4BRCA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, mg ampnp complex
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
360
structure length
360
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 116
structure length 360
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brcA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brcA02
5F1XA 2I7NA 1G99A 1MA9B 4WQ5A 2E2QA 1BG3A 2HMPA 3CJ9A 1T6CA 2FSJA 4BVPA 3H1VX 4QS9A 3TU5A 4CZGA 1E4FT 3CQYA 2EWSA 4BROA 3ATUA 4CZFA 1BOTO 2VWBA 4CJ7A 5JICA 1TUUA 2P9IA 5BPMA 4EFHA 1BUPA 5JMVA 4M63C 4H5WA 2QW9A 3B8AX 3FZHA 2YJEA 4YDUA 4PKHA 3QFUA 1KAZA 4EIAA 4L3QA 2J4RA 3A0IX 3AARA 4QS8A 1BDGA 3GL1A 3IDHA 4IXCA 2FSKA 3FZLA 2QWMA 4FSVA 3U4LA 4O8KA 4B1ZA 4J8FA 3VPZA 3A5OC 3AAPA 4WYBA 5AR0A 4BRDA 1RFQA 1GLFO 4BRIA 4B9QA 3WQUA 1QQOA 3ZETB 4GY2B 1BA0A 4IJAA 3VESA 1XQSC 3ULEB 4M7XA 5AZJB 4B1UB 3GDQA 2NLXA 1P8ZA 1KAXA 3MCPA 5AQZA 4H0OA 4BRHA 3UKUA 2CH6A 3QDKA 5EOYA 3M1FA 2IVOA 4BR7A 3IUCA 1YVNA 2P9SB 2P9UB 1V4SA 5CE3A 3MK6A 1ZXOA 4Y0WA 2UYTA 2V52B 3KZBA 4BGAA 3CI5A 3F9MA 4RWTA 2WUSA 3FZMA 2BUPA 4GNIA 2OANA 2IVNA 3VGKA 3A5MC 3O1BA 5FPDA 4MO4A 2A40A 2PAVA 3RSEA 3WEEA 4BRPA 2GWJA 3CJ1A 2FLOA 4K43A 5AQKA 3ZEUA 4H5RA 3LDLA 1S3XA 1HJOA 1NLVA 4FPBA 3D7EO 4JAXA 2HOEA 3SMSA 2H3GX 4JD2B 2P9NB 2CGLA 5JLFA 3H1QA 1K8KA 3QFPA 3KVGA 4JHDA 3A8YA 4RCHA 3UKRA 3SJHA 3L4IA 3CQXA 1HKBA 4E1JA 1C0GA 4H0VB 1YAGA 5KQDA 2GTDA 4H0PA 4H5NA 5I9EB 2CH5A 4RTFD 3ZX0A 4FWPA 5AQSA 3VEVA 5EY4A 3FFKB 4F9OA 5AQTA 2Q0UA 3LDQA 3VERA 2BTFA 5ADXH 5AFUA 1NM1A 5BPLA 3MN6A 4H03B 1DKGD 5KPZA 3GBTA 3MN5A 4BR9A 5AQLA 4CZLA 2W41A 4CZKA 3ZEUB 2YHXA 2PBDA 2YJFA 4BG9A 2E2NA 3FZFA 4H5VA 1NBWA 2HF4A 2E88A 4HTLA 1MWKA 1SAZA 2QWRA 3C7NA 5EX5A 3CJ7A 2VCPA 5BR9A 5LY3A 3CHWA 5FPEA 4XEIA 4I6MA 4AM7A 1C0FA 2ASOA 4FWNA 2P9PA 5E26A 2Q36A 5KQ8A 3TPQA 1H1VA 3OHRA 2QWQA 4BGBA 2NZTA 2Q97A 2GUPA 2YHYA 3FE1A 2CGJA 3WUHA 3JS6A 4BC2A 1TYQB 2D1KA 4YDUC 1MDUB 3D2FA 3QBXA 1Y64A 4FPAA 4HWIA 3VF2A 