4BRAA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, mg amppnp complex
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 114
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4braA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4braA02
2Q36A 2YJEA 4FWLA 4A2BA 1SQKA 1DEJA 4BRMA 3CJ1A 1JCGA 1KAXA 5AQGA 3UE5A 4H0TB 3MCPA 5AQUA 1NBWA 4CBUA 1ZXOA 4H5WA 5ELZA 3CETA 3FZKA 3QFUA 4PKHA 1QHAA 3AAPA 1MWMA 3R9PA 5JICA 4A61A 4IJNA 2HF3A 5EOYA 4CJ7A 3ULEA 5FPNA 2QW9A 1KXPA 2P9UB 3EO3A 3A5NC 4PKIA 1ZC6A 1HPMA 3FE1A 4WQ5C 2Q0RA 5E26A 1K8KA 1RFQA 2NLXA 3F9MA 4CBWA 2D4WA 3KHYA 2W40A 2HOEA 3MDQA 2CH6A 3FZHA 3QMLA 4H5TA 1XQSC 5KPRA 2CGJA 3MN9A 3WQUA 1YUWA 3DWLA 4FOIA 1ESVA 2FSJA 3HBTA 1BOTO 5AQSA 3SMPA 3ID8A 1KAYA 4WQ4C 4H03B 1HKCA 3EKUA 3LDQA 1YAGA 3VGLA 4BC3A 4DCHA 1T44A 4M7XA 1RGIA 4BRPA 3LM2A 1C0GA 4BC2A 2IIRA 1GLCG 1LCUA 1DKGD 5FPMA 2V7YA 3ULEB 5AQZA 1NGCA 3VF4A 4BREA 3GBTA 2ASMA 2YI1A 5CE3A 1CZAN 1WUAA 1K8KB 4K42A 1BG3A 3FFKB 1NMDA 1OKJA 3CJ9A 4AM7A 1E4GT 4JN4A 5AQJA 2Q97A 1YVNA 3TPQA 3H1QA 2QWOA 1ZBSA 3ENOA 3DXMA 2E1ZA 4H5VA 5AQVA 3AARA 5KPZA 4WYBA 3BEXA 4CZMA 4B9QA 4EFHA 1NWKA 1X9JA 3VENA 4XH1A 5BREA 3DAWA 3FLCO 2NRHA 5AQYA 3VEOA 1Q18A 4O8KA 1NGDA 5EVZA 3G25A 3ZEUA 4IWVA 5EY4A 3I8BA 3W0LA 3IMXA 4I6MA 1BA1A 3FR0A 1DGKN 3VEYA 3VEVA 1NGEA 3A8YA 4H0OA 5KQ8A 4JD2A 4BQZA 5AZJA 4MO5A 4BGBA 1D4XA 1TUYA 1HKGA 3WXIA 4B1XB 4Z94A 5AQHA 5B8HA 5AZIA 2D0OA 3D2FA 4RTFD 5LY3A 3O8MA 1Y64A 4RCHA 4BRLA 1QZ6A 3VERA 3DXMB 1BA0A 2Q2RA 2YJFA 3KZBA 4BG9A 4FWRA 4CZEA 4XH4A 3O80A 5BN8A 1XUPO 4WQ4A 1HKBA 4JHDA 5BRHA 3L0QA 4FWKA 1GLDG 1KAZA 1NGIA 3ZEUB 2E8AA 2A5XA 3OHRA 3SLCA 2IVPA 2FXUA 4I6MB 3A5MC 3EZWA 4YDUC 3HM8A 4JNEA 2HMPA 3H3NO 3QFPA 5FPDA 3ZX2A 5F2RA 4JD2B 5AZJB 2DPNA 3VGMA 2FSNA 3C7NA 1BU6O 4IJAA 3I33A 5KQDA 4FWMA 5FPEA 3LDLA 4PKGA 5AZIB 3CQXA 3CJCA 3IUCA 1ATSA 3D2FB 4H5NA 3ZETA 2F9WA 3MN6A 3HZ6A 1HLUA 2F9TA 2KHOA 3WXLA 5EX5A 1NM1A 1T6CA 2WUSA 4B1YB 