4BR9A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, apo
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br9A02
4BROA 4BRLA 1Z05A 5BRDA 4A62A 1GLCG 4BRIA 4M63C 1LCUA 4BRDA 1P8ZA 1BOTO 1NGAA 1YAGA 4FWNA 1SAZA 3RSEA 3ZEUB 2ASOA 2HF3A 4AM7A 4BRMA 3C7NB 4GNIA 1QHAA 5AQIA 4BGBA 4BRAA 2E2OA 1NM1A 3DAWA 1TUYA 2V7ZA 4A2AA 3JXUA 1SQKA 2YHWA 1C0GA 3GOIA 3QDKA 3VEWA 2IVPA 5KPTA 2FSKA 1HKCA 4H0OA 5KQ8A 4H0XB 3HM8A 1QQNA 3MCPA 2Q0RA 4FWKA 4JN4A 2UYTA 1SZ2A 4XH1A 3D2FA 1NGEA 3MMVA 3UB5A 3G25A 1TYQB 3F9MA 4PKIA 1IJJA 4WQ4C 1U2VB 4FOIA 3U9DA 5ADXA 4BG9A 3ZX3A 2E2PA 2V52B 1NLVA 5AQVA 3CIPA 4BRNA 3FZFA 1BG3A 5E84A 1HKBA 5BN9A 3DWLA 4E1JA 3ULEA 2V51B 3RSEB 4PL7A 3BEXA 4BRCA 1HX1A 3EKSA 1DKGD 2E88A 2FXUA 3FZHA 3MN5A 1NGJA 2Q97A 4J8FA 3LDPA 4CZKA 3AAPA 3O08A 1CZAN 3VERA 4BRFA 2ASMA 5BR9A 3C0BA 3A5MC 1J6ZA 1NBWA 3O80A 2QWLA 3ATUA 2QM1A 4H0TB 1YUWA 4BRHA 2CH5A 3H3NO 1OKJA 5BPNA 1ATNA 4BQZA 2CGKA 4B1WB 3L0QA 1T6DA 1GLFO 1HLUA 3WXLA 2A40A 3H1QA 4CZJA 3SMSA 3CJ9A 2P9NA 3EL2A 2QWRA 3QFUA 4FSVA 3R9PA 4EAHD 2ZGZA 1C0FA 2QWMA 3QFPA 4L3QA 3LM9A 2I7NA 1WOQA 3I8BA 4WQ4A 2Q0UA 1Q18A 3QBWA 4FWSA 1NMDA 3EN9A 5AQQA 5FPEA 1HPMA 5I9EB 3CJCA 2NRHA 4H5TA 4FWRA 5BPLA 4BR7A 5B8HA 4EHTA 3VESA 3A5OC 5AQNA 3BUZB 4IJNA 5AQMA 3ID8A 4KBOA 3VGLA 5EX5A 2HF4A 2P9IA 4H03B 3KZBA 5AR0A 2VCPA 3ZX0A 5AQZA 2FF6A 1RFQA 4EIAA 3HI0A 2YHYA 3QBXA 4B1ZA 4CZFA 2P9UA 4HWIA 1BWFO 1BA1A 5AZIA 2FSNA 4BG8A 4RTFD 2ASPA 1NGHA 1WUAA 4M7YA 2FSJA 3ZETA 2GUPA 4FL9A 1GLJO 2QWQA 4ISFA 4IXCA 1BDGA 4JD2B 3SJHA 2E2QA 4IJAA 3DJCA 4BQLA 2GEMA 4M7XA 2ZGYA 2OANA 2P9LA 2Q36A 2P9PB 3UE5A 1DGKN 2P9IB 3D7EO 3MN6A 4CZHA 2I7PA 1QQMA 4FOEA 3S41A 3M1FA 1KAYA 2QW9A 2CGJA 3ZX2A 4BVOA 2P9UB 5AZIB 1MA9B 5AQGA 3WEEA 3SMPA 2BUPA 3U8XA 3ZETB 3MN7A 2F9WA 2E8AA 4O8KA 3FZKA 1BU6O 1GLDG 2J4RA 3D2EA 4MLEA 2QWOA 5LY3A 5F1XA 3CJ1A 5AQHA 3TPQA 2E1YA 4H5VA 4CZEA 4BC3A 1BA0A 3LDLA 5TKYA 2A42A 3IFRA 4ISGA 