4BR5A

Rat ntpdase2 in complex with zn amppnp
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
426
structure length
422
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 140
structure length 422
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br5A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br5A02
3SMSA 2HF3A 2FF6A 3RSEA 1NGJA 4ISGA 4EHTA 1BO5O 2P9NA 5LJWA 5AQSA 4JN4A 4A2BA 4DCHA 3O4WA 4H0TB 4LC9B 3DXKA 3ZX3A 5JLFA 4H0VB 1KAYA 4BRDA 2YCHA 2A5XA 1SQKA 3BP8A 1QQMA 2E2OA 3L4IA 4FWPA 3ATUA 3FLCO 1V4SA 3HZ6A 3CIPA 4AM7A 3GG4A 3EN9A 5TKYA 3A8YA 1U2VB 1T6DA 1QQOA 2PAVA 4K41A 3VEZA 3WXKA 1XC3A 2GUPA 2ZGZA 1GLCG 2Q31A 4F9OA 3DWLA 5KPRA 3HBTA 3FZFA 3VEOA 3AARA 4FWQA 1K8KB 3MN9A 2E2QA 4IJNA 4ISFA 4Y0WA 3QICA 2F9TA 5KPTA 1U2VA 4BR5A 1MA9B 4BRMA 1XUPO 2IVNA 1GLBG 4BG8A 1J6ZA 5B8HA 4RCHA 2AA4A 1NM1A 3MDQA 3MMVA 2I7PA 2QXLA 5BRHA 1K8KA 3WQTA 2VCPA 3QBWA 5AQXA 3FGUA 4EAHD 3MN6A 3CJAA 4O8KA 4PL8A 1WOQA 1QZ5A 1YVNA 2PBDA 2E20A 1RFQA 5BPNA 1CZAN 4BVOA 4H5NA 5AQZA 5JMVA 5FPMA 4NO7A 4B1YB 5AZJA 4BGBA 3H46O 4YDUA 4CZHA 3H1QA 1NBWA 2CGLA 3U4LA 4PL7A 3UB5A 3MN5A 3CQXA 3A5NC 3EO3A 4QS8A 4CBWA 1YUWA 1MWKA 3H3OB 3CJBA 4DQ8A 3LM9A 4QS9A 5KPZA 4FWKA 4L3QA 4CD1A 4HTLA 1WUAA 1NWKA 3UKUB 4BRKA 1G99A 2QM1A 3CERA 4BRFA 1NGIA 3A5MC 3R8EA 5KQDA 2P9SB 2E2NA 1IG8A 3FZLA 1X3MA 2P9LB 3W0LA 4M7XA 1ATNA 4FWMA 1ZC6A 5AQHA 3VENA 3M6GA 4PKGA 3VEYA 1RGIA 5ELZA 3VF4A 1JCEA 2IVPA 1P8ZA 2W41A 1DGKN 1GLFO 3UKUA 3QBXA 1HPMA 3EKSA 3LDQA 2CH6A 2HOEA 3TPQA 1X3NA 2FXUA 2YHXA 4JD2B 4BVPA 2QW9A 2P9NB 3SMPA 3MN7A 2P9UA 3FR0A 2QWLA 4H5WA 3HTVA 4MO4A 2A41A 3G25A 3KVGA 4BR9A 3O5BA 2P9PB 4FOEA 1LOTB 4H0OA 4BRCA 1GLLO 3J8AA 4CZMA 4M63C 4CD3A 5E84A 4A61A 4CBUA 1KAZA 1GLDG 4JD2A 1GLAG 4BREA 1T6CA 1SZ2A 1C0FA 3LDNA 3JS6A 5ADXH 2I7NA 5AQFA 1Y64A 2HMPA 3I33A 3O6WA 2P9PA 3CQYA 5BR9A 5EVZA 3O1WA 4GNIA 3H45C 1OKJA 3U8XA 3ZX0A 2BUPA 2AP1A 4FOIA 3WUHA 3VEWA 3IDHA 1YAGA 4DB3A 5BN8A 3OHRA 1Q18A 4H0PA 1NGAA 