4A2BA 2YCHA 2W40A 3WQTA 3DXKA 4CI6A 5FPNA 5AQGA 4ISFA 1WUAA 1YUWA 4BRAA 1NGJA 1T44A 3VEWA 4BRCA 5AQYA 4BRMA 1DGKN 2ASPA 4O5FA 1GLEG 4NB4A 4BRFA 3C7NB 1EQYA 2CGKA 3CJBA 5BREA 3WXJA 1Z05A 4WQ4A 3DAWA 3QBWA 1NGIA 1YXQA 2P9LB 5AQUA 3EKSA 4MLEA 4KBOA 2DPNA 1X3NA 2E2PA 3L6QA 4K42A 1R59O 4BQLA 5TKYA 4PKIA 4H5TA 3WXIA 1NGDA 4B1XB 3I8BA 1RDWX 2P9IB 2QWOA 1IG8A 4PL8A 5BRDA 5AZIA 3ZX3A 3LDNA 4DQ8A 4ISEA 4DB3A 1U6ZA 2A6AA 4BC5A 1ESVA 1NGGA 3HI0A 2V7ZA 3LM9A 3DXMA 1D4XA 4CBWA 4CZHA 3O4WA 3DWLA 3SK3A 4JN4A 4BVOA 3O8MA 4BQZA 3LL3A 3M3ZA 5KPTA 4BC4A 4CZEA 3MDQA 3EKUA 3VF6A 2P9KA 2GEMA 3D2EA 4XH5A 3UKUB 5AQHA 5LJWA 1KXPA 3W3DA 3LDPA 4A62A 1HKGA 1HPMA 2ASMA 1HUXA 2E1YA 4M7YA 3GOIA 3EN9A 2FF6A 4CD3A 1NGHA 1NGBA 3WXLA 3GG4A 2A42A 3LM2A 2V7YA 5BRHA 2Q1NA 2NRHA 4IZ9A 3S41A 1MWMA 2YI1A 3DXMB 3MN7A 4H0YB 4BG8A 3HZ6A 5AQOA 5BN8A 3FGUA 4FWQA 1ATNA 4XH4A 3RSEB 3WEEB 5E84A 5AQVA 3O1WA 3VGLA 1X3MA 1NGAA 3BUZB 1BWFO 4CBUA 5AQJA 2FXUA 2GWKA 2ZGYA 1TUYA 1GLAG 2P9KB 3IFRA 3FR0A 4BREA 2Q2RA 5B8HA 1GLLO 4EHUA 2FF3B 1K8KB 4FWRA 1GLBG 1X9JA 4JHDB 4PL7A 3UKRB 1ZC6A 2D0PA 2ITMA 3M6GA 3U8XA 2E8AA 1LOTB 3VEYA 4C23A 3HBTA 1DEJA 1NWKA 1HKCA 5BRFA 1BO5O 4B1YB 3U9DA 3HTVA 1JCFA 4H0XB 3GE1A 2Q31A 2VYPA 1Q18A 3BF1A 3ZETA 4CZIA 3L0QA 3UB5A 4K25A 4B1WB 4FWOA 3AY9A 3DJCA 4JNEA 3ULEA 2ZWHA 4FO0A 1GLJO 5F2RA 2AP1A 3CJAA 2QXLA 3FLCO 3A5NC 3VEOA 5AZJA 3MMVA 1Z6RA 4A2AA 5LJVA 3O5BA 4FWSA 4IJNA 2D0OA 4H0TB 4WQ4C 4A61A 3ZX2A 3C0BA 5JLHA 4FWLA 1ZBSA 2GELA 4I6MB 2P9SA 2P9UA 3O08A 5ADXA 1QZ5A 2P9PB 3EZWA 1NGFA 3BF3A 1OKJA 1WOQA 1KAYA 2QWNA 2Q0RA 3VF4A 5AQXA 4FOEA 3G25A 3QB0A 5AQNA 3KHYA 1BA1A 1QHAA 4BR0A 4IO8A 3D2FB 3I33A 3O80A 1J6ZA 1GLDG 4CD1A 3AAQA 3BP8A 3FZKA 4DCHA 3DXKB 1IJJA 3EL2A 2A41A 4NO7A 2A3ZA 4BR5A 5BPNA 4JD2A 2P9NA 5AFUH 2V51B 3H3NO 3LDOA 3QICA 1GLCG 1ATRA 2IIRA 2ZF5O 3H6EA 1CZAN 3ENHA 5BN9A 3JXUA 3WT0A 5EVZA 5AQRA 3R8EA 5F0XA 1NMDA 1SZ2A 3A5LC 1NGCA 2ZGZA 1LCUA 3ATVA 3IMXA 4BR2A 2E20A 3P4IA 1HLUA 1XUPO 3H45C 