1GLEG 3CHWA 1YXQA 1JCFA 2IIRA 1X3NA 5KPRA 5AQSA 3FLCO 3W0LA 5JLFA 3GL1A 1NGGA 2CH6A 1R59O 2AA4A 3FGUA 1QQOA 2ZWHA 4H0VB 5KQDA 5ADXH 1S3XA 3VEZA 4BREA 3QB0A 1V4TA 3ATVA 3VGMA 3VEXA 2E20A 4BRQA 3U9ZA 4IZ9A 5FPNA 2VWBA 3BF3A 3WQUA 3D2FB 3IMXA 2W41A 3M3ZA 1KAZA 5JMVA 3FE1A 3BF1A 3MDQA 3WT0A 2QWPA 3BP8A 4K41A 4FPBA 4B9QA 3CQYA 2D1KA 2GTDA 3VF4A 5F0XA 4DQ8A 4BR2A 3ULEB 4B1XB 1DEJA 4CZIA 1D4XA 3VF6A 2P9SA 4NO7A 4QS9A 1EQYA 3HZ6A 3QMLA 3ENHA 3LDOA 2ZF5O 3H3OB 3VGKA 4MLHA 4QS8A 4CI6A 4H5WA 3I33A 3FZMA 5EVZA 4FPAA 1GLBG 3AARA 2HOEA 5AZJA 1XQSC 2VYPA 1MDUB 3VF2A 3VETA 4K43A 4PKGA 3OHRA 3SK3A 1JCEA 4BR5A 1E4FT 1MWKA 2P9KA 3O6WA 4FWQA 1X9JA 5BPMA 5AQLA 1ATSA 2P9NB 1ZXOA 3O1WA 4FWLA 1Z6RA 3JS6A 3H45C 1KXPA 5AQJA 1RDWX 3UKUA 3VOVA 5LJVA 1TUUA 4FWPA 1GLLO 3CERA 1Y64A 3ZEUA 2D4WA 1T44A 3O4WA 2E2NA 2P9SB 4FWOA 2IVNA 2YI1A 5AFUH 2Q2RA 4ISEA 1RGIA 5EY4A 4BC2A 3WQTA 4H5NA 2H3GX 1KAXA 3A5LC 3CQXA 3FZLA 5AQFA 4A2BA 1BO5O 3LL3A 5EOYA 5JLHA 2QXLA 1LOTB 1GLAG 1X3MA 4HTLA 4A61A 4CBXA 3R6MA 4NB4A 2D0OA 2YJEA 1QZ5A 5AQXA 2A6AA 1IG8A 3J8AA 1U6ZA 2P9KB 3M6GA 4RWTA 2FF3B 1H1VA 1JCGA 4BRKA 3UKUB 3LDQA 5AQKA 5AQYA 1G99A 3EZWA 1XUPO 4AM6A 4XH4A 3U4LA 4BR9A 5JICA 4BR4A 2YJFA 4BRGA 3H1VX 5AQOA 3MN9A 5EXWA 3A8YA 1E4GT 1ATRA 3VEVA 4DHYA 2CGLA 4MO4A 2FLOA 4WQ5C 2KHOA 3FFKB 4DCHA 3O1BA 4K25A 3A5NC 2GELA 3IUCA 4H0PA 3GE1A 4I6MA 3HSCA 4B1UB 4H0YB 4CJ7A 2P9LB 3DXMA 4Z94A 2NZTA 4JHDA 2YHXA 3VENA 3QICA 1HUXA 4B1VA 1HKGA 3WXIA 4EHUA 1NGFA 3KVGA 2BTFA 4FWMA 5F2RA 5AQUA 2DPNA 4XH5A 4PL8A 4CD1A 5E26A 4XEIA 1MWMA 1NGBA 3WXJA 3EKUA 3LDNA 3EO3A 4BGAA 5KPZA 4FO0A 3WEEB 5FPMA 4JAXA 3A0IX 5CE3A 2V7YA 3ENOA 3VPZA 3HBTA 3O8MA 3AAQA 1QZ6A 2PBDA 3D2EB 4CZLA 3DXKA 1K8KA 4DB3A 4WYBA 1YVNA 3GG4A 1NGIA 3VEYA 4MO5A 4I6MB 1V4SA 3WXKA 2Q31A 4LC9B 2Q1NA 3DXMB 4IO8A 4Y0WA 4JHDB 4WQ5A 4JNEA 1BUPA 1ZBSA 2QWNA 1ESVA 1S22A 5AQPA 3GBTA 5AQWA 2NLXA 3H6EA 2ITMA 4YDUC 2A41A 3SLCA 