4BRGA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg gmppnp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 122
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brgA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brgA02
1QQMA 2E20A 4J8FA 3C7NA 4PKIA 1H1VA 2P9SA 3J8AA 5AQOA 2A3ZA 4FWKA 4B9QA 4BREA 5AZIA 3ENHA 4BRFA 1BA1A 2HF3A 4RWTA 3C7NB 3WXIA 5AQJA 4BRAA 2P9SB 2NZTA 1HKBA 5AZIB 3EO3A 3O5BA 3ATVA 3ZETA 3CJ7A 4YDUA 1BU6O 2CGJA 1RGIA 1QZ6A 1KAZA 1LOTB 4IXCA 3U9DA 3ZETB 4JAXA 4QS8A 2AA4A 3I8BA 3WXLA 1T6DA 2YI1A 2P9LA 1NGBA 2QWQA 2YJEA 5F0XA 3UE5A 4KBOA 4MLHA 3EKSA 5CE3A 4CJ7A 5BRDA 1ZC6A 1S22A 2WUSA 3W0LA 3VF6A 2P9LB 3D2FA 2ITMA 5JLHA 4H0TB 1P8ZA 4BRMA 2D1KA 3U4LA 3LM2A 4NB4A 4BGAA 1OKJA 4A61A 2E88A 1ATRA 3D2FB 3LDQA 1GLBG 4FWQA 1C0FA 2GEMA 2A5XA 2ASMA 2CH5A 5BRHA 5AQXA 3R9PA 5BN9A 1HPMA 4BR7A 2NLXA 3JS6A 4B1VA 3HM8A 3VF2A 4BVOA 3P4IA 2E1ZA 4H5RA 2I7PA 4BGBA 4XH1A 1D4XA 5AQWA 5F1XA 2A42A 2E2QA 2FSNA 3BF3A 3O1WA 4IWVA 4IJNA 1BG3A 4M7XA 2P9PA 4MO5A 5E84A 3M1FA 4IZ9A 4IO8A 3TU5A 1KAYA 4H5TA 4A62A 3CJCA 2ZGZA 4BRGA 4FWNA 3VOVA 4K41A 4RTFD 4BC4A 3B8AX 1KAXA 2P9PB 4K42A 3AAPA 2F9TA 2V7ZA 3QBWA 1NGHA 1NBWA 3A5OC 1ESVA 2YHYA 3MDQA 4O5FA 3CI5A 4WQ4A 5AQSA 1NGIA 2Q0UA 3AY9A 4B1WB 3SMPA 2VCPA 4NO7A 1HKGA 5AQGA 1XQSC 1RFQA 3ZX0A 4PKGA 3LM9A 4FOEA 4BR4A 5KQ8A 5AQZA 4AM7A 4BVPA 3SK3A 1U6ZA 3LDNA 4RCHA 2Q0RA 4DQ8A 2P9NA 1HLUA 3H46O 4JHDA 5AR0A 5FPEA 4FWRA 1YXQA 3CQXA 3KZBA 2P9NB 3AAQA 4JHDB 1YUWA 1HUXA 4BQZA 4FWOA 4BRKA 1SQKA 3GL1A 2P9KA 3VESA 2Q36A 1X3NA 2HOEA 4IJAA 3TPQA 5FPNA 4BRNA 5BREA 1ATSA 3WQTA 3QMLA 4O8KA 1GLAG 1QQNA 1SZ2A 4JN4A 4CZKA 4PL7A 2E2NA 3EL2A 2V7YA 4L3QA 4PL8A 5AQUA 4BC2A 1DGKN 1K8KA 5AQPA 3VEXA 1NGDA 3FGUA 1RDWX 4BR5A 3WT0A 1K8KB 4CZMA 3WXKA 4BRIA 3SMSA 2YJFA 3DJCA 3UKRA 2IVOA 3QDKA 2IVNA 2QXLA 5BRFA 5BR9A 2CH6A 1XUPO 5FPDA 5EVZA 3F9MA 5JMVA 1WOQA 2A41A 5AQRA 3UKRB 3GE1A 3S41A 3H3NO 2P9UA 1QQOA 1WUAA 2Q2RA 1ZBSA 