4BRAA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, mg amppnp complex
Total Genus 114
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (54-64)3H5 (347-349)AH11 (350-362)3H1 (38-40)AH3 (126-142)S1 (43-51)TI2 (65-68)S3 (70-81)TI11 (344-347)TIV6 (311-314)AH1 (92-104)TI1 (51-54)S4 (112-117)3H2 (85-87)O1 (89-91)AH2 (119-123)AH4 (156-171)S5 (147-153)S6 (182-187)S11 (256-257)TIV2 (143-146)S7 (191-197)TI3 (173-176)TI4 (188-191)3H3 (206-208)TI5 (201-204)S13 (315-317)S8 (209-214)AH8 (299-305)S9 (217-227)S12 (293-298)TIV4 (227-230)AH9 (318-329)AH5 (231-236)TIV5 (236-239)TI6 (238-241)TII2 (246-249)AH10 (334-340)AH6 (261-275)TI10 (341-344)TIV3 (213-216)TII1 (226-229)TI7 (251-254)S10 (249-250)AH7 (278-288)TI8 (306-309)3H4 (242-244)TI9 (329-332)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 114
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4braA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4braA02
4XH5A 1XQSC 5KPTA 3U4LA 3DAWA 2QWOA 2QWRA 5KQDA 2V51B 2E2PA 1RGIA 4C23A 3RSEA 2E88A 1HX1A 3C7NA 3G25A 1NWKA 2P9PA 3WEEA 3D2FB 4DB3A 5AQWA 5BR9A 1ATNA 5AFUH 1OKJA 2CGLA 2E2QA 4BRIA 3O6WA 4QS8A 2H3GX 3UE5A 3H45C 3ATUA 2Q1NA 3QMLA 2YJFA 1ATSA 4XH1A 3QDKA 4PKIA 5BPLA 3VERA 1Z6RA 1GLFO 2P9NB 4BG9A 2WUSA 4BRMA 2D4WA 3LDLA 4FWQA 3ENHA 3GDQA 2V7YA 1HLUA 3AARA 4K41A 4WYBA 5AQFA 3SLCA 2FXUA 4O5FA 3VEVA 4B1ZA 1QZ5A 4JHDB 4PL7A 2I7PA 2PAVA 4QS7A 4B9QA 1EQYA 3FFKB 4J8FA 4YDUA 1MWKA 4CZKA 5B8HA 1NGGA 4IXCA 4MO4A 1LCUA 3VGMA 1Q18A 2QM1A 3DXMB 2GEMA 4FWKA 4BRHA 5AQMA 3FZHA 3GE1A 5AQJA 1SZ2A 4FSVA 4EFHA 2V7ZA 3O08A 4ISEA 4I6MA 2IVOA 3A5LC 4BQZA 3AY9A 2ITMA 4BG8A 2NLXA 1CZAN 2IVPA 4FPAA 4B1VA 1U2VA 1DGKN 4JNEA 4DQ8A 3OHRA 4WQ5A 2E1YA 2FLOA 4MLHA 3R9PA 2P9SA 4RCHA 5AQVA 3QFUA 1BA0A 4AM7A 1T44A 4H0PA 4H0XB 1NLVA 4E1JA 3BEXA 3QBXA 1YUWA 4A2AA 3CJAA 4Y0WA 3EKUA 3ENOA 3CJBA 1NGDA 2YHWA 3HBTA 3MK6A 4PL8A 2HF4A 1X3MA 4H03B 4H0VB 5BN9A 4WQ4C 3ZX2A 5KPZA 4B1YB 3O5BA 1HKGA 4H0OA 5AQKA 1S3XA 4CZJA 2QWNA 3HI0A 3I33A 1H1VA 3CI5A 2P9IA 2QWMA 2QW9A 4LC9B 1RFQA 2HF3A 4BRGA 5AZIA 4CZHA 4PKGA 3CJ7A 3MN7A 3WXKA 2P9UA 3FR0A 2QWQA 5AQYA 2ZGZA 