3P4IA 3UKRA 1NWKA 3IDHA 4EFHA 3CI5A 3CJAA 3LM2A 2YCHA 3AY9A 1T6CA 1NGDA 4BC4A 3GDQA 4PKHA 2GWJA 1XC3A 2HMPA 5ELZA 5BN8A 4JD2A 2PAVA 4GY2B 3KHYA 5BRHA 3CJBA 2E1ZA 3WUHA 3DXKB 2EWSA 1K8KB 3FR0A 5AQRA 4B1YB 4BR0A 4BC5A 3VEOA 3W3DA 5BREA 3C7NA 4RCHA 4QS7A 3B8AX 5AFUA 2P9PA 2W40A 4F9OA 4K42A 3CJ7A 4H5RA 3R8EA 5FPDA 3CETA 1ZC6A 3HTVA 1NGCA 2D0PA 3TU5A 4CBWA 3MK6A 4C23A 2GWKA 1HJOA 3L6QA 5BRFA 2A3ZA 4CZGA 3H46O 2A5XA 2IVOA 4CZMA 4O5FA 4CBUA 2F9TA 3L4IA 5AZJB 2WUSA 4BVPA 3UKRB 4BRPA 2AP1A 1TYQA 4IWVA 5LJWA 5AQTA 1U2VA 4CD3A 4YDUA 3O5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGIA 3TSQA 1GOAA 4A62A 1VK0A 2FBTA 3SUQA 4E3SA 4FWNA 1SAZA 3AVHA 3C7NB 2FBXA 4NYNA 2RF2A 1QHAA 2QK9A 4H4MA 3AV9A 3G10A 4CGGA 5J2PA 1YJNN 1ASVA 3NH0A 1SQKA 4OX9K 2IVPA 4H0OA 5KQ8A 4B3TK 3C95A 3ZT2A 2HHVA 1TKTA 4XH1A 3F9MA 2X78A 4FOIA 4CGHA 5ADXA 4BG9A 2V52B 1HYSA 1NLVA 1YTUA 4W5QA 5AQVA 4PA1A 4J2BA 1S5JA 2HHSA 1CXQA 5E84A 5BN9A 1HKBA 4KAZA 3PY8A 4FZZA 3ULEA 1OH5A 3N4QA 4CEQA 3RSEB 2OZMA 4YOUA 3CPEA 2BH1A 2FXUA 2VWKA 1NGJA 2Q97A 4J8FA 3PO5A 2JLEA 1CZAN 3SNNA 5BR9A 4YOWA 1QQCA 1J6ZA 4E0DA 3ATUA 2XHBA 2QM1A 3DOKA 1YUWA 4BRHA 2YNFA 1OKJA 3H08A 1ATNA 3SQ4A 1IKVA 1JKHA 4MQ3A 1VQMN 4B1WB 3L0QA 1T6DA 1GLFO 3WXLA 4CZJA 3LP0A 2WOMA 4DKWA 3ISNC 3THXB 4AHSA 4I7FA 1TK8A 3EL2A 4FSVA 3HL8A 3QFUA 2E4LA 3THVA 1C0FA 3HRGA 3LM9A 3I8BA 2VG5A 4OLAA 1JLCA 1N32K 1HPMA 1VSEA 5I9EB 2GBZA 5HL7L 2NRHA 4DV3K 4FWRA 3PO4A 3VESA 5HRRA 3V9ZA 4B9LA 1U04A 5KGWA 2HF4A 2NRXA 2IC3A 2P9IA 4CJQA 3OY9A 4F3TA 1S1UA 2LSNA 5AQZA 4OPKA 1RFQA 4EZ9A 1HNVA 4JI0K 2YHYA 4CZFA 3TTDA 4GV3A 2P9UA 3DLLL 4NCAA 4HWIA 1BA1A 3VQ5A 2G8HA 3ZSZA 1J5EK 3KIOA 4M7YA 4F4KA 4FJHA 1JLBA 4FL9A 1GLJO 3DRPA 3KKRA 4CF1A 1BDGA 4JD2B 1HMVA 3OYNA 3EE8A 4O0JA 4BQLA 1UA0A 4FJ8A 2GEMA 4RW9A 3TABA 3AVNA 1D9DA 2P9LA 5HBMA 1LW0A 2VG7A 1DGKN 3S41A 3ZSRA 4KH4A 1KAYA 1LW2A 3RMBA 3WNFA 4ICLA 3LZJA 1YF5L 2ZJPL 3KLGA 