4B1ZA 1U6ZA 2FSNA 4CI6A 2VYPA 1BG3A 4H0YB 3ENHA 2QWNA 4JHDA 3LDOA 3M3ZA 2QWMA 3LL3A 2IVOA 5AQRA 5LJVA 3LDPA 4RTFD 2FLOA 5BRFA 3C7NB 2CGKA 3CETA 3L0QA 3DXMB 4XH1A 4ISEA 5FPEA 3GE1A 4C23A 1XQSC 2H3GX 2V7YA 3ENOA 1TYQB 1X9JA 1QZ6A 4H0XB 3FZHA 4MLEA 2VWBA 5AFUH 2ASMA 3C7NA 1R59O 5AZJB 2GWKA 3DXMA 4M7YA 3VF6A 1ATRA 5I9EB 4BRLA 1Z05A 2V51B 4BRGA 1JCFA 4GY2B 4CZGA 1TYQA 2FSKA 5AQLA 3ULEB 4B1VA 3KHYA 3CJCA 3DAWA 1ZBSA 5BRDA 4B1XB 2QWPA 3QFPA 3CJ7A 2NLXA 3O80A 5JLHA 5FPNA 3DJCA 2F9WA 3U9DA 4AM6A 5LY3A 2A42A 4BQLA 3BF3A 4FO0A 3FZKA 4HWIA 5F0XA 3UE5A 4BC2A 4BRQA 3LDLA 3QMLA 3U9ZA 4BQZA 4IO8A 4CZLA 3ULEA 2ZGYA 4BROA 1BUPA 3CJ1A 3EKUA 5E26A 2NZTA 2FF3B 3ZEUB 3HSCA 3WEEB 2A3ZA 1DKGD 4B1WB 2FSJA 3VGMA 1MWMA 1YXQA 3EL2A 3UKRB 2D0PA 5KQ8A 1E4FT 5AZIB 2QWRA 4B9QA 1D4XA 3TU5A 2P9UB 3O1BA 4CZIA 3JXUA 1T44A 3M1FA 4BR4A 3H6EA 3HM8A 2CGJA 2Q0RA 3FZMA 4CZEA 3ZEUA 3WEEA 5CE3A 3VESA 2E2PA 4FWOA 1QHAA 4K43A 2P9IB 5AQUA 3SJHA 4A2AA 3LM2A 4H5TA 5AQTA 3UKRA 5AQYA 2WUSA 5AZIA 2GEMA 3FFKB 4PKHA 5ADXA 2CH5A 3VERA 5EXWA 2E1ZA 2Q2RA 1NGBA 4MO5A 3SK3A 5AQWA 1HKGA 4K25A 5BPLA 3R9PA 3AY9A 1NGEA 2J4RA 4CJ7A 4CZJA 2P9IA 4BRPA 5EOYA 3H1VX 2YI1A 5AQJA 3ID8A 3QFUA 4I6MB 4BG9A 1BDGA 2BTFA 3BUZB 1ZXOA 1BOTO 2YHWA 2DPNA 3VEXA 1E4GT 3SLCA 4Z94A 4BR2A 5BPMA 3EZWA 4JHDB 1NGHA 5AQVA 2E8AA 2D1KA 4PKIA 3KZBA 4FSVA 1EQYA 4WQ4C 3CI5A 3VOVA 1KAXA 3WXJA 4I6MA 3FE1A 3F9MA 2YJFA 3VF2A 5AQMA 1LCUA 3QDKA 1ESVA 1HKCA 3QB0A 4BRHA 5AQGA 5AQQA 5AFUA 1C0GA 4IWVA 3GBTA 4J8FA 2Q0UA 3CHWA 1NGDA 1SAZA 3S41A 3GOIA 3WXLA 2KHOA 4BC5A 3WXIA 5BREA 1TUYA 4H5VA 4JAXA 4FWSA 1NGFA 1Z6RA 2YHYA 2A6AA 4WQ5C 3VGKA 3BEXA 4RWTA 2ASPA 1MDUB 4O5FA 1BWFO 2D4WA 2ZWHA 4YDUC 4XEIA 1NGGA 2GWJA 4CZFA 3AAQA 4BR7A 4FPBA 1BU6O 4WQ4A 3WQUA 3ZETB 4BC3A 5AR0A 3L6QA 2NRHA 1HJOA 2W40A 1GLJO 3GL1A 3VGLA 5AQPA 3D2EB 4H5RA 1KXPA 2GELA 1JCGA 4NB4A 4KBOA 1NMDA 3H3NO 4JNEA 1QQNA 1S3XA 4CBXA 1IJJA 3ZETA 1NGCA 3P4IA 1V4TA 3A5LC 4EFHA 2E1YA 4IZ9A 4IXCA 3BF1A 