4K43A 1NGHA 1NLVA 2YCHA 4JHDB 4H5RA 5AQTA 1XC3A 3U9ZA 3CHWA 2Q0UA 3H3OB 2P9SA 3CQYA 3GE1A 4M63C 1H1VA 3A5OC 3A5LC 2VWBA 5LJWA 4BVPA 4H0YB 2GTDA 3ZX3A 4CZIA 3HSCA 4KBOA 1GLJO 3MMVA 3C7NB 4ISEA 4CD3A 4FWSA 1MDUB 1WOQA 4EHTA 2IVNA 3UKRA 3O08A 5F0XA 1YXQA 2P9PA 1J6ZA 1JCEA 3ZETB 4EAHD 1NGJA 1MA9B 4EHUA 2D0PA 3CJAA 2P9KA 1BO5O 3VF6A 3AY9A 3B8AX 1R59O 4B1VA 5BRFA 2D1KA 4BC4A 1QQNA 2ZWHA 2E88A 2A41A 2YHYA 3EL2A 4DB3A 5AFUH 4H0VB 2E20A 2GEMA 2P9SB 4H0XB 4FL9A 5AQOA 1T6DA 3CI5A 1TYQA 4FSVA 4RWTA 5BPLA 2A6AA 3DXKA 3VEXA 1X3NA 4QS7A 5KPTA 2BUPA 3CJBA 3ZX0A 3LDOA 4BR9A 2P9NA 1NGBA 5AQFA 3DJCA 4BRHA 5BR9A 3UKRB 4BRQA 2P9PB 4FPBA 3WUHA 4C23A 3VEZA 4H0PA 4CZLA 2CH5A 1EQYA 1HJOA 2GELA 2P9KB 4WQ5A 3IFRA 4GNIA 3HI0A 1TUUA 4K25A 2NZTA 2V52B 4NO7A 5LJVA 4QS9A 5AQMA 2QM1A 5AFUA 4XEIA 4BRIA 3M3ZA 3LDPA 3VPZA 3R8EA 3H1VX 4LC9B 4DHYA 2QXLA 3HTVA 3SMSA 3CJ7A 1QZ5A 4EIAA 3QB0A 3VEWA 4FO0A 3R6MA 2VYPA 2ZGYA 1QQMA 1TYQB 2UYTA 2E2NA 3M1FA 3DXKB 4ISFA 4CZHA 1LOTB 4FOEA 3BF3A 4O5FA 3LL3A 3TU5A 4CBXA 3GOIA 4B1UB 1SAZA 2E2PA 2V51B 2P9LA 4BR0A 2P9NB 3WXJA 4A2AA 3W3DA 3SJHA 3O4WA 3S41A 4BR2A 4CZFA 2QWMA 2FF6A 4CI6A 3BF1A 4BROA 1GLBG 1NGGA 4J8FA 2E2OA 1BDGA 2QWLA 2GWJA 4BR7A 4BRCA 3FZFA 2ZGZA 3UB5A 5BPMA 2AA4A 4BRKA 4K41A 3H46O 3H6EA 5AQLA 1ATNA 3A0IX 3WXKA 5AQQA 2PAVA 3JXUA 5ADXH 3EN9A 1HUXA 3JS6A 4B1WB 1V4TA 2CGLA 5AQPA 4FWPA 5BRDA 5AQXA 4B1ZA 2I7PA 1C0FA 1GLAG 1U2VA 2YHWA 5BPNA 2P9LB 3L6QA 1GLEG 3ENHA 2P9IA 2CGKA 3M6GA 3O5BA 3L4IA 4FWQA 2Q1NA 4BVOA 2HF4A 5AQRA 2OANA 4BRFA 2GUPA 4E1JA 1S3XA 5AQNA 4ISGA 3LDNA 4CZJA 5JLHA 3UKUA 4HTLA 5ADXA 2H3GX 2ITMA 3KVGA 3GDQA 4GY2B 1RDWX 2AP1A 4M7YA 4BRNA 3VESA 3U9DA 1BWFO 3BP8A 1IJJA 3QDKA 2E1YA 5AQIA 3IDHA 4CD1A 4BG8A 4BC5A 3MK6A 3GG4A 2V7ZA 3QBWA 5E84A 2QWNA 4JAXA 2IVOA 2QWQA 4Y0WA 3U8XA 4A62A 2FF3B 4FPAA 4IXCA 2Q31A 3WEEA 2QWPA 2PBDA 1U2VB 5AQKA 3QBXA 1V4SA 3ATUA 2YHXA 2P9IB 4DQ8A 3J8AA 4FWOA 2FLOA 3VGKA 4YDUA 3U4LA 5EXWA 2ZF5O 3ATVA 