4BREA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with transition state mimic adenosine 5'phosphovanadate
Total Genus 118
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (54-64)AH11 (350-364)S1 (43-51)TI2 (65-68)TI1 (51-54)AH1 (92-104)S3 (70-81)3H2 (85-87)AH2 (119-123)TVIII1 (106-109)O2 (109-111)AH3 (126-142)AH4 (156-171)TI7 (251-254)S11 (256-257)S5 (147-153)S6 (182-187)TI3 (173-176)TI4 (188-191)S7 (191-197)AH9 (318-329)TIV6 (311-314)S9 (217-227)TI5 (201-204)3H3 (206-208)AH5 (231-236)S8 (209-214)S13 (315-317)S12 (293-298)TIV4 (227-230)TII1 (226-229)TI6 (238-241)3H4 (242-244)TIV5 (236-239)S10 (249-250)TII2 (246-249)AH10 (334-340)AH6 (261-275)AH7 (278-288)TVIII2 (291-294)TI8 (306-309)TI9 (329-332)TI10 (341-344)TI11 (344-347)3H5 (347-349)S4 (112-117)TIV3 (213-216)O1 (89-91)TIV2 (172-175)AH8 (299-305)3H1 (38-40)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 118
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4breA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4breA02
4J8FA 5E26A 3FGUA 1RFQA 2YJEA 2NLXA 4BR7A 2WUSA 5AZJB 3O8MA 1BU6O 4XEIA 4XH1A 3I8BA 1WOQA 3AAQA 4CJ7A 2CH5A 4CZKA 2W41A 2I7NA 1U6ZA 4BR9A 5F2RA 2EWSA 3VF2A 1BDGA 2A42A 3CERA 4BRFA 1TYQB 5AQNA 1KAZA 1KAYA 1JCEA 5JMVA 3EO3A 1BO5O 3MDQA 3ZEUB 1NLVA 1ATNA 2FSKA 3HTVA 1YXQA 2V7ZA 3WXLA 4H5TA 4BVPA 2AP1A 4BG8A 2P9IB 4CZIA 4FWKA 4JHDB 4BRMA 2ASOA 1NGJA 3CETA 3GDQA 3H3NO 1X3NA 5BPMA 2Q1NA 2VYPA 1NGDA 4BR5A 2F9TA 2GWKA 3F9MA 2QWNA 3M6GA 5KQ8A 3VGLA 2ASPA 4BRAA 4DB3A 2FLOA 4WYBA 2P9NA 3H46O 4FOIA 1IG8A 1GLDG 4BC3A 4CD3A 1E4FT 1ZXOA 3L0QA 5KPTA 2QW9A 4BROA 2QWLA 4GY2B 4H0YB 4O5FA 2Q2RA 5ADXA 4BG9A 2VWBA 4IWVA 4BC4A 3FE1A 2D0PA 2CGLA 2GTDA 3FLCO 3ZX2A 4PKHA 4QS8A 3L4IA 3UKRB 4CBUA 4IXCA 4XH4A 1MA9B 4EFHA 3WEEA 2E2NA 3QDKA 4FWOA 2Q97A 4NO7A 2DPNA 3QFPA 2E2OA 4CZFA 3IDHA 4JNEA 5FPEA 2D4WA 5EOYA 3SJHA 3KHYA 1SAZA 1GLCG 3O1WA 5EX5A 2E2PA 3VOVA 3P4IA 3HI0A 4FOEA 3ULEA 