3WT0A 3D2EA 2EWSA 2P9KB 2IIRA 4BRIA 3IUCA 1RDWX 4WQ5A 4A62A 3IFRA 4FWLA 4BC4A 3CJ9A 4EHUA 4XH5A 2UYTA 3B8AX 3ATVA 5F2RA 5BN9A 3MCPA 2HF4A 4H03B 4BGAA 4BRNA 4QS7A 1HKBA 2P9KA 4FWNA 2V7ZA 3D7EO 1NLVA 3VEVA 4FPAA 3A5OC 1S22A 4E1JA 3VETA 4IJAA 5FPDA 2ZF5O 4K42A 1DEJA 4FWRA 4FL9A 5AQOA 2OANA 3AAPA 4WYBA 4XH4A 1HLUA 3C0BA 3VPZA 4BRAA 2D0OA 3MK6A 1HX1A 3IMXA 2ITMA 2Q97A 3D2FB 2ASOA 3I8BA 4BR0A 2P9SA 2QWOA 1GLEG 5EX5A 2P9LA 3RSEB 1ATSA 5AQIA 3ZX2A 3O8MA 3HI0A 4EIAA 2E88A 2Q36A 2A40A 3GDQA 5EY4A 4CZKA 3DXKB 5AQKA 1HUXA 2YJEA 1BA0A 2GTDA 3A0IX 1TUUA 1BA1A 1H1VA 3W3DA 2Q1NA 3R6MA 4MLHA 5AQNA 3D2FA 5F1XA 3O08A 2V52B 4B1UB 4DHYA 5JICA 2QWQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XMOK 3RSEA 1G15A 1UA0A 4ISGA 4Z4HA 4PHTX 3CCSN 3O4WA 4OGEA 3TR8A 3QEVA 4UY8O 2WTUA 1RTDA 4BRDA 3VTHA 5JS2A 2A5XA 3TAGA 4QOZB 2IS3A 1TKXA 3KWIA 1HNXK 1S5JA 1ZBFA 2ZD1A 1N6QA 4FVUA 3F9KA 2QTDA 1I39A 3WNHA 3M8PA 4K41A 1EWRA 3DOLA 1RDAA 3LDSA 2G8KA 4GV9A 4OKKA 1ASWA 5KPRA 1JL2A 3FZFA 4FWQA 2E2QA 3MWPA 5LMNK 1VQ8N 1U2VA 1GOCA 4ID1A 4BR5A 5TKWA 1LAWA 2YV0X 4CF9A 2OTLN 3V9SA 4KHWA 2ZQBA 5BRHA 2VCPA 3LP2A 1KVCA 3D45A 3CC2N 3MN6A 3P38A 4PL8A 1C0TA 1KTQA 3S3NA 3SQ2A 3AVKA 3L2UA 5DM7L 3VQPA 4O0IA 4H5NA 3BGRA 1N36K 4B1YB 2Y1JA 4OJRA 5AZJA 4R5PA 4YDUA 1OH8A 1NK9A 2CGLA 3U4LA 4E1NA 1X1PA 4DV1K 4KTZA 4QS8A 5FDLA 4CBWA 4JYAK 5CR4A 2VQFK 4Z0UA 3M8SA 4CD1A 1NNEA 3CCQN 2WBNA 3RMCA 1G99A 4CEZA 2EX3A 3AVHA 3DRPA 4IDKA 4BY9C 4IG0A 1TVRA 2KFNA 3OYHA 3TI0A 1ZC6A 1QSLA 2XO7A 3K2PA 1X9MA 1L3VA 2IVPA 2W41A 1RDCA 3UKUA 1QTMA 4W5NA 3L2VA 3VQAA 2CH6A 4DU4A 4AHTA 3TPQA 1X3NA 1NK0A 2X78A 2FXUA 3MWTA 2PZSA 4ELUA 4BVPA 1NOZA 2P9NB 2O8EA 3LANA 1FW6A 3FR0A 4DV6K 1L3UA 2VG7A 1WAJA 2YX6A 1WSHA 3LWMA 3OYIA 4MO4A 3G25A 3KVGA 3VQEA 2PYLA 4BR9A 1FKPA 3AA2A 4LF8K 3J8AA 4M63C 4C8NA 4Q0BA 3EEQA 3QIOA 4JD2A 4G1QA 2VGNA 2VWKA 3LDNA 5ADXH 2I7NA 2YHAA 1B92A 4O5BA 2P9PA 4R79A 4LSLA 4FW2A 3ZX0A 4I9QA 2BUPA 3QINA 4FOIA 3V1OA 3WUHA 3VEWA 