4HTLA 3MK6A 3D7EO 5EY4A 3IUCA 3HSCA 3FZHA 3QB0A 2P9UB 2QW9A 3IMXA 2AP1A 1GLCG 2UYTA 3BP8A 5BN8A 4K25A 5AQNA 2ASPA 2HF4A 5EX5A 2ZGYA 3KVGA 1GLJO 1IG8A 1V4TA 3A8YA 2FSJA 1J6ZA 1NWKA 3VF4A 3WUHA 3L6QA 3U9ZA 3MCPA 1GLFO 3UKUA 5LJVA 2W41A 3A5NC 2BUPA 3GG4A 4CZHA 3O6WA 4M7YA 4QS7A 2E2OA 2V52B 3FZMA 3UKUB 1SAZA 3HI0A 2NRHA 4BC5A 4EHUA 2HMPA 5ELZA 1GLDG 2GWKA 2J4RA 4FOIA 4YDUC 3M3ZA 4CZGA 3EKUA 1NGEA 1XC3A 3R6MA 4AM6A 4WQ5A 4FWPA 5F2RA 1E4GT 3I33A 5AQYA 5AZJA 4GNIA 4CD1A 2GTDA 3UB5A 5AZJB 3W3DA 1T44A 2ZF5O 4Y0WA 2QWRA 4CBUA 1MWMA 2QWLA 3AARA 3MN5A 4CBWA 3ULEA 2FF6A 1TUUA 3LDOA 2QM1A 1HX1A 3MN6A 4F9OA 4E1JA 3LL3A 4H0YB 3ULEB 2GWJA 4FPAA 4CZFA 4ISFA 4BQLA 1Z05A 2YHXA 4JD2A 3O1BA 4CD3A 3CHWA 3CETA 2BTFA 3VPZA 2VWBA 4BRHA 5AQKA 5B8HA 5JLFA 4JD2B 4CZLA 2P9IA 5KPZA 5KQDA 4FSVA 2QWPA 5FPMA 2D0OA 1Z6RA 5AQLA 5AQFA 3L4IA 4BRDA 4DHYA 4H5WA 2P9IB 3FE1A 1NGGA 1C0GA 3CERA 3SLCA 3VENA 2QWNA 3FFKB 4H0XB 4WQ4C 2ASOA 3VEZA 4EHTA 3CJ1A 1R59O 3IFRA 3LDPA 4BC3A 4B1XB 4PKHA 4EFHA 3CIPA 1HKCA 2QWOA 1NGFA 3ZX3A 1NGJA 1BO5O 4CZJA 4H5NA 1JCEA 3D2EB 3ATUA 1LCUA 3FZKA 1U2VA 1G99A 1EQYA 2FF3B 3H3OB 4CZIA 3C0BA 5I9EB 4MO4A 5LY3A 1U2VB 4XEIA 5KPTA 2YCHA 5AQQA 1QHAA 2QWMA 4BRQA 2E1YA 4EIAA 1V4SA 2GELA 2Q97A 5KPRA 2PAVA 5BPMA 4H03B 1GLLO 4JNEA 1ATNA 1DEJA 2DPNA 3QICA 3H45C 1Y64A 1MWKA 3CJBA 3MN9A 3VEYA 1KXPA 2A6AA 4A2AA 5BPLA 5ADXH 4WYBA 2CGLA 1HJOA 2IVPA 5AFUH 4Z94A 2A40A 2D4WA 4FO0A 4DCHA 3MMVA 1T6CA 1DKGD 1E4FT 4FPBA 5LJWA 1NMDA 1TYQA 2FSKA 3FZFA 3VGKA 1MA9B 3CJAA 3MN7A 1NLVA 4H0OA 4CZEA 4LC9B 5AQIA 4FWMA 3FZLA 1TYQB 3QBXA 2GUPA 3GBTA 1BDGA 1JCGA 3IDHA 3HZ6A 2I7NA 2H3GX 3O80A 3OHRA 4DB3A 3H1VX 1TUYA 5AQHA 3VGLA 4EAHD 3HBTA 4CI6A 2ZWHA 1YAGA 3QFPA 3O08A 4M63C 3FR0A 1Q18A 5E26A 3BF1A 3H1QA 4FL9A 5AQTA 1YVNA 4H5VA 1ZXOA 3GDQA 3FLCO 2YHWA 4XH5A 5TKYA 4I6MA 5EOYA 4B1ZA 3LDLA 3H6EA 4B1UB 1BUPA 3L0QA 5JICA 3BEXA 5EXWA 3DWLA 3DAWA 4BG8A 4I6MB 3M6GA 4BRCA 3ZEUA 1CZAN 2F9WA 2PBDA 