3FZLA 4XH5A 2VCPA 1G99A 3RSEA 3WT0A 4PL7A 1X3MA 3UKUB 4MLHA 4BR4A 3WQTA 4HWIA 2A40A 1BUPA 4IZ9A 3H45C 1HX1A 3CERA 1GLLO 1Z05A 3D2EA 4BRAA 4CZGA 2FSKA 1QQOA 2GWKA 4L3QA 2I7NA 5JLFA 2QWRA 3O1BA 3VOVA 2BTFA 3AAQA 1NGFA 3LM9A 3MN5A 5AR0A 3D7EO 3BUZB 4PL8A 4MLEA 3C0BA 5BN9A 3FZMA 2A42A 3WEEB 1NGAA 3VETA 5TKYA 1IG8A 3SK3A 1E4FT 2J4RA 4FWNA 4QS8A 1MWKA 1Z6RA 1P8ZA 3P4IA 5I9EB 4BGAA 1SZ2A 4CZKA 1S22A 3MN7A 1JCFA 1ATRA 5AQWA 3RSEB 2W41A 2ASOA 2P9UA 4BR5A 4BRDA 2A3ZA 3FGUA 3CIPA 3O6WA 4NB4A 2ASPA 4F9OA 3O1WA 3VF2A 1U6ZA 4AM6A 4BQLA 4MO4A 4BRGA 5F1XA 1GLFO 3EKSA 5JMVA 2EWSA 4IO8A 2E2QA 3D2EB 3GL1A 3QICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K9KA 3NF7A 1JLFA 4JS4A 3DRRA 1SQKA 2X78A 1RDAA 3CJ1A 4B9SA 4EP5A 4LF9K 4CEQA 4CECA 1P90A 5ELZA 1QS4A 4KHPK 5M1FA 2IOCA 4AHCA 3SQ0A 1QHAA 1FJGK 3QETA 1MWMA 3ZSVA 3SQ1A 1RNHA 2HF3A 4AHRA 1EWRA 4B8AB 1VHXA 3ULEA 2QW9A 3SBGA 1ZC6A 3KD1E 4WQ5C 1K8KA 1QTMA 2YKMA 1VQ7N 4CBWA 4FCYA 2D4WA 2G8IA 4OPHA 1RILA 3MDQA 3FZHA 4H5TA 4X62K 1XQSC 1VSIA 3HP9A 1YUWA 3L2RA 4C1NI 3ITHA 3SQ2A 3SMPA 1JLAA 4M3TA 1K9MO 3ID8A 4WQ4C 3G4SN 3HRGA 1KD1O 4PQUA 4H03B 4DTRA 4EZ9A 3EKUA 3VQEA 4BC3A 2ITGA 4CFAA 1N34K 4Y1DA 3ZSWA 5C24A 3VA0A 4EP4A 3VQ9A 4BC2A 2IIRA 1KVCA 3I56N 1GLCG 4RW4A 3TTCA 5FPMA 3ULEB 3SAGA 3RMCA 4LY7A 4RG8A 4IFEA 5LMNK 1KLNA 4DUYK 2HHQA 3KWGA 4CF2A 1CZAN 1WUAA 1CXQA 5HRRA 1K8KB 1BG3A 4M41A 4ICLA 1NMDA 3WNEA 1I94K 4FK0A 2NRXA 3CJ9A 4JN4A 1YVNA 3AO4A 5I42A 1SKSA 2VG7A 4OGEA 3SNNA 1LW2A 3ZT2A 1X9JA 4KH6A 1A5VA 3T69A 3NFAA 5AQYA 1L5UA 1Q18A 5K14A 4C8OA 2FBTA 3G25A 3TR8A 1YF5L 5EY4A 4YOTA 3DOKA 3W0LA 4I9LA 2WTUA 2I5JA 3NGZA 3MXJA 1S1VA 3KWIA 4F3TA 3A8YA 4MO5A 3HPGA 3OYEA 1D4XA 2UXDK 3C6HA 3TI0A 1NK8A 4NCAA 4Z94A 4MFBA 5LMUK 1NK7A 3NF9A 4ZHRA 4RTFD 1W0HA 3O8MA 3L4QA 2XY5A 3WXMB 3SQ4A 2YJFA 3KZBA 4BG9A 4CZEA 3DOLA 2OZSA 4IG0A 2A1RA 4I2PA 4WQ4A 5KGWA 3LP3A 3ASMA 3CMEN 5KI6A 4A5BA 2A5XA 5EU7A 3SLCA 3CPWM 3QERA 1C1AA 2FXUA 2YNFA 