3EO3A 4XH1A 3R9PA 1QQMA 5EXWA 4BC3A 4PKGA 5KPRA 3J8AA 2E1ZA 4ISGA 3BEXA 5AZIB 4LC9B 4MLHA 4CZMA 1T6DA 1U2VA 3UE5A 4BRLA 4EAHD 5AQPA 4QS7A 2A5XA 2KHOA 4BR4A 4FWMA 3VOVA 2HF3A 2IVPA 3HSCA 3U9ZA 2I7PA 3H3OB 3SLCA 4FL9A 3W0LA 3VGMA 3WXKA 1ATSA 1E4GT 4K41A 4EHTA 1JCGA 4AM6A 2QWPA 4CBXA 1BU6O 5AQIA 2FSNA 3D2EB 3CERA 3HM8A 3CETA 1JCEA 3O6WA 4BRGA 3R6MA 2QM1A 3SMPA 3ENOA 1TYQA 2E2OA 3VENA 4B1VA 4FOIA 2AA4A 5AQQA 4CZJA 3QMLA 3VEZA 3CIPA 1RGIA 1SQKA 5AQMA 4BRKA 5AQWA 2YHWA 1U2VB 4MO5A 3CJCA 2D4WA 3VETA 4BRQA 2QWLA 4FWKA 3H46O 1NGEA 3ID8A 5AQFA 4DHYA 5FPMA 1QQNA 1HX1A 3MN9A 1V4TA 1S22A 5ELZA 2F9WA 3VEXA 4BRNA 1XC3A 4Z94A 4IWVA 2P9LA 1QZ6A 2F9TA 4WQ5C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F1XA 1QVGM 3K57A 3RMBA 3CJ9A 5DMRA 2FSJA 3H1VX 3CQYA 4OPKA 1YJWN 1C1AA 3PX6A 3UIQA 4EFHA 5JMVA 3HVRA 2Z1JA 4DTMA 1NJWA 3FZHA 3QFUA 3CFRA 4AHTA 3CFPA 3AARA 4CFBA 1BCMA 1BDGA 3VQQA 1VSEA 4IXCA 2NUBA 3CG7A 2QWMA 3KLEA 3VPZA 3AAPA 5AR0A 1GLFO 4OVLA 2WONA 3ZETB 4CEAA 4CHZA 1XQSC 4JYAK 3ULEB 5CR4A 4K8XA 4B1UB 3G6EN 4FM1A 3GDQA 4GVEA 1JKHA 1S6PA 3CC4N 4BRHA 4M3XA 3HM9A 4BR7A 3E66A 4JS4A 4CFAA 4A57A 3KD5E 5KI6A 3O3GA 4KHQA 1L3VA 1KRPA 4JEPA 4FLYA 1RT4A 3KK3A 4HVJA 4M3RA 2V52B 3CI5A 3F9MA 1VSLA 4MFBA 4FZXC 2WUSA 1U45A 2LSNA 4WE1A 4GNIA 4MO4A 1N6QA 3RSEA 1HQEA 2AJQA 3CFOA 2OYQA 3ZEUA 2OPPA 2G8KA 4CF2A 3AV9A 4BWJA 2VQEK 4WCEL 3U3YA 3KLHA 3PV8A 2KFZA 4JAXA 2H3GX 3C6AA 4JD2B 3T69A 2QEXN 3NCIA 3M8SA 1TV6A 3O9RA 3UKRA 4X62K 1QSSA 3SCXA 4E1JA 3WNEA 3VQ4A 5HRNA 5KQDA 4H0PA 4H5NA 4CJTA 5I9EB 3DM2A 4RTFD 4WFNL 2G8VA 4FJGA 4OKEA 3Q7CA 3FFKB 3VERA 3RR8A 3ZT1A 4J2AA 1ZBFA 4IG3A 1NM1A 2NRZA 2FBTA 5KRSA 1NJYA 4CZLA 4DWIA 4CZKA 4CJUA 4Q5VA 4BWMA 3R3LA 1NBWA 2HF4A 1MWKA 3HPHA 3V1QA 4PUOA 3DI6A 1M1KO 3C7NA 3CYMA 5EX5A 2VCPA 5HLFA 1RTJA 4RW4A 3OYGA 3CHWA 1IV0A 4DQPA 4CF0A 3OVNA 4I6MA 1C0FA 4CIFA 1RT3A 3BZKA 5E26A 1RT6A 3CC7N 5KQ8A 4GV3A 3EE8A 4GKKK 4JRQA 1T03A 4BY9C 1EO1A 3VMFB 2NZTA 3O9UA 3FE1A 3K58A 