4HWIA 2Q31A 3R8EA 3VEOA 1NGCA 4GY2B 4K43A 4BR9A 3G25A 1NM1A 4BG9A 2FXUA 5AQVA 3VEWA 3ZEUB 3DXMA 4CBXA 3EZWA 3VGMA 5BPNA 4BR0A 4XH4A 1NGAA 5ADXA 1X3MA 3RSEA 3DXKA 4BRLA 4BR2A 5AFUA 3DXMB 1BWFO 4A2BA 3VEVA 3QFUA 3GOIA 3SJHA 1X9JA 4WQ5C 2FLOA 3RSEB 3DXKB 2Q1NA 3VERA 3WXJA 2W40A 2VYPA 1BOTO 3ID8A 3ZX2A 3WEEA 3A0IX 3HTVA 4B1YB 4H0PA 4FWSA 4H0VB 3ENOA 4ISEA 5AQMA 4FWLA 3VETA 3WEEB 4BRPA 4QS9A 2D0PA 1GLEG 3D2EA 2EWSA 3EN9A 3WQUA 2KHOA 3CJ9A 1QZ5A 1IJJA 1BA0A 2E8AA 4ISGA 1S3XA 3A5MC 2OANA 3O4WA 3BUZB 2IIRA 3O8MA 3KHYA 3JXUA 3U8XA 3CQYA 2P9KB 1MDUB 2V51B 2E2PA 3A5LC 4C23A 4BROA 1JCFA 2CGKA 4MLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHSA 2PYJA 3C7NA 3J8AA 3ZT0A 3DLHA 3F9KA 4BRFA 1YITN 1B9FA 2HF3A 4CEQA 3OY9A 3OA9A 3T7ZA 1BL3A 1NJXA 3C7NB 1VQ5N 1HKBA 3RMCA 3SUNA 4YDUA 1BU6O 4WFNL 2I5JA 2B4JA 4DR5K 1UAXA 3CXCM 3CCLN 1TKXA 2YI1A 3NVMA 3DLEA 3ULDA 1IKYA 4CJ7A 5BRDA 4HUEA 1S22A 2WUSA 4DWIA 2ITMA 3KK1A 3DLLL 3CCUN 4FXDA 4A61A 2E88A 4OPAA 1GLBG 2FBYA 3M8SA 3L2QA 3LPTA 3ZSRA 1XMQK 4M41A 1RT1A 2A5XA 4DSIA 1KVAA 5AQXA 1UOCA 4YOUA 3TWHA 3K2PA 1B92A 4B1VA 4KPYA 1SKWA 4YHHK 1T03A 1HYZA 3G6EN 1TK0A 2HNDA 3OYBA 2A42A 2E2QA 3BF3A 5M1PA 3DI6A 2HBMA 4M7XA 2P9PA 5E84A 3M1FA 1KAYA 3P83D 4FLVA 3VOVA 4BC4A 1TVRA 1BCOA 2P9PB 3B8AX 4NCAA 2X6SA 3A5OC 1RBUA 1HYSA 2VQFK 4L8RB 2Q0UA 3K5NA 3SMPA 5C2FA 1HKGA 4DFMA 3V1OA 5GIOA 3V9SA 2OTJN 3LM9A 5K14A 4FOEA 2RF2A 3L8BA 1QSSA 4BVPA 3SK3A 1U6ZA 4RCHA 1SL0A 4EP4A 4CJSA 4LSLA 3B6PA 1HLUA 1BISA 3H46O 3AVCA 1NKEA 4FK0A 3S3OA 3CQXA 4DKWA 2HHXA 1N8RO 4BQZA 4CGFA 1SQKA 1VQLN 4ICLA 3V9XA 2Q36A 2DFHA 4EP5A 3MWTA 2HOEA 4X66K 5FPNA 3VQ6A 5BREA 3CYMA 3AVIA 1QQNA 1KLMA 2KLAA 2V7YA 2B5JA 3QERA 3I0RA 3SUOA 5AQPA 3V4IA 2VG6A 4B9UA 1CZ9A 3O3FA 1KFSA 5E41A 4LFAK 3WT0A 3DOKA 4FZZA 4CZMA 3ZT2A 1S9EA 4BRIA 3SMSA 4E7JA 1NJYA 3DJCA 4CFCA 4J2AA 1C1CA 1HNZK 1WOQA 3P39A 3MCAB 3VMFB 4WFAL 4JRQA 3H3NO 3O4QA 2P9UA 1QQOA 2VQEK 2Q2RA 4HTLA 2ZQBA 