3BGRA 4BDZA 4FJJA 4YOYA 4NCBA 3U8XA 3ZETB 4EZ6A 4KO0A 2F9WA 4O8KA 4GV9A 3FZKA 1SUQA 1L5UA 4B9MA 4C8LA 3WXMB 3MWPA 4FLYA 4M3YA 4DWIA 4CZEA 4U7BA 4W5NA 3IFRA 4IKFA 2QEXN 4IBNA 4OJRA 4IEEA 1SV5A 4Q5VA 5AQSA 1R59O 3K0SA 3BZCA 2HHQA 2JWLA 2E20A 4BRQA 3CG7A 2VWBA 4DSLA 4WFNL 4FK4A 3WQUA 3IMXA 4EP4A 1JL1A 5JMVA 3OBYA 3MDQA 4AH9A 3THYB 3K59A 3PIPL 1YI2N 2KQ2A 3MX2A 5CZ1A 3DLEA 2D1KA 5CHIA 3AVJA 3QEXA 2NRTA 4DS5A 3OYHA 4OPAA 1DEJA 1D4XA 2P9SA 4NO7A 3LDOA 1HNIA 2ZF5O 3C6UA 3VGKA 4MLHA 4BE0A 1ZYQA 1UOCA 4H5WA 3SUOA 4F2SA 1C6VA 2OPRA 4FPAA 3HXMA 3M8RA 2D0AA 5C25A 3SQ0A 2NUBA 5DK5A 2HOEA 4PKGA 3SQ1A 1E4FT 3KLIA 4FCYA 1X9JA 5BPMA 1TV6A 2P9NB 3H45C 1WSIA 1KQSM 5KRTA 1J53A 1XI1A 5GAHP 4N47A 1NK5A 5KI6A 2ZM6K 1DT9A 4C8MA 2UUBK 4QOZB 3CERA 4FJIA 1W7AA 4CK3A 2E2NA 3LALA 4OGEA 5AFUH 3I56N 2FBYA 3VQ8A 3WQTA 4Z4EA 4DTOA 2NRWA 4OO1J 1VSMA 3CQXA 4FM1A 2O4IA 5EOYA 3OW2M 2HSTA 4RG8A 1LOTB 1GLAG 4A61A 3R6MA 3NF6A 5DMRA 4WE1A 4A5BA 3O9QA 1XHZA 2A6AA 3J8AA 1HNXK 1VQ5N 2IGIA 3I0RA 3FFIA 4F2RA 1RCHA 4Z4HA 1I3AA 1KVAA 1IBMK 1TKZA 4BACA 3RWUA 3UKUB 5AQKA 4KB1A 3MAQA 1C0UA 1BI4A 1TKXA 4AM6A 1ZBLA 4XH4A 4CESA 3AVMA 1HQUA 4CW7B 5AQOA 3MN9A 1IBKK 3OYJA 5M1FA 4E7JA 5DM6L 1WSFA 4H0PA 3P5JA 3HSCA 3HK2A 3DRRA 4Z94A 1Q8IA 2NZTA 4MDBA 4E1MA 4OKJA 1VRTA 1BHLA 3CXCM 3THXA 1HKGA 4EHUA 4KREA 4DQSA 5AQUA 2DPNA 4XH5A 4PL8A 4CD1A 1OVYA 2VGNA 4XEIA 3D6RA 1NGBA 3ZT1A 4DTSA 1I94K 3LDNA 3QEPA 4BGAA 5KPZA 3LAMA 3WEEB 1T03A 3IAYA 4N56A 4GKJK 4CJPA 3ENOA 3VPZA 4Z4GA 4CHQA 4HTUA 4ILJA 3DXKA 1VQON 1L3UA 3OYBA 2D5RA 4JKCA 3VTIA 3IKMA 4HCCA 3OYFA 3NVMA 3OS0A 1NGIA 4MO5A 4LC9B 3DXMB 1T3VA 4Y0WA 3VQCA 4WQ5A 1VSFA 3CYMA 4LFAK 4GW6A 4G1QA 2KTQA 4Z4FA 3CD6N 3H6EA 1ASUA 4IOCL 4CERA 2ITMA 3NFAA 2A41A 4B9NA 4B9VA 4M42A 3P4IA 3UKRA 3CQ8A 4EFHA 5I42A 3U3YA 3DLGA 4IDKA 1T6CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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