4BR5 | Genus

Total Genus 140

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	140
sequence length	426
structure length	422
Chain Sequence	PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Rattus norvegicus
publication title	Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases pubmed doi rcsb
molecule keywords	ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus	140
structure length	422
sequence length	426
ec nomenclature	ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date	2013-06-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01150	GDA1_CD39	GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	4br5A01
3.30.420.150	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Exopolyphosphatase. Domain 2	4br5A02

2E1ZA 1S3XA 3IDHA 3GE1A 2A40A 4QS9A 3S41A 2E88A 3MDQA 4CZFA 3O1BA 3I8BA 3BUZB 2CGJA 3C7NA 1TUUA 2D0PA 1IG8A 2E1YA 2IVPA 3EL2A 4B1YB 2D4WA 3CI5A 5I9EB 3CERA 3TU5A 1LCUA 5KPTA 3R9PA 5JICA 1BG3A 3KHYA 4AM7A 4PL7A 4FWKA 5AQIA 3VETA 1NGHA 2YCHA 2FSKA 5AQLA 5E26A 3VF2A 4EAHD 5AZIA 3LL3A 5AFUA 4KBOA 2Q1NA 2P9IB 3VF4A 3CJCA 3ENOA 3UB5A 3EKUA 3D2FA 4K42A 4IJAA 1YXQA 1KAYA 2PBDA 4PKHA 3CHWA 3W0LA 2P9SB 1NBWA 5AQGA 4FWNA 4FOEA 1BO5O 4FOIA 3HI0A 4O5FA 2CH5A 4XH5A 2FXUA 1MWMA 2CGKA 3ZX0A 2CGLA 4CJ7A 3ZETA 3VGMA 3LDNA 5AZIB 5AQJA 2GEMA 2Q2RA 4BQLA 3DXMA 4E1JA 1X9JA 3L4IA 3D2FB 2H3GX 1TYQA 2ZWHA 1BOTO 3SJHA 4O8KA 4BRAA 5AFUH 4CBUA 4K41A 2Q97A 5LY3A 2P9UA 5AQTA 4BR5A 4CZMA 1DGKN 3ATVA 4WQ4C 3SMPA 3UKRB 3CJBA 3EKSA 5AZJA 1HLUA 3EZWA 3VERA 2W40A 3A8YA 2ITMA 2IVNA 4NO7A 4MLHA 3DXMB 4H0YB 5AQFA 2AA4A 5AQNA 3U9ZA 1NGIA 2FLOA 4JD2A 3VENA 4CZGA 5EX5A 1RDWX 3VGKA 1NWKA 2QWQA 3L0QA 3GBTA 1ZBSA 4H5WA 1NM1A 4FWSA 4BR0A 5EVZA 5AQRA 4ISGA 3ID8A 1U6ZA 4YDUA 4BRLA 3L6QA 3W3DA 4CBWA 1S22A 1GLDG 4BRQA 1YAGA 5FPNA 2NZTA 3VF6A 3I33A 3O6WA 1JCEA 2A6AA 3FR0A 4LC9B 2HF3A 2OANA 5AQZA 3JXUA 2EWSA 3U4LA 1GLEG 3BF3A 4ISFA 1G99A 3FZHA 5AQXA 3EN9A 4XH4A 3UKUB 3DWLA 4GY2B 1Z6RA 2QWPA 3D2EB 4BQZA 4CZLA 1BA1A 1JCFA 2V7ZA 3FZLA 3H6EA 1ATRA 4BRGA 5FPDA 1X3NA 3CJ7A 5AQYA 2ZGZA 3ZX2A 2QWLA 4EIAA 5FPEA 