3H3NO 3AVGA 3ZX2A 4DLEA 2BDPA 4GKJK 4B3OA 1VQPN 4DQIA 2OZMA 3TSQA 3PSFA 2PYLA 3I33A 3CJCA 2NRVA 4ILHA 3HVTA 3IUCA 3BGRA 2F9WA 3MN6A 3HZ6A 1HLUA 4Y1CA 1UOCA 3TAGA 3K5OA 3MXIA 2WBNA 5JS1A 5HLFA 3HOTA 3OYKA 3THXA 3VN5A 4E89A 4I2QA 1ZBUA 3B6OA 1NJXA 4DQSA 4JI4K 3CHWA 2RPIA 2YX6A 4GKKK 3K0SA 4GV6A 1W97L 1BQMA 3A5OC 4H0YB 4PUOA 5C0YA 4CGJA 1GLJO 1IKYA 5CY4A 4JEPA 3OYJA 1VSJA 4KHUA 3OYMA 1QQCA 1J6ZA 1JCEA 4CHOA 5KRSA 3CFRA 1N32K 1YIJN 3SI6A 5CYMA 4IOXA 5BRFA 2G8WA 2D1KA 3F73A 4DV2K 4FLYA 4FJLA 1I39A 3THXB 2E88A 1OH7A 4KPYA 3EL2A 1ASVA 5AFUH 5C25A 4CK2A 1LWFA 2XRIA 5AQOA 3RVCA 3CI5A 4DV1K 3TANA 1SL1A 3DXKA 3MWTA 5AJ3K 2BUPA 4U7BA 3LDOA 1NGBA 1RBVA 5AQFA 3DJCA 1HR0K 3LP2A 5BR9A 5M1PA 4BRQA 3O3GA 1RT1A 3PLAA 4FPBA 3MCAB 3SAFA 2ETJA 4C23A 1EQYA 1HYZA 3OBYA 4W5TA 4NO7A 4K25A 3V6DA 3HYFA 3AA5X 5AQMA 3OJSA 4CF9A 4FZXC 4XEIA 5KTQA 4JRPA 4FJHA 1VSLA 3VPZA 5CHIA 3L2UA 3P83D 3HTVA 3EEQA 2FBVA 3SMSA 3QB0A 3VEWA 4WFAL 1S9GA 3L3VA 1QQMA 3CCJN 4CGDA 2GX9A 3A2FA 3DXKB 4ISFA 4CHNA 1J5OA 4FOEA 4IOCL 3E9PA 4CBXA 2HHTA 4DG1A 2LSNA 3K57A 3AA2A 5JS2A 4B9MA 4ZTFA 3J7YP 4KTZA 3E66A 2FF6A 4CI6A 1OVQA 3IAYA 1KVAA 1GLBG 4J8FA 2X6NA 1GOBA 2Z1JA 1TL3A 3ZT4A 4QCLA 3UB5A 2E6MA 4BRKA 4ILGB 3H46O 3AVKA 3WXKA 4KHWA 5AQQA 4DWIA 5ADXH 3PX0A 3K58A 4DSEA 4JKGA 3JS6A 4B1WB 1V4TA 2CGLA 3QO9A 1NOZA 3S3MA 2Y1IA 4M45A 2QA4N 4BDPA 2PZSA 4DQRA 1U2VA 1ZYQA 4E7IA 3JYTA 2HSTA 3IS9A 3Q7CA 4FWQA 1XNQK 3G6EN 2RN2A 2OA8A 2HF4A 4FXDA 3DRPA 3U3GA 2GUPA 1X1PA 4JKBA 4FLWA 4LF8K 1S3XA 5AQNA 4ISGA 4O0IA 4O0JA 4M3XA 5JLHA 4HTLA 2KFNA 3SPZA 4YORA 3AO3A 2X74A 1RDWX 2ZE2A 4K0KK 3VESA 3BP8A 3IDHA 4BG8A 1RTHA 3CCQN 1UA1A 3GG4A 2V7ZA 3QBWA 4JKGB 4Z4HA 4O55A 4Y0WA 1X9SA 4FPAA 2JLEA 4IXCA 3NGIA 4DSKA 1U2VB 2P1JA 4OLBA 2OPQA 4YOWA 1VQ5N 4DQ8A 1WSHA 3C6UA 4CVNE 1B9DA 3CCMN 3FZLA 1G99A 4FLZA 3WT0A 4LFBK 3OYGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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