4BRGA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg gmppnp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 122
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brgA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brgA02
4EIAA 4EFHA 2F9WA 2FXUA 3WQTA 3CQXA 3WXJA 4Z94A 4FWKA 1C0FA 4FWNA 5EOYA 2P9LA 3U4LA 1HKGA 2ASMA 1U2VB 4L3QA 1ZC6A 2ZWHA 3IMXA 2AA4A 2HF4A 3DWLA 3JS6A 2D0PA 3L0QA 4BGAA 4CBUA 5AQRA 3FE1A 3VGKA 3CJCA 3A5NC 3IUCA 1TYQB 2QWPA 5EXWA 2IVPA 3TU5A 5F0XA 3CETA 2GUPA 3VF6A 3ATVA 3EN9A 4BQZA 3A5LC 3UKUB 1ZBSA 3AAPA 4DCHA 3BP8A 2E20A 5AQFA 5B8HA 5BRDA 5AZIB 1X9JA 1P8ZA 1QZ6A 2EWSA 1GLJO 3W0LA 3CJAA 3VEWA 4BRFA 3C0BA 4F9OA 5JLHA 2AP1A 5FPNA 4YDUC 4PKGA 5AR0A 3L6QA 4E1JA 2P9KB 4CBXA 2IVNA 3R8EA 2I7PA 3GL1A 1KAYA 1E4GT 3FFKB 2P9PB 2P9SA 2A3ZA 3ZX2A 2Q97A 1BO5O 1NBWA 3H1QA 1LOTB 3WXLA 4ISFA 3WT0A 2YHYA 4FWQA 1DKGD 4BRAA 5AQZA 3QDKA 4H0XB 1JCFA 3I33A 4EHTA 4BC5A 3O5BA 2A40A 2VCPA 1QZ5A 2YCHA 3GOIA 5BRFA 3AAQA 4RWTA 1BDGA 3MN6A 4CJ7A 4CZHA 1GLCG 5AQIA 3W3DA 2DPNA 3LDOA 3QICA 2GTDA 4M63C 3CERA 3HI0A 3ID8A 4PKIA 4BRIA 4H0PA 1BA0A 2QWOA 2ZF5O 4EHUA 3AARA 4M7XA 1NMDA 2Q0RA 3FZLA 4ISEA 1K8KA 4BR9A 2HMPA 2VYPA 2FF3B 3SMSA 4B1ZA 4IXCA 3ZX0A 1QQNA 1YUWA 3J8AA 3HZ6A 1CZAN 2CGJA 3A0IX 3QFPA 3VPZA 4Y0WA 3CJBA 1SQKA 3AY9A 2P9LB 3LDQA 1ESVA 3DXMA 2E2QA 1Q18A 1X3MA 2ASPA 1IG8A 4EAHD 3VENA 4JD2B 4RCHA 1NGIA 3R6MA 4BC2A 3QMLA 2A42A 3EL2A 5KPRA 5AQTA 3OHRA 1KAXA 3MCPA 4WQ4C 3M6GA 3VETA 5KPZA 4FOIA 4CD3A 4BQLA 2QWNA 2ITMA 3EZWA 3O6WA 2D0OA 3UB5A 1KAZA 4IZ9A 1KXPA 2YJEA 1NGCA 3CI5A 1BG3A 3KVGA 4WQ5A 3WEEA 5LJVA 2E1ZA 1NM1A 5AQMA 4IJAA 3QFUA 4H5WA 3A5OC 4B9QA 2I7NA 1ATNA 3EKSA 4FOEA 3FGUA 4I6MB 4O8KA 1NGGA 2J4RA 4GNIA 3VGMA 4A2AA 4BRDA 4XH4A 4AM6A 1NLVA 4M7YA 2F9TA 4QS7A 2A6AA 4CZIA 5E26A 3DJCA 1GLAG 1G99A 2P9SB 1DGKN 2QW9A 2FSKA 2PAVA 4BRPA 3LDNA 1S22A 4ISGA 3ZEUA 2GEMA 1BA1A 3FLCO 4JHDA 2IIRA 3HSCA 4BC3A 2V51B 4BRQA 2CGKA 4FWPA 3VF2A 