5AR0A 1Q18A 4RTFD 4BG9A 3QBXA 2P9KA 5AQKA 5BREA 3QDKA 3WEEA 4FWRA 4IWVA 4WQ5A 4AM6A 2GWJA 5CE3A 1YVNA 1D4XA 1HJOA 5AQUA 5BPNA 1ZC6A 4L3QA 3VEZA 4PKIA 2PAVA 1GLAG 1C0FA 3HTVA 4F9OA 3A5OC 4XEIA 4BRIA 1U2VB 5ADXA 4A2BA 1SZ2A 1T6DA 1NLVA 2A5XA 3RSEA 1BDGA 2I7NA 3P4IA 3C7NB 2BTFA 2ZGYA 3O1WA 4Z94A 3FE1A 1ZXOA 5EY4A 4ISEA 3BF1A 4BRNA 3FZMA 4MLEA 4A62A 3UE5A 3R6MA 3AARA 2E2NA 4B9QA 3GOIA 3HM8A 3MMVA 3TPQA 3MN7A 4K43A 4MO4A 4B1UB 4B1XB 4EFHA 2ASOA 3RSEB 4CZKA 1V4TA 5KQ8A 5ADXH 2QM1A 2GELA 5TKYA 1HPMA 3FZKA 3O08A 4H0TB 1LOTB 3MCPA 1K8KA 3WXKA 3CETA 4FWPA 1T6CA 2F9TA 1QHAA 2CH6A 1X3MA 3LDLA 3OHRA 4H0XB 2QW9A 5AQPA 5FPMA 4BREA 2FSNA 4BRCA 3C0BA 3ZETB 2GTDA 2QWNA 3H1QA 3H3NO 3H46O 5BR9A 2FSJA 4BG8A 3O4WA 3WXJA 1TYQB 4PKGA 5KQDA 4BRHA 3WXLA 1E4FT 2V51B 4QS8A 3B8AX 4WYBA 3WQUA 3CIPA 1RGIA 2P9UB 3O8MA 2QWMA 3IUCA 4H0VB 2VCPA 4HTLA 4BRPA 1GLLO 5BPLA 3ATUA 5LJVA 4FPBA 4B1VA 1NGCA 4DB3A 5AZJB 4NB4A 3U9DA 2YHWA 5AQWA 3ULEA 5BRFA 4BVPA 3SK3A 5AQHA 4B1WB 3SLCA 3AAQA 4JD2B 3ZX3A 1HKGA 1DEJA 2QXLA 2E2OA 1GLJO 2AP1A 5JMVA 1GLFO 4FO0A 4BRMA 4H0OA 5F0XA 1RFQA 3HSCA 2BUPA 3MN9A 4JHDA 1ATSA 2V52B 4BC3A 5JLFA 4BGAA 3BP8A 3QICA 4M63C 1CZAN 4CBXA 1R59O 3IFRA 3ULEB 3EO3A 1BU6O 5AQMA 4BROA 3D7EO 4FL9A 3DXKA 4M7YA 4BC5A 1IJJA 2GUPA 2V7YA 3O80A 3R8EA 4DHYA 4GNIA 3MK6A 4HWIA 3VEVA 1V4SA 5AQSA 5AQOA 3VEXA 4CZJA 3A5NC 3CQYA 2VYPA 5KPZA 3QBWA 1NGAA 2IVOA 4PL8A 1T44A 3GDQA 4JNEA 1SQKA 2Q36A 3CQXA 3U8XA 2NLXA 3DXKB 3CJ1A 2P9PA 3O5BA 5AQQA 4IZ9A 2DPNA 4IO8A 3CJAA 3A0IX 4YDUC 2P9KB 2J4RA 1J6ZA 3GG4A 3WEEB 3VPZA 4RWTA 2P9IA 2IIRA 2HMPA 4CD3A 4WQ4A 4A61A 3VEOA 2YI1A 4IJNA 1QZ6A 3CJ9A 2I7PA 2P9SA 3AAPA 3H1VX 1QQNA 4EHTA 2FF3B 1WOQA 4M7XA 4BR9A 2ASMA 3WUHA 2P9PB 4FWQA 3VGLA 4I6MA 1QQOA 4IXCA 4H0PA 5F1XA 3VEWA 1SAZA 1WUAA 1NGJA 2YHYA 4B1ZA 3LM2A 1QZ5A 4EHUA 3WXIA 1GLCG 2A41A 1NGEA 1NGDA 4BRFA 2HF4A 2GWKA 1H1VA 4BVOA 4DQ8A 1NMDA 2YHXA 2A42A 1ATNA 2D0OA 5BN9A 1ESVA 4CZEA 5E84A 4BGBA 3VOVA 1NGFA 1TUYA 3QMLA 4H5NA 4WQ5C 3A5MC 1HX1A 4H5VA 3UKRA 4BR4A 1OKJA 4CZHA 4FSVA 4I6MB 4BC4A 1YUWA 4DCHA 5LJWA 4BC2A 5BN8A 1DKGD 1XC3A 3IMXA 1GLBG 