3DXMA 2P9NB 2QWQA 2ZGZA 3O4WA 3WQTA 3A5MC 2IVPA 2PBDA 3A5OC 3QBWA 3BEXA 1JCFA 3CJBA 5AQGA 1Q18A 3C7NA 4CZGA 2HMPA 5AZIA 4BR4A 5KQDA 1ZC6A 1YVNA 1KXPA 1ATRA 4H0VB 2H3GX 4BREA 1S3XA 3ENOA 4QS9A 2QWRA 4MO4A 4JD2A 5F1XA 2IVNA 4I6MA 2YCHA 4K43A 4M7XA 1EQYA 2A40A 3G25A 4O8KA 4RWTA 3AAPA 4DHYA 3FZLA 4BRHA 3LDPA 5AQLA 4C23A 1NWKA 3WQUA 3GL1A 4CZJA 3A8YA 4RCHA 3DXMB 3VGKA 1K8KA 5AQFA 3R8EA 3W0LA 3IUCA 4JN4A 4ISGA 1P8ZA 2ITMA 2IVOA 4CZEA 2Q0UA 5AZIB 1T44A 3CHWA 2E8AA 3CQXA 3U8XA 3A5LC 4JAXA 4CBWA 4BRCA 3LM9A 5TKYA 4EHTA 3H45C 2P9SA 4JD2B 4NB4A 1GLFO 1HKCA 1RGIA 2E2QA 1S22A 3CJ9A 3DAWA 5AQVA 2CH6A 1BWFO 3U9ZA 4K25A 2A41A 1NGIA 3QICA 1HKBA 1QZ6A 2P9LA 4FL9A 2PAVA 4QS7A 4GNIA 5LJWA 4FWQA 4B1ZA 5AQRA 2P9UA 3J8AA 2D1KA 4CZMA 1K8KB 1J6ZA 4PKIA 4BRQA 4YDUA 3GBTA 3LL3A 1QZ5A 1QQOA 2KHOA 1NGGA 5JLHA 3QFUA 2QM1A 3H3OB 1SZ2A 2E88A 3UE5A 3HM8A 5AQPA 3O6WA 2E1YA 2A6AA 3WUHA 3VERA 1H1VA 3ENHA 2CGJA 3HBTA 3VEOA 3B8AX 1ATSA 5AFUH 4A61A 3QBXA 4BQLA 5F0XA 2P9SB 3UB5A 4B1YB 3W3DA 4DCHA 3R9PA 5BPLA 2J4RA 4PKGA 3CJAA 3O5BA 5LY3A 2V52B 5KPZA 2HOEA 1GLEG 3EZWA 4BRIA 4WQ4A 4H0XB 3L6QA 2NZTA 3LDNA 1T6DA 5AQMA 3VETA 4CZHA 3GE1A 1HX1A 3BF3A 1TUYA 3JXUA 2E1ZA 3UKUA 4DQ8A 1YAGA 5EXWA 4A62A 3CJ1A 2Q36A 1NGAA 3LDLA 4H5NA 5AQUA 4BRKA 5BREA 3D2EA 2YHWA 5EY4A 3MN9A 3O80A 3VGMA 1C0GA 5CE3A 1MDUB 2W40A 2BTFA 5AQHA 4BR2A 2P9KA 4MLHA 4Z94A 3U4LA 1KAXA 2YHYA 3OHRA 4K42A 3FZKA 1NMDA 2IIRA 1G99A 1X9JA 4L3QA 3R6MA 4BRDA 3IFRA 1QQNA 2P9PA 2BUPA 3WEEB 5AQJA 1NGBA 2GEMA 3CJCA 5AQIA 3DWLA 1HJOA 4H03B 4A2BA 3UKUB 3MMVA 3O1BA 2F9WA 1XUPO 4ISEA 2A3ZA 1NGEA 4YDUC 3H1VX 1NBWA 3KVGA 4E1JA 4RTFD 3LDQA 5JICA 3U9DA 3FZMA 1GLAG 4MO5A 3QMLA 4PL8A 4EHUA 3ULEB 2AA4A 4AM6A 3I33A 3D2EB 4FWPA 3GG4A 4BGAA 3D2FA 1OKJA 4H5RA 5JLFA 3BF1A 1X3MA 2Q0RA 2P9KB 3C7NB 1DGKN 3SK3A 3SMSA 1GLBG 2VCPA 1DKGD 3ZEUA 3WXKA 5LJVA 2I7PA 3DJCA 5BN8A 3BP8A 1NM1A 1BA0A 1GLLO 3EKUA 5AQOA 4BR0A 5B8HA 5BRDA 2P9IA 1D4XA 2P9PB 2ZWHA 4M7YA 