4FJMA 2O8EB 2PFUA 4H0OA 1J6ZA 2BGGA 3OHRA 3AVJA 5AQVA 3WNFA 4GKKK 3QETA 1NGDA 3CJ1A 4DV2K 1J54A 4CJUA 3C6AA 3L0QA 4FLUA 3C6TA 3J7AP 4H0VB 4IEEA 2HHUA 4E7KA 5DMRA 2YV0X 4NXMK 4CIFA 3AVMA 3IG1A 2RKIA 1S3XA 3ZSQA 1E3MA 4FXDA 4EZ9A 5M1OA 4EP4A 4CFAA 3EKUA 3ULEA 3VQ4A 3THYB 1HYSA 2E8AA 3MN9A 3RSEA 4FK4A 4CF0A 3NF6A 4CZJA 3KLFA 2ZM6K 2DTUA 3VQEA 3CJAA 4YFUA 1RT2A 3V9XA 3ATVA 4CESA 5F0XA 2VQFK 2ZQBA 2E2NA 4LD0A 1U4BA 2E1ZA 2QKBA 4YHHK 4K0KK 3H6EA 2CH5A 3OBYA 1Q7YO 4KRFA 3PX0A 4KFBA 1NJIO 4WQ4C 2W40A 4C8NA 1QQMA 3F5TA 4HTLA 1VQ6N 3ZEUA 1X1PA 4OGCA 4ZTJA 1BISA 1DEJA 3P38A 3DRPA 4ISGA 2YHBA 3DI6A 2GV9A 4M3UA 3RMBA 3J80O 2WBNA 2WC9A 1V4TA 2HBKA 4DR2K 1C1BA 4Z4GA 3SMPA 4PY5A 2E4LA 4FWMA 4NCBA 3A5NC 1W2BM 3BGRA 1DLOA 4HUGA 3T1AA 2X74A 4KKOA 3NBPA 4KH4A 4BRPA 1BQNA 4E1JA 2UXBK 4U67L 4CD1A 3VEOA 3OJSA 3DOLA 3OYHA 5HRPA 3SQ1A 1HJRA 1T3VA 2QWOA 1QHTA 1HNXK 1VQNN 3FE1A 3CPWM 4CJVA 3O8MA 2Q31A 4YDUC 1IKWA 1NWKA 1L3UA 2HNYA 2ZGYA 2IIRA 4CEEA 4B3TK 1K8KA 2O8BA 3O4NA 2A5XA 2QI2A 4HHTA 3OYIA 2HHTA 1TL3A 2BTFA 4OGEA 2YKNA 3KKSA 4KH5A 4UY8O 5JMVA 4RW7A 4BDPA 4F2RA 4CJ3A 1TKXA 1GOAA 3HOSA 3IKMA 4NLCA 3RSEB 1NJYA 1TKDA 4W5QA 3THVA 3FLCO 3K5NA 1K73O 5AQWA 4RTFD 4LF4K 4B3OA 4HVJA 3RMCA 2RF2A 1LWEA 4I7FA 1ATNA 3LZIA 3SAGA 4I2QA 4DV3K 4JI4K 5AFUA 3VQ6A 3QEIA 1QQOA 5C2DA 1T7PA 4BE1A 3ENBA 3GG4A 3DOKA 4B8CA 5JS2A 4H5WA 2EWSA 4M41A 3ZEUB 4OLAA 4CZFA 3KD1E 3O08A 2QK9A 4BRAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1TK5 A;  2P5G A;  4BWM A;  2E1Y A;  4MDB A;  4DR3 K;  4NXN K;  4W5R A;  3L2V A;  4LC9 B;  4JD2 A;  2BUP A;  4DSE A;  1NJZ A;  5AQS A;  4PWD A;  1FK9 A;  2IVN A;  3BZK A;  1HQU A;  3S41 A;  4CEQ A;  1WSJ A;  1KC8 O;  3THY A;  4I6M B;  3DAW A;  1S5J A;  1HKG A;  5SWM A;  1QQN A;  3WEE A;  1WSF A;  3OY9 A;  3CFP A;  3CM5 A;  4H03 B;  1VSF A;  1HNZ K;  3ID6 A;  3FGU A;  2P9K B;  3K5O A;  4CBU A;  4R79 A;  3AO1 A;  3WXK A;  4CFB A;  1MWK A;  3TAP A;  3CFR A;  5CE3 A;  3M8S A;  3U9Z A;  4DSF A;  2G8F A;  4JRQ A;  1BOT O;  2KZM A;  3M3Z A;  3O80 A;  3BF3 A;  4LF9 K;  3DYA A;  5AZI B;  4CF2 A;  4A5B A;  5GAE P;  4DUY K;  2HF4 A;  2P1J A;  3VA0 A;  2DFF A;  2HHX A;  3VQD A;  4WQ4 A;  1VQO N;  3FR0 A;  4CGJ A;  1LWF A;  4M42 A;  3EL2 A;  5JVH L;  3CJ7 A;  4NO7 A;  1RT3 A;  5FRM A;  3E9P A;  4NB4 A;  4QS9 A;  3UKR B;  4BC2 A;  1SS6 A;  4OVL A;  4DV7 K;  4F3O A;  1UWB A;  4K42 A;  4JKH A;  4LY7 A;  1KVB A;  4GY2 B;  3JYT A;  4H5T A;  3AO4 A;  4FJM A;  2O8E B;  2PFU A;  4H0O A;  1J6Z A;  2BGG A;  3OHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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