3MK6A 5C12A 2G8WA 3SAHA 3HSCA 2P9UB 2QW9A 2UYTA 3WNHA 3O3GA 4JI2K 4CHOA 2HF4A 4KHUA 5EX5A 4DR4K 2ZGYA 3LP1A 2WFBA 1HNIA 3A8YA 1K9MO 2GX9A 2FSJA 1RT5A 2X74A 3L6QA 4A5AA 1GLFO 3UKUA 3ZLJA 2DFFA 2G8UA 1HQEA 3A5NC 5DM7L 2BUPA 4CZHA 3O6WA 3UKUB 3PIOL 2NRHA 4EHUA 1S1WA 2GWKA 4YDUC 3I56N 4DTPA 4CHYA 3R6MA 4C1NK 4WQ5A 1VSJA 2JLEA 1Y97A 3QEVA 1SV5A 5AQYA 4Y1DA 1KRPA 3LAMA 4FZYA 4CD1A 1JLEA 3SUQA 3KD1E 4FLTA 4LF7K 1HNVA 3UB5A 1HQUA 2ZD1A 4Y0WA 1MWMA 2QWLA 1NK0A 3ULEA 2FF6A 4DTSA 2OPQA 4CGGA 3THWA 5HROA 4F9OA 1OH8A 1JLCA 3ULEB 4YORA 2HNYA 4JI5K 3THWB 4LF9K 3CHWA 3VPZA 4JKHA 2W6KA 4BRHA 4NYNA 1S1VA 1TKZA 2BH1A 3QNOA 1TKDA 1DT9A 4CZLA 1VQNN 5GAEP 4Q0BA 2D5RA 2RHKA 5KPZA 3O3HA 4GV9A 2D0OA 4I9LA 1WBDA 3L2UA 4DS4A 3P31A 3D0PA 3E1YA 4KHSA 4KO0A 4DHYA 4DSKA 4Z4IA 4H5WA 4QAGA 3FE1A 1U49A 1L3TA 4E7IA 4ILGB 5I3UA 4CGIA 1RBSA 1L5UA 4C8NA 3HVRA 4DV5K 1ZBUA 2RE2A 4FM2A 1NGFA 3P38A 4DTJA 3D2EB 3FZKA 3WXMB 4ID1A 4O8UA 4K8ZA 4CZIA 4DFKA 3MEDA 4IFEA 4XEIA 4NLBA 5KPTA 3KJVA 2YCHA 1U47A 5AQQA 1OH6A 1C1BA 4C8OA 4W5NA 3K5OA 3LP0A 1L3UA 1RNHA 1DEJA 4I9QA 4IBNA 4OGEA 4FW2A 1MWKA 3MXMA 2F4VK 4BE1A 4AH9A 3TAGA 3MN9A 2NUBA 1WSIA 1YTUA 1VRTA 1QTMA 2CGLA 1HJOA 2RN2A 4OLAA 4Z94A 4FLYA 4E3SA 5LJWA 4FJ7A 2FSKA 4DV0K 1MA9B 4M3RA 3MN7A 1NMNA 4LC9B 1JLBA 5A2QO 2G8IA 3KLHA 1BDGA 4M3YA 2I7NA 2KFNA 3NGZA 2D0CA 1VSLA 3NHGA 2YNGA 3CC7N 5AQHA 4DR6K 4EAHD 4DSEA 3RRHA 2E6LA 3MXIA 3L2VA 2OPSA 3QFPA 3O08A 3SQ1A 3FR0A 3K58A 1FW6A 1BIUA 1YVNA 2R7YA 4AHUA 2ZE2A 2YHWA 5TKYA 2F8TA 1L3SA 3SPZA 2OZSA 2G8VA 3L0QA 4R5PA 4KTWA 4IOAL 3G71N 1CLQA 4JI6K 2HMIA 4ELUA 4MLEA 2E4LA 5CYMA 1OH7A 4BR9A 3G25A 1TL3A 1I94K 3E9LA 5AQVA 4CBXA 2HVHA 1DTQA 4W5QA 3VGMA 5BPNA 4BR0A 2ZJPL 3AVFA 5ADXA 3NGYA 3ZSQA 3RSEA 4BR2A 3VEVA 1FKPA 2KZMA 4WQ5C 3RSEB 5J1EA 1U4BA 4YY3K 3WEEA 4FYDA 3HTVA 3K5MA 1U48A 4CJLA 4C8MA 4OLBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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