4H0TB 2E8AA 4FWOA 3O4WA 1H1VA 3LL3A 2P9IA 4NO7A 1IJJA 1NGAA 4FSVA 4FWMA 4CZMA 5CE3A 3GG4A 2QXLA 5AQGA 1J6ZA 2NLXA 2ASOA 4BVOA 4BRKA 2YI1A 3CJ1A 4GY2B 3CIPA 1K8KB 4FWRA 3UKRA 4CZEA 4BC4A 5AQSA 3WUHA 3FZFA 4PL7A 1QHAA 3ZETA 3HM8A 3ULEA 2D1KA 2Q2RA 4BR5A 5KQDA 4FPAA 2P9NB 2PBDA 4BRGA 4BGBA 1HKBA 3DXMB 5AQVA 5AQYA 1T6CA 2FSJA 3P4IA 3A5MC 4YDUA 4MO4A 1JCEA 1Y64A 3U8XA 4DB3A 3SJHA 2HOEA 5ADXA 3L4IA 4H5TA 4B1UB 2GWJA 3C7NA 3ENOA 3H45C 2V52B 4QS9A 3EKUA 3O1WA 2WUSA 2NRHA 2YJFA 4BR4A 1GLDG 4FWSA 4JAXA 2A41A 4CZLA 1MWMA 3KZBA 3WEEB 3O1BA 5JICA 3ATUA 2ZGYA 1V4SA 1EQYA 4QS8A 3VOVA 1V4TA 3MN7A 5AZIA 2FF6A 4RTFD 5JMVA 5F2RA 4CZGA 1NGHA 3BEXA 5FPMA 3RSEA 4XH5A 2P9UA 5AQQA 5AQJA 4CD1A 2E2NA 4HWIA 2QWRA 3VEVA 3WXIA 3SMPA 2Q36A 2UYTA 5ELZA 3BF3A 3M3ZA 3FZHA 4IJNA 3GDQA 3R9PA 3ZEUB 3O80A 3A8YA 1ATRA 4JHDB 4JN4A 4K41A 4DQ8A 2CH5A 4XH1A 3O8MA 1ZXOA 2BTFA 4J8FA 3JXUA 4PKHA 3MN5A 5BPMA 2A5XA 2KHOA 4MLEA 3SK3A 5AFUH 4FPBA 5AQHA 3WQUA 1TUYA 1GLLO 4BRCA 1XQSC 3WXKA 4B1WB 3MK6A 5FPEA 2CGLA 2VWBA 2P9IB 4A61A 1NGFA 1DEJA 1JCGA 4H5VA 4B1YB 3CJ7A 3MN9A 2YHWA 3SLCA 4DHYA 1BU6O 4BREA 4MO5A 3QB0A 1X3NA 4WQ4A 3UKRB 5I9EB 3MDQA 4FL9A 2ZGZA 2FSNA 2BUPA 3VESA 2FLOA 3ZETB 4CZFA 5AQLA 4BG8A 5AQUA 4BG9A 1SAZA 3DXKA 3LDPA 1HLUA 2D4WA 3GBTA 3HBTA 1NGEA 3ENHA 5KPTA 1RGIA 2GELA 2QWQA 4BR0A 1HPMA 2NZTA 1T44A 4BRNA 3H3OB 1GLEG 5AQWA 4JD2A 1HUXA 3C7NB 5EX5A 4BROA 3S41A 3D2FA 3LM2A 2V7ZA 1NWKA 1LCUA 3LM9A 4A2BA 4CZJA 5BPLA 3U9ZA 5AZJA 3H1VX 4BRMA 1SZ2A 3D2EA 4JNEA 3VGLA 4BR2A 2W40A 4B1XB 4PL8A 1XUPO 3GE1A 2E2OA 3CJ9A 5BR9A 2CH6A 3VERA 4KBOA 5KQ8A 5EVZA 3FR0A 1WOQA 1E4FT 4I6MA 1BOTO 3F9MA 4BVPA 1HJOA 3RSEB 2Q31A 2P9UB 1Z05A 3I8BA 4IWVA 4K42A 3EO3A 5LY3A 3QBXA 2HF3A 1RFQA 5LJWA 1U2VA 5JLFA 4WYBA 1QQMA 3H46O 1R59O 4HTLA 1YAGA 4H0OA 2YHXA 1TYQA 5BPNA 4B1VA 3VEYA 4H03B 3CHWA 1BWFO 2E2PA 3HTVA 4BRHA 5BRHA 4CBWA 3UKUA 5BN8A 1NGDA 4H0VB 4FO0A 5AQKA 4CI6A 5AFUA 5E84A 4BRLA 3B8AX 4AM7A 1MWKA 