3ZEUA 2Q2RA 4H5NA 4O8KA 3W3DA 2A42A 3CERA 4IO8A 5AQXA 5FPEA 3L6QA 3ZX0A 3LDNA 5E84A 3IDHA 5BRDA 3KZBA 1KAXA 4CJ7A 3H46O 1HPMA 3VESA 1MDUB 2EWSA 1GLEG 2ZGYA 1C0GA 4FPBA 3WT0A 1NM1A 3FE1A 2F9WA 1GLAG 2D0OA 4A62A 3UB5A 5AQGA 3SMSA 3U9ZA 4B1UB 3P4IA 4H5VA 5ELZA 3D2FA 3FGUA 4HWIA 5AQLA 4BRKA 5AQOA 2Q97A 3ULEB 3L4IA 1HKCA 1GLCG 4BRDA 3A5OC 2GWJA 4JD2B 5EX5A 1TYQA 3AAPA 4BGBA 3H3OB 5AQSA 3LDOA 1BG3A 2A6AA 1QQNA 1T6CA 2NRHA 5AQNA 4MO5A 3MMVA 2QXLA 1YVNA 2D1KA 2P9NA 1G99A 3LL3A 4JN4A 2A3ZA 4FWSA 2P9LB 4H5RA 1HJOA 3SK3A 2BTFA 3VGLA 4GY2B 3A5MC 1ATRA 3O4WA 4BR2A 3EN9A 4M63C 5LY3A 4IZ9A 4BRQA 3JS6A 4WQ4A 3GOIA 1Y64A 3LDQA 2VCPA 3EKSA 3ID8A 5TKYA 3GBTA 4FWRA 3BP8A 5BN8A 4BC2A 1KAYA 4BR7A 4CZFA 1HKBA 4BRNA 4H5TA 3FZLA 5FPDA 1TUUA 4IJAA 3VEYA 5F1XA 4RWTA 2F9TA 2Q31A 3H1VX 3UKUB 4BC5A 5AZJA 3H3NO 3JXUA 1GLDG 3QBWA 5LJVA 1S22A 3WQUA 2FF3B 3U9DA 1NGCA 4BVPA 3BF1A 2FF6A 3O1WA 4M7XA 3D2EA 3UKRB 4CZIA 1X3NA 1Z05A 2Q36A 3FZKA 4FWOA 2E2NA 3QICA 2YI1A 1XC3A 3CQXA 1BU6O 4K43A 1YAGA 2W40A 4F9OA 3VEOA 5EY4A 3CJCA 1QZ6A 2A5XA 5I9EB 4XH4A 5BREA 3FLCO 1IJJA 4EIAA 2CGKA 4FWLA 3LDPA 1U6ZA 1GLJO 3F9MA 2AP1A 3VEWA 3VPZA 4KBOA 4EHUA 2ASPA 3H6EA 5JMVA 4NO7A 1U2VB 2GUPA 4BR9A 3MN6A 1K8KB 5CE3A 2FSNA 5EXWA 4A61A 1QQOA 4CZLA 4BRFA 2P9SB 3U8XA 1C0FA 1P8ZA 3MCPA 4PKHA 3R8EA 4IJNA 5BRFA 4H0YB 4CBXA 3ZX3A 3A5NC 1BUPA 3ATVA 4BQLA 4CD1A 4L3QA 4IWVA 3EZWA 5AQQA 2OANA 1GLBG 2P9KA 3IUCA 1ESVA 5F0XA 2Q0RA 5BPMA 2QWPA 1R59O 3VF4A 3DXKA 1ZC6A 1BO5O 4H5WA 1T6DA 1JCEA 2UYTA 4B1XB 2YJEA 2P9IB 5E26A 3MN5A 1DKGD 2W41A 1NGBA 1NMDA 2ZWHA 3CETA 4A2BA 5FPMA 2A41A 1DEJA 3CJ1A 1GLLO 2E8AA 3IMXA 3ZEUB 3KHYA 4CZMA 4BRAA 5JLHA 3GG4A 4BR4A 2Q0UA 3CJ9A 4DCHA 1SQKA 5AQRA 5BPNA 1V4TA 3SJHA 3TPQA 5KQ8A 3WXLA 5JICA 2YHYA 3HM8A 3ZETB 3VOVA 4FWPA 2CH6A 2ZF5O 3O1BA 3VF6A 4CZGA 2P9LA 3FZMA 1NGIA 2A40A 4NB4A 3IFRA 4CBUA 3FZFA 2BUPA 4DHYA 1ZBSA 1QHAA 4JHDA 3RSEB 3MDQA 4FWNA 3QB0A 2HOEA 2E1ZA 3C7NB 5KPRA 2P9PB 4RTFD 3WEEB 3VEZA 1NGJA 2CH5A 2HMPA 1NGAA 1TYQB 3J8AA 3O80A 4BGAA 1E4GT 4FWMA 3VEXA 3HTVA 4K25A 3M1FA 3DXMA 1ZXOA 5ADXH 5AR0A 4JAXA 4H0TB 4CI6A 3UKUA 4BC3A 4BC4A 3LM9A 3WUHA 1WOQA 4ISFA 3WQTA 