1E4GT 4BR7A 2A3ZA 2YJEA 3WT0A 3FZFA 5AQVA 5BPMA 1BUPA 4C23A 3HBTA 1K8KB 3KVGA 3ZEUA 1HKBA 2E2QA 3BEXA 3VEYA 3QB0A 4BRDA 1KAZA 1NGBA 1Z05A 1EQYA 3KZBA 3LDPA 4JN4A 4BR2A 3F9MA 2HOEA 3QFPA 1KAXA 3J8AA 3GL1A 2Q0UA 1HKCA 5EOYA 2P9LA 1Y64A 5KPRA 3ENHA 5BRHA 2F9WA 4MO5A 3MN5A 2QWOA 1NGGA 1HUXA 4CI6A 4H5RA 5BRDA 4FWLA 4RCHA 2NRHA 1XQSC 3ZEUB 1KXPA 2ASPA 2E20A 4A2AA 3UKUA 4FPAA 3H3OB 3DAWA 3D2EA 3VESA 5JLHA 3QFUA 1JCGA 2Q0RA 3M6GA 3WQTA 1BWFO 2QWRA 4JAXA 4J8FA 2FF6A 2VWBA 4CZIA 1P8ZA 5ELZA 3FLCO 3FGUA 2ZF5O 2P9LB 3SMSA 2P9NA 4BRKA 3AY9A 3G25A 2D1KA 5EXWA 3FFKB 4FWOA 4XH1A 3JS6A 2E8AA 2Q31A 2E2PA 2UYTA 3M1FA 4QS7A 5F2RA 4H03B 4CD1A 3A5LC 4FWMA 3HZ6A 4H5TA 2WUSA 3DJCA 1XUPO 2W41A 3H45C 3LDOA 4JHDB 1MA9B 3MN6A 3LM9A 4K25A 1QQMA 1C0GA 2YJFA 5B8HA 1MWKA 4Y0WA 2KHOA 3M3ZA 1MDUB 2P9NB 3LDQA 1BA0A 1U2VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3IDHA 1S3XA 1NOYA 3QEWA 4FM1A 4OPKA 4RW6A 4QS9A 3E01A 4FZYA 2KLAA 3S41A 3O9QA 4CJ4A 3DLKA 3OYNA 3SZ2A 5FRNA 2YHAA 4I9LA 3VQQA 1IG8A 2E1YA 1XMQK 4DQQA 1J9AA 1TKZA 2ZM6K 2ETJA 3R9PA 5JICA 3KHYA 3CCMN 4DU3A 4FWKA 4M3ZA 3ZSQA 1VSJA 3VF2A 3OS2A 2Q1NA 1S5JA 2P9IB 3CJCA 3ENOA 3UB5A 3BGRA 4BDZA 4CGGA 1YXQA 2PBDA 1XC9A 3H08A 4PKHA 3CHWA 3NFAA 4KV8A 4CCHA 5AQGA 1BO5O 2FC0A 3HI0A 1TGOA 2CH5A 4CJSA 2FXUA 1MWMA 3ZX0A 2CGLA 4CJ7A 3ZETA 5GIPA 5AZIB 5AQJA 2Q2RA 2XHBA 3G10A 4JKCA 4E1JA 2P5GA 2H3GX 3RMDA 4F2RA 2XRIA 1QVFM 4ILHA 2KFZA 3CPWM 3SJHA 4FJHA 4KTQA 2Q97A 5LY3A 1BIZA 4OKKA 1ILYA 2KTQA 4BWJA 1G15A 4RW9A 3UKRB 3EKSA 3CCSN 2RE2A 5AZJA 3A8YA 2ITMA 4UY8O 3THWA 4NO7A 4MLHA 3R1XA 4W5OA 4H0YB 5AQFA 2AA4A 3U9ZA 2YNFA 5EX5A 3LZJA 3ZSVA 4GVEA 3V9ZA 1VSHA 3ISNC 3T1HK 4CK1A 1K73O 4FK2A 3EZ5A 3THXA 3V1OA 1WBBA 2E6MA 3T7ZA 1CLQA 4LSLA 4BRQA 2UUBK 3QESA 1U04A 1C1BA 5FPNA 1HR0K 2NZTA 3O6WA 1JCEA 2A6AA 3AVCA 3ZSZA 1U49A 5AQZA 2X6SA 1KLMA 4CF1A 4DTPA 3U3GA 2R7YA 2EWSA 3CXCM 1GLEG 2Z1GA 2WBNA 3MX2A 2PYLA 1TKDA 3FZHA 3EN9A 2RPIA 3LAKA 1YJNN 3FZLA 4BRGA 3K5MA 3CJ7A 1Q18A 4FJNA 2P9KA 1RTDA 5BREA 1GOCA 3QDKA 3M5RA 1UA1A 4WQ5A 5CYMA 4CHYA 4E89A 3JSMA 1D4XA 4ICLA 1L3SA 5KGWA 3RR7A 1YTUA 