1JLAA 4GV9A 2I5JA 2O8BA 2G8FA 4BC2A 2O8DA 3MWPA 4RW7A 5GAEP 1VQ4N 5GAHP 4M41A 3QBXA 4NLCA 3AVBA 1WSIA 3DXKA 1K9MO 4NCAA 1HYVA 4CI6A 1IO2A 4IDHA 1WUAA 2YNHA 5IWAK 3DLKA 4ICLA 4QAGA 4O5FA 4DV7K 1EETA 1EQYA 2CGKA 3TSUA 3NH0A 3CJBA 4DTUA 3CMEN 3WXJA 2QI2A 4CJ4A 4E1NA 3L8BA 4FJ7A 3QBWA 1YXQA 2D0AA 2P9LB 1RNHA 1Y97A 2DPNA 3SAFA 1X3NA 3KD1E 1KLMA 3OBYA 3PSFA 4BQLA 4ILGB 1W0HA 3I8BA 2QWOA 1IG8A 5C12A 1YT3A 3RVCA 3SV4A 5KGXA 4DTSA 3LDNA 3D6RA 2ATQA 1JLQA 3VQBA 3HI0A 1DTTA 2V7ZA 1D4XA 2KZMA 1FKOA 3C95A 2RE2A 3QEIA 3DWLA 2KLAA 4JN4A 4RW9A 3M3ZA 3RTVA 1TKDA 5KPTA 3MDQA 1L3UA 5M1QA 2GEMA 3AO3A 4DV3K 3UKUB 3OTOK 4M3TA 4G9ZA 3CCSN 2GBZA 5LJWA 5C0YA 1KXPA 3LDPA 1NK8A 4A62A 3K5NA 1SL1A 2G8WA 2ASMA 1VRTA 2FF6A 4ELTA 1D9FA 1NGHA 4IDKA 3WXLA 2A42A 3AA2A 3A2FA 2HHSA 3KTQA 4H8KA 4DLEA 4DV5K 1MWMA 1K8AO 4Z4HA 4LFAK 5AQOA 5BN8A 3VQ9A 3DLRA 4UY8O 3VQ5A 5AQVA 3O1WA 4FJIA 1GOBA 3VGLA 2P51A 4EP5A 3HOTA 3B6PA 3TI0A 5AQJA 1HQUA 2ZGYA 2Q2RA 3QLHA 5J2MA 2Y1IA 4PWDA 2OTJN 1NK0A 1VQ8N 3V4IA 1K8KB 4FWRA 1GLBG 1X9JA 4JHDB 4U67L 1Q82O 3MWTA 1LWEA 1C0UA 3DRSA 4YY3K 3WNHA 2ITGA 3VEYA 1TK8A 3HBTA 1DEJA 1Q81O 4E89A 4DQRA 1HKCA 3TABA 2OTLN 4ZTFA 4O8UA 1TKXA 2WOMA 3U9DA 4EZ6A 4K8ZA 3ZETA 3L0QA 5HBMA 4HUGA 4K25A 3HP9A 4KH4A 2RKIA 4OJRA 1X9SA 4JNEA 3ULEA 4Z4IA 5F2RA 3WNGA 1DTQA 2WTUA 3RMAA 3MMVA 4JI4K 2HVIA 2QKKA 4IKFA 2D0OA 4H0TB 4LD0A 3ZX2A 3C0BA 4FWLA 4Z4EA 4KH5A 5J2QA 1XMQK 1I3AA 3TAQA 3LP2A 3O08A 1QZ5A 3SQ1A 1NGFA 4JK7A 4J2BA 3OYMA 1RBTA 2PFUA 2UUCK 1KAYA 4B3OA 3QO9A 4JKHA 1RBVA 3WXMB 3NF7A 4AHRA 3TTCA 1QHAA 1KC8O 3G0ZA 3O80A 1J6ZA 4CD1A 3TANA 1A5XA 1LW2A 4DV2K 2QTDA 1SKWA 2A41A 4DV6K 4JV5K 4BR5A 2O8EB 2YHAA 1CZ9A 1WSEA 4JD2A 4ELUA 1Q86O 2V51B 3LDOA 3P31A 4LF8K 2IIRA 1CXUA 4KFBA 4NCGA 5C25A 3JXUA 3RR7A 3ZSZA 5EVZA 4LH5A 4BE0A 4CHPA 1BISA 2E6MA 2DTUA 2HBJA 3PSIA 3ATVA 3M5RA 1T8EA 2UXDK 3MXIA 4BR2A 4JRPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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