1ZBSA 4WQ4C 1DEJA 1Z6RA 4I6MB 3EKSA 4BQZA 3VF4A 4IZ9A 4KBOA 1MWMA 3M1FA 4WQ5A 5ADXH 4MLEA 3S41A 3C0BA 1NGFA 2GWJA 3MN6A 2OANA 4EAHD 2A5XA 3CQYA 5AQWA 3ATVA 4H5WA 1E4GT 4Y0WA 1QQMA 4CI6A 4FPAA 4H0TB 2GUPA 1V4SA 4FPBA 1HKGA 3HSCA 3MCPA 1BG3A 3D2FB 5AQSA 1HLUA 4PL7A 3TPQA 1SQKA 4BRGA 1Y64A 3MK6A 3UKRA 4CZLA 1HUXA 1QHAA 2UYTA 2YI1A 2HF4A 4B1VA 5KPRA 2ZGYA 3VEVA 3QB0A 3A5NC 4FWRA 3AARA 2FF3B 4B1XB 4EIAA 4LC9B 3KZBA 4BRLA 2CGKA 5E84A 1T6CA 5AQTA 3SLCA 3D7EO 3WXIA 2GELA 1U2VA 1MWKA 3LM2A 5AQZA 3H1QA 1XC3A 3CI5A 3CJ7A 2P9LB 4BC5A 2YJFA 3EN9A 5BR9A 2V51B 5FPMA 3IMXA 2YHXA 1WUAA 4K41A 2FSNA 5EVZA 1R59O 1JCGA 2P9UB 3HZ6A 1ESVA 3FR0A 4H0OA 2Q31A 3WXJA 3O08A 1BUPA 4M63C 4FWLA 5ELZA 3ZX0A 3LDOA 2QWPA 2E20A 4CD1A 3A0IX 5FPDA 3ZX3A 5BRFA 1YUWA 5AR0A 1CZAN 3TU5A 2ASMA 3WT0A 3FZFA 3ZETA 2QWMA 5AQKA 4CBXA 5AQQA 1LCUA 3EL2A 5AQYA 3RSEA 5BPNA 4AM7A 1HPMA 3DXKA 3VESA 4H5VA 1U2VB 4BC2A 1NGCA 4IJAA 4WQ5C 2ZF5O 3H6EA 5AFUA 3ID8A 3GOIA 5BRHA 4XH5A 1C0FA 4B9QA 3VPZA 4HTLA 2NRHA 2HF3A 3VENA 3VEYA 4F9OA 1IJJA 4ISFA 5AZJA 4FWSA 2FSJA 4B1WB 2V7YA 1BOTO 1LOTB 3BUZB 3VF6A 3FZHA 4B1UB 3SMPA 5AQXA 4HWIA 4FWNA 4FWMA 2QXLA 4IJNA 4A2AA 3M3ZA 4BRNA 1Z05A 5I9EB 1TYQA 3MN5A 2D0OA 4IO8A 1GLJO 2FXUA 3ZETB 1RDWX 5FPNA 4H0PA 1BA1A 4FO0A 5BN9A 1NGHA 3VEWA 4BRPA 3RSEB 4BVOA 4BGBA 3ATUA 3DXKB 3AY9A 3CIPA 1XQSC 3FFKB 1V4TA 1TUUA 2QWOA 4FSVA 3VEXA 2FF6A 3JS6A 3MN7A 4JHDA 3VEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCAB 4JRQA 2HBLA 2WUSA 3AA3A 5C25A 2I5JA 4X64K 1YVUA 4DTSA 1CZ9A 3SPYA 2KZZA 4CVNE 2I7NA 4BR9A 5F2RA 3VF2A 1BDGA 3TTCA 1EXQA 2A42A 3CERA 4BRFA 5C42A 1TYQB 3EO3A 1RT3A 3K5NA 3HSTB 1YT3A 4Z4CA 1NLVA 1ATNA 3HTVA 3KK2A 3RMDA 2G8WA 1D9FA 4JI3K 3DM2A 3SBGA 4B3OA 4BG8A 4CZIA 1UA0A 4JHDB 2ASOA 4YFUA 4Q0BA 1QTMA 4Y1CA 3CPEA 2Z1JA 3QO9A 4BR5A 1P90A 2GWKA 1VSFA 4RW8A 3VGLA 3ZSZA 4CEEA 1D8YA 4DB3A 1YJWN 4BC3A 1IG8A 4FW1A 1ZXOA 1FXXA 5KPTA 2QTDA 4CW7B 3QEWA 4EP5A 2G8VA 1X9WA 