1D4XA 1KAZA 2ASMA 2E20A 5AQZA 1NGEA 1J6ZA 3W0LA 5JLFA 3DJCA 4GNIA 1SAZA 3UKRA 3VGKA 3B8AX 1HUXA 2YCHA 3EL2A 5AQHA 1JCGA 4CD3A 4BREA 5LJWA 4BRLA 2KHOA 2VYPA 3GL1A 4QS9A 3EO3A 3MN9A 5AFUA 2J4RA 3A8YA 4EHTA 4AM6A 1YXQA 3A0IX 2FSKA 4BRCA 5AZJB 3D7EO 3WXIA 5ADXA 3VETA 4I6MB 1NBWA 1E4FT 5AQUA 5AQIA 3D2EB 3AAQA 4FL9A 1K8KA 3M3ZA 5EVZA 4CZEA 3S41A 3O8MA 1IG8A 4BVOA 2I7NA 5EOYA 1MA9B 4HTLA 1XUPO 1JCFA 4FOIA 1KXPA 2IVNA 2DPNA 3C0BA 3HZ6A 3R6MA 5F2RA 3CHWA 1NGHA 1TUYA 3L0QA 3M6GA 4FO0A 4Z94A 3LM2A 4CBWA 2D0PA 2GELA 3HSCA 3TU5A 3VF2A 3CQYA 1V4SA 2GTDA 2VWBA 4FOEA 3SMPA 1BWFO 1X9JA 3QFPA 4YDUC 2CGJA 2YHXA 1QQMA 2AA4A 1RDWX 3CIPA 4M7YA 4B1WB 1MWMA 1BOTO 1NGFA 5AQPA 2PBDA 5FPNA 4BR5A 4BROA 4XEIA 3VENA 4BR0A 4EAHD 5AZIB 2QWLA 3H1QA 2NZTA 4BRPA 2P9UB 3ULEA 3BF3A 3KVGA 1BDGA 2ASOA 2IIRA 3BUZB 4ISGA 4JD2A 1LOTB 2P9KB 2FSJA 5AQTA 4K42A 5BRHA 2V52B 3ZETA 4MLEA 2E2OA 2GWKA 1WUAA 3DXKB 3WXJA 3DWLA 4WQ5C 3I8BA 1BA1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY5A 3MAQA 4KTWA 1ZBLA 2E2PA 1NK5A 2HSTA 2WFBA 3RSEA 3OTOK 1HX1A 3T1YK 2HNDA 3THXB 3WEEA 4CIGA 2WTUA 1X9WA 3PUFA 3QINA 5LL6Z 3VQCA 3VMFB 3THVA 2H3GX 1RDUA 3HOTA 2YJFA 3RVCA 3NMUA 2O8DA 1O1WA 3KK3A 2DFFA 2WUSA 4BRMA 1KRPA 4ELUA 2V7YA 4WYBA 2GV9A 3PX0A 1W9HA 3K9JA 3O9SA 1J9AA 3C6HA 4B1ZA 3TAQA 4K0KK 2HBMA 3FFKB 4ICLA 1CLQA 1HYVA 4CZKA 5B8HA 1BISA 1JLGA 4RW4A 4B9SA 3F5TA 3CCMN 1EO1A 3FZHA 3GE1A 4FJ7A 1XMQK 3QEXA 3PIPL 1NK6A 4FSVA 4FJMA 4NLCA 3O08A 4BE0A 4ISEA 1S1WA 2D0AA 2O8BA 4BQZA 5SWMA 1NJIO 2ITMA 4BG8A 4JI2K 4FPAA 1U2VA 4B3TK 1HJRA 1BIZA 4JI1K 3C6TA 4MLHA 3L3UA 3R9PA 2ZJQL 3CCUN 4Z0UA 2F7TA 3TAPA 1ILYA 3IKMA 3O3FA 3QBXA 1YUWA 4B3OA 3J80O 3EKUA 4A5AA 1VQ6N 1XWLA 3CJBA 1FXXA 1VSHA 2YHWA 4KH5A 1TK0A 2OTLN 4H0VB 4WQ4C 5KPZA 4B1YB 4H0OA 1Q8IA 5AQKA 2QWNA 4CK1A 2O8FA 2FBXA 1H1VA 4RW6A 5T7BA 4O55A 4M42A 1LW0A 2QW9A 1U48A 4B9NA 4Z4CA 2HF3A 1WB9A 5E41A 4CZHA 4Z4IA 1HNXK 4JS4A 4YFUA 1KTQA 2HVIA 1RT7A 3WXKA 4B8AB 5J2QA 5AQYA 4GVMA 1RCHA 4CJVA 3ZEUA 4K8ZA 5CR4A 4GKKK 2HHXA 2A42A 1IBKK 4DLEA 3IDHA 3KK2A 1JLFA 1YT3A 4DLGA 4OKKA 1N36K 2ZGYA 1U04A 3SAHA 3CFPA 5KTQA 1GLAG 2D0OA 2KKZA 4CHOA 3VQDA 