4E7LA 1GLAG 1NK5A 3KWGA 4ZTJA 4ELTA 3A5OC 1WNSA 1SZ2A 1T6DA 1KCFA 4U7BA 2A5XA 2QK9A 3RSEA 1BDGA 2ZGYA 3K58A 3L8BA 3FE1A 3AVBA 1VQ9N 3CF5L 2RN2A 4MLEA 3UE5A 3AARA 2O8FB 4B8AB 2NUBA 4JKBA 2E2NA 4J2EA 3OA9A 2YNGA 4IDKA 3O9SA 3TPQA 3M8PA 1JXBA 4B1XB 4EFHA 4CZKA 5KQ8A 2GELA 4DR1K 4H0TB 3MCPA 3TARA 1YHQN 4FWPA 3P39A 5DM7L 2CH6A 4CFBA 1LWCA 3OHRA 4H0XB 4ILGB 2G8FA 3NMUA 5CHIA 2FSNA 3ZSXA 4CEQA 1RBUA 3ZETB 4XIUA 3H1QA 1I39A 3LPUA 3OVNA 3H3NO 4M41A 5DMRA 3H46O 5BR9A 3JAMO 3WXJA 1S1WA 5KQDA 3NGYA 4Q5VA 4DV0K 4PUOA 1LV5A 3CIPA 2QWMA 3ID6A 4H0VB 1W0HA 4FM2A 4FZXC 4KRFA 5AZJB 3BZCA 1C6VA 3Q7CA 3U9DA 5DM6L 1U47A 4DQSA 1BCMA 5BRFA 4OPAA 1HPZA 4M3RA 3SLCA 3AAQA 1S1TA 3V4IA 2O4IA 1GLJO 3ZSWA 4BRMA 4ZHRA 3LP3A 3ASMA 3HSCA 3OYCA 1NK0A 2O8BA 5HRNA 2QXFA 4FJLA 4BC3A 3V9XA 1RDDA 4IG3A 3SBTA 3TAPA 1QSYA 2NRVA 4YOVA 5HRPA 1OVYA 4JS4A 3EO3A 5CZ1A 3DLHA 5IWAK 4KTZA 3VQ6A 2V7YA 4JI6K 1BQMA 3O80A 3MXIA 1RBVA 4O55A 3R8EA 1TL3A 4H4MA 3CFRA 4EP5A 5AQOA 3P5JA 4FVUA 4DLEA 3TTFA 4JK9A 1SQKA 2Q36A 3LP2A 4B9VA 4QCLA 2NLXA 3NH1A 1KFDA 4OGCA 1RTIA 1NJXA 2DPNA 5CR4A 5JVHL 2P9KB 2D0AA 4DLGA 1J6ZA 2YKMA 3GG4A 3IKMA 1U48A 3QLHA 4WQ4A 1TAQA 4DMNA 4BACA 2G8KA 5CYQA 4IJNA 2I5JA 1IO2A 1L3UA 1QZ6A 4F2SA 3LALA 1QQNA 3BY5A 4FJIA 2FF3B 4I6MA 1Y97A 1WUAA 1NGJA 2IS3A 3PSIA 3KK2A 4B1ZA 1SKSA 1FJGK 1SKRA 3CC7N 2YHBA 1BQNA 3LWLA 4CK3A 1TAUA 4O0IA 4IFVA 4BGBA 1TUYA 1RDBA 1FK9A 2FBVA 2OPPA 4OPHA 4CJLA 4WE1A 3M8SA 4CZHA 3SQ0A 4DTNA 2OPQA 5LJWA 4BC2A 1N34K 4M3WA 1DKGD 1XC3A 1GLBG 2EX3A 4BR7A 3G4SN 2YJEA 1TKTA 4I2QA 4YHHK 4KI4A 1VQNN 2HNZA 3ZEUA 4E7IA 1C0UA 2HB5A 4BR2A 4JN4A 3K5NA 2HOEA 1LW0A 3AO5A 3AA3A 3HXMA 1XI1A 4Y1DA 3RR8A 3K9KA 4B8CA 3SAFA 1HUXA 4CI6A 2WC9A 4LSNA 2IAJA 4RCHA 1JXEA 4KHPK 4GMJB 4CJEA 1KRPA 3PLAA 4DR5K 3H3OB 3VESA 3ZT4A 1JCGA 3M6GA 5K14A 4ELVA 1KVCA 1L3VA 2FF6A 2VWBA 4WFNL 3FLCO 3QNOA 3MXJA 4FW2A 4O4GA 5EU7A 4H8KA 3I56N 4DR2K 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4FJGA 4FCYA 4I2PA 1G99A 1TK5A 4JLHA 3HL8A 4HUFA 1GOAA 4LF9K 3TAMA 3D45A 4GY2B 3OY9A 1Z6RA 4BQZA 2V7ZA 3MX5A 1R0AA 1ATRA 1DT9A 3MAQA 4IEEA 1KVAA 