2HHHK 2O4IA 4FLYA 3J7YP 1YAGA 3MEGA 3RMAA 1NGAA 3SNNA 4M45A 3OYEA 4B1ZA 1U6ZA 2FSNA 5DM6L 3N4PA 4CK3A 3Q7BA 2VYPA 2OZSA 4JHDA 3LDOA 3PIPL 4DQSA 5LJVA 1WSFA 4X64K 4RTFD 3AO2A 3CXCM 2A1SA 1VQNN 2NNWA 3AVLA 3C7NB 4ID5A 3ZSXA 2CGKA 3L0QA 5FLXO 3HOSA 3DXMB 4ISEA 4EP4A 4FLTA 3V4IA 2JWKA 2YKNA 1NJWA 1XQSC 2UXCK 4LFBK 3DRSA 3AVCA 5IT9O 3V9UA 5J2PA 3NF9A 1WB9A 4M7YA 1WN7A 3O9RA 3L2RA 1KLNA 3PX4A 3KLGA 1K8AO 4BRLA 2DFEA 4DMNA 1YTAA 1JCFA 4GY2B 1Q9YA 2HBMA 1RDBA 1NJIO 2QKKA 5AQLA 1VQ6N 3ZSOA 5BRDA 4CVNE 2NLXA 1HMVA 5FPNA 3DJCA 4OPHA 3TTCA 4DLEA 5LY3A 5LL6Z 3FZKA 1RT1A 3AVNA 4HWIA 3OJSA 1QVFM 4DR6K 5MLCQ 3ZEUB 5CZ1A 2OCEA 1ASVA 1GOBA 3U3GA 2PY5A 1U04A 1MWMA 1YXQA 3J80O 3TTFA 5KQ8A 2QWRA 3LPUA 1D8YA 3LPTA 3J81O 4YOVA 2P9UB 3JXUA 3HM8A 5M1FA 3FZMA 2GV9A 3WEEA 2O8DA 4DV5K 3VESA 4FWOA 2P9IB 5AQUA 1W9HA 1Z26A 4E7HA 2O4GA 3SJHA 4H5TA 5AQTA 5AZIA 3B6OA 3DLGA 1SKWA 1J9AA 2Q2RA 4GVEA 1SL2A 2XY6A 1ILYA 4FM1A 3OS2A 5BPLA 3R9PA 3AY9A 4CZJA 3NMUA 3H1VX 3CCMN 3QFUA 3V81A 4I6MB 4CECA 3BUZB 1ZXOA 1W97L 1BOTO 3SLCA 4E7IA 5DMRA 1OH5A 2E8AA 4O44A 2GX9A 4DR4K 3H08A 4FJ8A 3CI5A 3WXJA 2OA8A 4JI8K 3MECA 4I2QA 1L3TA 3RR7A 2YJFA 5AQMA 1RNHA 3UIQA 2O8FB 2QKBA 2ZE2A 1HKCA 3HT3A 1NMNA 4JKFA 3VQ6A 3AVFA 4XIUA 3I0RA 4J8FA 4OPAA 1NGDA 3AA3A 1SAZA 4GKJK 3CD6N 1M90O 1OVQA 3WXIA 2QEXN 3T1YK 4B3OA 3QEWA 4ZHRA 4N76A 3SUQA 1TKDA 3PY8A 3BEXA 3NE6A 3EZ5A 2ZWHA 4Z4GA 1HQUA 1NGGA 4YORA 3PSFA 5HRPA 1S6QA 3KJVA 4KH6A 5CYMA 2RPIA 3D2EB 4KH4A 3SCXA 4N5SA 2F8SA 3T3FA 1QQNA 3AO4A 3THYB 1IJJA 1TL3A 4WFBL 2OPQA 4CCHA 4KRFA 2BH1A 3SJJA 3WT0A 3HYFA 5CZ2A 5I42A 2HHWA 2O8CB 4CEDA 3ZT1A 1RDWX 5M1NA 1S1UA 3THVA 3IFRA 3ZT0A 4W5QA 4IOXA 2NRZA 4BC4A 1VQPN 4EHUA 2JLEA 4DR1K 3K9JA 3ATVA 1KRPA 2HF4A 4H03B 3NH1A 1RTJA 4FM0A 4N56A 1NKBA 3D7EO 3KIOA 3C65A 4KTQA 1RBVA 3T69A 4M41A 5GAEP 3A5OC 2RF2A 5FPDA 1NU0A 4DLGA 1RDDA 4KI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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