1TK5A 1OH7A 3EEQA 5ELZA 1IV0A 4GKJK 4DV6K 1WBBA 4W5NA 5AQOA 3ULEB 3A5OC 1VSJA 4FJXA 4GV3A 1K6YA 3KLFA 3VQ5A 5J2MA 3ZT0A 5AQSA 1KC8O 5C15A 3AA4A 5AQNA 4JYAK 4MO5A 4N47A 2YHBA 3CCQN 1SV5A 1G99A 4JN4A 4CFCA 4M3ZA 1OH6A 2A3ZA 1BCMA 4JV5K 4LH5A 3VGLA 3OY9A 1LWCA 3A5MC 2DFHA 3L2WA 2EHGA 1Q9YA 3ZCMA 3DLLL 3GOIA 1Y64A 1YTAA 3ID8A 3SQ1A 3GBTA 4Q5VA 4BE1A 5BN8A 5CZ1A 5FDLA 1KAYA 4CJPA 2FC0A 4H5TA 1L3SA 2GBZA 4NCGA 5F1XA 1NJZA 3SPYA 4BC5A 4Z4HA 4CHZA 1GLDG 3QBWA 3TAFA 3U9DA 1NGCA 3KWIA 2ZE2A 4M7XA 1NOZA 4DV5K 2ZJRL 1ASWA 3J7YP 3UKRB 2KFNA 4CZIA 1T7PA 3TAGA 3K5OA 4FCYA 4NXNK 4F3OA 1XC3A 3E9LA 3AVHA 3CJCA 3PIOL 5I9EB 5BREA 3FLCO 4RG8A 5LMNK 1IKYA 2YNHA 1U6ZA 1GLJO 5FLXO 1LWFA 5M1KA 3M8QA 4JLHA 2IGIA 1B92A 3VEWA 4GV6A 4EHUA 3H6EA 3HXMA 3ENBA 5JMVA 1RT2A 4DV0K 4FLWA 4CJ4A 4UQGA 4EP4A 1K8KB 3T3FA 4HCCA 4KRFA 5EXWA 3FFIA 2PYJA 2X78A 4ZHRA 4DFJA 4HHTA 2D5RA 3CM5A 1GOBA 3A5NC 3K59A 3S9HA 4OLAA 2GUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2XY5 A;  3MAQ A;  4KTW A;  1ZBL A;  2E2P A;  1NK5 A;  2HST A;  2WFB A;  3RSE A;  3OTO K;  1HX1 A;  3T1Y K;  2HND A;  3THX B;  3WEE A;  4CIG A;  2WTU A;  1X9W A;  3PUF A;  3QIN A;  5LL6 Z;  3VQC A;  3VMF B;  3THV A;  2H3G X;  1RDU A;  3HOT A;  2YJF A;  3RVC A;  3NMU A;  2O8D A;  1O1W A;  3KK3 A;  2DFF A;  2WUS A;  4BRM A;  1KRP A;  4ELU A;  2V7Y A;  4WYB A;  2GV9 A;  3PX0 A;  1W9H A;  3K9J A;  3O9S A;  1J9A A;  3C6H A;  4B1Z A;  3TAQ A;  4K0K K;  2HBM A;  3FFK B;  4ICL A;  1CLQ A;  1HYV A;  4CZK A;  5B8H A;  1BIS A;  1JLG A;  4RW4 A;  4B9S A;  3F5T A;  3CCM N;  1EO1 A;  3FZH A;  3GE1 A;  4FJ7 A;  1XMQ K;  3QEX A;  3PIP L;  1NK6 A;  4FSV A;  4FJM A;  4NLC A;  3O08 A;  4BE0 A;  4ISE A;  1S1W A;  2D0A A;  2O8B A;  4BQZ A;  5SWM A;  1NJI O;  2ITM A;  4BG8 A;  4JI2 K;  4FPA A;  1U2V A;  4B3T K;  1HJR A;  1BIZ A;  4JI1 K;  3C6T A;  4MLH A;  3L3U A;  3R9P A;  2ZJQ L;  3CCU N;  4Z0U A;  2F7T A;  3TAP A;  1ILY A;  3IKM A;  3O3F A;  3QBX A;  1YUW A;  4B3O A;  3J80 O;  3EKU A;  4A5A A;  1VQ6 N;  1XWL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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