3ZX3A 4LC9B 2Q0UA 3M1FA 4IO8A 2QWMA 4XEIA 3VEOA 3IDHA 4H0YB 1U6ZA 5FPDA 1YVNA 5F1XA 2P9KA 3FZMA 3TPQA 3O08A 1GLFO 2E1YA 5BN9A 3UE5A 1ATSA 2H3GX 3H3NO 4MLHA 2P9PA 2W41A 3DAWA 5AQOA 4C23A 2E88A 3MMVA 4A62A 3DXKB 3D7EO 1NGJA 1XC3A 1Z6RA 3KHYA 1YXQA 5AQNA 2GWKA 5BREA 1C0GA 3BF1A 1HKCA 3LDLA 2P9NA 3G25A 3VEXA 5ADXH 4CZKA 2QWLA 4WQ5C 4H5RA 2QM1A 1TUUA 4BR7A 1MDUB 1BUPA 1T6DA 5AQPA 3FZKA 1S3XA 4K25A 3VEZA 4K43A 3D2FB 1OKJA 3U9DA 4O5FA 5EY4A 1QQOA 1HX1A 1MA9B 4FWLA 3VF4A 5AQXA 5AZJB 2Q1NA 4H5NA 2OANA 3D2EB 1D4XA 3H6EA 1RDWX 2IVOA 1GLBG 4NB4A 1WUAA 5TKYA 3BUZB 2V7YA 3QBWA 3ULEB 3CQYA 1NGBA 3IFRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BY9C 4CF1A 2FXUA 1VSDA 3WXJA 4Z94A 4FWKA 1C0FA 1NJIO 5EOYA 1UWBA 3O9UA 4ZTJA 3V1QA 2ZWHA 2HVIA 3FE1A 4PUOA 1A5XA 4QCLA 3CJCA 3KK2A 3A5NC 4M3XA 4W5RA 4CJLA 2QWPA 1FK9A 1HR0K 2GUPA 3EN9A 1WB9A 4BQZA 3A5LC 1RDBA 1ZBSA 3AAPA 4DV6K 5AQFA 2ITGA 3SCXA 1KFDA 3PX4A 4CIEA 3KTQA 2D0AA 3HRGA 4IEEA 3JAMO 4F9OA 3V9ZA 4FK2A 4LF8K 5K14A 1J9AA 4YOXA 3L6QA 2P9KB 4ILGB 4HUFA 3NVKA 3M8SA 1S9EA 2IVNA 3R8EA 5J2MA 2I7PA 2WFBA 4CHQA 1KAYA 1F21A 3SQ1A 1QVGM 3ZX2A 5KI6A 3WT0A 3OS1A 2YHYA 4FWQA 4BRAA 4EZ6A 2HHQA 4H0XB 1JCFA 4CE9A 3C6AA 3KLGA 4AHRA 2YCHA 1BQNA 4DLGA 4RWTA 3LPUA 1T03A 4JI8K 4FZZA 4JS4A 3NH1A 3NFAA 1GLCG 1QS4A 2OYQA 1EKEA 2YHBA 1T3VA 4AF1A 4M63C 3CERA 5I3UA 3HI0A 3DLKA 3OYHA 1BIUA 1NOZA 2ZF5O 4EHUA 4FJ7A 4M7XA 1JLCA 1UOCA 2Q0RA 3FZLA 3JSMA 1Q86O 2VYPA 1OVQA 2FBXA 1FKPA 4B1ZA 4F4KA 1N33K 5GIOA 3PLAA 2CGJA 3A0IX 4JS5A 5HP1A 3DLEA 4HHTA 4BE1A 5M1QA 1VSEA 1W9HA 3RRHA 3DXMA 3RR7A 1IV0A 3KLIA 3WNGA 3QERA 1CLQA 1HYZA 4JD2B 1NGIA 4BDYA 4MDBA 5C0YA 3VQDA 1FXXA 4BC2A 2A42A 4OVLA 1A5WA 4O8UA 5AQTA 1RTIA 3OHRA 1KAXA 3PIOL 5KRSA 1RT1A 3CCLN 4BQLA 5KTQA 3O6WA 3K5NA 2YJEA 2E1ZA 2DTUA 5AQMA 4IJAA 1WSJA 3Q7BA 3A5OC 2I7NA 3L2UA 3J7ZO 1NK5A 3VGMA 4GNIA 5JS2A 2Y1JA 1VAZA 4AM6A 1NLVA 4M7YA 1RILA 2A6AA 3L2WA 4CZIA 4KTZA 1VQ8N 1S1VA 1DGKN 