4C8KA 3EY1A 2Q2RA 5ADXA 4JI2K 4IO9L 3AA4A 4O55A 4CJFA 4CFBA 4CEBA 3KK1A 4ZTJA 1BIZA 4PKHA 1CLQA 2HHVA 3UKRB 2QKKA 4CBUA 4JKCA 2GUIA 1XC9A 1MA9B 2JWKA 2E2NA 4JKHA 1O13A 1RDAA 2DPNA 3QFPA 4CHQA 3CF5L 1HNXK 3QLHA 4BE0A 4DTUA 3HL8A 3OS0A 3KJVA 4CIGA 4B9UA 3VMFB 2RKIA 1GLCG 5EX5A 3VOVA 1B9DA 1S6PA 3SQ4A 1EO1A 3N4QA 3ULEA 3DXMA 2O8FA 3AO4A 1SL2A 2P9NB 1L3SA 2D0AA 2BGGA 1VRTA 1JCFA 1GOCA 4OO1J 4CZGA 2HMPA 4DQSA 4BR4A 5KQDA 4AILC 2PYLA 4H4OA 3OYFA 5IT9O 1S1TA 4CJKA 4JKFA 4JD2A 4I6MA 2WTUA 4M7XA 4C1NK 1EQYA 4N76A 4WCEL 2A40A 4O8KA 4KFBA 2DFHA 3ENBA 3I0RA 1Q9XA 5AQLA 3DI6A 4C23A 1GOBA 3PX0A 5GIPA 4DF8A 1K9MO 4DV0K 2KFZA 2Z1IA 3VGKA 2KQ2A 3R8EA 4B08A 3OYLA 4W5OA 3LPUA 2IC3A 1VSDA 4HUEA 4K0KK 3TSQA 4KV8A 2QXFA 2VWKA 1RBTA 2X6SA 1RBVA 3IKMA 3L2WA 3TAMA 1U48A 2VGNA 4RW9A 3E1YA 2A41A 3SQ2A 2OYQA 3QICA 3C94A 1W2BM 1KSPA 4FL9A 1SKSA 2PAVA 1VK0A 4QS7A 1IG9A 5JS2A 1C1CA 4FJ5A 4NXNK 4KREA 4FWQA 4OPKA 1T3VA 4OLBA 2E6LA 4CZMA 4I2PA 1J6ZA 2E6MA 5JLHA 4F2SA 1SZ2A 1RBRA 1Q86O 2O8EA 4OGEA 1RILA 3ZSQA 3VERA 1TK8A 1H1VA 2YKNA 1RT6A 2CGJA 3ENHA 3B8AX 1ATSA 4A61A 4KHNA 1L5UA 5F0XA 2F8SA 3SJJA 4BY9C 4FVMA 5KGWA 1R0AA 4DCHA 3R9PA 3CJAA 4FK4A 2V52B 2DTUA 3O9RA 3CM6A 4HUFA 1S1WA 4CZHA 1HX1A 1BCMA 1TVRA 1TUYA 1RT4A 2NRVA 4DQPA 4A62A 3CJ1A 3HOSA 3KK3A 1CXQA 3CCSN 4K8XA 1QVFM 2E4LA 3O9UA 4H5NA 3RR8A 3OYAA 4F8RA 3O80A 3I0SA 4AHSA 4DSIA 1WAFA 4JK8A 4E7HA 4Z94A 4CJVA 2XO7A 3PLAA 1KAXA 4DMNA 3OHRA 4OLAA 3FZKA 1G99A 1X9JA 5J2PA 3NH2A 2WBNA 5AQJA 4DV1K 4H03B 4CF9A 3K59A 3MMVA 3J7AP 4KH5A 3C6UA 4ISEA 1NKBA 4FJ8A 4OPAA 1NBWA 1JLGA 3E9OA 3VQEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3MCA B;  4JRQ A;  2HBL A;  2WUS A;  3AA3 A;  5C25 A;  2I5J A;  4X64 K;  1YVU A;  4DTS A;  1CZ9 A;  3SPY A;  2KZZ A;  4CVN E;  2I7N A;  4BR9 A;  5F2R A;  3VF2 A;  1BDG A;  3TTC A;  1EXQ A;  2A42 A;  3CER A;  4BRF A;  5C42 A;  1TYQ B;  3EO3 A;  1RT3 A;  3K5N A;  3HST B;  1YT3 A;  4Z4C A;  1NLV A;  