3THYA 3KIOA 4EIAA 5FPEA 4RTFD 4DUZK 4DR4K 3VQAA 4ELUA 3LP0A 2O8EB 2Z1IA 3WEEA 4AM6A 1BGXT 2OYQA 5H1SQ 1TK8A 3RRHA 4O0JA 4KH6A 4HCBA 5BR8K 4L3QA 3VEZA 4PKIA 2PAVA 3OYAA 3O9RA 3PV8A 4F9OA 2O8FA 5ADXA 5HBMA 3QEPA 3AVMA 4CJ3A 3C7NB 3HP9A 4CW7B 2DFFA 5EY4A 2O8DB 4BRNA 4FLXA 1ZBIA 4A62A 1YIJN 3E9OA 3ZLJA 4FLUA 5FDLA 4B9QA 3VQ5A 3TSPA 3TTCA 5HOOA 4LFCK 1YT3A 3MN7A 4CEEA 4M3YA 3K0SA 1Q86O 3C6HA 3OYHA 4CIFA 5M1PA 1B92A 2XY7A 1V4TA 3PUFA 5ADXH 2QM1A 4TSXA 5TKYA 3OJSA 1SL0A 4E3SA 2KFNA 3KD1E 3MEGA 3CETA 2DTUA 2F9TA 3VTHA 3UIQA 1X3MA 3LDLA 2QW9A 5AQPA 3VN5A 4IFEA 4BRCA 4DV5K 3AVNA 2GTDA 3KLHA 3I55N 3T19A 1VQ4N 4HVJA 1MU2A 4R79A 1CZ9A 4GW6A 3O4WA 3OYMA 4OLBA 4H4OA 1K6YA 2E4LA 1E4FT 1HNVA 4JKAA 5IT9O 3B8AX 2VG5A 3SUOA 4WYBA 3D0PA 1JLBA 4KH5A 5M1NA 4DFJA 1I3AA 2D0BA 1SUQA 2VCPA 3TWHA 4BRPA 4X64K 1BHLA 1JLCA 1NGCA 4DB3A 4NB4A 5AQHA 3IRXA 4IG0A 3OYGA 3QIOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ASW A;  3RMA A;  3VEX A;  3A5N C;  3CQY A;  2VYP A;  1SKW A;  3QBW A;  1L3T A;  2HND A;  1RDA A;  3GDQ A;  4FJJ A;  3CQX A;  4CF2 A;  3BDP A;  3CJ1 A;  2P9P A;  4HHT A;  3DM2 A;  4IO8 A;  3CJA A;  3NGZ A;  3A0I X;  4YDU C;  1LAW A;  3OYK A;  4ID5 A;  2QKK A;  2P9I A;  2IIR A;  4CD3 A;  1KFS A;  2HST A;  5LMU K;  1WB9 A;  1S1V A;  4M3U A;  1ASU A;  3SAH A;  3ULD A;  1Q9X A;  3CJ9 A;  2I7P A;  2G8H A;  1NJZ A;  1BCO A;  2LSN A;  3AAP A;  3DLG A;  4EHT A;  3VQC A;  3AV9 A;  3TTD A;  1RT3 A;  2ASM A;  3WUH A;  1IKX A;  1IV0 A;  1WAJ A;  3KK3 A;  3VGL A;  1QQO A;  4H0P A;  4EZ6 A;  3VEW A;  2IGI A;  5GAE P;  2VQF K;  2O4G A;  3AVH A;  3I0R A;  3LM2 A;  1QZ5 A;  4K0K K;  4YOT A;  1NGD A;  2B4J A;  4NYF A;  1H1V A;  3EE8 A;  3HVR A;  2QA4 N;  2A42 A;  1WSJ A;  3L2W A;  3QML A;  4H5N A;  2P5O A;  3UKR A;  4BR4 A;  4BC4 A;  4I6M B;  4DCH A;  1C0M A;  4YOW A;  4AHS A;  3IMX A;  1E4G T;  4FXD A;  5GAH P;  1OH8 A;  4MFB A;  5BPM A;  3KVG A;  1KSP A;  1VQM N;  3KD5 E;  1HKB A;  2GUI A;  1KTQ A;  4W5T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BR5A

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