2PAVA 4Z4EA 3P31A 1DTTA 4CJWA 2IIRA 4AQYK 2CGKA 1S1TA 1XMOK 3ZCMA 5FRNA 3T69A 3OTOK 3SUPA 4DTPA 3SV4A 4DV0K 4CZMA 1NGAA 4FSVA 3K57A 5CE3A 3SNNA 1XC9A 3CPWM 4N56A 2QXLA 3CM5A 3TR8A 4PQUA 4DTRA 4Z4GA 1JXEA 4U67L 3THYB 4BVOA 3RR8A 3ZSXA 3NCIA 4B9SA 3G0ZA 4FWRA 1SL2A 3TAQA 3NGYA 3OYDA 3TAEA 5CY4A 4IKFA 4F3OA 4BRGA 4BGBA 3OYBA 3SBGA 1IBMK 5AQVA 3PY8A 2HNDA 2WOMA 3CCSN 1I39A 3A5MC 4FJ9A 3NDKA 1S1XA 2OZSA 1Y64A 1YJWN 1LV5A 4J2AA 4DQPA 3MXJA 4QS9A 1VSJA 4KTWA 2YJFA 1RDDA 2NRXA 3DLGA 3VQ7A 3ZSVA 3KZBA 3THVA 2QKBA 5CYQA 3ATUA 2ZGYA 3EE9A 1V4SA 4CHYA 1V4TA 5J2PA 3AGKA 2X6NA 3P83D 5F2RA 3M5RA 4ID1A 4NYFA 4KI4A 3P1GA 1XNRK 3CCQN 1IG9A 2QK9A 2P9UA 5AQQA 4CD1A 1RBUA 3DYAA 2G8HA 1JKHA 3FZHA 1HRHA 3G6EN 1BI4B 4OJRA 3JXUA 5BPMA 3MX5A 4B3MK 2KHOA 4E1MA 3SK3A 4HVJA 3AO3A 1GLLO 1ZBFA 4CFBA 1TAUA 4B1WB 1RBRA 5FPEA 2CGLA 3L3UA 2P9IB 1JCGA 4H5VA 4X66K 4B1YB 4DSEA 1B9FA 3TSPA 3VQAA 4BACA 4DQRA 1KLNA 4GMJB 4YHHK 3MDQA 4FL9A 1C1AA 2ETJA 1RDUA 1BISA 3OYIA 2ZGZA 4PA1A 2BUPA 4N47A 3ZETB 4NLBA 5AQLA 4BG8A 5LMUK 2Z1HA 3NGZA 3C95A 2F96A 3GBTA 3ENHA 4E7LA 3AVAA 4CGJA 2YNFA 4Q0BA 5J2NA 1HPMA 4RW6A 5GAEP 2B5JA 4BWMA 3Q7CA 4JD2A 3DRRA 3B6OA 4BROA 2V7ZA 4DF4A 3V1OA 4C1NK 4LSNA 5AZJA 1WSIA 3M8PA 4LFBK 3D2EA 2O8EA 1KSPA 3VMFB 3G4SN 3VGLA 4BR2A 1ASWA 2E6LA 1XUPO 3K59A 1XHZA 2CH6A 1LWEA 3VERA 3SQ0A 3OA9A 3FR0A 4K8XA 1WOQA 1E4FT 4F2RA 4FJJA 4FJXA 4I6MA 3F9KA 3AVCA 3F9MA 1HJOA 1HYVA 3RSEB 4X62K 4KHUA 1NK6A 4FK4A 2HHHK 1WAFA 4K42A 4FW1A 1BCMA 4DUZK 4WYBA 1QQMA 1WNSA 1YAGA 4M3TA 3HPGA 4H0OA 3HVRA 5I42A 3AVLA 4B9LA 1TYQA 4W5OA 3THXB 3VEYA 5GIPA 3CHWA 2E2PA 5FLXO 4BRHA 3OVNA 4DUYK 4M3YA 5KGXA 1RDAA 3DRPA 1YT3A 3CFRA 3ZYYX 3RRGA 5KGWA 3LALA 5AFUA 1HNIA 3CYMA 4DWIA 4AM7A 3ZX3A 2O8DA 4IO8A 4I9QA 1W7AA 3QLHA 1BQMA 4XEIA 3IDHA 4DLEA 4DR4K 3QO9A 3NVMA 1D9DA 3THYA 1RT5A 3FZMA 4GVMA 4I2PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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