1ATN A;  3HTV A;  3KK2 A;  3RMD A;  2G8W A;  1D9F A;  4JI3 K;  3DM2 A;  3SBG A;  4B3O A;  4BG8 A;  4CZI A;  1UA0 A;  4JHD B;  2ASO A;  4YFU A;  4Q0B A;  1QTM A;  4Y1C A;  3CPE A;  2Z1J A;  3QO9 A;  4BR5 A;  1P90 A;  2GWK A;  1VSF A;  4RW8 A;  3VGL A;  3ZSZ A;  4CEE A;  1D8Y A;  4DB3 A;  1YJW N;  4BC3 A;  1IG8 A;  4FW1 A;  1ZXO A;  1FXX A;  5KPT A;  2QTD A;  4CW7 B;  3QEW A;  4EP5 A;  2G8V A;  1X9W A;  4C8K A;  3EY1 A;  2Q2R A;  5ADX A;  4JI2 K;  4IO9 L;  3AA4 A;  4O55 A;  4CJF A;  4CFB A;  4CEB A;  3KK1 A;  4ZTJ A;  1BIZ A;  4PKH A;  1CLQ A;  2HHV A;  3UKR B;  2QKK A;  4CBU A;  4JKC A;  2GUI A;  1XC9 A;  1MA9 B;  2JWK A;  2E2N A;  4JKH A;  1O13 A;  1RDA A;  2DPN A;  3QFP A;  4CHQ A;  3CF5 L;  1HNX K; 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 3G10 A;  3FZF A;  2PFU A;  2QWM A;  5AQK A;  2DFE A;  5AQQ A;  4LSN A;  1LCU A;  3U6F A;  5HOO A;  3HK2 A;  1U45 A;  3DXK A;  3CYM A;  4H5V A;  1IKX A;  4OJR A;  1KQS M;  2F8T A;  2ZF5 O;  4B9Q A;  3THW A;  4FJM A;  3VPZ A;  1VHX A;  1IJJ A;  4LY7 A;  3PO4 A;  2WON A;  4FWS A;  1NOZ A;  1BOT O;  1LOT B;  3VF6 A;  3T3F A;  3SMP A;  4Z4F A;  1HRH A;  2O8D B;  1SS6 A;  4FWN A;  3NDK A;  3CCM N;  3SBT A;  4MDA A;  4BRN A;  1Z05 A;  3DRR A;  1TYQ A;  3SUP A;  4BDP A;  2D0O A;  1HNW K;  3RRG A;  1RDW X;  1NGH A;  3VEW A;  4BRP A;  3DLB A;  4X62 K;  4H4M A;  2D0C A;  1ZYQ A;  4BE1 A;  1IBK K;  2KFN A;  3V9S A;  3FFK B;  2UXD K;  2QWO A;  3OYK A;  4DR2 K;  2XY6 A;  4JHD A;  5E26 A;  1TKZ A;  3JYT A;  3DYA A;  1K6Y A;  2EX3 A;  3QER A;  3FGU A;  1RFQ A;  3CG7 A;  5C15 A;  4DF4 A;  4CCH A;  1RDC A;  3J7Z O;  5DK5 A;  5LMU K;  4CES A;  1YJN N;  5AJ3 K;  2EWS A;  4M41 A;  1KC8 O;  4NCA A;  2NRW A;  2W42 A;  1JCE A;  1BO5 O;  4BDZ A;  1B9F A;  3P83 D;  2D0B A;  4FJX A;  1QSS A;  4X66 K;  4B3M K;  3UIQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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